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当前共找到 10570 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-09-18 |
Epigenetic Adaptation Drives Monocyte Differentiation into Microglia-Like Cells Upon Engraftment into the Central Nervous System
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 该研究通过骨髓嵌合体、单细胞RNA测序、ATAC-seq、流式细胞术和免疫组化等手段，证明进入中枢神经系统的单核细胞会经历表观遗传重编程，获得小胶质细胞标志物表达并转化为小胶质细胞样细胞 | 挑战了现有观点，即P2RY12、TMEM119和FCRLS等标志物可特异性区分驻留小胶质细胞与浸润单核细胞，首次证明浸润单核细胞在进入中枢神经系统后可发生广泛的表观遗传和转录重塑，获得小胶质细胞样命运，并在表型上与胚胎来源小胶质细胞难以区分 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究进入中枢神经系统的单核细胞是否能够获得小胶质细胞标志物表达，以及其背后的表观遗传和转录调控机制 | 骨髓嵌合体小鼠模型中的浸润单核细胞、中枢神经系统驻留小胶质细胞，以及视网膜损伤模型和生理条件下的脑与脊髓组织 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 流式细胞术, 免疫组化 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 402 | 2026-09-18 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 本文通过整合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析，揭示了PRC2核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的关键调控作用 | 首次系统阐明了Eed在神经嵴细胞诱导后阶段（而非诱导阶段）对颅面发育的具体作用，结合单细胞转录组和表观遗传图谱揭示了Eed通过调控多种转录因子程序驱动迁徙后神经嵴细胞的间充质分化与增殖 | 研究主要基于小鼠模型，人类罕见先天性综合征的转化相关性仍需进一步验证；单细胞测序和表观遗传分析的样本量及细胞数量未在摘要中明确说明 | 探究PRC2核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面发育的胚胎、细胞和分子层面的调控机制 | 小鼠胚胎神经嵴细胞及颅面间充质细胞 | 机器学习, 表观遗传学 | 颅面先天性畸形 | 单细胞RNA测序, 表观遗传分析 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 403 | 2026-09-18 |
Single-cell transcriptional changes across the blood stages of artemisinin-resistant K13580Y Plasmodium falciparum upon dihydroartemisinin exposure
2025-Jul-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.06.570387
PMID:38105992
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，对青蒿素敏感（K13-C580）和抗性（K13-580Y）恶性疟原虫在同源等基因背景下，经双氢青蒿素6小时脉冲处理后的全红细胞内期转录组变化进行了高分辨率分析 | 首次在共等基因寄生虫系中应用单细胞RNA测序技术，跨全部红细胞内期解析青蒿素抗性K13580Y突变体的转录响应；结合MELD计算框架量化转录扰动，揭示了抗性株在药物压力下更一致和稳健的转录适应；发现GARP和PfEMP1等表面蛋白作为潜在干预靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性，但6小时DHA脉冲处理可能无法完全反映临床长期用药下的寄生虫响应；单细胞RNA测序可能受限于寄生虫转录组捕获效率；功能验证仅限于抗GARP抗体实验 | 探究青蒿素抗性K13580Y恶性疟原虫在双氢青蒿素暴露下的分子基础，解析其跨血液阶段的单细胞转录变化 | 共等基因恶性疟原虫系K13野生型（K13-C580）和青蒿素抗性突变体（K13-580Y） | 单细胞转录组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | MELD计算框架 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 404 | 2026-09-18 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 本文提出了scooby框架，首次在单细胞分辨率下从DNA序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱，基于预训练多组学模型Borzoi微调，实现对基因调控的建模 | 首次实现从DNA序列在单细胞分辨率下预测scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱；利用预训练Borzoi作为基础模型并配备细胞特异性解码器；通过细胞在预计算单细胞嵌入中的位置作为条件，具备强泛化能力；可将批量eQTL效应分解为单细胞效应 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 理解调控DNA元件如何在单个细胞中塑造基因表达，建立跨基因表达步骤的序列决定因素的统一基因调控模型 | 造血数据集中的单细胞 | 机器学习, 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞多组学 | Borzoi, 细胞特异性解码器 | DNA序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 405 | 2026-09-18 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.26.625488
PMID:39651240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序研究三刺鱼减数分裂性染色体失活（MSCI）是否存在，发现X和Y染色体在减数分裂过程中维持基因表达，未表现出MSCI特征。 | 首次在三刺鱼中研究MSCI，发现尽管Y染色体存在序列退化和结构演化，MSCI并未发生，表明MSCI可能并非硬骨鱼类的保守特征；同时发现X连锁基因存在睾丸特异性的更快-X效应和基因逐个剂量补偿。 | 研究仅针对三刺鱼一种物种，需在其他物种中进一步验证；单细胞RNA测序可能受技术灵敏度限制，未能完全排除低水平MSCI事件。 | 探究三刺鱼中是否存在减数分裂性染色体失活（MSCI），以及MSCI与Y染色体序列退化和结构演化之间的关系。 | 三刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的性染色体（X和Y）及精子发生过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 406 | 2026-09-18 |
MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626766
PMID:39677693
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研究论文 | 该文章描述了基于图像的空间转录组学数据中常见的缺陷，并开发了MerQuaCo这一开源计算工具来自动检测和量化这些缺陷以进行质量控制 | 开发了MerQuaCo开源工具，能够无需用户输入自动检测和量化空间转录组学数据中的缺陷，实现了严格、客观的数据质量评估 | 研究主要基于Vizgen MERSCOPE平台的小鼠脑组织切片数据，工具在其他平台和组织类型上的通用性有待验证 | 开发计算工具以自动评估基于图像的空间转录组学数据质量，解决当前手动质量评估劳动强度大且主观性强的问题 | 641张新鲜冷冻成年小鼠脑组织切片的空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 基于图像的空间转录组学 | NA | 图像 | 641张新鲜冷冻成年小鼠脑组织切片 | Vizgen | 空间转录组学 | Vizgen MERSCOPE | Vizgen MERSCOPE基于图像的空间转录组学平台 |
| 407 | 2026-09-18 |
CROPseq-multi: a universal solution for multiplexed perturbation in high-content pooled CRISPR screens
2025-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
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研究论文 | 本文报道了CROPseq-multi（CSM）的开发，这是一种受CROPseq启发的慢病毒系统，用于在多重扰动CRISPR筛选研究中实现多重SpCas9扰动，并具有多样的读出兼容性 | 开发了CROPseq-multi（CSM）慢病毒系统，可实现多重SpCas9扰动；构建了双引导CSM文库，通过单步分子克隆即可完成，并便于使用唯一分子标识符；开发了优化的多重检测方案，使条形码计数提高10倍，可检测重组事件，并将解码所需的测序循环数减少3倍；CROPseq-multi-v2（CSMv2）增加了对基于T7 RNA聚合酶转录的检测方法的兼容性 | 摘要中未明确提及 | 开发一种通用的多重扰动CRISPR筛选解决方案，兼容个体扰动和组合扰动、多样的SpCas9扰动技术以及多种高含量单细胞表型读出 | CRISPR筛选系统、慢病毒载体系统、SpCas9扰动技术 | 机器学习 | NA | CRISPR筛选、慢病毒转导、单细胞RNA测序、光学池筛选 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 408 | 2026-09-18 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，探究伯氏疏螺旋体脂蛋白处理小鼠骨髓来源巨噬细胞后，双特异性磷酸酶1（DUSP1）对巨噬细胞炎症通路的调控作用 | 首次将单细胞RNA测序与无偏蛋白质组学相结合，系统解析伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞转录和蛋白水平变化，并揭示DUSP1作为负调控NLRP3介导促炎信号、正调控干扰素刺激基因表达的关键分子，同时发现DUSP1、IkB激酶复合物和MyD88参与调控线粒体变化 | 研究仅在小鼠骨髓来源巨噬细胞中进行，未在体内动物模型或人类样本中验证；未详细阐明DUSP1调控线粒体变化的具体分子机制 | 解析伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导宿主巨噬细胞免疫调节通路的转录和蛋白质组学模式，探索DUSP1作为治疗靶点调控宿主反应以限制螺旋体在蜱和哺乳动物宿主间感染循环中存活的潜力 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs），经伯氏疏螺旋体脂蛋白处理 | 机器学习, 数字病理学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序, 无偏蛋白质组学 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 409 | 2026-09-18 |
Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646438
PMID:40236062
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研究论文 | 该研究发现表皮中的局部抗原经历通过增强TGFβ信号传导和增殖能力，提升CD8组织驻留记忆T细胞的适应性 | 首次揭示表皮发育过程中局部抗原经历通过TCR信号驱动TGFβRIII差异表达，降低T细胞对TGFβ的依赖并增强其驻留与增殖能力 | 摘要未提及具体实验限制，如样本量、模型系统或长期功能验证的局限 | 探究皮肤局部抗原经历如何影响表皮CD8组织驻留记忆T细胞的适应性与持久性 | 表皮CD8组织驻留记忆T细胞（T）及其前体细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本（基因表达数据） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 410 | 2026-09-18 |
Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos
2025-07-09, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05497-5
PMID:40634327
|
研究论文 | 该研究对野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎四个时间点的心脏组织进行单细胞RNA测序，构建了心脏发育的单细胞转录组图谱 | 提供了Cyp26b1敲除小鼠心脏发育的单细胞转录组数据集，揭示了Cyp26b1缺失后心肌细胞的转录变化 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究Cyp26b1对心脏发育的影响，特别是与左心室心肌致密化不全的关联 | 野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎心脏组织 | 单细胞转录组学 | 左心室心肌致密化不全 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 134499个高质量细胞（57923个野生型，62488个敲除型），来自四个时间点（E10.5-E13.5）的小鼠胚胎心脏 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 411 | 2026-09-18 |
SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics
2025-Jun-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt7450
PMID:40498826
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研究论文 | 该论文介绍了空间转录组学分析资源SOAR平台，整合了13个物种、42种组织类型、19种空间转录组学技术的3461个样本，用于生物学发现和药物发现 | 构建了首个跨13个物种、42种组织类型、19种空间转录组学技术的综合性空间转录组学分析平台SOAR，统一处理了3461个样本，并揭示了肿瘤微环境中免疫细胞极性的协调机制，发现了西罗莫司、曲古抑菌素A等潜在抗癌药物和JAK/STAT抑制剂用于溃疡性结肠炎治疗 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 构建综合性的空间转录组学分析平台，支持生物学发现和药物发现，促进分子功能、疾病机制和潜在治疗靶点的发现 | 来自13个物种、42种组织类型、19种空间转录组学技术的3461个空间转录组学样本 | 空间转录组学 | 肿瘤、溃疡性结肠炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据、图像 | 3461个空间转录组学样本，涵盖13个物种、42种组织类型 | 10x Genomics, NanoString, Illumina, BGI, MGI等 | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString GeoMx, Slide-seq等 | 整合了19种不同的空间转录组学技术平台 |
| 412 | 2026-09-18 |
Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures
2025-06, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003204
PMID:40550000
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研究论文 | 该研究通过先进成像技术和激光捕获显微切割技术，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞的独特转录组特征及其在免疫和降解相关功能中的作用 | 首次通过激光捕获显微切割技术定义了卵巢多核巨细胞的独特转录组，发现其具有高Gpnmb表达和独特的免疫与降解相关分子特征，并揭示了其与T细胞的密切相互作用 | 多核巨细胞的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析 | 定义卵巢多核巨细胞的存在、转录组特征及其在卵巢衰老中的功能 | 小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织 | 数字病理学 | NA | 激光捕获显微切割，先进成像技术 | NA | 图像，转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 413 | 2026-09-18 |
Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV
2025-05-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000672
PMID:40227083
|
研究论文 | 通过对慢性乙型肝炎（CHB）患者和健康对照者的外周血单核细胞进行单细胞RNA测序，揭示了单核细胞异质性及其与肝纤维化的关联，发现LMO2高表达与单核细胞扩增相关，以及单核细胞-血小板聚集体（MPA）在肝纤维化早期阶段的重要作用 | 首次在慢性HBV感染合并肝纤维化患者中通过单细胞RNA测序揭示循环单核细胞的异质性，发现LMO2高表达可能与单核细胞扩增相关，并鉴定出一个高表达血小板相关基因（如ITGA2B）的经典单核细胞亚群即单核细胞-血小板聚集体（MPA），证明MPA通过CCL5信号促进肝星状细胞炎症因子表达 | 研究样本量相对有限，仅对循环单核细胞进行了单细胞RNA测序而缺乏肝脏组织内的验证，MPA参与肝纤维化的具体分子机制尚需进一步深入探究 | 探究慢性乙型肝炎患者循环单核细胞的异质性特征及其在肝纤维化进展中的作用机制 | 慢性乙型肝炎合并肝纤维化患者（CHB组）和健康对照者（HC组）的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎合并肝纤维化患者和健康对照者的外周血单核细胞样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 414 | 2026-09-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals a reprogramming of hepatic immune cells and a protective role for B cells in MASH-driven HCC
2025-05-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000668
PMID:40257356
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了MASH驱动肝细胞癌中肝脏免疫细胞的重编程，并发现B细胞通过增强T细胞反应发挥抗肿瘤保护作用 | 首次在MASH驱动的HCC小鼠模型中系统描绘了肝内免疫细胞（包括B细胞、T细胞和巨噬细胞）的转录重编程图谱，发现了一群扩增的活化B细胞亚群具有抗肿瘤基因表达特征并与肝癌患者生存率提高相关，并通过μMT小鼠B细胞清除实验证明了B细胞通过增强CD8+ T细胞活化来抑制肝癌进展的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人类肝癌样本中进一步验证；单细胞RNA测序可能遗漏低表达基因和稀有细胞亚群；B细胞增强T细胞抗肿瘤免疫的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究MASH驱动肝细胞癌中肝内免疫细胞的异质性和基因表达谱，并阐明B细胞在抗肿瘤免疫中的作用 | 高脂高碳水化合物饮食喂养的MUP-uPA小鼠模型中的肝内免疫细胞，以及μMT B细胞缺陷小鼠 | 单细胞组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 415 | 2026-09-18 |
The molecular structure of SHISA5 protein and its novel role in primary biliary cholangitis: From single-cell RNA sequencing to biomarkers
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139775
PMID:39800023
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析原发性胆汁性胆管炎患者肝组织，揭示SHISA5蛋白的表达特征、结构预测及生物学功能 | 首次结合单细胞RNA测序与生物信息学方法，揭示SHISA5蛋白在原发性胆汁性胆管炎中的高表达及其与疾病活动度的正相关性，并预测其独特的跨膜结构域及可能参与细胞信号传导和胆管细胞分化调控 | 摘要中未提及具体样本量、实验验证方法及功能实验的详细结果，结构预测缺乏实验验证 | 探究SHISA5蛋白的分子结构及其在原发性胆汁性胆管炎中的新角色，从单细胞RNA测序到生物标志物的转化研究 | 原发性胆汁性胆管炎患者的肝组织样本及健康对照的肝组织样本 | 数字病理学 | 原发性胆汁性胆管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 416 | 2026-09-18 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells
2025-03-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000662
PMID:40008906
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示了人类肝脏祖细胞的异质性 | 首次在单细胞分辨率下整合空间转录组学数据，系统描述了人类肝脏祖细胞的异质性，识别了LPC亚群和细胞模块，并发现其与小鼠标记表达模式的显著差异 | 未明确提及研究的局限性 | 探索人类肝脏祖细胞的异质性，以弥补由于LPC比例低和与上皮细胞共享标记而导致的研究困难 | 人类肝脏组织样本，包括胎儿、健康、肝硬化和肝细胞癌（HCC）受影响的肝脏 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 259,400个人类肝脏单细胞，来源于4种条件（胎儿、健康、肝硬化和HCC影响的肝脏） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 417 | 2026-09-18 |
Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models
2025-03-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000630
PMID:40048448
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研究论文 | 本研究通过建立PVL和ALPPS小鼠模型，结合RNA-seq、microRNA-seq和单细胞RNA-seq等多组学分析，并利用CRISPR-cas9基因编辑技术，揭示了ALPPS促进肝再生的分子机制 | 首次整合多组学分析和体内CRISPR基因编辑技术，发现了一个Plk1相关的30基因特征可预测肝细胞状态，并揭示了miR-30a-3p通过调控Plk1表达促进ALPPS肝再生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚需进一步验证在人类肝脏再生中的适用性；样本量相对有限；miR-30a-3p调控Plk1的具体分子机制仍需更深入的研究 | 探究ALPPS促进肝体内再生的分子机制，比较ALPPS与PVL的肝再生能力差异，并寻找预测肝细胞状态的关键基因特征 | 小鼠肝脏模型，包括PVL模型、ALPPS模型、假手术模型以及Fah基因敲除小鼠 | 机器学习 | 肝脏疾病 | RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPR-cas9基因编辑, 双荧光素酶报告系统, WGCNA | WGCNA | 基因表达数据, 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, microRNA-seq | NA | NA |
| 418 | 2026-09-18 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本文通过时间脉冲追踪实验、免疫染色和单细胞RNA测序，揭示了刺鼠（spiny mice）复杂组织再生过程中特定细胞类型和状态的作用 | 首次通过时间脉冲追踪实验揭示了刺鼠再生过程中基质细胞的细胞周期动态，并利用单细胞RNA测序鉴定了与再生或纤维化愈合相关的特异性细胞状态，发现CRABP1+成纤维细胞在再生耳朵中富集，但在年轻出生后小鼠耳朵中无法促进再生 | 研究主要基于刺鼠耳朵再生模型，结论是否适用于其他组织和器官的再生尚不明确；单细胞测序的样本量和时间点可能有限，未能完全解析所有细胞状态和动态变化 | 探究刺鼠复杂组织再生过程中细胞增殖动态、特定细胞类型和状态的作用，以及再生与纤维化修复的细胞学差异 | 刺鼠（spiny mice, spp.）和实验室小鼠（laboratory mouse strains）的耳朵组织 | 单细胞生物学、再生医学 | NA | 时间脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 图像、文本（基因表达数据） | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 419 | 2026-09-18 |
Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.634337
PMID:39975309
|
研究论文 | 本文系统探究了短读长RNA-Seq数据中覆盖度非均匀性的多种来源，通过靶向实验和现有数据集评估，否定了若干此前被广泛接受的原因 | 系统性地探索了八种潜在的非均匀性来源，证明单一因素无法解释该现象，并通过靶向实验推翻了此前关于逆转录二级结构干扰、rRNA pull-down方法、PCR升降温速率以及短片段等因素导致非均匀性的观点 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 探究短读长RNA-Seq数据中转录本覆盖度非均匀性的来源，以改进实验方案和分析方法 | 短读长RNA-Seq数据中的覆盖度非均匀性现象，包括bulk和单细胞RNA-Seq数据 | 机器学习 | NA | 短读长RNA-Seq | NA | 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 420 | 2026-09-18 |
Unveiling the mechanism of micro-and-nano plastic phytotoxicity on terrestrial plants: A comprehensive review of omics approaches
2025-01, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109257
PMID:39818003
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综述 | 本文综述了利用多组学方法揭示微纳米塑料对陆生植物毒理机制的研究进展 | 系统整合了蛋白质组学、代谢组学、转录组学和微生物组学以及4D组学、表型组学、空间转录组学和单细胞组学等新兴技术在微纳米塑料植物毒性研究中的应用前景 | 目前对微纳米塑料植物毒性机制的理解仍不充分，缺乏整合性组学研究，存在关键知识空白 | 阐明微纳米塑料对陆生植物的毒性机制并探讨组学方法在其中的应用潜力 | 陆生植物 | 机器学习 | NA | 蛋白质组学, 代谢组学, 转录组学, 微生物组学, 4D组学, 表型组学, 空间转录组学, 单细胞组学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |