单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-04-12	Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544 PMID:40207230	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学分析，揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关免疫基因，并进行了功能验证	首次整合机器学习和多组学分析，识别出CFL1、HMCES和GIMAP1作为缺血性卒中的潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据库的基因表达数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关基因及其在疾病机制中的作用，以开发新的诊断和治疗策略	缺血性卒中患者的基因表达数据和核苷酸代谢相关基因	机器学习	缺血性卒中	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、LASSO回归、SVM-RFE、随机森林算法、CIBERSORT、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接	LASSO、SVM-RFE、Random Forest	基因表达数据	NA
522	2025-04-11	Integrated bioinformatics analysis to develop diagnostic models for malignant transformation of chronic proliferative diseases 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000226 PMID:40201199	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，开发了用于慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型	整合PV和AML的公共数据集，识别差异表达基因并构建加权相关网络，开发诊断模型，并通过临床样本验证基因表达	慢性疾病转化的长期性使得PV患者AML转化前后的纵向高通量测序研究复杂化	开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型，解决早期检测和干预的挑战	PV和AML患者	生物信息学	白血病	RNA-seq, scRNA-seq, cMAP, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	NA
523	2025-04-11	Single-Cell Transcriptomics Identifies a Prominent Role for the MIF-CD74 Axis in Myasthenia Gravis Thymus 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200384 PMID:40117520	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了MIF-CD74轴在重症肌无力胸腺中的重要作用	首次构建了EOMG患者胸腺淋巴细胞的单细胞转录谱，并发现MIF-CD74轴在B细胞存活信号传导中的主导作用	样本量较小（仅11例未接受免疫治疗的EOMG患者）	探究早发型AChR抗体阳性重症肌无力的胸腺增生机制	11例未接受免疫治疗的EOMG患者的胸腺淋巴细胞	单细胞转录组学	重症肌无力	单细胞转录组测序、多重组织学染色、ELISA	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	11例EOMG患者的胸腺样本
524	2025-04-11	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	research paper	该研究通过空间转录组学比较了心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）患者的回肠组织，揭示了两种亚型在细胞类型组成和功能上的差异	首次使用空间转录组学技术对心脏性和经典NEC的肠道表型进行系统比较，揭示了两种亚型在代谢和免疫细胞激活方面的功能差异	样本量有限，且仅分析了回肠组织，未涉及其他肠道部位	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎在分子和细胞水平上的差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	digital pathology	necrotizing enterocolitis	spatial transcriptomics	NA	transcriptomic data	未明确说明样本数量（NEC患者回肠组织）
525	2025-04-11	Regulatory T Cell Infiltration-Driven Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies SAP18 as a Prognostic Marker for Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-10, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01174-3 PMID:40208395	研究论文	通过整合GEO来源的批量RNA测序数据和单细胞转录组数据，开发了一个预后模型，并验证了SAP18作为食管鳞状细胞癌预后标志物的潜力	首次通过单细胞转录组分析揭示了Tregs在食管鳞状细胞癌免疫抑制微环境中的关键作用，并鉴定了SAP18作为新的预后标志物和治疗靶点	研究样本量可能有限，且需要在更大规模的临床队列中进一步验证模型的预测能力	探索Tregs在食管鳞状细胞癌免疫微环境中的作用，并开发预后预测模型	食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	RNA测序、单细胞转录组分析、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、CCK8、Transwell侵袭实验、划痕实验、集落形成实验、免疫荧光	预后预测模型	转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GEO数据库数据和临床标本
526	2025-04-11	IL-34 promotes the inflammatory role of the IL-1β-producing myeloid cells in pemphigus lesions 2025-Apr-09, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf130 PMID:40203120	research paper	本研究探讨了髓系细胞在天疱疮病变中形成异位淋巴样结构(ELSs)的作用，并发现IL-34通过促进IL-1β产生的髓系细胞在炎症和趋化途径中起关键作用	首次揭示了IL-34通过协同TNF-α增强IL1B_Macro分化，并证实角质形成细胞是天疱疮病变中IL-34升高的主要来源	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究天疱疮病变中髓系细胞在ELSs形成中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	天疱疮患者的皮肤病变组织	免疫学	天疱疮	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、体外培养实验	NA	RNA测序数据、免疫组化图像、流式细胞数据	未明确说明样本数量（天疱疮患者皮肤组织）
527	2025-04-11	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于小样本量的特点	该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并能在每个细胞中检测到300-600个基因	NA	开发一种高效率和可靠的细菌单细胞转录组测序方法	细菌单细胞转录组	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	使用Salmonella enterica等模式生物进行验证
528	2025-04-11	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Apr-09, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究旨在通过多组学方法开发一个稳健的高风险MASH诊断模型	整合循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并验证其在诊断高风险MASH中的优越性	样本量相对较小，需要进一步扩大验证队列以确认模型的普适性	开发一个用于诊断高风险MASH的稳健模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）患者	数字病理学	肝病	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG预测模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床参数	发现队列144人，验证队列171人
529	2025-04-11	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025-Apr-09, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病（AD）的潜在关联	结合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联，并构建AD诊断模型	阿尔茨海默病患者和健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	生物信息学分析、RT-PCR、免疫荧光、Western blot	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共数据集中的AD患者和健康对照样本
530	2025-04-11	HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis 2025-Apr-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011 PMID:39731912	研究论文	本研究揭示了高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的细胞和分子机制，并提出了潜在的治疗策略	发现了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的体内实验验证	探究高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的机制	泡沫巨噬细胞	分子生物学	心血管疾病	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
531	2025-04-11	Comprehensive bioinformatics analysis identified HMGB3 as a promising immunotherapy target for glioblastoma multiforme 2025-Apr-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02235-6 PMID:40192954	研究论文	通过综合生物信息学分析，确定HMGB3作为多形性胶质母细胞瘤（GBM）的潜在免疫治疗靶点	首次将HMGB3识别为GBM中具有异质性和免疫抑制特性的分子，并探讨其作为精准治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索GBM发展的分子机制并寻找相关预后生物标志物	多形性胶质母细胞瘤（GBM）	生物信息学	多形性胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
532	2025-04-11	Integrating multi-omics data reveals the antitumor role and clinical benefits of gamma-delta T cells in triple-negative breast cancer 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14029-8 PMID:40197136	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了γδ T细胞在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤作用及其临床益处	首次全面评估γδ T细胞在乳腺癌中的作用，并建立了基于MRI的放射组学模型来预测γδ T细胞丰度	研究结果主要针对三阴性乳腺癌，对其他乳腺癌亚型的适用性尚不明确	探究γδ T细胞在乳腺癌中的作用及其临床价值	三阴性乳腺癌患者及其γδ T细胞	digital pathology	breast cancer	bulk and single-cell sequencing, radiomics, MRI, genomic analysis, immunohistochemistry	radiomic model	genomic data, imaging data, clinical data	未明确提及具体样本数量
533	2025-04-11	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-Apr-05, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别了与线粒体相关的基因（MRGs）及其在子痫前期（PE）中的可能调控机制，并探讨了这些基因与免疫细胞浸润的关联	发现了五个关键的MRGs（MOCS1、CYP11A1、GATM、SFXN3和BCL2L11），这些基因对PE具有高诊断准确性，并与免疫细胞浸润相关，其中CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到样本量和数据质量的限制，且需要进一步的实验验证	探讨线粒体相关基因在子痫前期中的调控机制及其与免疫微环境的相互作用	子痫前期（PE）患者及其胎盘组织	生物信息学	子痫前期	LASSO回归分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞测序分析、免疫荧光染色	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906）
534	2025-04-11	CXCL12/CXCR4 axis mediates CD8 + T cell overactivation in the progression of viral myocarditis 2025-Apr-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06394-6 PMID:40186195	研究论文	本研究探讨了CXCL12/CXCR4轴在病毒性心肌炎中如何介导CD8+T细胞的过度激活	揭示了CXCL12/CXCR4轴在驱动CD8+T细胞反应中的新作用，并提出了该轴作为心肌炎治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化需进一步验证	探究病毒性心肌炎中CD8+T细胞过度激活的分子机制	儿童外周血单个核细胞及病毒性心肌炎小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、细胞删除与过继转移、CXCR4阻断	病毒性心肌炎小鼠模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据	未明确说明样本数量，涉及儿童外周血单个核细胞及小鼠模型
535	2025-04-11	Mitigating ambient RNA and doublets effects on single cell transcriptomics analysis in cancer research 2025-Apr-03, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217693 PMID:40185305	research paper	本文探讨了在癌症研究中单细胞转录组学分析中环境RNA和双联体效应的影响及其缓解方法	提出了使用计算方法和深度学习技术（如SoupX、DecontX和CellBender）来评估和消除环境RNA污染，提高数据质量	未提及具体方法的比较和在实际临床环境中的验证效果	解决单细胞转录组学分析中环境RNA污染问题，以提高肿瘤微环境研究的准确性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	癌症	scRNA-seq, deep learning	深度学习技术（如CellBender）	基因表达数据	NA
536	2025-04-11	NAALAD2 mutations disrupt the fate of photoreceptor cells and retinal pigment epithelial cells during early retinal development 2025-Apr-02, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107724 PMID:40185296	研究论文	本文通过识别NAALAD2基因突变并利用小鼠模型，探讨了该突变与病理性近视发展的潜在联系	首次报道了NAALAD2基因突变与病理性近视的关联，并通过单细胞RNA测序揭示了突变对视网膜细胞组成和转录谱的影响	研究仅基于一个小鼠模型和一个中国家族，样本量有限	探讨NAALAD2基因突变与病理性近视发展的关系	NAALAD2基因突变小鼠模型和病理性近视患者家族	遗传学	近视	单细胞RNA测序	点突变敲入小鼠模型	基因表达数据	一个中国家族和相应的小鼠模型
537	2025-04-11	Apigenin inhibits recurrent bladder cancer progression by targeting VEGF-β 2025-Apr-02, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217676 PMID:40185304	研究论文	本研究探讨了芹菜素通过靶向VEGF-β抑制复发性膀胱癌进展的机制	首次发现芹菜素通过靶向VEGF-β抑制复发性膀胱癌的进展，并揭示了VEGF-β在肿瘤微环境中的作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探究芹菜素抑制复发性膀胱癌进展的分子机制	复发性膀胱癌细胞及VEGF-β	肿瘤学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、体外实验数据	NA
538	2025-04-11	Crosstalk between endothelial cells and dermal papilla entails hair regeneration and angiogenesis during aging 2025-Apr, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.006 PMID:38718895	研究论文	研究揭示了内皮细胞（ECs）和真皮乳头（DP）之间的相互作用如何调节衰老过程中的血管生成和毛发再生	发现了ECs分泌的EDN1与DP表达的EDNRA结合增强牛磺酸（TA）代谢促进毛发再生，以及DP分泌的CTF1与ECs表达的IL6ST结合激活α-亚麻酸（ALA）代谢促进血管生成的新信号通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索毛囊和血管在衰老过程中如何相互作用以调节血管生成和毛发再生	内皮细胞（ECs）和真皮乳头（DP）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat、CellCall、单细胞代谢分析（scMetabolism）、iPATH	小鼠拔毛模型和小鼠细胞器官模型	单细胞转录组数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和器官培养
539	2025-04-11	Tolerogenic dendritic cell-mediated regulatory T cell differentiation by Chinese herbal formulation attenuates colitis progression 2025-Apr, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.04.023 PMID:38677546	research paper	研究探讨中药配方CDD-2103及其生物活性成分在结肠炎小鼠模型中调节免疫的机制	揭示了CDD-2103通过促进耐受性树突状细胞积累和功能上调电子传递链相关基因，增加调节性T细胞分化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CDD-2103在治疗溃疡性结肠炎中的免疫调节机制	小鼠结肠炎模型	免疫学	溃疡性结肠炎	单细胞转录组分析, 液相色谱-质谱(LC-MS)	小鼠结肠炎模型	基因表达数据, 质谱数据	两种实验性结肠炎小鼠模型(TNBS诱导和T细胞转移诱导的Rag1-/-小鼠)
540	2025-04-11	GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001 PMID:39428264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了铜死亡相关基因在牙周炎中的作用	首次整合单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了GLS作为铜死亡相关基因在牙周炎免疫细胞中的关键作用	研究基于公开数据集GSE10334，样本来源和数量可能限制结果的普适性	阐明铜诱导细胞死亡（铜死亡）与牙周炎之间的关联	牙周炎患者的牙周组织免疫细胞	生物信息学	牙周炎	scRNA-seq, LASSO回归, 逻辑回归分析	NA	单细胞RNA测序数据	基于GSE10334数据集（具体样本数未明确说明）