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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-04-07 |
Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq
2025-10-31, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68619
PMID:41248068
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Stereo-seq的空间物种无关转录组分析方法,用于FFPE组织,通过随机探针方法实现亚细胞分辨率 | 该方法采用随机引物进行空间条形码,不同于标准空间转录组学方法,能同时检测宿主和非宿主RNA,包括微生物、病毒和真菌RNA | 协议需考虑环境和处理污染物对组织内外RNA的区分影响 | 开发一种空间物种无关的转录组分析技术,以研究细胞类型和病原物种的相互作用 | FFPE组织中的宿主和非宿主RNA,包括细菌、病毒和真菌RNA | 空间转录组学 | NA | 空间物种无关转录组分析,随机探针方法 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | Stereo-seq方法使用0.22 µm大小的随机捕获珠,每0.5 µm在阵列中重复,实现基于测序的亚细胞分辨率 |
| 522 | 2026-04-07 |
Collection of Human Follicular Fluid, Follicle Somatic Cells, and Immature Oocytes from Individuals Undergoing In Vitro Fertilization
2025-10-24, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69122
PMID:41212768
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研究论文 | 本文介绍了一种从接受体外受精个体中系统收集和处理卵泡液、卵泡体细胞及未成熟卵母细胞的标准化实验方案 | 开发了无需酶法脱颗粒的卵丘细胞分离方法以保持转录组完整性,并建立了从新鲜卵泡液制备单细胞悬液用于单细胞RNA测序的逐步方案 | 方案依赖于辅助生殖技术过程中产生的废弃生物材料,样本获取受临床流程限制 | 建立标准化方案以利用辅助生殖技术产生的生物副产物研究卵巢生理学 | 人类卵泡内容物(卵泡液、卵母细胞、卵丘细胞、颗粒细胞等) | 生殖生物学 | 生殖功能障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、密度梯度离心、体外卵母细胞成熟 | NA | 单细胞转录组数据、细胞因子、激素、代谢物、环境毒物数据 | 未明确说明具体样本数量,但方案适用于接受取卵手术的女性个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 523 | 2026-04-07 |
Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii
2025-Oct-07, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01277-25
PMID:40853149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术首次绘制了卡氏肺孢子虫的发育进展和生殖转变图谱 | 首次应用单细胞RNA测序技术构建卡氏肺孢子虫的转录组图谱,揭示了其生命周期的关键发育阶段和生殖转变过程 | 研究依赖于从感染大鼠中分离的病原体,可能无法完全模拟人类感染环境,且无法进行连续培养验证 | 阐明卡氏肺孢子虫的生命周期和生殖转变机制 | 卡氏肺孢子虫(Pneumocystis carinii) | 数字病理学 | 肺孢子菌肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 87,716个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics平台 | NA |
| 524 | 2026-04-07 |
SARS-CoV-2 induced immune perturbations in infants vary with disease severity and differ from adults' responses
2025-May-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59411-z
PMID:40379618
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和血清分析,揭示了SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应特征,并与成人进行比较 | 首次系统研究重症COVID-19住院婴儿的免疫反应,发现婴儿与成人在T细胞和B细胞中的干扰素刺激基因签名存在显著差异 | 样本量较小(n=26),且仅针对住院婴儿,可能无法代表所有感染婴儿群体 | 探究SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应差异及其与疾病严重程度和成人反应的比较 | SARS-CoV-2感染的婴儿(n=26,包括亚急性、中度和重症)及匹配的对照组婴儿(n=14) | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),血清细胞因子分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,血清浓度数据 | 40名婴儿(26名感染,14名对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 525 | 2026-04-07 |
RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08542-2
PMID:39910313
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了肺纤维化中LEPR成纤维细胞通过肺泡成纤维细胞向病理成纤维细胞转化的机制,并发现RUNX2是调控该过程的关键因子 | 首次发现SCUBE2肺泡成纤维细胞是LEPR成纤维细胞的主要成分,并证明RUNX2是调控纤维化基因表达的关键转录因子 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;未探讨其他潜在细胞来源对病理成纤维细胞的贡献 | 探究肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制 | 小鼠肺组织中的LEPR成纤维细胞、SCUBE2肺泡成纤维细胞和CTHRC1POSTN病理成纤维细胞 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 两个小鼠肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 526 | 2026-04-07 |
Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance
2025-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55725-6
PMID:39755735
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研究论文 | 本研究揭示了胰岛素信号通路通过调控R2反转录转座子表达,在果蝇生殖系中协调跨代核糖体DNA拷贝数维持的机制 | 首次发现胰岛素受体作为R2表达的主要抑制因子,并揭示了饮食调控通过胰岛素通路影响rDNA拷贝数扩张的跨代遗传机制 | 研究主要基于果蝇模型,在哺乳动物系统中的普适性仍需验证 | 探究生殖系中核糖体DNA拷贝数维持的调控机制 | 果蝇雄性生殖干细胞及其核糖体DNA | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 527 | 2026-04-07 |
Optimized methods for scRNA-seq and snRNA-seq of skeletal muscle stored in nucleic acid stabilizing preservative
2025-Jan-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07445-2
PMID:39755918
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研究论文 | 本文开发了一种从保存在Allprotect® Tissue Reagent中的人类骨骼肌组织中获取高质量细胞和细胞核的优化方法,用于单细胞RNA测序和单核RNA测序 | 开发了一种从存档组织(特别是保存在核酸稳定保存剂中的骨骼肌)中获取高质量单细胞基因组材料的新协议,解决了新鲜起始材料需求的障碍 | 流式细胞分选虽然能富集更高质量的细胞和细胞核,但会导致总体输入材料减少 | 优化单细胞RNA测序和单核RNA测序方法,以从存档组织中获取高质量基因组材料 | 人类骨骼肌组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 528 | 2026-04-06 |
Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08535-1
PMID:39939762
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在肥胖前驱糖尿病小鼠模型中对周围神经病变中感觉轴突丢失的保护作用 | 首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前驱糖尿病诱导的周围神经病变早期浸润神经并发挥神经保护作用,通过galectin 3延缓轴突退化 | 研究基于小鼠模型,结果在人类患者中的适用性尚需验证,且未详细探讨巨噬细胞保护作用的具体分子机制 | 研究肥胖前驱糖尿病条件下周围神经病变的发病机制及免疫细胞的作用 | 高脂高果糖饮食诱导的肥胖前驱糖尿病小鼠模型 | NA | 周围神经病变 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 529 | 2026-04-06 |
Creatine promotes endometriosis progression by inducing M2 polarization of peritoneal macrophages
2025-03-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0278
PMID:39679878
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研究论文 | 本研究揭示了肌酸通过诱导腹膜巨噬细胞M2极化,促进子宫内膜异位症的血管生成、纤维化和病变进展 | 首次发现肌酸在子宫内膜异位症中通过重编程巨噬细胞M2极化发挥关键免疫调节作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据分析,缺乏体内模型的直接验证 | 探讨肌酸在子宫内膜异位症发病机制中的作用 | 子宫内膜异位症患者的腹膜巨噬细胞、子宫内膜基质细胞和HUVECs | 单细胞测序 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 单细胞测序数据, RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 530 | 2026-04-06 |
Transcriptome and DNA methylation profiling during the NSN to SN transition in mouse oocytes
2025-Jan-03, BMC molecular and cell biology
IF:2.4Q4
DOI:10.1186/s12860-024-00527-3
PMID:39754059
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和DNA甲基化分析,表征了小鼠卵母细胞从非环绕核仁到环绕核仁阶段的转录组和DNA甲基化变化 | 开发了一种基于转录组数据的分类器,可用于推断单细胞或批量RNA-seq数据中的染色质状态,并识别了与异常染色质修饰组合相关的晚期甲基化区域 | 研究仅基于小鼠模型,可能不直接适用于其他物种,且单细胞技术可能存在技术变异 | 探究小鼠卵母细胞在NSN到SN过渡期间的转录组和DNA甲基化动态变化 | 小鼠卵母细胞,特别是GV期卵母细胞,根据核染色分为NSN和SN阶段 | 表观遗传学 | NA | 单细胞M&T-seq(scM&T-seq)、scRNA-seq、sc-bisulphite-seq(scBS-seq)、Hoechst染色、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq) | 分类器(基于转录组数据) | 单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质修饰数据 | 未明确指定样本数量,但涉及多个已发表数据集的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 531 | 2026-04-06 |
CD206+ Trem2+ macrophage accumulation in the murine knee joint after injury is associated with protection against post-traumatic osteoarthritis in MRL/MpJ mice
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312587
PMID:39752388
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,探讨了小鼠膝关节损伤后免疫细胞变化与创伤后骨关节炎(PTOA)易感性之间的关系 | 首次在PTOA易感性和抵抗性小鼠模型中,通过单细胞RNA测序揭示了CD206+ Trem2+巨噬细胞在关节损伤后的积累与保护作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证,且样本量相对较小 | 探究创伤后骨关节炎(PTOA)发展或缓解的分子机制 | PTOA易感的C57BL/6J(B6)小鼠和PTOA抵抗的MRL/MpJ(MRL)小鼠的滑膜关节 | 单细胞转录组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种小鼠品系(B6和MRL)的膝关节样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 532 | 2026-04-06 |
Dissecting the molecular mechanisms of T cell infiltration in psoriatic lesions via cell-cell communication and regulatory network analysis
2025, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2025-1231
PMID:41883387
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞间通讯分析,揭示了银屑病皮损中T细胞浸润的分子机制,并发现姜黄素类似物CuE通过抑制IL-6-STAT3-MDK信号轴缓解症状 | 首次结合单细胞RNA测序、假时间分析、细胞间通讯分析和调控网络分析,系统解析了银屑病中成纤维细胞通过MDK信号介导T细胞募集的机制,并验证了CuE通过靶向该信号轴的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外分析,人体组织样本的验证可能有限;信号通路的上下游调控细节有待进一步阐明 | 阐明银屑病皮损中T细胞浸润的细胞间通讯机制和调控网络,并探索潜在的治疗靶点 | 银屑病皮肤组织(小鼠模型及可能的人体样本)、T细胞、成纤维细胞、内皮细胞、黑色素细胞 | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2026-04-04 |
Sclerotic GVHD and scleroderma share dysregulated gene expression that is ameliorated by EREG therapeutic antibody
2025-Dec-25, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029836
PMID:40961242
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研究论文 | 本研究开发了一种全人源抗EREG中和抗体,用于治疗硬皮病和硬化性移植物抗宿主病,通过单细胞转录组学和空间转录组学分析揭示了其抗纤维化机制 | 首次开发了高亲和力和特异性的全人源抗EREG中和抗体,并发现其通过抑制EREG驱动的TNC产生,减少炎症和纤维化生物标志物 | 研究样本量有限,且主要基于小鼠模型和患者皮肤外植体,需要进一步临床试验验证 | 研究抗EREG抗体在治疗免疫驱动的纤维化皮肤疾病(如硬皮病和硬化性GVHD)中的疗效和机制 | 硬皮病(系统性硬化症)、局限性硬皮病(硬斑病)和硬化性移植物抗宿主病患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 534 | 2026-04-04 |
Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach
2025-Dec-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793
PMID:40691053
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学、DNA甲基化分析和单细胞RNA测序,揭示了胃不完全肠化生的分子特征及其与胃癌的关联 | 首次使用空间转录组学结合定制谱系富集面板,揭示了不完全肠化生的混合谱系特征及其与胃癌的分子相似性 | 样本量有限,且主要基于组织样本和类器官模型,需要进一步在更大队列中验证 | 阐明不完全肠化生的分子身份、分化潜能和致癌相关性 | 胃肠化生组织和胃癌组织 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 甲基化数据, 染色质可及性数据 | 未明确指定样本数量,但包括GIM和GC组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 定制谱系富集面板用于空间转录组学分析 |
| 535 | 2026-04-04 |
NOTCH3 drives fatty acid oxidation and ferroptosis resistance in aggressive meningiomas
2025-Dec, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-025-05208-5
PMID:40924320
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研究论文 | 本研究揭示了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中通过驱动脂肪酸氧化和铁死亡抵抗来促进肿瘤恶性行为的机制 | 首次在脑膜瘤中探索了NOTCH3激活的代谢表型,并建立了NOTCH3信号传导、脂质代谢重编程和铁死亡逃逸之间的联系 | 研究主要基于细胞系模型,需要进一步在体内模型和临床样本中验证 | 探究NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中的代谢作用及其与铁死亡抵抗的关系 | 人类脑膜瘤细胞系(包括CH157-MN细胞模型)和患者来源的原代脑膜瘤细胞系 | 单细胞组学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序,非靶向代谢组学,脂质组学,bulk RNA测序,功能性代谢测定 | NA | 单细胞RNA测序数据,代谢组学数据,脂质组学数据,bulk RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及NOTCH3+人类脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2026-04-04 |
Altered Epithelial-Mesenchymal Progenitor States Lead to Matrix Deposition, Tissue Inflammation, and Transitional Epithelial State in Congenital Diaphragmatic Hernia
2025 Nov-Dec, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2025.2585371
PMID:41246903
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了先天性膈疝肺中上皮-间质祖细胞状态的改变,导致基质沉积、组织炎症和上皮细胞过渡状态 | 首次在先天性膈疝模型中利用单细胞RNA测序技术系统性地分析了间质祖细胞的异常状态及其对上皮-间质转化动态的破坏作用 | 研究仅基于大鼠模型,尚未在人类样本中验证,且样本量相对有限 | 探究先天性膈疝肺发育异常的分子机制,特别是上皮-间质祖细胞状态改变对肺发育的影响 | 正常和先天性膈疝胎鼠肺组织(E17、E19、E21时间点) | 单细胞组学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常和CDH胎鼠肺组织(E17、E19、E21三个发育阶段) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 537 | 2026-04-04 |
Single-Cell Analysis of L-Myc Expressing Neural Stem Cells and Their Extracellular Vesicles Revealed Distinct Progenitor Populations With Neurogenic Potential
2025-Nov, Journal of extracellular biology
DOI:10.1002/jex2.70095
PMID:41281155
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析,表征了表达L-MYC基因的人类胎儿神经干细胞系及其细胞外囊泡,揭示了它们具有神经保护潜力,并探讨了在化疗诱导的神经毒性模型中的应用 | 首次对表达L-MYC的神经干细胞系及其细胞外囊泡进行单细胞转录组和蛋白质组学表征,揭示了它们在神经保护方面的差异和潜力 | 研究未能成功挽救少突胶质祖细胞,表明需要重复或补充性干预来恢复少突胶质细胞群 | 表征治疗相关的人类胎儿神经干细胞系及其细胞外囊泡,以促进脑修复和对抗化疗诱导的神经毒性 | 人类胎儿神经干细胞系LMNSC01和LMNSC02,以及它们释放的细胞外囊泡 | 单细胞分析 | 神经毒性 | 单细胞RNA测序,单细胞外囊泡纳米显微镜技术,蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,显微镜图像 | 两个人类胎儿神经干细胞系(LMNSC01和LMNSC02)及其细胞外囊泡 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 538 | 2026-04-04 |
EGFR-STAT1 pathway drives fibrosis initiation in fibroinflammatory skin diseases
2025-Oct-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64648-9
PMID:41068129
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序图谱揭示了EGFR-STAT1信号通路在驱动纤维炎症性皮肤病中纤维化起始的关键作用 | 首次发现STAT1在成纤维细胞中的非干扰素依赖性功能,即通过EGFR-JAK非依赖性途径直接激活纤维化基因表达,并确定了活化的角质形成细胞分泌的高亲和力EGFR配体是该通路的触发因素 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,人类样本的临床验证和长期治疗效果评估尚需进一步研究 | 探究慢性炎症性皮肤病中决定纤维化发生的信号通路 | 七种炎症性皮肤病及其健康对照的皮肤组织样本 | 数字病理学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种炎症性皮肤病及健康对照的皮肤组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 539 | 2026-04-04 |
Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.21.624653
PMID:39605709
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研究论文 | 本文提出了一种基于谱图理论的方法,用于在空间转录组学数据中识别空间可变基因,通过将二维空间坐标投影到一维曲线上来反映组织形态 | 引入谱图理论来近似样本空间坐标的一维曲线,并开发广义加性模型直接建模基因计数,无需标准化或正态假设,同时能准确估计基因表达模式和空间位点 | NA | 识别空间转录组学数据中的空间可变基因 | 空间转录组学数据,包括小鼠黏膜和多样本数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 广义加性模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Slide-seq, MERFISH | NA |
| 540 | 2026-04-04 |
Cigarette Tar Enhanced ECs Pyroptosis via CAMKII/Drp1/mtDNA: Novel Insight Into the Mechanism of Plaque Erosion
2025-Aug, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2025.03.015
PMID:40866045
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研究论文 | 本研究揭示了吸烟通过诱导内皮细胞焦亡促进斑块侵蚀的新机制 | 首次发现香烟焦油通过CAMKII/Drp1/mtDNA通路增强内皮细胞焦亡,为斑块侵蚀机制提供新见解 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究吸烟导致斑块侵蚀的分子机制 | 载脂蛋白E基因敲除小鼠、人冠状动脉内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |