单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5461	2025-05-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用及其通过巨噬细胞促进Th2炎症的机制	未明确IgG具体通过何种机制激活巨噬细胞及促进炎症	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的作用	特应性皮炎患者及非过敏性健康受试者的皮肤病变和PBMCs	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序、BCR库分析	NA	mRNA数据、单细胞RNA测序数据	AD患者及健康受试者的皮肤病变和PBMCs样本
5462	2025-05-07	Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development 2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67491 PMID:39895643	research paper	该研究开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型，用于研究神经炎症和神经感染性疾病	通过将iPSC分化的造血祖细胞（HPC）整合到iPSC衍生的胚胎体（EBs）中，成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官模型	当前方法在技术上具有挑战性，可能导致最终类器官中小胶质细胞的数量和质量存在不一致性	研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用，以及神经炎症和神经感染性疾病的模型建立	人类大脑类器官	神经科学	神经炎症和神经感染性疾病	免疫染色和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）分析	3D类器官模型	基因表达数据和图像数据	NA
5463	2025-05-07	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631993 PMID:39829843	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，以及配对抗原、TCR序列和单细胞转录组	开发了APMAT框架，首次实现了抗原-TCR配对与T细胞表型的多组学分析，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性的强关联	研究仅针对HLA A*02:01 COVID-19参与者，样本量相对有限（62人）	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）和抗原刺激后出现的T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞及其TCR序列、抗原和单细胞转录组	免疫学	COVID-19	单细胞分析、高通量测序	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01 COVID-19参与者
5464	2025-05-07	Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells 2025-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149 PMID:39700762	研究论文	本文通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞，使其获得白血病干细胞特性，并研究了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用	首次利用合成聚合物水凝胶培养系统快速生成白血病干细胞，并鉴定出AKR1B1和TSPYL5作为潜在的干细胞治疗靶点	研究仅针对K562白血病细胞系，未在其他白血病模型或体内实验中验证	开发快速生成白血病干细胞的方法并探索其治疗靶点	K562白血病细胞	癌症研究	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	K562细胞系
5465	2025-05-07	TBX3 shapes an immunosuppressive microenvironment and induces immunotherapy resistance 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103175 PMID:39897553	research paper	该研究探讨了TBX3在膀胱癌免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次系统性地揭示了TBX3通过调节TGFβ1表达促进免疫抑制微环境形成的分子机制，并验证了TBX3作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证TBX3的临床应用价值	探索膀胱癌免疫治疗抵抗的分子机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌组织和细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量细胞因子阵列、ProcartaPlex多重免疫分析、TissueFAXS全景组织定量分析	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	多个公共数据库样本和真实世界免疫治疗队列
5466	2025-05-07	Glycosphingolipids-Dependent Phospholipid Metabolism Enhances Cancer Initiation and Progression through SMPD1/GLTP/B3GALT4/ST8SIA6 Signaling Axis: A Novel Therapeutic Target 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.103834 PMID:39898245	研究论文	通过整合单细胞测序数据和TCGA数据库，研究鞘脂代谢在结直肠癌发生发展中的关键作用	发现鞘脂代谢失调在结直肠癌发展中的关键作用，并确定了几个潜在的治疗靶点	未提及实验验证或临床前研究的具体结果	探索结直肠癌发生发展的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
5467	2025-05-07	Comprehensive Pan-Cancer Analysis of RAC1 Decoding the Impact on Cancer Prognosis and B cell immune Regulation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104488 PMID:39898257	研究论文	本文对RAC1在33种癌症类型中的表达及其对癌症预后和B细胞免疫调节的影响进行了全面分析	揭示了RAC1在多种癌症中的高表达及其与不良预后的关联，首次系统研究了RAC1在肿瘤免疫微环境中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索RAC1在泛癌水平上的表达特征及其对肿瘤免疫微环境的调控作用	33种癌症类型中的RAC1表达	癌症基因组学	泛癌分析	基因组变异分析（CNV、TMB、MSI）、单细胞转录组分析、空间转录组分析	预后特征模型	基因组数据、转录组数据	33种癌症类型的多组学数据
5468	2025-05-07	Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9 PMID:39900760	研究论文	本文介绍了如何将组织微阵列整合到GeoMx®数字空间分析仪中，进行空间转录组学检测及生物信息学分析	详细描述了数字空间分析仪（DSP）的NGS检测协议及生物信息学分析流程，特别关注组织微阵列的整合及GeoMx RNA检测的特定方法	依赖于NanoString公司提供的GeoMX DSP指南和GeoMx数据分析手册的当前版本，需定期检查更新	推动空间转录组学技术在疾病研究和治疗中的应用	组织微阵列和GeoMx RNA检测	空间转录组学	NA	NGS, RNA-Seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
5469	2025-05-07	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13 PMID:39900764	研究论文	介绍了一种名为SciDAP的用户友好平台，用于加速单细胞测序数据分析	SciDAP平台为不具备计算专业知识的生物学家提供了便携且可重复的测序数据分析流程，使用Common Workflow Language (CWL)编写	未提及具体的数据分析精度或与其他平台的比较	解决单细胞测序数据分析中的复杂性和可重复性问题	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)和单细胞多组学测序(scMultiome)数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome, scVDJ-Seq	NA	测序数据	NA
5470	2025-05-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	分析PAX6和LHX2这两个哺乳动物大脑皮层发育中的基本调控因子的下游靶基因	比较了PAX6和LHX2的染色质占据情况以及各自缺失时的转录失调，识别了共同直接和间接靶基因，并分析了它们在神经发生过程中的表达模式	未进行实验验证所提出的假设	探究PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶基因	发育生物学	NA	染色质占据分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、转录组数据	NA
5471	2025-05-06	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物和疫苗开发中的应用	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，利用机器学习和人工智能驱动的蛋白质结构预测工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	推动寄生虫线虫控制技术的进步，解决全球抗寄生虫药物耐药性问题	Haemonchus contortus及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
5472	2025-05-06	TREM2+ macrophages accumulate in childhood IgA nephropathy and soluble TREM2 represents a reliable non-invasive biomarker 2025-May-05, Experimental physiology IF:2.6Q2 DOI:10.1113/EP092716 PMID:40321057	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和血液样本分析，揭示了儿童IgA肾病中TREM2+巨噬细胞的积累及其可溶性形式sTREM2作为非侵入性生物标志物的潜力	首次在儿童IgA肾病中发现TREM2+巨噬细胞亚群的积累，并证实血浆sTREM2水平与疾病严重程度相关	样本量较小（38例患者），且缺乏长期随访数据验证sTREM2的预后价值	探索儿童IgA肾病的发病机制并寻找有效的非侵入性生物标志物	儿童IgA肾病患者（38例）的肾脏组织和血液样本	数字病理学	IgA肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、临床生化数据	38例儿童IgA肾病患者+健康对照组
5473	2025-05-06	Single-cell transcriptomics of human skin reveals age-associated specificity of distinct cell populations 2025-May-05, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-025-04222-x PMID:40323328	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类皮肤细胞在衰老过程中的特异性变化	首次在避光区域皮肤中详细描述了衰老对皮肤细胞功能和相互作用的影响	研究样本仅来自健康供体，未考虑疾病状态对皮肤衰老的影响	阐明皮肤细胞群体在衰老过程中的分子和功能变化	人类皮肤细胞（包括成纤维细胞、角质形成细胞和免疫细胞）	单细胞组学	皮肤衰老	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	超过5,000个细胞
5474	2025-05-06	TREM2 Impedes Recovery After Spinal Cord Injury by Regulating Microglial Lysosomal Membrane Permeabilization-Mediated Autophagy 2025-May-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70047 PMID:40320759	research paper	该研究探讨了TREM2在脊髓损伤后通过调节小胶质细胞溶酶体膜通透性介导的自噬影响恢复过程的机制	首次揭示了TREM2通过Syk磷酸化-TFEB核转位通路调控溶酶体膜通透性介导的自噬过程，并提出了基于基因治疗的临床转化策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果仍需进一步验证	探究TREM2在脊髓损伤恢复中的具体作用机制	野生型和Trem2敲除小鼠的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞测序、免疫荧光、3D步态分析、运动诱发电位实验、H&E染色、Masson染色	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、行为学数据、电生理数据、组织学数据	野生型和Trem2敲除小鼠在脊髓损伤前后的样本
5475	2025-05-06	Exome and Transcriptome Analysis Links Calcium Channel Pathway Aberrations to Botox Resistance in Hailey-Hailey Disease 2025-May-03, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf112 PMID:40317184	research paper	该研究通过多组学方法探讨了钙通道通路异常与Hailey-Hailey病患者对Botox治疗反应差异的关联	首次发现ORAI1/SOCE通路上调可能与Botox治疗抵抗相关，并可作为预测患者治疗反应的生物标志物	样本量较小（仅12例患者），需要更大规模研究验证发现	阐明Hailey-Hailey病患者对Botox治疗反应差异的潜在机制	Hailey-Hailey病患者	生物医学研究	Hailey-Hailey病	全外显子测序(WES)、RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化(IHC)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	12例Hailey-Hailey病患者
5476	2025-05-06	Heterogeneous Responses to High-Dose Testosterone in Castration-Resistant Prostate Cancer Tumors with Mixed Rb-Proficient and Rb-Deficient Cells 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0716 PMID:40116305	研究论文	研究高剂量睾酮对混合Rb功能正常和缺失的去势抵抗性前列腺癌肿瘤的异质性反应	揭示了Rb家族蛋白在高剂量睾酮治疗反应中的作用，并提出通过抑制缺氧诱导因子-1α来恢复Rb缺失细胞对治疗的敏感性	研究基于患者来源的异种移植模型和细胞系，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	探索高剂量睾酮治疗去势抵抗性前列腺癌的分子机制及提高治疗效果的新策略	去势抵抗性前列腺癌肿瘤细胞	肿瘤学	前列腺癌	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	包含Rb功能正常和缺失细胞群的CRPC患者来源的异种移植模型
5477	2025-05-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals gut microbiota-immunotherapy synergy through modulating tumor microenvironment 2025-May-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02226-7 PMID:40312419	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肠道微生物群与免疫疗法通过调节肿瘤微环境产生的协同作用	在单细胞分辨率下揭示了肠道微生物群与免疫检查点抑制剂（ICI）协同作用的机制，提出了γδ T细胞-APC-CD8 T细胞轴的概念	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肠道微生物群如何调节免疫检查点抑制剂的疗效	小鼠模型中的肿瘤微环境（TME）和免疫细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
5478	2025-05-06	Targeting HMGB2 acts as dual immunomodulator by bolstering CD8+ T cell function and inhibiting tumor growth in hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads8597 PMID:40315321	研究论文	本文探讨了HMGB2在肝细胞癌中对CD8+ T细胞功能和肿瘤生长的双重调节作用	发现HMGB2作为免疫耗竭相关分子，通过单细胞RNA测序揭示了其在CD8 T细胞和肿瘤细胞中的新机制	研究未涉及HMGB2抑制剂在其他癌症类型中的适用性	探索HMGB2在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌中的CD8+ T细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5479	2025-05-06	Single-cell profiling unveils a geroprotective role of Procyanidin C1 in hematopoietic immune system via senolytic and senomorphic effects 2025-May-02, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00222-3 PMID:40316527	研究论文	研究发现原花青素C1（PCC1）通过其抗衰老和模拟衰老的特性，对造血免疫系统具有保护作用，能够改善衰老相关的变化	揭示了PCC1通过抑制衰老相关标志物和恢复正常免疫过程，对造血免疫系统具有广泛的抗衰老保护作用，特别是在B细胞和造血干细胞中	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究PCC1对造血免疫系统衰老的影响及其潜在的治疗作用	小鼠的骨髓和脾脏组织	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、机器学习、基因集富集分析	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓和脾脏组织的单细胞数据
5480	2025-05-06	Identification of leukemia-enriched signature through the development of a comprehensive pediatric single-cell atlas 2025-May-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59362-5 PMID:40316535	研究论文	该研究通过开发一个全面的儿科单细胞图谱，识别了白血病富集的基因特征	构建了包含超过54万个细胞的儿科白血病单细胞图谱，并识别出9个白血病富集的基因特征	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有白血病亚型的分子特征	识别儿科白血病中的特异性基因特征并构建单细胞图谱	儿科急性白血病（髓系、淋巴系、混合表型）和健康骨髓样本	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA-seq数据	159个儿科白血病和健康骨髓样本，超过54万个细胞