单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 6102 篇文献，本页显示第 5361 - 5380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5361 | 2025-03-14 |
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.637920
PMID:40060545
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研究论文 | 本文通过整合遗传条形码和单细胞RNA测序技术，揭示了食管癌前病变中前体细胞的动态变化 | 开发了一种结合遗传条形码和单细胞RNA测序的谱系追踪工具，并引入了eXamined Ridge (XR)评分来准确识别高可塑性细胞 | 未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性 | 研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹 | 食管癌前病变中的前体细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 遗传条形码，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 5362 | 2025-03-14 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 本文研究了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的作用，揭示了其在幼虫进入发育停滞的dauer阶段决策中的功能 | 首次描述了FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，并展示了人类FOXP1可以替代FKH-7的功能，同时通过单细胞转录组学发现了与自闭症相关的钙激活钾通道的下调表达 | 研究主要集中在特定神经元类型和发育阶段，可能无法全面反映FOXP1在其他神经元类型或发育阶段的功能 | 研究FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能及其在发育决策中的作用 | 化学感应神经元和幼虫发育决策 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5363 | 2025-03-14 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research
2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01558-6
PMID:40070535
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源数据的方法 | 探讨了整合多源单细胞RNA测序和多模态数据的方法，以构建全面的细胞图谱并揭示基因调控机制 | 单细胞RNA测序实验无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据不足以解释细胞状态和系统性变化 | 总结单细胞转录组学整合方法的基本原理、应用价值及其在揭示生物变化中的作用 | 植物组织中的单细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据、多模态数据 | NA |
| 5364 | 2025-03-14 |
Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.151
PMID:40070474
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研究论文 | 本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利 | Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析 | 未提及具体的技术限制或性能问题 | 为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 5365 | 2025-03-13 |
Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis
2025-Mar-11, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003398
PMID:40066778
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研究论文 | 本研究利用斑马鱼模型和多组学分析探讨了CELF2基因突变在癫痫中的致病机制 | 首次建立了CELF2基因敲除和敲低的斑马鱼模型，并通过行为学和电生理学分析确认了癫痫样表型，同时结合蛋白质组学和代谢组学分析揭示了CELF2缺陷对代谢途径的影响 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨CELF2基因突变在癫痫中的致病机制 | 斑马鱼模型和一名与CELF2基因突变相关的婴儿癫痫痉挛综合征患者 | 生物医学 | 癫痫 | 全外显子测序、CRISPR/Cas9技术、蛋白质组学分析、代谢组学分析、单细胞测序 | 斑马鱼模型 | 基因序列数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞测序数据 | 一名患者和多个斑马鱼模型 |
| 5366 | 2025-03-13 |
Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics
2025-Mar-11, Journal of nephrology
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s40620-025-02233-5
PMID:40067649
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，识别了多种肾小球疾病中共有的基因表达变化 | 首次使用空间转录组学技术分析多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，揭示了潜在的分子机制 | 样本量相对较小，且仅分析了肾小球疾病中的基因表达变化，未涉及其他肾脏疾病 | 研究目的是识别多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，以揭示其潜在的分子机制 | 研究对象为肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本 | 空间转录组学 | 肾小球疾病 | 空间转录组学分析，GeoMx Digital Spatial Profiler | NA | 基因表达数据 | 肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本，具体样本数量未明确 |
| 5367 | 2025-03-13 |
Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies
2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00622-x
PMID:40057816
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review | 本文综述了乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略 | 乳酸化修饰作为一种新发现的翻译后修饰，在癌症中的作用机制和功能被详细探讨 | 当前研究在揭示乳酸化修饰机制方面仍存在许多障碍 | 探讨乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及潜在治疗策略 | 癌症细胞及肿瘤微环境 | 癌症研究 | 癌症 | 单细胞转录组学和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 5368 | 2025-03-13 |
Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes
2025-Mar-07, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00833-9
PMID:40055530
|
研究论文 | 本研究探讨了循环肿瘤细胞（CTC）衍生的外泌体在乳腺癌脑转移过程中激活GPX3+星形胶质细胞的作用 | 揭示了CTC通过激活GPX3+星形胶质细胞促进乳腺癌脑转移的新机制，并提出了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探索乳腺癌脑转移的机制，特别是CTC衍生的外泌体对GPX3+星形胶质细胞的激活作用 | 乳腺癌脑转移中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞（CTC） | 癌症研究 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢组学 | 小鼠模型 | RNA序列数据和代谢物数据 | NA |
| 5369 | 2025-03-13 |
PerC B-Cells Activation via Thermogenetics-Based CXCL12 Generator for Intraperitoneal Immunity Against Metastatic Disseminated Tumor Cells
2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202411731
PMID:39865939
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研究论文 | 本文描述了一种基于热遗传学的CXCL12生成器，用于激活腹膜腔B细胞亚群，以通过外源性抗原呈递实现腹膜内抗肿瘤免疫 | 提出了一种不依赖树突状细胞的下一代腹膜内免疫疗法，通过热遗传学方法调控CXCL12表达，避免细胞因子风暴，并识别了在腹膜内免疫疗法中起关键作用的抗原呈递B细胞群 | NA | 开发一种新型腹膜内免疫疗法，以激活腹膜腔B细胞亚群，增强腹膜内抗肿瘤免疫 | 腹膜腔B细胞亚群和腹膜转移的肿瘤细胞 | 免疫疗法 | 胃癌 | 热遗传学，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 5370 | 2025-03-13 |
Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate
2025-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70129
PMID:40066224
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研究论文 | 本文研究了热休克蛋白家族A成员1A（HSPA1A）在良性前列腺增生（BPH）中的作用及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的机制 | 首次揭示了HSPA1A在BPH中的上调表达及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨HSPA1A在BPH发病机制中的作用及其潜在的治疗靶点 | 前列腺细胞（BPH-1和WPMY-1细胞）和睾酮诱导的BPH大鼠模型 | 生物医学 | 前列腺增生 | RNA测序、单细胞测序、组织芯片分析 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 139例BPH组织样本 |
| 5371 | 2025-03-13 |
A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791
PMID:40066030
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研究论文 | 本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点 | 通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联 | 研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制 | 开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略 | 胰腺癌患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析 | LASSO, Cox回归 | RNA-seq, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列 |
| 5372 | 2025-03-13 |
The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.14.638328
PMID:40027631
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研究论文 | 本文提出了一种基于树标记多面体的新方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题 | 引入了树标记多面体这一几何对象，其顶点表示树的可行祖先标记，从而提供了一种多项式时间的线性规划算法 | 虽然新方法在模拟和真实数据集上表现优异，但其在大规模数据集上的计算效率仍需进一步验证 | 解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在现代应用中引入的额外全局约束 | 系统发育树中的祖先状态 | 计算生物学 | 肺癌 | 线性规划、混合整数规划 | 树标记多面体 | 系统发育树数据 | 数千个叶节点的大树，包括小鼠转移性肺腺癌模型的数据 |
| 5373 | 2025-03-13 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
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研究论文 | 本文提出了一种结合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据的方法TUSV-int，用于去卷积和系统发育推断，以解析肿瘤克隆结构 | TUSV-int方法通过整合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据，能够同时处理单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异，提高了克隆结构的解析能力 | 尽管TUSV-int在解析克隆结构方面表现出色，但单细胞DNA测序的高成本和技术挑战仍然限制了其在大规模队列中的常规使用 | 研究目的是开发一种能够整合多种基因组技术的方法，以更好地解析肿瘤克隆结构和突变历史 | 研究对象为肿瘤基因组数据，特别是单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异 | 基因组学 | 乳腺癌 | 批量DNA测序（DNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 整数线性规划（ILP） | DNA测序数据、RNA测序数据 | NA |
| 5374 | 2025-03-13 |
The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oral health
IF:3.0Q1
DOI:10.3389/froh.2025.1554739
PMID:40065838
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素 | 首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因 | 研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证 | 研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者 | 数字病理学 | 口腔癌 | RNA-seq | 机器学习 | 转录组数据 | TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据 |
| 5375 | 2025-03-13 |
Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas
2025, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2025.2472002
PMID:40066175
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用 | 开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性 | 虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性 | 通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性 | 单细胞转录组数据 | 网络医学 | NA | 单细胞转录组测序 | scNET | 单细胞基因表达数据 | 覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接 |
| 5376 | 2025-03-12 |
Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate
2025-Apr, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15315
PMID:39722468
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review | 本文综述了热应激如何影响花粉发育的基因调控网络，并探讨了这些变化对花粉发育各阶段的影响 | 利用单细胞RNA测序等基因组技术揭示热应激引发的基因调控重编程，提出花粉选择作为提高作物耐热性的关键策略 | NA | 研究热应激对花粉发育的影响，以提高作物在气候变暖条件下的耐热性 | 花粉 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas系统 | NA | 基因组数据 | NA |
| 5377 | 2025-03-12 |
Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes
2025-Mar-03, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00848-2
PMID:40032924
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研究论文 | 本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的不同影响，并发现NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了患者的总体生存率 | 首次揭示了NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了PDAC患者的预后，并提出了局部补体动态作为新的生物标志物的潜力 | 样本量相对较小（23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC），需要更大规模的研究进一步验证 | 研究NAT对PDAC癌细胞和TME的影响，并探索补体基因表达在预后和治疗反应中的作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者 | 肿瘤微环境研究 | 胰腺癌 | 空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC样本 |
| 5378 | 2025-03-12 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.639746
PMID:40060689
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研究论文 | 本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的失调作用 | 揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的直接影响，并发现其与线粒体复合物I活性降低相关 | 研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本 | 研究荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递的影响 | 转基因小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | A11免疫组化、环状D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA测序数据 | 转基因小鼠 |
| 5379 | 2025-03-12 |
Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia
2025-Mar, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00025
PMID:40060945
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研究论文 | 本研究探讨了Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的调控作用 | 首次研究了Hippo信号通路在缺氧环境下对毛囊神经嵴干细胞生长的调控作用 | 研究仅在大鼠毛囊神经嵴干细胞中进行，未涉及人类细胞或其他类型的干细胞 | 研究Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞的调控作用 | 大鼠毛囊神经嵴干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 大鼠毛囊神经嵴干细胞 |
| 5380 | 2025-03-12 |
Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection
2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639892
PMID:40060452
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGeneHE的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因表达的遗传性 | 提出了scGeneHE方法，解决了从原生单细胞RNA测序数据中估计基因表达遗传性的分析挑战 | NA | 量化特定细胞类型中基因表达的遗传性，阐明疾病变异和基因的细胞类型特异性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 泊松混合效应模型 | 单细胞RNA测序数据 | 969个个体，11种免疫细胞类型，822,552个细胞 |