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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4801 | 2025-10-05 |
Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225
PMID:40918148
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和单细胞分析,探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪肝病中的生物学功能和免疫调节作用 | 首次通过整合生物信息学分析和单细胞测序技术,系统鉴定并验证了T2DM合并MAFLD的四个自噬相关诊断生物标志物,并深入探索了细胞多样性和细胞通讯机制 | 研究主要基于公共数据库数据和动物实验,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别和验证与T2DM相关MAFLD的自噬相关诊断生物标志物,研究疾病进展中的调控机制 | 2型糖尿病合并代谢相关脂肪肝病的大鼠模型和人类基因表达数据 | 生物信息学 | 2型糖尿病合并代谢相关脂肪肝病 | 单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR, 免疫组织化学, 机器学习 | 机器学习, WGCNA分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 四个GEO数据集(GSE15653, GSE89632, GSE24807, GSE23343)和动物实验 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4802 | 2025-10-05 |
Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/1619237
PMID:40918404
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研究论文 | 通过多组学整合和机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点 | 首次整合多组学数据和三种机器学习算法系统识别CSF3R在克罗恩病中的关键作用,并通过孟德尔随机化分析和实验验证其因果机制 | 样本来源和数量可能有限,需要进一步大样本验证 | 识别克罗恩病的关键分子驱动因子和潜在治疗靶点 | 克罗恩病患者和健康对照的肠道活检组织 | 机器学习 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, qPCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 免疫荧光, 分子对接 | 随机森林, SVM-RFE, LASSO | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 克罗恩病患者和健康对照的肠道活检组织 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 4803 | 2025-10-05 |
Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering
2025, AI medicine
DOI:10.53941/aim.2025.100001
PMID:40918416
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研究论文 | 提出一种基于标记基因引导图神经网络的空间转录组学聚类增强方法 | 首次将标记基因信息融入图神经网络框架,通过对比学习和少量标记基因表达标注的微调来增强细胞嵌入学习和聚类效果 | 仅在两套真实数据集上验证,需要依赖标记基因的先验知识 | 提升空间转录组学数据的聚类分析性能 | 空间转录组学数据中的细胞/点 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络(GNN), 对比学习 | 基因表达数据, 空间位置信息 | 两套真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4804 | 2025-10-05 |
Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1645671
PMID:40919158
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研究论文 | 本研究探讨Meox1转录因子在促进肺肿瘤血管形成和损害CD8+ T细胞介导的免疫中的作用 | 首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的转录调控网络,并证实其双重功能 | 研究主要基于动物模型系统,需要进一步验证在人类临床样本中的适用性 | 探究Meox1转录因子在肺肿瘤血管形成和免疫调节中的功能机制 | 非小细胞肺癌肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA基因敲除, SCENIC调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4805 | 2025-10-05 |
Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease
2025, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012
PMID:40919531
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1促进内皮-间质转化和纤维化的分子机制 | 首次发现细胞器应激和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1驱动阿尔茨海默病中的内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化 | 主要基于小鼠模型研究,人类数据验证相对有限 | 阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制 | 3xTg-AD小鼠模型脑组织和人类AD患者脑组织 | 转录组学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3xTg-AD小鼠模型和人类AD患者脑组织样本 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4806 | 2025-10-05 |
BCAP31 promotes colorectal cancer metastasis via oxidative phosphorylation-dependent macrophage immunosuppression: A single-cell transcriptomic study
2025-Nov, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示BCAP31通过氧化磷酸化依赖性巨噬细胞免疫抑制促进结直肠癌转移的机制 | 首次发现BCAP31在结直肠癌转移中的关键作用,建立了10基因巨噬细胞相关预后特征,揭示了线粒体-免疫串扰新机制 | 研究样本量有限,功能验证需要进一步扩展 | 探究结直肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞驱动的免疫抑制机制 | 结直肠癌组织和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 预后风险模型 | 单细胞转录组数据 | 结直肠癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4807 | 2025-10-05 |
Transcriptional profiling uncovers microglial HIF-1α signaling as a therapeutic target of radiation-induced brain injury
2025-Nov, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示颅脑放疗后小胶质细胞中HIF-1α信号通路的特异性激活及其在辐射性脑损伤中的关键作用 | 首次在单细胞水平发现辐射特异性激活小胶质细胞HIF-1α信号通路,该现象在传统批量分析中无法检测 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床样本中验证 | 探索辐射性脑损伤的细胞分子机制并寻找治疗靶点 | 接受颅脑放疗的小鼠模型及其小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 辐射性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4808 | 2025-10-05 |
Multi-omics analysis of polyamine metabolism implicates NT5E/CD73 in the progression of pancreatic cancer
2025-Oct-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217887
PMID:40582491
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研究论文 | 通过多组学分析揭示多胺代谢在胰腺癌进展中的作用,并鉴定NT5E/CD73为关键调控基因 | 首次系统性地整合批量转录组学、单细胞RNA测序和功能实验,全面表征胰腺癌中多胺代谢的作用机制 | 多胺代谢在胰腺癌中的全面临床意义仍需进一步探索 | 研究多胺代谢在胰腺导管腺癌进展和免疫逃逸中的作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤细胞和肿瘤微环境 | 多组学分析 | 胰腺癌 | 批量转录组学,单细胞RNA测序,功能实验 | 随机森林算法,主成分分析 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 4809 | 2025-10-05 |
CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation
2025-Oct-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898
PMID:40623543
|
研究论文 | 本研究揭示CEMIP2通过降解透明质酸重塑细胞外基质,增强胰腺导管腺癌对化疗的敏感性 | 首次阐明CEMIP2通过透明质酸降解调节肿瘤微环境并增强化疗疗效的分子机制 | CEMIP2在肿瘤微环境中具体作用机制仍需进一步验证 | 探究CEMIP2在胰腺导管腺癌化疗敏感性中的作用机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和PDAC小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 飞行时间质谱流式细胞术(CyTOF) | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 单细胞测序数据 | 临床PDAC标本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 4810 | 2025-10-05 |
The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis
2025-Oct, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.05.015
PMID:40389038
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研究论文 | 本研究通过大鼠败血症腹膜炎模型,揭示内脏大神经通过调节中性粒细胞亚群平衡来影响细菌清除的新机制 | 首次证明内脏大神经在感染急性期通过选择性调节中性粒细胞亚群平衡(激活态与静止态)来影响细菌清除,而非通过巨噬细胞 | 研究仅关注急性感染期(24小时内),未评估长期效应;机制研究主要基于相关性分析 | 阐明内脏大神经在败血症感染过程中的免疫调节作用 | 大肠杆菌诱导的败血症腹膜炎大鼠模型 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 大鼠败血症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4811 | 2025-10-05 |
Multimodal associations between brain morphology, immune-inflammatory markers, spatial transcriptomics, and behavioural symptoms in autism spectrum disorder
2025-Oct, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.07.021
PMID:40721173
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研究论文 | 本研究通过多模态方法探讨自闭症谱系障碍中攻击行为与脑形态、免疫炎症标志物和空间转录组学的关联 | 首次结合神经内分泌标志物、脑结构差异和空间转录组学综合分析ASD攻击行为的神经生物学机制,识别了前额叶-边缘系统-纹状体网络失衡与促炎状态的复杂相互作用 | 样本量较小(42名男性参与者),缺乏纵向数据,未考虑遗传和环境因素的影响,研究结果可能不适用于更广泛的自闭症人群 | 识别自闭症谱系障碍中攻击行为的潜在机制并为治疗策略提供依据 | 42名11-38岁男性自闭症谱系障碍患者(21名攻击性患者和21名非攻击性对照) | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 多重检测分析、磁共振成像、变形基形态测量法、空间转录组学 | NA | 行为问卷数据、血浆生物标志物、脑影像数据、基因表达数据 | 42名男性ASD患者(21名攻击性,21名非攻击性),其中13名攻击性患者接受了MRI扫描 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4812 | 2025-10-05 |
Acrylamide-induced noradrenergic axon degeneration is promoted via a non-cell autonomous mechanism, involving microglial Tnfaip2/TNF-α and oxidative stress pathways
2025-Sep-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139125
PMID:40664071
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研究论文 | 本研究揭示了丙烯酰胺通过非细胞自主机制促进去甲肾上腺素能轴突退化的分子机制 | 首次发现丙烯酰胺通过小胶质细胞TNF-α和氧化应激通路以非细胞自主方式促进轴突退化 | 研究主要基于小鼠和细胞模型,人类相关性需进一步验证 | 探究环境毒物诱导认知功能障碍的神经退行性机制 | 小鼠脑组织、小胶质细胞BV2系、1C11神经元细胞系 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4813 | 2025-10-05 |
Mitoribosome-Targeting Antibiotics Suppress Osteoclastogenesis and Periodontitis-Induced Bone Loss by Blocking Mitochondrial Protein Synthesis
2025-Sep-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501619R
PMID:40923938
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研究论文 | 本研究探讨靶向线粒体核糖体的抗生素雷德唑胺通过抑制线粒体蛋白质合成来抑制破骨细胞分化和牙周炎骨丢失 | 首次发现雷德唑胺通过靶向线粒体功能抑制破骨细胞分化,为牙周炎治疗提供新策略 | 研究主要基于细胞系和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 研究雷德唑胺抑制破骨细胞分化和牙周炎骨丢失的机制 | RAW264.7细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMM)和牙周炎大鼠模型 | 单细胞测序分析 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、电子显微镜 | NA | 基因表达数据、细胞图像 | 健康个体和重度慢性牙周炎患者的牙周组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4814 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover the prognostic, epigenetic, and immunological roles of FANCC in low-grade glioma
2025-Sep-09, Neurological research
IF:1.7Q4
DOI:10.1080/01616412.2025.2556255
PMID:40923898
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术,揭示了FANCC在低级别胶质瘤中的预后、表观遗传和免疫调控作用 | 首次报道FANCC作为低级别胶质瘤的致癌驱动因子,通过免疫微环境重编程和DNA修复失调协同促进肿瘤进展 | NA | 全面研究FANCC在低级别胶质瘤中的临床意义、预后价值和分子机制,以确定新的治疗靶点 | 低级别胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 低级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, GSEA分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4815 | 2025-10-05 |
Longitudinal single-cell RNA model aids prediction of EGFR-TKI resistance
2025-Sep-04, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgaf038
PMID:40739818
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研究论文 | 本研究利用纵向单细胞RNA测序数据探索肺腺癌EGFR-TKI耐药机制 | 首次在单细胞水平建立EGFR耐药评分系统并揭示代谢重编程在耐药中的作用 | 样本量有限,需要更大规模验证 | 研究肺腺癌EGFR-TKI耐药机制 | 肺腺癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4816 | 2025-10-05 |
Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data
2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672376
PMID:40909701
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研究论文 | 系统评估不同采样方法在空间转录组数据上的表现 | 首次系统评估空间转录组数据的采样方法,提出空间平滑杠杆评分方法能平衡转录组异质性和组织结构保持 | 研究仅基于有限的数据集进行验证,需要更多样化的数据集进一步确认 | 评估和优化空间转录组数据的采样方法以减少计算负担 | 空间转录组数据集(小鼠卵巢、MERFISH大脑、人类乳腺癌、肺组织)和模拟数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | PCA, 随机SVD, 空间权重矩阵 | 空间转录组数据, 基因表达数据, 空间坐标 | 多个真实ST数据集和模拟数据 | NA | 空间转录组学, MERFISH | NA | NA |
| 4817 | 2025-10-05 |
Exploration of potential therapeutic target genes for preeclampsia through genetic analysis
2025-Sep, Journal of human hypertension
IF:2.7Q2
DOI:10.1038/s41371-025-01054-0
PMID:40715499
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研究论文 | 通过遗传分析探索先兆子痫的潜在治疗靶基因 | 首次通过整合cis-eQTL、孟德尔随机化、SMR和共定位分析系统筛选先兆子痫的潜在药物靶基因 | 研究主要基于血液样本的eQTL数据,未直接使用胎盘组织数据 | 识别先兆子痫的潜在治疗靶基因 | 先兆子痫相关基因 | 生物信息学 | 先兆子痫 | cis-eQTL分析,孟德尔随机化,功能富集分析,SMR分析,共定位分析,单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化模型 | 基因表达数据,遗传数据 | eQTLGen联盟提供的血液样本数据 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4818 | 2025-10-05 |
Patterns of Mitochondrial ATP Predict Tissue Folding
2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.31.673364
PMID:40909554
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研究论文 | 本研究揭示了线粒体ATP的空间分布模式可预测胚胎发育过程中的组织折叠 | 首次发现线粒体在顶端收缩过程中局部富集于上皮细胞顶端,且这种亚细胞模式可计算预测组织折叠 | 未详细探讨线粒体空间分布调控的具体分子机制 | 探究胚胎形态发生过程中化学能量的空间分布模式及其与组织折叠的关系 | 果蝇、鸡和小鼠胚胎的上皮组织 | 发育生物学 | NA | 时间序列成像、空间转录组学、耗氧率测量 | 计算预测模型 | 图像、基因表达、代谢数据 | 多物种胚胎样本(果蝇、鸡、小鼠) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4819 | 2025-10-05 |
Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages
2025-Aug-27, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01770-25
PMID:40862604
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研究论文 | 介绍EukPhylo v.1.0工具包,用于真核生物系统发育基因组学数据管理和分析 | 开发了模块化、用户友好的流程,通过系统发育信息指导的污染去除和同源基因家族估计来改进真核生物系统发育分析 | 未明确说明工具在处理特定类型污染或极端数据情况下的局限性 | 解决真核生物系统发育基因组学分析中的数据污染和可重复性问题 | 真核生物、细菌和古菌的多样化谱系 | 生物信息学 | NA | 系统发育基因组学分析、单细胞测序、同源基因家族分析 | NA | 基因组序列数据、基因家族数据 | 1,000个多样化物种,包含约15,000个古老基因家族 | NA | 系统发育分析、基因家族估计、多序列比对 | EukPhylo v.1.0工具包 | 包含Hook数据库(约15,000个古老基因家族)和独立实用程序套件的模块化流程 |
| 4820 | 2025-10-05 |
An engineered glioblastoma model yields macrophage-secreted drivers of invasion
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181903
PMID:40857405
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研究论文 | 本研究通过工程化胶质母细胞瘤模型揭示肿瘤相关巨噬细胞分泌的侵袭驱动因子 | 结合工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型与多组学分析,首次发现并验证TGFBI作为巨噬细胞分泌的可靶向促肿瘤因子 | 对肿瘤相关巨噬细胞功能的认知仍不完整,临床转化效果需进一步验证 | 研究肿瘤相关巨噬细胞与胶质母细胞瘤干细胞之间的相互作用机制 | 胶质母细胞瘤干细胞和M2极化巨噬细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学,蛋白质组学,3D水凝胶模型 | 工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型 | 转录组数据,蛋白质组数据 | 胶质母细胞瘤患者单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |