单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4401	2025-05-21	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-01-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	research paper	该研究首次将THEMIS2鉴定为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调控因子	首次发现THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并证实其与患者预后不良和免疫细胞浸润增加相关	未提及研究样本量大小，且需要进一步实验验证THEMIS2作为治疗靶点的可行性	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4402	2025-05-21	Skeletal stem/progenitor cell-derived rather than osteoblast-derived IGF2 supports the development and homeostasis of skeletal system via STAT3 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112605 PMID:40384861	research paper	该研究揭示了骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）而非成骨细胞来源的IGF2通过STAT3信号支持骨骼系统的发育和稳态	首次明确了SSPCs来源的IGF2在骨骼发育中的作用机制，并发现STAT3的药理激活可逆转骨骼畸形	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究IGF2基因在骨骼发育和稳态中的作用机制	小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	分子生物学	骨骼畸形（Silver-Russell Syndrome）	scRNA-seq, RNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	多种基因敲除小鼠模型及其BMSCs
4403	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity 2025, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/ZEOR5569 PMID:40385068	研究论文	通过单细胞RNA测序研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态，揭示神经可塑性的分子基础	揭示了SST+和PVALB+神经元的不同谱系及与神经可塑性和轴突生长相关的关键基因	研究仅关注了视觉皮层中的抑制性神经元，可能无法全面反映整个新皮质的基因表达动态	研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态及其分子机制	成年食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA velocity、scVelo算法	NA	单细胞转录组数据	食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元
4404	2025-05-21	Intra-tumoural RAMP1+ B cells promote resistance to neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf012 PMID:40385640	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌(ESCC)中B细胞亚群及其上游信号在免疫治疗抵抗中的作用	发现了一种新型的RAMP1阳性B细胞亚群，该细胞群在免疫治疗抵抗的ESCC中积累，并通过CGRP-RAMP轴介导免疫抑制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究ESCC对免疫治疗产生抵抗的机制	食管鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具有不同免疫治疗反应的ESCC标本
4405	2025-05-21	Targeting Tumor Differentiation Grade-related Genes Prognostic Signature Including COL5A1 Based on Single-cell RNA-seq in Gastric Cancer 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107509 PMID:40386054	research paper	该研究基于单细胞RNA测序技术，在胃癌中鉴定了一个新的肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并提供了新的生物标志物	首次在胃癌中基于单细胞RNA测序数据构建肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并发现COL5A1作为潜在生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅基于GEO数据库的公开数据	探索胃癌中肿瘤分化等级相关基因的预后价值并建立预后标志物	胃癌组织和相关基因	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, WGCNA, H&E染色	Cox回归模型	RNA-seq数据	NA
4406	2025-05-21	IL7-IL7R Interaction Mediates Fibroblast-Driven Macrophage-to-Osteoclast Differentiation in Periodontitis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S524284 PMID:40386183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了IL7R+巨噬细胞在牙周炎中作为破骨细胞前体的作用及其调控机制	首次发现IL7R+巨噬细胞亚群具有显著的破骨细胞分化潜能，并阐明IL7/IL7R信号轴在其中的关键作用	NA	鉴定牙周炎中具有破骨细胞生成潜能的巨噬细胞亚群及其调控机制	人类和小鼠牙周炎样本中的巨噬细胞和单核细胞	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、TRAP染色、micro-CT、qPCR、流式细胞术、免疫荧光染色	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
4407	2025-05-21	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5530325 PMID:40386292	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关的预后风险模型及卵巢癌肿瘤免疫微环境调控	首次构建基于12个嘌呤代谢相关基因的预后模型，并发现NME6+上皮细胞高表达组与更好的预后相关	研究依赖于公共数据集，缺乏独立队列验证	探索嘌呤代谢在卵巢癌预后及免疫微环境调控中的作用	卵巢癌患者样本及细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序，空间转录组学，RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	来自不同公共数据集的样本，具体数量未明确说明
4408	2025-05-20	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Jul-15, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究环境污染物对斑马鱼的代谢异质性影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果可能无法完全反映对人类的影响	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组数据和转录组数据	NA
4409	2025-05-20	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	研究论文	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织中细胞类型的准确注释	利用自监督预训练策略减少标注成本，并采用Transformer架构提高模型效率和可迁移性	需要在小规模标注数据集上进行微调，且在处理细胞类型不平衡问题时采用了随机过采样技术	开发一种高效且准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	约100,000个细胞
4410	2025-05-20	HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin 2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001085 PMID:39250463	研究论文	研究发现HKDC1在缺氧条件下通过稳定β-catenin促进肝癌干细胞特性	首次揭示HKDC1在肝癌转移中的特异性作用及其通过稳定β-catenin增强肝癌细胞干性的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探究HKDC1在肝癌转移中的作用及其分子机制	肝癌细胞、肝癌小鼠模型和患者肿瘤样本	癌症研究	肝癌	RNA原位杂交、单细胞RNA-seq分析、代谢组学分析	小鼠肝癌模型	RNA-seq数据、代谢组学数据	2种肝癌小鼠模型及HCC和胆管癌患者肿瘤样本
4411	2025-05-20	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	research paper	该研究探讨了垂直袖状胃切除术（VSG）通过TREM2巨噬细胞改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	揭示了VSG通过TREM2巨噬细胞介导的免疫调节机制改善MASH，而非仅依赖体重减轻	研究基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	小鼠模型中的TREM2巨噬细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
4412	2025-05-20	Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development 2025-Jun, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155981 PMID:40300524	研究论文	通过免疫基因组学分析揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节作用	揭示了CD33+髓系细胞通过补体级联成分和趋化因子信号通路在黑色素瘤发病机制中的关键作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探讨免疫细胞亚群与癌症发展之间的因果关系	黑色素瘤样本中的髓系细胞亚群	肿瘤免疫学	黑色素瘤	Mendelian Randomization分析、单细胞RNA测序、计算反卷积分析	NA	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	612种免疫细胞特征和91种癌症类型的基因组关联研究数据，以及黑色素瘤样本的单细胞RNA测序数据
4413	2025-05-20	Single-cell transcriptomics reveal the effects of chemoimmunotherapy on hypopharyngeal cancer and its tumor microenvironment 2025-Jun, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107347 PMID:40319711	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了化学免疫疗法对下咽癌及其肿瘤微环境的影响	揭示了肿瘤微环境异质性与治疗反应的关系，并发现S100A2基因在肿瘤细胞中的高表达与化学免疫疗法效果相关	研究样本量有限，且需要进一步验证S100A2基因的功能机制	探索化学免疫疗法对下咽癌的治疗效果及其分子机制	下咽癌患者的活检样本	数字病理学	下咽癌	单细胞转录组学, bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量的下咽癌患者活检样本
4414	2025-05-20	Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501310R PMID:40386974	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析，探讨了anoikis相关基因（ARGs）在肝细胞癌（HCC）中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型（ARGRS），并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性，同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和NQO1+巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	NA
4415	2025-05-20	Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights 2025-May-19, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	强调了TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成和维持中的关键作用，以及单细胞RNA测序技术在揭示肉芽肿细胞异质性和分子途径中的应用	肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿及其相关疾病（如结节病、环状肉芽肿、结核和麻风病）	分子生物学与免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	分子与细胞数据	NA
4416	2025-05-20	Scar-associated macrophages and biliary epithelial cells interaction exacerbates hepatic fibrosis in biliary atresia 2025-May-18, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-04100-2 PMID:40383871	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间定位数据，揭示了胆道闭锁(BA)肝脏中疤痕相关巨噬细胞(SAMs)和胆道上皮细胞(BECs)的相互作用如何加剧肝纤维化	首次发现SAMs通过调节BECs的上皮-间质转化(EMT)促进肝纤维化进展，并识别出BA诊断的生物标志物	样本量较小(仅8例组织样本)，且缺乏长期随访数据验证治疗效果	探究BA肝脏微环境变化及其在肝纤维化中的作用机制	胆道闭锁患者的肝脏组织	单细胞转录组学	胆道闭锁	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	8例肝脏组织(2例正常组织，2例胆总管囊肿组织，4例BA组织)
4417	2025-05-20	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-May-17, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与HPV整合的关系	开发了一种从scRNA-seq数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV重复整合基因	NA	探讨宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	涉及正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织样本
4418	2025-05-20	DNA hypermethylation of PLTP mediated by DNMT3B aggravates vascular dysfunction in diabetic retinopathy via the AKT/GSK3β signaling pathway 2025-May-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01874-4 PMID:40380281	研究论文	本研究探讨了磷脂转移蛋白(PLTP)在糖尿病视网膜病变(DR)中血管功能障碍的作用及其DNA甲基化调控机制	首次揭示了DNMT3B介导的PLTP DNA高甲基化通过AKT/GSK3β信号通路加重DR血管功能障碍的分子机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床样本中验证	阐明PLTP在DR血管功能障碍中的作用及DNA甲基化调控机制	人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs)和链脲佐菌素处理的小鼠	分子生物学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、转录组测序、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、甲基化数据	细胞模型和小鼠模型
4419	2025-05-20	Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02431-4 PMID:40377747	research paper	本研究通过整合多组学数据，从单细胞测序的角度探讨了聚集自噬相关基因（ARGs）在胶质母细胞瘤（GB）肿瘤微环境（TME）和肿瘤发生中的关键作用	首次利用单细胞测序技术分析ARGs对GB的TME和肿瘤发生的影响，并通过分子对接分析确定了TUBA1C和UBB作为潜在的治疗靶点	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	探索ARGs在GB的TME和肿瘤发生中的作用，并验证其预后意义及免疫治疗预测潜力	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境（TME）	digital pathology	glioblastoma	single-cell sequencing, non-negative matrix factorization, molecular docking	NA	single-cell sequencing data	NA
4420	2025-05-20	Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02568-2 PMID:40377809	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了LRP2基因在结肠癌中的表达及其预后价值	首次将LRP2基因作为线粒体代谢相关基因与结肠癌预后联系起来，并通过多组学数据验证其临床意义	研究样本量有限，且主要依赖公共数据库数据，需要更多独立队列验证	探索LRP2基因在结肠癌中的表达特征及其临床预后价值	结肠腺癌(COAD)患者和结肠癌细胞系	癌症基因组学	结肠癌	单细胞测序、转录组学分析、免疫组化(IHC)、CCK-8检测、流式细胞术	Cox回归分析、基因集富集分析(GSEA)	基因组数据、转录组数据、临床病理数据、细胞实验数据	TCGA数据库中的结肠癌样本、GEO数据库中的验证数据集、HCT116和SW480细胞系