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当前共找到 10570 篇文献,本页显示第 521 - 540 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
521 2026-09-13
Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data
2025-03, Schizophrenia research IF:3.6Q1
研究论文 该研究整合多组学数据与单细胞RNA测序数据,利用scDRS算法在单细胞分辨率下识别精神分裂症相关的细胞亚群、脑区及风险基因 首次在单细胞分辨率下跨多组学层面(ATAC-seq、RNA-seq、TWAS、GWAS)系统分析精神分裂症的细胞类型与组织异质性,并发现两个新的脑细胞亚群分别差异表达SCUBE3和FN1 样本量有限,发现的稀有细胞亚群(59个和21个细胞)需在更大规模队列中验证,且未进行实验验证 探究精神分裂症的特定细胞起源和组织异质性,为未来精准医学提供参考 脑组织单细胞RNA测序数据及多组学精神分裂症风险基因数据 数字病理学 精神分裂症 单细胞RNA测序, ATAC-seq, RNA-seq, TWAS, GWAS scDRS 单细胞转录组数据, 基因组数据 两个新发现的细胞亚群分别为59个细胞(7.0%)和21个细胞(2.5%) NA single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq NA NA
522 2026-09-13
Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data to explore diverse cell death patterns and develop a programmed cell death-related relapse prediction model in pediatric B-ALL
2025-02-15, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 该研究整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,探索儿童B-ALL中多种程序性细胞死亡模式,并构建了一个包含七个关键基因的复发预测模型 首次在儿童B-ALL中系统分析16种程序性细胞死亡模式的活性,并构建了基于七个PCD相关基因(BIK、TSPO、BCL2L2、PIP4K2C、MLKL、STAT2、WWOX)的细胞死亡指数(CDI)复发预测模型 摘要中未明确提及研究的局限性 识别与程序性细胞死亡相关的生物标志物,并开发儿童B-ALL患者复发预测模型 儿童B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患者 机器学习 白血病 bulk RNA-seq, scRNA-seq Cox回归 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
523 2026-09-13
scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种名为scHNTL的单细胞RNA测序数据聚类算法,通过高阶邻居和三重损失增强聚类性能 首次将三重损失对比学习引入单细胞聚类,通过探索相似图的高阶结构识别相似和不相似细胞,在保留结构信息的同时分离不相似对,并将嵌入改进与聚类目标融合在自优化聚类框架中 未明确说明算法的计算复杂度、可扩展性以及在超大规模数据集上的表现 解决单细胞RNA测序数据聚类中面临的数据稀疏性、高维度和基因表达变异等挑战,提高聚类性能 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 图注意力自编码器 基因表达矩阵 16个真实世界数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
524 2026-09-13
scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 开发了一个用于在空间坐标上可视化比例数据的R包scatterbar,通过散点堆叠条形图增强比例分布的可区分性 提出了散点堆叠条形图作为散点饼图的替代方案,提高了比例趋势识别和空间位置比例差异比较的准确性 未明确提及 解决在空间解析坐标上显示比例数据的可视化难题,提高数据可视化的视觉显著性和解释准确性 空间转录组学数据中的比例数据,特别是成年小鼠大脑的细胞类型比例数据 空间转录组学数据可视化 NA NA NA 图像、比例数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
525 2026-09-13
Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为TICCI的新方法,通过整合细胞间通讯信息来改进单细胞转录组数据的细胞分化轨迹推断 首次将细胞间通讯信息整合到轨迹推断中,在单细胞分辨率下提出细胞间相互作用(CCI)概念,假设基因表达相似性更高的细胞更可能通过生物分子介质交换信息,并结合Louvain分区、单细胞熵(scEntropy)、Chu-Liu算法和改进的扩散拟合时间算法构建轨迹 未明确提及局限性,仅支持MS Windows平台,需要在R和Python环境下运行 解决现有细胞分化轨迹推断算法面临的高维度、噪声以及需要用户具备一定生物学先验知识等挑战 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集中的细胞分化轨迹 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) Louvain分区、Chu-Liu算法、改进的扩散拟合时间算法 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
526 2026-09-13
ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章开发了ELLIPSIS工具,用于在scRNA-seq数据中稳健地量化可变剪接,并应用于胶质母细胞瘤数据以识别肿瘤核心与浸润性癌细胞之间的差异剪接基因 利用局部观察到的读段覆盖度,结合流量守恒和细胞类型内相似性属性,实现scRNA-seq中稳健的剪接量化,并能量化新发剪接事件 摘要中未明确说明该方法的局限性 开发一种能够在scRNA-seq数据中稳健量化可变剪接的工具,以解决低且不均匀覆盖度带来的挑战 模拟数据和胶质母细胞瘤scRNA-seq数据 机器学习 胶质母细胞瘤 scRNA-seq NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
527 2026-09-13
SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章提出了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的单细胞RNA测序数据整合方法,通过扩展ComBat中的线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置,实现对大规模单细胞数据的准确整合 将ComBat中的线性回归模型扩展至无监督稀疏矩阵设置,并开发了并行算法,实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效整合,运行速度最高提升214倍,内存使用降低最多17.5倍 文章未明确提及局限性 解决现有单细胞RNA测序数据整合算法在处理大规模数据集和数百万细胞时面临的扩展性和内存效率问题 大规模单细胞RNA测序数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 线性回归模型 文本 数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集,涉及数百万个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
528 2026-09-13
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出scRegNet框架,结合单细胞基础模型与图学习进行基因调控连接预测 利用大规模预训练的单细胞基础模型与联合图学习,解决监督学习对大量TF-DNA结合数据的依赖问题,在多个基准数据集上达到最优性能,且对噪声训练数据更鲁棒 摘要未明确提及研究局限性 解决基因调控网络推断中的基因调控连接预测问题 scRNA-seq数据、基因调控网络、转录因子-DNA结合数据 机器学习 NA scRNA-seq 单细胞基础模型、图神经网络 文本、图数据 7个scRNA-seq基准数据集 NA single-cell RNA-seq NA NA
529 2026-09-13
Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity
2025-01-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过空间和单细胞RNA测序及空间代谢组学分析,揭示了神经母细胞瘤中CD112和CD155配体的异质性表达如何通过DNAM-1受体调控γδT细胞的抗肿瘤活性 首次结合空间和单细胞多组学技术,阐明了肿瘤微环境中CD112/CD155配体异质性通过DNAM-1受体调控γδT细胞功能亚群分化的机制,并揭示了CD155通过TRIM21介导的泛素化降解下调DNAM-1表达的新通路 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探究肿瘤细胞配体CD112和CD155对γδT细胞激活的调控机制及其在肿瘤微环境中的异质性 神经母细胞瘤肿瘤细胞和肿瘤内γδT细胞 空间转录组学与单细胞分析 神经母细胞瘤 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 空间代谢组学 NA 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 代谢组数据, 图像 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学 NA NA
530 2026-09-13
Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations
2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 介绍了一个名为scTSS的计算流程,用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点,支持双端和单端5' scRNA-seq数据,并应用于两种疾病的数据分析 填补了单细胞背景下TSS分析工具缺乏比较评估的空白,同时支持双端和单端5' scRNA-seq数据,并采用二项广义线性混合模型进行差异TSS使用分析 摘要中未明确提及研究的局限性 开发一个计算流程,能够预测和比较单细胞群体中的转录起始位点,并分析差异TSS使用 单细胞RNA测序数据中的转录起始位点 机器学习 NA 5' 单细胞RNA测序 二项广义线性混合模型 文本 NA NA 5' 单细胞RNA测序 NA NA
531 2026-09-10
Decidual cell invasion and decidualization at the trophoblast-decidual interaction in the progression of cesarean scar pregnancy
2025-12, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等技术,探究剖宫产瘢痕妊娠进展中蜕膜细胞侵袭和蜕膜化过程,并揭示KISS1基因的作用机制 首次在单细胞水平上研究剖宫产瘢痕妊娠中蜕膜细胞KISS1基因表达及其对PI3K/AKT信号通路的影响,并通过RNA干扰和过表达实验验证功能 摘要未提及研究局限性 阐明KISS1基因在剖宫产瘢痕妊娠进展中蜕膜细胞侵袭过程中的作用 剖宫产瘢痕妊娠植入部位基底蜕膜和正常早期宫内妊娠蜕膜组织样本 数字病理学 剖宫产瘢痕妊娠 单细胞RNA测序、RNA-seq、免疫组化、qRT-PCR、Western blotting、荧光素酶实验 NA 基因表达数据、图像 剖宫产瘢痕妊娠组和正常早期宫内妊娠组的蜕膜组织样本(具体数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
532 2026-09-10
Gain-of-function PPM1D mutations attenuate ischemic stroke
2025-11, Cell death and differentiation IF:13.7Q1
研究论文 本研究通过全基因组测序和实验模型,发现PPM1D基因功能获得性突变可减轻缺血性脑损伤,并验证小分子T2755作为潜在治疗策略 首次在大型缺血性卒中患者队列中发现PPM1D功能获得性突变,并通过空间转录组学和蛋白质组学揭示其通过PPARα通路调节内皮脂肪酸代谢的机制,同时开发出PPM1D稳定剂T2755 未提及 识别缺血性卒中的遗传变异,探索PPM1D在缺血性脑损伤中的保护作用及潜在治疗策略 缺血性卒中患者及Ppm1d缺陷小鼠模型 基因组学 缺血性卒中 全基因组测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 小鼠模型 基因组序列, 转录组, 蛋白质组数据, 影像和临床数据 10,241名缺血性卒中患者及8名PPM1D突变携带者,Ppm1d缺陷小鼠 NA 全基因组测序, 空间转录组学 NA NA
533 2026-09-10
Infiltrating macrophages replace Kupffer cells and play diverse roles in severe alcohol-associated hepatitis
2025-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和实验模型,揭示了严重酒精相关肝炎中巨噬细胞取代库普弗细胞并发挥多种功能 首次详细描述了sAH中独特的C1Q巨噬细胞群体及其在清除凋亡中性粒细胞和调节炎症中的双重作用,并比较了C1Q、S100A8和APOE在酒精性肝损伤模型中的功能差异 研究主要基于人类肝脏外植体样本和动物模型,可能不完全反映体内复杂微环境;未进行功能验证的巨噬细胞亚群在人类中的具体机制尚未完全阐明 探讨严重酒精相关肝炎和酒精性肝硬化中肝脏巨噬细胞的组成变化及其在疾病进展中的作用 严重酒精相关肝炎和酒精性肝硬化患者及小鼠模型中的肝脏巨噬细胞 单细胞转录组学 酒精性肝病(严重酒精相关肝炎和酒精性肝硬化) 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型、慢性加暴饮乙醇挑战模型 基因敲除小鼠模型(C1q KO、S100a8 KO、Apoe KO) 转录组数据和实验数据 人类肝脏外植体(sAH和AC患者)和小鼠样本,具体数量未在摘要中提及 未明确提及具体公司 单细胞RNA测序 未明确提及 未明确提及
534 2026-09-10
CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells
2025-09, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 该研究通过脾交感神经去神经支配和单细胞RNA测序,发现CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T细胞亚群(Tsa细胞)在脾交感神经信号驱动下动员,并通过CCL19/CCR7轴趋化进入脑实质,加重脑缺血再灌注损伤,提出靶向干预策略。 首次鉴定与急性缺血性卒中相关的Tsa细胞亚群,并揭示脾交感神经通过去甲肾上腺素-ADRB2信号促进其动员,以及CCL19-CCR7轴介导其脑内浸润的机制;开发CCR7靶向肽以阻断该通路。 研究基于小鼠模型和患者样本,但未在人类中验证CCR7靶向肽疗效;机制细节如Tsa细胞与其他免疫细胞的相互作用及长期安全性需进一步探索。 阐明脾-脑-免疫轴在脑缺血再灌注损伤中的作用机制,评估脾交感神经去神经支配及CCR7靶向策略的治疗潜力。 急性缺血性卒中患者和小鼠短暂大脑中动脉阻塞模型 免疫学, 神经科学 脑缺血再灌注损伤 单细胞RNA测序, 手术去神经支配, 肽段干预 NA 单细胞转录组数据 AIS患者样本及tMCAO小鼠模型(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
535 2026-09-10
Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages
2025-08-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本文介绍了一种通过同时激活内皮细胞和周细胞谱系的转录因子(ETV2和NKX3.1),快速从诱导多能干细胞生成功能性血管类器官的方法 通过正交激活ETV2和NKX3.1转录因子,实现内皮细胞和周细胞的高效共分化,在5天内无需ECM包埋即可生成功能性3D血管类器官,并能通过时间调控TF表达调节动脉和血管生成表型 摘要中未提及明确的局限性 开发一种快速、通用的血管类器官生成平台,用于血管发育研究、疾病建模和再生医学 诱导多能干细胞(iPSCs)来源的内皮细胞和周细胞,以及生成的血管类器官 数字病理学 外周缺血性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 摘要中未提及具体样本量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
536 2026-09-10
ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation
2025-08-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 结合化学筛选与单细胞RNA测序的ChemPerturb-seq平台,通过体内筛选发现一种小分子混合物,可增强人类β细胞在皮下移植后的功能与存活 首次将化学筛选与单细胞RNA测序结合,形成ChemPerturb-seq平台,实现单个小分子治疗下人类β细胞分子变化的系统分析,并开发了AI驱动的开放访问网站ChemPerturbDB 小分子混合物对雄性小鼠的移植效果未得到增强,表明存在性别特异的反应机制,且研究仅限于皮下移植模型 开发并应用ChemPerturb-seq平台,筛选能增强人类β细胞在皮下移植后功能与存活的小分子混合物 人类β细胞和原代人胰岛,移植于雌性和雄性小鼠皮下 药物筛选与单细胞转录组学 糖尿病(胰岛移植) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 涉及人类β细胞和原代人胰岛的体内移植实验,具体样本量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
537 2026-09-10
TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice
2025-08-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本研究揭示TET2突变克隆性造血通过外周髓系细胞浸润和增强吞噬作用缓解阿尔茨海默病进展 首次发现TET2突变而非其他克隆性造血驱动因子能降低迟发性阿尔茨海默病风险,并阐明其机制涉及骨髓来源的微胶质细胞样细胞和单核细胞浸润及吞噬功能增强 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚需进一步临床验证,且对TET2突变保护效应的具体分子通路探讨有限 探究克隆性造血与阿尔茨海默病的关联,并明确TET2突变对AD发病的影响及机制 人类生物样本库数据、小鼠AD模型及骨髓移植、人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞 神经科学, 免疫学 阿尔茨海默病, 迟发性阿尔茨海默病 单细胞RNA测序, 骨髓移植, 诱导多能干细胞技术, 行为学测试 NA 基因组数据, 单细胞转录组数据, 图像 UK生物库人群数据及小鼠模型样本,具体数量未提供 NA 单细胞RNA测序 NA NA
538 2026-09-10
Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury
2025-08-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本研究揭示了细菌代谢物ADP-庚糖通过ALPK1-TIFA信号通路调控肠道干细胞在损伤后的再生过程 首次发现ALPK1-TIFA信号在肠道干细胞中表达并控制损伤后干细胞的替换,以及鉴定Paneth细胞作为ADP-庚糖诱导的revSC的起源细胞 尚未充分探索ALPK1-TIFA信号在其他生理或病理环境中的功能 探究ADP-庚糖通过ALPK1-TIFA信号在肠道上皮损伤后干细胞再生中的作用机制 肠道干细胞、潘氏细胞、ADP-庚糖、ALPK1-TIFA信号通路 细胞生物学、分子生物学 肠道损伤 单细胞转录组学、谱系追踪 NA 单细胞转录组数据 涉及小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞3'转录组
539 2026-09-10
Comparative single-cell lineage tracing identifies distinct adipocyte precursor dynamics in skin and inguinal fat
2025-08-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本文利用单细胞RNA测序谱系追踪,比较分析皮肤和腹股沟脂肪组织中脂肪前体细胞的动态变化,识别新的细胞亚群及调控因子。 首次揭示未成熟前脂肪细胞的新亚群,挑战传统逐步分化模型,并识别Sox9作为祖细胞增殖和脂肪生成的关键调节因子 未明确提及实验限制,可能包括仅基于小鼠模型、无法完全模拟人类脂肪组织或谱系追踪的潜在偏差 阐明皮肤与腹股沟脂肪组织中脂肪前体细胞的异质性和分化潜能,理解快速脂肪生成的细胞和分子机制 小鼠皮肤脂肪组织和腹股沟脂肪组织中的脂肪前体细胞 单细胞转录组学、谱系追踪 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪 NA 单细胞转录组数据 未指定具体样本量,涉及小鼠皮肤和腹股沟脂肪组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
540 2026-09-10
CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β
2025-08, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进CD8 T细胞记忆分化 利用空间转录组学结合单细胞测序,首次揭示了单核细胞通过细胞接触和TGF-β信号在CD8 T细胞命运决定中的新机制 摘要中未提及具体局限性 探究急性感染期间CD8 T细胞效应和记忆分化命运的空间决定因素 小鼠脾脏中的CD8 T细胞及单核细胞亚群 免疫学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据, 空间表达数据 未提及具体样本数量 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
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