单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-04-14	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Apr-02, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外方法，用于监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒功能的影响	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而不仅仅是功能检测	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞功能及基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料
382	2025-04-14	Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948 PMID:40179111	研究论文	提出了一种名为Tacos的社区增强图对比学习方法，用于整合多个空间转录组数据	首次在基于图的方法中考虑了空间结构在切片内和切片间的异质性，并提出了社区增强的图对比学习方法	未明确提及方法的计算复杂度或对大规模数据的适用性	开发一种能够整合不同平台和生物条件下产生的空间转录组数据的方法	来自不同平台和不同生物条件的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图对比学习	空间转录组数据	多个真实数据集（具体数量未提及）
383	2025-04-14	Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes 2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.28.25324850 PMID:40196253	研究论文	本研究通过全基因组测序（WGS）对100名9p相关综合征患者进行了大规模分析，揭示了染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构特征	首次使用全基因组测序技术对9p相关综合征进行大规模研究，并开发了基于机器学习的预测模型，同时发现了两个新的晚复制区域（LRR1和LRR2）	样本量相对有限（100名个体），且需要进一步扩大研究网络以验证发现	深入了解染色体9p缺失和重复综合征的基因组特征及其对个体的影响	100名来自9p相关综合征家庭的个体，包括85名无关先证者	基因组学	染色体9p综合征	全基因组测序（WGS）、机器学习、空间转录组学	机器学习模型	基因组数据	100名个体（85名无关先证者）
384	2025-04-14	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.03.631250 PMID:39803530	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型，探讨了细胞间信号传导在癌症细胞表型动态和肿瘤异质性维持中的作用	采用多尺度推断方法揭示了细胞间信号传导在强化单细胞表型转换和维持肿瘤异质性中的关键作用，并发现了一种跨多种癌症类型的信号传导模式	研究主要基于计算模型和scRNA-seq数据，需要进一步的实验验证	探究细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性和肿瘤异质性中的作用	小细胞肺癌(SCLC)和其他多种癌症类型的癌细胞	计算生物学	小细胞肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	数学模型	单细胞转录组数据	NA
385	2025-04-14	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1 PMID:40166015	研究论文	提出了一种名为scMEDAL的框架，用于分析单细胞转录组数据，并通过深度混合效应自编码器可视化批次效应	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，并能预测细胞在不同批次中的表达	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据中批次效应的量化与建模问题	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗自编码器和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	涉及多种条件（如自闭症、白血病、心血管疾病）、细胞类型及技术和生物效应
386	2025-04-14	VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609718 PMID:40166134	研究论文	本文介绍了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平	VISTA通过变分推断和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化	NA	解决空间转录组技术中基因检测数量有限的问题	空间转录组数据	空间转录组学	NA	scRNA-seq, SST	几何深度学习	基因表达数据	四个SST数据集
387	2025-04-14	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease 2025-Mar-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1 PMID:40166012	研究论文	研究通过抑制星形胶质细胞信号传导，探讨了在高同型半胱氨酸血症诱导的小脑微血管疾病模型中，小胶质细胞表型的性别特异性变化	揭示了星形胶质细胞信号传导对小胶质细胞表型的性别特异性影响，特别是在高同型半胱氨酸血症和小脑微血管疾病背景下	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨星形胶质细胞信号传导对小胶质细胞表型的影响及其性别差异	C57BL/6J小鼠的星形胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	小脑微血管疾病	单细胞RNA测序(scRNAseq), 免疫组织化学	小鼠模型	基因表达数据, 免疫组织化学数据	7至8周龄的雄性和雌性C57BL/6J小鼠
388	2025-04-14	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-Mar-03, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	研究论文	通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质的蛋白异质性及其与癌症亚型的关系	首次整合定量蛋白质组学和scRNA-seq数据，揭示结直肠癌肿瘤微环境中ECM蛋白的细胞来源异质性，并建立细胞-基质组数据库	样本量较小(仅21例患者)，且仅针对结直肠癌进行研究	解析结直肠癌肿瘤微环境中ECM蛋白的异质性及其与癌症亚型的关系	结直肠癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织的ECM蛋白	肿瘤微环境研究	结直肠癌	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	CMS分子亚型分类	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	21例CRC患者的24份组织样本(包含肿瘤和癌旁正常组织)
389	2025-04-13	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-Dec, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规NK细胞的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	首次发现铜绿假单胞菌肺炎早期常规NK细胞(cNK)而非组织驻留NK细胞(trNK)的耗竭现象，并解析了NK细胞亚群异质性动态变化	研究局限于小鼠模型，尚未在人体临床样本中验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应特征	铜绿假单胞菌肺炎小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠感染模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	未明确说明小鼠数量，但包含多时间点(24h/48h)动态分析
390	2025-04-13	PLA2G4F is a metabolic checkpoint in triple-negative breast cancer: Insights from multiple omics analysis and experiments 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200963 PMID:40212962	研究论文	本研究通过多组学分析和实验，揭示了PLA2G4F在三阴性乳腺癌（TNBC）中作为代谢检查点的作用	首次发现PLA2G4F在TNBC中作为细胞自主代谢重编程因子的功能，并揭示了其通过激活特定信号通路促进肿瘤细胞增殖、迁移和存活的机制	未明确说明样本量大小，且部分机制仍需进一步验证	探索TNBC的代谢异质性并寻找潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和肿瘤细胞	肿瘤代谢	三阴性乳腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、突变谱、微环境特征数据	NA
391	2025-04-13	Roles of Adam8 in Neuroinflammation in experimental ischemic Stroke: Insights from single-cell and ribosome-bound mRNA sequencing 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115207 PMID:40064361	研究论文	本研究通过单细胞测序和核糖体结合mRNA测序技术，揭示了Adam8在实验性缺血性中风后神经炎症中的关键作用	首次发现Adam8在中风后神经炎症中的转录和翻译水平上调，并通过抑制Adam8显著改善炎症和神经功能结果	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索中风后神经炎症的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	小鼠模型中的小胶质细胞和Adam8基因	神经科学	中风	单细胞测序, 核糖体结合mRNA测序	小鼠远端大脑中动脉闭塞模型(dMCAO)	测序数据	公开数据集GSE234052和GSE225110
392	2025-04-13	Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222 PMID:40113007	研究论文	本研究通过比较三个不同的单细胞RNA测序数据集，分析了脊髓损伤后巨噬细胞的异质性	采用无偏倚方法识别脊髓损伤后生物学上保守的巨噬细胞群体，强调了数据共享和开放数据在重新定义巨噬细胞异质性中的力量	研究仅分析了7天后的数据，且样本来自年轻雌性小鼠，可能限制了结果的普遍性	重新定义脊髓损伤后的巨噬细胞表型	脊髓损伤后的巨噬细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat流程, SingleR	基因表达数据	三个独立研究团队的scRNA-seq数据集，样本来自接受中胸段脊髓挫伤的年轻雌性小鼠
393	2025-04-13	Organoid-based single cell sequencing revealed the lineage evolution during docetaxel treatment in gastric cancer 2025-Jun-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217617 PMID:40118243	研究论文	通过基于类器官的单细胞测序技术，揭示了胃癌在紫杉醇治疗期间的细胞谱系演变	首次利用胃癌类器官模型结合单细胞RNA测序，系统解析了紫杉醇耐药过程中的细胞群体变化和关键基因调控网络	研究主要基于体外类器官模型，需要进一步临床样本验证	探究胃癌对紫杉醇产生耐药的细胞和分子机制	胃癌类器官模型和胃癌患者样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	敏感型和耐药型胃癌类器官模型及患者样本（具体数量未明确说明）
394	2025-04-13	Unveiling the crucial role of CD8+ T cell and endothelial cell interaction in rheumatoid arthritis through the integrated analysis of spatial transcriptomics and bulk/single-cell RNA-seq 2025-Jun, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2025.100285 PMID:40212397	研究论文	通过整合空间转录组学和大规模/单细胞RNA-seq分析，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	首次通过整合多组学数据，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞通过趋化因子信号通路的相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	研究主要基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证	探究类风湿性关节炎发病机制中关键的细胞间相互作用	类风湿性关节炎患者的CD8+ T细胞和内皮细胞	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	多个公共数据库数据集(GSE89408, GSE200815, GSE152805, E-MTAB-8322, SDY2213)
