本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-04-10 |
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02811-9
PMID:41339526
|
研究论文 | 本研究通过生成Spatial Touchstone数据集,评估了Xenium和CosMx平台在成像空间转录组学中的标准化指标,并开发了SpatialQM软件以促进数据评估和整合 | 首次提出了标准化指标和操作程序(STSOPs)以及开源软件SpatialQM,用于评估成像空间转录组学技术的可重复性和性能,并建立了多组学数据整合的最佳实践 | 研究仅评估了Xenium和CosMx两个平台,可能未覆盖所有成像空间转录组学技术;样本来源和数量(254个空间谱)可能限制通用性 | 评估成像空间转录组学技术的标准化指标,提高数据可重复性和跨平台比较能力 | 六种组织类型的空间转录组学数据,使用Xenium和CosMx平台进行分析 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学,原位杂交技术 | NA | 空间转录组学数据,图像数据 | 254个空间谱,涵盖六种组织类型 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学,单细胞分析 | Xenium, CosMx | Xenium和CosMx平台用于成像空间转录组学分析,具有不同的化学方法 |
| 502 | 2026-04-10 |
Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2025-Nov-14, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf367
PMID:40628395
|
研究论文 | 本研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学,描述了HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应特征 | 发现病毒反弹前CD16++单核细胞显著增加并具有增强的抗病毒基因表达,以及血浆中炎症蛋白在可检测反弹后出现 | 研究样本可能有限,且未详细探讨长期临床影响或治疗策略的具体验证 | 识别治疗停止后病毒反弹前的早期信号,以延长病毒反弹时间并治愈HIV-1 | 外周血单个核细胞和血浆样本 | 单细胞转录组学 | HIV-1感染 | 单细胞转录组学, 血浆蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2026-04-10 |
IL-6+ fibroblasts contribute to shaping the pro-inflammatory microenvironment in severe periodontitis after non-surgical periodontal therapy
2025-Oct-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07132-8
PMID:41094591
|
研究论文 | 本研究揭示了重度牙周炎非手术治疗后残余深牙周袋的细胞组成和分子环境,并发现IL-6+成纤维细胞在塑造促炎微环境中起关键作用 | 首次在重度牙周炎非手术治疗后的残余深牙周袋中,识别出IL-6+成纤维细胞亚型及其介导的缺氧微环境网络,阐明了其与FCN1+巨噬细胞的相互作用如何加剧炎症和骨吸收 | NA | 揭示重度牙周炎非手术治疗后残余深牙周袋的炎症浸润细胞组成和分子环境,为靶向治疗提供见解 | 重度牙周炎患者非手术治疗后的牙周组织以及健康供者的牙周组织 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,多重免疫组织化学免疫荧光 | NA | RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2026-04-10 |
CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors
2025-Oct, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-025-02040-1
PMID:40779286
|
研究论文 | 本研究旨在揭示导致神经内分泌肿瘤68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子和遗传因素 | 首次通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,揭示了CREBBP突变与SSTR2表达阴性/低表达及PET成像阴性之间的关联 | 回顾性研究,样本量较小(18例患者),需要更大规模的前瞻性研究验证 | 阐明神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子遗传机制 | 肺、回肠或胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 数字病理学 | 神经内分泌肿瘤 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 单细胞体细胞变异检测, PET/CT成像 | NA | 基因组测序数据, 单细胞转录组数据, 医学影像数据 | 18例神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 505 | 2026-04-10 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
|
研究论文 | 本研究揭示了突变型异柠檬酸脱氢酶1(mIDH1)胶质瘤中自噬上调作为关键生存途径,并探索了通过自噬抑制增强放射敏感性的新治疗策略 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬上调作为能量来源,并利用合成蛋白纳米颗粒递送siRNA靶向Atg7抑制自噬,从而增强放射敏感性并诱导肿瘤消退 | 研究主要基于人类和小鼠细胞模型及小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗靶点 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 506 | 2026-04-10 |
Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells
2025-Sep-04, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018
PMID:40848713
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和GNAS基因分型策略,分析了人类纤维性发育不良骨中的非造血细胞,揭示了GNAS变异在多种非成骨细胞谱系中的存在以及FD特有的纤维化转录组特征 | 首次在纤维性发育不良骨的内皮细胞、血管周围细胞和基质细胞中检测到GNAS c.602G>A和c.601C>T变异,并识别了跨FD细胞谱系的共同纤维化转录组特征 | 研究样本量有限,可能无法完全代表FD的异质性;单细胞测序技术本身存在技术偏差 | 探究GNAS体细胞镶嵌变异在纤维性发育不良中的细胞和分子机制 | 人类纤维性发育不良骨和非FD骨中的非造血细胞 | 数字病理学 | 纤维性发育不良 | 单细胞RNA测序, GNAS基因分型, BaseScope原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | FD和非FD人类骨样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 507 | 2026-04-10 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
|
研究论文 | 本研究通过共分化中胚层和内胚层,在诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官中实现器官特异性血管化 | 首次在类器官中通过共分化策略实现器官特异性血管化,并揭示BMP信号调控内皮-上皮祖细胞比例的关键作用 | 研究主要基于体外模型,体内移植实验仅在小鼠中进行,人类疾病模型的临床转化仍需进一步验证 | 研究人类器官发生和疾病中复杂细胞间通讯的机制 | 诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 508 | 2026-04-10 |
Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412159122
PMID:40324076
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的细胞图谱,揭示了与认知功能下降相关的免疫失调 | 首次创建了特发性正常压力脑积水的单细胞转录组图谱,并发现了外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能的相关性 | 样本仅来自特发性正常压力脑积水患者,缺乏健康对照组或其他神经系统疾病对照 | 探究特发性正常压力脑积水的免疫失调机制及其与认知功能的关系 | 特发性正常压力脑积水患者的外周血和脑脊液细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 140,207个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 509 | 2026-04-10 |
Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211
PMID:40264770
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,识别了在多种疾病环境中常见的耐药性MDSCs和一个应激耐受基因共表达网络,作为MDSC的共同特征 | 首次结合炎症信号和细胞应激(血清饥饿)诱导出具有保留MDSC特征的细胞群(耐药性MDSCs),并识别了一个特异性于这些细胞的应激耐受基因共表达模块 | 研究主要基于体外诱导模型和已发表的转录组数据集,可能未完全反映体内复杂环境 | 识别跨多个疾病环境的MDSC共同分子特征,以帮助细胞分类 | 人源单核细胞性MDSCs(M-MDSCs)和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 510 | 2026-04-10 |
Regulatory T cell therapies: from patient data to biological insights
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1675114
PMID:41246323
|
综述 | 本文综述了调节性T细胞(Treg)疗法在治疗自身免疫性疾病、炎症性疾病、移植物抗宿主病和促进器官移植耐受方面的应用,并探讨了如何从临床样本和数据中学习以优化Treg疗法 | 整合了临床样本数据与先进的多组学监测技术(如单细胞多组学分析、表观遗传分析和空间转录组学),以优化Treg疗法作为“活体药物” | NA | 优化调节性T细胞疗法,以建立跨多种临床环境的免疫耐受 | 调节性T细胞(Treg),包括多克隆、抗原特异性、转化型、TCR工程化和CAR工程化Treg | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病、炎症性疾病、移植物抗宿主病 | 单细胞多组学分析、表观遗传分析、空间转录组学 | NA | 临床样本数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 511 | 2026-04-09 |
Selective Activation of Na V 1.3 Restores Lymphatic Contractility in Age and Injury
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694435
PMID:41446152
|
研究论文 | 本文研究了NaV 1.3通道在成年淋巴肌肉中的选择性表达及其在恢复老龄和辐射损伤中淋巴收缩功能的作用 | 首次发现NaV 1.3在成年淋巴肌肉中特异性表达,并证明其选择性激活可恢复老龄和损伤后的淋巴泵功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据有限,且Tf2在辐射损伤中的恢复效果仅为部分 | 探索NaV 1.3在淋巴肌肉生理中的作用,并测试其激活是否可改善老龄和辐射损伤中的淋巴泵功能 | 小鼠和人类淋巴管、淋巴肌肉细胞 | 生物医学研究 | 淋巴功能障碍 | 单细胞RNA测序、免疫染色、体内荧光淋巴造影、生物发光测定 | NA | 基因表达数据、图像数据、生理测量数据 | 年轻、老龄和辐射损伤小鼠,以及人类淋巴管样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2026-04-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Accumulation of Fcgr2b + Virtual Memory-Like CD8 T Cells With Cytotoxic and Inflammatory Potential in Aged Mouse White Adipose Tissue
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70278
PMID:41116748
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,揭示了老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜力 | 首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞,并证明其具有细胞毒性和促炎功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;样本量相对有限 | 比较生理衰老与高脂饮食诱导肥胖对白色脂肪组织免疫细胞组成的影响,以识别不同的调控靶点 | 年轻和老年小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,功能分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 来自年轻正常饮食、年轻高脂饮食和老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 513 | 2026-04-09 |
Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance
2025-Sep-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005
PMID:40578362
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为RECODR的计算流程,通过结合单细胞RNA测序谱的共表达图网络和图嵌入方法,测量癌症治疗期间基因共表达上下文的变化,以识别耐药机制并设计有效联合治疗方案 | RECODR首次将基因共表达上下文变化(而非仅表达水平)作为核心指标,结合图网络和图嵌入技术,揭示了传统计算方法无法检测的耐药机制 | 方法主要基于单细胞RNA测序数据,可能未涵盖其他分子层面的耐药机制,且临床验证仍需进一步扩展 | 开发计算工具以预测和缓解癌症治疗耐药性,通过分析基因共表达上下文变化来设计有效联合治疗方案 | 癌症治疗耐药机制,聚焦于脉络丛癌、髓母细胞瘤和三阴性乳腺癌的肿瘤样本 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 图网络和图嵌入方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 514 | 2026-04-09 |
Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61044-1
PMID:40593691
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元与跟随神经元在转录水平上的异质性,并发现视黄酸信号下调对先驱神经元轴突正确靶向至关重要 | 首次通过单细胞RNA测序证明先驱神经元与跟随神经元是转录上不同的群体,并揭示视黄酸信号在调节先驱神经元轴突靶向中的关键作用 | 研究仅基于斑马鱼后侧线感觉神经元模型,结果在其他神经系统或物种中的普适性有待验证 | 探究神经系统发育过程中先驱神经元与跟随神经元在转录水平上的差异及其调控机制 | 斑马鱼后侧线感觉神经元,包括先驱神经元和跟随神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 515 | 2026-04-09 |
Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.26.661809
PMID:40631203
|
研究论文 | 本文探讨了鸟苷酸结合蛋白在宿主防御利什曼原虫感染中的作用,通过平衡骨髓细胞中的iNOS/Arg-1表达来促进寄生虫控制 | 首次揭示了GBPs在皮肤利什曼病中的关键作用,通过调节iNOS和Arg-1的表达平衡来影响寄生虫生长环境,独立于GBPs的寄生虫定位 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;体外实验可能无法完全模拟体内复杂免疫环境 | 探究GBPs在皮肤利什曼病免疫防御机制中的具体作用 | C57Bl/6小鼠、GBPChr3敲除小鼠的骨髓来源巨噬细胞和单核细胞 | 免疫学 | 皮肤利什曼病 | RNA-Seq、单细胞RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | C57Bl/6小鼠和GBPChr3敲除小鼠的骨髓细胞 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2026-04-09 |
Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study
2025-04-18, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67880
PMID:40323789
|
综述 | 本文通过文献计量学和可视化方法,系统分析了2010年至2023年间癌症单细胞测序领域的研究趋势、合作网络和知识传播 | 首次对癌症单细胞测序领域进行了大规模、跨时间维度的文献计量学与可视化分析,揭示了该领域的全球研究格局、核心贡献者及前沿方向 | 分析基于Web of Science数据库,可能未涵盖所有相关出版物;文献计量方法主要反映数量与关联,对研究质量的深度评估有限 | 阐明癌症单细胞测序领域的研究趋势、国际合作网络及知识传播路径 | 2010年至2023年间Web of Science核心合集中收录的癌症单细胞测序相关学术出版物 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献元数据 | 5,680篇出版物,涉及34,074位作者、3,129个机构、75个国家/地区及788种学术期刊 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 517 | 2026-04-09 |
Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy
2025-Apr, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70019
PMID:40126913
|
综述 | 本文回顾了基因组技术在周围神经病变研究中的演变,并分析了整合多组学技术以揭示其分子机制、发现新生物标志物和治疗靶点的潜力 | 系统性地追溯了从传统遗传分析到NGS、长读长/单细胞测序等新兴多组学技术在周围神经病变研究中的应用演变,并强调了多组学整合对推动该领域发展的革命性作用 | 本文为综述文章,未报告原始研究数据,且指出了将多组学技术标准化用于临床所面临的挑战和问题 | 回顾基因组技术在周围神经病变研究中的发展历程,并探讨整合多组学方法以提升诊断、预后评估和个性化治疗策略的潜力 | 周围神经病变及其相关的分子机制 | 自然语言处理 | 周围神经病变 | 下一代测序、长读长测序、单细胞测序、RNA测序、蛋白质组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 518 | 2026-04-09 |
An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses
2025-03-28, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67753
PMID:40228013
|
研究论文 | 本文介绍了一种高效分离人输卵管上皮细胞用于单细胞分析的方法 | 开发了一种能在4-6小时内从新鲜输卵管中分离出高纯度上皮细胞单细胞悬液的新方法,减少了基质细胞污染 | 未明确说明该方法在疾病研究中的具体应用效果或长期培养的稳定性 | 建立一种高效分离人输卵管上皮细胞的方法,以支持单细胞分析等下游研究 | 人输卵管上皮细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞悬液 | 未指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 519 | 2026-04-09 |
A stroke organoids-multiomics platform to study injury mechanism and drug response
2025-Feb, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.09.038
PMID:41947984
|
研究论文 | 本研究建立了一个基于人诱导多能干细胞脑类器官的缺氧中风模型,结合多组学方法探究中风损伤机制和药物反应 | 首次将人脑类器官与多组学技术结合,模拟人类中风病理过程,并发现中药复方灯盏生脉胶囊可能通过调节脂代谢发挥治疗作用 | 研究基于体外类器官模型,与真实人体环境存在差异,且样本规模有限 | 探究中风损伤机制并开发药物筛选平台 | 人诱导多能干细胞衍生的脑类器官 | 数字病理学 | 中风 | 蛋白质组学, 单细胞转录组分析, 组织病理学分析 | 脑类器官缺氧模型 | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 组织图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 520 | 2026-04-09 |
Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development
2025-01-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67491
PMID:39895643
|
研究论文 | 本文开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型,用于研究早期神经免疫相互作用 | 通过将iPSC分化的高度纯化造血祖细胞整合到胚胎体中,成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官,克服了现有方法在细胞数量和质量上的不一致问题 | 未明确说明类器官中微胶质细胞与神经元相互作用的长期稳定性及模型在模拟特定神经疾病方面的验证程度 | 建立包含微胶质细胞的人类大脑类器官模型,以研究早期神经免疫相互作用及神经炎症疾病 | 人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的造血祖细胞和大脑类器官 | 数字病理学 | 神经炎症疾病 | 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)、免疫染色 | 3D类器官模型 | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |