单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-05-16	Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214 PMID:40151618	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究猪空肠组织在不同驯化阶段的免疫细胞差异	首次构建了猪空肠组织的单细胞图谱，揭示了不同品种猪在免疫功能上的差异及其与驯化的关系	研究仅针对三种猪品种，可能无法全面反映所有驯化阶段的免疫变化	探究猪在驯化过程中空肠免疫功能的进化变化	野猪、金华猪和杜洛克猪的空肠组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	26,246个细胞
4702	2025-05-16	Integrated analysis and single-cell sequencing of mitochondrial metabolism related gene molecular subtype and diagnostic model in ulcerative colitis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320010 PMID:40153427	research paper	该研究通过公共数据库数据和单细胞测序技术，探索了线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的分子亚型和诊断模型	首次基于机器学习方法识别与线粒体代谢相关基因(MMRG)相关的生物标志物，并分析了MMRG分子亚型与免疫浸润特征的关系	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证	探索溃疡性结肠炎的发病机制和潜在生物标志物	线粒体代谢相关基因(MMRG)在溃疡性结肠炎中的作用	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞测序, qRT-PCR, western blot	机器学习模型	基因表达数据	NA
4703	2025-05-16	Harnessing single-cell and multi-omics insights: STING pathway-based predictive signature for immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575084 PMID:40308576	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模转录组数据，开发了一个基于STING通路的预测标志物（STINGsig），用于预测肺腺癌免疫治疗的响应	结合单细胞和多组学数据，开发了STING通路相关标志物，并通过小鼠模型验证了关键基因ERRFI1在增强抗肿瘤免疫和α-PD1治疗中的协同作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证其临床适用性	探究STING通路与肺腺癌免疫治疗响应的关系	肺腺癌患者和模型小鼠	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色流式细胞术	101种机器学习框架	转录组数据	来自GEO和TCGA数据库的公共数据，具体样本数量未明确说明
4704	2025-05-16	Natural history, immunological and genetic characteristics of preclinical inflammatory bowel disease (EARLY): study protocol for a prospective cohort study 2025, Therapeutic advances in gastroenterology IF:3.9Q1 DOI:10.1177/17562848251338647 PMID:40365077	研究论文	本研究旨在探讨炎症性肠病(IBD)在临床前期的自然史、免疫学和遗传学特征，并通过前瞻性队列研究设计，整合多组学数据以预测疾病长期预后	首次系统研究IBD临床前期的特征，整合临床与多组学数据(基因组、蛋白质组、转录组、代谢组和微生物组)进行长期预后预测	研究周期长达10年，短期内无法获得完整结果；样本来源限于结直肠癌筛查项目中发现的无症状患者	描述IBD临床前期的特征并开发疾病长期预测工具	结直肠癌筛查中发现的无症状IBD患者、新诊断的有症状IBD患者和健康对照者	数字病理	炎症性肠病	单细胞RNA测序、多组学分析(基因组/蛋白质组/转录组/代谢组/微生物组)	NA	生物样本(血液/尿液/粪便/活检组织)和多组学数据	三组队列：无症状IBD患者、有症状IBD患者(<3月病程)和健康对照者，具体数量未说明
4705	2025-05-16	Decoding the Tumor Microenvironment of Myoepithelial Cells in Triple-Negative Breast Cancer Through Single-Cell and Transcriptomic Sequencing and Establishing a Prognostic Model Based on Key Myoepithelial Cell Genes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6454413 PMID:40365116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序解码了三阴性乳腺癌中肌上皮细胞的肿瘤微环境，并基于关键肌上皮细胞基因建立了预后模型	揭示了肌上皮细胞在三阴性乳腺癌发展中的作用，开发了基于CoxBoost的预后模型，并鉴定出TPD52作为潜在的治疗靶点	研究样本量未明确说明，且模型验证仅基于20个生存队列	探索肌上皮细胞在三阴性乳腺癌中的作用并开发预后模型	三阴性乳腺癌中的肌上皮细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序，转录组测序，siRNA敲除	CoxBoost	RNA测序数据	NA
4706	2025-05-16	Shh agonist enhances maturation in homotypic Lgr5-positive inner ear organoids 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107345 PMID:40365278	研究论文	本研究探讨了源自同源Lgr5阳性祖细胞的耳蜗类器官中立体纤毛成熟的分子和功能机制，并与传统异源培养结果进行了比较	使用Shh激动剂促进耳蜗类器官中毛细胞立体纤毛的结构成熟，并通过单细胞RNA测序鉴定了与立体纤毛发育相关的基因表达变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性尚需验证	探索内耳再生和感觉神经性听力损失治疗的潜在方法	小鼠耳蜗Lgr5阳性祖细胞及其衍生的内耳类器官	再生医学	听力损失	磁激活细胞分选(MACS)、RNA测序(包括bulk RNA-seq和scRNA-seq)、电子显微镜、FM1-43摄取实验、微电极阵列记录	内耳类器官模型	基因表达数据、显微图像、电生理数据	小鼠耳蜗Lgr5阳性祖细胞及其衍生的内耳类器官
