单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-04-13	FAO-fueled OXPHOS and NRF2-mediated stress resilience in MICs drive lymph node metastasis 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2411241122 PMID:40215279	研究论文	本文研究了转移起始细胞（MICs）在淋巴结转移中的代谢重编程机制及其对食管鳞状细胞癌（ESCC）转移的促进作用	首次揭示了MICs依赖脂肪酸氧化（FAO）驱动的氧化磷酸化（OXPHOS）和NRF2-SLC7A11轴在淋巴结转移中的关键作用	研究主要基于食管鳞状细胞癌模型，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探究肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用机制	转移起始细胞（MICs）和食管鳞状细胞癌（ESCC）	肿瘤代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、转录组分析、脂质组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢数据	未明确说明样本数量
402	2025-04-13	LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196 PMID:40047069	研究论文	该研究探讨了长链非编码RNA MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用	首次揭示了MIR181A1HG通过诱骗Foxp1远离靶基因启动子并激活血管内皮中的NLRP3炎症小体来驱动血管炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MIR181A1HG在血管炎症和动脉粥样硬化中的调控作用	内皮细胞、动脉粥样硬化病变	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	MIR181A1HG-/-ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠动脉粥样硬化病变样本
403	2025-04-13	Dissecting FAP+ Cell Diversity in Pancreatic Cancer Uncovers an Interferon-Response Subtype of Cancer-Associated Fibroblasts with Tumor-Restraining Properties 2025-Apr-11, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3252 PMID:40215177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺导管腺癌(PDAC)中表达成纤维细胞激活蛋白-α(FAP)的间充质细胞，揭示了一种新的干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，并证明其具有抑制肿瘤的特性	发现了一种新的干扰素反应性CAF亚型(ifCAF)，并证明STING激动剂可诱导该表型，从而抑制肿瘤细胞的侵袭性并诱导肿瘤相关中性粒细胞的抗肿瘤表型	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床验证	解析PDAC中FAP+间质细胞的异质性并探索CAF亚型的调控机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAF)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，类器官共培养模型	NA	单细胞转录组数据	NA
404	2025-04-13	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-Apr-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究揭示了心理压力通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染的机制	发现了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞免疫功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究心理压力增加皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	NA	基因表达数据、脂质组数据	NA
405	2025-04-13	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify Gene-Metabolite Correlations 2025-Apr-11, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	research paper	提出一种新方法，将解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学整合在同一组织切片上，以识别癌症特定区域中代谢物与RNA转录本之间的新关联	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI空间代谢组学和Visium空间转录组学，克服了相邻连续切片间变异性的问题	NA	开发一种整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解癌症生物学	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
406	2025-04-13	Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia 2025-Apr-11, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01843-5 PMID:40216654	研究论文	通过单细胞转录组和RNA测序技术，研究胎盘免疫微环境中调控子痫前期的关键靶基因	首次结合单细胞测序和RNA测序技术分析子痫前期胎盘免疫微环境，并鉴定出巨噬细胞相关的关键调控基因	研究样本量有限，且未进行功能验证实验	揭示子痫前期的发病机制并寻找关键调控基因	子痫前期和非子痫前期患者的胎盘组织	数字病理学	子痫前期	单细胞转录组测序, RNA测序	NA	基因表达数据	两个公开数据集(GSE234729和GSE25906)的样本
407	2025-04-13	Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis 2025-Apr-11, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00422-3 PMID:40216939	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层次动态	首次对超过45,000个成纤维细胞进行纵向单细胞转录组分析，揭示了正常乳腺和肿瘤中成纤维细胞的层次结构和动态变化	研究仅基于小鼠模型，人类乳腺组织的适用性需要进一步验证	探索乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的动态变化和功能	小鼠乳腺组织中的成纤维细胞	单细胞转录组学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过45,000个小鼠乳腺成纤维细胞，涵盖5个不同发育阶段和肿瘤发生过程
408	2025-04-13	Mapping dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to complex disease genetics 2025-Apr-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100397 PMID:39741416	研究论文	利用单细胞转录组数据研究遗传变异如何影响人类生理和疾病中的生物过程，并开发了一个量化基因表达动态遗传调控的框架	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够量化基因表达的动态遗传调控及其细胞类型特异性	面临单细胞RNA测序数据稀疏性、复杂细胞状态表达模式以及人群规模研究参考资源有限等挑战	研究遗传变异对基因表达的调控及其在复杂疾病遗传学中的应用	中脑神经元在诱导多能干细胞分化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	来自UK Biobank的超过1,500种表型的基因组资源
409	2025-04-13	Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812 PMID:40112817	研究论文	通过单细胞eQTL分析揭示了与胃癌风险相关的细胞类型特异性基因	首次在胃癌研究中采用单细胞RNA测序技术进行eQTL分析，揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应	样本仅来自中国人群，可能限制结果的普适性	探索胃癌风险相关的细胞类型特异性基因调控机制	203名中国个体的399,683个胃细胞	基因组学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	eQTL分析	单细胞转录组数据	203名中国个体的399,683个胃细胞
410	2025-04-13	Development of a breast cancer invasion score to predict tumor aggressiveness and prognosis via PI3K/AKT/mTOR pathway analysis 2025-Apr-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02422-y PMID:40204712	research paper	该研究通过分析乳腺癌单细胞RNA测序数据，开发了一个乳腺癌侵袭评分（BCIS）模型，用于预测肿瘤侵袭性和预后	首次开发了基于PI3K/AKT/mTOR通路分析的BCIS评分模型，能够区分侵袭性和非侵袭性乳腺癌细胞	研究样本量有限，仅分析了三个导管癌阶段的数据	探索乳腺癌侵袭性的分子特征并开发预后预测模型	乳腺癌细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	LASSO Cox regression	RNA-seq data	TCGA-BRCA、GSE20685和METABRIC数据集
411	2025-04-13	CCL3 correlates with ferroptosis in intervertebral disc degeneration and its prognostic significance 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94989-w PMID:40204911	研究论文	本研究探讨了CCL3与铁死亡在椎间盘退变(IVDD)中的相关性及其预后意义	首次揭示了CCL3通过pAMPK/AMPK通路调控细胞凋亡并影响IVDD进展的机制，并评估了其作为IVDD诊断和预后生物标志物的潜力	需要进一步研究以探索针对CCL3的治疗策略	阐明铁死亡的潜在机制和CCL3在IVDD中的作用，以确定其诊断和预后意义	椎间盘退变(IVDD)患者	数字病理学	椎间盘退变	单细胞测序、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	来自TCGA数据库的单细胞测序数据及人类组织样本
412	2025-04-13	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-Apr-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	research paper	该研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用	小胶质细胞和阿尔茨海默病转基因小鼠模型（5×FAD）	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（single-nucleus RNA sequencing）、单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing）	转基因小鼠模型（5×FAD）	RNA测序数据	转基因小鼠模型（具体数量未提及）
413	2025-04-13	Revealing tumor microenvironment communication through m6A single-cell analysis and elucidating immunotherapeutic potentials for cutaneous melanoma (CM) 2025-Apr-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06176-z PMID:40205154	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示黑色素瘤微环境中m6A RNA甲基化的作用及其免疫治疗潜力	首次在皮肤黑色素瘤中探索m6A RNA甲基化在肿瘤微环境中的作用，并鉴定出COL3A1基因作为关键调控因子	研究仅基于三个公开数据库的皮肤黑色素瘤样本，样本量较小	探究m6A RNA甲基化在皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的调控作用及其免疫治疗潜力	皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的m6A RNA甲基化调控因子	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序，非负矩阵分解(NMF)分析	NMF	单细胞RNA测序数据	3个皮肤黑色素瘤样本
414	2025-04-13	A single-cell atlas of bladder cancer unveils dynamic cellular composition and endothelial functional shifts during progression 2025-Apr-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02297-6 PMID:40205274	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了膀胱癌进展过程中内皮细胞的动态组成和功能变化	发现了MIBC特异性ADAM10+内皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的潜在作用	研究仅基于公共数据集，缺乏实验验证	阐明膀胱癌进展中内皮细胞的异质性和功能状态	47名膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq	CellChat	RNA sequencing data	47名患者
415	2025-04-13	Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data via machine learning and bioinformatics reveals the role of lysine metabolism-related genes in gastric carcinogenesis 2025-Apr-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14051-w PMID:40205350	研究论文	通过机器学习和生物信息学方法综合分析scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	创新性地鉴定了两个关键基因SLC7A7和VIM作为赖氨酸代谢相关基因参与胃癌发生，并建立了可靠的预后风险列线图	NA	探究赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	胃癌细胞及其亚型	生物信息学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 细胞和分子生物学方法	机器学习	RNA-seq数据	临床样本和体外实验
416	2025-04-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals prognosis-related stromal signatures that potentiate stratification of patients with extrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-09, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03829-8 PMID:40205358	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示与预后相关的基质特征，用于肝外胆管癌患者的分类	首次在肝外胆管癌中通过单细胞RNA测序识别预后相关的基质细胞亚群，并基于这些特征对患者进行分层	样本量较小（8例活检样本），且仅基于转录组数据，未进行功能验证	探索肝外胆管癌中与预后相关的基质细胞特征及其临床意义	肝外胆管癌患者的肿瘤组织和配对正常组织	数字病理学	肝外胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bRNA-seq）	NA	转录组数据	8例活检样本（5例肿瘤组织和3例配对正常组织），43例肿瘤组织的批量RNA测序数据
417	2025-04-13	Filtering cells with high mitochondrial content depletes viable metabolically altered malignant cell populations in cancer single-cell studies 2025-Apr-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03559-w PMID:40205439	研究论文	本文探讨了在癌症单细胞研究中过滤高线粒体含量细胞的必要性及其对代谢异常恶性细胞群的影响	挑战了当前肿瘤单细胞RNA-seq分析中的质量控制实践，揭示了高线粒体RNA含量的恶性细胞的功能特性	研究主要基于公开数据集，可能未涵盖所有癌症类型	改善癌症单细胞RNA-seq数据的解释和未来癌症研究的数据分析方法	恶性细胞和非恶性细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	441,445个细胞来自134名患者
418	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing reveals the intra-tumoral heterogeneity and immune microenvironment of small cell carcinoma of the ovary, hypercalcemic type 2025-Apr-09, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01649-8 PMID:40205496	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了高钙血症型卵巢小细胞癌的肿瘤内异质性和免疫微环境	首次使用单细胞RNA测序技术研究SCCOHT的肿瘤内异质性和免疫微环境，并发现新的潜在治疗靶点	样本量较小（15个样本），且仅对一个原发灶和一个复发灶进行了单细胞RNA测序	探索SCCOHT的基因组突变和肿瘤微环境，以寻找潜在的治疗靶点	高钙血症型卵巢小细胞癌（SCCOHT）患者样本	digital pathology	ovarian cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全外显子测序、基因panel检测、多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	15个SCCOHT样本（包括原发灶和复发灶）
419	2025-04-13	Single-cell and spatial transcriptomic analyses revealing tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoimmunotherapy in non-small cell lung cancer 2025-Apr-09, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02287-w PMID:40205583	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）患者在新辅助化疗免疫治疗后肿瘤微环境的重塑	揭示了CD4+Treg T细胞、mCAFs、CD4+Th17 T细胞、iCAFs以及SELENOP-巨噬细胞在肿瘤微环境中的分布和作用，特别是SELENOP-巨噬细胞与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤边界上的共定位及其在联合治疗中的协同作用	样本量较小（16个肺癌组织样本，来自12名NSCLC患者），可能影响结果的普遍性	研究新辅助化疗免疫治疗对NSCLC患者肿瘤微环境的影响，并识别与治疗敏感性相关的关键分子、细胞亚群、通讯模式和空间分布	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	16个肺癌组织样本（来自12名NSCLC患者）
420	2025-04-13	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	研究论文	该研究通过联合模型分析单细胞和批量组织的eQTL数据，提高了自身免疫疾病相关基因的识别能力，并开发了药物再利用流程	提出了一种联合模型（JOBS）来整合单细胞和批量组织的eQTL数据，显著提高了eQTL的识别能力，并开发了药物再利用流程	单细胞eQTL数据集规模较小，可能影响模型的全面性	提高自身免疫疾病相关基因的识别能力，并探索新的药物治疗方法	单细胞和批量组织的eQTL数据，以及14种免疫介导的疾病	基因组学	自身免疫疾病	scRNA-seq, GWAS	JOBS	基因表达数据	OneK1K和eQTLGen数据集