单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-07-12	Underlining the Molecular Mechanism of Nonalcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in Lipid Metabolism by Combining Multiple Sets of Data Sets 2025-Jul, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70040 PMID:40631874	研究论文	本研究通过整合多组数据集，揭示了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）在脂质代谢中的共享遗传特征和分子机制	确定了GPD1、MVK和PIK3R2作为NAFLD和CAD在脂质代谢中的关键基因，并发现它们与相关调控基因的显著相关性	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明NAFLD和CAD在脂质代谢中的共享分子机制	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	非酒精性脂肪肝病和冠状动脉疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
382	2025-07-12	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers La Ribonucleoprotein 6 (LARP6) as a Dual Regulator of Proliferation and Immune Infiltration in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70709 PMID:40635123	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示La核糖核蛋白6（LARP6）在三阴性乳腺癌中作为增殖和免疫浸润的双重调节因子	首次发现LARP6在三阴性乳腺癌中显著上调，并揭示其在细胞增殖和免疫浸润中的双重作用	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	识别三阴性乳腺癌特异性标记物以推进治疗方法开发	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	超过260,000个细胞，来自ER阳性、HER2阳性和TNBC样本
383	2025-07-12	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	研究人类胚胎早期外胚层细胞特化和分化过程中涉及的动态信号通路	通过单细胞RNA测序数据分析了胚胎植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的信号通路，揭示了外胚层细胞发育的潜在调控机制	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究胚胎外组织如何影响外胚层(EPI)的发育	人类胚胎早期发育阶段的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖人类胚胎的多个发育阶段
384	2025-07-12	[Analysis of the number, type, and functional heterogeneity of senescent cells in the radiation-induced skin wounds in mice] 2025-Jun-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20240604-00209 PMID:40588406	研究论文	本研究通过实验和生物信息学分析，探讨了辐射诱导小鼠皮肤伤口中衰老细胞的数量、类型和功能异质性	揭示了辐射剂量和时间对衰老细胞积累的依赖性，以及不同类型衰老细胞在功能和SASP表达谱上的明显差异	研究仅针对小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究辐射诱导皮肤损伤中衰老细胞的特性和功能	p16转基因小鼠的皮肤组织	生物医学	皮肤损伤	免疫荧光法、流式细胞术、生物信息学分析	NA	实验数据、单细胞转录组测序数据	49只p16转基因小鼠（40只用于主要实验，9只用于补充实验）
385	2025-07-12	Transcriptomic profiling of vitiligo patients shows polar immune dysregulation in involved and uninvolved skin 2025-Jun-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.002 PMID:40513622	研究论文	通过转录组分析揭示白癜风患者病变和非病变皮肤的免疫失调特征	发现白癜风皮肤免疫失调不仅涉及TH1/干扰素轴，还包括TH2和TH17/22轴的激活，且非病变皮肤已出现免疫异常	样本量较小（15例白癜风患者和14例健康对照）	全面了解白癜风皮肤病变的免疫学特征	白癜风患者的病变和非病变皮肤组织	皮肤病学	白癜风	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、实时PCR、免疫组织化学	NA	转录组数据	15例白癜风患者的病变和非病变皮肤样本，14例匹配的健康对照
386	2025-07-12	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-05-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的腹主动脉组织中与动脉瘤相关的细胞群	识别出一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在AAA形成中发挥作用	研究仅基于C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤（AAA）形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	不同年龄和不同血管紧张素II剂量的C57BL/6J小鼠，具体数量包括14周龄（未形成AAA）、20周龄（21只中有6只形成AAA）和32周龄（7只中有4只形成AAA）
387	2025-07-12	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	结合网络药理学、RNA测序和多种机器学习模型（XGBoost、SVM、决策树、KNN）分析牛黄活性成分的治疗机制，并通过分子对接和分子动力学模拟验证结合亲和力与稳定性	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索牛黄活性成分在脓毒症治疗中的作用机制	牛黄活性成分及脓毒症相关基因	机器学习	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost、SVM、Decision Tree、KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据及GSE65682数据库的预后相关基因数据
388	2025-07-12	FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy 2025-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00905-6 PMID:39910249	研究论文	本文探讨了FLASH放疗对髓母细胞瘤中巨噬细胞免疫和脂质代谢的重编程作用，以及其对CAR-T细胞疗法的增敏效果	首次揭示了FLASH放疗通过调节巨噬细胞脂质代谢逆转肿瘤免疫抑制的机制，并展示了其与CAR-T细胞疗法的协同效应	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究FLASH放疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与免疫治疗的协同作用	髓母细胞瘤小鼠模型中的巨噬细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析，CAR-T细胞疗法	基因工程小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
389	2025-07-12	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	研究论文	通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌中的转录失调模式和细胞状态	识别了肿瘤和血管系统中保守的转录失调模式及其上游调控因子，揭示了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，以及预后显著的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中转录程序的保守模式和细胞状态，以推动新的癌症治疗方法	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	75个多区域活检样本（来自肾肿瘤和正常肾脏）
390	2025-07-12	Targeting mitophagy in diabetic retinopathy: novel insights into SQSTM1/BNIP3L pathway regulated by luteolin 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1593213 PMID:40635752	研究论文	本研究探讨了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬在糖尿病视网膜病变中的治疗潜力	揭示了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬的新机制，并建立了单核细胞活性与DR进展之间的新联系	木犀草素的具体分子机制尚未完全阐明	探索木犀草素对糖尿病视网膜病变的治疗作用及其分子机制	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织	医学研究	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、分子对接模拟、DCFDA测定、H&E和PAS染色、ELISA、免疫荧光、免疫组化、Western blotting	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织样本
391	2025-07-12	Integrated single-cell and bulk RNA dequencing to identify and validate prognostic genes related to T Cell senescence in acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1606284 PMID:40635996	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与急性髓性白血病（AML）中T细胞衰老相关的预后基因	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与AML进展相关的T细胞衰老基因，并构建了一个新的AML风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索T细胞衰老相关基因在AML进展中的作用，并构建预测模型	急性髓性白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓性白血病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR	风险模型	RNA测序数据	来自TCGA数据库的AML患者数据，以及GSE116256、GSE114868和GSE71014数据集
392	2025-07-12	Single-cell transcriptome and multi-omics integration reveal ferroptosis-driven immune microenvironment remodeling in knee osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608378 PMID:40636124	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学整合揭示了铁死亡驱动的膝关节骨关节炎免疫微环境重塑	首次在单细胞分辨率下探索铁死亡与免疫功能障碍的相互作用，并鉴定出KOA的诊断生物标志物	样本量相对较小（单细胞数据n=11，批量RNA-seq队列分别为20/18和8/4）	解析铁死亡驱动的免疫重塑并鉴定KOA的诊断生物标志物	膝关节骨关节炎（KOA）患者的软骨细胞和免疫微环境	生物信息学	膝关节骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-SVM诊断模型	转录组数据	单细胞数据11例，批量RNA-seq队列分别为20例KOA/18例对照和8例KOA/4例对照
393	2025-07-12	Investigating the role of tumor cell heterogeneity and angiogenesis genes in the prognosis of multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610833 PMID:40636123	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因在多发性骨髓瘤预后中的作用	通过整合转录组数据和单细胞RNA测序数据，识别了CREB3L2转录因子在抑制血管生成和肿瘤细胞增殖迁移中的关键作用，并构建了高精度的预后模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	探索肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因对多发性骨髓瘤预后的影响	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、CNV分析、转录因子分析	预后预测模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库(Xena/GEO)中的多发性骨髓瘤患者样本
394	2025-07-12	A bibliometric analysis of studies related to the nuclear factor kappa B signaling pathway in knee osteoarthritis between 2004 and 2023 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1572161 PMID:40636390	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2004至2023年间关于核因子κB（NF-κB）信号通路在膝骨关节炎（KOA）中的研究趋势和热点	首次系统性地对NF-κB信号通路在KOA领域的研究进行文献计量学分析，揭示了该领域的研究热点和发展趋势	缺乏实时可视化NF-κB活性的体内成像技术	识别NF-κB信号通路在KOA研究中的主要研究领域和趋势	2004-2023年间发表的752篇关于NF-κB信号通路在KOA中的研究文献	文献计量学分析	膝骨关节炎	文献计量学分析工具（CiteSpace、VOSviewer等）	NA	文献数据	752篇研究文献
395	2025-07-12	Delineation of single-cell Altas provides new insights for development of coronary artery lesions in Kawasaki disease: bad and good signaling molecules 2025, Frontiers in pediatrics IF:2.1Q2 DOI:10.3389/fped.2025.1596643 PMID:40636515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了川崎病（KD）患者冠状动脉病变（CALs）发展的新信号分子	首次在单细胞水平上描绘了KD患者CAL发展的信号分子图谱，识别了MCH-II和RESISTIN作为CAL发展的不良和保护信号	样本量较小（每组3例患者），且仅分析了外周血单个核细胞	探究KD患者CAL发展的分子机制	川崎病（KD）患者的外周血单个核细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12例样本（3例KD非CAL患者治疗前后，3例KD CAL患者治疗前，3例KD CAL患者治疗后）
396	2025-07-12	Identification of Shared Biomarkers in Chronic Kidney Disease and Diabetic Nephropathy Using Single-Cell Sequencing 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S514319 PMID:40636753	研究论文	通过单细胞测序技术识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性肾病和糖尿病肾病的基因表达差异，并识别出共享的生物标志物	样本量较小，仅包括3个对照组、3个慢性肾病和3个糖尿病肾病病例	识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物，探索其共同发病机制	人类血液样本中的不同细胞类型	生物信息学	慢性肾病和糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例人类血液样本（3对照、3慢性肾病、3糖尿病肾病）
397	2025-07-11	Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf089 PMID:40630932	研究论文	比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法，评估MAS-ISO-seq方法的质量	通过cDNA分子匹配比较长读长和短读长测序方法，揭示了两种方法在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	研究仅基于10x Genomics 3' cDNA样本，可能不适用于其他类型的样本或测序平台	评估长读长和短读长单细胞RNA测序方法的可比性及其在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），长读长测序（Pacific Biosciences），短读长测序（Illumina）	NA	转录组数据	相同10x Genomics 3' cDNA样本的长读长和短读长测序数据
398	2025-07-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2025-Aug, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	通过多组学研究识别乳腺癌的关键基因及潜在天然产物治疗靶点	采用多组学方法（WGCNA、差异基因表达分析、ChIP-seq、scRNA-seq和空间转录组学）综合识别乳腺癌关键基因，并通过大规模虚拟筛选发现靶向SQLE的天然产物化合物	未提及具体样本量及临床验证阶段的局限性	识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点及潜在天然产物疗法	乳腺癌细胞系及天然产物化合物	生物信息学	乳腺癌	WGCNA, ChIP-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 虚拟筛选	NA	基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
399	2025-07-11	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-Aug, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	研究RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译和葡萄糖稳态中的关键作用，特别是通过结合和稳定核心翻译起始因子和核糖体mRNAs	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的关系	胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	小鼠β细胞特异性缺失Pcbp1和Pcbp1/2的小鼠模型
400	2025-07-11	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Aug, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞完整性和功能中的关键作用，特别是在代谢压力下防止β细胞向α细胞转分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究METRNL在糖尿病中维持β细胞功能和身份的作用	小鼠β细胞	糖尿病研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)测定	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体数量，但使用了多种小鼠模型(正常饮食、高脂饮食、db/db小鼠)