单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4341	2025-05-23	Author Correction: Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2025-Jan-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55730-9 PMID:39774948	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4342	2025-05-23	Self and parasite-derived peptides selected upon DERAA-bearing HLA-DRB1 alleles activate CD4+ T cells from Chagas cardiomyopathy patients and are associated with ventricular dysfunction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527115 PMID:40391216	研究论文	该研究探讨了特定HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病严重临床表现的关联，以及这些等位基因如何通过激活CD4+ T细胞参与心肌病的病理过程	发现携带DERAA基序的HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病的严重临床表现相关，并揭示了这些等位基因通过激活CD4+ T细胞参与病理过程的机制	研究样本可能有限，且未涵盖所有可能的HLA-DRB1等位基因	探究特定HLA-DRB1等位基因在恰加斯心肌病病理过程中的作用	恰加斯心肌病患者（心脏型CCC和不确定型IND）的CD4+ T细胞	免疫学	恰加斯心肌病	计算分析、体外功能实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、肽段序列数据	恰加斯心肌病患者（包括CCC和IND）的CD4+ T细胞样本
4343	2025-05-23	Comprehensive Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Cervical Cancer: Insights Into Tumor Microenvironment and Gene Expression Dynamics 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5027347 PMID:40395456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析宫颈癌的肿瘤微环境和基因表达动态	利用scRNA-seq技术揭示了宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，识别了与肿瘤进展相关的关键基因	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有亚型，以及是否进行了实验验证	探索宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，以寻找潜在的治疗靶点	宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 高级生物信息学工具	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
4344	2025-05-23	Pan-cancer analysis of phagocytosis regulators in female-specific cancers: a focus on HMGB2 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565924 PMID:40396172	research paper	该研究通过公共数据库分析，探讨了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，特别关注HMGB2的功能	首次全面分析了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的表达、突变及功能，并验证了HMGB2在肿瘤细胞行为中的关键作用	研究主要基于公共数据库分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探讨吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，为开发有效治疗策略提供依据	女性特异性癌症（如乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌）中的吞噬作用调节因子	digital pathology	female-specific cancers	公共数据库分析、DNA甲基化分析、单细胞测序、体外实验	NA	genomic data, methylation data, single-cell sequencing data	基于公共数据库的多癌症样本分析，具体数量未明确说明
4345	2025-05-23	Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals MDK-NCL pathway's role in shaping the immunosuppressive environment of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546382 PMID:40396179	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了MDK-NCL通路在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了MDK-NCL信号通路在肺腺癌免疫抑制微环境中的关键作用，并提出了其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共数据集和有限的自有样本，需要更大规模的临床验证	探究肺腺癌肿瘤微环境的细胞组成及MDK-NCL信号通路的作用	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞群	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	Seurat, inferCNV	RNA测序数据	TCGA-LUAD队列和内部队列样本
4346	2025-05-23	Application of Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-Seq) to Precisely Dissect the Brain Tumor Immune Microenvironment 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_3 PMID:40402445	研究论文	本文探讨了CITE-Seq技术在精确解析脑肿瘤免疫微环境中的应用	利用CITE-Seq技术同时获取单细胞的转录组和表面蛋白信息，为细胞表型和功能研究提供了新方法	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究脑肿瘤免疫微环境的细胞组成和相互作用	脑肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞、星形胶质细胞和其他基质细胞	数字病理学	脑肿瘤	CITE-Seq, scRNAseq	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
4347	2025-05-23	Immune Single-Cell Annotation by Molecular Signature-Based Deconvolution with MIXTURE 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_13 PMID:40402455	研究论文	本文提出了一种基于MIXTURE算法的单细胞RNA测序数据注释协议，用于提高肿瘤免疫微环境中细胞类型识别的准确性	使用v-SVR反卷积算法MIXTURE，解决了无监督注释方法的局限性，提供了更精确和细致的细胞类型注释	仅应用于黑色素瘤的单细胞RNA测序数据集，未在其他类型的数据集上验证	优化免疫治疗策略，解析肿瘤免疫微环境	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq	v-SVR	RNA测序数据	一个已注释的黑色素瘤scRNA-seq数据集
4348	2025-05-22	Deciphering the Premetastatic Lymphatic Niche of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241307894 PMID:40082761	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了口腔鳞状细胞癌（OSCC）淋巴结转移前微环境中的细胞结构，特别是CD4+ Tex-pre细胞的作用	首次在淋巴结转移前微环境中鉴定出CD4+ Tex-pre细胞亚群，并揭示其在免疫抑制和促进淋巴结转移中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索口腔鳞状细胞癌淋巴结转移前微环境的细胞组成和免疫抑制机制	口腔鳞状细胞癌患者的淋巴结组织和小鼠模型	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNAscope原位染色，批量RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据，图像数据	OSCC患者的淋巴结样本（包括转移前引流淋巴结和配对的对侧淋巴结）和小鼠模型
4349	2025-05-22	Antioxidant interventions reduced cytokine-induced pyroptosis of peripheral MAIT cells in patients with HBV-related cirrhosis 2025-Jun-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000714 PMID:40377492	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝硬化患者外周MAIT细胞减少的特征及机制，发现抗氧化干预可减少细胞因子诱导的细胞焦亡	首次揭示了HBV相关肝硬化中MAIT细胞减少与细胞焦亡及氧化应激的关联，并证明抗氧化剂可有效减少这一过程	样本量较小（40例患者），且仅为体外实验验证	探究HBV相关肝硬化患者MAIT细胞减少的机制	HBV相关肝硬化患者的外周MAIT细胞	免疫学	肝硬化	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光、ELISA	NA	血液样本	20名健康对照和40名HBV相关肝硬化患者（20名代偿期和20名失代偿期）
4350	2025-05-22	Single-cell analyses unravel ecosystem dynamics and intercellular crosstalk during gallbladder cancer malignant transformation 2025-Jun-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000697 PMID:40377484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了胆囊癌恶性转化过程中的细胞生态系统动态和细胞间通讯	揭示了胆囊癌恶性转化过程中免疫微环境的变化，并鉴定了与预后不良相关的上皮亚型TOP2A+ Epi和免疫抑制性巨噬细胞TOP2A+ Macro	样本量相对较小，仅包括2个正常邻近组织、2个高级别上皮内瘤变和6个胆囊癌样本	理解胆囊癌恶性转化过程中的细胞和分子变化，以识别早期生物标志物和治疗靶点	胆囊癌患者的正常邻近组织、高级别上皮内瘤变组织和胆囊癌组织	digital pathology	gallbladder cancer	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、多重免疫荧光染色	10种机器学习方法	RNA测序数据、图像数据	98,113个细胞，来自2个正常邻近组织、2个高级别上皮内瘤变和6个胆囊癌样本
4351	2025-05-22	Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development 2025-May-20, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05307-x PMID:40392427	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中的关键转录因子	利用单细胞RNA测序技术揭示了肾祖细胞中的不同亚群及其转录景观，并识别了关键转录因子	需要进一步研究以验证这些发现及其治疗潜力	探索肾脏发育的分子机制	肾祖细胞及其分化为肾小管上皮细胞和足细胞的过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
4352	2025-05-22	Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging 2025-May-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01475-z PMID:40390022	研究论文	通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老的细胞和分子动态	首次构建了人类角膜的全面时空图谱，揭示了角膜衰老过程中的细胞迁移新模式和区域特异性分子特征	样本量相对较小（8个供体），年龄跨度为33-88岁	阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态	人类角膜组织	单细胞组学	眼科疾病	scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8个供体的角膜组织（年龄33-88岁）
4353	2025-05-22	Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors 2025-May-19, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02025-9 PMID:40390063	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了侵袭性、治疗抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤中PI3K-AKT和代谢通路的改变	首次在DA抵抗性泌乳素PitNET中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤内异质性和PI3K/AKT通路及脂质代谢的改变	样本量较小（13例患者），且未观察到从部分响应到完全无响应肿瘤的明确分子模式	揭示泌乳素垂体神经内分泌肿瘤的分子异质性，并鉴定侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物	DA抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	Visium空间转录组学（ST）、全转录组测序（WTS）、全外显子组测序（WES）	NA	空间转录组数据、基因组数据	13例DA抵抗性泌乳素PitNET患者（其中4例进行ST+WTS+WES，5例进行WTS+WES，2例进行ST+WES，2例仅进行ST）
4354	2025-05-22	Neutrophils predominate as IL1B-expressing cells in Schnitzler syndrome: Insights from the SCan study to evaluate the efficacy and safety of canakinumab in Japanese patients 2025-May-19, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2025.04.003 PMID:40393905	research paper	本研究探讨了Schnitzler综合征（SchS）中IL1B表达细胞的主要来源及canakinumab治疗的疗效和安全性	首次在SchS患者中通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定IL1B表达细胞主要为中性粒细胞，并揭示了canakinumab通过调节外周血中性粒细胞动态改善临床症状的机制	研究样本量较小（仅5名日本患者），且仅对其中2例进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析	评估canakinumab在SchS患者中的疗效和安全性，并探索IL1B表达细胞的来源	5名日本Schnitzler综合征患者	临床医学	自身炎症性疾病	单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	血浆细胞因子/趋化因子水平、外周血和皮肤病变组织的转录组数据	5名患者（其中2名进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析）
4355	2025-05-22	Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02096-7 PMID:40383716	研究论文	本研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA（lncRNA）	开发了一个评分系统，结合多种进展相关特征、差异表达和生存分析，系统性优先排序lncRNA，并识别了198个关键lncRNA，包括已知和新候选者	未提及具体样本量，且实验验证仅限于部分lncRNA	探索结直肠癌进展的分子机制，并识别潜在的预后生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者及其相关lncRNA	生物信息学	结直肠癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4356	2025-05-22	Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma 2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05716-0 PMID:40383808	research paper	本研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解	首次识别并验证了与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因特征，并构建了预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索多胺代谢相关基因在骨肉瘤预后中的作用，并开发预测模型	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	生物信息学	骨肉瘤	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单变量Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR、Western blotting、免疫组化	风险模型、列线图模型	基因表达数据、临床样本数据	96个候选基因，8个预后基因在临床样本中验证
4357	2025-05-22	Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis 2025-May-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59648-8 PMID:40383833	研究论文	使用单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建显微镜下结肠炎的细胞和分子模型	揭示了显微镜下结肠炎中CD8 T细胞的显著扩张及其高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张	研究仅限于结肠黏膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	探究显微镜下结肠炎的细胞和分子机制	结肠黏膜组织	单细胞转录组学	显微镜下结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
4358	2025-05-22	ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02163-z PMID:40383849	研究论文	本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌进展和肿瘤微环境调节中的多面作用	揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物的范式	研究主要基于体外实验和计算生物学分析，需要进一步的体内实验验证	探索ZC3H12D在肺腺癌中的生物学功能和临床意义	肺腺癌组织和细胞	精准肿瘤学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA-seq、免疫组化、计算生物学方法	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	511个肿瘤样本和59个正常样本（转录组），74个肿瘤样本和69个正常样本（蛋白质组），15个肿瘤样本和11个正常样本（单细胞RNA-seq），51对匹配样本（免疫组化）
4359	2025-05-22	Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis 2025-May-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02660-7 PMID:40383861	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精消费与食管癌风险之间的遗传和分子机制，并发现DLEU2作为关键的免疫调节因子	首次通过孟德尔随机化分析确认酒精消费与食管癌之间的因果关系，并发现DLEU2作为长链非编码RNA在肿瘤免疫微环境和癌症进展中的关键作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索酒精消费导致食管癌的遗传和分子机制	食管癌患者样本和相关的基因表达数据	癌症基因组学	食管癌	孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个患者来源的样本（具体数量未说明）
4360	2025-05-22	Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics 2025-May-17, BMC women's health DOI:10.1186/s12905-025-03750-y PMID:40382612	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于代谢相关标记基因的预后模型，用于卵巢癌的预后预测、靶向治疗和免疫景观分析	首次结合四种代谢途径（糖酵解代谢、脂质代谢、胆碱代谢和鞘脂代谢）构建卵巢癌预后模型，并预测了潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，部分实验验证仍需进一步扩大样本量	开发有效的卵巢癌预后生物标志物并探索新的治疗靶点	卵巢癌患者样本和癌细胞系	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNAseq, 空间转录组学, RT-qPCR, CCK-8, Transwell实验	代谢相关基因预后模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 实验数据	TCGA-OV样本及实验验证样本（数量未明确说明）