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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4201 | 2025-11-24 |
Novel Strategies to Profile SARS-CoV-2 and Human Lung Proteome: Inflammatory Pathways in the Spotlight
2025, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/bmri/5571277
PMID:41267794
|
综述 | 本文综述了用于分析SARS-CoV-2和人类肺部蛋白质组的新兴技术,重点关注炎症通路 | 强调噬菌体展示、酵母双杂交和侧流免疫分析等创新技术,以及单细胞RNA测序和质谱等组学技术在肺部蛋白质组研究中的应用 | NA | 比较传统诊断检测与创新方法在肺部蛋白质组研究中的独特贡献 | SARS-CoV-2病毒和人类肺部蛋白质组 | 蛋白质组学 | COVID-19 | 噬菌体展示, 酵母双杂交, 侧流免疫分析, 单细胞RNA测序, 微阵列, 质谱 | NA | 蛋白质组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 4202 | 2025-11-24 |
Transcriptomic analysis reveals TME-mediated macrophage IFIT1 upregulation and CX3CR1 suppression drive osteosarcoma progression
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1686854
PMID:41267985
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示骨肉瘤微环境通过上调巨噬细胞IFIT1和抑制CX3CR1表达驱动肿瘤进展的机制 | 首次发现骨肉瘤微环境通过调控巨噬细胞IFIT1上调和CX3CR1抑制来促进肿瘤进展的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步体内实验验证 | 探索骨肉瘤微环境对巨噬细胞基因表达的影响及其在肿瘤进展中的作用 | 骨髓来源巨噬细胞和K7M2骨肉瘤细胞系 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | RNA测序,单细胞测序,PCR,流式细胞术,克隆形成,伤口愈合,Transwell实验 | NA | 转录组数据,单细胞数据,基因表达数据 | NA | NA | RNA测序,单细胞测序 | NA | NA |
| 4203 | 2025-11-24 |
HOXC10 Protects from Skin Aging by Targeting the FZD6/Wnt/β-Catenin Signaling Pathway
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0976
PMID:41268215
|
研究论文 | 本研究揭示了HOXC10通过调控FZD6/Wnt/β-catenin信号通路延缓皮肤衰老的机制 | 首次发现HOXC10是皮肤衰老转录因子调控网络的核心元件,并鉴定出辛伐他汀作为HOXC10的功能模拟物具有抗衰老能力 | NA | 探索皮肤衰老的分子机制及潜在治疗策略 | 皮肤组织、衰老成纤维细胞 | 生物医学 | 皮肤衰老 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4204 | 2025-11-24 |
scExplorer: a comprehensive web server for single-cell RNA sequencing data analysis
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf273
PMID:41268477
|
研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据分析的综合性网络服务器平台 | 通过四种先进算法进行全面的批次校正、基于SLURM的作业调度以及自动生成可重复性报告 | 主要面向非计算背景的研究人员,可能不适合需要高度定制化分析的高级用户 | 降低单细胞RNA测序数据分析的技术门槛 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | ComBat, Scanorama, BBKNN, Harmony | 单细胞RNA测序数据 | 数千至数十万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4205 | 2025-11-24 |
Chronic Inflammation in Primary Myelofibrosis: In-Depth Insights Into Pathogenesis and Promising Anti-Inflammatory Therapeutic Strategies
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/9967975
PMID:41268532
|
综述 | 本文系统探讨原发性骨髓纤维化的慢性炎症发病机制及抗炎治疗策略 | 整合单细胞RNA测序等最新研究成果,深入解析炎症介质过量产生、氧化应激和免疫系统失调的调控机制 | NA | 阐明PMF的发病机制并探索靶向免疫细胞和细胞因子的治疗策略 | 造血干细胞和祖细胞、骨髓基质细胞、免疫细胞及炎症介质 | NA | 骨髓增殖性肿瘤/原发性骨髓纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4206 | 2025-11-24 |
Machine learning-based tumor associated macrophages polarity signature predicts prognosis and treatment response in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1663519
PMID:41268553
|
研究论文 | 本研究开发了一个基于肿瘤相关巨噬细胞极性相关基因的机器学习特征,用于预测肝细胞癌患者的预后和治疗反应 | 首次基于CXCL9:SPP1特征构建了包含17个基因的TAM极性相关特征,并使用XGBoost机器学习模型进行预后预测 | 研究基于TCGA-LIHC数据集,需要在更多独立队列中进一步验证 | 开发能够预测肝细胞癌患者预后和治疗反应的生物标志物特征 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,机器学习 | XGBoost | 基因表达数据,临床数据 | TCGA-LIHC数据集和两个外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4207 | 2025-11-24 |
Identification and validation of paraptosis-related biomarkers in recurrent miscarriage
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1656650
PMID:41268559
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别并验证了与副凋亡相关的复发性流产生物标志物PCNPP3和ELOA | 首次将副凋亡相关基因与复发性流产联系起来,并通过多组学分析揭示了其分子机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证 | 探索副凋亡相关基因在复发性流产中的作用机制 | 复发性流产患者的转录组数据 | 生物信息学 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序,转录组分析,机器学习 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4208 | 2025-11-24 |
Decoding immune low-response states in sepsis: single-cell and 3D spatial transcriptomic insights into immunoparalysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1696914
PMID:41268561
|
综述 | 本文综述了脓毒症免疫低反应状态(免疫麻痹)的单细胞和3D空间转录组学研究进展 | 整合单细胞RNA/ATAC测序、免疫组库分析和3D空间转录组学技术,解析脓毒症免疫麻痹的细胞程序 | 检测标准化不足、单核细胞HLA-DR阈值缺乏统一标准、临床兼容空间平台有限 | 探讨脓毒症免疫低反应状态的分子机制和精准医疗策略 | 脓毒症患者的免疫细胞(单核细胞、树突状细胞、淋巴细胞、NK细胞) | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫组库分析, 3D空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | FFPE-ready空间检测 |
| 4209 | 2025-11-24 |
A single-cell transcriptomic atlas elucidates the hair cycle and apoptosis mechanisms in goat hair follicles
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1693637
PMID:41268577
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序构建了山羊毛囊凋亡的高分辨率细胞图谱,揭示了毛周期中毛囊细胞凋亡的分子机制 | 首次在山羊毛囊中鉴定出九种细胞类型,发现基质细胞富集Wnt信号通路和凋亡相关基因,并揭示了决定基质细胞命运的关键动态基因和调控因子 | NA | 探索山羊毛周期中毛囊凋亡的分子机制 | 山羊毛囊细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 8,214个毛囊细胞(来自生长期、退行期和休止期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4210 | 2025-11-23 |
Macrophages mediate acute kidney allograft rejection via a toll-like receptor 4-dependent mechanism
2025-Dec, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.09.014
PMID:41033459
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞通过TLR4/HIF1α依赖机制介导急性肾移植排斥反应 | 首次证明髓系细胞特异性TLR4缺失可显著抑制急性肾移植排斥,并发现HIF1α是TLR4下游关键靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究巨噬细胞在急性肾移植排斥反应中的作用机制 | 髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠模型 | 免疫学 | 肾移植排斥 | 单细胞RNA测序,免疫分型,药理学抑制 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,免疫细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 4211 | 2025-11-23 |
Deciphering the role of RGS1-overexpressing CD8+T cells in immune evasion of bone metastatic cancer in the urinary system via single-cell sequencing analysis
2025-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152893
PMID:41176933
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示RGS1过表达的CD8+T细胞在泌尿系统骨转移癌免疫逃逸中的作用机制 | 首次阐明RGS1在骨转移癌免疫微环境中对CD8+T细胞功能的调控作用,并发现其与T细胞耗竭表型的关联 | 样本量相对有限(17例患者),需要在更大队列中验证研究结果 | 阐明RGS1在肿瘤骨转移免疫微环境中的调控机制及CD8+T细胞功能 | 肾细胞癌和前列腺癌患者的骨转移病灶组织及小鼠骨转移模型 | 单细胞测序分析 | 肾细胞癌,前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠骨转移模型 | 单细胞RNA测序数据 | 8例肾细胞癌患者和9例前列腺癌患者的骨转移病灶,共215,864个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4212 | 2025-11-23 |
Non-visual photoreceptive brain specification in sea urchin larvae
2025-Nov-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65628-9
PMID:41258319
|
研究论文 | 本研究在海胆幼虫中发现了一个对光敏感的神经元簇,这些神经元表达紫外线敏感蛋白Opsin5及多个保守的调控基因 | 首次在海胆幼虫中鉴定出具有非视觉光感受功能的神经中枢,揭示了其与脊椎动物脑区共享的分子特征 | 需要进一步研究以完全建立神经回路与行为之间的完整关系 | 探索后口动物中枢神经系统的进化起源 | 海胆幼虫 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交,基因敲低 | NA | 基因表达数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4213 | 2025-11-23 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Nov-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.103074
PMID:41259237
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠迁移原始生殖细胞及其周围体细胞,揭示前后位置差异对细胞信号通路的影响 | 首次系统比较前后位置迁移原始生殖细胞的转录组差异,发现非经典Wnt信号和Nodal-Lefty信号通路的区域特异性表达模式 | 研究仅基于小鼠模型,人类数据为重新分析已发表数据集,需要进一步实验验证 | 阐明原始生殖细胞迁移过程中与不同体细胞微环境相互作用的分子机制 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,全胚胎免疫荧光染色 | 轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 13,262个小鼠原始生殖细胞和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4214 | 2025-11-23 |
Inference of cell-type composition and single-cell spatial maps from spatial transcriptomics data with SWOT
2025-Nov-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09001-y
PMID:41261170
|
研究论文 | 提出一种名为SWOT的空间加权最优传输方法,可从基于spot的空间转录组数据推断细胞类型组成和单细胞空间图谱 | 首次通过细胞到spot的映射方法同时推断细胞类型比例和单细胞空间位置,能够重建单细胞空间图谱 | 方法依赖于spot分辨率的空间转录组数据,在单细胞定位精度方面可能存在限制 | 开发从空间转录组数据重建单细胞分辨率空间图谱的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间位置 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,最优传输算法 | 空间加权最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于spot的空间转录组数据 |
| 4215 | 2025-11-23 |
Single-cell RNA sequencing in osteosarcoma: applications in diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Nov-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03121-5
PMID:41231422
|
综述 | 本文通过文献综述探讨单细胞RNA测序技术在骨肉瘤诊断、预后和治疗中的应用 | 系统评估单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤肿瘤微环境异质性、识别治疗靶点和发现新型治疗策略方面的创新贡献 | 存在单细胞方案的技术偏倚和非英语文献排除的问题,可能影响结果的普适性 | 评估单细胞RNA测序对骨肉瘤发生发展的贡献 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于107项研究的分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4216 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 4217 | 2025-11-23 |
ScRDAVis: An R shiny application for single-cell transcriptome data analysis and visualization
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013721
PMID:41231930
|
研究论文 | 开发了一个基于R Shiny的单细胞转录组数据分析和可视化网络应用程序 | 首个提供hdWGCNA用于共表达网络和转录因子调控网络分析的GUI平台 | NA | 为无编程经验的生物学家提供单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4218 | 2025-11-23 |
CD24 is a promising immunotherapeutic target for enhancing efficacy of third-generation EGFR-TKIs on EGFR-mutated lung cancer
2025-Nov, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70068
PMID:41084191
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研究论文 | 本研究探讨CD24作为免疫治疗靶点增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的潜力 | 首次揭示CD24在EGFR-TKI治疗后的表达上调机制及其通过YY1 S247磷酸化调控的分子通路 | NA | 探索增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的免疫治疗策略 | EGFR突变肺癌细胞、临床残留肿瘤样本、异种移植模型和自发肺癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,单核RNA测序,免疫组化,CRISPR/Cas9,染色质免疫沉淀测序,质谱分析,磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 29例肺癌标本的scRNA-seq数据+TKI治疗后临床残留肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 4219 | 2025-11-23 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
|
研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术揭示了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 整合单细胞RNA测序与单细胞分辨率空间转录组数据,通过深度学习细胞分割模型实现精确的转录本定位和细胞间距离分析 | 存在测序深度限制,需要通过数据整合来克服 | 研究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响 | 难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习图像分析 | 细胞分割模型, 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4220 | 2025-11-23 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
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研究论文 | 本研究使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较了三种成像型单细胞分辨率空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台的性能,并引入像素级手动评估方法进行病理学意义比较 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本,样本类型相对有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学,RNA测序,多重免疫荧光,HE染色 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤组织芯片样本 | Nanostring, Vizgen, 10x Genomics | 单细胞空间转录组学,空间多组学 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | CosMx空间分子成像平台,MERFISH多重误差鲁棒荧光原位杂交,Xenium单细胞/多模态空间分析平台 |