单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4801	2025-05-15	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，研究团队识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据识别Wilms肿瘤中与复发相关的Scissor+肿瘤细胞亚型，并开发了一个预后集合机器学习模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别驱动Wilms肿瘤复发的分子特征并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者及其肿瘤组织	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 突变/拷贝数分析	集合机器学习模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据库中的Wilms肿瘤样本
4802	2025-05-15	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	该研究通过整合多种机器学习算法和多组学分析，构建了一个与semaphorins家族基因相关的评分系统（SRS），用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个基于101种机器学习算法组合的新型计算框架来构建SRS评分系统，并首次在结直肠癌中系统评估semaphorins家族基因的预后价值	研究主要基于计算分析和体外实验，需要更多临床样本验证SRS评分的临床应用价值	评估semaphorins家族基因在结直肠癌中的预后价值并探索其与免疫治疗的关系	结直肠癌患者和癌细胞系	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组（ST）	多种机器学习算法组合	基因组数据、转录组数据	未明确说明患者样本数量，包含体外实验的癌细胞系
4803	2025-05-15	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录特征	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了一种高频的转录独特的双阴性T细胞	研究仅针对NOD小鼠，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的外周血和胰岛中的T细胞	单细胞转录组学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	纵向收集的NOD小鼠外周血和胰岛样本
4804	2025-05-15	Aspartate beta-hydroxylase is a prognostic factor in gallbladder cancer with the function of promoting tumorigenesis and chemoresistance 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1452345 PMID:40110547	research paper	该研究探讨了天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）在胆囊癌中的预后价值及其促进肿瘤发生和化疗耐药的功能	首次发现ASPH在胆囊癌中的高表达与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫逃逸、转移和化疗耐药中的多重作用	研究样本量有限（215例），且需要进一步实验验证传统中药活性成分对ASPH的靶向作用	探索胆囊癌的新型生物标志物和治疗靶点	胆囊癌组织和患者	肿瘤学	胆囊癌	RNA-seq、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序、网络药理学	NA	基因表达数据、临床数据	215例胆囊癌患者
4805	2025-05-15	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了健康犬肺的单细胞图谱，揭示了犬肺组织的细胞和分子异质性	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，发现了46个转录不同的细胞亚群，包括罕见的非传统T细胞和雪旺细胞	研究仅使用了4只犬的肺组织样本，样本量较小	建立健康犬肺的单细胞图谱，为犬和人类肺部疾病的比较研究提供基础	健康犬的肺组织	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4只犬的26,278个细胞
4806	2025-05-15	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	研究论文	本文描述了构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术生成基因组整合的工程DNA盒突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	NA	开发并验证高通量分子记录技术	分子记录谱系追踪系统的克隆和验证	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	NA
4807	2025-05-15	MS4A7 based metabolic gene signature as a prognostic predictor in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1591446 PMID:40356720	研究论文	本研究探讨了MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境动态中的作用，并开发了一个基于代谢基因的预后预测模型	首次将MS4A7基因与肺腺癌的预后和免疫微环境动态联系起来，并开发了一个高预测准确性的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的RNA-seq数据，可能无法完全代表所有肺腺癌患者的异质性	探索MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境中的作用	肺腺癌患者和MS4A7基因	数字病理	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归	RNA-seq数据	500名肺腺癌患者
4808	2025-05-15	Single-cell transcriptomics and functional validation revealed PLEKHA5-L as a promoter of growth and migration in brain metastatic melanoma cells 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1560954 PMID:40356756	研究论文	通过单细胞转录组学和功能验证揭示了PLEKHA5-L作为促进脑转移黑色素瘤细胞生长和迁移的分子	首次在单细胞水平上发现PLEKHA5在脑转移黑色素瘤中的表达增加，并验证了PLEKHA5-L通过上调HRAS、AKT3等癌基因促进黑色素瘤的迁移和增殖	样本量较小（7个黑色素瘤样本），且仅在动物模型中验证了PLEKHA5的表达	研究促进黑色素瘤脑转移的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	黑色素瘤细胞，特别是脑转移的黑色素瘤细胞	癌症研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序，RNA干扰，慢病毒载体过表达，CCK8测试，集落形成测试，transwell小室实验，RNA测序	NA	RNA测序数据	7个黑色素瘤样本（4个原发，3个脑转移）
