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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4681 | 2025-10-06 |
Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma
2025-Aug, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00337-3
PMID:40490526
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和结构生物学方法揭示了葡萄膜黑色素瘤中细胞因子信号传导的分子复杂性 | 首次结合单细胞RNA测序与AlphaFold 2结构预测技术,系统分析葡萄膜黑色素瘤中细胞因子信号传导相关基因的作用机制 | 样本量相对有限(8个原发肿瘤和3个转移瘤),需要更大规模验证 | 探索葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的复杂性并识别新的治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤患者组织样本 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, AlphaFold 2结构预测, 分子对接分析 | Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据, 结构预测数据 | 8个原发葡萄膜黑色素瘤眼组织 + 3个肝转移瘤 + TCGA-UVM和GSE84976队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4682 | 2025-10-06 |
DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing
2025-Aug, DNA repair
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857
PMID:40527059
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研究论文 | 基于单细胞和批量测序构建多发性骨髓瘤DNA损伤修复相关预后风险模型 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据筛选DDR基因,构建多发性骨髓瘤预后风险模型并验证其预测性能 | 未明确说明样本来源和队列规模,缺乏外部验证数据 | 研究DNA损伤修复基因在多发性骨髓瘤中的预后价值并构建风险预测模型 | 多发性骨髓瘤患者及其基因表达数据 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 差异表达分析 | 预后风险模型, 列线图 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4683 | 2025-10-06 |
Morphodynamics of human early brain organoid development
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09151-3
PMID:40533563
|
研究论文 | 本研究通过长期活体光片显微镜技术结合单细胞转录组分析,揭示人类早期脑类器官发育过程中的形态动力学特征 | 开发了双通道多蛋白标记策略与计算解复用方法,首次实现脑类器官发育过程中不同亚细胞特征的同步量化跟踪 | 研究基于无引导脑类器官模型,可能与实际体内大脑发育存在差异 | 探索人类大脑发育的形态动力学机制和自组织过程 | 人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官 | 发育生物学 | NA | 光片显微镜,单细胞RNA测序,荧光标记 | NA | 图像,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4684 | 2025-10-06 |
[Research advances in perineural invasion of pancreatic cancer]
2025-Aug-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
|
综述 | 系统回顾胰腺癌神经侵袭领域的最新研究进展 | 整合了单细胞空间转录组学手术导航策略和靶向神经丛切除联合分子靶向探针的精准技术 | 未涉及具体临床转化中跨学科技术整合的挑战解决方案 | 探索胰腺癌神经侵袭的多维机制及治疗策略 | 胰腺癌神经侵袭的病理特征和生物学过程 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4685 | 2025-10-06 |
Identifying Causal Brain Structures, Genes, and Proteins for Osteoarthritis: A Large-Scale Genetic Correlation Study Based on Brain Imaging-Derived Phenotypes, Transcriptomes, and Proteomes
2025-Jun-10, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
DOI:10.1093/gerona/glaf083
PMID:40247738
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研究论文 | 通过整合脑影像、转录组和蛋白质组数据,识别与骨关节炎风险相关的因果性脑结构、基因和蛋白质 | 首次大规模整合脑影像表型、转录组和蛋白质组数据,系统研究脑-关节轴在骨关节炎遗传机制中的作用 | 研究基于欧洲人群数据,结果在其他种族中的普适性需要验证 | 验证脑结构与骨关节炎风险的遗传相关性,识别关键因果基因和蛋白质 | 826,690名参与者的骨关节炎GWAS数据、5,138个脑转录组和152个人脑蛋白质组 | 生物信息学 | 骨关节炎 | LDSC, Mendelian randomization, TWAS, PWAS, 单细胞RNA-seq eQTL分析 | 遗传相关性分析模型 | 基因组、转录组、蛋白质组数据 | 826,690名参与者 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析, 转录组关联分析, 蛋白质组关联分析 | NA | NA |
| 4686 | 2025-10-06 |
Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome
2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025087
PMID:40443348
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征患者中巨核细胞的免疫特征 | 首次在PICS中鉴定出五个巨核细胞亚群并揭示其通过CCL5表达和细胞间相互作用调节免疫稳态的新机制 | 样本量较小(11例患者),需要更大规模研究验证 | 探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用和分子特征 | 巨核细胞 | 单细胞生物学 | 脓毒症相关免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 11例患者(6例PICS, 5例脓毒症)和5例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4687 | 2025-10-06 |
Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens
2025-Mar, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01622-z
PMID:40011560
|
研究论文 | 本研究利用单细胞扰动测序技术系统重建分子通路特征 | 开发了改进的计算框架Mixscale处理扰动效率的细胞变异,并优化了差异表达基因列表和保守分子特征的学习方法 | NA | 系统识别信号调节因子在不同生物环境中的靶标 | 六种细胞系和五种生物信号环境中的1500多个扰动 | 功能基因组学 | NA | Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序 | Mixscale计算框架 | 单细胞测序数据 | 超过1500个扰动,涉及六种细胞系 | NA | 单细胞测序, 扰动测序 | NA | NA |
| 4688 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix
2025, Neuroendocrinology
IF:3.2Q2
DOI:10.1159/000542833
PMID:39602898
|
研究论文 | 首次通过单细胞转录组测序揭示宫颈小细胞神经内分泌癌的分子特征和肿瘤微环境 | 首次对宫颈小细胞神经内分泌癌进行单细胞转录组测序,揭示其细胞分子图谱和肿瘤进展途径 | 仅分析单个患者肿瘤样本,样本量较小 | 研究宫颈小细胞神经内分泌癌的分子特征、起源和发病机制 | 宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤组织和健康宫颈组织 | 单细胞测序 | 宫颈小细胞神经内分泌癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例SCNECC患者肿瘤样本+1例公共数据库健康宫颈组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4689 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury
2025-Oct-01, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055
PMID:40789519
|
研究论文 | 本研究首次报道了脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变的机制 | 首次发现R-loop在脊髓损伤中的时空积累模式及其通过神经炎症驱动神经退行性变的作用 | 研究样本量有限,仅使用剪切挫伤模型,需要进一步验证其他损伤模型 | 探究R-loop在脊髓损伤进展中的潜在作用机制 | 小鼠脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织 | 空间转录组学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学,免疫荧光染色,单细胞分析,HE/LFB染色 | 细胞反卷积计算模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | 损伤腔区50-100mg新鲜脊髓组织,采集时间点为损伤后0,1,3,7,14天 | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
| 4690 | 2025-10-06 |
Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression
2025-Sep, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03497-8
PMID:40681801
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过调节Treg细胞分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制 | 首次发现TAM来源的EVs通过下调BPI蛋白表达诱导Treg分化,并证实其在胶质瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚不充分 | 阐明TAM来源的细胞外囊泡在胶质瘤进展中的作用机制 | 胶质瘤肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞和调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4691 | 2025-10-06 |
Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3
2025-Sep, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878
PMID:40714303
|
研究论文 | 研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿关节炎 | 首次发现天然小分子佛手柑素可通过直接结合STAT3抑制其磷酸化和激活,从而发挥抗类风湿关节炎作用 | 仅部分阐明了佛手柑素的抗炎机制,可能还存在其他作用途径 | 探索佛手柑素治疗类风湿关节炎的疗效和分子机制 | 胶原诱导性关节炎大鼠模型、滑膜组织中的成纤维样滑膜细胞和巨噬细胞 | 生物医学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胶原诱导性关节炎大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4692 | 2025-10-06 |
From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data
2025-Sep, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898
PMID:40754044
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综述 | 本文提出通过整合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新方法 | 首次将天然产物与人工智能和多组学技术相结合,系统阐述心脏肥大的精准医疗策略 | NA | 探索心脏肥大的精准药物治疗新策略 | 心脏肥大的分子机制和天然产物治疗 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞空间转录组学,多组学技术 | 机器学习算法 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 4693 | 2025-10-06 |
Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction
2025-Aug-29, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145
PMID:40735785
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研究论文 | 本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞通过形成免疫调节表型调控T细胞活化的新机制 | 首次发现心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型及其通过MHC-II和细胞因子调控T细胞活化的功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其机制 | 小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4694 | 2025-10-06 |
Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia
2025-Aug-29, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147
PMID:40735767
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研究论文 | 本研究探讨细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞的特性来增强后续心肌缺血损伤的炎症反应 | 首次发现细菌感染诱导心脏巨噬细胞形成两个具有不同功能特征的新亚群,并证明这些变化会加剧后续缺血损伤的炎症反应 | 研究主要基于动物模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究细菌感染对心脏先天免疫细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用机制 | 心脏髓系细胞、外周白细胞、造血干细胞和祖细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰 | 遗传命运图谱模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4695 | 2025-10-06 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
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研究论文 | 本研究开发了亚微米单细胞分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2,揭示了小鼠大脑细胞类型中新的空间异构体变异模式 | 开发了220nm点大小和500nm分辨率的Spl-ISO-Seq2技术及配套分析软件,首次在单细胞分辨率实现空间异构体测序 | 技术仍处于发展阶段,仅在小鼠脑组织中进行验证,尚未在其他组织或物种中广泛应用 | 研究大脑细胞类型中空间异构体的变异模式 | 成年小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间长读长测序,异构体测序 | NA | 空间转录组数据,异构体表达数据 | 成年小鼠大脑组织样本 | NA | 空间异构体测序 | Spl-ISO-Seq2 | 220nm点大小,500nm分辨率空间异构体测序平台 |
| 4696 | 2025-10-06 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 开发了一种基于图神经网络的新型细胞分割方法segger,用于成像空间转录组学数据 | 将细胞分割构建为转录本到细胞的链接预测任务,能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配 | NA | 解决成像空间转录组学中转录本准确分配到原始细胞的技术挑战 | 成像空间转录组学数据中的细胞和转录本 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学,单细胞RNA-seq | 图神经网络(GNN) | 空间转录组学图像数据 | 多个Xenium数据集基准测试 | 10x Genomics | 成像空间转录组学 | Xenium | 10x Genomics Xenium空间转录组学平台 |
| 4697 | 2025-10-06 |
Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target
2025-Sep, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00917-5
PMID:40681672
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研究论文 | 通过整合多组学分析研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并确定MMP1作为潜在治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序相结合,揭示MMP1在UC相关CRC中的保护作用及免疫调节机制 | 研究依赖于公共数据库数据,需要实验验证 | 研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子机制 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,分子对接 | 孟德尔随机化分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 基因表达数据,基因组数据 | 来自GEO、TCGA和GWAS数据库的数据 | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
| 4698 | 2025-10-06 |
Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039
PMID:40694474
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化如何支持上皮重编程 | 构建了迄今为止最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集,揭示了T细胞-髓系细胞-基质细胞-上皮细胞通讯网络在疾病中的作用机制 | 样本量相对有限(21例活动性乳糜泻和11例对照),且为观察性研究 | 探究乳糜泻发病机制中细胞间通讯和上皮重编程的分子基础 | 乳糜泻患者和健康对照的十二指肠组织样本 | 单细胞转录组学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 203,555个细胞,来自21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4699 | 2025-10-06 |
Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157
PMID:40828655
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对不同肠道共生菌的响应模式 | 首次在单细胞水平系统评估人类巨噬细胞对15种主要共生菌的异质性响应,发现特定菌种驱动不同免疫反应 | 研究基于体外单核细胞来源的巨噬细胞模型,可能与体内组织驻留巨噬细胞存在差异 | 探究肠道共生菌如何调控巨噬细胞的免疫反应特性 | 人类单核细胞来源的巨噬细胞和15种主要肠道共生菌 | 免疫学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 74,476个巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 多重单细胞RNA测序 |
| 4700 | 2025-10-06 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2025-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09002-1
PMID:40369080
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研究论文 | 本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力来精细调节大脑皮层发育和连接 | 首次证明人类特异性增强子HARE5通过放大经典WNT信号通路调控神经祖细胞行为,促进大脑皮层扩张 | 研究主要依赖基因编辑动物模型和类器官,与真实人类大脑发育存在差异 | 探索人类加速区域HARs在物种特异性大脑皮层发育中的功能作用 | 基因编辑小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮层类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因组编辑、活体成像、谱系分析 | NA | 基因表达数据、成像数据、电生理数据 | 多种基因编辑动物模型和细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |