单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-04-03	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	研究论文	该研究探讨了在镰状细胞病（SCD）患者中，工程化造血干细胞移植效果不佳与严重炎症和谱系偏斜的关联	首次揭示了SCD患者中HSCs的炎症特征和谱系偏斜对基因治疗效果的负面影响	研究样本量有限，且长期疗效仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在SCD患者中的安全性和有效性	镰状细胞病患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体基因治疗、单细胞转录组分析	NA	临床数据、转录组数据	临床试验患者（具体数量未明确说明），随访18-36个月
22	2025-04-03	BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91506-x PMID:40169651	研究论文	通过生物信息学分析鉴定BRD4作为心力衰竭中与乳酸化修饰相关的关键基因	首次利用多种生物信息学分析方法鉴定BRD4为心力衰竭中关键的乳酸化相关基因，为研究心力衰竭中酰化相关机制奠定基础	NA	探索乳酸化修饰在心力衰竭进展中的作用机制	心力衰竭患者基因表达数据及体外细胞模型	生物信息学	心血管疾病	LASSO, WGCNA, ROC曲线分析, 基因集富集分析, 免疫细胞浸润分析, 单细胞测序	NA	基因表达数据	GSE5406数据集（具体样本数量未明确说明）及GSE161470单细胞测序数据集
23	2025-04-03	Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95493-x PMID:40169794	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习技术，识别肝细胞癌中的关键生物标志物	结合单细胞RNA测序数据与三种机器学习算法，识别出肝细胞癌的潜在诊断标志物，并利用分子对接技术验证药物与核心蛋白的结合能力	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别肝细胞癌的诊断和治疗生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、分子对接	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	NA
24	2025-04-03	STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01457-1 PMID:40170080	研究论文	介绍了一种名为STopover的新方法，利用空间分辨转录组学数据和拓扑分析来研究肿瘤微环境	通过逐步降低特征阈值提取连通组件，结合空间距离和持久性分析，使用Jaccard指数量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性	NA	阐明基于免疫肿瘤学的肿瘤-免疫相互作用	肿瘤微环境中的免疫和基质细胞浸润模式	数字病理学	肺癌, 乳腺癌	空间分辨转录组学(SRT)	拓扑分析	转录组数据	NA
25	2025-04-03	Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 2025-Apr, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70066 PMID:40170555	研究论文	本研究探讨了结核性胸腔积液（TPE）患者胸水（PE）和外周血（PB）中T淋巴细胞亚群的分布、调控机制及功能	首次在单细胞水平上分析了TPE患者PE和PB中T淋巴细胞亚群的分布及其功能特性	样本量较小（仅4例TPE患者），可能影响结果的普遍性	揭示TPE患者PE和PB中T细胞的分布模式及动态变化，为TPE免疫治疗提供理论基础	结核性胸腔积液患者的胸水和外周血中的T淋巴细胞亚群	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T-SNE投影、基因集变异分析（GSVA）、伪时间分析、ELISA	NA	单细胞转录组数据、细胞因子浓度数据	4例TPE患者的PE和PB样本
26	2025-04-03	Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 2025-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70166 PMID:40170749	研究论文	该研究分析了BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中巨噬细胞和CD4 T细胞的DNA甲基化和转录组数据，揭示了免疫细胞在感染过程中的动态变化和调控特性	揭示了DNA甲基化模式与炎症因子和干扰素基因的显著关联，并发现巨噬细胞和CD4 T细胞在感染过程中表现出不同的甲基化变化模式	研究仅基于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	探究结核性胸膜炎发展过程中免疫细胞的DNA甲基化动态变化及其调控机制	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的巨噬细胞和CD4 T细胞	免疫学	结核病	DNA甲基化分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	DNA甲基化数据、RNA测序数据	特定时间点（第0、1、7和14天）采集的胸膜灌洗液样本
27	2025-04-03	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	研究论文	通过多模态网络数据整合与分析，探索帕金森病不同变异间的共同分子失调机制	开发了一个知识图谱（KG），整合了高内涵成像和RNA测序数据，用于研究帕金森病单基因形式和特发性帕金森病的共同转录组失调	研究依赖于患者特异性中脑类器官模型，可能无法完全反映体内情况	探索帕金森病不同变异间的共同生物医学特征	帕金森病患者特异性中脑类器官（携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变）及特发性帕金森病患者	系统生物医学	帕金森病	RNA测序、高内涵成像	知识图谱（KG）	图像、RNA测序数据	帕金森病患者特异性中脑类器官及特发性帕金森病患者样本
28	2025-04-03	Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 2025-Mar-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07959-3 PMID:40164749	研究论文	提出一种名为SSDA4Drug的半监督少样本迁移学习方法，用于推断肿瘤中的耐药癌细胞	利用半监督对抗域适应从批量转录组数据向单细胞转录组数据迁移药物敏感性知识，显著提升单细胞药物反应预测性能	NA	开发预测单细胞水平药物反应的计算方法	肿瘤中的耐药癌细胞	数字病理学	肺癌, 前列腺癌, 口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	半监督对抗域适应(SSDA)	转录组数据	多个独立scRNA-seq数据集
29	2025-04-03	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Mar-31, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的增殖和分化能力	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠的皮质OPCs
30	2025-04-03	Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 2025-Mar-31, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04001-5 PMID:40165248	研究论文	该研究探讨了通过调节线粒体动力学增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果	发现了Lrrk2作为线粒体分裂的关键调节因子，通过磷酸化DRP1影响耗竭CD8+ T细胞亚群的相互转换	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	探索增强抗CD3单抗治疗1型糖尿病效果的机制	耗竭CD8+ T细胞亚群	免疫治疗	1型糖尿病	流式细胞术、TCR测序、转录组分析、scRNA-seq	NOD小鼠模型、NY8.3小鼠模型	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NOD小鼠、NY8.3小鼠和1型糖尿病患者的PBMCs
31	2025-04-03	Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 2025-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03542-5 PMID:40165295	研究论文	本研究报道了蛇尾纲动物Ophiura sarsii vadicola的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序分析揭示了其臂再生过程中的分子机制	首次提供了蛇尾纲动物的染色体水平基因组资源，并结合单细胞RNA测序揭示了再生过程中的细胞动态变化和分子机制	研究仅针对Ophiura sarsii vadicola这一特定物种，结果可能无法直接推广到其他蛇尾纲动物	探究蛇尾纲动物臂再生的分子机制	Ophiura sarsii vadicola（蛇尾纲动物）	基因组学	NA	染色体水平基因组组装、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	NA
32	2025-04-03	Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness 2025-Mar-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07947-7 PMID:40158033	研究论文	提出了一种基于参考的统计框架RBET，用于评估单细胞组学数据批次效应校正的性能，特别是对过度校正的敏感性	RBET框架首次引入了对数据过度校正的敏感性评估，能够更公平地评估批次效应校正方法的性能	虽然论文展示了RBET在多种数据集上的应用，但未提及其在其他单细胞组学技术（如蛋白质组学）中的适用性	开发一个能够评估单细胞组学数据批次效应校正性能的统计框架，特别关注对过度校正的检测	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	统计框架(RBET)	单细胞组学数据	六组真实数据集和大量模拟数据，包含不同批次数量、批次效应大小和细胞类型数量
33	2025-04-03	Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95731-2 PMID:40159545	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群与疾病进展和免疫抑制微环境的关联	首次在膀胱癌中鉴定出高表达ESM1的内皮细胞亚群，并阐明其促进肿瘤进展和免疫抑制的生物学功能	研究样本量相对有限（7,519个CD45阴性单细胞），且主要在转录组层面进行分析，缺乏更深入的机制研究	探索膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	膀胱癌组织中的内皮细胞亚群	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq, AUCell分析, pySCENIC算法, EdU和Transwell实验	NA	单细胞转录组数据	7,519个CD45阴性单细胞
34	2025-04-03	Pitaya stem polysaccharide promotes wound healing by modulating macrophage polarization via single-cell RNA sequencing evidence 2025-Mar-28, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142653 PMID:40158567	研究论文	研究火龙果茎多糖通过调节巨噬细胞极化促进伤口愈合的作用	首次利用单细胞RNA测序技术揭示火龙果茎多糖（PSP）通过调节巨噬细胞M2/M1极化促进伤口愈合的分子机制	研究仅关注了PSP对巨噬细胞极化的影响，未探讨其对其他免疫细胞或组织修复细胞的作用	探究火龙果茎多糖（PSP）对伤口愈合的促进作用及其机制	皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞	生物医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及体内伤口愈合实验
35	2025-04-03	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-Mar-28, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	评估依那西普（一种TNF抑制剂）在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序分析老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并发现依那西普通过抑制血小板因子4和TNF-α缓解症状	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究	探索老年COVID-19患者的治疗选择，特别是针对自身免疫样表现的治疗	老年COVID-19患者	NA	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标、转录组数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
36	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
37	2025-04-03	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	research paper	研究揭示了小鼠肾脏发育过程中近端小管细胞对亨利袢降支细段的贡献	通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，识别出亨利袢降支细段发育细胞，并发现这些细胞部分来源于近端小管细胞	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肾脏发育中的适用性尚需验证	探究亨利袢降支细段在肾脏发育过程中的形成机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和亨利袢降支细段细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
38	2025-04-03	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究探讨了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能	首次揭示了成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异	阐明心脏成纤维细胞在心脏发育中的作用机制	心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞mRNA测序）、RNA染色、Pdgfra-CreER控制的DTA系统	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
39	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
40	2025-04-03	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	本文探讨了乳腺小叶癌（ILC）中DNA损伤检查点中介蛋白1（MDC1）的共调节活性与DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联	揭示了MDC1在ILC细胞中独特的共调节活性及其与DNA修复功能障碍的关系，提出了ILC中一种新型的HR功能障碍形式，并展示了PARP抑制剂在治疗中的潜在应用	研究主要基于体外和动物模型，需要进一步临床验证	探究ILC中MDC1的共调节活性及其与DNA修复功能和PARP抑制剂敏感性的关系	乳腺小叶癌细胞（ILC cells）和ILC异种移植模型	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析、DNA修复活性分析	NA	转录组数据、功能实验数据	多个ILC异种移植模型