395	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and regulatory modules of cell-specific RNA-binding proteins in patients with systemic lupus erythematosus 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101977 PMID:40212811	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者中RNA结合蛋白的异质性和调控模块	首次在单细胞水平上系统描绘了SLE皮肤微环境中RBPs表达的细胞类型特异性异质性，并整合多组学数据鉴定了JUN和HLA-A作为T细胞中可变剪接程序的核心调控因子	研究基于公开数据集，样本来源有限；未进行实验验证调控网络的功能影响	解析系统性红斑狼疮中RNA结合蛋白的细胞特异性调控机制	SLE患者和健康对照者的皮肤活检组织（角质形成细胞、内皮细胞和T细胞）	单细胞转录组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 批量RNA-Seq, SUVA可变剪接分析	共表达网络模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	公开数据集中的SLE患者和健康对照皮肤样本（具体数量未说明）
396	2025-04-13	Joint analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome reveals the heterogeneity of the urea cycle of astrocytes in glioblastoma 2025-May, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106835 PMID:39938577	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立了一个预后模型	首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立了一个新的预后模型	样本量较小（3对胶质母细胞瘤患者），且仅基于RNA测序数据	研究胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性并建立预后模型	胶质母细胞瘤患者和星形胶质细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归模型、LASSO分析	RNA测序数据、临床数据	3对胶质母细胞瘤患者的scRNA-seq数据，TCGA、CGGA和GEO数据库中的批量RNA-seq数据
397	2025-04-13	Dual and spatially resolved drought responses in the Arabidopsis leaf mesophyll revealed by single-cell transcriptomics 2025-May, The New phytologist DOI:10.1111/nph.20446 PMID:40033544	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片中叶肉细胞对轻度干旱的双重和空间分辨的响应机制	首次在单细胞水平上揭示了叶肉细胞对轻度干旱的双重响应机制，并提供了一个经过验证的单细胞图谱资源	研究仅针对拟南芥的幼叶，结果可能不适用于其他植物或不同发育阶段的叶片	理解植物在细胞水平上对干旱的响应机制，为工程化提高作物的抗旱性提供基础	拟南芥（Arabidopsis thaliana）的幼叶	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	50,797个高质量细胞
398	2025-04-13	Single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals that Pros1+ oligodendrocytes are involved in endogenous neuroprotection after brainstem stroke 2025-May, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106855 PMID:40090471	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了Pros1+少突胶质细胞在脑干卒中后内源性神经保护中的作用	发现了一个新的细胞亚群OLG8细胞，并揭示了Myo1e在促进OLG8细胞分化和减轻缺血性损伤中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究少突胶质细胞在脑干卒中后神经保护中的机制	小鼠脑干卒中模型中的少突胶质细胞	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomic sequencing	mouse model	RNA-seq	NA
399	2025-04-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals AP-1 downregulation remodels bone marrow environment and contributes to osteopenia in ovariectomized mice 2025-May, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.03.001 PMID:40213116	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示AP-1下调重塑骨髓环境并导致卵巢切除小鼠骨质疏松	揭示了AP-1下调通过破坏骨髓稳态导致骨质疏松的新机制，并提出了针对B细胞增殖的IL-7阻断治疗策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究雌激素缺乏如何改变骨髓细胞组成和信号通路，特别是AP-1的调控作用及其对破骨细胞生成的影响	卵巢切除小鼠的骨髓细胞	单细胞转录组学	骨质疏松	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞RNA测序数据	假手术和卵巢切除小鼠的骨髓细胞
400	2025-04-13	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本研究基于已发表的浅层上丘分子图谱，表征了10种转基因小鼠品系，以研究上丘神经元亚型的功能	揭示了形态学与转录组学神经元类型之间的相关性，并鉴定出可用于基因靶向上丘神经元类型的有用品系	部分测试小鼠中未观察到Cre或荧光表达与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘神经元亚型的功能	转基因小鼠品系及其在上丘中的神经元亚型	神经科学	NA	转基因技术、单细胞转录组学	NA	分子图谱数据、荧光表达数据	10种转基因小鼠品系