单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-09-11	TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples 2025-Sep-08, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101394 PMID:40925368	研究论文	提出一种自监督卷积神经网络TissueMosaic，用于从空间转录组数据中识别组织架构模式并关联基因表达	通过自监督学习发现组织架构模式，并创新性地将其与基因表达关联，提升空间差异表达分析的信噪比	NA	开发计算方法来链接细胞状态与微环境，并跨样本比较这些关系	多样本空间转录组数据集	数字病理学	NA	空间转录组学	CNN	空间基因表达数据	NA
502	2025-09-11	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中通过促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化来调控骨再生的机制	首次揭示Piezo1在骨感染微环境中介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞间串扰的新作用机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和骨再生障碍的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠模型、人类骨组织样本及小鼠细胞系
503	2025-09-11	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及其在恶性胶质瘤免疫治疗中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬胶质瘤细胞的巨噬细胞存在转录异质性，并发现联合治疗可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证	阐明放疗与CD47阻断联合治疗对巨噬细胞吞噬功能和激活状态的调控机制	人源和小鼠胶质瘤细胞系、外周血单核细胞来源及骨髓来源巨噬细胞	肿瘤免疫学	恶性胶质瘤（包括弥漫中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位移植和同系小鼠模型	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	多个人源和小鼠胶质瘤细胞系，以及小鼠模型（具体数量未明确说明）
504	2025-09-11	Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response 2025-Sep-05, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733 PMID:40914542	研究论文	本研究通过机器学习构建了一个基于肠胶质细胞相关基因的预后模型，用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应	首次整合肠胶质细胞(EGC)和结直肠癌相关基因表达，利用随机森林算法构建预后模型，并揭示其与免疫微环境和治疗反应的关联	需要进一步验证才能应用于临床	开发和验证一个预后模型来预测结直肠癌患者的生存、复发、转移和治疗反应	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	RSF随机森林	基因表达数据	NA
505	2025-09-11	Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids 2025-Sep-02, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109763 PMID:40914107	研究论文	使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质（PFAS）对肝脏健康的影响	首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中结合单细胞RNA测序和脂质染色，揭示PFAS的化合物和性别特异性肝毒性机制	研究仅使用体外模型，未进行体内验证；浓度固定为20µM，可能无法反映真实环境暴露水平	阐明不同PFAS化合物导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制	多供体人类肝脏球体模型（包含多种细胞类型）	毒理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脂质染色	NA	基因表达数据、成像数据	多供体人类肝脏球体（具体数量未明确说明）
506	2025-09-11	Single-cell analysis of Barrett's esophagus and carcinoma reveals cell types conferring risk via genetic predisposition 2025-Sep-02, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100980 PMID:40925382	研究论文	通过单细胞RNA测序分析巴雷特食管和食管腺癌，揭示遗传易感性相关的风险细胞类型	首次整合单细胞RNA测序与全基因组关联数据，识别特定细胞类型及过程在疾病发展中的作用	NA	确定巴雷特食管和食管腺癌的细胞类型特异性遗传风险及相关细胞过程	巴雷特食管、食管腺癌及配对正常组织	单细胞组学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
507	2025-09-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Sep, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能表现	首次系统评估MGI Tech平台在异质性癌症样本单细胞RNA测序中的应用效果	仅基于三个癌症样本进行分析，样本规模有限	验证不同测序平台对单细胞转录组分析结果的影响	人类癌症样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	三个人类癌症样本
508	2025-09-11	Genetics of Congenital Heart Disease: A Narrative Review of Challenges and Strategies in Identifying Novel Genes 2025-Sep, Cureus DOI:10.7759/cureus.91674 PMID:40917916	综述	本文概述了先天性心脏病遗传学研究的进展，重点讨论了新技术在识别新基因及临床转化中的应用与挑战	整合了下一代测序、表观遗传修饰及iPSC等前沿技术，提出多学科协作推动基因组数据向临床个性化诊疗转化的策略	未涉及具体实验数据验证，主要基于文献综述，缺乏原创性研究支撑	探讨先天性心脏病遗传机制，促进基因组发现向临床风险预测和治疗指导的转化	先天性心脏病患者及其遗传变异	基因组学	先天性心脏病	NGS, 单细胞测序, iPSC技术	NA	基因组数据	NA
509	2025-09-11	Inherent single-cell heterogeneity of the transcriptional response to hypoxia in cancer cells 2025-Sep, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaf021 PMID:40918648	研究论文	本研究探讨了癌细胞在缺氧条件下转录反应的固有单细胞异质性，特别是HIF通路的响应差异	首次在相同培养条件下揭示癌细胞HIF反应的固有单细胞异质性，发现HIF-2靶基因mRNA的异质性尤为显著且独立于克隆变异	研究主要基于体外细胞系实验，未涉及体内肿瘤微环境的复杂性	阐明癌细胞在缺氧条件下转录反应的单细胞水平异质性及其机制	非克隆细胞系和多克隆衍生物，包括HIF-1α或HIF-2α敲除细胞	癌症生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因敲除技术	NA	单细胞转录组数据	多个非克隆细胞系和克隆衍生物（具体数量未明确说明）
510	2025-09-11	Less is more: improving cell-type identification with augmentation-free single-cell RNA-Seq contrastive learning 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf437 PMID:40794574	研究论文	提出一种无需数据增强的单细胞RNA测序对比学习算法AF-RCL，用于提升细胞类型识别性能	简化传统数据增强操作并采用新型对比学习损失函数，实现无需增强的对比学习框架	NA	改进单细胞RNA测序中的细胞类型识别任务	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, 对比学习	对比学习模型	基因表达数据	NA
511	2025-09-11	Mitigation of multi-scale biases in cell-type deconvolution for spatially resolved transcriptomics using HarmoDecon 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf451 PMID:40796171	研究论文	提出一种名为HarmoDecon的半监督深度学习模型，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积，以缓解多尺度偏差	首次同时解决细胞类型反卷积在spot级别、样本级别和跨平台数据分布偏移三个尺度的偏差问题	NA	开发高精度的空间细胞类型反卷积方法，提升空间转录组数据分析质量	空间转录组数据点（spots）和单细胞RNA测序参考数据	空间转录组学	乳腺癌	scRNA-seq, SRT（空间分辨转录组学）	半监督深度学习，高斯混合图卷积网络	基因表达数据，空间转录组数据	使用STARmap、osmFISH和10x Visium数据集进行验证，包括人类乳腺癌样本
512	2025-09-11	Unveiling the role of STAT1-activated macrophages in abdominal aortic aneurysm: Insights from scRNA-seq and prognostic signature development 2025-Sep, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107528 PMID:40803394	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示STAT1激活的巨噬细胞在腹主动脉瘤中的作用，并开发预后基因标记	首次发现STAT1通路介导M1和M2巨噬细胞间增强的细胞通讯，并构建了十个基因的炎症标记用于AAA预后预测	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分	探究腹主动脉瘤发病机制并开发预后预测工具	腹主动脉瘤小鼠模型和健康对照	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, Western blotting, real-time PCR	NA	单细胞RNA测序数据	三个AAA小鼠模型和两个健康对照
513	2025-09-11	Maternal-Fetal Interface Cell Dysfunction in Patients With Preeclampsia Revealed via Single-Cell RNA Sequencing 2025-Sep, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.70101 PMID:40924867	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者母胎界面细胞功能障碍	首次利用单细胞测序技术系统分析先兆子痫患者胎盘和蜕膜组织中细胞类型的异质性变化，并发现VCT细胞分化倾向改变及T细胞分化异常	样本量较小（PE组3例，NP组3例），仅基于剖宫产样本，可能无法代表所有先兆子痫亚型	探究先兆子痫的发病机制，重点关注胎盘和蜕膜组织细胞功能障碍	先兆子痫患者和正常妊娠孕妇的胎盘及蜕膜组织细胞	单细胞测序分析	先兆子痫	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集变异分析（GSVA），伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	6例患者（3例PE，3例NP），共32,279个细胞
514	2025-09-11	Segmentation Matters: Recognizing the Cell Segmentation Challenge in Spatial Transcriptomics 2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.25.672145 PMID:40909538	研究论文	系统评估空间转录组学中神经元细胞自动分割方法的性能并提出人工质检策略	首次系统比较多种自动分割方法在人类感觉神经元中的表现，揭示不同模型的特定错误模式并提出人工验证方案	研究仅针对人类感觉神经节神经元，结论在其他细胞类型中的普适性需进一步验证	解决空间转录组学中细胞分割准确性的技术挑战	人类感觉神经节中的神经元和非神经元细胞	数字病理学	神经系统疾病	探针杂交空间转录组技术	多种自动分割模型（未指定具体类型）	空间转录组图像数据	人类感觉神经节样本（具体数量未明确说明）
515	2025-09-11	Single-cell RNA sequencing of mouse cornea during wound healing after infrared laser irradiation 2025-Aug-29, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110615 PMID:40886962	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析红外激光损伤后小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞类型动态变化	首次使用scRNA-seq绘制小鼠角膜伤口愈合的细胞图谱，发现三个新的上皮亚群和明确的炎症/恢复双阶段特征	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，样本量相对较小（10个健康角膜）	解析角膜伤口愈合的细胞分子机制	C57BL/6J小鼠角膜组织	单细胞组学	眼科疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	10个健康小鼠角膜的12,956个细胞
516	2025-09-11	SAMHD1 deficiency disrupts macrophage autophagy-lysosomal homeostasis and promotes inflammation via the mTOR-MITF-CTSD axis in ulcerative colitis 2025-Aug-29, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147188 PMID:40886983	研究论文	本研究揭示了SAMHD1通过调控mTOR-MITF-CTSD轴在溃疡性结肠炎中维持巨噬细胞自噬-溶酶体稳态和抑制炎症的关键作用	首次发现SAMHD1缺失通过mTOR-MITF-CTSD轴破坏巨噬细胞自噬-溶酶体稳态并促进炎症，并提出mTOR抑制作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究SAMHD1在溃疡性结肠炎巨噬细胞稳态和炎症调控中的分子机制	巨噬细胞和溃疡性结肠炎小鼠模型	分子免疫学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	基因敲除小鼠模型	基因表达数据和病理表型数据	髓系特异性SAMHD1缺陷小鼠及结肠组织样本
517	2025-09-11	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Aug-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02405-7 PMID:40877935	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组数据和计算建模，揭示了癌细胞间信号传导在强化表型可塑性和维持肿瘤异质性中的关键作用	开发了多尺度推断方法整合CellChat、decoupleR和CORNETO工具，首次系统揭示细胞间通信通过动态系统机制加速异质性形成并增强稳态鲁棒性	研究方法主要基于计算推断和数学模型，需要实验验证来确认预测的信号网络机制	探究细胞间通信在癌症表型可塑性和肿瘤异质性维持中的机制	小细胞肺癌（SCLC）及其他多种癌症类型的癌细胞	计算生物学	肺癌	scRNA-seq, 配体-受体相互作用推断, 转录因子活性估计, 因果信号网络重建	基于常微分方程的数学模型	单细胞转录组数据	NA
518	2025-09-11	Genetic and Cellular Architecture of Breast Cancer Risk in Multi-Ancestry Studies of 159,297 Cases and 212,102 Controls 2025-Aug-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.20.25334075 PMID:40909829	研究论文	通过多祖先群体的全基因组关联研究分析乳腺癌的遗传结构	迄今为止最大规模的多祖先乳腺癌GWAS研究，整合单细胞RNA-seq图谱揭示跨祖先共享的细胞类型关联	样本量在不同祖先群体间分布不均，遗传相关性估计存在较大标准误	探究不同祖先群体乳腺癌遗传结构的异同	159,297例乳腺癌患者和212,102例对照	基因组学	乳腺癌	GWAS, scRNA-seq	稀疏正态混合效应模型	基因组关联摘要统计数据	371,399个样本（非洲、东亚、欧洲和西班牙/拉丁裔祖先）
519	2025-09-11	LXR-β regulates microglial efferocytosis and neuroinflammation in CPSP via STAT6 activation 2025-Aug-21, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.106089 PMID:40848997	研究论文	本研究探讨LXR-β通过激活STAT6调控小胶质细胞胞葬作用减轻脑卒中后中枢性疼痛（CPSP）的机制	首次揭示LXR-β/p-STAT6信号通路通过增强小胶质细胞胞葬功能及M2表型极化来缓解神经炎症和CPSP	NA	探究LXR-β调控小胶质细胞胞葬作用缓解CPSP的潜在分子机制	CPSP大鼠模型和BV2小胶质细胞系	神经科学	脑卒中后疼痛综合征	单细胞测序、动物行为学测试、分子生物学实验	NA	基因表达数据、行为学数据、蛋白质表达数据	人类脑出血患者单细胞数据集及大鼠模型
520	2025-09-11	Spatiotemporal dynamics of neuron differentiation and migration in the developing human spinal cord 2025-Aug-16, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.08.004 PMID:40825501	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和原位测序技术，揭示了人类和小鼠脊髓发育过程中神经元分化和迁移的时空动态及调控机制	首次在人类脊髓发育早期（Carnegie Stages 16-21）系统揭示前体细胞状态在神经元分化和迁移中的关键作用，并识别跨物种保守的调控转录因子	研究仅覆盖特定发育阶段（CS16-21/E8.0-11.5），未涉及更晚期或成年期的神经发育过程	探究人类脊髓神经元在胚胎发育过程中的分化和迁移机制	人类和小鼠胚胎脊髓组织	发育神经生物学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、原位测序	NA	基因表达数据、空间转录组数据	人类Carnegie Stages 16-21和小鼠胚胎E8.0-11.5阶段的脊髓样本