单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-04-13	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	研究论文	利用单细胞测序技术研究CAR信号传导，揭示影响体内持久性的驱动因素	首次系统性地研究了不同细胞内信号域（ICD）结构如何通过单细胞测序技术影响T细胞功能，并发现了一种与特定ICD结构相关的独特持续信号特征	发现的持续信号特征在实体瘤中无效，研究结果可能不适用于所有类型的肿瘤	解码CAR信号传导的设计原则，为优化下一代ICD结构提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	单细胞测序	肿瘤（液体肿瘤）	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
422	2025-04-13	Putative function and prognostic molecular marker of mast cells in colorectal cancer 2025-Apr-08, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02117-4 PMID:40205370	研究论文	本研究探讨了肥大细胞在结直肠癌(CRC)中的功能及其作为预后分子标志物的潜力	首次系统分析了肥大细胞在CRC发展中的作用及其与恶性细胞的分子通讯，并构建了基于肥大细胞标志物的预后分类模型	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证	解析肥大细胞在CRC中的功能并开发预后标志物	结直肠癌组织和细胞系	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序、qRT-PCR、细胞共培养实验	LASSO回归模型、Cox回归模型	单细胞RNA测序数据、基因表达数据	GSE146771数据集中的10,186个高质量细胞，TCGA-COAD队列数据
423	2025-04-13	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Apr-07, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	研究论文	本研究揭示了放疗通过诱导铜依赖性细胞死亡（铜死亡）来克服肿瘤放射抗性的机制	首次发现放疗诱导铜死亡，并揭示了铜死亡诱导剂与放疗协同作用克服肿瘤放射抗性的新策略	研究主要基于食管癌模型，其他癌症类型的适用性尚需验证	探索放疗诱导铜死亡的机制及克服肿瘤放射抗性的新方法	癌症细胞、患者肿瘤组织、细胞系和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	包括患者肿瘤组织、细胞系和异种移植模型，具体数量未明确说明
424	2025-04-13	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Apr-07, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	research paper	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究不同癌症谱系和亚群中细胞状态和组成的特征及重塑	揭示了脑转移恶性细胞的染色体不稳定性增加、增殖和血管生成特征显著以及神经样脑转移相关元程序的采用等重复性和富集特征	样本量虽然较以往研究有所增加，但仍可能限制某些罕见亚群的发现	探究脑转移生物学特征及其与癌症类型的关系，寻找潜在的共享依赖性	脑转移样本和原发肿瘤样本	digital pathology	brain metastases	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
425	2025-04-13	ZEB2 is a master switch controlling the tumor-associated macrophage program 2025-Apr-03, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.021 PMID:40215981	研究论文	该研究通过整合人类肿瘤单细胞RNA测序数据和CRISPR筛选，构建了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的调控网络，并识别出ZEB2作为TAM程序的主调控因子	使用深度生成模型构建基因扰动网络，首次确定ZEB2是调控TAM程序的主开关，具有治疗潜力	研究主要基于人类肿瘤样本和体外实验，需要进一步体内验证	探索肿瘤相关巨噬细胞的调控机制并寻找潜在治疗靶点	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR筛选	深度生成模型	RNA测序数据	人类肿瘤样本(具体数量未明确说明)
426	2025-04-13	Transcriptional profile and quantitative proteomics revealed NGF-p75NTR-associated synaptic plasticity and heterogeneity for diabetic encephalopathy and the potential role of CoQ10 for diabetic induced cognitive deficits in mice 2025-Apr-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167823 PMID:40185338	研究论文	本研究通过转录组学和定量蛋白质组学揭示了NGF-p75NTR相关的突触可塑性和糖尿病脑病的异质性，并探讨了CoQ10在糖尿病诱导的认知缺陷中的潜在作用	首次研究了DICD相关及CoQ10处理后的蛋白质组变化及其与对照组之间的异质性变化，揭示了NGF-p75NTR信号通路在突触可塑性调控中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探索CoQ10在糖尿病诱导的认知缺陷中的细胞和分子特征及其潜在作用	糖尿病脑病小鼠模型	神经科学	糖尿病脑病	TMT定量蛋白质组学、scRNA测序、Western blotting	小鼠模型	蛋白质组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及DICD组、CoQ10处理DICD组和对照组小鼠
427	2025-04-13	Methionine-driven YTHDF1 expression facilitates bladder cancer progression by attenuating RIG-I-modulated immune responses and enhancing the eIF5B-PD-L1 axis 2025-Apr, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01434-y PMID:39672819	研究论文	本研究探讨了甲硫氨酸通过调节YTHDF1表达和eIF5B-PD-L1轴抑制膀胱癌免疫治疗的机制，并提出了一种靶向甲硫氨酸耗竭的治疗策略	揭示了甲硫氨酸通过YTHDF1介导的RIG-I降解和eIF5B-PD-L1轴促进免疫逃逸的双重机制，并开发了局部甲硫氨酸耗竭的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探究氨基酸代谢对膀胱癌免疫治疗的影响及其分子机制	膀胱癌细胞和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	膀胱癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、多重免疫荧光检测	MB49小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、质谱数据、免疫荧光图像	小鼠模型和膀胱癌免疫治疗患者样本
428	2025-04-13	Age-Dependent Bi-Phasic Dynamics of Ly49+CD8+ Regulatory T Cell Population 2025-Apr, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14461 PMID:39696807	research paper	该研究首次揭示了Ly49+CD8+调节性T细胞群体在衰老过程中的双相动态变化	首次在衰老背景下研究了非冗余的Foxp3-CD8调节性T细胞，并建立了CD8 Tregs与虚拟记忆T细胞的表型区分	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自PBMC的单细胞RNA-seq分析	探究CD8调节性T细胞在衰老过程中的动态变化及其免疫调节作用	小鼠和人类外周血单个核细胞(PBMC)中的CD8调节性T细胞	免疫学	衰老相关免疫疾病	流式细胞术、转录组分析、scRNA-seq	NA	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠生命周期样本和人类PBMC scRNA-seq数据集
429	2025-04-13	Nuclear respiratory factor-1 (NRF1) induction as a powerful strategy to deter mitochondrial dysfunction and senescence in mesenchymal stem cells 2025-Apr, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14446 PMID:39720856	研究论文	本研究探讨了核呼吸因子-1（NRF1）过表达对间充质干细胞（MSCs）线粒体功能障碍和衰老的抑制作用	首次提出NRF1过表达可通过增强线粒体功能来延缓MSCs衰老，为基于MSCs的再生疗法提供了新策略	研究主要基于体外实验，尚未在动物模型或临床环境中验证其效果	探索NRF1过表达对MSCs衰老的抑制作用及其潜在机制	间充质干细胞（MSCs）	细胞生物学	衰老相关疾病	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
430	2025-04-13	Therapeutic Black Phosphorus Nanosheets Elicit Neutrophil Response for Enhanced Tumor Suppression 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414779 PMID:39840467	research paper	研究探讨了聚乙二醇功能化的黑磷纳米片（BP-PEG）在乳腺癌模型中的免疫调节作用及其抗肿瘤效果	发现BP-PEG通过重塑肿瘤免疫微环境，特别是通过招募和激活中性粒细胞来抑制肿瘤生长和转移，这一机制此前未被充分探索	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索黑磷纳米片在癌症治疗中的免疫调节作用及其潜在应用	乳腺癌模型（4T1原位BALB/c小鼠和MMTV-PyMT转基因小鼠）	癌症免疫治疗	乳腺癌	质谱流式细胞分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据、细胞数据	免疫活性小鼠模型（具体数量未明确说明）
431	2025-04-13	Human Pituitary Organoids: Transcriptional Landscape Deciphered by scRNA-Seq and Stereo-Seq, with Insights into SOX3's Role in Pituitary Development 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414230 PMID:39951008	研究论文	本研究通过优化培养条件和应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探讨了SOX3基因在垂体发育中的作用	首次在垂体类器官中应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了其转录组景观和空间信息，并发现SOX3基因干扰会影响iPSCs向垂体类器官的分化	该技术仍处于起步阶段，对于垂体类器官的细胞组成和相互作用的理解仍有不确定性	研究人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探索SOX3基因在垂体发育中的作用	人类垂体类器官	数字病理学	垂体疾病	scRNA-seq, Stereo-seq	3D类器官模型	转录组数据	NA
432	2025-04-13	Elucidating the Role of Trem2 in Lipid Metabolism and Neuroinflammation 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70338 PMID:40205810	研究论文	本研究探讨了Trem2在阿尔茨海默病（AD）中脂质代谢和神经炎症中的作用	揭示了Trem2通过调节星形胶质细胞的脂质代谢影响神经炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	阐明Trem2在AD中脂质代谢和神经炎症调节中的作用	AD小鼠模型和星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、高通量代谢组学	AD小鼠模型	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量
433	2025-04-13	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	研究论文	开发了一种名为RAEFISH的新型空间转录组学技术，实现了全基因组覆盖和单分子空间分辨率	RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术的局限性	技术尚未在更广泛的生物医学应用中验证，可能面临复杂组织样本的挑战	开发一种能够实现高覆盖度、高分辨率空间转录组分析的新技术	人类和小鼠的转录组，包括蛋白质编码转录本和长链非编码RNA	数字病理	NA	RAEFISH（反向锁式扩增子编码FISH）	NA	图像	培养的单个细胞和组织切片
434	2025-04-13	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过量化小鼠和人类肺部纤维化过程中的基质变化，结合多组学数据，揭示了促纤维化和抗纤维化特征的功能价值	首次绘制了纤维化与消退过程中基质变化的时空轨迹，并鉴定了促消退成纤维细胞的功能及其在人类肺纤维化中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需进一步扩大	揭示肺纤维化过程中促纤维化与抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺部组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序、空间转录组分析	NA	组织图像、转录组数据	NA
435	2025-04-13	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-Mar-19, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨铁死亡在缺血性脑卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	首次结合单细胞测序和机器学习算法识别与缺血性脑卒中相关的关键铁死亡基因，并验证其诊断价值	研究样本量有限，仅基于公开数据集GSE247474进行分析	探索铁死亡在缺血性脑卒中中的分子机制，寻找早期诊断的生物标志物	缺血性脑卒中患者的星形胶质细胞和T细胞亚群	生物信息学	缺血性脑卒中	单细胞转录组测序，机器学习算法（Lasso回归和支持向量机）	Lasso回归，支持向量机	转录组数据	公开数据集GSE247474
436	2025-04-13	scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.613754 PMID:39345504	research paper	介绍了一种名为scooby的新框架，用于在单细胞分辨率下从DNA序列建模多模态基因组图谱	首个在单细胞分辨率下建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入图谱的框架，利用预训练的多组学图谱预测模型Borzoi作为基础模型，并配备了细胞特异性解码器	未明确提及具体限制，但可能面临单细胞数据稀疏性和复杂性的挑战	理解调控DNA元件如何影响单细胞中的基因表达，构建统一的基因调控模型	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	genomics	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, in silico motif deletion	Borzoi (预训练多组学图谱预测模型), scooby (基于Borzoi的扩展模型)	基因组序列, 单细胞多模态组学数据	应用于造血系统数据集，具体样本数量未明确说明
437	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing of bone marrow reveals the immune response mechanisms of lymphocytes under avian leukosis virus subgroup J infection 2025-Mar-08, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104995 PMID:40121758	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析禽白血病病毒J亚型感染下鸡骨髓淋巴细胞的免疫反应机制	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定ALV-J感染下骨髓淋巴细胞的18个不同细胞簇，并揭示关键免疫反应基因和信号通路	未明确ALV-J病毒基因仅在部分细胞中表达的具体机制	探究ALV-J感染下骨髓淋巴细胞的免疫反应机制	鸡骨髓淋巴细胞	生物信息学	禽白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Ingenuity Pathway Analysis(IPA)	NA	RNA测序数据	未明确样本数量(鸡骨髓淋巴细胞)
438	2025-04-13	Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011631 PMID:40096060	研究论文	本研究通过基因组多性状遗传协方差分析，探讨早发性阿尔茨海默病（EOAD）与脂质通路的共享遗传性	首次使用SUPERGNOVA方法进行局部遗传协方差分析，识别出EOAD与脂质性状之间的共享遗传架构和机制通路	样本量虽大但EOAD病例相对较少，可能影响统计功效	揭示EOAD与脂质代谢的遗传关联	早发性阿尔茨海默病患者（n=19,668）和血脂性状人群（n=1,320,016）	遗传学	阿尔茨海默病	GWAS meta分析、SUPERGNOVA协方差分析、eQTL共定位分析、单细胞RNA测序	SUPERGNOVA	基因组数据	EOAD样本19,668例，血脂样本1,320,016例
439	2025-04-13	Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection 2025-Feb-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01507-24 PMID:39727412	研究论文	研究发现MUC2和MHC II分子的缺失导致小鼠对轮状病毒感染的罕见抗性	揭示了分泌细胞产物与MHC II表达之间先前未被认识的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究分泌细胞在轮状病毒感染中的作用	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠	病理学	肠道感染	单细胞RNA测序	Atoh1敲除小鼠模型	基因表达数据	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠
440	2025-04-13	Identification of therapeutic targets for Alzheimer's Disease Treatment using bioinformatics and machine learning 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88134-w PMID:39890844	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点	整合多种生物信息学方法和机器学习算法，识别出与阿尔茨海默病相关的五个核心基因，并筛选出潜在治疗药物	未提及实验验证结果或临床前研究数据	发现阿尔茨海默病的治疗靶点并构建诊断模型	阿尔茨海默病相关基因和潜在治疗药物	生物信息学	阿尔茨海默病	差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析、Mfuzz聚类、单细胞RNA测序	LASSO回归、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	未明确说明样本数量