4809	2025-05-15	An immune cell activation signature reflected hepatocellular carcinoma heterogeneity and predicted clinical outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534611 PMID:40356904	研究论文	本研究开发了一个六基因特征，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后，并探讨了候选基因RORC在HCC进展中的作用	开发了一个新的六基因特征，能够有效预测HCC患者的预后，并揭示了候选基因RORC在HCC进展中的调控机制及其与多药耐药性的关联	研究依赖于公共数据集进行验证，可能受到数据质量和样本量的限制	识别可靠的免疫激活相关预后标志物，以预测HCC患者的临床结果	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	基因表达分析、单细胞测序、免疫组化（IHC）	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组化数据	三个独立的GEO数据集中的样本
4810	2025-05-15	Identification of B cell antigens in solid cancer: initial insights and functional implications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571570 PMID:40356924	review	本文综述了B细胞在实体癌中的抗原识别及其功能意义	强调了B细胞抗原在癌症免疫反应中的重要性，并利用单细胞测序技术进行抗原特异性研究	NA	探索B细胞在癌症中的抗原识别及其功能	B细胞抗原	免疫学	实体癌	单细胞测序、重组单克隆抗体生产、癌症结合筛选	NA	NA	NA
4811	2025-05-15	Exploring WNT pathway dysregulation in serrated colorectal cancer for improved diagnostic and therapeutic strategies 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1586867 PMID:40357363	研究论文	本研究探讨了WNT通路在锯齿状结直肠癌(SCC)中的异常调控，旨在通过多组学数据开发一种WNT驱动的分型模型以识别SCC患者	整合了批量数据和单细胞数据到多组学框架中，开发了WNT驱动的分型模型，并探索了针对SCC的潜在药物靶点	研究中使用的样本量虽然较大，但SCC作为一种罕见亚型，样本代表性可能有限	探索WNT通路在结直肠癌中的改变，开发识别SCC患者的分型模型	1751例结直肠癌患者的多组学数据和33例正常及癌组织的单细胞转录组数据	数字病理学	结直肠癌	多组学分析，单细胞转录组测序	无监督聚类模型	基因组数据，转录组数据	1751例结直肠癌患者(来自TCGA和GEO数据库)，33例正常和癌组织(来自SMC研究队列)
4812	2025-05-15	Single-cell transcriptomic construction of fibroblast score for analysis of immune infiltration in primary and metastatic ovarian cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1549541 PMID:40357367	研究论文	通过单细胞转录组数据构建成纤维细胞评分，分析原发性和转移性卵巢癌中的免疫浸润	构建了一种新的成纤维细胞评分（Fib score），并发现TIMP3通过调控CXCL12/CXCR4信号轴影响卵巢癌的预后、免疫抑制和耐药性	研究仅基于单细胞转录组数据，未进行实验验证	探索原发性和转移性卵巢癌中的免疫浸润及成纤维细胞差异标志物在卵巢癌免疫调节中的作用	原发性和转移性卵巢癌的单细胞转录组数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	COX单因素分析	转录组数据	NA
4813	2025-05-14	Overcoming immunotherapy resistance in colorectal cancer through nano-selenium probiotic complexes and IL-32 modulation 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123233 PMID:40081224	研究论文	本研究提出了一种利用纳米硒益生菌复合物和IL-32调节来克服结直肠癌免疫治疗耐药性的创新方法	首次将硒纳米颗粒负载的细胞外囊泡与IL-32和工程益生菌大肠杆菌Nissle 1917结合，形成SeNVs@NE-IL32-EcN复合物，用于增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	研究主要在人类化异种移植小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	克服结直肠癌免疫治疗耐药性，增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	结直肠癌患者和人类化异种移植小鼠模型	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、电子显微镜、动态光散射(DLS)	人类化异种移植小鼠模型	RNA测序数据、显微镜图像、光散射数据	未明确提及具体样本数量，但包括结直肠癌患者样本和人类化小鼠模型
4814	2025-05-14	Exploration of immune cell heterogeneity by single-cell RNA sequencing and identification of secretory leukocyte protease inhibitor as an oncogene in pancreatic cancer 2025-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24200 PMID:38476085	研究论文	通过单细胞RNA测序探索胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞异质性，并鉴定分泌性白细胞蛋白酶抑制剂（SLPI）作为胰腺癌的致癌基因	利用单细胞测序技术鉴定了胰腺癌肿瘤微环境中的八种细胞亚群，并揭示了SLPI在胰腺癌中的致癌作用	研究未涉及SLPI作为治疗靶点的临床前或临床试验验证	探索胰腺癌肿瘤微环境的细胞异质性及潜在治疗靶点	胰腺癌肿瘤微环境中的细胞亚群及SLPI基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4815	2025-05-14	RETRACTED: Exploring the tumor microenvironment: Chemokine-related genes and immunotherapy/chemotherapy response in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24190 PMID:38488671	research paper	本研究通过分析透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤微环境，识别了与化疗/免疫治疗反应相关的趋化因子相关基因，并构建了一个预后模型	构建了一个基于趋化因子相关基因的新型预后模型，并发现IGF2BP3在调节ccRCC对舒尼替尼耐药性中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索肿瘤微环境中趋化因子相关基因对ccRCC治疗反应的影响	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者和细胞系	digital pathology	肾癌	RNA-seq, scRNA-seq, CCK-8, Western blot, RT-qPCR	预后模型	转录组数据	531例批量转录组数据，单细胞RNA测序数据集GSE159115，786-O和A498细胞系
4816	2025-05-14	Single-cell analysis of diquat-induced oxidative stress and its impact on organ-specific toxicity 2025-Jun-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118246 PMID:40327929	研究论文	通过单细胞/单核RNA测序技术，研究了敌草快（DQ）中毒后小鼠肺、肝和肾在多时间点的氧化应激微环境及其对多器官损伤的影响	首次构建了包含超过27万个细胞的多器官单细胞图谱，揭示了DQ诱导的氧化应激微环境在血管内皮细胞和实质细胞中的核心作用及其通过代谢重编程加剧组织损伤的机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本；未探讨长期暴露于DQ的效应	阐明敌草快中毒导致多器官损伤的病理生理学和复杂分子机制	敌草快中毒小鼠的肺、肝和肾组织	单细胞组学	中毒性疾病	scRNA-seq/snRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	超过27万个细胞（来自不同时间点的肺、肝、肾组织及对照组）
4817	2025-05-14	Hypoxia-induced RHCG as a key regulator in psoriasis and its modulation by secukinumab 2025-Jun, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250742 PMID:40351602	研究论文	本文研究了缺氧诱导的RHCG在银屑病中的关键调控作用及其通过secukinumab的调节机制	揭示了RHCG在缺氧条件下对银屑病发病机制的新作用，并比较了不同治疗方法对RHCG表达的影响	RHCG在银屑病中的具体分子机制尚未完全阐明	探究RHCG在银屑病发病机制中的作用及其治疗潜力	角质形成细胞（KCs）和免疫细胞	生物信息学	银屑病	空间转录组学分析、单细胞转录组学分析、批量数据分析	NA	转录组数据、临床样本数据	未明确说明样本数量
4818	2025-05-14	Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance 2025-May-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04217-5 PMID:40358685	综述	本文综述了癌症进展中遗传、表观遗传和分子机制的动态相互作用，重点关注致癌基因和肿瘤抑制基因的遗传改变、表观遗传修饰及其对肿瘤发生、发展和治疗抵抗的影响	整合了分子、遗传和表观遗传视角，强调了创新靶向治疗方法的必要性，并探讨了CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术在癌症研究中的应用	作为综述文章，未提出新的实验数据或临床验证	探讨癌症发生、发展和治疗抵抗的分子机制，为开发更有效的治疗方法提供理论基础	癌症细胞及其微环境	肿瘤生物学	癌症	CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
4819	2025-05-14	Multi-omics Analysis Reveals the Propagation Mechanism of Ferroptosis in Acute Kidney Injury 2025-May-13, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02311-7 PMID:40358793	研究论文	通过多组学分析揭示了急性肾损伤中铁死亡的传播机制	首次揭示了GPX4、FTH1和FTL基因在急性肾损伤中铁死亡传播中的关键作用，并发现KLF6作为铁死亡相关基因的抑制因子	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本数据，需要在更大规模的人类研究中验证	探究急性肾损伤中铁死亡的传播机制	急性肾损伤患者的肾脏组织和双侧肾缺血再灌注损伤小鼠模型	生物医学	急性肾损伤	snRNA-seq、空间转录组学、染色质可及性分析	小鼠模型	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，包括AKI患者和健康人的肾脏组织以及小鼠模型
4820	2025-05-14	Inhibition of DOCK1 suppresses Notch signalling pathway and impairs leukaemogenesis 2025-May-12, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20140 PMID:40355246	研究论文	本研究探讨了DOCK1在急性髓系白血病(AML)中的临床和致病作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了DOCK1在AML中的病理作用及其通过Notch信号通路促进白血病发生的机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本数量有限(341例)	探究DOCK1在AML发生发展中的作用及其分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、细胞系、异种移植模型和Dock1条件性敲除小鼠	肿瘤生物学	急性髓系白血病	转录组分析、单细胞RNA测序	Dock1条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、临床数据	341例新发非M3型AML患者样本、细胞系和小鼠模型