单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 3296 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-04-12 |
HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer
2025-Mar-24, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2025.2477443
PMID:40126194
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对5-FU的敏感性 | 首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径抑制自噬，逆转结直肠癌的5-FU耐药性 | 研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏体内动物模型的验证 | 探索结直肠癌化疗耐药的新机制并寻找潜在治疗靶点 | 结直肠癌细胞和组织样本 | 肿瘤生物学 | 结直肠癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、临床样本数据 | 结直肠癌患者组织和耐药细胞系 |
| 502 | 2025-04-12 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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研究论文 | 介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自合并实验的单细胞测序数据 | CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质共轭条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法 | NA | 开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持合并实验的设计 | 单细胞测序数据，多物种和多个体细胞混合物 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 |
| 503 | 2025-04-12 |
Prognostic and Immunotherapeutic Value of Regulatory T Cell Marker Gene Signature in Melanoma
2025-Mar-10, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology
DOI:10.18502/ijaai.v24i2.18150
PMID:40211502
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研究论文 | 本研究探讨了调节性T细胞（Tregs）相关基因（TRGs）在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用及其在预测免疫治疗反应中的预后意义 | 识别了一个与Treg相关的基因特征（TRGS），并证明其可作为黑色素瘤的独立预后指标，为Tregs在调节肿瘤微环境中的作用提供了新见解 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制 | 阐明TRGs在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用及其在预测免疫治疗反应中的预后意义 | 黑色素瘤患者 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析 | 预后模型 | 转录组数据 | 来自公共数据库的转录组和scRNA-seq数据 |
| 504 | 2025-04-12 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025-Mar-08, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
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research paper | 研究CX3CL1-CX3CR1信号在耳蜗炎症老化中的作用及其机制 | 首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是炎症老化的触发点 | 需要进一步的体内干预实验验证 | 探究CX3CL1-CX3CR1信号在耳蜗炎症老化中的角色 | 年轻和老年小鼠的耳蜗 | 生物医学 | 老年性耳聋 | scRNA-seq, 免疫荧光, 实时定量PCR, Western blot, 迁移实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗样本 |
| 505 | 2025-04-12 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合六个连续阶段的基因表达图谱 | 首次系统地分析了颅神经板闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，并揭示了SHH信号在发育中的前脑、中脑和后脑中的不同转录程序 | 研究仅聚焦于小鼠胚胎，未涉及其他物种或更广泛的发育阶段 | 研究哺乳动物大脑发育过程中颅神经板的区域化和形态发生 | 小鼠胚胎的颅神经板 | developmental biology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | gene expression data | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 |
| 506 | 2025-04-12 |
Single-cell transcriptomics of melanoma sentinel lymph nodes identifies immune cell signatures associated with metastasis
2025-Mar-06, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183080
PMID:40048259
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research paper | 该研究通过单细胞转录组测序技术分析了黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞特征，揭示了与转移相关的免疫细胞亚群及其转录程序 | 首次使用单细胞转录组测序技术全面表征黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞亚群，并发现与免疫治疗响应相关的'高度激活'特征评分 | 研究样本量相对有限（97,777个细胞），且仅针对黑色素瘤患者 | 探究黑色素瘤前哨淋巴结中免疫浸润的动态变化及其与转移的关系 | 来自I/II期和III期皮肤黑色素瘤患者的前哨淋巴结组织 | digital pathology | melanoma | single-cell transcriptomics, cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing | NA | single-cell RNA-seq data | 97,777个细胞（来自黑色素瘤患者前哨淋巴结组织） |
| 507 | 2025-04-12 |
Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02077-6
PMID:40069506
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研究论文 | 本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用 | 揭示了琥珀酰辅酶A水平与肿瘤免疫及抗PD-1疗法效果的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解 | 研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型癌症的适用性尚不明确 | 探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及抗PD-1疗法效果的潜在生物标志物 | 黑色素瘤患者及体外和体内模型 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、批量转录组学和蛋白质组学 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 508 | 2025-04-12 |
Mechanosensitive ion channel-related genes in hepatocellular carcinoma: Unraveling prognostic genes and their roles in drug resistance and immune modulation
2025-Mar, Liver research (Beijing, China)
DOI:10.1016/j.livres.2025.01.002
PMID:40206431
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研究论文 | 本研究探讨了机械敏感离子通道相关基因（MICRGs）在肝细胞癌（HCC）中的作用，重点关注其作为预后生物标志物的潜力及其在免疫调节和药物耐药性中的参与 | 首次系统性地研究了MICRGs在HCC中的预后价值及其在药物耐药性和免疫调节中的作用，特别是PIEZO1基因的发现 | 研究结果需要在更大的患者队列中进行验证，并且PIEZO1靶向的功能影响需要在临床前模型中进一步探索 | 探究MICRGs在HCC中的分子机制，特别是在预后、药物耐药性和免疫调节中的作用 | 肝细胞癌（HCC）组织和细胞系 | 生物信息学与癌症研究 | 肝细胞癌 | 基因表达谱分析、生物信息学工具、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、富集分析、免疫细胞浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、深度学习神经网络分析 | 深度学习神经网络 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 来自The Cancer Genome Atlas数据库的HCC患者数据及HCC细胞系 |
| 509 | 2025-04-12 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
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research paper | 本文提出了一种名为CellTransformer的自监督框架，用于在小鼠脑部空间转录组数据中发现精细区域 | 使用新颖的编码器-解码器架构CellTransformer，能够从细胞和分子统计模式中分层学习高级组织特征，并实现多百万细胞数据集的扩展分析 | 未提及具体局限性 | 解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现自监督空间区域检测 | 小鼠脑部空间转录组数据 | digital pathology | NA | spatial transcriptomics, MERFISH, Slide-seqV2 | Transformer | spatial transcriptomic data | 四个小鼠的九百万细胞，跨越200多个组织切片 |
| 510 | 2025-04-12 |
Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia
2025-Feb-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177084
PMID:39998887
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研究论文 | 研究肺炎期间肺间充质细胞的转录组反应 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组变化，揭示了细胞类型特异性和共同的免疫反应 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明肺炎期间肺间充质细胞的免疫反应机制 | 小鼠肺间充质细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠肺间充质细胞（包括初始组、肺炎组和恢复组） |
| 511 | 2025-04-12 |
Spatial single-cell proteomics landscape decodes the tumor microenvironmental ecosystem of intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Feb-25, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001283
PMID:39999448
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研究论文 | 本研究利用人工智能辅助的空间多组学模式，生成了肝内胆管癌（iCCA）的全面空间图谱，并识别了与预后和免疫治疗相关的空间特征 | 首次通过空间单细胞蛋白质组学景观解码iCCA肿瘤微环境生态系统的空间特征，并开发了深度学习系统以高精度预测患者预后 | 样本量在某些组学数据中较小（如空间转录组学仅4例），可能影响结果的普遍性 | 阐明iCCA肿瘤微环境的空间特征及其与患者预后和免疫治疗的关系 | 肝内胆管癌（iCCA）患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、多重免疫荧光、scRNA-seq、bulk RNA-seq、bulk蛋白质组学 | 深度学习系统 | 蛋白质组学数据、转录组学数据、图像数据 | 共分析超过106万个细胞，包括155例成像质谱流式细胞术、155例空间蛋白质组学、4例空间转录组学、20例多重免疫荧光、43例scRNA-seq（9例内部+34例公共）、244例bulk RNA-seq（公共）、324例bulk蛋白质组学（110例内部+214例公共） |
| 512 | 2025-04-12 |
Atypical memory B cells acquire Breg phenotypes in hepatocellular carcinoma
2025-Feb-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187025
PMID:39998891
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序，分析了肝细胞癌中肿瘤浸润B细胞的功能可塑性及其在肿瘤微环境中的发展 | 揭示了肝细胞癌中非典型记忆B细胞获得Breg表型的新机制，以及它们在肿瘤微环境和外周血中的潜在调节作用 | 研究主要集中于肝细胞癌，未涉及其他癌症类型中Bregs的广泛作用 | 探讨肿瘤微环境如何影响肿瘤浸润B细胞的发育及其在免疫抑制中的作用 | 肝细胞癌中的肿瘤浸润B细胞和外周血B细胞 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学、B细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、BCR测序数据 | 未明确提及样本数量，但涉及肝细胞癌患者的肿瘤组织和外周血样本 |
| 513 | 2025-04-12 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Delineate the Microstructure and Immune Landscape of Intrahepatic Cholangiocarcinoma in the Leading-Edge Area
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412740
PMID:39716897
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组分析，描绘了肝内胆管癌前沿区域的微结构和免疫景观 | 揭示了肝内胆管癌前沿区域肿瘤细胞与免疫微环境的相互作用，特别是发现了由CD8+ T细胞、SPP1+巨噬细胞和POSTN+癌症相关成纤维细胞组成的独特'三联结构' | 样本量较小（仅9例患者），且仅关注了肝内胆管癌的前沿区域 | 探索肝内胆管癌前沿区域的肿瘤细胞特征及其与免疫微环境的相互作用 | 肝内胆管癌患者的肿瘤核心、邻近非肿瘤组织和前沿区域 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | scRNA-seq, 空间转录组分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 9例肝内胆管癌患者 |
| 514 | 2025-04-12 |
Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans
2025-Jan-08, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae167
PMID:39693264
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综述 | 本文概述了用于秀丽隐杆线虫基因表达检测的方法，包括原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序以及高通量蛋白质组学 | 总结了近年来基因表达检测新技术的发展，提供了选择这些技术的重要考虑因素和公开可用的基因表达数据资源 | 未提及具体实验数据或新技术的详细验证结果 | 理解发育过程并研究基因和环境扰动下的生物反应 | 秀丽隐杆线虫的基因表达 | 基因表达分析 | NA | 原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 515 | 2025-04-12 |
Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027
PMID:40206344
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和临床数据，探索牙源性角化囊肿恶性转化的机制 | 首次在COKC中鉴定出两个特异性上皮亚群，揭示了它们在OKC癌变中的关键作用，并发现成纤维细胞和巨噬细胞的表型转变可能与癌变过程相关 | 样本量较小（仅3例COKC样本），且未明确验证MAST4在淋巴转移中的调控机制 | 阐明牙源性角化囊肿(OKC)恶性转化为癌性牙源性角化囊肿(COKC)的分子机制和临床特征 | 3例COKC患者的肿瘤样本及公共OKC数据集 | 数字病理学 | 牙源性肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据、临床数据、影像学数据、组织病理学数据 | 3例COKC样本+公共OKC数据集（共22,509个单细胞） |
| 516 | 2025-04-12 |
Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1565090
PMID:40206583
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research paper | 本研究整合多组学和机器学习方法，揭示了氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）在结直肠癌（CRC）中的关键作用，并识别了潜在的治疗靶点 | 整合了批量转录组和单细胞转录组数据，结合多种机器学习方法构建预后模型，并实验验证了关键基因LSM8的作用 | 未明确提及样本量或数据来源的具体限制 | 探索MAAD在结直肠癌进展中的作用，识别潜在治疗靶点 | 结直肠癌（CRC）相关的氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）基因 | machine learning | colorectal cancer | bulk transcriptome, single-cell transcriptome, machine learning | NA | transcriptome data | NA |
| 517 | 2025-04-12 |
Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S505752
PMID:40206734
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研究论文 | 本研究通过深度学习等方法识别了FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关肝细胞癌的新生物标志物 | 首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选出FDFT1和PGRMC1作为NASH相关HCC的新型生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探索NASH相关肝细胞癌的新型生物标志物 | 非酒精性脂肪肝(NAFLD)和NASH相关肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 深度学习、WGCNA、PPI网络分析、实时定量PCR | 深度学习神经网络 | 基因组数据 | NAFLD小鼠模型 |
| 518 | 2025-04-12 |
Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503144
PMID:40206809
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研究论文 | 本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）滑膜中中性粒细胞的存在与疾病活动性和炎症状态的关系 | 揭示了中性粒细胞在RA滑膜炎中的特定作用，尤其是在疾病活动性和治疗反应方面的关联 | 样本量较小（55例患者），且为回顾性研究 | 研究中性粒细胞在RA滑膜炎中的病理作用及其与临床表型的关系 | 55例RA患者的滑膜组织和临床数据 | 风湿病学 | 类风湿性关节炎 | H&E染色和单细胞RNA测序 | NA | 组织病理学数据和临床数据 | 55例RA患者 |
| 519 | 2025-04-12 |
Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976
PMID:40207217
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研究论文 | 本研究通过整合多种数据集和生物信息学工具，探讨了二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的意义，并建立了一个8基因的预后特征 | 首次在胰腺导管腺癌中研究二硫键凋亡的意义，并建立了一个新的预后特征模型，能够预测免疫检查点阻断的敏感性 | 研究样本量相对较小（20对PDAC样本），需要更大规模的验证 | 阐明二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的预后和免疫治疗潜力 | 胰腺导管腺癌(PDAC) | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序、单细胞转录组分析、空间转录组分析 | LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据、微阵列数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 20对PDAC样本及邻近正常组织 |
| 520 | 2025-04-12 |
CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231
PMID:40207219
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research paper | 该研究利用单细胞RNA测序技术揭示了川崎病（KD）血管炎早期免疫细胞通讯的动态变化，发现CD14+单核细胞在细胞间通讯中起核心作用 | 首次通过单细胞测序技术揭示CD14+单核细胞在川崎病血管炎早期免疫通讯中的核心作用，并鉴定出关键信号基因SELPLG和ITK | 样本量较小（仅7例患者），可能影响结果的普适性 | 研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并寻找潜在生物标志物 | 川崎病患儿的外周血单个核细胞（PBMCs） | digital pathology | cardiovascular disease | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 7例川崎病患儿 |