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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5261 | 2025-10-05 |
Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease
2025-Sep-12, ArXiv
PMID:40964085
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研究论文 | 本研究开发了一种利用空间转录组学构建可解释机器学习模型来区分炎症性肠病亚型的新计算框架 | 首次将空间转录组学与可解释机器学习相结合,从细胞生态位中系统提取空间和分子特征用于IBD分类 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 开发基于空间转录组学的IBD亚型分类和诊断方法 | 健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织 | 空间转录组学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学,非负矩阵分解,多层感知器 | MLP | 空间转录组数据 | 健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5262 | 2025-10-05 |
Genome-wide association study identifies FUT2 rs601338 polymorphism linking intra-pancreatic fat deposition to chronic pancreatitis
2025-Sep, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2025.07.407
PMID:40744837
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研究论文 | 通过全基因组关联研究揭示FUT2基因rs601338多态性通过影响胰腺脂肪沉积与慢性胰腺炎风险的关联机制 | 首次通过大规模GWAS发现胰腺脂肪沉积的遗传基础,结合单细胞转录组学确认FUT2基因在胰腺外分泌部的特异性表达 | 研究人群主要为欧洲裔,样本代表性有限;未深入探讨FUT2影响胰腺脂肪沉积的具体分子机制 | 探索胰腺脂肪沉积的遗传基础及其对胰腺疾病风险的影响 | 20,040名欧洲裔个体(排除急/慢性胰腺炎和胰腺癌患者) | 基因组学 | 慢性胰腺炎 | 全基因组关联研究(GWAS), 共定位分析, 转录组关联研究(TWAS), 单细胞转录组学 | 回归模型, 交互作用分析 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 20,040人 | UK Biobank | 基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5263 | 2025-10-05 |
scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf485
PMID:40977264
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研究论文 | 提出一种通过困难样本对比学习增强单细胞RNA测序聚类性能的深度学习方法 | 采用困难样本挖掘和对比学习策略,同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息,通过自适应权重策略将对比学习与ZINB模型相结合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, ZINB模型 | 基因表达数据 | 18个单细胞RNA测序真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5264 | 2025-10-05 |
Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape
2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04104-1
PMID:40711527
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研究论文 | 本研究揭示了gasdermin D缺失通过抑制线粒体DNA释放促进粒细胞样髓源抑制细胞分化从而促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 首次发现GSDMD缺失通过维持线粒体完整性、减少mtDNA释放,进而抑制cGAS/STING/TBK1/IRF8/7信号轴激活,促进G-MDSCs分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和部分临床样本,需要更多临床验证;GSDMD重组慢病毒治疗的临床应用潜力需进一步评估 | 探究GSDMD在髓源抑制细胞分化及肿瘤免疫逃逸中的作用机制 | 结直肠癌组织、外周血G-MDSCs、GSDMD缺陷小鼠模型 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 慢病毒转染 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 结直肠癌患者组织及外周血样本, 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5265 | 2025-10-05 |
Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases
2025-Mar-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025598
PMID:39791596
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研究论文 | 通过群体动力学建模揭示了髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏倚 | 首次定量证明髓系偏倚不仅源于造血干细胞分化偏倚,还涉及早期髓系祖细胞的增殖扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究髓系偏倚形成的细胞动力学机制 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 计算生物学 | 髓系肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 微分方程模型,偏微分方程模型 | 单细胞转录组数据 | IκB-突变小鼠、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5266 | 2025-10-05 |
Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421254122
PMID:40063812
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析复发性着床失败(RIF)患者子宫内膜的区域和细胞类型特异性基因表达差异 | 首次在RIF研究中采用空间转录组学技术,揭示子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性转录变化 | 样本量较小(RIF组n=8,对照组n=8),需要在更大队列中验证发现 | 识别RIF患者子宫内膜的分子异常,寻找潜在治疗靶点 | 复发性着床失败患者和生育能力正常对照者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例(8例RIF患者,8例生育能力正常对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5267 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveals predominantly inflammatory endothelial cell responses and suppressed vascular repair in silicosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1629226
PMID:40969743
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示矽肺病中内皮细胞主要表现为炎症反应且血管修复功能受抑制 | 首次在矽肺病中发现两种功能不同的内皮细胞亚群:炎症型内皮细胞和修复型内皮细胞,并揭示其功能失衡机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究矽肺病中内皮细胞的功能特性和病理作用 | 二氧化硅暴露小鼠的肺组织内皮细胞 | 单细胞组学 | 矽肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 二氧化硅暴露小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5268 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the heterogeneity and effect of TAMs in colorectal cancer
2025-Jan-01, Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire
DOI:10.1139/bcb-2025-0041
PMID:40834430
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其作用 | 首次在结直肠癌中系统揭示肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态轨迹 | 基于公共数据库的回顾性分析,样本来源有限 | 研究结直肠癌肿瘤微环境的异质性及免疫细胞的作用 | 结直肠癌患者的肿瘤组织和正常组织 | 单细胞测序分析 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Monocle3轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 27,414个细胞(来自正常组织、肿瘤核心和边界区域) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5269 | 2025-10-05 |
Comprehensive single-cell sequencing reveals the tumor microenvironment and tumor-specific characteristics in trachea squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1575647
PMID:40874228
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境和化疗反应机制 | 首次构建气管鳞状细胞癌的单细胞图谱,揭示化疗引起的T细胞状态转换关键转录调控因子 | 样本量较小(仅7个样本),缺乏独立验证队列 | 研究气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征和化疗反应机制 | 气管鳞状细胞癌患者组织样本(5个恶性样本和2个非恶性样本) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7个TSCC样本(5恶性+2非恶性),70,682个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5270 | 2025-10-05 |
Single-cell profiling of long non-coding RNAs in the hematopoietic system
2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000240
PMID:40979441
|
研究论文 | 通过整合9个单细胞RNA测序数据集,构建了包含207,113个细胞的造血系统单细胞lncRNA图谱 | 首次构建了涵盖从造血干细胞到分化血细胞的全面单细胞lncRNA图谱,鉴定出3,463个谱系特异性lncRNA | 研究主要基于已有数据集整合分析,实验验证的lncRNA数量有限 | 探索长链非编码RNA在正常和异常造血过程中的功能作用 | 造血干细胞、祖细胞及分化血细胞,包括中性粒细胞、单核细胞、B细胞、T/NK细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 207,113个细胞,来自30名健康供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5271 | 2025-10-05 |
Microfluidic chip-integrated vascularized endometrial complexes: Mitochondrial function and paracrine crosstalk enhance regenerative potential
2025-Dec, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.035
PMID:40980506
|
研究论文 | 开发了一种集成微流控芯片的血管化三重细胞子宫内膜复合体,用于子宫内膜修复研究 | 首次将子宫内膜上皮类器官、基质细胞和内皮细胞整合到微流控芯片中构建血管化三重细胞复合体,揭示了细胞间旁分泌相互作用机制 | 研究使用免疫缺陷小鼠模型,可能无法完全模拟人类子宫内膜修复的免疫环境 | 开发具有生理相关性的子宫内膜修复模型并研究其再生机制 | 血管化三重细胞子宫内膜复合体(包含上皮类器官、基质细胞和内皮细胞) | 组织工程 | 子宫内膜损伤 | 单细胞RNA测序,微流控技术 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | 免疫缺陷小鼠子宫内膜损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5272 | 2025-10-05 |
Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis
2025-Nov, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究揭示了m6A去甲基化酶FTO通过下调SLC7A11破坏氧化还原稳态和表观遗传重编程,从而促进面部浸润性脂肪瘤病发病的分子机制 | 首次发现FTO通过m6A依赖方式抑制SLC7A11,扰乱氧化还原平衡,并通过SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程促进脂肪生成的新机制 | 研究聚焦于罕见疾病面部浸润性脂肪瘤病,样本量可能有限,且机制研究主要在细胞和动物模型中进行 | 探究FTO介导的m6A去甲基化在面部浸润性脂肪瘤病发病机制中的作用 | 面部浸润性脂肪瘤病患者组织、脂肪干细胞和祖细胞(ASPCs)、异种移植模型 | 分子生物学 | 面部浸润性脂肪瘤病 | Western blotting, qPCR, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, MeRIP-seq, RIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测, ATAC-seq, ChIP-qPCR, 酶活性检测 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5273 | 2025-10-05 |
Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress
2025-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-1038
PMID:40773375
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示营养过剩代谢压力下人类胰岛细胞功能障碍的分子机制 | 首次在单细胞水平系统揭示不同胰岛内分泌细胞对糖脂毒性的差异敏感性及细胞间互作变化 | 研究仅基于体外培养的人类胰岛模型,未验证体内情况 | 阐明营养过剩代谢压力导致胰岛功能障碍的分子机制 | 人类胰岛细胞 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类胰岛样本(实验组vs对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5274 | 2025-10-05 |
New Insights Into Diabetes-Induced Cell-Type-Specific Responses in the Neural Retina via Single-Cell Transcriptomics: A Report on Research Supported by Pathway to Stop Diabetes
2025-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/dbi24-0009
PMID:40794446
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综述 | 通过单细胞转录组技术探讨糖尿病诱导的神经视网膜细胞特异性反应 | 利用单细胞转录组学在单细胞分辨率水平系统分析糖尿病视网膜病变中不同细胞类型的特异性分子响应机制 | 存在未解决的问题和局限性需要进一步研究 | 阐明糖尿病视网膜病变的细胞特异性分子机制 | 神经视网膜细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组测序,单核转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多种糖尿病动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5275 | 2025-10-05 |
Gene Therapy Targeting Pkp2 Deficiency Attenuates Cardiac Fibrosis: Insights From Single-Cell Transcriptomics in Pkp2-Knockout Rats
2025-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70392
PMID:40979216
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了PKP2基因缺陷导致心脏纤维化的机制,并开发了AAV9-PKP2基因疗法 | 首次发现PKP2是成纤维细胞活化的关键调控因子,并提出AAV9-PKP2基因疗法作为治疗心脏纤维化的新策略 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索PKP2基因缺陷在心脏纤维化中的作用机制并开发基因治疗策略 | Pkp2基因敲除大鼠、心力衰竭小鼠模型、人诱导多能干细胞来源的心脏类器官 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因治疗,生物信息学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | Pkp2敲除大鼠和心力衰竭小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5276 | 2025-10-05 |
Conjugated bile acid-driven CD14+CD16+ monocyte infiltration promotes cholestatic liver injury by enhancing hepatocyte necroptosis
2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101517
PMID:40980164
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了CD14+CD16+单核细胞浸润通过TNFα和FASL激活RIPK1-RIPK3-MLKL轴促进肝细胞坏死性凋亡,从而加剧胆汁淤积性肝损伤的机制 | 首次发现结合胆汁酸驱动的CD14+CD16+单核细胞浸润通过TNFα/FASL-RIPK1-RIPK3-MLKL轴促进肝细胞坏死性凋亡的新机制 | 样本量相对有限(人类样本n=5-20,小鼠实验n=5),需要更大规模研究验证 | 探究单核细胞在胆汁淤积性肝病中的作用机制 | 梗阻性胆汁淤积患者肝组织非实质细胞、小鼠模型、CD14+CD16+单核细胞 | 单细胞生物学 | 胆汁淤积性肝病 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 流式细胞术, RT-qPCR, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 蛋白质表达数据 | 人类患者5-20例,小鼠每组5只,体外实验3-20个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5277 | 2025-10-05 |
Multimodal single-cell transcriptomics with patient-specific iPSC-derived airway organoids as a drug screening approach for cystic fibrosis with nonsense mutations
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118476
PMID:40829314
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研究论文 | 本研究利用患者特异性iPSC来源的气道类器官和单细胞转录组学技术,开发了一种囊性纤维化无义突变的药物筛选方法 | 首次建立携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源3D气道类器官模型,并应用多模态单细胞转录组学分析药物作用机制 | 研究仅针对特定CFTR-S308X无义突变,模型为体外系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 开发针对囊性纤维化无义突变的药物筛选平台并探索相关分子发病机制 | 携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源气道类器官 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序,多模态单细胞转录组学分析 | ASGARD框架,CellChat,RNA velocity | 单细胞转录组数据,bulk RNA测序数据 | 患者特异性iPSC来源气道类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5278 | 2025-10-05 |
ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504697122
PMID:40986354
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研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰缓解脑损伤后神经炎症的分子机制 | 首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体中验证 | 探究m6A RNA修饰在创伤性脑损伤后神经炎症中的作用机制 | 小胶质细胞/巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, m6A RNA免疫沉淀测序, MeRIP-qPCR, RNA pull-down | NA | RNA测序数据 | 多个时间点的脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, m6A测序 | NA | NA |
| 5279 | 2025-10-05 |
Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights
2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01539-5
PMID:40987794
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研究论文 | 本研究通过仓鼠模型揭示了SARS-CoV-2感染后长期症状中中性粒细胞持续激活的机制,并验证了靶向中性粒细胞炎症的治疗策略 | 首次在小仓鼠模型中系统揭示PASC的免疫机制,发现中性粒细胞持续激活是驱动长期炎症的关键因素,并验证了Sivelestat等小分子抑制剂的治疗效果 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类临床试验中验证;样本量相对有限 | 探究SARS-CoV-2感染后长期症状的免疫机制并寻找有效治疗策略 | 小仓鼠模型及感染后30天的组织样本 | 免疫学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,组织病理图像 | SARS-CoV-2感染组46.25-47.50%存活率,其中13.75%发展为PASC表型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5280 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomics of developing rat ocular outflow tissues to prioritize congenital glaucoma candidate genes
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672439
PMID:40909638
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达,为先天性青光眼候选基因的优先排序提供资源 | 首次生成了发育期房水流出通路的单细胞RNA测序数据集,揭示了395个在发育TM/SC亚型中特异性上调的基因 | 研究基于大鼠模型,与人类疾病存在物种差异;仅分析了三个关键发育阶段 | 识别先天性青光眼的候选致病基因并理解房水流出通路的发育机制 | 发育期大鼠眼房水流出通路组织,特别是小梁网和Schlemm管 | 单细胞转录组学 | 先天性青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 86,653个细胞,包含超过10,000个TM/SC相关细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |