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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2026-09-14 |
Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61184-4
PMID:40615364
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研究论文 | 该研究通过单细胞和单核RNA测序分析dup15q综合征患者来源的皮层类器官和死后脑组织,揭示了自闭症中发育期和出生后的分子变化 | 结合单细胞和单核RNA测序、空间转录组学和基因共表达网络分析,在dup15q综合征中发现了胎儿期类器官发育中糖酵解增加、深层神经元分层标志物表达紊乱和形态异常,以及青少年-成人死后脑组织中上层神经元突触信号转录负担增加,并揭示了疾病相关模块在死后和类器官样本间保守 | NA | 研究dup15q综合征的分子机制,作为自闭症谱系障碍的模型 | dup15q患者来源的iPSC衍生的皮层类器官和死后脑组织样本 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 482 | 2026-09-14 |
Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease
2025-May-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025337
PMID:39977705
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研究论文 | 该文章利用单细胞测序技术在小鼠慢性移植物抗宿主病模型中逆向工程出IL-17和CSF-1的时序性基因表达特征,并验证这些特征可在部分患者中检测到 | 首次通过单细胞测序在小鼠模型中逆向工程出可转化至人类的IL-17和CSF-1基因表达特征,并发现这些特征可在cGVHD诊断时及移植后第100天预测疾病发生 | 特征仅在70%的cGVHD诊断患者和一半后续发病患者中检测到,尚未在前瞻性临床研究中验证其预测治疗反应的能力 | 定义慢性移植物抗宿主病中致病性IL-17和CSF-1的基因表达特征,以辅助治疗选择和高风险患者识别 | 小鼠cGVHD模型中的血液单核细胞及接受异基因造血细胞移植的患者样本 | 单细胞测序 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本量,涉及小鼠模型和患者血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 483 | 2026-09-14 |
scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation
2025-02-28, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10334
PMID:39912305
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研究论文 | 提出统计框架区分单细胞RNA测序数据中的真零值和假零值,并开发了插补工具scRecover | 首次有效区分真零值(无表达)和假零值( dropout),仅对dropout零值进行插补,避免过度插补真零值 | 摘要中未明确提及 | 解决单细胞RNA测序数据中零值过多的问题,提高插补准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型、Good和Toulmin模型 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 484 | 2026-09-14 |
transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder
2025-02-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936
PMID:39798891
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研究论文 | 该文章提出了一种基于迁移学习和卷积自编码器的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法transCAE,通过结合无监督降维和有监督分类,提高注释准确性并缓解批次效应 | 将迁移学习与卷积自编码器结合,同时利用参考数据集和查询数据集的信息,实现无监督降维与有监督细胞类型分类的集成,有效缓解不同平台产生的批次效应 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性,并解决多参考或查询数据集带来的批次效应问题 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 卷积自编码器,迁移学习 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 485 | 2026-09-13 |
Machine learning-based identification of kbhb-affected tumor cell subsets as prognostic and therapeutic targets in breast cancer
2025-12-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07555-3
PMID:41382084
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研究论文 | 该研究整合多组学数据识别受Kbhb影响的乳腺癌肿瘤细胞亚群,并构建机器学习预后模型评估其预后与治疗潜力 | 首次结合多组学与101种算法组合的机器学习框架,识别Kbhb影响的肿瘤细胞亚群并验证SCGB2A2功能,开发预后评分预测免疫治疗反应 | 未明确提及 | 识别受Kbhb影响的乳腺癌肿瘤细胞亚群并评估其预后潜力 | 乳腺癌肿瘤细胞亚群及患者样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 多组学整合、单细胞RNA测序、空间转录组学、分子实验 | 机器学习 | 多组学数据、图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 486 | 2026-09-13 |
HDAC2-mediated chromatin remodeling drives hepatocellular carcinoma progression: an integrative analysis of computational pathology and multi-transcriptomics
2025-12-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07517-9
PMID:41366455
|
研究论文 | 该研究整合计算病理学与多转录组学,揭示HDAC2介导的染色质重塑驱动肝细胞癌进展的机制 | 首次将全切片图像的病理特征提取与多组学(bulk、单细胞、空间转录组)整合分析,系统阐明HDAC2作为染色质重塑核心基因在肝细胞癌中的空间分布及促癌机制 | 研究主要基于公共数据库(TCGA-LIHC)的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证;机制研究以细胞和裸鼠实验为主,尚未在更复杂的体内模型中验证 | 阐明染色质重塑因子HDAC2在肝细胞癌进展中的作用及其分子机制,建立临床病理特征与分子机制的关联 | 肝细胞癌(HCC)患者样本及细胞系、裸鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 全切片图像分析、bulk转录组测序、单细胞转录组测序、空间转录组学 | ResNet-50, Lasso + GBM | 图像、文本 | TCGA-LIHC全切片图像数据集,具体样本量未在摘要中明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 487 | 2026-09-13 |
Intratumoral Collinsella aerofaciens exhibits antitumor activity in endometrial carcinoma through activation of the p53 signaling pathway
2025-12-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07543-7
PMID:41361827
|
研究论文 | 本研究通过5R 16S rRNA测序、FISH、空间转录组、单细胞RNA测序及RNA测序等技术,揭示了子宫内膜癌瘤内微生物组的组成与空间定位,并发现Collinsella aerofaciens通过激活p53信号通路发挥抗肿瘤作用。 | 首次在子宫内膜癌中鉴定出Collinsella aerofaciens为肿瘤抑制细菌,并阐明其通过激活p53信号通路抑制肿瘤进展的机制,同时揭示肠道微生物群对瘤内微生物组成的调控作用。 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 表征子宫内膜癌瘤内微生物组,阐明微生物空间定位,并鉴定具有肿瘤抑制特性的细菌 | 子宫内膜癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织、子宫内膜癌细胞系、以及接受粪便微生物移植的小鼠 | 数字病理学、微生物组学 | 子宫内膜癌 | 5R 16S rRNA测序、荧光原位杂交(FISH)、空间转录组学(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序、粪便微生物移植(FMT) | NA | 图像、文本(测序数据) | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、16S rRNA测序、RNA测序 | NA | NA |
| 488 | 2026-09-13 |
A mitochondria-related gene-based signature predicts pancreatic ductal adenocarcinoma clinical outcome and revealed CAMK2A/THEM4 regulates progression phenotypes and mitophagy in vivo and in vitro
2025-12-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07456-5
PMID:41353164
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研究论文 | 该研究基于12个线粒体相关基因构建了胰腺导管腺癌预后模型,并揭示了CAMK2A/THEM4通过AKT通路调控肿瘤进展的分子机制 | 首次在胰腺癌中构建了基于线粒体相关基因的预后模型,并首次探究了候选基因CAMK2A与THEM4的协同作用及其分子机制,揭示了CAMK2A-THEM4-AKT轴作为新的治疗靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 开发稳健的线粒体相关基因预后模型以改善胰腺导管腺癌的风险分层,并探索候选基因的协同作用及分子机制 | 胰腺导管腺癌患者样本及细胞/动物模型 | 机器学习, 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 机器学习, 单细胞测序, 免疫组织化学 | 机器学习 | 图像, 文本, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 489 | 2026-09-13 |
Enhancing buccal mucosa graft healing in urethroplasty: unraveling the molecular effects of two distinct therapies: low-dose radiation and low-intensity shockwave therapy
2025-12-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07532-w
PMID:41345677
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研究论文 | 本研究在大鼠尿道成形术模型中,分别评估低剂量电离辐射(LDIR)和低强度冲击波治疗(LiSWT)对颊黏膜移植物愈合的分子效应,重点关注血管化、纤维化和免疫调节 | 首次对LDIR或LiSWT作用下颊黏膜移植物愈合进行空间转录组学分析,揭示了两种治疗各自特有的再生分子特征:LDIR上调血管生成通路,而LiSWT主要促进上皮重塑和分化 | 研究仅局限于术后第21天这一单一时间点,可能无法反映完整的愈合过程 | 评估LDIR和LiSWT分别应用对颊黏膜移植物整合的影响,重点关注血管化、纤维化、免疫调节和上皮重塑 | Wistar Han IGS大鼠尿道狭窄模型接受颊黏膜移植物尿道成形术后的移植物组织 | 空间转录组学 | 尿道狭窄 | 空间转录组学,激光多普勒成像,组织学分析 | NA | 图像,文本(空间转录组数据) | Wistar Han IGS大鼠分为多个治疗组(LDIR组、LiSWT组及对照组) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 490 | 2026-09-13 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals aberrant CD4⁺ naive T cell differentiation driving immune activation in Behçet's uveitis
2025-12-02, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07520-0
PMID:41331613
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析Behçet葡萄膜炎患者外周血单个核细胞及房水样本,揭示CD4⁺初始T细胞分化异常驱动免疫激活的机制 | 首次整合外周血和房水单细胞转录组数据,发现IL-32是促进Th1和Th17极化的核心调控因子,并揭示MIF-(CD74+CXCR4/CD44)信号轴介导巨噬细胞与CD4⁺ T细胞的相互作用 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究Behçet葡萄膜炎中T细胞功能障碍和局部免疫激活的精确机制 | Behçet葡萄膜炎患者和健康对照者的外周血单个核细胞,以及Behçet葡萄膜炎患者的房水样本 | 单细胞转录组学 | Behçet葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 491 | 2026-09-13 |
Strategic trimodal therapy enhances radiation-induced abscopal response in renal cancer
2025-12-02, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07518-8
PMID:41331947
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研究论文 | 本研究开发了一种由肿瘤靶向脂质体依维莫司和YM155(EY-L)、放疗及IL-2组成的三联疗法,并在两种小鼠肾癌模型中验证其增强远隔效应的效果 | 首次提出将肿瘤靶向脂质体依维莫司和YM155(EY-L)与放疗及IL-2联合的三联策略,通过靶向药物递送、放疗和免疫治疗的协同作用显著增强肾癌的远隔效应,且双联方案无法复现该系统性反应 | LVRCC67模型中的疗效较为有限,可能与免疫反应性差异有关;研究仅基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发并评估一种新型三联疗法以增强肾细胞癌的远隔效应 | 两种小鼠肾癌模型(Renca和LVRCC67),采用双侧肿瘤设置以区分局部和远处肿瘤反应 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学,免疫组织化学 | NA | 图像,文本 | 两种小鼠肾癌模型(Renca和LVRCC67),采用双侧肿瘤设置 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 492 | 2026-09-13 |
SGMS2+ macrophages enhance NR4A3hi NK cell infiltration to improve prognosis and PD-1 treatment efficacy in hepatocellular carcinoma
2025-11-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07040-x
PMID:41316300
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研究论文 | 该研究揭示了SGMS2在肝细胞癌肿瘤微环境中通过促进巨噬细胞M1型极化并分泌CXCL2招募NR4A3hi NK细胞,从而改善患者预后和PD-1治疗疗效的作用机制 | 首次揭示了鞘磷脂合成酶SGMS2在肝细胞癌巨噬细胞中的特异性功能,发现SGMS2+巨噬细胞通过CXCL2招募CD56dimCD16highNR4A3high细胞毒性NK细胞,并证明其与PD-1治疗疗效的关联 | 摘要中未明确提及研究局限性;队列样本量有限(188例临床验证),机制研究主要基于体外THP-1细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 阐明SGMS2在肝细胞癌肿瘤微环境塑造中的关键作用及其对患者预后和PD-1治疗疗效的影响 | 肝细胞癌患者组织样本、TCGA-LIHC数据集、THP-1单核细胞系、肝肿瘤细胞 | digital pathology | 肝癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplex immunofluorescence, lentiviral transfection, flow cytometry | NA | image, text | TCGA-LIHC数据集371例,临床验证队列188例肝细胞癌患者(2017-2022) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 493 | 2026-09-13 |
Insulin signalling-associated cell fate promotes neoplastic invasiveness in non-functioning pituitary gonadotroph adenoma via cis-regulatory elements activation
2025-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03122-1
PMID:40935899
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研究论文 | 该研究整合了三位无功能性垂体促性腺激素腺瘤(NFGA)患者的scRNA-seq和scATAC-seq数据,揭示了肿瘤侵袭性的细胞异质性,并发现胰岛素信号相关细胞命运通过顺式调控元件激活促进NFGA的肿瘤侵袭性 | 首次整合scRNA-seq和scATAC-seq数据揭示NFGA中肿瘤细胞的五种细胞状态和三种不同细胞命运,鉴定出胰岛素信号相关细胞命运作为肿瘤侵袭性的驱动因素,并通过cis-co-accessible network分析发现侵袭性NFGA在胰岛素信号相关的SREBF1-linked CREs和IGF2BP2-linked CREs处重建了染色质-染色质相互作用 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究无功能性垂体促性腺激素腺瘤(NFGA)侵袭性的确切机制,寻找有效的药物治疗靶点 | 无功能性垂体促性腺激素腺瘤(NFGA)患者及其原代细胞系 | 数字病理学 | 垂体腺瘤 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据 | 3位NFGA患者(scRNA-seq和scATAC-seq),210位患者的独立队列,3个原代细胞系 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 494 | 2026-09-13 |
The transcription factor LbYABBY1 of Limonium bicolor raises salt sensitivity by repressing the LbSAD2 pathway
2025-11, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70560
PMID:41196280
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研究论文 | 该研究揭示了转录因子LbYABBY1通过抑制LbSAD2通路负调控盐腺发育,从而降低补血草耐盐性的分子机制 | 首次发现LbYABBY1是盐腺发育的负调控因子,阐明了LbYAB1与LbKNAT7互作增强对LbSAD2转录抑制的分子通路,将LbYAB1定位于LbSAD2上游 | NA | 探究LbYABBY1在补血草盐腺发育和耐盐性中的功能及分子调控机制 | 补血草(Limonium bicolor)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) | 植物生物学 | NA | RNA原位杂交、启动子驱动GUS组织化学染色、酵母双杂交、分裂荧光素酶互补、GST pull-down、单细胞转录组 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 495 | 2026-09-13 |
Specificity of brassinosteroid perception and its integration at signaling crossroads in vascular development
2025-11, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70570
PMID:41235729
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综述 | 综述了油菜素内酯感知的特异性及其在维管发育信号交叉点的整合机制 | 基于组织特异性CRISPR、先进成像和单细胞转录组学的最新进展,揭示BR感知在很大程度上是细胞自主的且强烈依赖于环境 | 未明确提及 | 探讨油菜素内酯感知的特异性及其在维管发育信号网络中的整合机制 | 植物(拟南芥等)根组织中的油菜素内酯信号通路 | 植物生物学 | NA | 组织特异性CRISPR、先进成像、单细胞转录组学 | NA | 图像、文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 496 | 2026-09-13 |
The nonsteroidal anti-inflammatory drug sulindac reverses obesity-driven immunosuppression and triple-negative breast cancer progression
2025-Oct-24, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-025-02134-2
PMID:41137072
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研究论文 | 本研究表明非甾体抗炎药舒林酸可逆转肥胖驱动的免疫抑制,抑制三阴性乳腺癌的进展和转移 | 首次证明舒林酸可在不影响体重和体成分的情况下,逆转肥胖驱动的肿瘤微环境免疫抑制,恢复抗原呈递机制和T细胞受体多样性,并将肿瘤代谢重编程为氧化磷酸化 | 研究仅基于临床前模型,尚未在临床试验中验证舒林酸对肥胖驱动三阴性乳腺癌患者的疗效和安全性 | 探究非甾体抗炎药舒林酸是否能减轻肥胖驱动的三阴性乳腺癌进展 | 肥胖驱动的三阴性乳腺癌临床前模型 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | bulk转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 文本, 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 497 | 2026-09-13 |
Tuberculosis susceptibility in genetically diverse mice reveals functional diversity of neutrophils
2025-Sep-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102441
PMID:40937719
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研究论文 | 该研究利用19种野生衍生近交小鼠品系,通过感染结核分枝杆菌后观察异质性免疫反应,并结合单细胞RNA测序鉴定与感染控制失败相关的中性粒细胞新特征 | 首次使用来自不同地理位点的19种野生衍生近交小鼠品系来研究结核病易感性,揭示了中性粒细胞的功能多样性,并鉴定出一种与感染控制失败相关的新中性粒细胞特征 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 利用遗传多样性小鼠品系鉴定结核病感染过程中的新表型,并探究免疫反应异质性与疾病控制的关系 | 19种野生衍生近交小鼠品系及其感染结核分枝杆菌后的免疫反应 | 免疫学、基因组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 19种野生衍生近交小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 498 | 2026-09-13 |
A Bayesian nonparametric method for jointly clustering multiple spatial transcriptomic datasets and simultaneous gene selection
2025-Jul-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11693-5
PMID:40707561
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研究论文 | 提出一种贝叶斯非参数聚类算法,可联合聚类多个空间转录组数据集并同时进行基因选择 | 能够整合来自多个供体的空间转录组数据,识别所有供体共有的聚类和每个供体特有的聚类,实现信息基因的变量选择,并自动确定聚类数量 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决现有空间转录组聚类算法需要预先知道聚类数量、只能推断单个供体、无法识别多个供体共有信息等局限性 | 多个供体的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯非参数模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 499 | 2026-09-13 |
C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies
2025-Jul, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786
PMID:40287006
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研究论文 | 本文提出了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT,用于自动识别和评分红细胞集落形成单位(CFU-e)实验中的集落 | 开发了基于卷积神经网络的C-COUNT工具,可自动从自动化显微镜采集的图像中可靠识别CFU-e集落并输出其数量和大小,性能与三位经验丰富的科学家相当或更优,并提供了代码、Docker镜像、训练模型和训练数据集 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决传统集落形成实验(CFA)中人工计数耗时、易出错、存在偏差和不一致的问题,实现红细胞集落评分的自动化和高效化 | 红细胞集落形成单位(CFU-e)集落,包括在含有髓系集落和其他细胞聚集物的培养板上的CFU-e集落 | 计算机视觉 | 血液疾病 | 自动化显微镜成像 | CNN | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 500 | 2026-09-13 |
HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles
2025-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363
PMID:40569046
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研究论文 | 本文提出了一种名为HECLIP的深度学习框架,通过以图像为中心的对比学习策略直接从H&E染色组织学图像推断空间基因表达谱 | 采用以图像为中心的对比学习策略捕捉与分子表达相关的形态学特征,通过最小化对空间转录组数据的依赖,实现准确且具有生物学意义的基因表达预测 | 摘要中未明确说明该研究的局限性 | 开发可扩展的计算方法,弥合组织学图像与转录组学之间的差距,直接从H&E染色图像推断空间基因表达谱 | H&E染色组织学图像及空间基因表达谱 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 对比学习 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |