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当前共找到 10549 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-04-23 |
Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849
PMID:40233746
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研究论文 | 本文介绍了首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱RIRA，通过对比转录组谱与免疫谱系，揭示了无监督聚类在解释免疫细胞表型和功能时的局限性 | 首次构建猕猴免疫单细胞多组织图谱，并利用表面蛋白和标记基因作为基准，系统评估转录组谱与免疫谱系的对齐情况，识别了具有高判别价值的基因程序 | 无监督聚类在T细胞和NK细胞等功能性亚群中可能导致系统性混合，因为这些亚群缺乏明确的标记基因且共享强烈的表达程序（如细胞毒性） | 提高通过单细胞RNA测序数据解释免疫细胞表型和功能的准确性 | 猕猴的免疫细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 402 | 2026-04-23 |
Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung
2025-May-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027884
PMID:40014797
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研究论文 | 本研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植潜力，并可能支持人类造血功能 | 首次在成人肺中鉴定出功能性造血祖细胞，其频率与骨髓相似，并具有独特的基因特征和空间定位 | 研究主要基于小鼠移植实验和基因表达分析，人类体内功能验证有限 | 探索成人肺中造血祖细胞的存在、功能和潜在作用 | 成人肺组织中的CD34+造血祖细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 人类肺组织样本和血液样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 403 | 2026-04-23 |
Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014
PMID:39753128
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了人类和小鼠视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化，并发现了Müller胶质细胞中的“可塑性基因”程序 | 首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别出Müller胶质细胞中转录沉默但染色质可及的“可塑性基因”，这些基因在视网膜应激和疾病响应中起关键作用 | 研究主要基于发育过程，对成年或疾病状态下的可塑性基因功能验证可能不足，且样本量未明确说明 | 探究视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化及其在应激和疾病响应中的作用 | 人类和小鼠的视网膜细胞，特别是Müller胶质细胞 | 表观遗传学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq），批量测序 | NA | 单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 404 | 2026-04-23 |
Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08656-1
PMID:40011786
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研究论文 | 本研究开发了TACIT方法，用于在小鼠早期胚胎中进行基因组覆盖的单细胞组蛋白修饰分析，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了胚胎发育中的表观遗传重编程和细胞命运决定机制 | 开发了TACIT方法，首次实现了小鼠早期胚胎中七种组蛋白修饰的基因组覆盖单细胞分析，并结合机器学习识别了全能性基因调控网络 | 研究仅针对小鼠模型，未涉及人类或其他物种，且方法可能受技术限制影响覆盖深度或准确性 | 探究小鼠早期胚胎发育中的单细胞表观遗传重编程和细胞异质性形成机制 | 小鼠早期胚胎（从受精到囊胚形成阶段） | 发育生物学 | NA | 靶向染色质索引和标签化（TACIT）、单细胞RNA测序、CRISPR激活 | 机器学习模型 | 表观遗传数据（组蛋白修饰）、转录组数据（RNA-seq） | 未明确指定样本数量，但涉及小鼠早期胚胎的多阶段分析 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 405 | 2026-04-23 |
Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610
PMID:39666379
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，结合数学模型，预测了放疗联合免疫检查点抑制剂的最佳组合与给药时机 | 首次通过单细胞和空间转录组技术动态解析食管癌患者放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用变化，并构建数学模型预测五种ICI在四个不同时间点给药的效果 | 研究基于食管癌患者样本，模型预测结果需在临床试验中进一步验证 | 探索放疗联合免疫检查点抑制剂的最佳治疗方案与给药时机 | 食管癌患者的组织样本 | 计算生物学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 数学建模 | 数学模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 食管癌患者组织样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 406 | 2026-04-23 |
Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639936
PMID:40060479
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学元分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于统一比较神经发育过程 | 提出了一种细胞类型无关的模型，能够跨细胞类型、数据集和物种（如人类和小鼠）准确预测发育年龄，并成功应用于神经类器官和疾病模型 | 模型主要基于转录组数据，可能未涵盖其他生物学层面（如表观遗传或蛋白质组）的发育信息，且样本来源和预处理差异可能影响泛化能力 | 开发一个统一框架，以比较不同背景、模型系统和物种中的神经发育过程 | 人类和小鼠的发育中大脑细胞，以及人类神经类器官 | 单细胞转录组学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA-seq | 正则化回归模型 | 单细胞转录组数据 | 超过280万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2026-04-23 |
An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760
PMID:40861433
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研究论文 | 本文介绍了一种名为nimble的补充对齐工具，用于增强标准RNA-seq分析流程，特别关注免疫相关基因数据的捕获 | 开发了nimble工具，通过自定义基因空间和可定制的评分标准，补充标准RNA-seq分析，有效恢复因遗传多态性或基因组注释不准确而丢失的免疫基因数据 | 未明确提及具体的技术限制或样本量不足等问题 | 提高RNA-seq数据分析的准确性和完整性，特别是在免疫学研究中捕获标准分析可能遗漏的信息 | RNA-seq数据，包括bulk和单细胞RNA-seq数据，重点关注免疫相关基因如MHC和KIR | 自然语言处理 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2026-04-23 |
Revealing tissue architecture through the hypercomplex Fourier analysis of spatial transcriptomics data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf191
PMID:41195088
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研究论文 | 本文提出了一种使用四元数域离散傅里叶变换分析空间转录组学数据的方法 | 首次将四元数表示应用于空间转录组学数据，实现多维特征整合和傅里叶分析 | 方法主要针对Visium HD数据，在其他平台或单细胞RNA测序数据中的应用需进一步验证 | 开发新的数学框架以增强空间转录组学数据的分析和可视化能力 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 四元数域离散傅里叶变换 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台 |
| 409 | 2026-04-23 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies CCR6-Driven Immune Landscape Changes in RM1 Prostate Cancer Bone Metastasis
2025 Jan-Dec, DNA and cell biology reports
DOI:10.1089/dcbr.2025.0001
PMID:42004296
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了CCR6缺失如何影响RM1前列腺癌骨转移模型中骨髓免疫细胞的通讯与动态变化 | 首次在RM1前列腺癌骨转移模型中，通过单细胞RNA测序系统揭示了CCR6驱动的免疫微环境重塑机制，并识别了关键的转录因子网络和细胞通讯通路变化 | 研究基于小鼠模型，虽然与人类去势抵抗性前列腺癌骨转移数据有保守性验证，但直接临床转化仍需进一步人体实验确认 | 探究CCR6在前列腺癌骨转移免疫微环境中的作用机制，以寻找免疫治疗新靶点 | RM1前列腺癌骨转移模型中的骨髓免疫细胞 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型与CCR6敲除C57BL/6小鼠注射RM1-BoM3细胞后的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 410 | 2026-04-22 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
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研究论文 | 本文提出了一种基于最优传输的轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组学数据，以保持生物结构单元的完整性 | SOCS方法在时间序列空间转录组学中引入结构约束，确保生物结构单元在时间上的空间连贯性，这是现有方法所缺乏的 | NA | 开发一种能够准确推断时间序列空间转录组学数据中发育轨迹的方法 | 时间序列空间转录组学数据，特别是卵巢滤泡和肾小管等空间连续区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 411 | 2026-04-22 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 本研究揭示了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中调控发育决策的功能，并建立了连接自闭症相关基因的分子病理研究框架 | 首次发现FKH-7/FOXP在化学感应神经元中调控幼虫进入发育停滞期（dauer阶段）的决策功能，并证明人类FOXP1可在该功能上替代FKH-7 | 研究基于线虫模型，在哺乳动物系统中的直接适用性需要进一步验证 | 探究自闭症相关转录因子FOXP1及其同源物在发育决策中的分子机制 | 线虫（C. elegans）的化学感应神经元及发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 412 | 2026-04-22 |
TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging
2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625273
PMID:39896546
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研究论文 | 本文介绍了TimeFlies，一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟，利用深度学习预测供体年龄并揭示性别差异 | 开发了首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞转录组衰老时钟，并应用于探究性别差异在衰老中的机制 | 研究局限于果蝇头部，未涉及其他组织或物种，且单细胞测序技术可能存在技术偏差 | 构建一个稳健的单细胞转录组衰老时钟，以识别年龄相关基因并探究性别特异性衰老途径 | 果蝇头部细胞 | 自然语言处理 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 未指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 413 | 2026-04-22 |
Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow
2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592241308757
PMID:40109220
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研究论文 | 本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发多癌组织微阵列和分子与蛋白质友好的脱钙方案，评估了PhenoCycler-Fusion和Xenium平台在多种肿瘤类型（包括脱钙骨髓）中的空间蛋白质组学和转录组学应用 | 开发了分子与蛋白质友好的脱钙方案，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学分析，并建立了系统性的组织质量、标记物完整性和数据可重复性评估方法 | 未明确提及样本量限制或技术适用范围的具体局限性 | 优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的预分析挑战，以支持下游空间生物学研究 | 多癌组织微阵列（TMA）和脱钙处理的FFPE骨髓核心样本 | 空间生物学 | 多癌种 | 空间蛋白质组学、空间转录组学、高重免疫组织化学（IHC）、单细胞分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | Xenium, PhenoCycler-Fusion | Xenium用于空间转录组学分析，PhenoCycler-Fusion用于高重空间蛋白质组学分析 |
| 414 | 2026-04-21 |
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Dec-18, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202503469
PMID:41414646
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研究论文 | 本研究开发了一种可血管内输注的脱细胞细胞外基质生物材料（iECM），并通过单细胞核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了其在急性心肌梗死后促进多种细胞类型修复反应的分子机制 | 首次利用单细胞核RNA测序技术解析了iECM在心肌梗死修复过程中的细胞特异性作用机制，并发现了新的治疗通路 | 研究仅观察了输注后1、3、7天的急性期反应，缺乏长期效果评估 | 探究脱细胞细胞外基质生物材料在心肌梗死修复中的细胞与分子机制 | 心肌梗死模型中的心脏细胞类型（包括巨噬细胞、成纤维细胞、血管细胞等） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 急性时间点（输注后1、3、7天）的多细胞类型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 415 | 2026-04-21 |
Alveolar Type II Cell-derived MMP1 high basal cells promote destructive microcysts in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693033
PMID:41573956
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研究论文 | 本研究探讨了特发性肺纤维化（IPF）中肺泡微囊肿的形成机制，重点关注肺泡II型细胞（AT2）衍生的MMP1高表达基底细胞的作用 | 使用HTII-280作为AT2衍生AT0和基底样细胞的短期谱系标记，结合类器官和空间转录组学（Xenium），揭示了IPF微囊肿中基底细胞扩增与MMP1表达的关联，并发现Frizzled 5 WNT激动剂抗体可逆转AT2衍生基底细胞的MMP1高表达状态 | 研究主要基于体外类器官和异种移植模型，可能无法完全模拟体内IPF的复杂微环境 | 探究IPF中肺泡微囊肿形成的细胞机制及潜在治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织样本，包括肺泡II型细胞（AT2）、AT0细胞、基底样细胞和基底细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学，类器官培养，异种移植 | NA | 空间转录组数据，组织图像 | 未明确指定样本数量，但涉及IPF患者肺组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 416 | 2026-04-21 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Dec-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101035
PMID:41061702
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研究论文 | 开发了一种基于深度神经网络的工具DeepScence，用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞 | 提出了一个整合多个已发表基因集的衰老相关基因集CoreScence，并基于此构建了深度学习方法DeepScence，在多种数据类型的衰老细胞识别中显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法，以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 417 | 2026-04-21 |
Anti-progestin therapy targets hallmarks of breast cancer risk
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09684-7
PMID:41193807
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研究论文 | 本研究评估了使用醋酸乌利司他进行孕酮受体拮抗治疗12周，对24名绝经前女性乳腺癌风险替代标志物的影响 | 首次通过多组学分析和活细胞方法，揭示了醋酸乌利司他通过基质重塑和管腔祖细胞抑制来预防乳腺癌的机制，并发现了胶原VI与SOX9管腔祖细胞定位之间的空间关联 | 样本量较小（仅24名参与者），且为短期（12周）干预研究，长期效果和安全性尚需进一步验证 | 评估孕酮受体拮抗剂醋酸乌利司他是否能够降低绝经前女性的乳腺癌风险标志物 | 24名绝经前女性乳腺癌风险患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、组织学、原子力显微镜、MRI扫描 | NA | 图像、文本、视频 | 24名绝经前女性 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 418 | 2026-04-21 |
Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09580-0
PMID:41034582
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研究论文 | 本研究开发了CloneSeq-SV方法，结合单细胞全基因组测序和靶向深度测序，利用克隆特异性结构变异追踪卵巢癌治疗过程中的克隆演化 | 利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏内源性cfDNA标志物，实现治疗过程中共存克隆群体的相对丰度测量和进化分析 | 研究样本量有限（18例患者），且主要针对高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型 | 研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中耐药性的克隆演化机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | 基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序，靶向深度测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组DNA，细胞游离DNA，RNA | 18例患者 | NA | 单细胞全基因组测序，靶向深度测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 419 | 2026-04-21 |
PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667996
PMID:40766638
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研究论文 | 本研究探讨PTEN基因在SHH亚型髓母细胞瘤中通过细胞自主和非自主机制抑制肿瘤生长的作用 | 揭示了PTEN缺失通过促进细胞增殖、增强祖细胞状态以及减少巨噬细胞浸润和细胞毒性，加速SHH髓母细胞瘤生长的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者中的直接验证尚需进一步研究 | 探究PTEN基因在SHH髓母细胞瘤生长中的调控机制及其对疾病预后的影响 | SHH亚型髓母细胞瘤小鼠模型及小脑颗粒细胞前体细胞 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 420 | 2026-04-21 |
Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD
2025-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09083-y
PMID:40533550
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和染色质动态分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑前额叶皮层中的细胞特异性分子调控机制 | 首次在超过两百万个细胞核中，以细胞类型特异性方式整合遗传、转录组和表观遗传数据，系统解析PTSD的调控机制，并利用空间转录组学验证关键基因 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体状态下的动态变化；样本量虽大，但疾病异质性可能影响结果普适性 | 探究PTSD在人脑前额叶皮层中的细胞特异性分子基础与调控网络 | 111个人类死后大脑的背外侧前额叶皮层细胞核 | 单细胞组学 | 创伤后应激障碍 | 单细胞转录组测序、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据、空间转录组数据 | 超过两百万个细胞核，来自111个人类大脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |