单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-09-12	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病样选择性神经元退行性变的机制	首次建立慢性多巴胺神经元过度激活模型，揭示神经活动增强导致黑质致密部多巴胺神经元选择性易损性的新机制	动物模型研究，需进一步验证人类病理生理过程的相关性	探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退行性变中的作用机制	中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	化学遗传学(DREADD)、电生理学、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、行为数据、分子生物学数据	DREADD转基因小鼠模型及人类患者样本对照验证
482	2025-09-12	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达和细胞间互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并发现其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量有限（16例结节病患者和14例对照），且结果需进一步功能验证	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗细胞	单细胞组学	结节病	scRNA-seq, CellRanger, Seurat, CellChat	NA	单细胞RNA测序数据	30名参与者（16例结节病，14例对照）
483	2025-09-12	Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331401 PMID:40920657	研究论文	本研究结合网络药理学和分子模拟技术，揭示广藿香治疗热病的分子机制	首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，系统阐明广藿香治疗热病的作用靶点	样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需要更大规模研究验证	探究广藿香治疗热病的分子作用机制	热病患者和健康志愿者的外周血样本	网络药理学	热病	RNA测序、WGCNA、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	25例样本（11例患者+14例健康志愿者）
484	2025-09-11	Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2553220 PMID:40908816	研究论文	通过多组学分析构建膀胱癌中基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点	整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据，首次构建基因-代谢物-微生物调控网络并鉴定关键分子	NA	阐明膀胱癌的潜在机制并识别治疗靶点	膀胱癌患者的肿瘤及癌旁组织	多组学分析	膀胱癌	转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序	NA	基因组、转录组、代谢组、微生物组数据	膀胱癌患者组织样本（未明确数量）及公共数据集
485	2025-09-11	KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis 2025-Oct, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14203 PMID:40635126	研究论文	本研究揭示了KAT6A在巨噬细胞炎症和牙周炎进展中的关键作用	首次发现KAT6A在牙周炎患者巨噬细胞中上调表达，并通过基因敲除小鼠模型证实其调控炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用	巨噬细胞、牙周炎小鼠模型、人类牙周组织样本	表观遗传学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	牙周炎患者组织样本和基因敲除小鼠模型
486	2025-09-11	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113269 PMID:40894860	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺上皮细胞中母乳低聚糖生物合成的基因调控程序	首次在单细胞水平鉴定HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并提出HMO合成可能通过细胞亚型特化实现	研究基于相关性分析，需要进一步功能实验验证候选基因的具体作用	解析人类母乳低聚糖在乳腺中的生物合成途径和调控机制	人类乳腺上皮细胞（泌乳细胞）	单细胞组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	未明确样本数量（基于单细胞测序数据集）
487	2025-09-11	Adaptive individualized gene pair signatures distinguishing melanoma and predicting response to immune checkpoint blockade 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113329 PMID:40917881	研究论文	提出一种自适应个体化基因对特征方法（AIGPS），用于区分黑色素瘤亚型并预测免疫检查点阻断治疗反应	采用自适应量化基因对逆转模式，基于相对表达水平而非绝对水平，提升跨数据集的鲁棒性和可迁移性	NA	改进癌症亚型区分和免疫治疗反应预测的精准性	黑色素瘤患者样本	生物信息学	黑色素瘤	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	机器学习	基因表达数据	850个样本（24个队列）用于分类，252个样本（7个队列）用于预测
488	2025-09-11	TREM-1 as a novel immunotherapeutic target to treat pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Sep-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.201034 PMID:40917508	研究论文	本研究探讨TREM-1激活作为免疫治疗新靶点在胰腺导管腺癌治疗中的潜力	首次揭示TREM-1激活可重编程免疫抑制性肿瘤微环境，将TAMs和TANs转向促炎状态	研究主要基于小鼠模型（Pan02），人类组织数据仅为初步发现	探索TREM-1激活对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的调控作用及治疗潜力	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Pan02小鼠模型及人类PDAC组织样本
489	2025-09-11	Sorting nexin 3 promotes ischemic retinopathy through RIP1- and RIP3-mediated myeloid cell necroptosis and mitochondrial fission 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426578122 PMID:40924459	研究论文	本研究揭示了分选连接蛋白3（SNX3）通过RIP1和RIP3介导的髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂促进缺血性视网膜病变的分子机制	首次发现SNX3在髓系细胞中通过调控RIP1/3信号通路促进坏死性凋亡和线粒体分裂，并鉴定出小分子抑制剂W1122	研究主要基于小鼠氧诱导视网膜病变模型，人类临床相关性需进一步验证	探究免疫细胞介导的视网膜血管生成的分子机制	小鼠视网膜髓系细胞（小胶质细胞/巨噬细胞）	病理学	视网膜病变	单细胞RNA测序，免疫染色，GST pull-down，免疫共沉淀，免疫荧光染色	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据，影像数据	使用氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型进行研究
490	2025-09-11	Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles 2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001514 PMID:40928035	研究论文	本研究开发了一种负载polyIC的脂质纳米颗粒，用于有效抑制原发性和转移性肝肿瘤	意外发现polyIC-LNPs可作为单药疗法有效治疗肝癌，无需联合免疫检查点抑制剂	目前研究仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验	开发肝靶向策略以降低polyIC的系统毒性并增强抗肿瘤效果	小鼠肝肿瘤模型（原发性和转移性）	肿瘤免疫治疗	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	多个小鼠肝肿瘤模型
491	2025-09-11	Integrative analysis identifies FERMT3 as a key regulator of metabolic reprogramming in keloid scarring and metabolic syndrome 2025-Sep-10, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01705-y PMID:40928556	研究论文	通过整合分析发现FERMT3是瘢痕疙瘩和代谢综合征中代谢重编程的关键调控因子	首次通过多组学整合分析揭示瘢痕疙瘩与代谢综合征的共同转录组特征，并发现FERMT3在代谢和炎症表型中的核心调控作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步体内实验验证	识别瘢痕疙瘩和代谢综合征的共同调控基因并探索其治疗靶点潜力	瘢痕疙瘩和代谢综合征患者组织样本及体外培养的巨噬细胞和成纤维细胞	生物信息学	代谢综合征/皮肤疾病	微阵列数据分析、WGCNA、LASSO回归、机器学习、scRNA-seq、体外细胞实验	机器学习诊断模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共微阵列数据集（具体样本数未明确说明）和独立验证数据集
492	2025-09-11	Bcl6 reactivity is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19 2025-Sep-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189134 PMID:40924502	研究论文	本研究通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19尸检肺引流淋巴结，揭示Bcl6反应性与免疫景观和空间转录组的关联	首次在COVID-19急性病毒感染期人类淋巴结中发现Bcl6表达水平与滤泡免疫反应性的异质性关联，并鉴定出部位特异的分子靶点和通路	研究基于尸检样本，可能无法完全反映活体动态过程；样本来源受限，未涉及长期随访或治疗干预对比	探究人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应性的调控机制，特别是在COVID-19急性病毒感染期间的免疫动态	COVID-19尸检患者的肺引流淋巴结和膈下淋巴结	免疫学	COVID-19	多重成像，空间转录组学	NA	图像，转录组数据	COVID-19尸检捐赠者的淋巴结样本（具体数量未明确说明）
493	2025-09-11	ZEB1 promotes chemo-immune resistance in pancreatic cancer models by downregulating chromatin acetylation of CXCL16 2025-Sep-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI195970 PMID:40924501	研究论文	本研究揭示转录因子ZEB1通过下调CXCL16的染色质乙酰化驱动胰腺癌化疗免疫抵抗	首次发现ZEB1通过表观遗传机制调控CXCL16表达，并揭示其通过招募GZMA+CD8+ T细胞和减少SPP1分泌双重机制影响免疫微环境	研究主要基于临床前模型（类器官、异种移植等），人类临床应用效果仍需验证	探究胰腺癌化疗免疫抵抗的表观遗传调控机制	胰腺癌模型（包括患者来源类器官、异种移植模型和原位模型）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学、表观遗传学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	患者来源模型（具体数量未明确说明）
494	2025-09-11	Tumor microenvironment differences between diagnostic and relapsed classic Hodgkin lymphoma revealed by scRNA-seq 2025-Sep-09, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2025017107 PMID:40924921	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示经典霍奇金淋巴瘤诊断与复发阶段肿瘤微环境的差异，特别是早期复发中幼稚B细胞的作用	首次发现早期复发CHL中富含表达免疫抑制基因LGALS9的幼稚B细胞，并揭示其与Tregs的相互作用在免疫抑制微环境形成中的关键作用	样本量有限，需进一步验证功能性机制	探究经典霍奇金淋巴瘤复发过程中肿瘤微环境的变化机制	配对的诊断和复发经典霍奇金淋巴瘤样本	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	scRNA-seq, 成像质谱流式技术, 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据	配对诊断与复发样本（具体数量未明确说明），含独立验证队列
495	2025-09-11	Type 1 regulatory cells suppress T-cell cytotoxicity to alleviate liver injury during acute hepatitis B virus infection in mice 2025-Sep-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf229 PMID:40925590	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示1型调节性细胞（Tr1）在急性HBV感染中通过调节T细胞毒性减轻肝脏免疫病理损伤的作用机制	首次发现Tr1细胞通过IL-10依赖机制抑制T细胞毒性，在清除病毒的同时保护肝脏免受免疫损伤	研究基于小鼠模型，人体适用性需进一步验证	阐明急性HBV感染期间调节T细胞反应以避免免疫病理损伤的机制	HBV感染小鼠模型的肝脏免疫细胞	免疫学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞因子中和实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HBV感染小鼠模型（具体数量未明确说明）
496	2025-09-11	Cancer-associated fibroblast marker signatures and stromal composition in usual interstitial pneumonia-associated lung adenocarcinoma: an analysis using a proteomic-immunohistochemical approach 2025-Sep-09, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04254-8 PMID:40926109	研究论文	本研究通过蛋白质组学和免疫组化方法分析UIP相关肺腺癌的癌症相关成纤维细胞标志物和基质组成	首次在UIP相关肺腺癌中发现ACAN和HAPLN1等新型基质蛋白的表达特征，并结合单细胞RNA测序数据进行验证	样本量较小（仅32例），且为回顾性研究	表征UIP相关肺腺癌的肿瘤微环境特征，重点关注癌症相关成纤维细胞和基质组成	肺腺癌患者组织样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）	数字病理学	肺癌	免疫组化、蛋白质组学分析、激光显微切割、单细胞RNA测序	NA	组织图像、蛋白质组数据、RNA测序数据	32例肺腺癌样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）
497	2025-09-11	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Sep-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	本研究通过跨物种空间多组学分析，揭示了IPMN相关胰腺癌中长链硫酸酯富集作为可操作的代谢脆弱性	首次发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮选择性富集，并证明UGT8抑制可通过神经酰胺介导的线粒体自噬和凋亡通路发挥抗癌作用	样本量较小（n=23），主要依赖小鼠模型验证机制，临床转化潜力需进一步评估	揭示IPMN恶性进展为胰腺导管腺癌（PDAC）的生化与分子驱动机制	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢研究	胰腺癌	MALDI质谱成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9、siRNA、药理学抑制	NA	空间代谢组数据、空间转录组数据、功能实验数据	23例人类组织样本及小鼠模型组织
498	2025-09-11	Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer 2025-Sep-08, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010 PMID:40925179	研究论文	整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术，研究土壤污染物通过关键分子靶点DNMT1和mTOR影响前列腺癌的机制	首次结合网络毒理学、101种机器学习算法和单细胞测序，系统揭示土壤污染物与前列腺癌的分子关联	研究主要基于计算和数据库分析，实验验证部分有限	探究土壤污染物促进前列腺癌发展的分子机制	前列腺癌（PRAD）及相关分子靶点	生物信息学	前列腺癌	网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习	多种机器学习算法（未指定具体模型）	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞表达数据	分析10种土壤污染物，识别242个潜在靶点和26个风险分子
499	2025-09-11	The ferroptosis-associated gene TIMP1 facilitates skin scar formation through the interaction with CST3 in fibroblasts 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115496 PMID:40925202	研究论文	本研究揭示铁死亡相关基因TIMP1通过与CST3相互作用促进皮肤瘢痕形成的分子机制	首次发现TIMP1通过调控铁死亡过程促进成纤维细胞分化，并构建了'成纤维细胞-巨噬细胞'双向调控网络	NA	探究皮肤瘢痕形成的调控机制并寻找潜在治疗靶点	人皮肤成纤维细胞和巨噬细胞	分子生物学	皮肤瘢痕	Bulk-RNA seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外共培养实验	NA	RNA测序数据, 细胞实验数据	NA
500	2025-09-11	Repurposing zafirlukast confers renal protection in ischemia-reperfusion injury via suppressing macrophage METosis 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115459 PMID:40925201	研究论文	本研究重新利用哮喘药物zafirlukast（ZFK）在小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型中显示肾脏保护作用，通过抑制巨噬细胞METosis机制	首次证明ZFK通过靶向抑制巨噬细胞胞外诱捕网形成（METosis）来保护肾脏免受缺血再灌注损伤，并揭示其通过CysLT1R拮抗作用下调PAD4和CitH3表达的新机制	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证；未详细探讨长期用药安全性	开发更安全的移植后急性肾损伤治疗药物，替代具有肾毒性的他克莫司	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型，巨噬细胞	肾脏病学	急性肾损伤	RNA测序，免疫荧光，流式细胞术，单细胞转录组学	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明），Tabula Muris和人类数据库单细胞数据