单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-15	From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865 PMID:40656612	comments	本文评论了一项关于急性胰腺炎中小肠单细胞转录组分析的研究，强调了激活的肥大细胞及其分泌的CCL5在肠道屏障功能障碍中的关键作用	整合了scRNA-seq和功能分析，揭示了急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制	评论性质文章，未直接进行实验研究，依赖于原研究的发现	探讨急性胰腺炎中肠道功能障碍的细胞和分子机制	急性胰腺炎患者的小肠组织	数字病理学	急性胰腺炎	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
22	2025-07-15	Leucine-rich repeat-containing protein 19 suppresses colorectal cancer by targeting cyclin-dependent kinase 6/E2F1 and remodeling the immune microenvironment 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107893 PMID:40656610	研究论文	本文研究了富含亮氨酸重复序列的蛋白19（LRRC19）在结直肠癌中的抑癌作用及其机制	首次揭示了LRRC19通过靶向CDK6/E2F1轴和重塑免疫微环境来抑制结直肠癌，并增强化疗敏感性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究LRRC19在结直肠癌中的抑癌作用及其分子机制	结直肠癌组织和细胞系	肿瘤学	结直肠癌	生物信息学分析、定量PCR、免疫组化、Western blotting、流式细胞术、双荧光素酶报告基因检测、分子对接、单细胞测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多个数据库（Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas）以及CRC组织和细胞系
23	2025-07-15	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制，并发现其与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞亚群的调控相关	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究，且实验主要基于小鼠模型，临床转化需更多验证	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	临床PDAC标本和小鼠模型
24	2025-07-15	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Jul-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文综述了鸡生长调控的多组学见解和新兴遗传工具，旨在优化鸡的生长性能	强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决生长相关组织细胞异质性中的应用，以及CRISPR/Cas9介导的基因组编辑在精准育种中的新途径	现有发现对可持续和高效家禽生产的应用有限	加速精准育种方法的发展，以实现可持续和高效的家禽生产，增强全球食品安全	鸡的生长调控机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/Cas9基因组编辑	NA	基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据	NA
25	2025-07-15	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	通过条件性敲除Ptbp1基因，发现其在视网膜发育中并非必需，挑战了Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅针对视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜祖细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	基因敲除模型	RNA测序数据	胚胎期E16和成熟视网膜组织
26	2025-07-15	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	research paper	该研究探讨了高亲和力I型腺苷受体（ADORA1）的过表达如何促进子宫肌瘤的生长	首次发现ADORA1在子宫肌瘤中的过表达及其通过调节AKT1介导的信号通路促进肿瘤生长的机制	研究主要基于体外实验和有限的样本，未涉及大规模临床验证	揭示子宫肌瘤生长中腺苷信号通路的分子机制	子宫肌瘤组织样本和平滑肌细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR, western blot, 免疫组化, 单细胞转录组学, siRNA干扰	NA	组织样本数据、单细胞转录组数据	匹配的子宫肌层和肌瘤组织样本及其原代培养物
27	2025-07-15	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes.. IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞和成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调节脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性仍需进一步验证	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织巨噬细胞和成纤维细胞	细胞生物学	肥胖症	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
28	2025-07-15	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jul, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的关键作用，并验证了p-NRF2作为预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	阐明口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的分子机制	口腔白斑患者样本（PDT敏感型和耐药型）和4NQO诱导的小鼠模型	分子病理学	口腔白斑	单细胞RNA测序	4NQO诱导的小鼠模型	基因表达数据	117例患者样本（3例PDT敏感型+3例PDT耐药型用于测序，117例用于验证）
29	2025-07-15	Cancer-Associated Fibroblasts: Heterogeneity, Cancer Pathogenesis, and Therapeutic Targets 2025-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70292 PMID:40656546	综述	本文系统回顾了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性、在癌症发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞多组学和空间转录组学的最新进展，识别了具有不同分子特征和功能的CAF亚型，并提出了针对这些亚型的精准治疗策略	治疗策略难以平衡CAF的功能双重性，阻碍了临床转化	探讨CAFs在肿瘤微环境中的异质性功能及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞多组学、空间转录组学	NA	NA	NA
30	2025-07-15	Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa 2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14131948 PMID:40647957	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AspWood数据库的交叉分析，识别了杨树中潜在的木质部纤维主导表达基因，并验证了这些基因启动子在转基因杨树中的组织表达活性	首次在杨树中鉴定并验证了木质部纤维主导表达的基因启动子，为林木育种中特定基因在木材纤维中的表达提供了新工具	研究仅针对杨树(Populus trichocarpa)进行，结果在其他树种中的适用性需要进一步验证	开发适用于林木育种的纤维特异性基因表达工具	杨树(Populus trichocarpa)的木质部纤维	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、激光捕获显微切割技术、RT-qPCR、启动子-GUS报告系统	NA	基因表达数据	32个候选基因(最终验证9个基因的启动子)
31	2025-07-15	Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease 2025-Jun-25, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027 PMID:40578685	研究论文	本研究探讨了细胞衰老及其与醛糖还原酶的关联在常染色体显性多囊肾病(ADPKD)中促进囊肿生长的作用	首次揭示了细胞衰老在ADPKD中的直接促囊肿作用，并鉴定AKR1B1(醛糖还原酶)作为Pkd1基因突变相关的SASP因子	研究主要基于小鼠模型，人类ADPKD肾脏样本验证有限	探究细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏	肾脏病学	常染色体显性多囊肾病(ADPKD)	单细胞RNA测序	INK-ATTAC转基因小鼠模型	基因表达数据	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本
32	2025-07-15	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	本研究探索了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并揭示了抑制性神经元在此过程中的作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的主要因素	研究仅在大鼠中进行，结果是否适用于其他物种尚不清楚	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生和幼年大鼠
33	2025-07-15	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本文研究了肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制	揭示了ApoJ通过RanBP2介导的STAT3 SUMO化促进肝纤维化的新机制，并提出了针对ApoJ/STAT3/RanBP2轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要在人类患者中进行进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何通过STAT3通路调控肝星状细胞激活从而介导肝纤维化	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化过程	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达小鼠模型	基因修饰小鼠模型	RNA测序数据、组织病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
34	2025-07-15	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	该研究评估了单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，以提高DEGs的预测能力	开发了基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了差异表达基因的预测能力	研究中AD和SCZ数据集的基因预测能力较差，可能影响部分结果的可靠性	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发改进的元分析方法	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	SumRank	基因表达数据	多个已发表研究的单细胞转录组数据集
35	2025-07-15	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出了一种名为OrgaCCC的正交图自编码器方法，用于基于空间转录组数据构建细胞间通讯网络	利用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们	依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围	提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性	空间转录组数据中的细胞间通讯网络	计算生物学	NA	空间转录组学(ST)	正交图自编码器(OrgaCCC), 变分图自编码器	基因表达谱, 空间位置数据, 配体-受体关系数据	五个ST数据集
36	2025-07-15	Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis 2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652535 PMID:40654739	研究论文	本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体（TCR），并应用于结核病（TB）患者和健康个体的研究	开发了PDI-TCR方法，结合细胞扩增、TCR测序和统计分析，能够区分抗原特异性TCR与非特异性旁观者激活的TCR	未提及具体样本量限制或技术局限性	识别和监测抗原特异性T细胞，研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型	结核病患者和结核分枝杆菌（Mtb）致敏的健康个体的T细胞	免疫学	结核病	PDI-TCR检测、单细胞RNA测序	NA	TCR序列数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
37	2025-07-15	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex -expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	该研究通过单细胞转录组学比较分析了表达doublesex基因的神经元在不同果蝇物种中的进化保守性和多样性	首次系统比较了不同果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型的转录组特征，揭示了性电路在进化过程中的保守性和多样性	研究仅关注了doublesex表达神经元，可能忽略了其他参与性行为的神经元类型	理解神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为进化	四种具有不同性行为的果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	四种果蝇物种的雄性个体，以及其中一种物种的雌性个体
38	2025-07-15	Guiding clustering and annotation in single-cell RNA sequencing using the average overlap metric 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以指导细胞聚类和注释	提出平均重叠度量来比较差异表达基因的排名，从而更精确地识别细胞身份	方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未广泛测试	改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括已知的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据
39	2025-07-15	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据集，表征了新生小鼠在超氧条件下诱导的衰老肺巨噬细胞的基因表达谱	首次详细描述了超氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性、组织区室和代谢失调特征	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究支气管肺发育不良(BPD)发病机制中衰老肺巨噬细胞的特征	新生小鼠的肺巨噬细胞	数字病理学	肺病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	来自GSE207866数据集的单细胞RNA测序数据（具体样本数量未明确说明）
40	2025-07-15	Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth 2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651361 PMID:40654923	研究论文	本研究通过整合单细胞空间多组学数据，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控因子及其与肿瘤生长的关系	首次整合空间转录组学、成像质谱细胞术和质谱成像技术，揭示了胶质瘤边缘与核心区域的代谢差异及其与细胞状态的关系	样本量相对有限，且仅针对特定WHO分级的胶质瘤进行研究	探索弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢依赖性及其与肿瘤恶性行为的关系	WHO 2-4级弥漫性浸润性胶质瘤患者肿瘤组织的核心和边缘区域	数字病理学	胶质瘤	空间转录组学(stRNAseq)、成像质谱细胞术(IMC)、质谱成像(MSI)	NA	空间转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者(包括IDH突变型少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤)