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当前共找到 10349 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-12-17 |
PD-1/ PD-L1 bispecific antibody IBI318 combined with lenvatinib in advanced non-small cell lung cancer with acquired resistance to immune checkpoint inhibitors: a phase II trial
2025-Dec-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67262-x
PMID:41398162
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研究论文 | 本研究是一项II期临床试验，评估了双特异性抗体IBI318联合乐伐替尼在晚期非小细胞肺癌中对免疫检查点抑制剂获得性耐药患者的疗效和安全性 | 首次在获得性耐药患者中评估PD-1/PD-L1双特异性抗体联合酪氨酸激酶抑制剂的疗效，并利用单细胞RNA测序数据开发了预测治疗反应的XGBoost模型 | 研究为单臂、开放标签的II期试验，样本量较小（40例），且为事后探索性分析，需要更大规模的随机对照试验验证 | 评估IBI318联合乐伐替尼在晚期非小细胞肺癌中对免疫检查点抑制剂获得性耐药患者的疗效和安全性 | 晚期非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | XGBoost | 单细胞RNA测序数据 | 40例晚期非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-12-17 |
hECA v2.0: an AI-ready ensemble cell atlas of single-cell RNA and ATAC sequencing data
2025-Dec-15, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06426-2
PMID:41398179
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研究论文 | 本文介绍了人类集成细胞图谱hECA v2.0，这是一个整合了单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的AI就绪型细胞图谱 | 首次构建了同时整合scRNA-seq和scATAC-seq两种模态数据的大规模、高质量、统一标注的集成细胞图谱，并建立了统一的分层注释框架（uHAF） | 未明确提及数据集的样本来源多样性或特定疾病状态的覆盖范围 | 为AI驱动的单细胞研究提供高质量、结构化的数据资源 | 人类单细胞转录组和染色质可及性数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 生成式AI模型（scMulan） | 基因表达矩阵，染色质可及性矩阵 | scRNA-seq数据包含10,831,024个细胞，scATAC-seq数据包含1,450,511个细胞，覆盖42个人类器官和组织 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-12-17 |
Aging-associated transcriptional programs in T cells signify constituents of TGF-β signaling for immunosenescence
2025-Dec-15, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02484-5
PMID:41398262
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研究论文 | 本研究利用单细胞和批量RNA测序数据，揭示了T细胞中与年龄相关的转录调控网络，并确定了TGF-β信号通路成分在终末分化效应记忆T细胞（Temra）免疫衰老中的关键作用 | 首次系统性地描绘了T细胞中年龄依赖的转录调控网络，并识别出TGF-β信号通路中ZEB2和TGFBR3等多个成分作为Temra细胞的潜在生物标志物，这些成分与衰老特征如分化可塑性受损、高细胞毒性和炎症趋化能力密切相关 | 研究主要基于转录组数据，缺乏对TGF-β信号通路功能验证的实验证据，且样本来源仅限于外周血T细胞 | 阐明T细胞中与年龄相关的转录调控网络，并探究TGF-β信号通路成分在免疫衰老中的作用 | 健康人类不同年龄组的外周血T细胞，特别是CD8+ naïve T细胞和CD8+ Temra细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 伪时间分析（pseudotime analysis），转录因子结合基序富集分析 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-12-17 |
CD44 upregulation in chronic liver disease marks the transition to hepatocellular carcinoma and portends poor prognosis
2025-Dec-15, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03284-y
PMID:41398391
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研究论文 | 本研究探讨了CD44在慢性肝病向肝细胞癌转化过程中的上调表达及其作为早期生物标志物和预后不良指标的潜力 | 首次系统性地在慢性肝损伤和肝细胞癌中分析了CD44及其亚型v6和v10的渐进性上调，并利用单细胞转录组数据揭示了CD44与免疫抑制微环境的关联 | 研究主要基于转录组学数据，缺乏蛋白质水平的验证；临床样本的具体数量和来源未在摘要中详细说明 | 探索CD44在肝细胞癌发生发展中的作用，评估其作为早期诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 小鼠慢性肝损伤模型、人类肝细胞癌样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-12-17 |
GDF3 promotes adipose tissue macrophage-mediated inflammation via altered chromatin accessibility during aging
2025-Dec-15, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-01034-6
PMID:41398392
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研究论文 | 本研究揭示了GDF3-SMAD2/3信号轴通过改变染色质可及性促进衰老过程中脂肪组织巨噬细胞介导的炎症反应 | 首次发现GDF3通过自分泌信号维持巨噬细胞炎症表型，并阐明其通过限制甲基化依赖的染色质压缩来诱导炎症状态的机制 | 研究主要在小鼠模型中进行，人类样本验证相对有限 | 探究衰老过程中巨噬细胞炎症表型维持的分子机制 | 脂肪组织巨噬细胞、衰老小鼠模型、人类脂肪组织样本 | 生物医学研究 | 衰老相关炎症 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、药理学干预 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 小鼠模型及11,084名社区动脉粥样硬化风险研究参与者 | NA | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-12-17 |
Systematic scRNA-seq screens profile neural organoid response to morphogens
2025-Dec-15, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02927-5
PMID:41398501
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研究论文 | 本文通过系统性的单细胞RNA测序筛选，研究了神经类器官对形态发生素的响应，并提供了详细的神经谱系特化资源 | 首次使用多重单细胞转录组筛选方法，全面调查了人类神经类器官在形态发生素暴露下的区域化响应，结合深度学习模型预测分化结果 | 未在标题和摘要中明确说明 | 研究形态发生素对人类神经类器官区域特化的影响，并预测干细胞系统中的分化结果 | 人类神经类器官 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | 未在标题和摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-12-17 |
Western Diet Inhibits FUT7-Mediated Treg Intestinal Homing to Disrupt the Homeostasis of Intestinal Epithelial Cells in Crohn's Disease
2025-Dec-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509541
PMID:41398516
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研究论文 | 本研究探讨了西方饮食如何通过抑制FUT7介导的Treg肠道归巢，破坏克罗恩病中肠道上皮细胞的稳态 | 揭示了西方饮食通过下调Tregs中FUT7表达，削弱Tregs与IECs信号串扰的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者数据有限，且机制细节需进一步验证 | 探究西方饮食在克罗恩病发病机制中的作用，特别是对肠道上皮细胞稳态的影响 | 克罗恩病小鼠模型、肠道调节性T细胞（Tregs）、肠道上皮细胞（IECs） | 单细胞组学与空间转录组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 小鼠模型及克罗恩病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2025-12-17 |
Spatial transcriptomic alignment, integration, and 3D reconstruction by STAIR
2025-Dec-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03895-x
PMID:41398698
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STAIR的端到端解决方案，用于空间转录组学中的对齐、整合和三维重建 | STAIR采用具有点级和切片级注意力机制的异构图注意力网络，实现了统一的嵌入空间并指导无监督的三维重建，在特征整合和二维对齐方面相比先前方法有显著改进，并首次展示了在平行切片z轴重建方面的性能 | NA | 解决空间转录组学中多个切片合并为统一三维图谱的挑战 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 异构图注意力网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2025-12-17 |
Integrated spatial metabolomics and transcriptomics reveal the molecular landscape of papillary thyroid cancer and its lymph node metastasis
2025-Dec-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07566-0
PMID:41398964
|
研究论文 | 本研究采用整合的空间代谢组学和转录组学策略，揭示了甲状腺乳头状癌及其淋巴结转移的分子景观 | 首次结合空间代谢组学和空间转录组学，在异质性PTC组织中绘制代谢物和基因表达的空间分布，并识别出与淋巴结转移相关的潜在驱动代谢物 | 研究主要基于组织样本的空间分析，可能需要进一步的功能验证和临床队列研究来确认发现的普适性 | 阐明PTC肿瘤发生和淋巴结转移的空间代谢和转录机制 | 甲状腺乳头状癌组织及其淋巴结转移样本 | 空间多组学 | 甲状腺癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | 代谢物谱, 转录组数据 | NA | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2025-12-17 |
Breaking and making genes: the genesis of novel traits in plants
2025-Dec-15, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70844
PMID:41398987
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综述 | 本文综述了植物中基因融合事件的分子机制、功能及其在适应性进化中的作用 | 系统性地概述了植物中基因融合的形成机制及其在功能多样化和适应性中的重要性，填补了该领域相对研究不足的空白 | NA | 探讨基因融合在植物新性状形成和适应性进化中的机制与功能 | 植物基因融合事件 | 自然语言处理 | NA | 高通量测序技术，单细胞测序平台 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-12-17 |
Single Cell RNAseq Analysis of Thyroid Hormone Effects on Retinal Glial Cells
2025-Dec-15, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.1221
PMID:41400582
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探究了三碘甲状腺原氨酸对视网膜胶质细胞的转录组影响 | 首次在单细胞分辨率下系统分析甲状腺激素对视网膜胶质细胞转录调控的异质性 | 研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本；实验周期较短（4周），未评估长期效应 | 揭示甲状腺激素信号如何通过调控视网膜胶质细胞转录组参与视网膜退行性病变 | C57BL/6小鼠的视网膜胶质细胞（Müller细胞、星形胶质细胞、小胶质细胞） | 单细胞转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1月龄C57BL/6小鼠（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-12-17 |
Machine learning and multi-omics-based identification of hub paternal imprinted genes PEG11/RTL1, PEG9/DLK1, PEG6/NDN, and PEG5/NNAT in sperm of couples experiencing idiopathic recurrent pregnancy loss
2025-Dec-14, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.111369
PMID:41397315
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习与多组学数据，识别了与特发性复发性流产相关的关键父源印记基因，并揭示了其表达与甲基化异常在疾病中的作用 | 首次结合单细胞RNA-seq、DNA甲基化分析与机器学习模型，系统鉴定父源印记基因在特发性复发性流产精子中的异常表达与甲基化模式，并构建高精度预测模型 | 样本量相对有限，且研究主要聚焦于特定父源印记基因，未全面评估其他遗传或环境因素对疾病的影响 | 探究父源印记基因在特发性复发性流产中的遗传与表观遗传贡献，并识别潜在生物标志物与治疗靶点 | 特发性复发性流产夫妇的精子样本 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA-seq, DNA甲基化分析 | Random Survival Forest | RNA-seq数据, 甲基化数据 | 未明确指定样本数量，但涉及特发性复发性流产组与对照组的精子样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-12-17 |
FastCCC: a permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Dec-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66272-z
PMID:41390348
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastCCC的无置换框架，用于单细胞转录组学研究中的细胞间通讯分析，该框架具有可扩展性、鲁棒性，并支持基于参考的分析 | FastCCC采用基于快速傅里叶变换的卷积计算p值而无需置换，引入模块化代数操作框架以捕获广泛的CCC模式，并能利用图谱级单细胞参考增强用户数据集的CCC分析 | NA | 开发一个高效、稳健且可扩展的框架，用于单细胞转录组学研究中的细胞间通讯分析，以揭示多细胞生物的功能 | 单细胞转录组学数据中的细胞间通讯 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 基于快速傅里叶变换的卷积框架 | 单细胞转录组数据 | 约1600万个细胞，涵盖19种组织类型和超过450种独特细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-12-17 |
Multi-omics atlas of ovarian cellular and molecular responses to diabetes
2025-Dec-13, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2025.102307
PMID:41397560
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序、DNA甲基化分析和代谢组学，全面描述了糖尿病雌性小鼠卵巢的细胞景观、表观遗传改变和代谢重编程 | 首次通过多组学整合方法系统揭示糖尿病对卵巢功能的细胞和分子机制，特别是发现了颗粒细胞中关键基因表达下降与DNA甲基化增加的相关性 | 研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；样本量未明确说明；未涉及长期糖尿病影响的动态变化 | 阐明糖尿病影响卵巢功能的细胞和分子机制 | 糖尿病雌性小鼠的卵巢组织 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析, 代谢组学 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析, 代谢组学 | NA | NA |
| 35 | 2025-12-17 |
ACADVL upregulation is associated with placental ferroptosis in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Dec-13, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids
DOI:10.1016/j.bbalip.2025.159711
PMID:41397582
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、脂质组学和公共RNA-seq数据，探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）中胎盘铁死亡的机制，并发现ACADVL上调与线粒体功能障碍和铁死亡相关 | 首次提出ACADVL、脂质代谢、线粒体功能障碍和铁死亡在ICP发病机制中的关联模型，利用多组学方法揭示了绒毛细胞滋养层（VCT）中的关键线粒体相关基因（MRGs）和脂质代谢改变 | 研究主要基于胎盘样本，未涉及母体或胎儿其他组织的验证，且机制关联仍需进一步功能实验证实 | 阐明ICP中胎盘功能障碍的分子机制，特别是线粒体相关基因和铁死亡的作用 | 妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）患者的胎盘组织 | 数字病理学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞RNA-seq, LC-MS/MS脂质组学, RNA-seq, 免疫组织化学, 免疫荧光, Western blotting, 透射电子显微镜 | Random Forest, Support Vector Machine, LASSO回归 | 单细胞RNA-seq数据, 脂质组学数据, 公共RNA-seq数据, 图像数据 | 未明确指定样本数量，但涉及ICP患者胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 脂质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-12-17 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-Dec-12, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf317
PMID:41384851
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和体外刺激实验，定义了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地揭示了人类巨噬细胞在多个组织（如肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结）中的转录组和蛋白质组特征，并展示了这些特征在激活过程中的稳定性 | 研究基于器官捐赠者的样本，可能无法完全反映活体动态变化，且样本来源有限 | 探索人类巨噬细胞在不同组织中的身份特征及其在稳态和激活状态下的变化 | 人类巨噬细胞和单核细胞，从肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结中分离 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序，单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq），体外刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据，染色质可及性数据 | 来自个体器官捐赠者的多个组织样本（肺、小肠、脾脏、骨髓、淋巴结） | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-12-17 |
Identification of diagnostic and prognostic phospholipid biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis via machine learning and in vivo validation
2025-Dec-12, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00845-3
PMID:41388329
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研究论文 | 本研究通过整合多组微阵列数据集，利用WGCNA和机器学习方法，识别了特发性肺纤维化（IPF）中与磷脂相关的诊断和预后生物标志物，并进行了单细胞测序和动物模型验证 | 首次结合多数据集整合分析、WGCNA模块识别、磷脂相关基因筛选及机器学习建模，构建了IPF的8基因诊断模型和11基因预后模型，并通过单细胞测序和动物实验验证了关键基因GABARAPL1和UNC13B | 研究结论的临床适用性仍需进一步验证，模型在更广泛人群中的普适性有待确认 | 识别特发性肺纤维化（IPF）的诊断和预后磷脂生物标志物 | 特发性肺纤维化（IPF）患者及小鼠模型 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序 | 机器学习模型（具体类型未指定） | 基因表达数据 | 基于八个数据集的分析，涉及920个差异表达基因 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-12-17 |
Uncovering functional divergence and cellular clusters with specific gene signatures in HNSCC clonal spheroids
2025-Dec-12, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02360-3
PMID:41388470
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研究论文 | 本研究通过生成头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的克隆球体，揭示了其功能异质性，并利用单细胞RNA测序技术鉴定了与增殖和迁移相关的不同细胞簇及其基因特征 | 首次在HNSCC克隆球体中系统识别了超增殖和低增殖球体的功能差异，并通过单细胞RNA测序揭示了与肿瘤微环境相关的特定细胞簇和基因表达谱 | 研究基于细胞系和患者肿瘤细胞生成的球体模型，可能无法完全模拟体内肿瘤的复杂性，且样本来源有限 | 探究HNSCC克隆球体的功能异质性及其与肿瘤进展的关系 | HNSCC细胞系和患者肿瘤细胞生成的克隆球体 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自HNSCC细胞系和患者肿瘤细胞的克隆球体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14+CD163-HLA-DRlow monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2025-Dec-11, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00804-2025
PMID:41360505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析特发性肺纤维化（IPF）患者外周血单个核细胞，发现CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征能预测IPF患者的死亡率 | 首次将CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征与IPF死亡率相关联，并验证其在多个样本类型（PBMC、BAL、肺组织）中的预后准确性 | 样本量相对有限（总样本1054例，IPF患者555例），且研究结果需要在更大队列中进一步验证 | 探究免疫细胞特异性转录组特征与IPF患者死亡率之间的关联，并寻找潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的外周血单个核细胞、支气管肺泡灌洗液和肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、细胞反卷积分析 | LASSO回归 | 转录组数据 | 总样本1054例（IPF患者555例，其他499例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-12-17 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Dec-11, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12201-9
PMID:41382277
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研究论文 | 本研究通过整合固定细胞和活细胞数据，更新了Hydractinia symbiolongicarpus的单细胞图谱，揭示了细胞类型多样性和空间表达模式 | 整合新数据集扩展了细胞数量至超过47,000个，识别了新的免疫细胞群、神经亚型、空间不同的腺细胞群以及完整的刺细胞发育轨迹 | NA | 构建并验证Hydractinia symbiolongicarpus的更新单细胞图谱，以促进对刺胞动物细胞多样性和动态的理解 | Hydractinia symbiolongicarpus的喂养息肉和匍匐茎组织细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过47,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |