单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7544 篇文献，本页显示第 4121 - 4140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4121 | 2025-05-31 |
Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988
PMID:40421026
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱，并确定了C1 CXCL12+ ECs作为疾病进展的关键增殖驱动因素 | 首次在单细胞水平上全面绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性图谱，并鉴定出C1 CXCL12+ ECs这一关键亚群及其在疾病进展中的作用 | 研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的功能实验验证这些发现 | 探索动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 动脉粥样硬化患者的内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 4122 | 2025-05-31 |
Investigation of the Significance of Blood Signatures on Sepsis-Induced Acute Lung Injury in Sepsis Within 24 Hours
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5684300
PMID:40421173
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了脓毒症患者外周全血中生物标志物对脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的影响 | 利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了C3AR1和SLPI作为关键生物标志物，并验证了SLPI在脓毒症早期阶段的表达及其在ALI中的作用 | 研究主要基于GEO数据集和动物实验，临床样本的验证可能不足 | 探讨脓毒症诱导的急性肺损伤的生物标志物及其机制 | 脓毒症患者的外周全血样本和脓毒症诱导的ALI模型 | 生物信息学 | 脓毒症和急性肺损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CIBERSORT、机器学习 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据 | GSE54514数据集中的611个差异表达基因和GSE95233数据集中的1150个差异表达基因 |
| 4123 | 2025-05-31 |
Single-cell transcriptomics and machine learning unveil ferroptosis features in tumor-associated macrophages: Prognostic model and therapeutic strategies for lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1598756
PMID:40421217
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research paper | 该研究通过单细胞转录组学和机器学习揭示了肿瘤相关巨噬细胞中铁死亡的特性，并构建了肺腺癌的预后风险模型 | 首次基于巨噬细胞铁死亡相关基因（HLF、HPCAL1、NUPR1）构建了肺腺癌预后模型，揭示了高风险组的免疫微环境特征和药物敏感性差异 | 研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证 | 筛选与巨噬细胞铁死亡相关的关键基因，并基于这些基因构建肺腺癌的预后风险模型 | 肺腺癌（LUAD）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | machine learning | lung cancer | 单细胞转录组学、Western blot分析 | LASSO、SVM、XGBoost等8种机器学习算法 | 基因表达数据 | 整合了TCGA-LUAD、GSE131907和GSE13213数据集 |
| 4124 | 2025-05-31 |
Deciphering Intercellular Communication of the Immune Landscape within Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Microenvironment at Single-Cell Resolution
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000545663
PMID:40421435
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据解析了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）微环境中免疫细胞间的复杂通讯网络 | 首次在单细胞分辨率下揭示了ADPKD微环境中单核吞噬细胞、T细胞和成纤维细胞的相互作用网络，并发现特定巨噬细胞亚群通过IL-10信号促进囊肿细胞增殖 | 样本量较小（7例ADPKD和3例健康肾脏样本），且仅基于转录组数据 | 解析ADPKD微环境中关键细胞类型及其相互作用机制 | ADPKD患者肾脏微环境中的免疫细胞和结构细胞 | 单细胞组学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合CellChat、VISION、pySCENIC和Monocle V3分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例ADPKD患者和3例健康人的肾脏样本 |
| 4125 | 2025-05-31 |
Ligand-receptor dynamics in heterophily-aware graph neural networks for enhanced cell type prediction from single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1547231
PMID:40421418
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研究论文 | 本文探讨了图神经网络（GNNs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，特别关注异质性感知的GNNs在细胞类型预测中的表现 | 通过从LIANA提取配体-受体（L-R）关联并构建基于L-R信息的细胞-细胞关联网络，增强了细胞通讯通路的生物相关性和准确性，同时探索了专门设计用于处理异质性数据的先进图神经网络方法 | 研究仅涵盖了六个不同的数据集，可能无法代表所有生物网络的异质性情况 | 提高从单细胞RNA测序数据中预测细胞类型的准确性和生物相关性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Graph Convolutional Networks (GCN), GraphSAGE, Graph Attention Networks (GAT), MixHop, Gated Bi-Kernel GNNs (GBK-GNN) | 基因表达谱和配体-受体相互作用数据 | 六个不同的数据集 |
| 4126 | 2025-05-31 |
Identification of PRKCQ-AS1 as a Keratinocyte-Derived Exosomal lncRNA That Promotes Th17 Differentiation and IL-17 secretion in Psoriasis Through Bioinformatics, Machine Learning Algorithms, and Cell Experiments
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S521553
PMID:40433053
|
research paper | 该研究通过生物信息学、机器学习算法和细胞实验，鉴定出PRKCQ-AS1作为一种角质细胞来源的外泌体lncRNA，通过STAT3激活促进Th17细胞分化和IL-17分泌，从而参与银屑病的发病机制 | 首次鉴定出PRKCQ-AS1作为角质细胞来源的外泌体lncRNA，通过STAT3信号通路促进Th17细胞分化和IL-17分泌的新机制 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏动物模型验证 | 探究调控银屑病中Th17/IL-17轴的关键外泌体ncRNA及其机制 | 银屑病患者样本和细胞模型 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序、单细胞RNA测序、GWAS、免疫浸润分析、GSEA、共表达分析、孟德尔随机化、细胞共培养、慢病毒转染、免疫荧光、qRT-PCR、Western blot | 五种机器学习算法 | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、GWAS数据 | NA |
| 4127 | 2025-05-31 |
Reversing VTN deficiency inhibits the progression of pancreatic cancer and enhances sensitivity to anti-PD1 immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578870
PMID:40433359
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研究论文 | 该研究探讨了细胞外基质蛋白玻连蛋白（VTN）在胰腺癌进展和免疫治疗反应中的双重作用 | 首次发现VTN在胰腺癌中具有抑制肿瘤进展和调节免疫治疗反应的双重功能，并提出了VTN作为抗PD1免疫治疗增敏剂的潜在策略 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索VTN在胰腺癌进展和免疫治疗中的作用机制 | 胰腺癌细胞系和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、公共数据库分析、功能实验 | 小鼠皮下肿瘤模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量，但使用了公共数据库数据和实验模型 |
| 4128 | 2025-05-31 |
Glypican-3 regulated epithelial mesenchymal transformation-related genes in osteosarcoma: based on comprehensive tumor microenvironment profiling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1566061
PMID:40433364
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研究论文 | 本研究通过综合分析骨肉瘤肿瘤微环境，探讨了Glypican-3调控上皮间质转化相关基因的作用及其对预后的影响 | 首次基于EMT相关基因构建了骨肉瘤预后模型，并通过单细胞RNA测序验证了模型基因在细胞亚群中的表达 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于MG-63细胞系 | 探索EMT在骨肉瘤中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的影响 | 骨肉瘤患者样本和MG-63细胞系 | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 转录组分析、WGCNA、LASSO算法、scRNA-Seq | 预后预测模型 | 基因表达数据 | 多个骨肉瘤转录组数据集和单细胞RNA测序样本 |
| 4129 | 2025-05-31 |
Investigating the molecular mechanisms associated with ulcerative colitis through the application of single-cell combined spatial transcriptome sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1534768
PMID:40433374
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研究论文 | 通过单细胞结合空间转录组测序技术研究溃疡性结肠炎的分子机制 | 利用单细胞和空间转录组分析识别了与溃疡性结肠炎相关的特定单核细胞亚型及关键基因GNG5和TIMP1 | 研究主要基于动物模型和有限样本，临床样本验证需进一步扩大 | 阐明溃疡性结肠炎的细胞亚型和基因表达谱 | 溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型 | 数字病理 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序、空间转录组测序、免疫组化、免疫荧光、Western blotting | LASSO、SVM | 基因表达数据、图像数据 | 溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型 |
| 4130 | 2025-05-31 |
CD4+T and CD8+T cells profile in lung inflammation and fibrosis: targets and potential therapeutic drugs
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1562892
PMID:40433386
|
review | 本文总结了CD4+T和CD8+T细胞在肺纤维化中的作用，并探讨了通过调节T淋巴细胞亚群比例和相关信号通路延缓肺纤维化进程的潜在治疗靶点 | 提供了关于通过调节T淋巴细胞亚群比例和相关信号通路来延缓肺纤维化进程的新见解 | 未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究和综述 | 探讨T淋巴细胞亚群在肺纤维化中的作用及潜在治疗靶点 | CD4+T和CD8+T细胞 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞测序分析 | NA | NA | NA |
| 4131 | 2025-05-31 |
CDT1 is a Potential Therapeutic Target for the Progression of NAFLD to HCC and the Exacerbation of Cancer
2025, Current genomics
IF:1.8Q3
|
研究论文 | 本研究旨在识别非酒精性脂肪肝病（NAFLD）向肝细胞癌（HCC）进展过程中的潜在治疗靶点，重点关注影响疾病发展和进展的基因 | 通过生物信息学分析GEO和TCGA数据，结合机器学习技术，识别出CDT1等关键基因在NAFLD向HCC转化中的核心作用 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探索NAFLD向HCC进展的分子机制，寻找早期诊断标志物和治疗靶点 | NAFLD和HCC患者样本数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 第二代测序、单细胞测序 | Cox比例风险模型、Lasso回归模型、机器学习模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的大样本数据 |
| 4132 | 2025-05-30 |
Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients
2025-Aug-01, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688
PMID:40350141
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术，探讨癫痫患者中颞回（MTG）的细胞和空间稳态破坏 | 结合单细胞和空间转录组数据，揭示了癫痫患者中颞回的细胞层特异性基因表达模式和空间动态变化，并识别了与空间稳态破坏相关的关键基因 | NA | 阐明癫痫患者中颞回的细胞和空间稳态破坏机制 | 癫痫患者的中颞回（MTG）组织 | 神经科学 | 癫痫 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST） | 空间转移张量（STT）算法 | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA |
| 4133 | 2025-05-30 |
Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms
2025-Jul-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001175
PMID:40265506
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review | 本文综述了免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎的诊断、风险因素和治疗策略，特别关注其潜在的病理生理机制 | 通过单细胞RNA测序和生物标志物（如自身抗体）的鉴定，增强了对ICI相关肺炎的理解，揭示了细胞介导和体液机制在病理生理中的作用 | 尽管皮质类固醇是治疗的一线药物，但类固醇难治性肺炎仍然常见且死亡率高 | 提供ICI相关肺炎的最新研究进展，以指导靶向治疗和未来研究方向 | 免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎 | NA | lung cancer | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 4134 | 2025-05-30 |
Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing
2025-May-29, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.287586
PMID:40438979
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞异质性，发现一种特别具有侵袭性的细胞亚群，并基于此开发了一个7基因标志物的风险分层模型 | 首次在单细胞分辨率下识别出与多发性骨髓瘤患者不良预后相关的侵袭性细胞亚群，并开发了一个新的7基因标志物风险分层模型 | 研究样本量较小（12名新诊断患者），需要在更大样本中验证 | 提高多发性骨髓瘤的风险分层准确性 | 多发性骨髓瘤患者（特别是超高危患者）的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），数字PCR | Cox风险比例模型 | RNA测序数据 | 12名新诊断多发性骨髓瘤患者，并在5个独立数据集中验证 |
| 4135 | 2025-05-30 |
Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation
2025-May-29, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.20760
PMID:40439472
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研究论文 | 本研究旨在解析苔藓样移植物抗宿主病(lGVHD)的免疫学机制，并评估在小鼠模型中阻断I型干扰素(IFN-I)通路对局部炎症的影响 | 揭示了lGVHD皮肤中强烈的I型和II型干扰素特征，以及T细胞和巨噬细胞中Th2/Th17和激活标志物的增加表达，提出IFNAR1可能是治疗苔藓样慢性GVHD的有希望的治疗靶点 | 样本量较小，人类lGVHD皮肤样本仅3例，健康对照4例，且小鼠模型的结果需要在更大规模的临床研究中验证 | 解析苔藓样GVHD的免疫学机制并探索其治疗靶点 | 人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞基因表达分析(scRNA-Seq)、批量RNA-Seq、定量PCR、生物信息学分析 | 小鼠ccGVHD模型 | 基因表达数据 | 人类lGVHD皮肤样本3例，健康对照4例；另一队列lGVHD样本8例；lGVHD病变13例，健康对照10例 |
| 4136 | 2025-05-30 |
Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control
2025-May-28, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00787e
PMID:40302630
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研究论文 | 提出了一种结合表面声波(SAW)和鞘流控制的微滴微流控系统，以提高单颗粒封装效率 | 通过整合SAW和鞘流控制，实现了颗粒的线性排列和顺序封装，显著提高了封装效率 | 未提及系统在更复杂生物样本或实际临床环境中的表现 | 提高微滴微流控系统中的单颗粒封装效率 | 聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | 微流控技术 | NA | 表面声波(SAW)和鞘流控制 | NA | NA | 使用了不同浓度的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞溶液 |
| 4137 | 2025-05-30 |
Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking
2025-May-28, Journal of the American Nutrition Association
IF:6.8Q1
DOI:10.1080/27697061.2025.2509900
PMID:40435123
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研究论文 | 本研究通过数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了核黄素与慢性肾脏病（CKD）的流行病学关联及其分子机制 | 首次结合流行病学分析和分子机制研究，揭示了核黄素通过调节炎症因子和信号通路（如MAPK信号通路）降低CKD风险的潜在机制 | 研究主要基于公开数据库和计算分析，缺乏实验验证 | 探索核黄素在预防慢性肾脏病中的临床潜力及其作用机制 | 核黄素与慢性肾脏病的关联及分子机制 | 生物信息学 | 慢性肾脏病 | 数据挖掘、单细胞RNA测序、分子对接 | Logistic回归模型、限制性立方样条 | 流行病学数据、基因表达数据 | 基于美国国家健康与营养调查（NHANES）数据，CKD加权患病率为14.8% |
| 4138 | 2025-05-30 |
Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data
2025-May-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01862-x
PMID:40413226
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research paper | 本文提出了一种名为STaCker的深度学习算法，通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以解决空间转录组数据缺乏共同坐标框架的问题 | STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，并利用合成数据进行训练，克服了训练数据稀缺的问题，显著提高了切片间的空间一致性 | NA | 构建空间转录组数据的共同坐标框架，以促进数据比较和整合 | 空间转录组数据 | digital pathology | NA | 空间转录组技术 | 深度学习算法 | 图像和基因表达数据 | 多种基准数据集和真实空间转录组数据集 |
| 4139 | 2025-05-30 |
Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis
2025-May-21, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038
PMID:40409464
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研究论文 | 通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动 | 开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动 | 研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型 | 阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制 | AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60） | 多组学分析 | 急性髓系白血病（AML） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES） | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据 | 三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60） |
| 4140 | 2025-05-30 |
Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171
PMID:40258553
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research paper | 该研究构建了一个深度学习模型，并鉴定了心肌梗死后心力衰竭（post-MI HF）中FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞的关键特征 | 发现了FGF7MGST1成纤维细胞在post-MI HF中的下调，并通过机器学习算法鉴定了17个特征基因，构建了预测心力衰竭的深度学习模型 | 成纤维细胞在正常心脏组织和心力衰竭组织中的异质性仍需进一步研究 | 探究心肌梗死后心力衰竭中成纤维细胞的功能失调及其关键特征 | FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞 | digital pathology | cardiovascular disease | scRNA-seq, qRT-PCR, mendelian randomization analysis | deep learning model | single-cell RNA sequencing data, gene expression data | NA |