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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-01-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell alterations in patients with allergic rhinitis treated with Peiyuan Tong-qiao decoction
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102325
PMID:41323806
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者时免疫细胞的变化及其机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术分析培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者前后外周血单个核细胞的免疫细胞变化,并探索细胞间通讯和转录因子调控网络 | 样本量可能有限,且仅基于外周血单个核细胞分析,未涉及局部组织如鼻黏膜的免疫细胞变化 | 探索传统中药培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的作用机制 | 过敏性鼻炎患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 522 | 2026-01-16 |
Integration of single-cell and RNA-seq analysis reveals sepsis heterogeneity and prognostic significance of FCGR3A+ Macrophage subtypes
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102352
PMID:41332909
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,揭示了脓毒症免疫微环境的异质性,并识别了FCGR3A+巨噬细胞亚型在预后中的关键作用 | 通过整合单细胞与批量转录组数据,首次系统分析了脓毒症的免疫微环境异质性,并发现FCGR3A+巨噬细胞亚型在预后中的核心作用 | 样本量相对有限,且为回顾性分析,需要进一步前瞻性研究验证 | 分析脓毒症免疫微环境异质性并开发预后标志物 | 脓毒症患者 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | scVI算法, BayesPrism分析, StepCox + Ridge模型 | 单细胞RNA测序数据, 批量转录组数据 | 53个单细胞RNA测序样本和479名脓毒症患者的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 523 | 2026-01-16 |
Elucidating cardiac fibroblasts heterogeneity and activation during experimental autoimmune myocarditis using spatial transcriptomics
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102344
PMID:41341993
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,探究了实验性自身免疫性心肌炎急性炎症期中心脏成纤维细胞的转录模式变化及其异质性 | 首次在实验性自身免疫性心肌炎模型中,通过空间转录组学解析了心脏成纤维细胞在急性炎症期的时空异质性及其与免疫细胞浸润的共定位关系 | 研究基于动物模型,其结果向人类疾病的转化需进一步验证;空间转录组学分辨率可能不足以完全区分所有细胞亚群 | 阐明实验性自身免疫性心肌炎急性炎症期心脏成纤维细胞的异质性、激活状态及其与免疫微环境的相互作用 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型中的心脏组织 | 空间转录组学 | 心肌炎、扩张型心肌病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 1545个心脏成纤维细胞富集区域(其中657个以成纤维细胞为主) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 524 | 2026-01-16 |
ER Stress Ire1-Xbp1s Pathway Maintains Youthful Epidermal Basal Layer Through the Regulation of Cell Proliferation
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70258
PMID:41077712
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研究论文 | 本研究通过引入Ire1-Xbp1s内质网应激反应通路敏感报告基因到短寿命脊椎动物Nothobranchius furzeri中,揭示了该通路在维持年轻表皮基底层细胞增殖和皮肤老化中的作用 | 首次在Nothobranchius furzeri模型中利用Ire1-Xbp1s通路敏感报告基因,结合光隔离化学空间转录组学,发现了该通路通过激活细胞周期调节因子Vcp维持年轻表皮细胞增殖的新机制 | 研究主要基于短寿命脊椎动物模型,结果在人类或其他哺乳动物中的普适性尚需进一步验证 | 探究内质网应激反应在衰老过程中的时空调控和功能角色 | 短寿命脊椎动物Nothobranchius furzeri的表皮组织 | 空间转录组学 | 皮肤老化 | 光隔离化学空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 525 | 2026-01-16 |
Systematic analysis of the expression profiles and prognostic values of the FAM72 family in liver cancer
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102358
PMID:41378103
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析评估了FAM72家族成员在肝癌中的表达水平和预后意义 | 首次系统分析了FAM72A-D在肝癌中的表达谱和预后价值,并构建了基于FAM72的基因特征来预测肝癌患者预后 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;单细胞RNA测序结果仅提示FAM72A-D主要存在于增殖性T细胞中,具体机制未深入探讨 | 探究FAM72家族成员在肝癌中的表达模式、预后价值及其与肿瘤发生的关系 | 肝癌组织和正常组织中的FAM72A-D基因 | 生物信息学 | 肝癌 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 526 | 2026-01-16 |
MUSE: A Multi-slice Joint Analysis Method for Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Nov, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management
DOI:10.1145/3746252.3761240
PMID:41527556
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MUSE的计算框架,用于处理大规模多切片空间转录组数据的联合嵌入、空间域识别和基因表达插补 | 开发了首个专门针对多切片空间转录组数据的联合分析框架,采用双模块架构(对齐模块和优化模块)结合最优传输和虚拟邻居生成技术,有效解决了跨切片不一致性和数据质量差异问题 | 方法性能在模拟和真实数据集上得到验证,但未提及对超大规模切片数量(如数百个切片)的扩展性测试 | 开发一个能够有效整合多切片空间转录组数据的计算框架,以提高跨切片一致性、空间域识别和基因表达插补的准确性 | 空间转录组数据,特别是来自同一组织或实验的多个连续或相关切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图模型,最优传输,联合嵌入框架 | 空间转录组数据(基因表达矩阵与空间坐标) | 12个真实数据集和48个模拟数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 527 | 2026-01-16 |
CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.008
PMID:39674501
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出肝细胞癌中与胆管细胞表型形成相关的特定衰老内皮细胞亚群,并揭示了其通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞促进肿瘤恶性进展的机制 | 首次在肝细胞癌中鉴定出CD34+CLDN5+衰老内皮细胞亚群,并阐明其通过分泌IGF2招募间充质干细胞、增强癌症干细胞样特性从而促进胆管细胞表型形成的全新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类患者中的临床验证仍需进一步开展 | 阐明肝细胞癌中胆管细胞表型形成的细胞机制和分子通路 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的内皮细胞、间充质干细胞和肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 528 | 2026-01-16 |
Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.018
PMID:39674503
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索了年轻与衰老牙髓组织的异质性,并鉴定出衰老牙髓的新标记物IGFBP7,进一步探究了其在缓解细胞衰老中的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统解析了年轻与衰老牙髓组织的细胞组成异质性,并发现IGFBP7作为衰老牙髓的新标记物,能减轻过氧化氢诱导的牙髓成纤维细胞衰老 | 需要更全面的研究来阐明IGFBP7影响牙髓衰老的确切机制,样本量相对有限 | 探索年轻与衰老牙髓组织的异质性,寻找衰老牙髓的新标记物并研究其作用机制 | 年轻与衰老的人牙髓组织样本、过氧化氢诱导的牙髓成纤维细胞衰老模型 | 单细胞组学 | 牙髓衰老 | 单细胞RNA测序、免疫组化染色、RNA测序、SA-β-Gal染色、γ-H2AX染色、F-actin细胞骨架染色 | NA | 单细胞转录组数据、RNA测序数据、图像数据 | 8个牙髓样本,共32,012个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 529 | 2026-01-16 |
Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042
PMID:39732334
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了克罗恩病中结肠和回肠的异质性,并发现了一个新的DUOX2高表达上皮细胞亚群 | 首次在单细胞水平系统比较克罗恩病结肠与回肠的异质性,发现DUOX2-epi新上皮亚群及其部位特异性炎症机制 | 研究样本限于初治患者,未涵盖治疗中或难治性病例,且样本量相对较小 | 阐明克罗恩病结肠与回肠的异质性及其对发病机制和治疗反应的影响 | 克罗恩病初治患者的结肠和回肠组织 | 单细胞组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及初治克罗恩病患者的结肠和回肠组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 530 | 2026-01-16 |
Multi-omics approach reveals TGF-β signaling-driven senescence in periodontium stem cells
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.037
PMID:39743213
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研究论文 | 本研究采用多组学方法揭示了TGF-β信号驱动牙周膜干细胞衰老的机制 | 首次绘制了小鼠颌骨组织的空间转录组图谱,并发现DNA甲基化是TGF-β1诱导牙周膜干细胞衰老的关键机制 | 研究主要基于体外细胞模型,体内验证和临床转化仍需进一步探索 | 阐明TGF-β1在牙周膜干细胞衰老中的作用及其分子机制,以促进对年龄相关性牙周疾病的理解和靶向治疗策略的开发 | 小鼠颌骨组织及人牙周膜干细胞 | 数字病理学 | 牙周疾病 | 空间转录组学,DNA甲基化分析,伪时间分析 | NA | 空间转录组数据,细胞表型数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 531 | 2026-01-16 |
Parkin modulates the hepatocellular carcinoma microenvironment by regulating PD-1/PD-L1 signalling
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.045
PMID:39755271
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研究论文 | 本研究探讨了Parkin蛋白通过调节PD-1/PD-L1信号通路影响肝细胞癌免疫微环境的机制 | 揭示了Parkin作为E3泛素连接酶通过泛素化降解PD-1来调节肿瘤免疫微环境的新机制,并首次在单细胞水平解析了Parkin缺失对肝肿瘤中T淋巴细胞和髓系细胞亚群的影响 | 研究主要基于小鼠模型,人体内的验证尚不充分;Parkin调节PD-1的具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究Parkin在肝肿瘤免疫微环境中的作用及其通过PD-1/PD-L1信号通路调节抗肿瘤免疫的机制 | 四氯化碳诱导的肝肿瘤小鼠模型(Park2-/-小鼠) | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、免疫共沉淀、定量蛋白质组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据、免疫组化图像 | Park2-/-小鼠与对照小鼠的肝肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 532 | 2026-01-16 |
Exploring therapeutic targets for hepatocellular carcinoma through druggable genes
2025-Sep-26, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000044627
PMID:41029168
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化等方法探索肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 整合多种分析方法(包括两样本孟德尔随机化、基于汇总数据的MR、贝叶斯共定位和蛋白质-蛋白质相互作用网络)来优先排序药物靶点,并结合单细胞RNA测序验证细胞类型特异性表达模式 | NA | 识别与肝细胞癌风险相关的潜在治疗靶点 | 肝细胞癌(HCC) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化(MR)、基于汇总数据的MR、贝叶斯共定位、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2026-01-16 |
Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma
2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010709
PMID:40210237
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研究论文 | 本研究评估了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响,发现化疗会降低T细胞质量,从而影响CAR T细胞疗法的效果 | 首次通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和全基因组DNA甲基化阵列综合分析化疗对T细胞功能的影响,为优化CAR T细胞疗法提供了新见解 | 样本量相对较小,且仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者,结果可能不适用于其他癌症类型 | 评估化疗对T细胞功能的影响,以优化CAR T细胞疗法的效果 | B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序, 全基因组DNA甲基化阵列, 体外功能测试 | NA | 细胞, 基因表达数据, 甲基化数据 | 两个患者队列(治疗前和治疗后),具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组DNA甲基化阵列 | NA | NA |
| 534 | 2026-01-16 |
Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements
2025-Jan-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025
PMID:39731911
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞,揭示了其进化上的古老起源以及物种特异性和保守性元素 | 首次在人类儿科供体中高分辨率地描绘了胸腺模拟细胞的单细胞图谱,并进行了跨物种比较分析,突出了神经内分泌和肌肉亚型的多样化 | 研究主要基于儿科供体样本,可能无法完全代表成人或疾病状态下的胸腺模拟细胞特征 | 探究胸腺模拟细胞的进化起源、物种间保守性及适应性,以理解其在自身免疫中的潜在作用 | 人类儿科供体、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类儿科供体的纯化胸腺模拟细胞区室 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 535 | 2026-01-16 |
Analysis of intracellular and intercellular crosstalk from omics data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334981
PMID:41124151
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研究论文 | 本文提出了一种名为“Ulisse”的分析方法,用于评估组学数据中细胞内和细胞间分子相互作用的改变 | 开发了Ulisse方法,补充了现有富集分析、通路串扰分析和细胞间通讯分析方法的不足,特别关注控制过程或细胞间相互作用的组分改变,并采用两种不同的零模型支持串扰量化 | 仅以三阴性乳腺癌单细胞RNA测序数据作为概念验证,未在其他疾病或数据类型中广泛验证 | 评估组学数据中细胞内和细胞间分子相互作用的可能改变 | 基因列表(通常来自组学或多组学研究) | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 网络分析、零模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2026-01-15 |
Tumor prognostic risk stratification based on pseudo-time analysis of single-cell sequencing for patients with lung adenocarcinoma
2025-Dec-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-1581
PMID:41522114
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研究论文 | 本研究利用单细胞伪时间序列分析识别与肺腺癌发展相关的伪时间差异基因,并构建基于这些基因的预后风险分层模型 | 首次将单细胞伪时间分析应用于肺腺癌预后风险分层,识别出13个与预后高度相关的伪时间差异基因,并构建了有效的风险模型 | 研究主要基于回顾性数据,需要进一步的前瞻性验证;单细胞数据样本量可能有限 | 开发肺腺癌患者的准确预后风险分层方法 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学分析 | Cox回归,LASSO,随机森林 | 单细胞RNA测序数据,多中心转录组数据,免疫组织化学图像 | TCGA-LUAD患者队列及多中心验证数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 537 | 2026-01-15 |
Dynamic release of extracellular particles after opening of the blood-brain barrier predicts glioblastoma susceptibility to paclitaxel
2025-Dec-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65681-4
PMID:41402297
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研究论文 | 本研究开发了一种用于捕获胶质母细胞瘤患者循环细胞外囊泡和颗粒的微流控设备,并发现血脑屏障打开后这些颗粒的释放动态可预测患者对紫杉醇的治疗反应 | 首次将血脑屏障打开与循环细胞外颗粒动态释放相结合,开发了基于Annexin-V化学的微流控捕获平台,并将其作为实时替代生物标志物用于评估胶质母细胞瘤治疗反应 | 需要未来前瞻性验证,样本量有限(I期临床试验),且仅针对紫杉醇治疗 | 探索血脑屏障打开后循环细胞外颗粒作为胶质母细胞瘤治疗反应生物标志物的潜力 | 胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 微流控技术、蛋白质组学、纳米颗粒追踪分析、Western blot、扫描电镜、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、影像数据 | I期临床试验患者(具体数量未明确说明),直至疾病进展或最多6个周期 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 538 | 2026-01-15 |
Western Diet Inhibits FUT7-Mediated Treg Intestinal Homing to Disrupt the Homeostasis of Intestinal Epithelial Cells in Crohn's Disease
2025-Dec-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509541
PMID:41398516
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研究论文 | 本研究揭示了西方饮食通过抑制FUT7介导的Treg肠道归巢,从而破坏肠道上皮细胞稳态,进而促进克罗恩病发展的机制 | 首次阐明了西方饮食通过下调Treg中FUT7表达,削弱Treg肠道归巢能力及其与肠道上皮细胞的信号串扰,从而破坏肠道稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者数据有限;机制研究尚未完全阐明FUT7表达下调的具体上游信号通路 | 探究西方饮食如何破坏肠道上皮细胞稳态并促进克罗恩病发生 | 小鼠模型(2,4,6-三硝基苯磺酸诱导的克罗恩病模型、初始CD4 T细胞过继转移模型)及活动期克罗恩病患者 | 单细胞组学与空间转录组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠模型和人类患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 539 | 2026-01-15 |
Integrating multi-omics data to resolve patterns of ion channel regulation in melanoma and predict tumor treatment response
2025-Dec-05, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01866-x
PMID:41348242
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研究论文 | 本研究整合单细胞空间转录组和多组学数据,解析黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式,并预测肿瘤治疗反应 | 首次在黑色素瘤中系统评估离子通道相关基因的调控模式,结合单细胞空间转录组数据揭示其与肿瘤微环境细胞浸润特征的关联,并构建了ICRG评分系统用于预后评估和治疗靶向策略 | NA | 解析黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式,预测肿瘤治疗反应并评估预后 | 皮肤黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞空间转录组学,多组学数据分析 | NA | 转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 540 | 2026-01-15 |
A comparative review of single-cell atlases: mapping cellular diversity across species and tissues
2025-Dec-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05952-x
PMID:41326763
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综述 | 本文对现有的单细胞图谱进行了深入的比较分析,评估了它们在物种、组织覆盖范围、数据集规模等方面的差异与局限性 | 基于Hrovatin等人提出的更新框架,对当前单细胞图谱进行了系统性比较评估,并提出了未来扩展、整合和标准化单细胞图谱计划的关键建议 | 现有图谱在物种代表性和组织类型覆盖上存在不足,部分物种和组织类型代表性较低 | 系统比较和评估现有单细胞图谱,为未来单细胞图谱计划的发展提供指导 | 人类细胞图谱、小鼠细胞图谱等跨物种和组织的单细胞参考图谱 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组学、表观基因组学、空间分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |