单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5461	2025-03-04	IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach 2025-Feb-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01989-3 PMID:40019680	研究论文	本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别	通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别	结直肠癌（CRC）	生物信息学	结直肠癌	甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析	K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF）	基因表达数据、甲基化数据	使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明
5462	2025-03-04	Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential 2025-Feb-28, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009 PMID:40023663	review	本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用	利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响	NA	探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制	皮肤黑色素瘤	digital pathology	melanoma	单细胞测序, 空间多组学技术	NA	单细胞数据, 多组学数据	NA
5463	2025-03-04	Dual function of MrgprB2 receptor-dependent neural immune axis in chronic pain 2025-Feb-28, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.037 PMID:40024332	研究论文	本文研究了MrgprB2受体依赖的神经免疫轴在化疗药物诱导的神经性疼痛（CINP）中的双向调节作用	揭示了MrgprB2/Tryptase/PAR2轴在CINP疼痛发展和缓解中的双向作用，强调了MrgprB2作为早期干预CINP的关键靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨MrgprB2介导的神经免疫相互作用在CINP中的双向调节作用	野生型小鼠、MrgprD敲除小鼠、肥大细胞缺陷小鼠、MrgprB2敲除小鼠和MrgprB2-Cre tdTomato小鼠	神经免疫学	神经性疼痛	钙成像、细胞因子抗体阵列、单细胞测序数据库挖掘、免疫荧光、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）	NA	实验数据	多种基因修饰小鼠模型
5464	2025-03-04	SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data 2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637514 PMID:39990434	研究论文	本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析	创新点在于使用96个合成条形码序列，通过成像空间转录组学（seqFISH）进行检测，每个细胞被标记为条形码的组合，从而在复杂组织环境中区分克隆动态和环境驱动的转录调控	NA	研究目的是开发一种能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析的方法	研究对象是黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆身份和空间基因表达	空间转录组学	黑色素瘤	seqFISH	NA	空间转录组数据	NA
5465	2025-03-04	Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637503 PMID:39990419	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，深入探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中不同预后群体的细胞和分子异质性	首次利用空间转录组学技术，详细描绘了TNBC中不同预后群体的细胞和分子基础，揭示了上皮细胞及其微环境在转录水平上的显著差异	样本量相对较小，仅包括32名女性患者，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性	探讨TNBC中不同预后群体的细胞和分子异质性，以揭示预后差异的分子驱动因素	32名未经治疗的三阴性乳腺癌女性患者，分为良好预后组（GPx）和不良预后组（PPx）	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学，GeoMX® Digital Spatial Profiler，卷积神经网络（CNN）	卷积神经网络（CNN）	空间转录组数据	32名女性患者（17名良好预后，15名不良预后）
5466	2025-03-04	Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627868 PMID:39990483	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了X射线辐射对果蝇翅膀原基的影响，揭示了细胞周期状态和细胞位置相关的异质性	首次在果蝇翅膀原基中应用单细胞RNA测序技术，揭示了X射线辐射后细胞间的异质性，并引入了赫芬达尔-赫希曼指数来量化基因表达的异质性	研究仅限于果蝇翅膀原基，未涉及其他组织或生物体	研究X射线辐射对果蝇翅膀原基细胞的影响，特别是细胞异质性	果蝇翅膀原基细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及果蝇翅膀原基的多个细胞
5467	2025-03-04	Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637505 PMID:39990460	研究论文	本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法	通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学	研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域	研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用	大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束	蛋白质组学	神经疾病	免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）	NA	蛋白质组数据	多个大脑区域和神经组织的单细胞样本
5468	2025-03-04	A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.04.636499 PMID:39974925	研究论文	本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果	首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势	研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性	评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影	单细胞RNA测序数据	多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集
5469	2025-03-04	Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.04.636355 PMID:39975076	研究论文	本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制	Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率	NA	开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能	肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体	空间组学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
5470	2025-03-04	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征	scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性	未明确提及具体局限性	开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	高分辨率空间组学数据	空间组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	空间组学数据	19,950个基因和181,367个点
5471	2025-03-04	The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03938-5 PMID:39891785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制	首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用	样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性	研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点	15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM）	NA	RNA测序数据、图像数据	15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜
5472	2025-03-04	Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628715 PMID:39975293	研究论文	本文提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和联合图学习进行基因调控链接预测	结合大规模预训练模型和图学习方法，提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet，并在多个基准数据集上实现了最先进的性能	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据通常实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据（如ChIP-seq）	机器学习	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据	七个scRNA-seq基准数据集
5473	2025-03-04	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634747 PMID:39974899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞，这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能，并与囊性纤维化疾病相关	首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞（CHE）亚群联系起来，并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用	人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞	生物医学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠肠道样本
5474	2025-03-04	SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634756 PMID:39975319	研究论文	本文提出了一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来预测空间转录组学（ST）数据中未测量的基因表达，从而提高基因覆盖率和表达	SpaIM通过将scRNA-seq和ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格，克服了数据稀疏性和基因覆盖率有限的问题，显著优于现有的12种方法	NA	利用scRNA-seq数据丰富空间转录组学（ST）数据，解决基因信号稀疏和基因检测能力有限的问题	空间转录组学（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风格迁移学习模型	基因表达数据	53个不同的ST数据集，涵盖多种组织类型
5475	2025-03-04	Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity 2025-Jan-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1 PMID:39975899	研究论文	本研究通过质谱成像和稳定同位素标记技术，追踪了阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程	利用稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，并结合空间转录组学，揭示了斑块年龄与基因表达变化的关系	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	阐明阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程	淀粉样斑块	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	10至18个月大的小鼠
5476	2025-03-03	Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107396 PMID:39874886	研究论文	本研究通过多组学分析探索了瘢痕疙瘩的分子机制，识别了关键基因和免疫细胞的作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，揭示了DUSP1和HOXA5在瘢痕疙瘩中的关键作用，并提出了IL17信号通路作为潜在治疗靶点	研究主要基于基因表达和免疫细胞分析，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明	识别瘢痕疙瘩的致病机制、关键基因和免疫细胞的作用，为靶向治疗提供新见解	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	皮肤疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	NA
5477	2025-03-03	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2025-Mar, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14	研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段	探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,700个细胞
5478	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
5479	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本
5480	2025-03-02	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性，包括克隆进化、遗传不稳定性、肿瘤微环境的作用以及治疗抵抗的机制	强调了单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）在理解MM异质性和耐药机制中的关键作用	尽管技术先进，MM仍是一种无法治愈的疾病，临床应用面临高成本、数据复杂性和标准化生物信息学需求的挑战	旨在通过深入研究MM的进展机制，提高个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA