单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5141	2025-05-11	Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19039 PMID:39989743	review	本文综述了研究巨噬细胞的经典和新型生物物理方法	介绍了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法	NA	探讨研究巨噬细胞的方法学进展	巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜、原子力光谱	NA	NA	NA
5142	2025-05-11	Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105591 PMID:39990231	研究论文	该研究揭示了钙联蛋白（CANX）通过MEK/ERK/BNIP3通路促进胶质母细胞瘤（GBM）进展的机制	首次发现CANX通过激活MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬，从而促进GBM进展和化疗耐药	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索GBM化疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤细胞系和GBM颅内异种移植小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术	GBM颅内异种移植小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	未明确说明具体样本量，涉及多种GBM细胞系和小鼠模型
5143	2025-05-11	CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104650 PMID:39990233	研究论文	本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT途径加剧同种异体移植动脉新生内膜病变的机制	首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群，并揭示其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT信号通路促进新生内膜增生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体组织中验证	探究CD34+干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制	同种异体移植动脉的新生内膜病变	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组化	多种基因修饰小鼠模型(BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER等)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	多种基因修饰小鼠模型
5144	2025-05-11	Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341 PMID:39991151	research paper	本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化(IPF)中的诊断价值	首次系统分析了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断潜力	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索IPF的新型诊断生物标志物	特发性肺纤维化患者	生物信息学	肺纤维化	微阵列分析、WGCNA、单细胞RNA测序	ROC曲线分析	基因表达数据	四个GEO数据集
5145	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393 PMID:39991156	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别银屑病关节炎的生物标志物	发现TNFAIP3和NFKBIA在银屑病关节炎CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制，并作为潜在的生物标志物	样本量较小（3例PsA患者、3例PsC患者和2例健康对照）	识别区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物	外周血单个核细胞（PBMCs）中的免疫细胞	数字病理学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	3例PsA患者、3例PsC患者和2例HC
5146	2025-05-11	Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0307048 PMID:39999090	research paper	通过多组学计算机分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面靶点	首次通过多组学计算机分析鉴定出TM4SF4作为肝细胞癌的潜在治疗靶点，具有在癌细胞中高表达而在正常组织中低表达的特性	研究主要基于计算机分析，需要进一步的实验验证TM4SF4作为治疗靶点的有效性和安全性	寻找肝细胞癌的细胞表面靶点以减少细胞免疫治疗的脱靶毒性	肝细胞癌(HCC)细胞	生物信息学	肝细胞癌	多组学计算机分析, scRNA-seq, 免疫组化	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	791例HCC样本(来自四个独立数据集), 15,787个HCC细胞(scRNA-seq数据)
5147	2025-05-10	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，用于分离单个循环肿瘤细胞(CTCs)，并建立了一个高效、自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序技术，并解决了细胞粘附和细胞活力对测序结果的影响	研究主要基于NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs，样本来源和数量可能有限	探索肿瘤进展、异质性和耐药机制	循环肿瘤细胞(CTCs)	数字病理学	肿瘤	单细胞测序(SCS), 纳米孔技术	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
5148	2025-05-10	Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403078R PMID:40326762	研究论文	本文研究了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的作用，发现其缺失可以部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展	揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能，特别是在调节Tregs、单核细胞和NK细胞功能方面的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不充分	探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的机制作用	ADAP1/CentA1缺陷小鼠和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
5149	2025-05-10	Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790 PMID:40233432	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验验证，揭示了地黄治疗多发性硬化症的作用机制和生物活性成分	首次采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，结合体外实验验证，系统解析了地黄治疗多发性硬化症的多成分-多靶点作用模式，并鉴定出Echinacoside和Acteoside为主要活性成分	研究主要基于体外实验和生物信息学预测，缺乏体内实验验证	阐明地黄治疗多发性硬化症的机制并鉴定其活性成分	地黄及其活性成分Echinacoside和Acteoside	生物信息学	多发性硬化症	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于GSE数据库的转录组和单细胞RNA测序数据
5150	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780 PMID:40233430	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了GALT基因编辑在小鼠中引起的肺损伤机制	首次使用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G > T突变小鼠模型，并结合单细胞RNA测序技术分析肺组织细胞组成和信号通路变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Galt c.847 + 1G > T突变对肺组织的影响及其分子机制	GALT基因编辑小鼠的肺组织	分子生物学	半乳糖血症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、PCR、Western blotting	小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	基因编辑小鼠的肺组织样本
5151	2025-05-10	Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics 2025-May-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7042 PMID:40333969	research paper	研究通过单细胞RNA测序技术探索了涡虫中细胞类型的异速生长关系	首次利用scRNA-seq技术研究涡虫细胞类型的异速生长，揭示了不同大小涡虫中细胞类型比例的变化及其与能量储存的关系	研究仅针对无性繁殖的涡虫，结果可能不适用于其他生物	探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制	无性繁殖的涡虫	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同大小的涡虫样本
5152	2025-05-10	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达随年龄下降，并阐明β-羟基丁酸通过Foxo3a延缓细胞衰老的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制仍需验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻与老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	睾丸功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
5153	2025-05-10	Integrative bioinformatics and machine learning identify key crosstalk genes and immune interactions in head and neck cancer and Hodgkin lymphoma 2025-May-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99017-5 PMID:40328901	research paper	该研究通过整合生物信息学和机器学习技术，识别头颈癌和霍奇金淋巴瘤中的关键交叉基因和免疫相互作用	首次探索头颈癌和霍奇金淋巴瘤之间的分子交叉作用，并利用机器学习算法筛选关键生物标志物	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明头颈癌和霍奇金淋巴瘤的共享分子机制，识别潜在诊断生物标志物和治疗靶点	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)和霍奇金淋巴瘤(HL)	生物信息学	头颈癌, 霍奇金淋巴瘤	RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	LASSO回归, 随机森林, SVM-RFE	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	NA
5154	2025-05-10	Recurrence of acute allergic asthma depends on the role of ILC2 driven by Il1rl1 signaling 2025-May-06, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02220-0 PMID:40329299	研究论文	研究通过建立急性过敏性哮喘复发小鼠模型，揭示了ILC2s通过Il1rl1信号通路在哮喘复发中的关键作用	首次发现ILC2s通过Il1rl1信号通路驱动急性过敏性哮喘的复发，并验证了Il1rl1缺失可显著抑制哮喘复发	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索哮喘复发的细胞和分子机制，寻找预防哮喘恶化的新治疗策略	急性过敏性哮喘小鼠模型	免疫学	哮喘	单细胞转录组学、流式细胞术、基因敲除实验	小鼠模型	转录组数据、流式细胞数据	NA
5155	2025-05-10	Investigating the mechanisms by which low NAT1 expression in tumor cells contributes to chemo-resistance in colorectal cancer 2025-May-06, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01882-4 PMID:40329330	研究论文	研究低NAT1表达在结直肠癌细胞中如何导致化疗耐药性的机制	揭示了NAT1在调节化疗敏感性、细胞代谢和血管生成中的多方面作用，并提出了NAT1作为生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，临床前和临床验证仍需进一步研究	评估NAT1在介导结直肠癌化疗耐药性中的作用，寻找克服这一临床挑战的新策略	结直肠癌细胞系CaCO2和HCT116，以及肿瘤组织和邻近正常组织	癌症研究	结直肠癌	生物信息学分析、代谢组学、下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Cellchat检测、Western blot	NA	基因表达数据、代谢数据、蛋白质数据	结直肠癌细胞系和肿瘤组织样本
5156	2025-05-10	RNA research for drug discovery: Recent advances and critical insight 2025-May-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149342 PMID:39983851	综述	本文综述了RNA研究在药物发现领域的最新进展和关键见解	强调了RNA研究在开发新型治疗药物中的关键作用，包括ASOs、mRNA疗法和RNAi等重大发现	RNA稳定性、递送和脱靶效应等挑战仍然存在，需要持续创新和伦理考量	探讨RNA研究在药物发现中的现状和前景	RNA生物学及其在治疗应用中的复杂性	药物发现	多种疾病	高通量测序、单细胞RNA测序、表观转录组学	NA	RNA序列数据	NA
5157	2025-05-10	Propionate alleviates diabetes-induced cardiac fibrosis in mice via regulating Serpinf1 2025-05-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151641 PMID:40203653	研究论文	本研究探讨了丙酸盐对糖尿病小鼠心脏纤维化的治疗作用及其机制	发现丙酸盐通过上调Serpinf1基因表达，抑制Wnt信号通路异常激活，改善糖尿病心脏纤维化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究丙酸盐对糖尿病心脏纤维化的治疗效果及分子机制	链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型和原代小鼠心脏成纤维细胞	心血管疾病	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序、shRNA敲低实验	小鼠糖尿病模型	RNA测序数据、生化检测数据	未明确说明小鼠数量
5158	2025-05-10	Integrative epidemiology and immunotranscriptomics uncover a risk and potential mechanism for cutaneous lymphoma unmasking or progression with dupilumab therapy 2025-May, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.028 PMID:39521279	研究论文	本研究通过流行病学和免疫转录组学方法，探讨了dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）发生或进展的风险及潜在机制	首次结合FDA不良事件报告系统（FAERS）和大规模RNA测序数据，揭示了dupilumab可能通过IL-13受体阻断机制促进CTCL的潜在风险	研究基于FAERS数据库的回顾性分析，存在报告偏倚，且缺乏实验验证	评估dupilumab与CTCL关联的安全信号并探究其潜在机制	使用dupilumab治疗的患者及CTCL病例	免疫学与肿瘤学	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	NA	药物不良事件报告数据、转录组数据	FAERS数据库中181,575份dupilumab相关不良事件报告（其中606例为肿瘤报告）
5159	2025-05-10	Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions 2025-May, Trends in microbiology IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013 PMID:39843314	review	本文综述了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿工具	评估了单细胞测序、荧光技术和高级Hi-C方法在质粒-宿主相互作用研究中的应用，并讨论了CRISPR-based phage engineering等新兴技术的潜力	NA	探讨质粒介导的抗生素抗性基因(ARGs)在复杂微生物组中的传播机制	质粒-宿主相互作用	微生物学	抗生素抗性	单细胞测序, 荧光技术, Hi-C, CRISPR-based phage engineering	NA	基因测序数据	NA
5160	2025-05-10	Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications 2025-May, Journal of bioscience and bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008 PMID:39984340	综述	本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、挑战及应用	重点介绍了细菌scRNA-seq技术的创新方法及其在微生物学中的新兴应用	讨论了细菌scRNA-seq面临的技术挑战，如细菌mRNA缺乏poly-A尾和单个细菌细胞RNA含量低	总结细菌单细胞转录组学的现状和未来方向	细菌系统	微生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA