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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
461 2026-02-19
ZiPo: A Deep Neural Network to De-Noise Single-Cell RNA Sequencing Data
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络,用于去噪单细胞RNA测序数据,通过估计率和预测文库大小来处理测量丢失问题 ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕获丢失事件,并采用尺度不变损失项使权重稀疏,从而提高模型的生物可解释性 NA 改进单细胞RNA测序数据分析,减少测量丢失对结果的影响 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度人工神经网络,深度自编码器 基因表达数据 三个数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
462 2026-02-19
Identifiability for Gaussian Processes with Holomorphic Kernels
2025-Apr, ... International Conference on Learning Representations
PMID:41695776
研究论文 本文为在零附近全纯的高斯过程核开发了一个新的理论框架,以确定核参数的可识别性 针对在零附近全纯的核(如平方指数核、周期核和有理二次核及其组合),开发了一个新的理论框架来研究其参数可识别性,填补了现有研究主要关注Matérn型核的空白 NA 确定高斯过程核参数的可识别性,以支持参数在应用中的有意义的解释 高斯过程的核参数,特别是那些在零附近全纯的核 机器学习 NA NA 高斯过程 NA NA NA NA NA NA
463 2026-02-19
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes reveals the prognostic value of polyamine metabolism biomarkers and immune microenvironment features in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,揭示了多胺代谢生物标志物和免疫微环境特征在胃癌中的预后价值 首次在胃癌中整合单细胞和批量RNA-seq数据,系统评估多胺代谢相关基因的预后意义,并构建了一个基于13个基因的稳健预后模型 研究主要基于公共数据集,缺乏前瞻性临床验证,且样本量可能有限 评估多胺代谢相关基因在胃癌预后和免疫微环境中的作用,并开发预后分层模型 胃癌患者的转录组数据,包括单细胞和批量RNA-seq数据 生物信息学 胃癌 RNA-seq,单细胞RNA-seq,机器学习算法 StepCox,弹性网络,以及10种机器学习算法的组合 转录组数据 未明确指定具体样本数量,但涉及多个公共数据集 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
464 2026-02-19
KLF4 orchestrates a Ccl2+ fibroblast-mediated inflammatory network driving preterm birth
2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,揭示了KLF4通过调控Ccl2+成纤维细胞亚群介导的炎症网络在早产发病机制中的关键作用 首次结合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法,鉴定出KLF4是早产的遗传风险因子,并阐明了Ccl2+成纤维细胞亚群在KLF4依赖的炎症调控网络中的核心作用 研究主要基于小鼠和大鼠模型,虽进行了临床样本验证,但在人类中的直接机制证据仍需进一步探索;单细胞数据集来源有限 阐明早产的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 早产小鼠模型、大鼠宫内感染模型、人类早产患者外周血和胎盘组织 单细胞组学 早产 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 胎盘外植体培养 NA 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 临床样本数据 来自公共数据集GSE200289和E-MTAB-11491的小鼠单细胞数据,以及FinnGen和IEU GWAS数据库的eQTL数据,并进行了体内外实验验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
465 2026-02-19
M2 macrophage infiltration drives tumor progression and identifies a multigene prognostic signature in esophageal cancer
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了M2肿瘤相关巨噬细胞在食管癌进展中的机制作用,并构建了一个四基因预后模型 利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据整合分析,识别了M2巨噬细胞相关的关键基因,并构建了一个新的四基因预后特征,同时通过体内外实验验证了IL1RN和IL36G在肿瘤进展中的功能作用 NA 阐明M2肿瘤相关巨噬细胞在食管癌进展中的机制作用,并构建一个M2巨噬细胞相关基因特征用于预后预测 食管癌患者 数字病理学 食管癌 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 加权基因共表达网络分析, 多变量Cox回归分析 RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
466 2026-02-18
Plasma Proteomics Identifies Thousand-and-One-Amino Acid Kinase 3 as a Potential Biomarker of Rheumatoid Arthritis Activity and a Novel Therapeutic Target
2025-Dec-22, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 本研究通过血浆蛋白质组学分析,发现TAOK3作为类风湿关节炎活动期骨破坏的潜在生物标志物和治疗靶点 首次将TAOK3与类风湿关节炎活动期的骨破坏关联,并验证其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 研究样本量有限,且主要在体外和动物模型中进行功能验证,需进一步临床验证 识别类风湿关节炎活动期骨破坏的新型生物标志物,为精准监测和靶向治疗提供策略 类风湿关节炎患者血浆样本、成纤维样滑膜细胞和胶原诱导关节炎小鼠模型 蛋白质组学 类风湿关节炎 数据非依赖性采集质谱、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定、多重免疫组织化学 NA 蛋白质组数据、RNA测序数据 160名RA患者和40名健康对照的血浆样本,以及两个独立验证队列(N1=50,N2=10) NA 单细胞RNA测序 NA NA
467 2026-02-18
Sig27 stratifies prostate cancer recurrence by assessing the immunosuppressive properties of tumors
2025-Nov-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2
研究论文 本研究评估了新型27基因面板Sig27及其衍生面板Sig27IMG在前列腺癌复发预测中的作用,并揭示了其与免疫抑制特征(特别是肿瘤相关单核/巨噬细胞和内皮细胞)的关联 开发了新型27基因面板Sig27及其衍生5基因面板Sig27IMG,用于前列腺癌复发风险分层,并首次系统性地揭示了这些基因在多种癌症类型中与肿瘤相关单核/巨噬细胞、树突状细胞和内皮细胞的免疫抑制功能的关联 研究主要基于回顾性RNA-seq数据集,需要前瞻性临床验证来确认其预测价值;样本量虽大但可能存在批次效应;未详细探讨这些基因在肿瘤微环境中的具体作用机制 开发并验证基因表达面板用于前列腺癌复发风险分层,并探究其与肿瘤免疫抑制特征的关联 前列腺癌患者肿瘤组织样本(包括原发性和转移性)以及多种癌症类型的肿瘤样本 数字病理学 前列腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq 基因表达面板(多基因特征) 基因表达数据(RNA-seq和scRNA-seq) 批量RNA-seq:3,133个肿瘤样本(13个数据集);单细胞RNA-seq:53名患者(6个数据集);多癌症类型验证:单细胞RNA-seq 386名患者(26种癌症类型),批量RNA-seq 5,672名患者(17种癌症类型) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
468 2026-02-18
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一种多步骤基因工程小鼠模型,用于模拟葡萄膜黑色素瘤的进展,并揭示其表型可塑性 该模型首次结合了时空控制的GNAQ突变、BAP1缺失和MYC激活,成功模拟了人类葡萄膜黑色素瘤的进展和免疫微环境 模型可能无法完全捕捉人类疾病的所有复杂性,且单细胞测序样本量有限 研究葡萄膜黑色素瘤的生物学机制、驱动基因功能及免疫治疗策略 基因工程小鼠模型中的葡萄膜黑色素瘤肿瘤细胞及其微环境 数字病理学 葡萄膜黑色素瘤 单细胞RNA测序 基因工程小鼠模型 基因表达数据 未明确指定,但涉及小鼠模型中的肿瘤样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
469 2026-02-18
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一种名为TUSV-int的方法,通过整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据,进行去卷积和系统发育推断,以解决癌症克隆结构重建中的技术限制 TUSV-int首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据,利用整数线性规划同时处理SNV、CNA和SV等多种变异类型,提高了克隆谱系树的分辨率 方法依赖于scRNA-seq数据的可用性,且scDNA-seq的高成本和挑战性可能限制大规模队列应用,对结构变异和拷贝数变异的观测在RNA-seq中仍存在困难 开发一种整合多组学数据的方法,以改进癌症克隆谱系树的重建和突变历史解析 癌症基因组数据,包括bulk DNA-seq和scRNA-seq数据,专注于乳腺癌数据集 生物信息学 乳腺癌 bulk DNA-seq, scRNA-seq 整数线性规划 基因组序列数据,RNA序列数据 NA NA single-cell RNA-seq, bulk DNA-seq NA NA
470 2026-02-17
Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy
2025-Dec, Asian Pacific journal of allergy and immunology IF:2.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了儿童鸡蛋过敏患者口服免疫治疗前后的系统免疫表型和转录组变化 首次在儿童鸡蛋过敏口服免疫治疗中应用单细胞RNA测序技术,揭示了治疗相关的系统免疫细胞转录组变化和T细胞亚群动态 样本量较小(16名儿童),且仅分析了治疗前后的两个时间点,缺乏长期随访数据 探究鸡蛋过敏儿童的系统免疫表型及口服免疫治疗期间的转录组变化 被诊断为鸡蛋过敏的3-12岁儿童 自然语言处理 过敏性疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 16名鸡蛋过敏儿童 NA 单细胞RNA-seq NA NA
471 2026-02-17
Decoding Dendritic Cell Subtypes via Integrated Radiogenomics: A Stacked Ensemble Model for Predicting Immunotherapy Response in NSCLC
2025-Nov-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究开创了一个整合单细胞RNA测序、影像组学和深度学习的多模态框架,用于解码树突状细胞介导的非小细胞肺癌抗PD-1治疗反应机制 首次将单细胞转录组学、影像组学和深度学习通过堆叠集成学习模型相结合,用于预测NSCLC免疫治疗反应,并识别出六个与树突状细胞亚型相关的关键标志基因 研究样本量有限,且结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂(抗PD-1)的治疗反应 非小细胞肺癌患者的肿瘤样本(来自应答者和无应答者) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,影像组学分析,机器学习 LSTM, ResNet50, 堆叠集成学习模型 单细胞转录组数据,临床数据,影像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
472 2026-02-17
From plasma proteomics Mendelian randomization to neuropathological validation: The potential role of CTSH-GRN-TMEM106B and TREM2-IL-34 networks of microglia in Alzheimer's disease
2025-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1
研究论文 本研究通过双向孟德尔随机化分析、单细胞转录组数据整合及神经病理学验证,揭示了外周生物标志物与阿尔茨海默病之间的因果关联,并识别出小胶质细胞中CTSH-GRN-TMEM106B和TREM2-IL-34相关网络在疾病发生发展中的潜在作用 采用双向孟德尔随机化框架,结合单细胞转录组数据和神经病理学验证,系统性地建立了外周血浆/脑脊液蛋白与阿尔茨海默病之间的因果关联,并构建了与小胶质细胞功能相关的蛋白互作网络 研究主要基于遗传工具变量和相关性分析,虽然进行了神经病理学验证,但仍需进一步的功能实验来证实这些蛋白网络在AD中的具体分子机制 阐明外周生物标志物与阿尔茨海默病中枢神经系统之间的因果关联及潜在机制 阿尔茨海默病患者及对照个体的血浆蛋白、脑脊液蛋白、大脑蛋白质组数据以及前额叶皮层单细胞转录组数据 生物信息学与计算生物学 阿尔茨海默病 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,免疫组织化学,免疫荧光,蛋白质-蛋白质相互作用分析 NA 蛋白质组数据,单细胞转录组数据,遗传数据,组织图像数据 分析涉及734种血浆蛋白、151种脑脊液蛋白、1296种大脑蛋白,并使用AD患者死后脑组织样本进行验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
473 2026-02-17
Paraptosis landscape reveals distinct prognoses and immune microenvironments in osteosarcoma: Experimental validation of key regulator TNK2
2025-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1
研究论文 本研究通过生物信息学方法描绘了骨肉瘤中类凋亡相关基因的图谱,并分析了其与预后及免疫微环境的关系,同时通过实验验证了关键调控因子TNK2的功能 首次在骨肉瘤中系统描绘类凋亡相关基因的图谱,揭示了其与预后和免疫微环境的关联,并通过单细胞RNA测序和功能实验验证了TNK2在类凋亡调控中的关键作用 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,实验验证部分仅限于细胞功能学实验,缺乏体内模型和临床样本的进一步验证 阐明骨肉瘤中类凋亡相关基因的分子特征及其对预后和免疫微环境的影响,识别关键调控因子 骨肉瘤患者队列(TARGET和GSE21257数据集)及骨肉瘤细胞系 生物信息学 骨肉瘤 生物信息学分析、单细胞RNA测序、细胞功能实验(增殖、活力、迁移实验) LASSO-Cox回归模型、共识聚类 基因表达数据(RNA-seq)、单细胞RNA测序数据 TARGET和GSE21257两个患者队列(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
474 2026-02-17
Repurposing antimicrobials, disulfiram, and metformin for cancer therapy: Bridging mechanistic gaps through RNA sequencing
2025-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1
综述 本文综述了将抗菌药物、双硫仑和二甲双胍重新用于癌症治疗的潜力,并探讨了RNA测序在揭示其作用机制和指导临床转化中的关键作用 系统性地将多种抗菌药物与双硫仑、二甲双胍并列,探讨其抗癌重定位的共性机制,并强调利用转录组学(尤其是单细胞和空间转录组学)来弥合机制认知差距并指导精准治疗 临床转化结果参差不齐,面临药物相互作用、亚治疗浓度、耐药机制和肿瘤微环境成分等关键挑战,且除二甲双胍外,其他候选药物的临床前和临床研究数据相对有限 探讨药物重定位用于癌症治疗的潜力,并阐明RNA测序技术在理解药物作用机制和指导临床转化中的应用 抗菌药物(阿奇霉素、克拉霉素、氯碘羟喹、氯喹、多西环素、红霉素、伊维菌素、替加环素)、双硫仑和二甲双胍 自然语言处理 癌症 RNA测序 NA 文本 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 NA NA
475 2026-02-17
Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过分析PBMCs和血浆样本,揭示了特定脂质介质及其合成基因的上调与SARS-CoV-2感染严重程度的相关性 首次将血浆脂质代谢物谱、PBMCs的转录组学数据与鼻咽部单细胞基因表达数据相结合,系统性地关联了脂质炎症介质、DNA损伤通路激活与COVID-19疾病严重程度 样本量较小(PBMCs分析仅20例),且为观察性研究,无法确定因果关系 探究遗传因素和脂质代谢物在严重SARS-CoV-2感染中的作用机制 感染与未感染SARS-CoV-2的患者外周血单核细胞(PBMCs)、血浆及鼻咽拭子样本 生物信息学 COVID-19 bulk RNA-seq, 脂肪酸组学分析, 单细胞RNA-seq数据分析 NA 转录组数据, 代谢组数据 PBMCs/血浆:10例感染患者 + 10例未感染患者;鼻咽拭子:58例健康与COVID-19参与者 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
476 2026-02-17
Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过组织学、bulk RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了Gαs信号通路失活驱动的基底细胞癌(BCC)与经典Hedgehog SMO驱动肿瘤的相似性,并提出了靶向腺苷2B受体作为潜在治疗策略 首次发现Gαs通路失活可导致SMO独立的致癌Hedgehog信号,并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体能抑制Hedgehog信号和肿瘤形成 研究主要基于小鼠模型和人类BCC突变分析,临床转化潜力需进一步验证 探索Gαs与Hedgehog信号串扰在基底细胞癌中的作用,寻找新的治疗靶点 小鼠BCC样肿瘤和人类基底细胞癌 肿瘤生物学 基底细胞癌 组织学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 NA RNA测序数据、组织学图像 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
477 2026-02-16
Spatial and single-cell transcriptomics reveal the reorganization of cerebellar microglia with aging
2025-Dec-23, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究结合单细胞和空间转录组学技术,揭示了小脑小胶质细胞在衰老过程中的重组和适应性变化 首次通过单细胞核RNA测序、小胶质细胞批量RNA测序和MERFISH空间转录组学,系统揭示了小脑小胶质细胞在衰老中的早期显著变化及其与颗粒细胞的邻近关系,并识别出一种神经元相关的小胶质细胞特征 研究主要基于小鼠模型,人类小脑衰老的类似变化尚未验证;空间分析可能受限于MERFISH技术的分辨率和覆盖范围 探究小脑在衰老过程中的转录组变化,特别是小胶质细胞的重组和适应性 小鼠小脑组织,重点关注小胶质细胞和颗粒细胞 数字病理学 老年疾病 单细胞核RNA测序,批量RNA测序,MERFISH空间转录组学 NA 转录组数据,空间转录组数据 涉及十五个小鼠脑区域,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
478 2026-02-16
Multi-omics integration and machine learning define robust molecular subtypes and prognostic signatures in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,定义了肝细胞癌的稳健分子亚型并构建了预后特征模型 结合十种聚类算法进行整合多组学聚类识别分子亚型,并应用十种机器学习算法构建共识预后特征,同时纳入单细胞RNA测序和空间转录组学数据解析关键基因的细胞起源和空间表达模式 需要前瞻性临床验证来确认模型的预测性能 精炼肝细胞癌的分子分型并改善预后预测 肝细胞癌患者 机器学习 肝细胞癌 多组学整合、单细胞RNA测序、空间转录组学 机器学习算法(未指定具体模型) 多组学数据 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
479 2026-02-16
Orthologous genes of the red flour beetle Tribolium castaneum and the vinegar fly Drosophila melanogaster
2025-Dec-12, BMC genomic data IF:1.9Q3
研究论文 本文生成了果蝇和赤拟谷盗之间的直系同源基因列表,为比较基因组学研究提供资源 利用OrthoFinder平台和eggNOG数据库,结合手动系统发育树分析,生成了超过9,000个直系同源基因的全面列表 NA 为果蝇和赤拟谷盗之间的比较基因组和基因功能研究提供直系同源基因的严谨分配和汇编 果蝇和赤拟谷盗的参考蛋白质组 比较基因组学 NA 系统发育直系同源性推断 NA 蛋白质组数据 NA NA NA NA NA
480 2026-02-16
Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveals the non-cardiomyocytes heterogeneity and novel cell populations in dilated cardiomyopathy
2025-Jan-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合分析扩张型心肌病(DCM)和正常心脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)与批量RNA测序(bulk RNA-seq)数据,揭示了DCM中非心肌细胞的异质性,并识别了参与疾病过程的新型细胞亚群 首次构建了DCM的单细胞转录图谱,并利用多种机器学习算法(xCell, EPIC, MCP counter, CIBERSORT)高精度地识别了DCM相关细胞类型,发现了具有不同功能的成纤维细胞和巨噬细胞新亚群(如增殖性F3细胞、肌成纤维细胞F6细胞、M2-like1和M2-like2巨噬细胞),并揭示了GAS6-MERTK轴在细胞间通讯中的潜在作用 样本量相对较小(7个DCM样本和3个正常样本),研究结果需要在更大规模的队列中进行验证 揭示扩张型心肌病(DCM)中非心肌细胞的异质性及其在疾病发生中的作用,探索潜在的免疫治疗靶点 人类心脏组织(来自DCM患者和正常供体) 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) 机器学习算法(包括xCell, EPIC, MCP counter, CIBERSORT) 基因表达数据(转录组) 总计70,958个单细胞数据点,来源于7个DCM样本和3个正常心脏组织样本 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
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