单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-07-12	Delineation of single-cell Altas provides new insights for development of coronary artery lesions in Kawasaki disease: bad and good signaling molecules 2025, Frontiers in pediatrics IF:2.1Q2 DOI:10.3389/fped.2025.1596643 PMID:40636515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了川崎病（KD）患者冠状动脉病变（CALs）发展的新信号分子	首次在单细胞水平上描绘了KD患者CAL发展的信号分子图谱，识别了MCH-II和RESISTIN作为CAL发展的不良和保护信号	样本量较小（每组3例患者），且仅分析了外周血单个核细胞	探究KD患者CAL发展的分子机制	川崎病（KD）患者的外周血单个核细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12例样本（3例KD非CAL患者治疗前后，3例KD CAL患者治疗前，3例KD CAL患者治疗后）
462	2025-07-12	Identification of Shared Biomarkers in Chronic Kidney Disease and Diabetic Nephropathy Using Single-Cell Sequencing 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S514319 PMID:40636753	研究论文	通过单细胞测序技术识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性肾病和糖尿病肾病的基因表达差异，并识别出共享的生物标志物	样本量较小，仅包括3个对照组、3个慢性肾病和3个糖尿病肾病病例	识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物，探索其共同发病机制	人类血液样本中的不同细胞类型	生物信息学	慢性肾病和糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例人类血液样本（3对照、3慢性肾病、3糖尿病肾病）
463	2025-07-11	Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf089 PMID:40630932	研究论文	比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法，评估MAS-ISO-seq方法的质量	通过cDNA分子匹配比较长读长和短读长测序方法，揭示了两种方法在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	研究仅基于10x Genomics 3' cDNA样本，可能不适用于其他类型的样本或测序平台	评估长读长和短读长单细胞RNA测序方法的可比性及其在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），长读长测序（Pacific Biosciences），短读长测序（Illumina）	NA	转录组数据	相同10x Genomics 3' cDNA样本的长读长和短读长测序数据
464	2025-07-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2025-Aug, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	通过多组学研究识别乳腺癌的关键基因及潜在天然产物治疗靶点	采用多组学方法（WGCNA、差异基因表达分析、ChIP-seq、scRNA-seq和空间转录组学）综合识别乳腺癌关键基因，并通过大规模虚拟筛选发现靶向SQLE的天然产物化合物	未提及具体样本量及临床验证阶段的局限性	识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点及潜在天然产物疗法	乳腺癌细胞系及天然产物化合物	生物信息学	乳腺癌	WGCNA, ChIP-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 虚拟筛选	NA	基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
465	2025-07-11	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-Aug, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	研究RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译和葡萄糖稳态中的关键作用，特别是通过结合和稳定核心翻译起始因子和核糖体mRNAs	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的关系	胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	小鼠β细胞特异性缺失Pcbp1和Pcbp1/2的小鼠模型
466	2025-07-11	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Aug, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞完整性和功能中的关键作用，特别是在代谢压力下防止β细胞向α细胞转分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究METRNL在糖尿病中维持β细胞功能和身份的作用	小鼠β细胞	糖尿病研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)测定	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体数量，但使用了多种小鼠模型(正常饮食、高脂饮食、db/db小鼠)
467	2025-07-11	FAM83A Promotes the Progression and Metastasis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma via PKM2-Mediated Aerobic Glycolysis 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500989RR PMID:40637278	研究论文	本研究首次探讨了FAM83A与PKM2在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的关系，揭示了FAM83A通过PKM2介导的有氧糖酵解促进HNSCC的进展和转移	首次发现FAM83A通过激活Wnt/β-catenin信号通路促进PKM2的转录激活，进而调控HNSCC的糖代谢重编程	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究FAM83A在HNSCC代谢中的作用及其与PKM2的调控关系	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	肿瘤代谢	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、RNA测序分析	NA	基因表达数据、临床样本数据	HNSCC临床样本及小鼠模型
468	2025-07-11	The mechanism of Akkermansia muciniphila inhibiting the proliferation of colorectal cancer cells via ferroptosis 2025-Jul-10, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-025-03984-0 PMID:40637947	研究论文	本研究探讨了Akkermansia muciniphila通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的机制	首次揭示了Akkermansia muciniphila代谢物通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的具体机制	研究仅使用了Caco-2细胞系，未进行体内实验验证	阐明Akkermansia muciniphila抑制结直肠癌细胞增殖的分子机制	Caco-2结直肠癌细胞系	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组分析、流式细胞术、细胞划痕实验	NA	细胞实验数据	使用Caco-2细胞系进行的体外实验
469	2025-07-11	Myeloid MAS-driven macrophage efferocytosis promotes resolution in ischemia-stressed mouse and human livers 2025-Jul-09, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr2725 PMID:40632838	研究论文	本研究探讨了MAS受体在骨髓细胞先天免疫和维持肝组织稳态中的具体作用，特别是在肝脏缺血再灌注损伤（LIRI）中的保护机制	揭示了MAS受体通过PKA/CREB信号通路调控KLF4/MERTK轴在巨噬细胞胞葬作用中的新机制，并证明了其在人和小鼠缺血应激肝脏中的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明MAS受体在肝脏缺血再灌注损伤中的保护机制	小鼠和人类缺血应激肝脏中的巨噬细胞和衰老中性粒细胞	分子生物学与免疫学	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、活体成像	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本数量，但涉及基因修饰小鼠和人类肝脏样本
470	2025-07-11	STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity 2025-Jul-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf131 PMID:40633091	研究论文	本研究探讨了单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的IFN-I信号传导中的作用及其在抗肿瘤免疫中的关键功能	揭示了STING激动剂通过CCR5依赖性迁移机制招募单核细胞谱系细胞，并促进其获得炎症性单核细胞表型，进而增强CD8+ T细胞抗肿瘤反应	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	阐明单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的抗肿瘤免疫应答中的作用机制	单核细胞谱系细胞(MCs)及其与CD8+ T细胞或自然杀伤细胞的相互作用	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CCR2缺陷小鼠模型、Lyz2-Cre-IFNAR1fl/fl小鼠模型	基因表达数据	MC38和B16F10肿瘤小鼠模型
471	2025-07-11	Guard cells on the adaxial and abaxial leaf surfaces use different compositions of potassium ion channels to drive light-induced stomatal opening 2025-Jul-09, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-02026-5 PMID:40634560	研究论文	本研究探讨了草本植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子机制	揭示了上下表皮保卫细胞利用不同钾离子通道驱动光诱导气孔开放的分子机制	研究仅使用了拟南芥和烟草两种模式植物，结果在其他植物中的普适性有待验证	探究植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子基础	拟南芥和烟草的保卫细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组测序、OnGuard计算机模拟	NA	基因表达数据	两种模式植物(拟南芥和烟草)的保卫细胞
472	2025-07-11	Comprehensive molecular characterization of craniopharyngiomas using whole transcriptome and spatial transcriptomics approaches 2025-Jul-09, Brain tumor pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s10014-025-00509-z PMID:40634824	研究论文	本研究通过全转录组和空间转录组学方法对颅咽管瘤进行了全面的分子特征分析	首次结合全转录组测序和高分辨率空间转录组学技术，全面分析颅咽管瘤的分子差异	样本量相对较小（24个肿瘤样本），且健康垂体数据来自公共数据库	阐明颅咽管瘤两种亚型的分子差异，为诊断和治疗提供依据	颅咽管瘤（包括ACP和PCP亚型）和健康垂体组织	分子病理学	颅咽管瘤	全转录组测序、空间转录组学、RNA测序、Sanger测序	CTAT突变分析流程	转录组数据、空间基因表达数据	24个肿瘤样本（来自患者）和GTEx数据库中的健康垂体数据
473	2025-07-11	UBE2D1 as a key biomarker in systemic juvenile idiopathic arthritis: a new perspective on diagnosis and disease activity assessment 2025-Jul-09, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03606-8 PMID:40635084	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，发现UBE2D1作为系统性幼年特发性关节炎(sJIA)的潜在生物标志物，并探讨其在疾病活动性评估中的作用	首次将UBE2D1与sJIA的疾病活动性水平联系起来，并揭示其通过激活NLRs通路促进疾病进展的机制	研究结果需要进一步验证，且样本来自中国人群，可能限制结果的普适性	寻找sJIA的非侵入性生物标志物以提高早期诊断效率	系统性幼年特发性关节炎(sJIA)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	数字病理学	幼年特发性关节炎	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, Western blot, Co-IP	NA	RNA测序数据, 蛋白质数据	中国sJIA队列的PBMCs样本
474	2025-07-11	KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis 2025-Jul-09, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14203 PMID:40635126	研究论文	本研究探讨了KAT6A在牙周炎中通过调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了KAT6A通过调节巨噬细胞表型影响牙周炎进展的分子机制，并发现其通过H3K27乙酰化调控炎症基因表达	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用	巨噬细胞和牙周炎小鼠模型	表观遗传学与免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据、细胞表型数据	未明确说明样本量，使用基因敲除小鼠和野生型对照小鼠
475	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis reveals the malignant characteristics of tumour cells and the immunosuppressive landscape in HER2-positive inflammatory breast cancer 2025-Jul-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03454-z PMID:40624675	研究论文	通过单细胞转录组技术分析HER2阳性炎症性乳腺癌的肿瘤微环境，揭示其恶性特征和免疫抑制景观	首次使用单细胞转录组技术全面比较HER2阳性炎症性乳腺癌与非炎症性乳腺癌的肿瘤微环境，发现PTN分子在肿瘤细胞中的高表达与其高侵袭性和免疫抑制微环境的强烈相关性	样本量较小（仅3例HER2阳性炎症性乳腺癌患者），且部分数据来自公共数据库	阐明HER2阳性炎症性乳腺癌肿瘤微环境的细胞组成和分子特征，为诊断和治疗提供新方向	HER2阳性炎症性乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	3例HER2阳性炎症性乳腺癌患者的15,832个细胞
476	2025-07-11	Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data to Investigate Tumor Cell Heterogeneity in Uroepithelial Bladder Cancer and Predict Immunotherapy Response 2025-Jul-08, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096377593250626133719 PMID:40635219	研究论文	通过分析膀胱尿路上皮癌的单细胞RNA测序数据，研究肿瘤细胞异质性并预测免疫治疗反应	识别了与血管生成和肿瘤转移相关的缺氧肿瘤亚群，并基于Ste.genes构建了预测免疫检查点抑制剂(ICI)反应的机器学习模型	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行实验验证	探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤干细胞与免疫治疗耐药性的关系	膀胱尿路上皮癌(UBC)的单细胞RNA测序数据	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习模型	RNA测序数据	NA
477	2025-07-11	Telomeric repeat-containing RNA increases in aged human cells 2025-Jul-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf597 PMID:40637232	研究论文	本研究通过TERRA-capture RNA-seq和Oxford Nanopore直接RNA测序技术，解析了人类T2T-CHM13参考基因组中TERRA的转录区域，并发现TERRA在衰老的人类细胞中增加	开发了生物信息学工具TERRA-QUANT用于量化TERRA，并首次将TERRA与人类衰老及阿尔茨海默病早期阶段联系起来	未明确说明样本的具体数量及实验设计的详细限制	探究TERRA在人类衰老和疾病中的作用	人类血液、大脑和成纤维细胞中的TERRA	基因组学	阿尔茨海默病	TERRA-capture RNA-seq, Oxford Nanopore直接RNA测序, 逆转录定量聚合酶链反应, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明具体数量，涉及血液、大脑和成纤维细胞等多种样本
478	2025-07-11	Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics 2025-Jul-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008 PMID:40056911	research paper	该研究揭示了顶端-基底极性作为调节多潜能胰腺Neurogenin3内分泌祖细胞分化为β或α细胞命运的主要调控因子	首次发现顶端-基底极性状态决定内分泌祖细胞向α或β细胞谱系分化的命运选择	研究主要基于人类内分泌祖细胞，尚未在完整器官或体内环境中验证	探索细胞外信号如何调控动态变化微环境中多潜能祖细胞的分化机制	人类胰腺Neurogenin3内分泌祖细胞(EPs)	developmental biology	diabetes	single-cell RNA sequencing	NA	gene expression data	NA
479	2025-07-11	Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain 2025-Jul-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.014 PMID:40367951	研究论文	该研究通过构建爬行动物、鸟类和哺乳动物的单细胞图谱，揭示了羊膜动物大脑细胞类型在进化过程中的保守性和多样性	首次在单细胞分辨率下比较了多种羊膜动物大脑细胞类型的基因表达模式，并发现了鸟类特有的Purkinje细胞亚型及其相关基因通路	研究仅关注了端脑和小脑的部分区域，未涵盖整个大脑	探索羊膜动物大脑复杂性和认知能力进化的遗传机制	乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的端脑与小脑细胞	基因组学	NA	单细胞空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	超过130万个细胞，来自5个不同物种
480	2025-07-11	Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization 2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-025-01590-w PMID:40622473	研究论文	本研究通过单细胞测序和孟德尔随机化分析探讨了血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出四个与AD风险显著相关的关键基因，并揭示了PVMs在免疫调节和代谢通路中的作用	研究主要基于已有数据集分析，需要进一步实验验证	探索血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发病机制中的分子作用	血管周围巨噬细胞(PVMs)及其相关基因	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞测序, 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞测序数据, eQTL数据	基于GSE264648和eQTLGen数据集的分析