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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-12-12 |
Study design and rationale for the NeoTRACE trial: a multicenter phase II study of neoadjuvant sacituzumab govitecan plus zimberelimab followed by adjuvant zimberelimab with or without sacituzumab govitecan in patients with resectable non-small cell lung cancer
2025-Dec, Future oncology (London, England)
DOI:10.1080/14796694.2025.2591213
PMID:41268635
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研究论文 | 本文介绍了NeoTRACE试验的设计与原理,这是一项评估新辅助sacituzumab govitecan联合zimberelimab在可切除非小细胞肺癌中疗效的多中心II期研究 | 评估铂类豁免方案(sacituzumab govitecan联合PD-1抑制剂)在可切除NSCLC中的新辅助应用,并探索ctDNA动态、TROP2表达和空间转录组学作为生物标志物 | 单臂II期研究设计,样本量较小(计划50名参与者),缺乏随机对照,且辅助治疗方案由医生酌情决定,可能引入偏倚 | 提高可切除非小细胞肺癌患者的病理完全缓解率,减少毒性,增强手术资格,并通过个性化辅助治疗改善长期预后 | 可切除的II期至IIIB(N2)非小细胞肺癌患者,无已知EGFR/ALK突变 | NA | 肺癌 | 循环肿瘤DNA动态分析、TROP2表达检测、空间转录组学 | NA | 临床数据、分子生物标志物数据 | 计划招募50名参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 462 | 2025-12-12 |
Integrated bioinformatics and in vitro validation reveal TUBB as a core gene and therapeutic target in NAFLD-related hepatocellular carcinoma
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149026
PMID:41271048
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和体外实验验证,揭示了TUBB基因是NAFLD相关肝细胞癌的核心基因和治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据和多种机器学习算法,结合单细胞RNA测序和体外药物验证,系统性地识别了NAFLD向HCC转变过程中的核心基因TUBB及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,体外实验验证仍需进一步的体内实验和临床研究支持 | 探究非酒精性脂肪肝病向肝细胞癌转变的分子机制,并寻找潜在的诊断标志物和治疗靶点 | NAFLD和HCC相关的转录组数据及HCC细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 分子对接 | 加权基因共表达网络分析, 多种机器学习算法 | 转录组数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的NAFLD和HCC转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 463 | 2025-11-26 |
From slices to deep dishes: spatial transcriptomics and translatomics of thick tissue blocks
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02815-y
PMID:41286202
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 464 | 2025-12-12 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02867-0
PMID:41286200
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研究论文 | 开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术,用于在60-200微米厚的组织块中进行3D空间单细胞转录组和翻译组分析 | 首次实现了在厚组织块中进行3D空间单细胞转录和翻译活动的原位定量分析,突破了现有技术仅限于薄切片的限制 | NA | 揭示基因在健康和疾病状态下如何塑造组织结构和功能 | 小鼠大脑和人类皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学, 空间翻译组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 465 | 2025-12-12 |
FX-Cell: a method for single-cell RNA sequencing on difficult-to-digest and cryopreserved plant samples
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02900-2
PMID:41310055
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研究论文 | 本文开发了FX-Cell方法及其衍生技术,用于对难以消化和冷冻保存的植物样本进行单细胞RNA测序 | 通过优化固定缓冲液和减少RNA降解,该方法能在高温下实现高效细胞壁消化,并在长期冷冻保存后保持高质量单细胞,避免了使用不具代表性的细胞核 | NA | 解决植物单细胞RNA测序中样本难以消化和野外条件下及时制备原生质体的挑战 | 水稻分蘖节、野生稻根茎和玉米冠根等植物组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 466 | 2025-12-12 |
Chemosensory protein 3 is a brain host factor for the induction of enhanced-locomotory activity in the BmNPV-silkworm infection model
2025-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013701
PMID:41325423
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了家蚕核型多角体病毒感染后,化学感受蛋白3作为脑内宿主因子调控幼虫增强运动行为的作用机制 | 首次在单细胞分辨率下解析病毒感染对昆虫脑部的影响,发现化学感受蛋白3在调控病毒感染诱导的行为变化中的新功能,并证实其通过结合神经递质和脂质发挥作用 | 研究主要聚焦于感染后96小时的时间点,缺乏感染过程的动态观察;体外结合实验未能完全模拟体内复杂环境 | 探究杆状病毒感染诱导昆虫行为变化的宿主调控因子及其分子机制 | 家蚕幼虫及其脑组织细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒传染病 | 单核RNA测序,靶向代谢组学,结构建模,分子动力学模拟,体外结合实验 | NA | 单细胞转录组数据,代谢组数据,蛋白质结构数据 | 家蚕幼虫脑组织(具体数量未明确说明) | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 467 | 2025-12-03 |
Next-generation method for preparing plant cells for single-cell RNA sequencing
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02940-8
PMID:41326821
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 468 | 2025-12-12 |
Chronic viral infections impaired the growth process of splenic B cells by upregulating Bbc3 and Atf3 in LCMV-CL13 infected mouse model
2025-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2598932
PMID:41329555
|
研究论文 | 本研究利用LCMV慢性感染模型,揭示了慢性病毒感染通过上调Bbc3和Atf3基因表达,破坏脾脏B细胞发育并削弱体液免疫应答的机制 | 首次在LCMV-CL13慢性感染模型中,结合单细胞RNA测序和免疫组库分析,系统阐明了Bbc3和Atf3基因上调导致脾脏B细胞发育受阻的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,其在人体中的适用性仍需进一步验证;且未深入探讨其他潜在调控基因或信号通路的影响 | 探究慢性病毒感染导致脾脏损伤及体液免疫应答减弱的分子机制 | 感染LCMV-CL13病毒的小鼠模型及其脾脏B细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 免疫组库分析 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2025-12-12 |
TMEM106A as a Macrophage-Associated Biomarker of Prognosis in IDH-Wildtype Glioma: Integrative Multi-Omics and Spatial Analyses
2025-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71454
PMID:41354084
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和空间分析,探讨了TMEM106A作为IDH野生型胶质瘤中与巨噬细胞相关的预后生物标志物的作用 | 首次将TMEM106A与IDH野生型胶质瘤的预后及肿瘤微环境中的髓系细胞浸润联系起来,并利用单细胞和空间转录组学技术验证其表达模式 | 所有发现均为相关性研究,需要前瞻性研究来验证其临床适用性 | 探索TMEM106A在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | IDH野生型胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | limma, Kaplan-Meier, Cox模型, CIBERSORT, GSEA, pRRophetic | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | TCGA和CGGA数据库的批量RNA-seq数据、单细胞数据集(GSE131928, GSE89567)、空间数据集(Ivy Atlas, Visium)以及79例免疫组化样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 470 | 2025-12-12 |
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70079
PMID:41355397
|
研究论文 | 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群,鉴定了一个7基因预后特征,用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 | 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征,并验证其在预测生存、免疫治疗反应和靶向药物敏感性方面的价值 | 研究基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的临床应用价值 | 识别肝细胞癌的新型预后生物标志物并评估其临床和治疗相关性 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 预后风险模型,临床列线图 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 471 | 2025-12-12 |
ER Stress Ire1-Xbp1s Pathway Maintains Youthful Epidermal Basal Layer Through the Regulation of Cell Proliferation
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70258
PMID:41077712
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研究论文 | 本研究揭示了内质网应激反应通路Ire1-Xbp1s在维持年轻表皮基底细胞增殖及皮肤衰老过程中的新作用 | 首次在超短寿命脊椎动物Nothobranchius furzeri中引入Ire1-Xbp1s通路报告系统,结合光隔离化学空间转录组学技术,发现该通路通过激活细胞周期调控因子Vcp维持年轻表皮细胞增殖,并阐明葡萄糖代谢下降导致通路活性降低的衰老机制 | 研究主要基于N. furzeri模型,在哺乳动物中的保守性需要进一步验证;空间转录组学分析范围局限于表皮组织 | 探究内质网应激反应在衰老过程中的时空调控机制及其在组织稳态维持中的作用 | Nothobranchius furzeri(非洲鳉鱼)的表皮组织及内质网应激反应通路 | 空间转录组学 | 皮肤衰老 | 光隔离化学空间转录组学、功能验证实验 | NA | 空间转录组数据、细胞增殖数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 472 | 2025-12-12 |
The BCG in situ study - novel techniques applied to a 100-year-old vaccine
2025-Dec, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2025.103712
PMID:41362666
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学和液体活检等先进技术,深入解析了皮内接种BCG疫苗后局部皮肤和全身免疫反应 | 首次将空间转录组学应用于BCG疫苗接种后的皮肤组织研究,结合液体活检技术全面表征局部和系统免疫反应 | 研究样本量有限,且主要关注短期反应,长期保护效果和成人肺结核预防仍需进一步验证 | 阐明BCG疫苗接种后局部皮肤和全身免疫反应的细胞与分子机制,以加速改进或新疫苗的开发 | BCG疫苗接种后的皮肤组织活检样本和血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | 空间转录组学、细胞游离血浆转录组学、全血转录组学、表观遗传分析、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
| 473 | 2025-12-12 |
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70132
PMID:41046340
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研究论文 | 本研究在单细胞水平上表征了乳腺癌循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性 | 首次在早期乳腺癌患者中,结合免疫磁珠去除、多标记免疫荧光和单细胞转录组学,系统检测并量化了不同EMT状态的循环肿瘤细胞及其异质性,并揭示了间质特征CTC中核糖体基因下调及mTORC1信号相关的翻译抑制 | 样本量相对有限(107例),且为观察性研究,需要进一步的功能实验验证发现的分子机制 | 检测并表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性,以理解血行播散的机制 | 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫磁珠去除,多标记免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 | 107例乳腺癌患者的血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 474 | 2025-12-12 |
The mouse neonatal small intestine is regionally specialized for protein absorption and transepithelial transport
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205127
PMID:41208810
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研究论文 | 本研究揭示了新生小鼠小肠中空肠和回肠上皮细胞在蛋白质吸收和跨上皮运输方面的区域和功能特化 | 首次揭示了新生小鼠小肠中空肠和回肠上皮细胞在蛋白质吸收和运输方面的区域特化,并发现了Dab2在营养性蛋白质跨细胞运输中的特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类新生儿中的类似机制需要进一步验证 | 探究新生小鼠小肠不同区域在蛋白质吸收和运输中的功能特化及其分子机制 | 新生小鼠的小肠上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、转录组分析、遗传学方法、体内和体外货物运输实验 | NA | 转录组数据、遗传数据、功能实验数据 | 新生小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 475 | 2025-12-12 |
Novae: a graph-based foundation model for spatial transcriptomics data
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02899-6
PMID:41372623
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Novae的基于图的基础模型,用于处理空间转录组学数据,以提取细胞在空间背景下的表征 | Novae是一种基于图的基础模型,能够在多个切片上执行零样本域推断,并原生校正批次效应,同时构建空间域的嵌套层次结构 | NA | 改进当前模型在多个切片上的局限性,以促进空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 空间转录组学数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基于图的模型 | 空间转录组学数据 | 近3000万个细胞,覆盖18种组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 476 | 2025-12-12 |
Effect of acupuncture on brain microenvironment in rats with post-stroke limb spasticity based on single-cell transcriptome sequencing technology
2025-Dec, Journal of traditional Chinese medicine = Chung i tsa chih ying wen pan
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术探讨了针灸对脑卒中后肢体痉挛大鼠脑微环境的影响及其可能机制 | 首次结合单细胞转录组测序技术分析针灸对脑卒中后肢体痉挛大鼠脑缺血半暗带细胞类型比例及基因表达的影响 | 研究仅基于大鼠模型,样本量较小(32只),且未涉及长期疗效评估 | 探究针灸改善脑卒中后肢体痉挛的可能机制 | 脑卒中后肢体痉挛大鼠模型 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞转录组测序,Western blot,实时定量PCR,酶联免疫吸附试验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 32只大鼠,分为对照组、假手术组、模型组和针灸组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 477 | 2025-12-12 |
Detection of serotonin and serotonin related gene reveals unique roles in human intestinal epithelial development
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690965
PMID:41377494
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和组织学验证,揭示了血清素及其相关基因在人类肠道发育中的时空表达图谱 | 首次生成了从妊娠早期到成年晚期的血清素及其相关基因在人类肠道中的时空表达图谱,揭示了其动态、细胞类型特异性的调控模式 | 研究主要基于转录组数据,缺乏功能实验验证血清素在肠道发育中的具体作用机制 | 探究血清素在人类早期肠道发育中的作用 | 人类肠道组织样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 从妊娠早期到成年晚期的多个时间点的人类肠道样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptome atlas of adult male and female human hookworm Ancylostoma ceylanicum
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113846
PMID:41362773
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研究论文 | 本研究构建了成年雄性和雌性锡兰钩虫的单细胞转录组图谱,揭示了性别特异性基因表达和细胞多样性 | 首次提供了钩虫的单细胞转录组图谱,发现了新的分子通路和标记物,为理解钩虫生物学提供了全面的细胞框架 | 未明确说明样本数量和技术重复,且仅针对锡兰钩虫,其他钩虫物种可能有所不同 | 推进对钩虫基本生物学的理解,为开发新的治疗或疫苗靶点提供基础 | 成年雄性和雌性锡兰钩虫 | 单细胞转录组学 | 钩虫病 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜,RNA荧光原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 479 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomics identifies altered neutrophil dynamics and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638715
PMID:40027777
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠在急性鼻吸入不同口味电子烟后肺部免疫细胞的转录组变化 | 首次在单细胞分辨率上揭示了不同口味电子烟暴露对肺部免疫细胞功能的特异性影响,特别是发现了烟草口味电子烟会改变中性粒细胞动力学并增强T细胞毒性 | 研究仅采用急性暴露模型(n=2/性别/组),样本量较小,且未评估长期暴露效应 | 探究不同口味电子烟急性暴露对小鼠肺部免疫景观的影响 | C57BL/6J小鼠肺部细胞 | 单细胞转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 71,725个细胞(来自对照组和处理组,每组每性别2只小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2025-12-12 |
Clonal expansion of alveolar fibroblast progeny drives pulmonary fibrosis in mouse models
2025-Nov-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI191826
PMID:40875468
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示了肺泡成纤维细胞后代的克隆扩增是驱动小鼠肺纤维化的关键机制 | 首次系统性地证明了成纤维细胞增殖在肺纤维化中的关键驱动作用,并提出了靶向成纤维细胞增殖作为纤维化疾病治疗新策略 | 主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于离体肺切片,需要更多临床研究验证 | 探究成纤维细胞增殖在肺纤维化发病机制中的功能重要性 | 小鼠肺泡成纤维细胞及其后代、人类纤维化肺组织 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、EdU标记 | NA | 单细胞转录组数据、谱系追踪数据 | 2种独立的小鼠肺纤维化模型、人类纤维化与非病变肺切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |