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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-04-15 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼模型和人类样本,揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤细胞表型可塑性转换的机制 | 首次证明机械限制通过HMGB2蛋白介导的染色质重塑驱动黑色素瘤细胞在增殖与侵袭状态间的可逆转换 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类样本验证相对有限,且机械限制的具体物理参数尚未完全量化 | 探究黑色素瘤细胞表型可塑性转换的外部触发机制 | 黑色素瘤细胞(斑马鱼模型及人类样本) | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、单细胞转录组学、形态学分析、定量建模 | NA | 转录组数据、形态学图像 | 斑马鱼黑色素瘤模型及人类肿瘤样本(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 462 | 2026-04-15 |
Amoeboid-Mesenchymal Transition and the Proteolytic Control of Cancer Invasion Plasticity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684403
PMID:41278919
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研究论文 | 本文研究了癌症细胞在侵袭过程中通过阿米巴-间质转化和蛋白水解控制来调节侵袭可塑性的机制 | 意外发现阿米巴型和间质型侵袭程序均涉及通过ECM屏障的主动隧道形成和基质降解金属蛋白酶的表达,并强调MMP14在维持核完整性和支持侵袭活性中的关键作用 | 研究主要基于癌症球体-3D基质模型、单细胞RNA测序和人组织外植体,可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 探究控制间质与阿米巴侵袭的机制,特别是MMP14在癌症侵袭可塑性中的角色 | 癌症细胞,包括在3D基质模型和人乳腺癌组织外植体中的侵袭行为 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学分析,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 未明确指定样本数量,但涉及癌症球体模型和人组织外植体 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 463 | 2026-04-15 |
Sepsis Induces Age- and Sex-Specific Chromatin Remodeling in Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.656229
PMID:41279791
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研究论文 | 本研究利用单分子检测技术MAPit-FENGC,结合单细胞RNA测序,揭示了脓毒症后骨髓源性抑制细胞中年龄和性别特异性的染色质重塑机制 | 首次应用MAPit-FENGC技术同时分析DNA甲基化和染色质可及性,在临床相关小鼠模型中系统揭示了脓毒症诱导的年龄和性别特异性表观遗传重编程 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;样本量相对有限,可能影响统计效力 | 探究脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制,特别是骨髓源性抑制细胞在年龄和性别特异性免疫失调中的作用 | 年轻和老年成年雄性和雌性小鼠的脾脏骨髓源性抑制细胞 | 表观遗传学 | 脓毒症 | MAPit-FENGC, 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 表观遗传数据, 转录组数据 | 年轻和老年成年雄性和雌性小鼠的脾脏MDSCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 464 | 2026-04-15 |
RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.11.669542
PMID:40832184
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESCUE的计算方法,用于恢复空间转录组学数据中被现有分析方法遗漏的独特表达模式 | RESCUE能够捕获脆弱或代表性不足的细胞类型、亚细胞结构(如神经突)和细胞外表达等现有方法可能忽略的重要表达模式 | NA | 开发一种计算方法来改善空间转录组学数据分析的完整性和准确性 | 空间转录组学数据,特别是来自蜜蜂大脑的MERFISH数据及其他ST数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,MERFISH | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学,MERFISH | NA | NA |
| 465 | 2026-04-15 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
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研究论文 | 本文探讨了实验和计算方法如何改进单细胞RNA测序数据中的等位基因失衡分析 | 开发了新的计算工具套件,专注于利用单核RNA测序中的内含子区域读取来增强等位基因特异性表达分析,并比较了等位基因失衡分析与eQTL分析在识别SNP/基因对方面的效能 | 未明确说明样本的具体来源或实验设计的潜在偏差 | 改进单细胞RNA测序数据中的等位基因失衡分析方法 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据,特别是来自帕金森病队列的样本 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,等位基因特异性表达分析 | NA | RNA测序数据 | 94名个体的帕金森病队列 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 466 | 2026-04-14 |
Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted
2025-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08466-x
PMID:39843748
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研究论文 | 本研究探讨了小肠中组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的空间和时间印记机制 | 利用空间转录组学、小鼠模型和新型光学编码基因扰动策略,揭示了肠道结构区域化信号支持两种不同T细胞状态,并开发了计算方法来可视化细胞类型和基因表达的空间时间分布 | NA | 研究组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源和机制 | 人类样本和小鼠模型中的病原体特异性CD8 T细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单转录本分辨率分析 | NA | 转录组数据, 空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 467 | 2026-04-14 |
Cell motility influences microfluidics capturing in scRNA-seq
2025, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.19781.2
PMID:41971304
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研究论文 | 本研究探讨了微流体捕获方法在单细胞RNA测序中对运动性细胞(如鞭毛寄生虫)的适用性,并提出了一种快速冷却策略以提高封装效率 | 首次系统研究了微流体系统对运动性细胞的捕获偏差,并开发了一种通过快速冷却至0°C来降低细胞运动性、避免转录组变化的优化方法 | 研究仅针对鞭毛寄生虫在10x Genomics平台上的应用,未涵盖其他运动性细胞类型或微流体系统,且样本规模可能有限 | 优化微流体单细胞RNA测序协议,以更准确地捕获和分析运动性细胞,避免因细胞运动性导致的亚群丢失偏差 | 鞭毛寄生虫(具体物种未在摘要中明确说明) | 单细胞测序技术 | 寄生虫感染(未指定具体疾病) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium(推断,基于平台描述) | 10x Genomics微流体单细胞RNA测序平台(具体配置未详细说明) |
| 468 | 2026-04-13 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09653-0
PMID:41125888
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段转换和宿主-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术,系统解析了疟原虫在按蚊中肠内的发育过程,并发现了PfSIP2转录因子在子孢子感染人肝细胞中的关键作用 | 研究主要基于实验室模型,尽管验证了野外来源的寄生虫,但实际自然环境中的复杂性可能未被完全覆盖 | 探究疟原虫在按蚊中肠内的发育机制和宿主-寄生虫相互作用,以寻找阻断传播的策略 | 恶性疟原虫和按蚊中肠细胞 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多个发育阶段和代谢条件下的寄生虫和蚊子细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2026-04-13 |
Single-cell dissection of the genotype-immunophenotype relationship in glioblastoma
2025-Sep-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf129
PMID:40215269
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,系统性地解析了胶质母细胞瘤三种分子亚型中基因型与免疫表型之间的关系 | 首次在单细胞水平上,利用基因工程小鼠胶质母细胞瘤模型,系统地建立了人类相关驱动突变(EGFRvIII、PDGFB、NF1)与肿瘤微环境中免疫表型之间的关联分析平台 | 研究基于小鼠模型,虽然能有效模拟人类肿瘤的异质性,但仍需在人类临床样本中进行进一步验证 | 解析胶质母细胞瘤中基因驱动突变与肿瘤微环境免疫表型之间的因果关系,为个性化治疗提供新靶点 | 携带EGFRvIII、PDGFB和NF1驱动突变的基因工程小鼠胶质母细胞瘤模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 470 | 2026-04-13 |
EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.660984
PMID:40666973
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程,专门用于处理细胞外囊泡RNA测序数据,以提高RNA生物标志物和细胞间通信研究的准确性和鲁棒性 | EVscope采用优化的全基因组期望最大化算法,显著提高了单碱基分辨率下的多映射读段分配,并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析,这是现有工具所不具备的功能 | NA | 开发一个标准化的计算工作流程,以应对细胞外囊泡RNA测序数据分析中的挑战,包括低丰度、片段化及污染问题 | 细胞外囊泡RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 总RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 471 | 2026-04-13 |
LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis
2025-Apr-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196
PMID:40047069
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研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA MIR181A1HG通过诱骗Foxp1转录因子并激活NLRP3炎症小体,从而驱动血管炎症和动脉粥样硬化发生的关键作用 | 首次明确了MIR181A1HG在动脉粥样硬化血管炎症中的核心驱动作用,并阐明了其通过诱骗Foxp1(独立于miR-181a1/b1簇)激活NLRP3炎症小体的新分子机制 | 研究主要聚焦于内皮细胞中的机制,尽管排除了髓系细胞的作用,但其他细胞类型(如平滑肌细胞)中MIR181A1HG的功能尚未完全探索 | 探究长链非编码RNA MIR181A1HG在调控血管炎症和动脉粥样硬化中的作用及分子机制 | 人及小鼠的动脉粥样硬化病变组织、内皮细胞、MIR181A1HG-/-ApoE-/-基因敲除小鼠 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因实验、染色质免疫共沉淀、功能获得与缺失研究、RNA-蛋白质相互作用分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 涉及人及小鼠的动脉粥样硬化病变样本,并使用MIR181A1HG-/-ApoE-/-基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 472 | 2026-04-12 |
Comparative analysis of human and mouse ovaries across age
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0659
PMID:41066539
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研究论文 | 本研究通过三维成像、单细胞转录组学和功能实验,比较了人类和小鼠卵巢在衰老过程中的差异 | 首次构建了跨物种卵巢衰老的比较图谱,揭示了物种特异性和年龄相关的转录与信号差异,并发现了卵巢交感神经在卵泡生成中的作用 | 研究可能未涵盖所有卵巢细胞类型或衰老阶段,且功能验证主要在小鼠中进行 | 比较人类和小鼠卵巢的生物学特征,特别是衰老过程中的变化 | 人类和小鼠的卵巢组织 | 单细胞生物学 | 生殖衰老 | 三维成像、单细胞转录组学、功能研究 | NA | 图像数据、转录组数据 | 未明确说明样本数量,但涉及人类和小鼠卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 473 | 2026-04-12 |
YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity
2025-Dec-05, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326480
PMID:41165345
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研究论文 | 本研究揭示了Hippo/YAP通路在心脏成纤维细胞中通过诱导糖酵解驱动纤维炎症并破坏成纤维细胞谱系保真度的机制 | 首次发现右心房成纤维细胞比其他心腔的成纤维细胞具有更高的糖酵解活性和YAP活性,并阐明了YAP通过激活糖酵解、诱导巨噬细胞扩增和IGF1信号通路,驱动成纤维细胞向骨软骨祖细胞状态分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类心脏疾病中的直接验证尚需进一步研究 | 探究心脏不同腔室成纤维细胞转录组和代谢差异的机制及其在纤维炎症中的功能意义 | 心脏成纤维细胞、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、单核ATAC测序、空间转录组学、代谢研究 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据、代谢数据 | 人类单核RNA测序数据、小鼠心房组织 | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 474 | 2026-04-12 |
Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry
2025-11-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68616
PMID:41325369
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研究论文 | 本文介绍了一种整合多重mRNA检测与蛋白质成像质谱流式技术的双模态分子图谱方法,用于同时分析组织切片中的蛋白质和mRNA | 创新性地将蛋白质成像质谱流式技术与mRNA原位杂交结合,利用金属探针系统避免了荧光光谱溢出和组织自发荧光问题 | NA | 开发一种能够同时检测蛋白质和mRNA的空间解析技术,以更好地理解细胞在微环境中的通讯机制 | 组织切片中的蛋白质和mRNA分子 | 数字病理学 | NA | mRNA原位杂交,蛋白质成像质谱流式技术 | NA | 图像,分子表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 基于金属探针的检测系统 |
| 475 | 2026-04-12 |
Microfluidics-based High-throughput Circulating Tumor Cell Sorting and Single-cell Sequencing Technology
2025-11-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68708
PMID:41325384
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研究论文 | 本文介绍了一种集成了微流控技术的高通量循环肿瘤细胞分选与单细胞测序平台 | 提出了一种集CTC富集、纯化和单细胞测序于一体的统一微流控工作流程,采用动态控制磁捕获、涡旋混合和基于流阻差异的高精度单细胞捕获芯片,克服了传统方法回收率低、工作流程繁琐和污染风险高的问题 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一种高效、高通量的循环肿瘤细胞分选与单细胞测序技术,以克服现有方法的不足 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2026-04-12 |
Mapping CMV-related immune signatures in blood, aorta and perivascular mediastinal adipose tissue
2025-Nov-06, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0401
PMID:41194668
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研究论文 | 本研究通过免疫分析探索了巨细胞病毒(CMV)感染如何影响血液、主动脉和血管周围纵隔脂肪组织的免疫特征,并初步揭示了其与心血管疾病的潜在关联 | 首次在心脏手术患者中同时分析血液、主动脉和血管周围脂肪组织的CMV相关免疫特征,并发现CMV阳性患者主动脉中干扰素-α信号通路受抑制而TNF-α信号通路增强 | 样本量较小(n=11),仅为初步研究,需要更大规模的研究来确认CMV驱动的免疫重塑如何具体导致心血管疾病 | 探究CMV感染是否驱动全身性和组织特异性免疫变化,从而可能促进心血管疾病的发展 | 心脏手术患者的血液、胸主动脉和血管周围纵隔脂肪组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | 11名心脏手术患者(4名CMV阴性,7名CMV阳性) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 477 | 2026-04-12 |
Cell Subtype-specific Analysis of Neuronal Membrane Proteasome in Somatosensory Neurons
2025-10-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69061
PMID:41144432
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研究论文 | 本文研究了神经元膜蛋白酶体(NMP)在体感神经元亚型中的特异性表达及其在机械、痒和痛觉感知中的关键作用 | 首次在体感神经元亚型中鉴定出神经元膜蛋白酶体(NMP),并揭示其作为感觉神经元间通讯的关键调节器,选择性抑制NMP可减少机械和痛觉敏感性而不引起神经病变 | 研究主要基于小鼠模型,体外研究结果需在体内进一步验证,且NMP的具体信号肽释放机制尚未完全阐明 | 探究神经元膜蛋白酶体(NMP)在体感神经元中的亚型特异性表达及其在感觉感知中的功能 | 小鼠外周体感神经元,特别是表达MrgprA3和Cysltr2的神经元亚型 | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、抗体喂养、荧光激活细胞分选(FACS) | NA | RNA测序数据、细胞分选数据 | 小鼠体感神经元样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 478 | 2026-04-12 |
Flow Cytometry and Single-Cell Analysis for Characterizing Microglia Activation in Early Postnatal Mouse Brain Development
2025-10-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68427
PMID:41115126
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研究论文 | 本文介绍了一种结合流式细胞术和单细胞RNA测序的互补方法,用于研究小鼠小脑组织中小胶质细胞在早期出生后大脑发育中的激活状态 | 为早期出生后大脑组织优化了流式细胞术方案,并首次将相同的上游细胞分离步骤与10X Genomics单细胞RNA测序结合,提供了一个可重复且适应性强的框架来研究小胶质细胞的多样性 | 协议主要针对小鼠小脑组织,其通用性在其他脑区或物种中可能需要进一步验证;单细胞测序部分仅在区分性别样本时应用了随机森林分类器,功能分析可能有限 | 研究早期出生后大脑发育中小胶质细胞的激活特征和多样性 | 小鼠小脑组织中的小胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 随机森林 | 基因表达数据, 细胞表面标记物数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及早期出生后小鼠脑组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Genomics | 未指定具体产品型号,但遵循10X Genomics单细胞RNA测序流程 |
| 479 | 2026-04-12 |
Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance
2025-Oct, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04217-5
PMID:40358685
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综述 | 本文综述了癌症发生、进展和治疗抵抗中涉及的遗传、表观遗传及分子机制 | 整合了分子、遗传和表观遗传视角,并强调了CRISPR-Cas9表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术在理解癌症异质性中的作用 | 作为一篇综述,不包含原始实验数据或新的模型验证 | 阐明癌症发生、进展和治疗抵抗的复杂机制,为开发创新性靶向治疗提供理论基础 | 癌症(肿瘤) | NA | 癌症 | CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑,单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2026-04-12 |
Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema
2025-Sep-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08698-1
PMID:40993192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了肺气肿中T细胞的免疫病理机制,特别是NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合临床数据,识别出肺气肿中特定的T细胞亚群(NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞),并揭示了它们与肺功能保留的关联,为肺气肿的免疫治疗提供了新靶点 | 研究基于两个独立的单细胞RNA测序数据集,样本量可能有限,且机制验证需要进一步的实验研究 | 探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病(COPD)肺气肿中的免疫病理作用 | 人类肺组织样本,包括肺气肿性COPD、非肺气肿性COPD和对照组的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺气肿 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个独立的人类肺组织单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |