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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5381 | 2025-10-05 |
A Brief Introduction to Genomics and Single-cell Analysis for Psychiatric Disorders
2025, Juntendo medical journal
DOI:10.14789/ejmj.JMJ25-0003-R
PMID:40969821
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综述 | 本文综述了基因组学和单细胞分析在精神疾病研究中的最新进展,特别关注双相情感障碍 | 整合临床基因组数据与细胞类型特异性表达谱,结合类器官或神经元模型的药物筛选 | 直接获取活体人脑组织存在重大限制,主要依赖死后脑组织研究 | 深入理解精神疾病的病理机制,开发创新诊断和治疗策略 | 精神疾病(特别是双相情感障碍和精神分裂症)的病理机制研究 | 基因组学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序,诱导多能干细胞技术 | NA | 基因组数据,基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5382 | 2025-10-05 |
Unlocking hematopoietic stem cell potential: integrative computational approaches for genomic and transcriptomic analysis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1589823
PMID:40970097
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综述 | 本文综述了计算生物学方法在造血干细胞基因组和转录组分析中的应用 | 整合单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、网络推断算法和机器学习等多种计算工具解析造血干细胞异质性 | NA | 解析造血干细胞生物学特性并改善血液疾病治疗 | 造血干细胞 | 计算生物学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 网络推断算法, 机器学习 | 机器学习模型 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 5383 | 2025-10-05 |
CD44 as a novel therapeutic target in pulmonary arterial hypertension: Insights from multi-omics integration and molecular docking
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0332817
PMID:40971695
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研究论文 | 本研究通过多组学整合和分子对接分析,探讨CD44在肺动脉高压炎症过程中的作用及治疗潜力 | 首次发现CD44在肺动脉平滑肌细胞中高表达并参与血管炎症和重塑,通过分子对接揭示孕酮与CD44的潜在相互作用 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证CD44与孕酮相互作用的生物学功能 | 探索CD44在肺动脉高压发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 特发性肺动脉高压患者和肺动脉细胞 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | 特发性肺动脉高压患者的RNA-seq数据和肺动脉细胞的单细胞RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5384 | 2025-10-05 |
Exploratory trajectory inference reveals convergent lineages for CD8 T cells in chronic LCMV infection
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0332406
PMID:40971956
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研究论文 | 提出探索性轨迹推断方法,用于解析单细胞RNA测序数据中的复杂分化轨迹拓扑结构 | 开发了探索性轨迹推断方法,能够识别收敛性分化轨迹,解决了传统方法难以解析复杂分化拓扑的难题 | 方法主要针对单细胞RNA测序数据,在其他数据类型上的适用性需要进一步验证 | 开发新的轨迹推断方法以解析细胞分化过程中的复杂拓扑结构 | 慢性LCMV感染过程中的CD8 T细胞 | 单细胞基因组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,RNA速度分析,过继转移实验 | 探索性轨迹推断,基于模拟的轨迹推断 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5385 | 2025-10-05 |
RNA velocity and beyond: Current advances in modeling single-cell transcriptional dynamics
2025-Sep-18, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.08.005
PMID:40973591
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综述 | 本文综述了RNA Velocity及其扩展方法在单细胞转录动力学建模中的最新进展 | 系统梳理了RNA Velocity从基础原理到第二代计算工具的发展历程,并重点介绍了在过敏和免疫学研究中的创新应用 | 讨论了RNA Velocity分析当前面临的挑战和剩余限制 | 探索单细胞转录动力学的建模方法及其在生物学研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞分化、重编程和疾病进展等动态过程中的应用 | 生物信息学 | 过敏性和免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | Velocyto, scVelo, dynamo, CellRank, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 5386 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma
2025-Sep-17, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-025-02937-9
PMID:40960500
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析发现复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断治疗缺乏响应 | 首次使用空间转录组学技术分析PD-1阻断后胶质母细胞瘤中肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的转录组变化 | 样本量相对较小(26例患者),仅检测了空间转录组水平的变化 | 研究PD-1阻断治疗在复发性胶质母细胞瘤中对肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的影响 | 26例匹配的原发性和复发性IDH野生型胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学,Digital Spatial Profiling | NA | 空间转录组数据 | 26例患者(16例接受纳武利尤单抗治疗) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | Digital Spatial Profiling平台,使用FFPE肿瘤样本,针对SOX2⁺肿瘤细胞和IBA1⁺肿瘤相关巨噬细胞区域进行分析 |
| 5387 | 2025-10-05 |
Automating classification of treatment responses to combined targeted therapy and immunotherapy in HCC
2025-Sep-17, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaf031
PMID:40974077
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研究论文 | 开发多模态CNN-Transformer模型预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的疗效反应 | 首次构建融合影像和临床特征的多模态深度学习模型,并采用两阶段3D U-Net自动分割系统减少人工干预偏差 | 样本量有限(训练队列181例,验证队列30例),且主要针对无法手术的晚期HCC患者 | 预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的治疗反应 | 晚期肝细胞癌患者 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | 单细胞测序,磁共振成像 | CNN-Transformer,3D U-Net | 影像,临床数据 | 训练队列181例,验证队列30例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5388 | 2025-10-05 |
Effects of Oligolysine-Polyethylene Glycol Coating on the Biodistribution of Wireframe DNA Origami Nanosheets in Zebrafish Embryos
2025-Sep-16, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c05801
PMID:40900000
|
研究论文 | 本研究通过斑马鱼胚胎模型分析寡聚赖氨酸-聚乙二醇涂层对线框DNA折纸纳米片生物分布的影响 | 首次结合长期高分辨率活体成像和单细胞RNA测序,在斑马鱼胚胎中研究DNA折纸纳米结构的生物分布和清除机制 | 研究仅限于斑马鱼胚胎模型,结果向其他生物系统的推广性有待验证 | 探究K-PEG涂层对DNA折纸纳米结构在生物体内分布和清除的影响 | 斑马鱼胚胎 | 纳米生物技术 | NA | 单细胞RNA测序,活体成像 | NA | 图像,基因表达数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5389 | 2025-10-05 |
Endothelial plasticity in atrial fibrosis by integrating single-cell sequencing and genetic lineage tracing
2025-Sep-15, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf372
PMID:40626706
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和遗传谱系追踪技术,揭示了内皮细胞通过TGF-β1调控心房纤维化的新机制 | 首次发现间充质活化内皮细胞(EndoMA)通过分泌TGF-β1促进成纤维细胞功能,而非通过完全的内皮-成纤维细胞转分化 | 未观察到完全的内皮-成纤维细胞转分化过程,机制研究仍需深入 | 阐明内皮细胞在心房纤维化中的具体作用机制 | 人心房组织、Cdh5-CreERT2;RFP基因工程小鼠、人原代心房内皮细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪, 免疫荧光, 高内涵筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 窦性心律和房颤患者的心房组织,基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5390 | 2025-10-05 |
OPIOID-EXPRESSING B CELLS SILENCE TUMOR-INFILTRATING NOCICEPTOR NEURONS
2025-Sep-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7389517/v1
PMID:40951290
|
研究论文 | 本研究揭示了阿片类药物通过调节B细胞产生的痛敏肽/孤啡肽(N/OFQ)来影响肿瘤浸润伤害感受神经元活性的新机制 | 首次发现B细胞是N/OFQ的主要来源,并阐明了N/OFQ-OPRL1和CGRP-RAMP1信号通路在调节肿瘤疼痛和抗肿瘤免疫中的相互作用 | 研究主要基于头颈鳞癌和黑色素瘤模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 探索癌症疼痛与抗肿瘤免疫之间的分子机制 | 头颈鳞状细胞癌患者、黑色素瘤患者、口腔鳞癌小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 头颈癌, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 动物模型, 细胞共培养 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 临床数据, 行为学数据 | 头颈癌患者回顾性分析, 多种小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5391 | 2025-10-05 |
Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology
2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-03995-2
PMID:40080155
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研究论文 | 本研究通过实验验证的网络药理学方法探讨了旋覆花素对结直肠癌的作用机制 | 首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术系统研究旋覆花素的抗结直肠癌机制,并发现其对巨噬细胞极化的调控作用 | 研究机制尚未完全阐明,需要进一步验证具体分子靶点 | 探索旋覆花素治疗结直肠癌的作用机制 | 结直肠癌细胞和肿瘤微环境 | 网络药理学 | 结直肠癌 | 网络药理学,单细胞RNA测序,CIBERSORT分析,体外实验,体内实验 | NA | 基因表达数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5392 | 2025-10-05 |
Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics
2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04057-3
PMID:40119898
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综述 | 本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用与进展 | 整合空间转录组学与蛋白质组学、成像质谱流式技术,结合AI进行空间分析,推动精准医疗和生物标志物发现 | 需要进一步发展ST技术、计算工具和多中心合作才能将空间转录组学整合到临床常规实践中 | 探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用价值 | 三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学 | AI-based spatial analysis | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5393 | 2025-10-05 |
Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research
2025-Sep, Clinical and experimental nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1007/s10157-025-02679-8
PMID:40281349
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综述 | 概述单细胞分析技术,重点关注新兴表观基因组学和多组学方法及其在肾脏研究中的应用 | 整合表观基因组与转录组的单细胞多组学分析,揭示驱动细胞异质性的基因调控机制 | NA | 促进肾脏疾病新型生物标志物和治疗靶点的发现及临床转化 | 健康与疾病状态下的肾脏细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序技术 | NA | 表观基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞表观基因组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5394 | 2025-10-05 |
High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma
2025-Sep, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16633
PMID:40566935
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研究论文 | 本研究通过高维流式细胞术分析美泊利单抗和度普利尤单抗治疗对重症哮喘患者2型淋巴细胞的影响 | 首次系统揭示美泊利单抗通过改变2型淋巴细胞的组织归巢受体表达和细胞因子产生能力来减轻气道炎症的新机制 | 样本量较小(特别是度普利尤单抗组仅7例),单细胞RNA测序样本量有限(n=3) | 探究2型生物制剂对重症哮喘患者循环淋巴细胞的影响机制 | 40例重症哮喘患者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 高参数流式细胞术, 单细胞RNA测序, 细胞刺激实验 | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 40例患者(美泊利单抗33例,度普利尤单抗7例),治疗前及治疗后4、12个月采样 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5395 | 2025-10-05 |
Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis
2025-Sep, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16652
PMID:40689541
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现ELF中cystatin SN可作为预测2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物 | 首次发现cystatin SN在2型慢性鼻窦炎上皮细胞中特异性表达,并验证其在ELF中的诊断价值 | 样本来源和规模可能限制结果的普适性,需要更大规模研究验证 | 识别2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物以实现个体化治疗 | 慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和上皮衬液样本 | 生物医学研究 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序, Luminex多重分析, 酶联免疫吸附试验, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质浓度数据, 临床评分数据 | 慢性鼻窦炎患者和对照个体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5396 | 2025-10-05 |
Dopaminergic short axon cells integrate sensory and top-down inputs to enhance discriminative learning in the mouse olfactory bulb
2025-Sep, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003375
PMID:40956809
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研究论文 | 本研究揭示了多巴胺能短轴细胞在小鼠嗅球中整合感觉和自上而下输入以增强辨别学习的神经机制 | 发现SACs通过突触和结构可塑性实现基于气味效价的感觉输入调节,并确定胆碱能输入作为效价依赖信号调节SAC活动 | 研究局限于小鼠嗅球系统,机制在其他感觉系统中的普适性仍需验证 | 探索辨别学习中增强感觉表征的神经机制 | 小鼠嗅球中的多巴胺能短轴细胞(SACs) | 神经科学 | NA | 光学成像、空间转录组学、电子显微镜 | NA | 图像、转录组数据、显微结构数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5397 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing analysis reveals the promotion of ELR CXCL genes on angiogenesis and the influence on malignant progression in glioblastoma
2025-Sep-01, Journal of clinical biochemistry and nutrition
IF:2.0Q3
DOI:10.3164/jcbn.25-26
PMID:40963732
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示ELR CXCL基因在胶质母细胞瘤中促进血管生成并影响恶性进展的作用机制 | 首次在胶质母细胞瘤中鉴定出癌症相关骨髓源性巨噬细胞亚群,并发现其特异性高表达ELR CXCL基因(特别是CXCL3)通过促进血管生成驱动肿瘤恶性进展 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仍需进一步扩展;细胞亚群功能机制研究深度有限 | 探究胶质母细胞瘤微环境中髓系细胞亚群的异质性及其在肿瘤恶性进展中的作用 | 胶质母细胞瘤组织样本和细胞系 | 单细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 血管生成实验, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据, 实验数据 | 来自GEO数据库的胶质母细胞瘤单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5398 | 2025-10-05 |
Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis
2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418023122
PMID:40106360
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研究论文 | 本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3启动子高甲基化通过促进氧化还原失衡影响破骨细胞生成的新机制 | 首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响破骨细胞生成,而非通过RANK-TRAF6解离途径 | NA | 探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用机制 | 人股骨头组织、Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型 | 表观遗传学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5399 | 2025-10-05 |
Malignant epithelia cells-derived spermine induces APOE+ macrophages to suppress tumor immunity in adenocarcinoma of the esophagogastric junction
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1636699
PMID:40963562
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研究论文 | 本研究揭示了食管胃结合部腺癌中恶性上皮细胞通过精胺诱导APOE+巨噬细胞抑制肿瘤免疫的机制 | 首次发现AEG特异性恶性亚型通过谷氨酰胺-精氨酸-精胺代谢轴驱动肿瘤免疫抑制,阐明精胺-STAT3-APOE轴在代谢-免疫串扰中的作用 | 样本量相对有限(单细胞RNA测序11例,空间转录组4例),需要更大规模验证 | 探究食管胃结合部腺癌进展机制,特别是代谢重编程与免疫微环境的相互作用 | 食管胃结合部腺癌患者的肿瘤组织和配对癌旁正常组织 | 数字病理学 | 食管胃结合部腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 代谢组数据 | 单细胞RNA测序11例, 空间转录组4例, 代谢组分析26例 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5400 | 2025-10-05 |
Machine learning-based integration develops an immune-derived signature for diagnosing high-altitude pulmonary hypertension
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1603140
PMID:40963580
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一种基于免疫特征的诊断模型用于高原性肺动脉高压 | 首次采用单细胞RNA测序、批量RNA测序和蛋白质组学的多组学整合方法,结合机器学习算法筛选出六基因诊断特征 | 样本量相对有限,外部验证队列的AUC值(0.773)低于训练队列(0.995) | 开发高原性肺动脉高压的微创血液诊断方法 | 高原性肺动脉高压患者和对照组的血液样本 | 机器学习 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,蛋白质组学,定量PCR | 随机森林 | 基因表达数据,蛋白质数据 | 单细胞RNA测序10例,批量RNA测序126例,蛋白质组学42例,训练队列55例,验证队列71例 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |