单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-04-12	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的分子机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的成红细胞	生物医学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
482	2025-04-12	Combining multi-omics analysis with machine learning to uncover novel molecular subtypes, prognostic markers, and insights into immunotherapy for melanoma 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14012-3 PMID:40200221	research paper	通过多组学分析和机器学习技术，识别黑色素瘤的关键靶基因并提高预后诊断准确性，开发新的治疗策略	结合多组学分析和机器学习，识别了三种具有不同预后特征的黑色素瘤亚型，并开发了基于标记基因的机器学习驱动签名（MLDS）以提高预后预测准确性	研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制	提高黑色素瘤的预后诊断准确性并开发新的治疗策略	黑色素瘤（SKCM）患者	machine learning	melanoma	multi-omics analysis, RNA-seq, methylation microarray, gene mutation analysis	machine learning-driven signature (MLDS)	transcriptomic data, methylation microarray data, gene mutation data, clinical information	TCGA-SKCM和GEO队列数据
483	2025-04-12	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Apr-07, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了孕期暴露于氟氯氰菊酯对后代神经发育的毒性作用及其机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯后代大脑海马区的单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对后代神经发育的毒性机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠后代	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同年龄段的暴露大鼠后代
484	2025-04-12	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Apr-05, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应，揭示了代谢和基因表达的空间分布变化	研究仅针对斑马鱼模型，结果在人类或其他高等生物中的适用性有待验证	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物对斑马鱼的代谢和基因表达的影响	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组和转录组数据	NA
485	2025-04-12	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Apr-04, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷，并利用单细胞RNA测序技术解析了跨细胞类型的转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，对人类或其他哺乳动物的神经毒性尚不明确	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼模型	基因表达数据、行为数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
486	2025-04-12	Eosinophilic esophagitis drives tissue fibroblast regenerative programs toward pathologic dysfunction 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.028 PMID:39617290	research paper	该研究探讨了嗜酸性食管炎(EoE)如何驱动组织成纤维细胞再生程序向病理性功能障碍发展	揭示了EoE成纤维细胞通过改变CD73活性和细胞外ATP处理导致病理性功能障碍的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化需要进一步验证	探究慢性EoE炎症诱导病理性成纤维细胞的分子机制	嗜酸性食管炎患者的食管成纤维细胞	分子病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选，成纤维细胞分化和迁移实验	NA	基因表达数据，细胞功能数据	EoE患者和健康对照的食管活检样本
487	2025-04-12	Embracing diversity: macrophage complexity in cancer 2025-Apr, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2024.12.002 PMID:39753470	综述	本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的多样性和复杂性，以及它们在肿瘤中的作用	整合了单细胞和空间转录组学数据，探讨了TAM的多样性和可塑性	缺乏能够完全整合TAM复杂性的模型	探讨肿瘤相关巨噬细胞的多样性和功能	肿瘤相关巨噬细胞（TAM）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
488	2025-04-12	Clustering Mycobacterium tuberculosis-specific CD154+CD4+ T cells for distinguishing tuberculosis disease from infection based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2025.106449 PMID:40010539	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞的聚类，以区分结核病和感染	首次通过单细胞RNA测序揭示了结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞的10个不同亚群及其在结核病和感染中的差异	CD154在区分结核病和感染方面的能力仍受限于患者异质性	区分活动性结核病（TBD）和潜伏性结核感染（TBI）	结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞	单细胞RNA测序	结核病	单细胞RNA测序	随机森林模型	RNA-seq数据	NA
489	2025-04-12	A comprehensive transcriptional profiling of developing gonads reveals the role of TGFβ signaling in female gonadal asymmetry in chickens 2025-Apr, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104932 PMID:40014972	研究论文	通过转录组分析揭示TGFβ信号通路在雌鸡性腺不对称发育中的作用	首次结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术全面分析雌鸡性腺不对称发育的转录组特征，并发现TGFβ信号通路的调控作用	研究仅聚焦于胚胎发育早期阶段(E5-E9.5)，未涵盖整个性腺发育过程	阐明鸡雌性性腺不对称发育的分子机制	雌鸡胚胎左右性腺	发育生物学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	E5(HH26)、E6.5(HH30)、E8(HH34)和E9.5(HH36)四个发育阶段的雌鸡性腺样本
490	2025-04-12	Multi-omics joint analysis and identification of candidate genes for the rate of right ovarian degeneration in geese 2025-Apr, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104966 PMID:40056778	研究论文	通过单细胞转录组测序构建鹅右侧卵巢退化的细胞图谱，并鉴定与退化速率相关的候选基因	首次构建了鹅右侧卵巢退化的单细胞转录组图谱，并鉴定出LHX9和ARID5B作为调控退化速率的关键候选基因	研究仅针对鹅这一物种，结果在其他鸟类中的普适性有待验证	探究鸟类右侧卵巢退化的分子机制及其速率差异的遗传基础	鹅的右侧卵巢组织	基因组学	NA	scRNA-seq, 基因组测序	NA	转录组数据, 基因组数据	未明确说明样本数量（鹅右侧卵巢组织）
491	2025-04-12	Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02622-5 PMID:40074951	research paper	介绍了一种名为Spotiphy的计算工具包，可将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的全转录组图像	Spotiphy能够在保持全基因组覆盖的同时实现单细胞分辨率，填补了信息空白，并提供了创新的空间分析流程	NA	开发一种能够实现单细胞分辨率空间转录组分析的计算工具	阿尔茨海默病和健康小鼠大脑中的星形胶质细胞和疾病相关小胶质细胞，以及人类乳腺癌空间转录组数据	digital pathology	Alzheimer's disease, breast cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	NA
492	2025-04-12	Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02617-2 PMID:40082609	research paper	本文评估了Xenium In Situ平台在空间转录组学中的性能，并提供了最佳实践和分析建议	首次对Xenium平台进行独立性能分析，并与其它八种空间转录组技术进行比较	研究仅基于25个数据集，可能无法涵盖所有应用场景	评估Xenium In Situ平台的性能并建立分析流程标准	25个Xenium数据集及八种其它空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	25个来自不同组织和物种的Xenium数据集
493	2025-04-12	Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02624-3 PMID:40082610	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序数据整合中特征选择方法对性能的影响	首次系统评估了特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合和查询性能的影响，并提供了关于特征数量选择、批次感知特征选择等方面的具体指导	未涉及所有可能的特征选择方法，且研究结果可能受特定数据集的影响	评估不同特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合性能的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
494	2025-04-12	A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02618-1 PMID:40097810	research paper	开发了一个计算框架，用于联合统计分析空间转录组学中的转录和机械信号	提出了一个能够联合分析转录和机械信号的计算框架，并应用于小鼠胚胎发育数据，识别组织区室边界的机械、形态和基因表达特征	未明确提及具体局限性	探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用	小鼠胚胎发育过程中的细胞和组织	computational biology	NA	spatial transcriptomics, geoadditive structural equation modeling	geoadditive structural equation model	spatial transcriptomics data	未明确提及具体样本数量
495	2025-04-12	scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02627-0 PMID:40097811	研究论文	提出了一种结合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络的方法，以解决单细胞数据分析中的挑战	采用基于图神经网络的双视图架构，联合表示基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据，通过注意力机制优化细胞间关系	未提及具体的数据噪声和零膨胀问题的解决程度	提高单细胞RNA测序数据的分析能力，以更好地理解细胞异质性和生物通路变化	单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用数据	NA
496	2025-04-12	Recursive Clustering of Cellular Diversity in scRNA-Seq Data 2025-Apr, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0625 PMID:40151847	research paper	该研究提出了一种递归聚类方法，用于在单细胞RNA测序数据中发现细胞类型的表型差异	通过递归执行特征提取和聚类，提高了细胞类型检测的准确性和分辨率	方法在特定粒度级别上的效果可能依赖于数据集和聚类参数的选择	改进单细胞RNA测序数据分析中的细胞聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	克罗恩病	scRNA-seq	递归聚类方法	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集，包括克罗恩病患者的样本
497	2025-04-12	CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.15 PMID:40192636	研究论文	本研究探讨了糖尿病角膜病变中角膜神经退化与树突状细胞（DCs）增多之间的关系	发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ促进糖尿病小鼠角膜神经退化，而非DCs或CD8+ T细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索糖尿病角膜病变中角膜神经退化的机制	糖尿病小鼠和健康小鼠的角膜组织、三叉神经节神经元	眼科疾病研究	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序、全角膜染色、体外共培养实验	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明具体数量，但涉及糖尿病和健康小鼠的角膜组织
498	2025-04-12	Single-Cell Profiling and Proteomics-Based Insights Into mTORC1-Mediated Angio+TAMs Polarization in Recurrent IDH-Mutant Gliomas 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70371 PMID:40202138	研究论文	本研究通过蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学和多维转录组学方法，探讨了mTORC1通路和肿瘤相关巨噬细胞在IDH突变胶质瘤复发和进展中的作用	首次结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了mTORC1介导的Angio+TAMs极化在IDH突变胶质瘤复发中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步临床验证	阐明IDH突变胶质瘤复发和进展的分子机制	IDH突变胶质瘤及其微环境	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学	小鼠模型	组学数据、单细胞数据、空间转录数据	多个胶质瘤相关数据集（包括CGGA数据库）
499	2025-04-12	Bioinformatics Combined With Biological Experiments to Identify the Pathogenetic Link of Type 2 Diabetes for Breast Cancer 2025-Apr, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70759 PMID:40202151	研究论文	通过生物信息学与生物学实验结合，识别2型糖尿病与乳腺癌之间的致病关联	首次发现CCNB2、XRCC2和CENPI作为2型糖尿病与乳腺癌之间的关键致病介质	研究样本来源有限，未涵盖所有乳腺癌亚型	阐明2型糖尿病与乳腺癌共病的分子机制，以改善乳腺癌的诊断和治疗策略	2型糖尿病与乳腺癌的共病患者	生物信息学	乳腺癌	WGCNA、DEG分析、单细胞RNA测序、CCK-8、集落形成、伤口愈合、transwell实验、免疫组化、免疫荧光	机器学习	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA乳腺癌队列及GSE25724、GSE20966数据集
500	2025-04-12	Cell-Type-Specific mRNA N6-Methyladenosine Landscape and Regulatory Mechanisms Underlying Immune Dysregulation of Sleep-Deprived 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70046 PMID:40214141	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞转录组学数据集，揭示了睡眠剥夺患者外周血中m6A调节因子的景观和特定机制	首次阐明了m6A调节因子在睡眠剥夺导致的免疫失调中的细胞类型特异性调控机制，特别是ALKBH5在不同免疫细胞中的差异表达及其通过异常细胞间通讯介导获得性免疫失调的作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在细胞系中进行，需要更多体内实验验证	探究睡眠剥夺导致的免疫失调中m6A RNA修饰的调控机制	睡眠剥夺患者的外周血样本及SH-SY5Y和HT22细胞系	表观遗传学	睡眠障碍	RNA测序、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明数量的睡眠剥夺患者外周血样本