单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5381	2025-05-08	Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite 2025-Feb, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70006 PMID:39936619	review	探讨压力与食欲之间的相互作用及其对饮食失调（EDs）发展的影响	强调了肠道微生物组在饮食失调研究中的新兴作用，以及单细胞测序和先进人类成像技术在揭示ED患者大脑相关区域变化中的应用	未解决的问题包括为什么某些个体对压力具有抵抗力而其他个体则容易发展为饮食失调	研究压力如何影响食欲和饮食失调的神经机制	压力、食欲、饮食失调（EDs）的神经机制	神经科学	饮食失调	单细胞测序、先进人类成像	NA	NA	NA
5382	2025-05-08	Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053 PMID:39917297	research paper	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，研究哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性及其关键调控基因	首次系统性地探索了哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性，并鉴定了9个关键调控基因	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	揭示哮喘急性发作的细胞和分子机制	上皮细胞和免疫细胞	生物信息学	哮喘	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
5383	2025-05-08	Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318501 PMID:39919065	研究论文	本研究通过整合分析SEPN1在胶质瘤中的表达、预后意义及肿瘤微环境相关性，揭示了其作为新型生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SEPN1在泛癌（特别是胶质瘤）中的预后价值，开发了基于SEPN1相关lncRNA的风险评分模型（SRS），并筛选出潜在抗胶质瘤药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证SEPN1的分子机制和临床转化价值	探究SEPN1在胶质瘤中的生物学功能及临床意义	胶质瘤患者样本（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC队列）和胶质母细胞瘤细胞系	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、药物敏感性分析、连接图谱分析	SEPN1相关风险评分模型（SRS）	RNA-seq数据、临床生存数据	多中心队列（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC）的胶质瘤样本
5384	2025-05-08	Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309880 PMID:39928675	研究论文	通过单细胞转录组学分析支气管肺泡灌洗液，揭示了COVID-19严重程度与免疫失调的关系	首次全面分析了COVID-19患者不同严重程度下的免疫细胞变化，并揭示了巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在疾病严重程度中的关键作用	研究基于二次数据分析，可能受原始数据收集方法和样本量的限制	揭示COVID-19严重程度的免疫学机制	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同严重程度的COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本
5385	2025-05-08	Detection of hepatitis B virus mRNA from single cell RNA sequencing data without prior knowledge 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0314060 PMID:39932940	research paper	该研究提出了一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测乙型肝炎病毒mRNA的方法	无需16S rRNA扩增或先验知识，直接从scRNA-seq数据中检测病毒mRNA	仅针对产生带poly-A尾病毒mRNA的病毒有效	开发从单细胞RNA测序数据中检测病毒的方法	慢性HBV感染患者的肝脏样本	生物信息学	乙型肝炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	慢性HBV感染患者（有/无HBsAg消失）的肝脏样本
5386	2025-05-08	Identification of WDR74 and TNFRSF12A as biomarkers for early osteoarthritis using machine learning and immunohistochemistry 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1517646 PMID:39935469	研究论文	本研究通过整合泛素化相关基因表达数据和机器学习技术，识别出WDR74和TNFRSF12A作为早期骨关节炎的生物标志物	首次将泛素化相关基因与机器学习相结合，用于早期骨关节炎的生物标志物识别	研究样本量有限，且仅针对膝关节骨关节炎	提高早期骨关节炎的诊断和预后评估	骨关节炎患者	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组织化学	XGBoost	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集和人膝关节标本
5387	2025-05-08	Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies 2025, Oncology research and treatment IF:2.0Q3 DOI:10.1159/000543806 PMID:40090318	综述	本文探讨了CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的现状，强调了正在进行的临床试验，并讨论了这些创新多靶点策略的未来以改善患者预后	提出了多靶点策略如逻辑门控CAR和适配器CAR，以克服单靶点CAR-T疗法中的免疫逃逸问题	需要更大规模的临床试验来验证这些多靶点策略的有效性	提高CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的治疗效果和持久性	淋巴和髓系恶性肿瘤患者	免疫治疗	淋巴瘤和多发性骨髓瘤	NGS, dSTORM, 多参数流式细胞术, CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	逻辑门控CAR, 适配器CAR	NA	NA
5388	2025-05-08	Multiomics Approach Distinguishes SPTBN4 as a Key Molecule in Diagnosis, Prognosis, and Immune Suppression of Testicular Seminomas 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3530098 PMID:40321316	研究论文	通过多组学方法识别SPTBN4作为睾丸精原细胞瘤诊断、预后和免疫抑制的关键分子	利用单细胞RNA转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，首次将SPTBN4鉴定为睾丸精原细胞瘤的关键生物标志物，并揭示其与疾病进展、免疫抑制微环境和化疗敏感性的关联	研究主要基于公共数据集和体外分析，缺乏临床样本的验证实验	探索睾丸精原细胞瘤的分子异质性并识别关键诊断和预后生物标志物	睾丸精原细胞瘤组织	生物信息学	睾丸精原细胞瘤	scRNA-seq, hdWGCNA	NA	基因表达数据	公共数据集中的睾丸精原细胞瘤样本
5389	2025-05-08	Inferred developmental origins of brain tumors from single-cell RNA-sequencing data 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf016 PMID:40321621	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过计算工具COORS识别脑肿瘤的发育起源	开发了COORS计算工具，首次在单细胞水平上注释脑肿瘤中的发育样细胞状态，并提供了细胞起源分类和细胞年龄回归的新方法	研究主要基于计算预测，需要实验验证；样本类型和数量可能有限	识别脑肿瘤的发育起源，为靶向治疗策略提供依据	髓母细胞瘤(MB)、胶质瘤和弥漫性中线胶质瘤(DMG)等脑肿瘤	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-Seq	多层感知机(MLP)	单细胞RNA测序数据	多种脑癌数据集(具体数量未明确说明)
5390	2025-05-08	A prognostic glycolysis-related gene signature in osteosarcoma: implications for metabolic programming, immune microenvironment, and drug response 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19369 PMID:40321814	research paper	该研究建立了一个与糖酵解相关的基因风险特征，用于评估骨肉瘤的预后和药物反应	首次基于糖酵解相关基因（GRGs）建立了一个风险特征模型，用于骨肉瘤的预后评估和药物反应预测	研究样本量有限，且仅基于公开数据集，需要进一步实验验证	评估糖酵解相关基因在骨肉瘤预后和药物反应中的作用	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	mRNA表达谱分析、非负矩阵分解（NMF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR	非负矩阵分解（NMF）	mRNA表达数据	来自GEO数据库的三个数据集（GSE16091, GSE39058, GSE21257）
5391	2025-05-07	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-May-06, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重压力下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响及其免疫反应机制	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标	四组中华鳖（基于温度与感染状态分组）
5392	2025-05-07	Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma 2025-May-05, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673352012250414100227 PMID:40326029	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术识别了髓外多发性骨髓瘤的预后生物标志物	利用LASSO方法开发预后特征，并通过外部MM队列验证其效能，揭示了CD4+ T细胞作为与MM进展相关的主要免疫细胞类型	研究依赖于公共数据库的转录组数据，可能受限于数据的质量和样本量	研究与髓外进展相关的多发性骨髓瘤克隆进化特征，识别新的预后生物标志物	多发性骨髓瘤（MM）患者	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, LASSO	risk score model	transcriptomic profiles, scRNA-seq data	126 DEGs identified, external MM cohorts for validation
5393	2025-05-07	Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid 2025-May, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0027 PMID:38775414	research paper	该研究首次全面分析了anoikis相关基因(ARGs)在瘢痕疙瘩(KD)中的作用，并鉴定了六个核心ARGs	首次研究ARGs在KD中的潜在价值，并鉴定了六个核心ARGs及其与KD免疫浸润的关联	研究仅基于三个KF RNA-seq数据集，样本量有限	探究ARGs在KD中的表达特征及其分子机制	瘢痕疙瘩(KD)和anoikis相关基因(ARGs)	生物信息学	瘢痕疙瘩	RNA-seq, 单细胞测序, LASSO-Cox回归分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个KF RNA-seq数据集
5394	2025-05-07	Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning 2025-May-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae537 PMID:39361430	research paper	本研究通过机器学习方法探索系统性红斑狼疮（SLE）患者与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态	首次识别出IFI27作为SLE患者EBV感染的关键基因，并揭示了其对CD4 CTL和B细胞亚型的影响	研究样本量有限，且仅基于公开数据集分析	阐明SLE患者EBV感染的分子机制并寻找潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者与EB病毒感染	machine learning	systemic lupus erythematosus	RNA-seq, single-cell RNA sequencing, CIBERSORTx	machine-learning algorithms	gene expression data	多个GEO数据集（GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918）
5395	2025-05-07	KanCell: dissecting cellular heterogeneity in biological tissues through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-May, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.009 PMID:39577768	research paper	KanCell是一种基于Kolmogorov-Arnold网络（KAN）的深度学习模型，旨在通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学（ST）数据来增强细胞异质性分析	KanCell利用KAN有效捕捉非线性关系并优化计算效率，为ST提供了准确高效的工具	NA	通过整合单细胞和空间转录组学数据，增强细胞异质性分析，揭示疾病微环境并识别治疗靶点	人类淋巴结、心脏、黑色素瘤、乳腺癌、背外侧前额叶皮层和小鼠胚胎大脑	digital pathology	melanoma, breast cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics (ST)	Kolmogorov-Arnold networks (KAN)	gene expression data	模拟和真实数据集，包括STARmap、Slide-seq、Visium和Spatial Transcriptomics技术的数据
5396	2025-05-07	Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03309-z PMID:39984714	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了ATRA诱导白血病细胞分化的基因调控回路	整合单细胞染色质可及性和转录组分析，发现SPI1和CEBPE组成的正反馈基因调控回路驱动白血病细胞分化	研究主要基于NB4细胞系，在其他白血病细胞类型中的普适性需要进一步验证	探索ATRA诱导急性早幼粒细胞白血病细胞分化的调控机制	PML/RARα急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562	单细胞多组学	急性早幼粒细胞白血病	单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析	NA	单细胞多组学数据	NB4、HL60和K562白血病细胞系
5397	2025-05-07	FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914 PMID:40064252	review	本文综述了FK506结合蛋白（FKBP）家族在多种肿瘤中的关键作用及其作为潜在诊断和预后生物标志物的可能性	总结了FKBP家族成员在不同类型肿瘤中促进或抑制肿瘤发生的双重功能，并探讨了其作为诊断和预后生物标志物的潜力	需要结合单细胞测序技术解决FKBP异构体的空间分布问题，并开展临床验证以促进从分子机制到精准治疗的转化	探讨FKBP家族在肿瘤中的作用及其作为诊断和预后生物标志物的潜力	FK506结合蛋白（FKBP）家族及其在肿瘤中的作用	肿瘤生物学	多种肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
5398	2025-05-07	Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study 2025-Apr-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67880 PMID:40323789	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2010年至2023年间单细胞测序在癌症研究中的全球趋势、合作网络和知识传播	首次全面分析了单细胞测序在癌症研究中的全球趋势和合作网络，识别了关键研究领域和未来研究方向	研究仅基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献	阐明单细胞测序在癌症研究中的发展趋势、合作模式和知识传播	单细胞测序在癌症研究中的应用	生物信息学	癌症	单细胞测序	NA	文献数据	5,680篇出版物，涉及34,074位作者、3,129个机构和75个国家
5399	2025-05-07	Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555 PMID:39894124	research paper	本研究探讨了Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及其潜在机制，为牙周组织工程提供指导	发现Ephrin-B2信号在牙周炎中成骨细胞系和血管内皮细胞间的信号转导缺陷，并通过构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统，证实其促进血管生成和牙周骨再生的积极作用	研究主要基于体外共培养系统和动物模型，尚未在临床环境中验证其效果	探索Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及机制，优化牙周组织工程移植策略	牙周组织中的成骨细胞系和血管内皮细胞	组织工程	牙周炎	单细胞转录组测序、细胞共培养	NA	单细胞转录组数据、体外实验数据	公开数据库中的单细胞转录组数据(GSE171213)及构建的过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统
5400	2025-05-07	The future of cardiology: Integrating single-cell transcriptomics with multi-omics for enhanced cardiac disease insights 2025-Apr, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103005 PMID:39894239	综述	本文探讨了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用及其与多组学技术整合的未来发展方向	强调了将空间转录组学和其他组学技术与scRNA-seq整合的重要性，以增强对心脏生物学的理解	当前scRNA-seq应用面临数据整合的挑战，需要更全面的多组学方法来阐明心血管疾病的机制	探索心血管疾病的创新诊断和治疗策略	哺乳动物心脏中的细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA