单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10617 篇文献，本页显示第 5381 - 5400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5381 | 2025-10-06 |
A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data
2025-Feb-06, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018
PMID:39824189
|
研究论文 | 提出一种整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据的统计框架IBSEP，用于增强细胞类型特异性eQTL的优先排序 | 开发了首个整合bulk和单细胞RNA-seq数据的统一框架，通过分层线性模型结合两种数据类型的优势 | 样本量相对较小，存在技术限制 | 提高细胞类型特异性eQTL的识别精度，揭示复杂疾病的遗传基础 | 外周血单核细胞和大脑皮层数据集 | 生物信息学 | 复杂疾病 | RNA-seq | 分层线性模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5382 | 2025-10-06 |
Integrative analysis of polyamine metabolism-related genes in gliomas: implications for prognosis and therapy
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1517557
PMID:40761256
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研究论文 | 本研究通过整合分析多胺代谢相关基因构建了胶质瘤预后风险模型 | 首次基于多胺代谢相关基因构建胶质瘤预后风险模型并系统分析肿瘤免疫微环境特征 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 开发基于多胺代谢相关基因的胶质瘤预后预测模型和治疗策略 | 胶质瘤患者和肿瘤组织 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA测序，单细胞RNA测序，LASSO Cox回归，WGCNA | LASSO Cox回归模型，风险评分模型 | mRNA表达数据，临床数据 | 来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多个胶质瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5383 | 2025-10-06 |
Identification of novel molecular subtypes and construction of a prognostic signature via multi-omics analysis and machine learning in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1590216
PMID:40761262
|
研究论文 | 通过多组学分析和机器学习识别肺腺癌新分子亚型并构建预后特征 | 应用10种聚类算法识别新分子亚型，整合单细胞RNA测序数据表征亚型特异性免疫微环境，构建多组学机器学习预后特征并在多个独立数据集中验证 | NA | 识别肺腺癌新分子亚型并构建预后特征以改善患者分层 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, western blotting, 细胞增殖实验, 流式细胞术, transwell迁移实验 | 机器学习算法 | 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA肺腺癌数据集和6个独立GEO数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 5384 | 2025-10-06 |
ScaleSC: a superfast and scalable single-cell RNA-seq data analysis pipeline powered by GPU
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf167
PMID:40761324
|
研究论文 | 开发了一个基于GPU加速的超快速可扩展单细胞RNA-seq数据分析流程ScaleSC | 通过GPU计算实现超过20倍加速，能够处理1000多个批次的1000-2000万细胞数据集，解决了单张A100卡上的内存瓶颈，远超现有工具的处理能力 | NA | 解决大规模单细胞RNA-seq数据处理速度慢的问题 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1000-2000万细胞，超过1000个批次 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5385 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Integrated with Bulk-RNA Sequencing Analysis Reveals Prognostic Signatures Based on PANoptosis in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S533777
PMID:40761429
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习识别肝细胞癌中PANoptosis相关的预后特征和治疗靶点 | 首次将PANoptosis机制与肝细胞癌进展联系起来，发现YIF1B作为双重预后生物标志物和肿瘤驱动因子 | 需要进一步实验验证YIF1B的临床转化价值 | 研究肝细胞癌中PANoptosis相关机制，识别可操作的治疗靶点并优化患者特异性治疗结果 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学,机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,机器学习,生物信息学分析 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 5386 | 2025-10-06 |
Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.158
PMID:40761736
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研究论文 | 介绍了一个用于单细胞RNA测序数据探索性分析的R Bioconductor软件包Chevreul | 专注于全长度RNA测序数据分析，支持外显子覆盖度和转录本异构体推断，提供批处理校正功能，且为非编程研究人员设计 | NA | 开发用于单细胞RNA测序数据处理的软件工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5387 | 2025-10-06 |
Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352
PMID:40761786
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综述 | 通过单细胞测序技术解析NK细胞的异质性，探讨其在生理和肿瘤环境中的特征及临床应用前景 | 系统阐述单细胞测序技术在揭示NK细胞异质性方面的应用，分析肿瘤微环境中NK细胞的动态变化及治疗响应机制 | NA | 探讨NK细胞异质性机制及其在肿瘤免疫治疗中的临床应用价值 | 自然杀伤细胞（NK细胞） | 单细胞生物学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5388 | 2025-10-06 |
Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227
PMID:40761790
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，构建了软组织肉瘤中G蛋白偶联受体相关特征的诊断和预后预测模型 | 首次在单细胞和bulk RNA-seq水平结合12种机器学习算法及其127种组合，构建了GPR相关特征的诊断和预后预测模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具 | 软组织肉瘤患者 | 机器学习 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | Stepglm+Enet, 机器学习集成框架 | 基因表达数据 | 基于TCGA和GEO数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5389 | 2025-10-06 |
Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1592802
PMID:40761855
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组分析与机器学习方法，研究COPD患者的免疫特征和炎症机制 | 首次结合bulk和单细胞转录组数据，利用机器学习算法筛选COPD炎症相关特征基因，并发现肉桂醛可能靶向CXCL8蛋白发挥抗炎作用 | 研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证；样本来源有限 | 探讨炎症基因在COPD中的潜在作用和机制 | COPD患者和正常个体的气道上皮组织 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组测序，单细胞RNA-seq，分子对接，分子动力学模拟 | Lasso回归，随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5390 | 2025-10-06 |
Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis
2025-Sep-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001185
PMID:40501369
|
综述 | 本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理最新进展 | 整合了激素通路、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制和肿瘤微环境的最新研究，提出了具有治愈潜力的联合治疗策略 | NA | 总结LAM疾病在发病机制理解和治疗策略方面的最新进展 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者及疾病机制 | 医学研究 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 5391 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection
2025-Sep, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf152
PMID:40756631
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式 | 首次在单细胞水平上解析玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞类型特异性响应机制 | 初步研究，样本量有限，仅针对'Jumilia'品种 | 阐明玫瑰对灰霉病抗性的分子机制 | 玫瑰花瓣细胞 | 植物病理学 | 灰霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5392 | 2025-10-06 |
Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury
2025-Aug-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003698
PMID:40625295
|
综述 | 本文综述了细胞衰老在肾脏缺血再灌注损伤中的作用机制及靶向治疗策略 | 系统阐述细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的关键作用，并探讨新兴的衰老靶向治疗策略 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证相关机制 | 探讨细胞衰老在肾脏缺血再灌注损伤中的病理机制及治疗靶点 | 肾脏缺血再灌注损伤模型及相关的细胞衰老过程 | 病理生理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序、人工智能药物筛选 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5393 | 2025-10-06 |
Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing
2025-Aug-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003690
PMID:40625291
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析CD19 CAR-T治疗失败后继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境特征 | 首次报道CAR-T治疗后继发CMML这一新型继发肿瘤类型，并揭示其免疫微环境特征 | 仅基于单个病例研究，样本量有限 | 阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的免疫微环境特征及其发病机制 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者CAR-T治疗后继发的慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞测序分析 | 慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | Cell Ranger, CellChat | 单细胞RNA测序数据 | 1例患者（治疗前后骨髓样本） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 5394 | 2025-10-06 |
Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer
2025-Aug, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03434-9
PMID:40442475
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现巨噬细胞通过CHI3L1-HDAC3信号通路介导胰腺癌肌肉萎缩 | 首次通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是胰腺癌早期肌肉萎缩的关键介质，并揭示CHI3L1-HDAC3信号通路机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究肿瘤微环境中非癌细胞在癌症恶病质发生发展中的作用机制 | KPC转基因小鼠模型、PBMC细胞、小鼠源性同种移植肿瘤、C2C12成肌细胞 | 单细胞测序分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | KPC GEMM小鼠模型 | 单细胞基因表达数据 | PBMC 29,615个细胞，MDST 23,151个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5395 | 2025-10-06 |
Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70410
PMID:40741894
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综述 | 本文探讨肝细胞癌术后复发风险分层策略和生物标志物的最新进展 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、液体活检和人工智能驱动的组织学与影像组学分析等多组学方法 | 传统临床和病理学预测指标在准确识别高风险患者方面存在不足 | 开发肝细胞癌复发风险分层策略和生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、液体活检、AI驱动的组织学和影像组学分析 | 人工智能 | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、组织学图像、医学影像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 5396 | 2025-10-06 |
Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology
2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00565-3
PMID:40750599
|
观点论文 | 提出将动力系统理论作为单细胞生物学的组织原则，为理解单细胞基因表达数据提供理论框架 | 首次将动力系统理论系统性地应用于单细胞生物学领域，为单细胞数据提供可解释、因果性和定量化的分析视角 | NA | 建立单细胞生物学领域的统一理论框架 | 单细胞基因表达数据 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | 动力系统理论 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5397 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues
2025-Aug-01, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00385-5
PMID:40750693
|
研究论文 | 利用单细胞空间转录组技术构建吸烟引起的人类牙龈组织变化的空间图谱 | 首次在单细胞分辨率下揭示吸烟通过破坏上皮屏障完整性、改变成纤维细胞功能及调控内皮细胞-巨噬细胞相互作用加剧牙周炎的机制 | 样本量相对有限（12名个体），需要更大规模研究验证发现 | 探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制 | 人类牙龈组织 | 空间转录组学 | 牙周炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 12名个体（包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD单细胞空间转录组 |
| 5398 | 2025-10-06 |
Aberrant pace of cortical neuron development in brain organoids from patients with 22q11.2 deletion syndrome-associated schizophrenia
2025-Aug-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62187-x
PMID:40750773
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研究论文 | 本研究通过22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者的脑类器官，揭示了皮质神经元发育异常的细胞类型特异性机制 | 首次在22q11.2DS患者来源的脑类器官中发现皮质神经元成熟延迟的细胞特异性发育异常，并揭示DGCR8单倍体不足通过调控成熟速度基因导致这一表型 | 研究基于体外脑类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性 | 探究22q11.2缺失如何改变早期人类大脑发育过程 | 22q11.2缺失综合征伴精神分裂症患者来源的脑皮质类器官 | 神经发育生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序, microRNA分析, 蛋白质相互作用网络分析, 钙成像 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据, microRNA表达数据, 蛋白质相互作用数据, 功能实验数据 | 22q11.2DS患者来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5399 | 2025-10-06 |
Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures
2025-Jul-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08568-w
PMID:40745217
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研究论文 | 本研究通过共培养系统揭示了抗原特异性T细胞的导航策略和癌细胞免疫逃逸机制 | 首次系统研究了共培养后T细胞运动行为的演变，揭示了T细胞方向持久性增强和与癌细胞形成持久相互作用的新机制 | 研究基于2.5D共培养系统，可能与体内真实微环境存在差异 | 阐明T细胞在肿瘤微环境中的导航策略和癌细胞免疫逃逸机制 | 抗原特异性T细胞和癌细胞 | 癌症免疫学 | 癌症 | 定量细胞轨迹分析,计算建模,RNA测序 | 计算模型 | 细胞轨迹数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 5400 | 2025-10-06 |
Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.28.667181
PMID:40766403
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研究论文 | 通过单细胞技术绘制健康人类免疫系统在整个生命周期中的变化图谱，揭示婴儿期独特的免疫特征 | 首次在生命周期尺度上结合单细胞转录组和染色质可及性分析，系统揭示婴儿免疫系统的独特组成和SOX4+ naïve T细胞群的特征 | 样本量相对有限(95人)，仅分析外周血单个核细胞，未涉及组织驻留免疫细胞 | 阐明人类免疫系统从婴儿期到老年期的连续重塑过程 | 95名健康个体(2个月至88岁)的外周血单个核细胞，包括婴儿、儿童、成人和老年人 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 95名健康个体(婴儿27人, 儿童23人, 成人18人, 老年人27人) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |