单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-09-13	The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098 PMID:40812519	研究论文	本研究探讨APOBEC突变在胰腺癌进展中的作用及其对治疗策略的指导价值	揭示了APOBEC突变特征与免疫微环境重塑、ICB响应及预后的关联，并首次验证伊立替康对APOBEC突变特征的抑制作用	NA	阐明APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征及临床意义	胰腺导管腺癌（PAAD）患者数据及实验模型	癌症基因组学	胰腺癌	全外显子测序（WES）、靶向NGS、转录组分析（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、免疫分析	机器学习模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	多队列PAAD患者数据（具体数量未明确说明）
382	2025-09-13	Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array 2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592251374861 PMID:40938627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数据分析揭示肝纤维化中免疫细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关联	首次构建肝纤维化的免疫细胞图谱，识别24个不同免疫细胞亚群并发现与不良预后相关的特征基因和细胞互作	依赖公共数据库数据，未进行独立实验验证	探究肝纤维化中免疫细胞亚群的作用机制并寻找免疫治疗靶点	肝纤维化患者样本和GEO数据库中的相关数据	生物信息学	肝纤维化	单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的肝纤维化相关数据集
383	2025-09-13	spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672472 PMID:40909542	研究论文	介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR	专门针对基于质谱的空间组学数据集设计，支持样本量小、空间稀疏和高缺失值的数据，采用完全数据驱动方法	主要针对质谱数据，可能不适用于其他空间组学技术如空间转录组	开发一个端到端的分析工具，用于空间多组学测量数据的整合与分析	空间多组学测量数据，特别是质谱衍生的空间组学数据集	生物信息学	NA	质谱技术	NA	空间多组学数据，显微镜成像数据	小样本量且空间稀疏的样本
384	2025-09-13	Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672469 PMID:40909566	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了统计框架以提升标记物的特异性和跨区域一致性	提出了标记物表达'保真度'和'背景表达'的量化方法，利用近50万个单细胞核转录组数据系统评估了标记物的区域变异性，并开发了新的统计框架识别出改进的标记物	NA	扩展和优化大脑皮层细胞类型的分子标记物，以支持神经科学研究中的细胞类型注释和验证	人类大脑皮层细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	统计框架	单细胞表达数据	来自19项研究的近500,000个高质量单细胞核转录组图谱
385	2025-09-13	Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing 2025-Aug-22, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105715 PMID:40884870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了10周龄和23周龄鸭睾丸的细胞图谱并进行差异分析	首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞蓝图，发现了多个新的分子标记物（如EXFABP、ARHGAP15等）和调控网络	研究仅针对鸭类，结果向其他禽类或物种的外推需谨慎验证	解析禽类精子发生的分子机制和细胞发育调控网络	鸭睾丸组织，特别是生殖细胞（精原细胞、精母细胞、精子细胞）和体细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	54,702个细胞（来自10周龄未成熟和23周龄成熟鸭睾丸）
386	2025-09-13	Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.12.669857 PMID:40832162	研究论文	研究通过C57BL/6 Aire-/-小鼠模型模拟人类良性前列腺增生（BPH）中的免疫失调现象	建立了一种转录因子缺陷的非消退性（慢性）炎症模型，首次在小鼠前列腺中重现了人类BPH的免疫细胞表型和基质相互作用	模型基于小鼠且需外源性免疫刺激，可能无法完全复制人类BPH的所有病理特征	探究慢性前列腺炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用	C57BL/6J背景小鼠和人类BPH组织样本	免疫病理学	前列腺增生	组织学分析、流式细胞术、scRNA-seq	NA	组织学图像、单细胞转录组数据	C57BL/6小鼠在21天和35天时间点采集前列腺组织，并与人类BPH scRNA-seq数据对比
387	2025-09-13	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学分析鉴定出结直肠癌中具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞亚群，并证实其表观遗传稳定性	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在特征及临床意义	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学数据	多中心结直肠癌数据集（包含单细胞测序数据和TCGA数据）
388	2025-09-13	Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia 2025-Aug, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01843-5 PMID:40216654	研究论文	通过单细胞和RNA测序技术研究胎盘免疫微环境，发现与子痫前期相关的关键免疫细胞和靶基因	首次结合单细胞转录组和RNA测序分析子痫前期胎盘免疫微环境，鉴定出巨噬细胞相关的关键调控基因	研究依赖于公共数据集GSE234729和GSE25906，样本来源和数量未明确说明	探究子痫前期胎盘免疫微环境中的关键调控基因	子痫前期和非子痫前期胎盘样本	生物信息学	子痫前期	单细胞转录组测序, RNA测序, GO富集分析, KEGG通路分析, pseudotime分析, 细胞通讯分析	Scenic包转录因子分析	基因表达数据	基于GSE234729和GSE25906数据集，具体样本数未明确
389	2025-09-13	Single-cell transcriptomics reveal alveolar macrophages-specific responses in single-hit ozone exposure model in mice 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664370 PMID:40791434	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析小鼠肺泡巨噬细胞在不同浓度臭氧暴露下的特异性反应	首次在单细胞分辨率下揭示臭氧浓度依赖性的肺泡巨噬细胞转录组改变和功能调控	研究仅使用C57BL/6J雄性成年小鼠，结果可能不适用于其他品系或性别	探究肺泡巨噬细胞对臭氧暴露的分子响应机制	C57BL/6J雄性成年小鼠的肺泡巨噬细胞	单细胞组学	呼吸系统疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	C57BL/6J雄性成年小鼠暴露于过滤空气、1 ppm臭氧或1.5 ppm臭氧3小时
390	2025-09-13	A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics 2025-Jul, Veterinary world IF:1.7Q2 DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935 PMID:40926859	研究论文	本研究开发了一种结合1DCNN和GRU的混合深度学习模型，用于基于单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞的生育潜力进行分类	首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，并创新性地结合了1DCNN和GRU处理单细胞转录组数据	需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证以确认模型的普适性	开发一种标准化、可量化的方法来评估山羊颗粒细胞的生育潜力	山羊颗粒细胞（GCs）	机器学习	NA	scRNA-seq	1DCNN-GRU混合模型	基因表达数据	公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集
391	2025-09-13	Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661157 PMID:40667113	研究论文	本研究探讨了HSV-2生殖器脱落期间对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响	首次结合空间转录组学和免疫荧光成像技术，揭示了活动性HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的局部化改变和基因表达变化	研究主要基于相关性分析，未明确证明因果机制；样本虽包含232名参与者，但可能仍需更大规模验证	研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫反应的影响，特别是病毒脱落期间免疫细胞的动态变化	232名HSV-2血清阳性和血清阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本	免疫学	生殖器疱疹	流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析、空间转录组学	NA	组织样本、血液样本、空间转录组数据、图像数据	232名参与者（包括HSV-2血清阳性和阴性个体）
392	2025-09-13	Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.08.658502 PMID:40501632	研究论文	本研究识别并表征了早期肝发育中一种先前未被认识的原始肝母细胞群体	发现并定义了表达间充质标志物的原始肝母细胞群体，揭示了其受WNT抑制和RA许可的调控机制	NA	探究早期肝发育过程中的细胞谱系异质性	小鼠和人类早期肝母细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究	NA	单细胞RNA测序数据	NA
393	2025-09-13	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层次结构，并开发了HematoMap工具用于解析白血病异质性和谱系异常	开发了基于余弦距离算法的似然评分系统，能够将白血病细胞精确映射到正常造血层次，并创建了用户友好的R包工具	研究主要基于25名健康供体的数据，样本规模相对有限，且仅针对AML和BCP-ALL两种白血病类型	精确绘制白血病细胞到已知造血层次的映射，以理解疾病起源和发展机制	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本	生物信息学	白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, LASSO回归模型	余弦距离算法, LASSO评分模型	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	25名健康供体的100,000+个骨髓单核细胞
394	2025-09-13	Orchestration of Skin Pathology in Cutaneous Lupus Erythematosus by HLA Class I Down-Regulated Senescent Epidermal Basal Cells 2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43244 PMID:40386939	研究论文	本研究探讨衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮发病机制中的作用，揭示其通过HLA I类分子下调逃避免疫监视并促进CD8+ T细胞介导的毒性	发现衰老表皮基底细胞通过EGFR信号下调HLA I类分子表达，形成免疫逃逸和微环境异质性，驱动CD8+ T细胞针对正常细胞的攻击	样本量较小（人类样本n=68病例+4对照，单细胞数据n=7病例+14对照），小鼠模型与人类疾病存在差异	阐明皮肤红斑狼疮（CLE）的病理机制并探索治疗策略	人类CLE患者皮肤样本、系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型、体外培养细胞	皮肤病学与免疫学	皮肤红斑狼疮/系统性红斑狼疮	基因芯片、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外实验、药物干预（非瑟酮）	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、实验观测数据	人类样本：68例CLE+4对照（芯片），7例CLE+14对照（scRNA-seq），17例SLE（AMP数据库）；小鼠模型未明确数量
395	2025-09-13	scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering 2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068 PMID:40811359	研究论文	提出一种基于条件自编码器和深度嵌入聚类的工具scDILT，用于单细胞数据整合、标签转移和聚类分析	首次结合条件自编码器与深度嵌入聚类，通过同质和异质约束同时实现批次效应消除和参考数据集聚类结构保持	NA	开发能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的计算工具	单细胞RNA测序数据和多组学单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 多组学测序	条件自编码器, 深度嵌入聚类	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（具体数量未说明）
396	2025-09-13	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	本研究揭示了2型糖尿病患者血浆外泌体通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤异质性，驱动乳腺癌侵袭性增强的机制	首次开发了保留天然肿瘤浸润淋巴细胞的患者来源类器官模型，并发现T2D外泌体引起免疫抑制性TILs的13.6倍扩增	研究基于体外类器官模型，仍需体内实验验证；样本量可能有限	探究2型糖尿病如何通过外泌体信号影响乳腺癌进展和免疫微环境	2型糖尿病患者血浆外泌体及乳腺癌患者来源类器官	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，患者来源类器官培养	NA	转录组数据，外泌体	来自乳腺癌肿瘤切除手术的患者来源类器官
397	2025-09-13	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究开发并验证了一种基于H&E组织切片的虚拟RNA推断方法，用于识别结直肠癌转移风险相关的通路	利用匹配的大规模空间转录组数据训练模型，直接从常规H&E图像推断近细胞分辨率的分子信息，无需昂贵空间转录组检测	仅凭组织学无法完全捕捉某些肿瘤相关通路	改进结直肠癌的筛查、预后评估和疾病管理方法	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学(Visium), H&E染色	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	图像, 基因表达数据	45名患者，超过300,000个Visium检测点
398	2025-09-13	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	本研究利用全基因组和单细胞RNA测序数据，探索人类免疫细胞类型特异性基因表达中串联重复序列（TRs）的多态性影响	首次大规模分析超过170万个多态性TR位点对血液细胞类型特异性基因表达的影响，并发现TRs是免疫介导和血液学性状遗传关联的可能介质	研究主要基于血液来源的细胞，可能无法完全代表其他组织类型的TRs影响	探究串联重复序列（TRs）在人类免疫景观中细胞类型特异性基因表达调控中的作用	人类免疫细胞	基因组学	免疫性疾病	全基因组测序，单细胞RNA测序	数量性状位点分析	基因组数据，单细胞转录组数据	1,925个个体，超过540万个血液来源细胞
399	2025-09-13	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应与组织保护之间的功能平衡机制	发现阴道组织NK细胞具有独特的效应和组织保护功能特征，并证明其在稳态下保持功能静默但能快速响应炎症信号	NA	探究黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护中的平衡功能	人类和小鼠阴道组织中的NK细胞	免疫学	疱疹病毒感染	scRNA-seq, 高参数流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	人类阴道组织样本和小鼠模型
400	2025-09-13	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.03.631250 PMID:39803530	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨细胞间信号在癌症表型可塑性和肿瘤异质性维持中的作用	采用多尺度推断方法揭示细胞间信号通过强化单细胞表型转变促进肿瘤群体异质性的稳健再平衡	NA	探索细胞间通讯在癌症表型动态和肿瘤异质性维持中的机制	小细胞肺癌（SCLC）及其他多种癌症类型的癌细胞	计算生物学	肺癌	scRNA-seq, 数学建模	基于数据驱动的动态系统模型	单细胞RNA测序数据	NA