单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-04-13	GPX4 expression changes in proximal tubule cells highlight the role of ferroptosis in IgAN 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87228-9 PMID:39890853	研究论文	本研究探讨了氧化应激在IgA肾病中的作用，特别是通过单细胞RNA测序和微阵列数据分析，揭示了近端小管细胞中铁死亡的调控机制及其与GPX4表达的关系	首次通过单细胞RNA测序和微阵列数据综合分析，揭示了IgA肾病中近端小管细胞铁死亡的调控机制及GPX4的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究氧化应激在IgA肾病中的作用及其机制	IgA肾病患者的近端小管细胞和肾组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微阵列分析, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 微阵列数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括IgA肾病患者的scRNA-seq数据和微阵列数据
442	2025-04-13	TRα1 mutant suppresses KLF9 to cause endometrial metaplasia with ectopic IL-33 expression leading to uterine fibrosis and infertility 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86848-5 PMID:39890871	研究论文	研究甲状腺激素受体突变如何通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和纤维化，进而引发不孕	揭示了KLF9在子宫内膜正常分化中的关键作用，以及突变TRα1通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和纤维化的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究甲状腺激素受体突变导致不孕的分子机制	携带突变TRα1的小鼠子宫内膜	生殖医学	不孕症	RNA-seq分析、激光捕获显微切割、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	突变TRα1小鼠的子宫内膜组织
443	2025-04-13	Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02501-5 PMID:39562752	research paper	该研究提出了一种名为Array-seq的方法，通过重新利用经典寡核苷酸微阵列进行空间转录组分析	利用经典DNA微阵列和下一代测序技术结合，创建了一个简单灵活的平台，用于从小到大的样本进行空间分子研究	NA	开发一种易于采用、低成本且可扩展的空间转录组分析工具	小鼠组织切片和人类器官	空间转录组学	NA	下一代测序	NA	空间转录组数据	小鼠组织切片和人类器官
444	2025-04-13	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025-Jan, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对健康和小鼠病肝中的巨噬细胞进行了表征	识别了坏死病变相关巨噬细胞，并揭示了它们在坏死病变清除中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肝脏中验证	研究肝脏巨噬细胞的异质性、空间分布及其与其他细胞的相互作用	健康和小鼠病肝中的巨噬细胞	免疫学	肝病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、基因表达数据	健康和小鼠病肝样本
445	2025-04-13	Dynamic regulation of Rgs16 and its correlation with Neuregulin1 expression in acute and chronic nerve injury 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1540453 PMID:40213396	研究论文	研究Rgs16在急性和慢性神经损伤中的动态调控及其与Neuregulin1表达的相关性	揭示了Rgs16在神经损伤后的动态表达模式及其与Neuregulin1的潜在反馈机制	需要进一步研究以明确Rgs16的具体功能	探究Rgs16在周围神经系统（PNS）损伤中的作用	小鼠和大鼠的坐骨神经和正中神经	神经科学	周围神经病变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和CMT1A转基因大鼠的坐骨神经
446	2025-04-13	Pan-cancer analysis reveals MTTP as a prognostic and immunotherapeutic biomarker in human tumors 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549965 PMID:40213543	research paper	该研究通过泛癌分析揭示了MTTP作为人类肿瘤预后和免疫治疗生物标志物的潜力	首次全面评估MTTP在多种癌症中的表达及其与免疫微环境和铁死亡的关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于胃癌细胞	探索MTTP在肿瘤中的预后价值和免疫治疗潜力	人类多种肿瘤类型和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	泛癌研究（重点胃癌）	生物信息学分析（TIMER 2.0、GEPIA等）、单细胞测序、体外和体内实验	NA	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的泛癌数据及胃癌细胞实验
447	2025-04-13	An anti-FAP-scFv-functionalized exosome-carrying hydrogel delivers SKI mRNA to fibrotic nucleus pulposus cells to alleviate intervertebral disc degeneration by regulating FOXO3 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107776 PMID:40213661	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用及机制，并开发了一种靶向递送SKI mRNA的Gel@EX系统以缓解椎间盘退变	开发了一种pH响应的外泌体/水凝胶系统Gel@EX，用于靶向递送SKI mRNA至表达FAP的纤维化髓核细胞，并通过调控FOXO3抑制TGF-β信号通路	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用机制，并开发新的治疗策略	纤维化髓核细胞（NPC）和椎间盘退变（IVDD）	生物医学工程	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、共免疫沉淀	大鼠模型	RNA测序数据、分子相互作用数据	未明确说明具体样本数量，但涉及大鼠模型和HEK-293T细胞
448	2025-04-13	Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109771 PMID:40213670	研究论文	研究探讨了微纤维相关蛋白2（MFAP-2）在肝纤维化中的作用及其机制	揭示了HSC来源的MFAP-2在肝纤维化中的保护作用及其通过调节ECM和炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MFAP-2在肝纤维化进程和消退中的作用	肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化小鼠模型	肝病研究	肝纤维化	组织芯片、小鼠模型、RNA测序（bulk和scRNA-seq）、蛋白质组学	小鼠肝纤维化模型（CCl4注射和胆管结扎）	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织芯片和小鼠模型
449	2025-04-13	A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99526 PMID:40213656	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了足底黑色素瘤中一个具有雪旺细胞样分化的亚群，该亚群与免疫抵抗和不良预后相关	首次揭示了足底黑色素瘤向雪旺细胞样分化的独特进化轨迹，并发现该过程受特定转录因子调控，导致免疫耐受和淋巴结转移倾向增加	样本量相对有限（20例足底黑色素瘤和6例正常样本），且机制研究有待进一步深入	探究足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群进化及其对免疫环境和预后的影响	足底黑色素瘤患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplex immunohistochemistry (mIHC), single-cell multiomics analysis	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, bulk RNA sequencing data	20例足底黑色素瘤样本和6例正常样本（单细胞分析），68例黑色素瘤患者（批量RNA测序分析）
450	2025-04-12	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	研究论文	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的验证	探究喉癌中T细胞相关分子的特征及其临床意义	喉癌组织及匹配的邻近正常组织	数字病理学	喉癌	10X单细胞RNA测序，RNA-seq	多种机器学习方法（未具体说明）	RNA测序数据	3例喉癌组织及匹配的正常组织
451	2025-04-12	Transcriptome analysis reveals the potential role of neural factor EN1 for long-terms survival in estrogen receptor-independent breast cancer 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200965 PMID:40207200	研究论文	通过转录组分析揭示神经因子EN1在雌激素受体阴性乳腺癌长期生存中的潜在作用	发现神经相关通路在TNBC患者10年无复发生存中的差异富集，并开发了早期复发指数（ERI）及预测模型	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证EN1的功能机制	探索雌激素受体阴性乳腺癌复发相关的生物标志物和生物学过程	155名TNBC患者的285个癌及癌旁样本，以及7,449名乳腺癌患者的11个独立公共队列数据和26个单细胞RNA-seq数据集	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	转录组数据	155名TNBC患者（285个样本）+ 7,449名乳腺癌患者（公共数据）
452	2025-04-12	Potential Crosstalk Between ANXA1+ Epithelial Cells and FABP4+ TAM Cells of Ferroptosis-Related Molecular Clusters Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-May, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23899 PMID:40040274	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关分子簇在非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次揭示了ANXA1+上皮细胞和FABP4+ TAM细胞亚群通过铁死亡相关分子簇促进NSCLC免疫抑制微环境的机制，并建立了基于这些分子簇的新型预后标志物和治疗靶点	研究样本量相对较小（n=18），且需要进一步实验验证ANXA1和FABP4作为生物标志物的临床适用性	探究铁死亡如何通过重塑肿瘤微环境影响非小细胞肺癌的进展	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤生物学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	单细胞转录组数据	85,562个细胞（来自18个样本）
453	2025-04-12	Interleukin-11 expressed in the polyp-enriched fibroblast subset is a potential therapeutic target in Peutz-Jeghers syndrome 2025-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6408 PMID:40070038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了Peutz-Jeghers综合征（PJS）息肉中富集的成纤维细胞亚群，并发现白细胞介素-11（IL-11）是其关键调控因子及潜在治疗靶点	首次鉴定出PJS息肉中富集的成纤维细胞亚群（pCTF），并揭示IL-11在成纤维细胞重编程中的核心作用，提出IL-11中和抗体作为新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究PJS息肉形成的细胞机制并寻找治疗靶点	Peutz-Jeghers综合征（PJS）患者和小鼠模型的胃肠道息肉	数字病理学	胃肠道息肉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Foxl1-Cre介导的Stk11条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	PJS小鼠模型息肉及患者息肉样本（具体数量未明确说明）
