单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-04-12	Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade 2025-Apr-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf099 PMID:40214214	研究论文	该研究描述了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸（CpG-STAT3dsASO），用于靶向人类/小鼠胶质瘤细胞和GAMs，但不影响T细胞，结合PD1免疫检查点阻断治疗胶质母细胞瘤	开发了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸，选择性靶向胶质瘤细胞和GAMs，避免了单链寡核苷酸的神经毒性，并与PD1阻断联合治疗显著提高了治疗效果	CpG-STAT3dsASO单药治疗未能达到治愈效果，仅招募了数量有限且大多耗竭的效应CD8+ T细胞	探索胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服其治疗抵抗性	人类U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和神经细胞来源的QPP8胶质瘤模型	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	STAT3反义寡核苷酸技术、PD1免疫检查点阻断、空间转录组学	NA	NA	免疫正常或免疫缺陷小鼠
462	2025-04-12	An unbiased genomewide screen uncovers 7 genes that drive hematopoietic stem cell fate from mouse embryonic stem cells 2025-Apr-10, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027742 PMID:40209065	研究论文	通过无偏基因组筛选发现7个基因驱动小鼠胚胎干细胞向造血干细胞命运转变	采用全基因组CRISPR激活筛选技术，首次在体外鉴定出7个能够促进造血干细胞生成的基因	研究仅在小鼠胚胎干细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	探索调控造血干细胞生成的分子机制	小鼠胚胎干细胞(mESCs)及其分化的中胚层KDR+前体细胞	再生医学	血液系统疾病	全基因组CRISPR激活筛选、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠胚胎干细胞和移植实验
463	2025-04-12	Biology and Pathophysiology of Placenta Accreta Spectrum Disorder 2025-Apr-10, Obstetrics and gynecology IF:5.7Q1 DOI:10.1097/AOG.0000000000005903 PMID:40209229	综述	本文综述了胎盘植入谱系障碍（PAS）的生物学和病理生理学，强调了其临床挑战和管理策略	整合了单细胞RNA测序和蛋白质组学分析的新兴技术，为PAS的生物标志物和干预途径提供了新见解	未提及具体临床研究样本量或实验数据支持	理解PAS的病理生理学以指导临床管理和预防策略	胎盘植入谱系障碍（PAS）及其相关病理机制	病理生理学	胎盘植入谱系障碍	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	NA	NA
464	2025-04-12	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-Apr-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	研究论文	TFcomb是一种基于单细胞多组学数据识别细胞重编程转录因子及其组合的计算方法	TFcomb通过将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为一个逆问题，并使用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计了图注意力网络来增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络	NA	开发一种计算方法来识别能够指导细胞状态转换的重编程转录因子及其组合	细胞重编程转录因子及其组合	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集
465	2025-04-12	Alterations in genomic features and the tumour immune microenvironment predict immunotherapy outcomes in advanced biliary tract cancer patients 2025-Apr-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03011-7 PMID:40211026	研究论文	本研究构建了一个多维策略，用于预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	通过整合基因组特征和肿瘤免疫微环境数据，开发了一个预测模型（EM-CXCL10），其预测性能优于传统的肿瘤突变负荷（TMB）和突变评分	样本量较小（60例患者），且仅针对晚期胆道癌患者	预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	60例接受抗PD-1治疗的晚期胆道癌患者	肿瘤免疫学	胆道癌	520基因面板测序、多重循环细胞因子检测、单细胞转录组数据分析	LASSO算法、Cox回归、ROC曲线分析	基因组数据、转录组数据、临床数据	60例晚期胆道癌患者（其中30例进行基因测序，50例进行细胞因子检测）
466	2025-04-12	Understanding Enzalutamide-Resistance Based on a Functional Single-Cell Approach 2025-Apr-10, The Prostate DOI:10.1002/pros.24895 PMID:40211483	研究论文	通过单细胞RNA测序和功能实验，研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的机制	首次在治疗前的ADPC细胞中发现并分离出ARlow/-亚群，并证实其在恩杂鲁胺耐药性中的作用	研究主要基于体外和异种移植模型，尚未在临床样本中验证	探究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的分子机制	前列腺癌细胞系LNCaP及其亚群	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、基因集富集分析(GSEA)、异种移植模型	NA	RNA测序数据	LNCaP细胞系及其亚群
467	2025-04-12	Lost in translation: conserved amino acid usage despite extreme codon bias in foraminifera 2025-Apr-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03916-24 PMID:40042280	研究论文	通过单细胞转录组学和系统基因组学方法，探讨了有孔虫的密码子使用模式，揭示了在极端GC压力下氨基酸使用的保守性	在有孔虫这一古老且多样化的微真核生物类群中，发现了极端变异的核苷酸组成与高度保守的氨基酸使用模式之间的悖论	研究对象主要限于不可培养的有孔虫类群，可能无法完全代表其他真核生物的进化模式	探索真核生物基因组进化模式，特别是密码子使用与氨基酸选择之间的权衡关系	有孔虫（Foraminifera）这一单细胞真核生物类群	基因组学	NA	单细胞转录组学、系统基因组学	NA	转录组数据	49个个体（代表28个属）的1,044个基因家族数据
468	2025-04-12	Generation of induced alveolar assembloids with functional alveolar-like macrophages 2025-Apr-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58450-w PMID:40199883	research paper	开发了一种结合人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞的共培养系统，创建了功能性诱导肺泡组装体	首次创建了功能性诱导肺泡组装体，用于研究人类肺部发育、免疫和疾病	未提及具体的样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	研究肺泡上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用及其在肺部健康和疾病中的作用	人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing	organoids	RNA-seq	NA
469	2025-04-12	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-Apr-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	研究论文	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的改良方法，填补了猪作为临床前大动物模型在视网膜研究中的空白	未提及具体的临床应用效果或长期安全性数据	为视网膜退行性疾病和损伤提供临床前研究模型	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞与再生医学	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学(ICC)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	猪诱导多能干细胞(piPSC)模型	基因表达数据和显微图像数据	未明确提及具体样本数量
470	2025-04-12	Single-cell atlas of endothelial and mural cells across primary and metastatic brain tumors 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.022 PMID:40107274	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，全面分析了非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）以及来自不同原发肿瘤的脑转移瘤（BrMs）中两种主要的血脑屏障细胞类型：内皮细胞和周细胞	揭示了GBMs和BrMs中肿瘤血管系统的显著差异，特别是BrM血管显示出更高的通透性和与不同免疫细胞群更广泛的相互作用	研究主要集中在内皮细胞和周细胞，可能忽略了其他血管相关细胞类型的作用	理解脑肿瘤特异性血管特征，为开发针对血管和免疫的疗法提供基础	非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）和脑转移瘤（BrMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间分析	NA	RNA测序数据	多种脑肿瘤样本（具体数量未明确说明）
471	2025-04-12	Long-lasting B cell convergence to distinct broadly reactive epitopes following vaccination with chimeric influenza virus hemagglutinins 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.025 PMID:40132593	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体库测序，分析了嵌合血凝素（cHA）疫苗诱导的B细胞的特异性、功能和亚群	首次展示了cHA疫苗能够诱导B细胞对血凝素茎部保守区域的广泛中和表位产生持久且集中的反应	研究样本来自一期临床试验，样本量可能有限	评估cHA疫苗诱导的B细胞反应的特异性和持久性	接种cHA疫苗的受试者体内的B细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序, B细胞受体库测序	NA	基因表达数据, B细胞受体序列数据	一期临床试验的受试者
472	2025-04-12	Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002 PMID:40157359	research paper	该研究揭示了TNBC细胞通过脂质积累导致免疫抑制和治疗抵抗的机制，并提出了通过阻断omega-6脂肪酸摄入或抑制AA合成来恢复抗肿瘤免疫的方法	发现了TNBC细胞通过脂质积累和AA介导的中性粒细胞重编程导致免疫抑制和治疗抵抗的新机制	研究主要基于实验室模型，临床样本验证有限	探究TNBC对免疫检查点阻断和化疗产生获得性抵抗的机制	三阴性乳腺癌细胞和中性粒细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
473	2025-04-12	Lipid metabolism analysis reveals that DGAT1 regulates Th17 survival by controlling lipid peroxidation in uveitis 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184072 PMID:40197365	研究论文	本研究通过分析实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠的scRNA-Seq数据，揭示了DGAT1通过调控脂质过氧化影响Th17细胞存活的机制	首次发现DGAT1通过控制脂质过氧化调节Th17细胞存活，并验证其在人类VKH疾病中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步人体临床试验验证	阐明Th17细胞存活的调控机制，探索葡萄膜炎治疗新靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠和VKH患者的CD4+ T细胞	免疫代谢	葡萄膜炎	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	EAU小鼠和VKH患者的CD4+ T细胞
474	2025-04-12	Unique and shared transcriptomic signatures underlying localized scleroderma pathogenesis identified using interpretable machine learning 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185758 PMID:40197368	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，结合可解释的机器学习方法SLIDE，揭示了局限性硬皮病（LS）在成人和儿童患者中的独特及共享的转录组特征	首次应用可解释的机器学习框架SLIDE分析LS的单细胞转录组数据，揭示了年龄和疾病严重程度相关的细胞类型特异性决定因素，以及LS与系统性硬化症（SSc）共享的信号机制	样本量未明确说明，可能限制结果的广泛适用性	探究局限性硬皮病（LS）的发病机制及炎症驱动的纤维化过程中的细胞内在和外在特征	成人和儿童局限性硬皮病患者及健康对照	机器学习	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	SLIDE（可解释的潜在因子回归框架）	转录组数据	NA
475	2025-04-12	Identification of DNA damage and repair gene-related markers in pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Apr-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02293-w PMID:40198431	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序技术，识别胰腺导管腺癌中与DNA损伤和修复基因相关的标志物，并构建预后风险模型	创新性地整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型	未提及样本量的具体限制或数据来源的潜在偏差	研究胰腺导管腺癌中DNA损伤反应相关生物标志物，以促进预后评估和免疫特性预测	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO, 单变量Cox回归分析	RNA测序数据	数据集来自GEO、TCGA和GTEx数据库，具体样本量未明确说明
476	2025-04-12	Acinar cells modulate the tumor microenvironment through the promotion of M1 macrophage polarization via macrophage endocytosis in pancreatic cancer 2025-Apr-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02244-5 PMID:40198509	研究论文	本研究探讨了胰腺腺泡细胞通过促进M1巨噬细胞极化来调节胰腺癌肿瘤微环境的机制	发现了PRSS1和CTRB1作为M1巨噬细胞相关模块的核心基因，并揭示了腺泡细胞通过巨噬细胞内吞作用促进M1极化的新机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	寻找与M1巨噬细胞相关的关键基因，探索激活胰腺导管腺癌中M1巨噬细胞表型的新途径	胰腺导管腺癌(PDA)的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	CIBERSORT免疫细胞浸润分析，WGCNA，PPI分析，单细胞测序分析	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	TCGA-PAAD队列和ICGC-PACA队列的数据
477	2025-04-12	JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway 2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010783 PMID:40199606	研究论文	本研究揭示了JAK3 A573V和JAK3 M511I突变通过STAT3/PD-L1通路导致外周T细胞淋巴瘤对PD-1抗体治疗产生耐药性的机制	首次发现JAK3突变通过STAT3/PD-L1通路介导PTCL对PD-1治疗的耐药性，并验证了Tofacitinib对JAK3突变患者的潜在疗效	研究样本量相对有限（109例患者），且机制研究主要基于细胞系和小鼠模型	探索外周T细胞淋巴瘤对PD-1抗体治疗耐药性的分子机制	109例复发/难治性外周T细胞淋巴瘤患者，Jurkat和BA/F3细胞系，以及同源小鼠模型	肿瘤免疫治疗	外周T细胞淋巴瘤	靶向二代测序（440个癌症相关基因），单细胞转录组测序，Western blotting，流式细胞术	细胞系模型（Jurkat和BA/F3），同源小鼠模型	基因组数据，转录组数据，蛋白质表达数据	109例患者样本，细胞系模型，小鼠模型
478	2025-04-12	LRP8-dependent cholesterol metabolism modulates mTORC1 signaling and apoptotic pathways in multiple myeloma 2025-Apr-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07625-w PMID:40199866	研究论文	本研究揭示了LRP8在调节多发性骨髓瘤（MM）细胞胆固醇代谢中的作用及其对mTORC1信号通路和凋亡途径的影响	首次发现LRP8作为MM细胞胆固醇代谢的关键调节因子，并通过代谢相关途径影响细胞凋亡和自噬过程	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证LRP8作为治疗靶点的效果	探究胆固醇代谢在多发性骨髓瘤中的调控机制及其临床意义	多发性骨髓瘤细胞和患者样本	肿瘤代谢	多发性骨髓瘤	转录组分析、单细胞RNA-seq、小鼠异种移植肿瘤模型	动物模型（小鼠）	临床数据、RNA-seq数据	703名新诊断的多发性骨髓瘤患者
479	2025-04-12	Single-nucleus and spatial transcriptomics identify brain landscape of gene regulatory networks associated with behavioral maturation in honeybees 2025-Apr-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58614-8 PMID:40199930	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究蜜蜂行为成熟过程中大脑基因调控网络的空间和细胞异质性	首次整合单核RNA测序与空间转录组学数据，揭示蜜蜂行为转变过程中特定基因调控网络（如stripe调节子）在关键神经元（Keyon细胞）中的激活模式	研究结果基于人工控制年龄的蜂群，可能无法完全反映自然状态下的行为转变机制	探索大脑基因调控网络与行为成熟之间的关联	蜜蜂（从护理到觅食行为转变期的工蜂）	神经科学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	基因表达数据，空间定位数据	未明确提及具体样本数量（研究涉及不同行为阶段的工蜂脑组织）
480	2025-04-12	α-Lipoic acid alleviate myocardial infarction by suppressing age-independent macrophage senescence 2025-Apr-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92328-7 PMID:40199978	研究论文	探讨α-硫辛酸(ALA)通过抑制巨噬细胞衰老来缓解心肌梗死(MI)的机制	揭示了巨噬细胞衰老与年龄无关的特性，并发现ALA通过调节SIRT1和Nrf2通路减轻巨噬细胞衰老和心肌缺血损伤	未明确ALA在其他类型细胞或组织中的作用机制	研究巨噬细胞衰老在心肌梗死中的作用及ALA的治疗潜力	巨噬细胞和心肌细胞	心血管疾病	心肌梗死	scRNA-seq, qPCR, western blot, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	GEO GSE163465数据集及实验动物模型