4707	2025-05-16	Nuclear damage-induced DNA damage response coupled with IFI16-driven ECM remodeling underlies dilated cardiomyopathy 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112247 PMID:40365289	研究论文	本研究探讨了DNA损伤反应（DDR）与IFI16在扩张型心肌病（DCM）中的作用及其与ECM重塑和心脏功能障碍的联系	揭示了DDR-IFI16轴在DCM中的新致病机制，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究DDR-IFI16轴在DCM中的作用及其与ECM重塑和心脏功能障碍的联系	扩张型心肌病（DCM）	心血管疾病	扩张型心肌病	生物信息学分析、qPCR、ELISA、siRNA敲除	小鼠DCM模型	转录组数据、单细胞RNA-seq数据	人类iPSC-CM模型和DCM心脏组织样本
4708	2025-05-16	Apolipoprotein E promotes primary resistance to AR-targeted therapy via inducing TRIM25-mediated AR ubiquitination and sensitizes immunotherapy in prostate cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109994 PMID:40365288	研究论文	本文研究了载脂蛋白E（APOE）在前列腺癌中对AR靶向治疗的原发耐药性中的作用，并探讨了APOE高表达对免疫治疗的敏感性	揭示了APOE通过介导E3连接酶TRIM25与AR的相互作用增强AR的泛素化和降解，从而抑制AR信号通路的机制，并发现APOE高表达与抗PD-L1治疗反应增强相关	研究主要基于组织微阵列和临床队列，需要进一步在更大样本和更多临床环境中验证	探究前列腺癌对AR靶向治疗的原发耐药机制及免疫治疗敏感性	前列腺癌患者及其组织样本	肿瘤学	前列腺癌	流式细胞术、免疫共沉淀、质谱分析、单细胞RNA测序	NA	临床数据、转录组数据	组织微阵列和临床队列样本
4709	2025-05-16	Genomic Exploration of Nonalcoholic Fatty Liver Disease: Insights From Gene Expression and Variation in Morbidly Obese Individuals 2025, Journal of obesity IF:3.8Q2 DOI:10.1155/jobe/9245699 PMID:40365443	研究论文	通过基因表达和变异分析探索非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的基因组特征	整合生物信息学分析（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）揭示了NAFLD进展中的关键基因及其变异，并发现了与代谢、免疫和脂质功能相关的新致病变异	研究主要聚焦于肥胖患者，可能无法完全代表所有NAFLD患者群体	探索NAFLD的致病机制并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	肥胖患者的肝细胞基因表达和遗传变异	基因组学	非酒精性脂肪肝病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
4710	2025-05-16	Egg-driven immunosuppression and granuloma zonation in Peyer's patches of mice with Schistosoma japonicum infection 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1587166 PMID:40365538	research paper	该研究揭示了日本血吸虫感染小鼠模型中卵沉积对Peyer斑块（PPs）结构和免疫功能的破坏作用，以及肠道肉芽肿的细胞组成和免疫抑制机制	首次描述了肠道肉芽肿的分层细胞分布特征，并发现卵沉积驱动B细胞凋亡、T细胞耗竭以及髓系细胞纤维化通路的激活	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类还需进一步验证	探究日本血吸虫卵沉积对Peyer斑块免疫功能和肠道肉芽肿细胞组成的影响	感染日本血吸虫的小鼠模型及其Peyer斑块	免疫学	血吸虫病	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
4711	2025-05-16	Quantitative Analysis of Tomato Flower Pedicel Abscission and Single-Cell Transcriptome Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4470-6_16 PMID:40366596	研究论文	本文详细描述了番茄花梗外植体的脱落测定方法及单细胞转录组测序技术	采用单细胞转录组学这一新方法解析花梗脱落区细胞的特性	NA	研究植物器官脱落的调控机制以提高作物产量和品质	番茄花梗	植物生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	不同基因型的番茄花梗样本
4712	2025-05-15	Integrated bioinformatics analysis identifies neutrophils and villous cytotrophoblasts infiltration characterized by BLC6 upregulation as associated with the co-occurrence of gestational diabetes mellitus and pre-eclampsia 2025-Dec, Hypertension in pregnancy IF:1.5Q4 DOI:10.1080/10641955.2025.2475814 PMID:40122115	研究论文	通过整合生物信息学分析，发现中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞浸润以及BLC6上调与妊娠期糖尿病和先兆子痫的共现相关	首次鉴定出BCL6、DNAH9和SCG2作为妊娠期糖尿病和先兆子痫的共同枢纽基因，并发现BCL6在中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞中的高表达	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探究妊娠期糖尿病和先兆子痫共现的枢纽基因和通路	妊娠期糖尿病和先兆子痫患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和先兆子痫	生物信息学分析、单细胞测序数据分析	回归模型、ROC分析	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
4713	2025-05-15	The role of lactate metabolism in retinoblastoma tumorigenesis and ferroptosis resistance 2025-Aug, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102893 PMID:40188688	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和抗铁死亡中的作用	首次揭示了乳酸代谢通过上调MCT1促进视网膜母细胞瘤细胞存活和抗铁死亡的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证不足	阐明乳酸代谢相关基因表达谱对视网膜母细胞瘤发生和抗铁死亡的影响	视网膜母细胞瘤细胞系和患者组织样本	肿瘤代谢	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	转录组数据	患者视网膜组织和视网膜母细胞瘤组织的单细胞RNA测序数据
4714	2025-05-15	Combining Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization to Explore Novel Drug Targets for Parkinson's Disease 2025-Jun, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04700-3 PMID:39890696	研究论文	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化探索帕金森病的新药物靶点	首次结合scRNA-Seq和MR方法探索T细胞相关基因对帕金森病风险的因果效应，并识别出五个潜在药物靶点	需要进一步的研究和临床试验来验证这些潜在药物靶点的有效性	探索帕金森病的致病机制和潜在治疗靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), GWAS	NA	基因表达数据	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞scRNA-Seq数据集
4715	2025-05-15	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼的长期治疗反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次在分子水平上探索了伊布替尼治疗期间克隆惰性的机制	研究样本量较小，仅包含两名患者的数据	评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的长期分子和临床反应	两名接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学, 多组学分析	NA	DNA和RNA数据	两名患者的血液样本
4716	2025-05-15	Integrated bioinformatic analysis identifies GADD45B as an immune-related prognostic biomarker in skin cutaneous melanoma 2025-May-11, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00437-0 PMID:40350499	研究论文	该研究通过整合多个数据库和实验方法，全面探讨了GADD45B在皮肤黑色素瘤(SKCM)中的功能及其作为免疫相关预后生物标志物的潜力	首次系统研究GADD45B在SKCM中的作用机制，发现其可作为新型免疫检查点并促进M1型巨噬细胞极化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床样本验证有待进一步加强	探究GADD45B在皮肤黑色素瘤中的功能及其临床意义	皮肤黑色素瘤细胞系和患者样本	生物信息学	皮肤黑色素瘤	转录组测序、单细胞分析、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	26个SKCM相关数据集、30个人类SKCM细胞系转录组数据、29个SKCM细胞系表型特征分析
4717	2025-05-15	Mapping the molecular signature of ABA-regulated gene expression in germinating barley embryos 2025-May-10, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-06654-z PMID:40348990	研究论文	本研究通过整合转录组学、代谢组学和空间转录组学技术，揭示了ABA在发芽大麦胚胎中调控基因表达的分子特征	首次在植物组织中成功应用空间转录组学技术，实现了对胚胎不同区域基因表达的精确定位	空间转录组学技术在植物组织中的应用仍存在技术挑战	探究ABA调控大麦种子发芽的分子机制	ABA处理的大麦(Hordeum vulgare)胚胎	植物分子生物学	NA	Visium Spatial Transcriptomics (10× Genomics), RNA-seq	NA	转录组数据, 代谢组数据	六个胚胎区域
4718	2025-05-15	Thioredoxin: a key factor in cold tumor formation and a promising biomarker for immunotherapy resistance in NSCLC 2025-May-10, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03259-w PMID:40349025	研究论文	该研究探讨了硫氧还蛋白（TXN）在非小细胞肺癌（NSCLC）中作为免疫治疗耐药性生物标志物的作用及其在冷肿瘤形成中的关键影响	发现TXN在NSCLC患者中高表达并与冷肿瘤特征相关，揭示了TXN通过调节CD40促进肿瘤免疫逃逸的新机制	研究主要基于体外细胞实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内动物模型的验证	探究TXN在NSCLC免疫治疗耐药性中的作用及其分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织样本及A549和SK-MES-1细胞系	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NSCLC患者组织样本及两种肺癌细胞系（A549和SK-MES-1）
4719	2025-05-15	Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models 2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010820 PMID:40341024	研究论文	研究探讨了在鼠胰腺导管腺癌模型中，通过阻断LIF和PD-L1增强立体定向体部放疗（SBRT）的抗肿瘤效果	首次展示了LIF和PD-L1同时抑制与SBRT联合治疗的显著协同效应，并深入分析了其免疫调节机制	研究仅在鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索胰腺导管腺癌的新型联合治疗方案	鼠胰腺导管腺癌模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、Luminex检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	鼠原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	多个鼠胰腺肿瘤模型
4720	2025-05-15	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	本研究介绍了一种优化的方法，通过外周血细胞将体细胞转化为神经元，避免了诱导多能干细胞（iPSC）中间步骤	使用NEUROD1和四种Yamanaka重编程因子的独特组合，在3周内生成谷氨酸能神经元，提供了一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法	虽然外周血细胞提供了潜在的替代方案，但其在神经元重编程中的广泛应用仍需进一步验证	开发一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法，将外周血细胞转化为神经元，用于神经系统疾病建模和药物发现	外周血细胞	细胞重编程	神经系统疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA