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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4901 | 2025-10-06 |
Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor
2025-Aug-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1
PMID:40894019
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路 | 首次结合空间转录组学和多组学技术系统分析MRT肿瘤免疫微环境特征,发现候选肿瘤抗原多样性、抗原加工呈递基因上调与'热'肿瘤免疫微环境的强关联 | 样本量有限,未明确说明具体样本数量;部分基因名称在摘要中未完整呈现 | 探究恶性横纹肌样瘤中免疫细胞浸润的分子机制和特征 | 恶性横纹肌样瘤样本 | 空间转录组学 | 恶性横纹肌样瘤 | 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4902 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1
PMID:40894034
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研究论文 | 本研究开发了scFUMES算法,系统性地识别了阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法,首次在细胞类型特异性水平系统揭示了AD中的主要代谢调控因子及其网络基础 | 研究主要基于计算预测,实验验证相对有限,需要更多功能研究确认调控机制 | 揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性的代谢调控网络和主要代谢调控因子 | 人脑组织中的神经元、小胶质细胞等脑细胞类型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 相互作用组学, 基因组学, 转录组学, 代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自大型人脑生物样本库的样本,涉及中颞回和背外侧前额叶皮层两个AD易感区域 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 4903 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1
PMID:40894067
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了携带人类μ-阿片受体A118G变体的小鼠在阿片依赖后不同细胞类型的动态变化 | 首次结合空间转录组学系统评估A118G变异对阿片依赖中细胞动态的影响,发现神经胶质细胞而非神经元功能障碍在遗传风险中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,人类样本验证尚需进行;A118G变异的确切分子机制仍未完全阐明 | 探究μ-阿片受体A118G基因变异如何影响阿片依赖风险的神经生物学机制 | 携带人类Oprm1 A118G变体的小鼠模型 | 空间转录组学 | 阿片使用障碍 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 阿片暴露小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4904 | 2025-10-06 |
TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006
PMID:40609533
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研究论文 | 本研究发现TET2突变的克隆性造血可通过外周髓系细胞浸润减轻阿尔茨海默病进展 | 首次揭示TET2特异性突变(而非其他CH驱动因子)对AD的保护作用,并阐明其通过增强髓系细胞脑内浸润和吞噬功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据,人类直接证据有限 | 探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制 | TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人诱导多能干细胞衍生小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,iPSC分化,骨髓移植 | 小鼠AD模型 | 基因测序数据,行为学数据,病理学数据 | UK Biobank人群数据,小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4905 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact
2025-07-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26146983
PMID:40725231
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染人胶质瘤细胞后的转录组变化 | 首次在单细胞水平比较患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞对溶瘤病毒的转录反应 | 研究仅针对特定溶瘤病毒株VV-GMCSF-Lact,未与其他病毒疗法比较 | 探究溶瘤病毒治疗胶质瘤的细胞特异性反应机制 | 患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87胶质母细胞瘤细胞系 | 单细胞转录组学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源胶质瘤细胞培养物和U87细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4906 | 2025-10-06 |
Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model
2025, Journal of cellular immunology
DOI:10.33696/immunology.7.227
PMID:40893807
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术探究淋巴管平滑肌瘤病小鼠模型中子宫免疫微环境的炎症、功能和组成变化 | 首次在子宫特异性Tsc2基因敲除小鼠模型中揭示子宫自然杀伤细胞功能失调促进LAMCore细胞肺转移的新机制 | 研究基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究淋巴管平滑肌瘤病中子宫免疫微环境变化与肿瘤细胞转移的关系 | 子宫特异性Tsc2基因敲除小鼠模型中的子宫免疫细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, ELISA, 流式细胞术, 免疫组化, 功能实验 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质浓度数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4907 | 2025-10-06 |
Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1573469
PMID:40900831
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研究论文 | 本研究通过UMAP分析尿液单细胞RNA测序数据,揭示急性肾损伤中的细胞异质性和ECM相关通路变化 | 首次在AKI尿液样本中应用UMAP分析细胞异质性,并发现MAPK1在ECM通路中的关键调控作用 | 使用公开数据集,样本量有限,需要进一步实验验证临床意义 | 探索急性肾损伤尿液样本中的细胞组成和基因表达模式 | AKI和非AKI患者的尿液单核细胞 | 单细胞基因组学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | UMAP | 单细胞基因表达数据 | 公开数据集GSE180595中的AKI和非AKI患者尿液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4908 | 2025-10-06 |
Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357
PMID:40901472
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研究论文 | 本研究通过整合临床数据分析、机器学习模型和单细胞测序技术,揭示了肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展的新机制 | 首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴调控中性粒细胞陷阱形成的新机制,并建立了基于6个基因的前列腺癌预后预测模型 | 回顾性研究设计,样本量未明确说明,需要在更大规模的前瞻性研究中验证 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在前列腺癌进展中的作用机制并建立预后预测模型 | 前列腺癌患者临床数据、前列腺癌类器官模型 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞测序、LASSO回归分析、机器学习、多变量回归分析、反卷积算法 | LASSO回归、机器学习模型 | 临床数据、基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4909 | 2025-10-06 |
Elevated THOC5 expression in liver cancer and its implications for tumor progression and therapeutic response
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1596120
PMID:40901498
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研究论文 | 本研究探讨THOC5基因在多种癌症中的表达及其在肝细胞癌中的预后价值和治疗意义 | 首次系统分析THOC5在多种癌症中的表达模式,揭示其在肝细胞癌中的预后价值及与免疫治疗反应的关系 | 主要依赖公共数据集和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 研究THOC5基因在癌症中的表达特征、预后价值及治疗意义 | 多种癌症类型,特别关注肝细胞癌(LIHC) | 癌症生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 免疫组化, 蛋白质组分析, 伤口愈合实验, Transwell迁移实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 公共数据集中的多种癌症样本,肝细胞癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 4910 | 2025-10-06 |
Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0330780
PMID:40901835
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和深度学习模型识别心力衰竭的关键生物标志物和潜在治疗靶点 | 结合多种生物信息学方法识别出四个关键基因,并首次开发基于卷积神经网络的诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索心力衰竭的分子机制并开发诊断模型 | 心力衰竭相关基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析, 单细胞RNA测序, 分子对接 | CNN | 基因表达数据 | 公共数据库中的心力衰竭相关样本 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 4911 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Integration with Machine Learning and Molecular Docking Reveals Crosstalk Mechanisms and Drug Candidates in Metastatic Melanoma and Vitiligo
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S533281
PMID:40904412
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研究论文 | 本研究通过多组学整合与机器学习方法揭示了转移性黑色素瘤与白癜风之间的相互作用机制并筛选潜在治疗药物 | 首次系统阐明转移性黑色素瘤与白癜风之间的遗传互作机制,建立基于枢纽基因的预后模型并筛选靶向治疗化合物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 阐明转移性黑色素瘤与白癜风的相互作用机制并开发个性化治疗方案 | 转移性黑色素瘤和白癜风相关基因及患者数据 | 机器学习 | 黑色素瘤,白癜风 | 差异表达分析,WGCNA,单细胞RNA测序,分子对接 | 机器学习算法,AUCell算法,CellChat分析 | 基因表达数据,单细胞数据 | 来自GEO和TCGA数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4912 | 2025-10-06 |
Exploring immunological alterations of B cells in peripheral immunity via single-cell RNA sequencing: insights into primary membranous nephropathy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1622395
PMID:40904455
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序探索原发性膜性肾病患者外周免疫中B细胞的免疫学改变 | 首次在单细胞水平揭示PMN患者B细胞的异质性和功能多样性,发现亚群0浆细胞和B10调节性B细胞在疾病发病机制中的独特作用 | 样本量较小(6例患者和3例健康对照),需要更大规模研究验证发现 | 探索原发性膜性肾病中B细胞的免疫致病机制 | 原发性膜性肾病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例PMN患者和3例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4913 | 2025-10-06 |
From trash to treasure: tumor draining lymph nodes as a multi-omics goldmine in cancer therapy
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1636942
PMID:40904508
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综述 | 探讨肿瘤引流淋巴结在癌症治疗中的双重角色及其多组学研究价值 | 提出“淋巴结多模态保护研究(LNMPR)”概念,强调通过整合空间转录组学、单细胞分析等多组学技术解析淋巴结免疫动态 | NA | 系统梳理肿瘤引流淋巴结生物学功能的演变历程及其在癌症治疗中的临床意义 | 肿瘤引流淋巴结(TDLNs) | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 空间转录组学, 单细胞分析, 成像技术 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 4914 | 2025-10-06 |
SPINK1 facilitates tumor progression via the EGFR/JAK/STAT3 axis in oral squamous cell carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1585277
PMID:40904507
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示SPINK1通过EGFR/JAK/STAT3轴促进口腔鳞状细胞癌进展的分子机制 | 首次在单细胞水平阐明SPINK1在OSCC中的双重作用机制,包括肿瘤发生和免疫调节功能 | 未明确说明样本数量和具体实验平台细节 | 阐明SPINK1在口腔鳞状细胞癌中的功能作用和分子机制 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞系 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫印迹, 功能获得和缺失实验 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4915 | 2025-10-06 |
An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760
PMID:40861433
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研究论文 | 开发了一种名为nimble的补充比对工具,用于捕获传统单细胞RNA-seq分析中遗漏的免疫相关信息 | 通过自定义基因空间和可定制评分标准,能够恢复标准分析中丢失的复杂免疫基因数据,包括等位基因特异性MHC-I调控 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据分析的准确性和完整性,特别关注免疫相关基因 | 单细胞RNA-seq数据中的免疫基因表达,包括主要组织相容性复合体和杀伤细胞免疫球蛋白样受体 | 生物信息学 | 结核病 | 单细胞RNA-seq, 伪比对 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4916 | 2025-09-06 |
RNA-seq dataset of the estrogen-dependent regulation of the transcriptome in mouse mammary gland organoids
2025-Oct, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2025.111984
PMID:40896136
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析雌激素处理的小鼠乳腺类器官转录组,揭示雌激素信号通路对乳腺上皮基因的调控作用 | 首次利用乳腺类器官模型结合bulk mRNA-seq技术系统研究雌激素依赖性转录组调控,为单细胞水平研究提供基础数据 | 仅使用bulk RNA-seq技术,未能解析细胞异质性;研究局限于小鼠模型,需进一步验证人体相关性 | 探究雌激素信号通路对乳腺上皮细胞转录组的特异性调控机制 | 小鼠乳腺上皮类器官 | 转录组学 | 乳腺癌 | RNA-seq, next-generation sequencing | DESeq2 | RNA测序数据 | 雌激素处理的成熟小鼠乳腺类器官(11天处理周期) | NA | NA | NA | NA |
| 4917 | 2025-09-06 |
Combined endurance and resistance exercise training alters the spatial transcriptome of skeletal muscle in young adults
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113301
PMID:40894879
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术结合免疫荧光和计算方法,解析了联合耐力与抗阻运动训练对人类骨骼肌肌纤维和单核细胞群体的分子适应机制 | 首次采用空间转录组学技术揭示运动诱导的肌纤维类型特异性基因表达变化,并结合单细胞RNAseq数据发现间质细胞群体与血管生成相关的运动诱导转变 | 研究样本仅限于年轻成年人,未涵盖其他年龄组或特殊人群 | 全面分析联合耐力与抗阻运动训练引起的骨骼肌分子变化 | 人类骨骼肌组织中的肌纤维和单核细胞群体 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、免疫荧光、单细胞RNAseq | 计算方法(未指定具体模型) | 空间转录组数据、单细胞RNAseq数据、图像数据 | 年轻成年人骨骼肌样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
| 4918 | 2025-09-06 |
MEK inhibition prevents human skin graft rejection by promoting CD8+TCF1+ over CD8 effector T cells
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113310
PMID:40894910
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研究论文 | 本研究探讨MEK抑制剂trametinib通过调节CD8+T细胞分化延缓人类皮肤移植排斥反应的机制 | 首次在人类移植模型中揭示MEK抑制剂通过促进CD8+TCF1+干细胞样T细胞积累而非减少移植物浸润来延长移植物存活 | 研究基于NSG小鼠重建模型,可能无法完全模拟人类体内免疫环境 | 评估MEK抑制剂在器官移植中的免疫调节作用 | 人类皮肤移植模型和重建的免疫系统 | 移植免疫学 | 移植排斥 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用NSG小鼠重建第三方人类PBMCs的皮肤移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4919 | 2025-09-06 |
Screening, Validation, and Machine Learning-Based Evaluation of Serum Protein Biomarkers for Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Single-Cell Subtype-Specific Genes
2025-Sep-05, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.5c00475
PMID:40799020
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研究论文 | 基于单细胞亚型特异性基因筛选、验证血清蛋白生物标志物,并利用机器学习构建食管鳞状细胞癌诊断模型 | 整合scRNA-seq、蛋白质组学和ELISA技术,利用成纤维细胞和上皮细胞的异质性相关基因开发诊断流程,并构建了交互式网络诊断工具 | 模型在验证集的AUC为0.767,性能有待进一步提升 | 开发食管鳞状细胞癌的早期诊断生物标志物和诊断模型 | 食管鳞状细胞癌患者、高级别上皮内瘤变病例和正常对照 | 数字病理学 | 食管癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学, ELISA, 机器学习 | SVM | 蛋白质表达数据 | 344例ESCC患者、46例HGIN病例和390例正常对照 | NA | NA | NA | NA |
| 4920 | 2025-09-06 |
Cuproptosis-Related Gene FDX1 Induces Malignant Progression and Immune Suppression in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Sep-05, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11242-9
PMID:40911146
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研究论文 | 本研究探讨铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌中的促癌作用及免疫抑制机制 | 首次发现FDX1通过调控铜死亡途径促进TNBC恶性进展并抑制CD8 T细胞免疫应答 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,临床样本验证尚不充分 | 阐明FDX1基因在三阴性乳腺癌发生发展中的作用及免疫调控功能 | 三阴性乳腺癌细胞系、CD8 T细胞和小鼠模型 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | scRNA-seq, qPCR, CCK-8, Transwell, CFSE, LDH, ELISA, IHC | NA | 基因表达数据、细胞功能实验数据 | 单细胞RNA测序数据集、体外培养细胞系及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |