本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5441 | 2025-10-06 |
Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data
2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012029
PMID:40744664
|
研究论文 | 开发了一种集成系统,用于从单细胞测序数据中筛选肿瘤特异性TCR、表位和HLA亚型 | 开发了快速TCR组装方法,可在2天内构建TCR文库,并建立了HLA敲除的抗原呈递系统和Jurkat NFAT-GFP报告细胞系 | 仅通过小规模筛选验证了HPV16特异性TCR,需要更大规模的验证 | 开发高效可扩展的方法识别肿瘤特异性TCR以推进TCR-T免疫治疗 | 宫颈癌患者的HPV16特异性T细胞 | 免疫治疗 | 宫颈癌 | 单细胞测序,TCR组装,抗原呈递系统,报告细胞系筛选 | NA | 单细胞测序数据 | HPV16阳性宫颈癌患者数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5442 | 2025-10-06 |
Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis
2025-Jul-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13187-w
PMID:40744980
|
研究论文 | 通过整合网络药理学和多组学方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | 首次整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学,系统阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | NA | 阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制 | 脓毒症患者和动物模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 网络药理学, 机器学习, 免疫学分析, 分子模拟, 单细胞转录组学 | 生存模型, 分子对接模型, 分子动力学模拟 | 转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5443 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus
2025-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01453-3
PMID:40745572
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用 | 首次构建男性生殖器硬化性苔藓的细胞图谱,发现成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路分别与T细胞和角质形成细胞的相互作用机制 | NA | 阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和关键生物标志物 | 男性生殖器硬化性苔藓组织样本 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 多组学分析,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因组关联数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5444 | 2025-08-04 |
Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment
2025-Jul-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02188-3
PMID:40745616
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5445 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression, COMT , COMT
2025-Jul-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10624-8
PMID:40721434
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三个不同的成纤维细胞亚群,并发现COMT基因在肿瘤来源成纤维细胞中的关键作用 | 需要进一步研究验证结果并探索COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用 | 探索前列腺癌中成纤维细胞的分子景观并评估COMT表达的预后意义 | 前列腺癌样本中的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | Cox回归风险评分模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5446 | 2025-10-06 |
Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis
2025-Jul-26, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041
PMID:40721022
|
研究论文 | 本研究揭示了负压伤口治疗通过GNAS/CREB1/HSP90轴促进eNOS Ser1177磷酸化从而加速伤口血管生成的机制 | 首次阐明了负压机械信号通过GNAS/CREB1/HSP90信号轴调控eNOS磷酸化促进血管生成的分子机制 | 研究主要基于体外机械拉伸模型和大鼠动物模型,临床验证尚需进一步研究 | 探究负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制 | 血管内皮细胞和大鼠背部伤口模型 | 分子生物学 | 慢性伤口 | 单细胞测序,Ch-IP,Co-IP,分子对接,分子生物学技术 | 机械拉伸模型,动物伤口模型 | 蛋白质表达数据,测序数据 | 大鼠背部伤口模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5447 | 2025-10-06 |
DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336
PMID:40729372
|
研究论文 | 开发了一种基于有向网络流熵的方法,用于检测生物过程中的临界状态和驱动网络 | 提出了有向网络流熵方法,能够将组学数据转换为有向网络,相比传统无向网络方法具有更好的鲁棒性和有效性 | NA | 识别生物过程中的临界状态和驱动网络,预测活跃转录因子和暗基因 | 基因调控网络、转录因子、暗基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、批量测序 | 有向网络流熵算法 | 组学数据、单细胞数据、批量数据 | 六个真实数据集(三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集、一个血液数据集) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5448 | 2025-10-06 |
Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society
DOI:10.18787/jr.2025.00025
PMID:40744699
|
研究论文 | 本研究通过流式细胞术分析嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 首次发现鼻腔CD69+ CD103- CD4+ TRM细胞高频率表达Th2细胞标志物,并与疾病严重程度相关 | 样本来源仅限于手术患者,未涉及疾病早期阶段或不同亚型的比较分析 | 阐明嗜酸性慢性鼻窦炎中组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔息肉组织和外周血样本 | 免疫学 | 慢性鼻窦炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据 | 接受内窥镜鼻窦手术的ECRS患者鼻腔组织和/或外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5449 | 2025-10-06 |
Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00270.2024
PMID:39868576
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T淋巴细胞的转录组差异 | 首次在单细胞水平揭示肥胖哮喘儿童独特的CD4+ T细胞转录特征,发现IL-7R、IL-32、PARP-1等新通路 | 样本量较小(8名参与者),需要进一步验证 | 表征肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的单细胞CD4+转录谱差异 | 肥胖和正常体重哮喘儿童的CD4+ T淋巴细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名哮喘儿童(4名肥胖,4名正常体重) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5450 | 2025-10-06 |
Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1648294
PMID:40746726
|
研究论文 | 通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析揭示清毒增液汤治疗鼻咽癌的分子机制 | 首次结合网络药理学、分子对接和单细胞RNA测序技术系统阐明清毒增液汤在鼻咽癌治疗中的多靶点调控机制 | 未明确说明样本量大小,机制研究主要基于体外实验 | 阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制 | 鼻咽癌肿瘤细胞和肿瘤微环境 | 计算生物学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接,蛋白质印迹,功能实验 | NA | 转录组数据,蛋白质相互作用数据,分子对接数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5451 | 2025-10-06 |
Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1617737
PMID:40746860
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光分析发现epiplakin在银屑病皮损中特异性下调,并证实IFN-γ是其下调的主要调控因子 | 首次发现epiplakin是plakin家族中唯一在银屑病皮损中特异性下调的成员,并揭示IFN-γ依赖的调控机制 | 研究主要基于外植体皮肤培养和小鼠模型,需要进一步在人体内验证 | 探究epiplakin在炎症性皮肤病银屑病中的表达调控机制 | 人类银屑病皮肤样本、健康皮肤样本、小鼠表皮 | 皮肤病学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 细胞因子处理 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 银屑病和健康皮肤样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5452 | 2025-10-06 |
Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1592779
PMID:40747103
|
研究论文 | 本研究构建了基于脂质代谢的前列腺癌风险模型,并探讨了SUCLG2在肿瘤进展和治疗抵抗中的关键作用 | 首次从脂质代谢角度构建16基因风险预后模型,并发现SUCLG2在管腔和基底/中间细胞亚群中的特异性富集 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于细胞系和部分临床样本 | 开发前列腺癌有效诊断和治疗策略,探索SUCLG2作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 前列腺癌患者样本(497例TCGA数据)和前列腺癌上皮细胞系22Rv1 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 高通量RNA测序、单细胞RNA测序、实时定量PCR、免疫荧光 | Cox比例风险回归、LASSO回归、基因集富集分析 | RNA测序数据、单细胞测序数据、临床样本数据 | 497例前列腺癌样本和22Rv1细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5453 | 2025-10-06 |
Transcriptome combined single-cell sequencing explores molecular mechanisms of ANGPTL4 in sepsis-induced acute lung injury
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0328551
PMID:40743234
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析结合单细胞测序探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制 | 首次系统分析ANGPTL4在急性肺损伤进展中的时空表达模式和功能网络,并预测其与药物的相互作用 | ANGPTL4与Q9BY76-槲皮素的相互作用需要进一步研究验证 | 探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制 | 急性肺损伤患者和小鼠模型 | 单细胞测序 | 急性肺损伤 | 转录组分析, 单细胞测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的急性肺损伤患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5454 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell regulatory atlas and multi-omics data for differential treatment response and multimodal predictive modeling in CDK 4/6 inhibitor-treated breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1585574
PMID:40746611
|
研究论文 | 整合单细胞调控图谱和多组学数据,开发CDK4/6抑制剂治疗乳腺癌的差异治疗反应预测模型 | 首次构建肿瘤预后调控子指数(TPRI)作为CDK4/6抑制剂反应预测的新型生物标志物,并通过多组学整合和实验验证 | 甲基化数据整合的样本量有限 | 解码CDK4/6抑制剂耐药机制并开发预测性生物标志物 | HR+/HER2-乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 多组学分析, qPCR, SCENIC, 逻辑回归 | 逻辑回归, 多模态预测模型 | 基因表达数据, 转录组数据, miRNA数据 | 单细胞数据14个样本, 批量多组学数据1149个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量多组学 | NA | NA |
| 5455 | 2025-10-06 |
"Molecular pigeon" network of lncRNA and miRNA: decoding metabolic reprogramming in patients with lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1578927
PMID:40746614
|
综述 | 本文综述了lncRNA和miRNA在肺癌患者代谢重编程中的关键作用及其分子调控网络 | 提出'分子信鸽'网络概念,系统阐述lncRNA-miRNA网络通过竞争性内源RNA机制调控肺癌代谢重编程的新机制 | NA | 解析lncRNA和miRNA在肺癌代谢重编程中的调控网络,为肺癌靶向治疗提供新见解 | 肺癌患者中的长链非编码RNA和微小RNA | 分子生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5456 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice
2025-Sep, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70035
PMID:40415727
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示HDAC抑制剂通过调节小胶质细胞动态发挥抗缺血性脑卒中保护作用 | 首次结合空间转录组学和3D形态重建技术,阐明HDAC抑制剂对小胶质细胞表型和空间分布的调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究HDAC抑制剂调控小胶质细胞在缺血性脑卒中中的保护机制 | 小鼠缺血性脑卒中模型中的小胶质细胞 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间转录组学,3D形态重建 | NA | 空间转录组数据,形态学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5457 | 2025-10-06 |
Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion
2025-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383
PMID:40614878
|
综述 | 本文综述了胶质母细胞瘤中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响 | 聚焦于灌注作为胶质母细胞瘤空间异质性的关键决定因素,系统阐述了其对肿瘤微环境和治疗抵抗的影响机制 | 作为综述文章,主要基于现有文献分析,缺乏原始实验数据验证 | 探讨灌注驱动的差异如何影响胶质母细胞瘤的瘤内异质性,特别关注免疫调节和治疗抵抗方面 | 胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境,包括癌细胞、免疫细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5458 | 2025-10-06 |
Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis
2025-Aug, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007
PMID:40280274
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析和机器学习框架开发了基于鼻液和血清蛋白质表达的无创诊断模型,用于2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的诊断 | 首次结合蛋白质组学与机器学习方法,基于鼻液和血清样本开发了2型鼻息肉的无创诊断模型,并识别出关键生物标志物 | 样本量相对有限(82例患者),需要更大规模的研究验证模型的普适性 | 系统评估鼻液和血清中蛋白质表达对2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的预测价值 | 82例慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 邻近延伸分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量聚合酶链反应 | 机器学习(LASSO回归) | 蛋白质表达数据、RNA测序数据 | 82例患者 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | NA |
| 5459 | 2025-10-06 |
CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β
2025-Aug, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01299-2
PMID:40461701
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制 | 首次发现单核细胞通过细胞间接触和膜结合TGF-β依赖的方式促进记忆CD8 T细胞分化,揭示了CD8 T细胞命运决定的空间机制 | 研究主要聚焦于急性感染模型中的脾脏环境,其他组织或慢性感染中的机制尚不明确 | 探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间决定因素 | CD8 T细胞、单核细胞、树突状细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5460 | 2025-10-06 |
From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis
2025-Aug, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755
PMID:40582138
|
综述 | 本文综述了固氮植物根瘤器官发生的分子调控机制及其与侧根发育的进化关系 | 通过比较根瘤与侧根发育的调控网络,揭示器官特异性进化的分子基础,并整合单细胞转录组等新兴技术 | 主要聚焦于豆科植物蝶形花亚科,可能不适用于其他固氮植物类群 | 探索固氮共生中根瘤器官发生的调控机制及其进化起源 | 固氮植物根瘤器官发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学 | NA | 基因表达数据、成像数据、进化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |