单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4181	2025-05-28	Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966 PMID:40416975	研究论文	本研究探讨了乙酰胆碱（ACH）在先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）中的抗炎机制及其来源	首次发现tuft细胞分泌的ACH通过促进M2巨噬细胞极化在HAEC中发挥抗炎作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索ACH在HAEC中的抗炎机制，为HAEC的防治提供新方向	先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）	医学研究	先天性巨结肠	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养	Ednrb-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用Ednrb-/-小鼠和体外培养的类器官
4182	2025-05-28	Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1186 PMID:40417312	research paper	通过单细胞转录组学分析，鉴定出一种与压力感知相关的雪旺细胞亚型（SRSCs），并揭示其在周围神经损伤修复中的关键作用	首次发现并命名了一种新的雪旺细胞亚型（SRSCs），揭示了其在压力感知和神经损伤修复中的独特功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究雪旺细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用	正常和脊髓神经损伤小鼠模型的背根神经节中的雪旺细胞	单细胞转录组学	周围神经疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠背根神经节细胞
4183	2025-05-28	Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S523878 PMID:40417417	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后特征基因	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因，并构建风险预测模型	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	识别和验证与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（包括批量RNA测序和单细胞RNA测序），RT-qPCR	LASSO回归	RNA测序数据	公共数据库中的卵巢癌患者RNA测序数据
4184	2025-05-28	Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S515066 PMID:40417419	研究论文	本研究探讨了肿瘤间质比例（TSR）在前列腺癌中的预后价值，并通过临床病理数据和RNA测序技术探索了肿瘤-间质相互作用及潜在治疗靶点	首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义，发现间质细胞相关基因BGN可作为潜在治疗靶点，并预测了针对高TSR患者的抗癌药物靶点	研究采用回顾性设计，需要前瞻性验证	评估肿瘤间质比例在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用机制	前列腺腺癌患者（两个队列：TCGA队列453例和LUSH队列320例）	数字病理学	前列腺癌	bulk/single-cell RNA测序、数字图像分析、定量实时PCR、体外实验和体内异种移植实验	多变量Cox回归	临床病理数据、RNA测序数据、图像数据	773例前列腺癌患者（TCGA 453例 + LUSH 320例）
4185	2025-05-28	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1552029 PMID:40417665	research paper	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢的增加	首次揭示了MIF刺激软骨细胞通过激活ERK/PLA2G4A信号通路增加花生四烯酸产生的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	探究骨关节炎中软骨细胞的代谢调控机制	人类膝关节软骨细胞	digital pathology	osteoarthritis	RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC	NA	RNA sequencing data, protein expression data	公共数据库数据及OA患者软骨样本
4186	2025-05-28	Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1583790 PMID:40417666	研究论文	开发了一种近红外荧光纳米探针，用于无创、长期监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植效果和免疫排斥反应	利用近红外荧光纳米探针标记供体RPE细胞，实现了移植细胞在体内的长期追踪和免疫排斥反应的评估	纳米探针信号强度随时间减弱，且信号分布扩展至脉络膜，可能影响长期监测的准确性	开发一种简单有效的方法，用于定量评估RPE细胞移植的治疗效果和免疫排斥反应	视网膜色素上皮细胞（RPE）移植和免疫排斥反应	生物医学工程	视网膜退行性疾病	近红外荧光成像、免疫荧光染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	荧光信号图像、RNA测序数据	小鼠模型
4187	2025-05-27	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	本研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI），为AP相关ALI治疗提供了全新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎和急性肺损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠急性胰腺炎模型和体外内皮细胞损伤模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和人脐静脉内皮细胞
4188	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing in the study of human retinal organoids 2025-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110417 PMID:40320034	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类视网膜类器官研究中的应用及其在视网膜发育和疾病研究中的重要作用	scRNA-seq技术能够识别不同的细胞群体、揭示发育轨迹和视网膜疾病的分子特征，为视网膜神经发生、细胞多样性及退行性疾病的病理生理学提供了新见解	NA	探讨scRNA-seq在视网膜类器官研究中的应用及其对理解视网膜发育和疾病的贡献	人类视网膜类器官（ROs）	生物医学研究	视网膜退行性疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4189	2025-05-27	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向肿瘤微环境中的MMP12抑制M2巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为MMP12的新型抑制剂，能够调节肿瘤微环境中的TAMs，为肝细胞癌治疗提供了新的靶向策略	研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统，尚未在人体临床试验中验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其潜在靶点和调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	细胞热转移实验、小分子下拉实验、表面等离子体共振、单细胞RNA测序、TCGA数据分析	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
4190	2025-05-27	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究揭示了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	发现麦冬皂苷C通过抑制DDX3X与NLRP3的相互作用来减少巨噬细胞焦亡，从而保护急性肺损伤	研究仅在小鼠模型和单细胞数据中进行，尚未进行人体临床试验	揭示麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型及脓毒症患者的单细胞数据
4191	2025-05-27	The upregulation of TNKS1 drives the phenotypic switching of vascular smooth muscle cells in aortic dissection through the activation of ferroptosis 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114722 PMID:40359887	研究论文	本研究探讨了TNKS1在主动脉夹层（AD）中对人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）表型转换的影响，揭示了TNKS1通过激活铁死亡驱动HASMCs表型转换的机制	首次发现TNKS1通过激活铁死亡驱动HASMCs表型转换，揭示了TNKS1在AD发病中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究TNKS1在AD发病中的作用机制	人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）	心血管疾病研究	主动脉夹层	单细胞RNA测序、WB、免疫荧光、RT-q-PCR、划痕实验、Co-IP	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
4192	2025-05-27	Bile acids produced by gut microbiota activate TGR5 to promote colorectal liver metastasis progression by inducing MDSCs infiltration in liver 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114829 PMID:40367692	research paper	该研究揭示了肠道微生物产生的胆汁酸通过激活TGR5促进结直肠肝转移的机制	发现了LCA通过TGR5-CCL3轴招募MDSCs的新机制，并揭示了MDSCs在肿瘤微环境中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究结直肠肝转移(CRLM)的免疫抑制微环境形成机制	结直肠癌肝转移小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、Luminex多重检测	小鼠疾病模型	代谢组学数据、单细胞转录组数据	四个小鼠队列(CRC、CRLM、LCA-fed CRC和LCA-fed CRLM)
4193	2025-05-27	Compromised adenosine-A2AR axis contributes to recurrent spontaneous abortion by promoting proinflammatory macrophage polarization 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114838 PMID:40373597	研究论文	本研究探讨了复发性自然流产(RSA)与巨噬细胞极化之间的关系，发现腺苷(Ado)可能作为生物标志物和治疗靶点	揭示了腺苷-A2AR轴在RSA中的作用机制，发现HK2过表达与巨噬细胞极化相关	研究样本量未明确说明，且体外实验结果需进一步体内验证	探究RSA的发病机制并寻找潜在治疗靶点	RSA患者的蜕膜组织和正常妊娠组织	生殖医学	复发性自然流产	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4194	2025-05-27	Multidimensional bioinformatics analysis reveals the potential carcinogenic role of acrylamide in colorectal cancer 2025-Jun-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118281 PMID:40347726	研究论文	本研究通过多维生物信息学分析揭示了丙烯酰胺在结直肠癌中的潜在致癌作用	识别了四个关键的丙烯酰胺相关结直肠癌驱动基因，并揭示了它们通过PI3K-AKT通路和免疫抑制微环境的作用机制	需要在更多队列和实验模型中验证关键靶点	阐明丙烯酰胺诱导结直肠癌的分子机制，为早期诊断和预防提供理论基础	丙烯酰胺相关基因和结直肠癌差异表达基因	生物信息学	结直肠癌	双向双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO和CTDbase数据库的数据，以及TCGA数据
4195	2025-05-27	Network toxicological and single-cell sequencing reveals the potential mechanisms of psoriatic toxicity of polybrominated diphenyl ethers 2025-Jun-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118307 PMID:40367614	研究论文	本研究通过网络毒理学和单细胞测序技术探讨了多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的潜在机制	结合网络毒理学和单细胞测序技术，首次在单细胞分辨率下揭示了PBDEs通过IL-24信号通路激活免疫细胞的机制，并鉴定了与银屑病发病相关的关键靶点	研究主要基于生物信息学分析和分子对接，缺乏体内或体外实验验证	探究多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的分子机制	多溴联苯醚（PBDEs）与银屑病的关联机制	网络毒理学与单细胞测序	银屑病	网络毒理学分析、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
4196	2025-05-27	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Jun, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与患者生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上发现显著关联	开发膀胱癌的预测模型并评估其预后和免疫治疗反应	膀胱癌患者及其肿瘤浸润免疫细胞相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、孟德尔随机化	20种机器学习算法	RNA表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个RNA表达数据集和scRNA-seq数据
4197	2025-05-27	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	research paper	该研究通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了发育中肺部的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究仅限于小鼠模型，未直接验证人类肺部发育的相关性	理解哺乳动物肺部的功能发育过程及其分子机制	发育中的小鼠肺部	空间转录组学	NA	高通量空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺部发育阶段
4198	2025-05-27	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	research paper	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%，并创建了TCellAtlas数据库供用户浏览和分析数据	NA	为T细胞亚型和状态提供一个参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	lung cancer, COVID-19, ovarian cancer	scRNA-seq	hierarchical models	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
4199	2025-05-27	Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation Induces Cognitive Recovery in Alzheimer's Disease via GABAergic Neuron Activation of the Cx3cl1-Cx3cr1 Axis 2025-May-25, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70061 PMID:40415257	研究论文	本研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）通过激活GABA能神经元和调节Cx3cl1-Cx3cr1信号轴在阿尔茨海默病（AD）认知恢复中的作用	揭示了rTMS通过激活GABA能神经元和增强Cx3cl1-Cx3cr1信号促进Aβ清除和认知恢复的新机制，为非侵入性AD治疗提供了新的分子靶点	研究基于5xFAD小鼠模型，结果在人类AD患者中的适用性需要进一步验证	探究rTMS对AD认知功能恢复的分子机制	5xFAD转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq分析、rTMS	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为数据	未明确说明样本量（使用5xFAD小鼠模型）
4200	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和传统RNA测序技术，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的作用	构建了一个基于CAFs的预后预测模型和诺模图，强调了CAFs在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能需要更多独立队列验证	探究CAFs在HNSC中的潜在作用及其预后价值	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列