单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202501-202512] [清除筛选条件]
当前共找到 10570 篇文献,本页显示第 421 - 440 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
421 2026-09-16
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2025-12-31, Biostatistics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为scGBM的新方法,使用泊松双线性模型对单细胞RNA测序数据进行基于模型的降维,并量化了低维表示中的不确定性 开发了scGBM方法,使用泊松双线性模型直接对计数数据进行降维建模,引入快速迭代重加权奇异值分解算法使方法可扩展到百万级细胞数据集,并量化每个细胞潜在位置的不确定性以评估细胞聚类的置信度 摘要中未明确提及研究局限性 解决单细胞RNA测序数据降维中现有方法诱导虚假异质性、掩盖真实生物学变异、计算不可扩展以及不量化低维表示不确定性等问题 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 泊松双线性模型 计数矩阵 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
422 2026-09-16
Integrating epidemiological and bioinformatics analyses identified the effects of organophosphate pesticides accelerating biological aging
2025-Dec-22, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究整合了NHANES流行病学数据、孟德尔随机化、单细胞测序、网络毒理学和体外实验,揭示了有机磷农药暴露通过炎症介导途径和磷酸化诱导的细胞凋亡加速生物衰老 首次将流行病学与生物信息学分析相结合,系统阐明了有机磷农药暴露与生物衰老加速之间的关联及其潜在机制,并利用孟德尔随机化验证了因果关系,通过单细胞测序和体外实验揭示了EGFR和STAT3的关键作用 研究为横断面设计,无法完全排除因果倒置的可能性;生物衰老的评估主要依赖表观遗传时钟等替代指标;体外实验模型可能与体内环境存在差异 探究有机磷农药暴露与生物衰老加速之间的关联及其潜在的分子机制 NHANES数据库参与者(发现队列9795人,验证队列2494人)、单细胞测序数据、体外细胞实验模型 机器学习 老年性疾病 孟德尔随机化、单细胞测序、qPCR、蛋白质印迹、RNA干扰、流式细胞术、网络毒理学、TWAS 多元线性回归模型、限制性立方样条、孟德尔随机化模型 文本、图像、基因表达数据 发现队列9795名参与者,验证队列2494名参与者,以及单细胞测序和体外实验样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
423 2026-09-16
A transition zone enriched WIF1 ⁺ basal cell subtype is associated with benign prostatic hyperplasia
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对前列腺切除标本良性区域进行单细胞RNA测序,发现了一种在移行区富集的WIF1⁺基底细胞亚型,该亚型与良性前列腺增生密切相关 首次鉴定并报道了一种WIF1⁺基底细胞亚型,该亚型特异性地富集于前列腺移行区,并在良性前列腺增生中显著增加,揭示了该细胞亚型在BPH发病机制中的潜在作用 摘要中未明确提及研究的具体局限性,但样本来源仅限于前列腺切除标本的良性区域,可能无法完全代表所有BPH患者的细胞组成特征 阐明人类前列腺不同分区的细胞组成和疾病易感性,特别是探索移行区特异性细胞亚型与良性前列腺增生发病机制之间的关系 人类前列腺切除标本中的良性区域组织,包括前列腺移行区及其他分区的细胞 单细胞组学 良性前列腺增生 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
424 2026-09-16
Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials
2025-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
综述 本文综述了数字病理学与空间组学在脂肪性肝炎中的临床应用和发现潜力,重点讨论了利用人工智能增强的线性和非线性显微镜提高组织学判读准确性,以及空间转录组学和蛋白质组学技术的优势与局限 系统性地提出了将机器学习增强的数字病理学与空间生物学进行多模态整合的框架,以解析脂肪性肝炎的组织异质性和分子-形态学关系 当前知识存在空白,这些工具和技术存在局限性,需要进一步研究验证 探讨数字病理学和空间组学在脂肪性肝炎临床诊断和发现研究中的应用价值 脂肪性肝炎患者(包括代谢功能障碍相关脂肪性肝病、酒精相关性肝病及代谢功能障碍相关脂肪性肝病伴酒精摄入增加)的肝脏组织切片和全切片图像 数字病理学 脂肪性肝炎 数字病理学、空间转录组学、空间蛋白质组学 机器学习算法、人工智能算法 图像、分子表达数据 NA NA 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA NA
425 2026-09-16
LECT2 promotes liver regeneration across developmental stages by activating the ADAM10-NOTCH signaling pathway
2025-12-01, Hepatology communications IF:5.6Q1
研究论文 该研究通过对不同发育阶段小鼠部分肝切除模型进行RNA测序和单细胞RNA测序,发现LECT2通过激活ADAM10-NOTCH信号通路促进肝脏再生。 首次发现LECT2在不同发育阶段均能促进肝脏再生,并阐明其通过ADAM10-NOTCH信号通路发挥作用的新机制。 研究主要基于小鼠模型,在人类中的普适性仍需进一步验证;ADAM10抑制条件下LECT2过表达未显示再生差异的具体机制未深入探讨。 开发性保守地寻找肝脏促再生调节因子,并阐明其在不同发育阶段肝脏再生中的机制作用。 不同发育阶段的野生型小鼠(1月龄、4月龄、12月龄、20月龄)以及接受肝切除术的患者 机器学习 肝脏疾病 RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫共沉淀、实时定量PCR NA 文本、图像 4个年龄组的野生型小鼠及接受肝切除术的患者,具体数量未明确 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
426 2026-09-16
Intermediate filaments promote glioblastoma cell invasion by controlling nuclear deformations and mechanosensitive expression of MMP14
2025-11-25, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 该研究揭示中间丝通过缓冲细胞核形变并调控MMP14的机械敏感表达,从而促进胶质母细胞瘤细胞侵袭 首次阐明中间丝在胶质母细胞瘤中通过缓冲细胞核形变、介导机械敏感性的基质降解来促进侵袭者细胞侵袭的机制,并发现中间丝表达可作为侵袭性胶质母细胞瘤细胞的分子标志物 摘要中未明确说明研究的局限性 探究中间丝在胶质母细胞瘤细胞侵袭中的作用及其分子机制 胶质母细胞瘤(GBM)细胞及患者样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA NA NA NA
427 2026-09-16
Clonal expansion of alveolar fibroblast progeny drives pulmonary fibrosis in mouse models
2025-11-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究通过EdU标记、遗传谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示了肺泡成纤维细胞后代的克隆扩增是驱动肺纤维化的关键机制 首次系统性地证明了成纤维细胞增殖在肺纤维化中的功能重要性,发现成纤维细胞可先分化为纤维化成纤维细胞再进行增殖,并证明靶向抑制成纤维细胞增殖可显著减轻肺纤维化并恢复肺功能 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自精密肺切片体外实验,样本量有限,尚未在临床试验中验证靶向成纤维细胞增殖的治疗策略 阐明成纤维细胞增殖在肺纤维化发病过程中的功能作用及其作为治疗靶点的潜力 小鼠肺纤维化模型中的肺泡成纤维细胞及人类纤维化肺组织中的成纤维细胞 数字病理学 肺纤维化 EdU掺入检测、遗传谱系追踪、单细胞RNA测序 NA 图像、文本 2种独立的小鼠肺纤维化模型及人类纤维化肺组织精密肺切片 NA 单细胞RNA测序 NA NA
428 2026-09-16
Integrated analysis identifies CD276 in fibroblasts as a malignancy predictor and regulator of neutrophil infiltration in hepatoblastoma
2025-11-01, Hepatology communications IF:5.6Q1
研究论文 该研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析,鉴定出CD276在肝母细胞瘤的癌症相关成纤维细胞中高表达,并可作为恶性程度预测因子及中性粒细胞浸润的调节因子 首次系统表征了免疫检查点配体CD276在肝母细胞瘤中的表达谱,发现其主要在癌症相关成纤维细胞中高表达,并构建了基于CD276水平结合临床特征的可视化列线图预测模型,同时揭示了CD276通过调控CXCL2调节中性粒细胞浸润的潜在机制 摘要中未明确提及研究的局限性 表征免疫检查点配体CD276在肝母细胞瘤中的表达谱,评估其作为恶性特征预测因子和中性粒细胞浸润调节因子的潜力 肝母细胞瘤患者组织样本及小鼠模型 数字病理学, 机器学习 肝癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 多重免疫组织化学, 去卷积分析 逻辑回归, 列线图 RNA-seq数据, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
429 2026-09-16
Mitochondrial-activity-driven hematopoietic stem cell fate and lineage choice is first established in the aorta-gonad-mesonephros
2025-10-28, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究揭示了在小鼠胚胎主动脉-性腺-中肾区(AGM)中,线粒体活性的动态变化驱动造血干祖细胞(HSPC)的异质性,影响其谱系偏向和分化潜能 首次证明线粒体活性驱动的造血干细胞命运和谱系选择在AGM区就已建立,并揭示了Wnt信号和PI3K信号在其中的调控作用 研究仅基于小鼠胚胎,尚未在人类中验证;且未详细阐明线粒体活性变化的上游调控机制 探究胚胎期造血干细胞异质性的起源,特别是线粒体代谢在AGM区造血发生中的作用 小鼠胚胎AGM区的造血干祖细胞(HSPCs) 干细胞生物学、发育生物学、代谢生物学 NA 单细胞转录组学、药理和遗传操作、功能 assays NA 转录组数据、图像、功能实验数据 NA NA single-cell transcriptomics NA NA
430 2026-09-16
Emerging Roles of Megakaryocytes in Immune Regulation and Potential Therapeutic Prospects
2025-10-27, Cells IF:5.1Q2
综述 本文综述了巨核细胞在免疫调节中的新兴作用及其潜在治疗前景,涵盖了巨核细胞的异质性、组织特异性功能以及在再生医学和免疫治疗中的应用 系统性地重新定义了巨核细胞的功能,强调其不仅是血小板生成细胞,还是免疫调节、造血干细胞微环境调控及组织再生的关键整合者,并提出了基于多能干细胞来源的免疫性巨核细胞亚群的治疗前景 作为综述文章,缺乏原始实验数据,对巨核细胞异质性及免疫调节机制的具体分子通路讨论可能不够深入,且临床转化应用仍处于早期阶段 总结巨核细胞在免疫调节和造血微环境中的新兴功能,探讨其作为治疗靶点的潜力 巨核细胞及其亚群、血小板、造血干细胞、免疫细胞 机器学习 自身免疫性疾病 单细胞转录组学、成像技术 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
431 2026-09-16
Immunobiology of primary sclerosing cholangitis
2025-10-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
综述 本文综述了原发性硬化性胆管炎(PSC)的免疫生物学研究进展,重点介绍了组织驻留等免疫学概念以及单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术带来的新认识 强调了时间和空间维度在PSC异质性中的重要性,并系统整合了单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在PSC免疫生物学研究中的应用 综述性文章,未提供原始实验数据;部分新描述的细胞类型在胆管中的定位及其对PSC免疫发病机制的贡献仍未完全阐明 全面概述PSC免疫生物学的最新进展,为未来研究免疫系统在PSC中的作用提供方向 原发性硬化性胆管炎(PSC)及其相关免疫微环境 数字病理学 原发性硬化性胆管炎 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
432 2026-09-16
Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma
2025-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 通过对7例多灶性肝细胞癌患者的23个样本进行全外显子组测序和单细胞RNA测序,在单细胞分辨率下刻画了肝内转移与多中心发生之间肿瘤微环境的异质性 首次在单细胞分辨率下结合全外显子组测序系统比较了肝内转移与多中心发生的肿瘤微环境差异,揭示了CD20+ B细胞、浆细胞、cDC2s以及MMP9+肿瘤相关巨噬细胞在不同转移模式中的差异化分布及其与预后的关系 样本量较小,仅纳入7例患者的23个样本,且验证队列规模有限,可能影响结论的普适性 解析多灶性肝细胞癌中肝内转移与多中心发生的基因组和肿瘤微环境异质性,为精准诊断和治疗提供依据 7例多灶性肝细胞癌患者的23个肿瘤样本,以及额外的免疫组化验证队列 数字病理学 肝癌 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 NA 基因组序列, 转录组序列, 图像 7例患者的23个样本用于全外显子组测序和单细胞RNA测序,另加额外队列用于免疫组化验证 NA 全外显子组测序, 单细胞RNA测序 NA NA
433 2026-09-16
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2025-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 该研究通过单细胞分辨率技术揭示了肝细胞癌门静脉癌栓(PVTT)中独特的免疫微环境,发现C5aR+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)在PVTT中富集并促进免疫抑制环境的形成 首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌门静脉癌栓(PVTT)中免疫微环境的特征,发现了C5aR+ TAM在PVTT中的特异性富集及其通过C5a-C5aR轴招募单核细胞并诱导其向免疫抑制性巨噬细胞分化的机制 摘要中未提及研究局限性 探索肝细胞癌门静脉癌栓(PVTT)中的免疫微环境特征 肝细胞癌患者的门静脉癌栓组织、原发肿瘤组织及血液样本 数字病理学 肝癌 飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化染色 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
434 2026-09-16
Drought recovery in plants triggers a cell-state-specific immune activation
2025-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究通过对拟南芥干旱复水后精细时间序列的RNA测序、单核转录组和MERFISH空间转录组分析,揭示了植物干旱恢复过程中细胞类型特异性的转录状态和自主激活的免疫反应 首次在单细胞和空间水平上揭示了植物干旱恢复过程中细胞类型特异性的转录状态,并发现干旱恢复会自主激活免疫系统增强植物抗病性,在拟南芥和番茄中均得到验证 未提及 研究植物如何从干旱胁迫中恢复,特别是干旱恢复过程中的基因表达动态、细胞类型特异性响应及免疫激活机制 拟南芥(Arabidopsis thaliana)叶片细胞、野生番茄(Solanum pennellii)和栽培番茄(Solanum lycopersicum cv. M82) 植物生物学、单细胞转录组学、空间转录组学 NA bulk RNA-seq、单核RNA-seq、MERFISH空间转录组 NA 基因表达数据、图像数据 NA 10x Genomics, Vizgen 单核RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq 10x Chromium, MERFISH NA
435 2026-09-16
Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究表征了C57BL/6Aire-/-小鼠前列腺中的慢性炎症模型,并通过组织学、流式细胞术和单细胞RNA测序将其与人类良性前列腺增生(BPH)进行比较,发现该模型的免疫失调特征与人类BPH相似 建立了C57BL/6Aire-/-小鼠慢性非消退性前列腺炎症模型,该模型缺乏中枢免疫耐受但保留完整的免疫功能,并首次通过scRNA-seq鉴定出与人类BPH相似的巨噬细胞亚群、衰老相关Cd8 T细胞和成纤维细胞簇 摘要中未明确提及研究局限性 表征C57BL/6Aire-/-小鼠前列腺慢性炎症模型,评估其作为研究人类BPH中炎症驱动的前列腺增生模型的适用性 C57BL/6Aire-/-小鼠的前列腺组织及人类BPH患者的scRNA-seq数据 数字病理学 良性前列腺增生 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、组织学 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
436 2026-09-16
Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本文对幼年特发性关节炎患者滑膜组织进行亚细胞分辨率空间转录组学分析,揭示了免疫与基质细胞之间的空间互作 首次在亚细胞分辨率下对幼年特发性关节炎滑膜进行空间转录组学分析,开发了新的空间共定位分析流程,揭示了NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴、三级淋巴结构以及JIA富集的细胞状态 未明确说明样本量,仅与类风湿关节炎进行对比分析,缺乏功能验证实验 在亚细胞分辨率下解析幼年特发性关节炎滑膜的空间组织结构,揭示免疫-基质细胞互作网络 活动性幼年特发性关节炎患者的滑膜组织 空间转录组学 幼年特发性关节炎 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA 亚细胞分辨率空间转录组学平台
437 2026-09-16
Identification of Pathogenic PD-1+CD8+ T Cells for Effective Chimeric Antigen Receptor Therapy in a Murine Model of Sjögren Disease
2025-08, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术鉴定了干燥综合征中致病的PD-1+CD8+ T细胞,并验证了靶向PD-1的CAR-T细胞疗法在小鼠模型中的疗效 首次将PD-1鉴定为干燥综合征中克隆扩增和活化的致病性CD8+ T细胞的综合标志物,并首次证明靶向PD-1的CAR-T细胞疗法可有效缓解干燥综合征症状 研究主要基于小鼠模型,临床转化仍需进一步验证;样本量有限 鉴定干燥综合征中的致病性CD8+ T细胞并开发靶向治疗策略 干燥综合征患者和Il12b-/-Il2ra-/-小鼠模型 单细胞组学 干燥综合征 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 共享T细胞受体分析 CAR-T 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
438 2026-09-16
NR2F2 and its contribution to lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma
2025-08, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序分析口腔鳞状细胞癌中的癌症干细胞亚群,发现NR2F2是维持肿瘤干性并促进淋巴结转移的关键基因 首次通过CytoTRACE算法将口腔鳞状细胞癌中的癌症干细胞分为五个亚群,并鉴定NR2F2为干性最高的CSC4亚群的关键基因,揭示其通过促进肿瘤细胞增殖和迁移影响淋巴结转移,并发现曲美替尼为敏感药物 摘要中未明确说明研究样本量及具体局限性 探讨癌症干细胞在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的作用,重点关注NR2F2的表达及其生物学意义 口腔鳞状细胞癌患者样本、OSCC细胞系、淋巴结组织 数字病理学 口腔癌 单细胞RNA测序, 免疫组化, 免疫荧光, Western blot, 批量RNA测序, 药物敏感性分析 CytoTRACE, irGSEA, GSVA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
439 2026-09-16
Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model
2025-05-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 该研究通过建立慢性不可预测轻度刺激(CUMS)小鼠模型,利用单细胞RNA测序全面揭示了心理应激诱导的白癜风/白发过程中黑素细胞的不同命运以及免疫微环境的动态变化 首次在CUMS诱导的白癜风小鼠模型中通过单细胞转录组鉴定出两个具有不同命运的黑素细胞亚群(Mel2为黑素细胞干细胞,易发生焦亡和坏死性凋亡;Mel3为成熟黑素细胞,易受氧化应激、线粒体功能障碍和铁死亡影响),并发现CXCL16-CXCR6轴在树突状细胞和γδT细胞/NKT细胞中的激活,提出了不同于CD8+细胞毒性T淋巴细胞介导模型的新型应激性白癜风发病机制 摘要中未明确提及研究局限性 建立慢性心理应激诱导的白癜风与白发小鼠模型,通过单细胞转录组揭示黑素细胞命运分化及免疫微环境变化,探索应激性白癜风的发病机制 C57BL/6J小鼠(CUMS模型组与对照组)的皮肤组织和脾脏组织 数字病理学 白癜风 单细胞RNA测序、免疫组织化学 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
440 2026-09-16
The MYC/TXNIP axis mediates NCL-Suppressed CD8+T cell immune response in lung adenocarcinoma
2025-05-09, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和体内外实验,揭示NCL通过MYC/TXNIP轴抑制CD8+T细胞葡萄糖代谢和抗肿瘤免疫功能,促进肺腺癌进展 首次揭示NCL通过MYC/TXNIP轴调控CD8+T细胞葡萄糖代谢和免疫逃逸的机制 未明确说明 探讨NCL在肺腺癌细胞T细胞葡萄糖代谢和免疫逃逸中的作用 肺腺癌、CD8+T细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部