单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-07-11	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	研究论文	本文介绍了人类解剖空间图谱（SAHA），这是首个跨多个器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考	首次整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征，构建跨器官系统的亚细胞分辨率参考图谱	样本来源仅限于健康成人组织，未涵盖发育或衰老过程中的组织变化	构建一个全面的健康人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织的多器官系统	数字病理学	NA	空间转录组学（CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP）、单核RNA测序（single-nucleus RNA-seq）	NA	多模态数据（空间转录组、蛋白质组、组织学特征）	超过15百万个细胞，来自100多名捐赠者
502	2025-07-11	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β和Smad信号通路促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不明确	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
503	2025-07-11	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究探讨了妊娠和产后经历如何通过多巴胺依赖的神经转录组重塑引起持久的神经适应	揭示了多巴胺在妊娠和产后神经适应中的核心调控作用，并发现了H3多巴胺化这一新的表观遗传机制	研究主要聚焦于海马背侧区，其他脑区的适应性变化尚未完全阐明	阐明妊娠和产后经历引起持久神经适应的分子机制	雌性小鼠和人类背侧海马区	神经科学	NA	单细胞RNA测序、化学遗传学	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类组织样本
504	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases 2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009 PMID:40451386	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因素	使用Dp16小鼠模型和单细胞转录组技术，首次揭示了APP相关相互作用增加、MHC-II信号增强等与唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索21号染色体三体如何导致唐氏综合征相关的肺部疾病	Dp16小鼠模型（含有人类21号染色体同源区域的小鼠16号染色体片段重复）	基因组学	唐氏综合征相关肺部疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、组织免疫荧光评估、经胸超声心动图	Dp16小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据	未明确说明具体数量，但包括雄性和雌性Dp16小鼠
505	2025-07-11	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤细胞集体迁移中的作用	发现了小胶质细胞在肿瘤侵袭前沿的形态和功能转变，以及plexin-B2在TAMs中解决细胞碰撞、对齐GBM细胞和重构细胞外基质的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBMs的验证仍需进一步研究	探究GBM侵袭性生长的机制及TAMs在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	小鼠模型及人类GBMs样本
506	2025-07-11	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	研究论文	研究PRMT5在表皮发育中的作用及其缺失对基底角质形成细胞的影响	揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤中的类似机制尚未验证	探究PRMT5在表皮分层和角质形成细胞维持中的作用	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮	分子生物学	先天性皮肤疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮组织
507	2025-07-11	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像和转录组学数据	首次将组织病理学图像与转录组学数据整合到一个基础模型中，并开发了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
508	2025-07-11	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	research paper	本文探讨了CD40激动剂如何通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞来重塑心脏免疫环境，从而促进心肌炎症	揭示了CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞和CD8 T细胞之间的正反馈环路促进心肌炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CD40激动剂对心肌炎症的潜在影响及其机制	CD40激动剂对心脏免疫环境的影响	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	NA
509	2025-07-11	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老年小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合年龄因素和基因突变，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解臭氧暴露在老年和基因突变个体中对肺部结构和免疫功能的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	生物学数据	不同年龄段的小鼠（年轻：8-14周，中年：44-52周，老年：>80周）和SP-C突变小鼠
510	2025-07-11	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究通过恒河猴模型探讨了母体食用THC对后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中系统评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了表观遗传调控机制	样本量较小，且仅评估了单一剂量THC的影响	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在危害	恒河猴及其后代	发育生物学	呼吸系统疾病	MRI, RNAseq, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学	恒河猴动物模型	影像数据、分子生物学数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
511	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
512	2025-07-11	Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850 PMID:40630954	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和细胞实验探讨了CHCHD2P9在胶质母细胞瘤进展中的作用及其与预后的关系	发现CHCHD2P9作为胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物，并揭示其表达水平与临床预后不良相关	研究未明确CHCHD2P9调控胶质瘤细胞增殖和迁移的具体分子机制	探索胶质母细胞瘤进展中的分子特征和细胞间相互作用	胶质母细胞瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
513	2025-07-11	Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903 PMID:40630963	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭（HF）相关的免疫原性细胞死亡（ICD）生物标志物	首次识别并验证了CD163、FPR1和VSIG4作为HF的ICD相关生物标志物，为HF的临床诊断和治疗提供了新的理论基础	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别HF患者中与ICD相关的生物标志物并探索其潜在机制	心力衰竭患者和动物模型	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习方法、PPI网络、nomogram模型	基因表达数据	来自GSE57338、GSE3586和GSE5406数据集的数据，以及GSE183852单细胞数据集
514	2025-07-11	Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439 PMID:40630945	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析，揭示了膀胱癌肿瘤微环境中牛磺酸代谢失调的分子机制及其在免疫抑制中的作用	开发了牛磺酸代谢失调指数（TMs）作为独立的预后生物标志物，并揭示了其在免疫治疗抵抗中的作用	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	膀胱癌（BLCA）患者样本和肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量转录组分析	机器学习方法	转录组数据	TCGA队列中的膀胱癌患者样本
515	2025-07-10	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调如何通过减少Nordihydroguaiaretic acid (NDGA)的产生加剧炎症性肠病(IBD)，并发现NDGA通过下调GSDMD/NR4A1/NLRP3轴介导的巨噬细胞焦亡来缓解结肠炎	揭示了肠道微生物NDGA在调节巨噬细胞焦亡中的新作用，并提出了其作为老年相关IBD治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限，需要进一步验证NDGA在人类IBD中的治疗效果	探究衰老相关肠道菌群失调对结肠炎发展的影响及其机制	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、IBD患者和老年人样本
516	2025-05-12	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24531 PMID:40346999	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
517	2025-07-10	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2) CreERT2 2025-Aug, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70021 PMID:40580015	研究论文	本研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪了发育中嗅觉系统中Cntn2的表达，以研究早期迁移神经元	利用Cntn2CreERT2小鼠系作为时间控制的工具，特异性操纵感兴趣的神经元群体	可用的分子标记数量有限，可能限制了研究的广泛性	研究发育中嗅觉系统的神经元迁移过程	早期迁移神经元，特别是起源于嗅觉区域的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导的CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
518	2025-07-10	Cellular heterogeneity and patterning strategies as revealed by upper respiratory epithelium single cell atlas 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112845 PMID:40612507	research paper	通过单细胞RNA测序和空间验证，生成了小鼠上呼吸道上皮细胞的分子图谱，揭示了18种上皮细胞类型及其空间分布	首次生成了上呼吸道上皮的单细胞和分子图谱，揭示了细胞类型的空间分布和多样性	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	解析上呼吸道上皮细胞的异质性和空间分布模式	小鼠上呼吸道上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠上呼吸道上皮细胞样本
519	2025-07-10	Single-Cell RNA Sequencing Highlights a Contribution of Human Amniotic Mesenchymal Stem Cells-Derived Exosomes to Androgenetic Alopecia 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500853R PMID:40622121	研究论文	本研究探讨了人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）对雄激素性脱发（AGA）的治疗效果及其分子机制	首次在单细胞水平揭示了hAMSC-exo通过Wnt/β-catenin信号通路减轻DHT诱导的毛乳头细胞（DPC）损伤，并促进毛囊再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hAMSC-exo对AGA的治疗潜力及其作用机制	雄激素性脱发（AGA）小鼠模型及人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）	干细胞治疗	雄激素性脱发	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠背部皮肤的多种细胞类型
520	2025-07-10	Myeloid-specific deficiency of ribosomal protein L13a alters macrophage polarity and diversity during differentiation from bone marrow 2025-Jul-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf102 PMID:40631353	研究论文	本文揭示了核糖体蛋白L13a在骨髓来源巨噬细胞分化和极化过程中的新作用	发现了L13a在调节巨噬细胞极化中的新角色，超越了传统的M1-M2二分法概念	研究主要基于体外骨髓来源巨噬细胞分化模型，体内验证有待进一步研究	探究核糖体蛋白L13a在巨噬细胞分化和极化过程中的调控机制	骨髓来源巨噬细胞和CD4+ T细胞	免疫学	NA	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	基因敲除小鼠模型（L13aflox/flox LysMCre+）	基因表达数据	对照小鼠和L13a敲除小鼠的骨髓来源细胞