454	2025-04-12	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	研究论文	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探讨了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的克隆异质性	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗机制，并强调了核糖体基因和克隆前提在IFN-α治疗机制中的重要性	研究样本可能有限，且未涉及其他MPN亚型的比较	解析PV的克隆异质性及对IFN-α的治疗反应机制	PV患者来源的细胞和健康对照（HCs）	血液病学	真性红细胞增多症	scRNA-seq, 基因分型, 集落形成实验	NA	单细胞RNA测序数据, 基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
455	2025-04-12	Differential expression of endothelial derived galectins in response to shear stress 2025-Apr-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114521 PMID:40107440	研究论文	研究探讨了剪切应力对内皮细胞中半乳糖凝集素表达的调控作用及其在血管疾病中的潜在治疗意义	首次揭示了剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控机制，并发现不同剪切应力环境下半乳糖凝集素表达的变化	研究主要基于体外细胞实验和公开数据集，缺乏更多体内实验验证	探究剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控及其在血管疾病中的作用	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人动脉内皮细胞(HAEC)	血管生物学	心血管疾病	qPCR、免疫荧光成像、ELISA、scRNAseq	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	公开数据集及培养的内皮细胞样本
456	2025-04-12	Astrocytic Ryk signaling coordinates scarring and wound healing after spinal cord injury 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417400122 PMID:40208942	research paper	该研究揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞中Ryk信号在伤口愈合和疤痕形成中的协调作用	首次发现Ryk受体在星形胶质细胞损伤反应中的关键作用，并揭示其通过NrCAM介导的细胞形态变化机制	研究主要基于啮齿动物模型，人类样本验证有限	探究脊髓损伤后伤口愈合的细胞协调机制	脊髓损伤后的星形胶质细胞及其他相关细胞类型	神经生物学	脊髓损伤	单细胞转录组分析、条件性基因敲除	基因敲除动物模型	基因表达数据、形态学数据	啮齿动物和人类脊髓样本
457	2025-04-12	GOLM1 Promotes Atherogenesis by Activating Macrophage EGFR-ERK Signaling Cascade 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325880 PMID:40026146	研究论文	本研究探讨了GOLM1在动脉粥样硬化中的作用及其机制	揭示了GOLM1通过激活巨噬细胞EGFR-ERK信号通路促进动脉粥样硬化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究GOLM1在动脉粥样硬化中的功能及治疗潜力	动脉粥样硬化患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫染色、ELISA、单细胞测序分析、全局磷酸化蛋白质组学分析	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类动脉粥样硬化病变基因表达数据集和小鼠模型
458	2025-04-12	March2 Alleviates Aortic Aneurysm/Dissection by Regulating PKM2 Polymerization 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325049 PMID:40079144	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶March2通过调节PKM2聚合来缓解主动脉瘤/夹层(AAD)的机制	首次发现March2通过促进PKM2的K33连接多聚泛素化来抑制血管平滑肌细胞凋亡，从而缓解AAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究March2在主动脉瘤/夹层(AAD)中的保护作用机制	人类AAD组织样本和基因工程小鼠模型	心血管疾病	主动脉瘤/夹层	单细胞RNA测序、CUT&Tag、qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAD组织样本和多种基因工程小鼠
459	2025-04-12	Micro-region transcriptomics profiling of cerebral organoids using a capillary-based microdissection system 2025-Apr-11, Analytical methods : advancing methods and applications IF:2.7Q1 DOI:10.1039/d5ay00277j PMID:40211824	研究论文	本研究建立了一种基于毛细管的组织微切割系统（CMS），用于高效获取培养的大脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序（CMS-seq），以探索空间转录组学	开发了一种新型的毛细管微切割系统（CMS），能够高效、精确地分离大脑类器官中的微区域（mROIs），并结合mRNA测序技术（CMS-seq）进行空间转录组分析	研究仅针对培养的大脑类器官，未涉及真实脑组织，且样本时间点有限（仅第20天和第60天）	探索大脑类器官中细胞类型的空间分布及其发育轨迹	培养的大脑类器官中的微区域（mROIs）	空间转录组学	NA	毛细管微切割系统（CMS）、mRNA测序（CMS-seq）、基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	mRNA测序数据	大脑类器官在第20天和第60天的样本
460	2025-04-12	Enhancing genetic transformation efficiency in cucurbit crops through AtGRF5 overexpression: Mechanistic insights and applications 2025-Apr-11, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13912 PMID:40213927	研究论文	本研究通过过表达AtGRF5基因，显著提高了葫芦科作物的遗传转化效率，并揭示了其促进愈伤组织增殖和再生的分子机制	发现AtGRF5过表达能通过调控生长素相关基因和扩大干细胞群来提高转化效率，并开发了ABA诱导的AtGRF5表达系统以减少多效性影响	AtGRF5过表达可能导致生长缺陷，需要通过诱导系统来克服	提高葫芦科作物的遗传转化和基因编辑效率	葫芦科作物（黄瓜等）	植物基因工程	NA	DNSO方法、高分辨率时间序列转录组学、单细胞RNA测序、DAP-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量