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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-03-28
Repopulation of microglia and its implications for CNS disorders: Insights from the single-cell era
2025-10-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
综述 本文综述了单细胞时代下小胶质细胞的起源、发育、再殖和异质性,并强调了小胶质细胞再殖在中枢神经系统疾病中的治疗潜力 结合单细胞测序技术,系统总结了小胶质细胞再殖的探索过程及其在中枢神经系统疾病中的新治疗价值 NA 增强对小胶质细胞再殖的理解,并为新的治疗策略提供见解 小胶质细胞 数字病理学 中枢神经系统疾病 单细胞RNA测序 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
22 2026-03-28
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 本研究探讨了eNAMPT作为特发性肺纤维化(IPF)治疗靶点的潜力,并评估了ALT-100单克隆抗体在人类和小鼠模型中的治疗效果 首次将eNAMPT识别为IPF中的新型损伤相关分子模式蛋白(DAMP)和治疗靶点,并展示了ALT-100单克隆抗体在逆转肺纤维化关键病理过程中的作用 研究主要基于小鼠模型和人类样本的关联分析,缺乏长期临床疗效数据 探索eNAMPT/TLR4信号通路在肺纤维化发病机制中的作用,并评估eNAMPT中和作为IPF治疗策略的可行性 IPF患者血液、外周血单核细胞和肺组织样本,以及C57Bl6小鼠的博来霉素诱导肺纤维化模型 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 NA 基因表达数据,组织学图像 IPF患者样本和小鼠模型样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
23 2026-03-28
Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury
2025-10-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
研究论文 本研究首次报道了脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变,并利用空间转录组学和单细胞分析揭示了其与组织损伤及免疫细胞浸润的关联 首次在脊髓损伤背景下揭示R-loop积累的动态模式及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制,并识别了Cdk1等关键基因在R-loop相关小胶质细胞炎症浸润中的潜在作用 研究基于小鼠夹挫伤模型,结果在人类中的普适性需进一步验证;样本量相对有限,且时间点覆盖可能不足以捕捉所有动态变化 探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其在微环境重塑和神经退行性变中的作用机制 小鼠脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织(包括灰质和白质),采集自损伤腔在不同时间点(0、1、3、7、14天)的样本 数字病理学 脊髓损伤 空间转录组学、单细胞分析、免疫荧光染色、HE/LFB染色、细胞反卷积计算 细胞反卷积算法 空间转录组数据、单细胞数据、免疫荧光图像、组织染色图像 从小鼠脊髓损伤模型采集的新鲜组织样本(50-100毫克),覆盖5个时间点(0、1、3、7、14天) NA 空间转录组学, 单细胞分析 NA NA
24 2026-03-28
RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays
2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1
研究论文 本文开发了一种基于3D打印嵌入液滴阵列的平台,用于在单囊泡分辨率下进行RNA测序,以研究细胞外囊泡的RNA异质性 利用3D打印技术创建可控、均匀的皮升液滴阵列,首次实现了在单囊泡水平上对细胞外囊泡的poly(A) RNA进行测序 方法主要针对poly(A) RNA,可能无法全面覆盖所有RNA类型;平台操作复杂,需要优化打印条件 开发一种高分辨率平台,以研究细胞外囊泡中RNA cargo的异质性,为生物标志物发现和临床应用提供新工具 单个细胞外囊泡(EVs),特别是CD9、CD63和CD81阳性的EVs,以及THP-1细胞来源的免疫纯化EVs 单细胞测序技术 NA RNA测序,PCR,cDNA合成 NA RNA序列数据 3689个独特条形码对应的单个EVs,每个EV至少有两个poly(A) RNA reads NA 单囊泡RNA测序 3D打印嵌入液滴阵列平台 基于3D打印技术,使用碳氢化合物支持材料和打印水溶液,生成可控、均匀的皮升液滴,用于单EVs的cDNA制备和测序
25 2026-03-28
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究首次系统性地评估了五种主流半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能 首次在多种真实标注场景下系统比较半监督与无监督单细胞RNA测序整合方法,揭示了现有半监督方法在实际应用中的局限性 仅评估了五种半监督方法,未涵盖所有现有方法;评估数据集数量有限(六个) 评估半监督单细胞RNA测序整合方法在真实标注场景下的实际性能优势 单细胞RNA测序数据整合方法 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust, scCRAFT 单细胞RNA测序数据 六个不同数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2026-03-28
Myeloid-specific deficiency of ribosomal protein L13a alters macrophage polarity and diversity during differentiation from bone marrow
2025-Jul-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 本文探讨了核糖体蛋白L13a在骨髓来源巨噬细胞分化和极化过程中的新作用 发现了L13a在调节巨噬细胞多样性和极化中的新角色,超越了传统的M1-M2二元概念 研究主要基于体外骨髓来源巨噬细胞模型,体内验证可能有限 研究巨噬细胞极化调控机制 骨髓来源巨噬细胞和CD4+ T细胞 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA RNA序列数据 来自对照和L13a敲除小鼠的骨髓来源巨噬细胞 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
27 2026-03-28
HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer
2025-07, Autophagy IF:14.6Q1
研究论文 本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化降解来逆转自噬介导的结直肠癌5-氟尿嘧啶耐药性的分子机制 首次发现HMBOX1-HACE1-ATG5轴在调控结直肠癌自噬和化疗耐药中的关键作用,并阐明其通过促进ATG5的K63-泛素化降解抑制自噬的分子机制 研究主要在细胞和动物模型中进行,临床验证样本量有限,需要更大规模的临床队列研究进一步验证 探究结直肠癌中5-氟尿嘧啶耐药性的分子机制,并寻找逆转耐药的治疗靶点 结直肠癌细胞系、患者组织样本 癌症生物学 结直肠癌 RNA测序、单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学、免疫组化、染色质免疫沉淀 NA 基因表达数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、组织图像数据 患者结直肠癌组织样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
28 2026-03-28
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化过程中通过调控成纤维细胞代谢重编程促进其持续活化的关键作用 首次发现CBX5作为连接表观遗传改变与成纤维细胞代谢异常的关键分子,并证明靶向CBX5可协同增强二甲双胍的抗纤维化效果 研究主要基于体外细胞模型和动物模型,在人体内的直接治疗效应仍需进一步验证 探究表观遗传调控如何影响成纤维细胞代谢重编程从而促进肺纤维化进展 特发性肺纤维化(IPF)患者的成纤维细胞、博来霉素诱导的肺损伤模型、IPF肺组织外植体 表观遗传学与代谢研究 肺纤维化 单细胞RNA测序、免疫组织化学、bulk RNA测序、代谢评估 NA 基因表达数据、代谢数据、组织图像 未明确具体样本数量,涉及IPF患者成纤维细胞、动物模型及肺组织外植体 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
29 2026-03-28
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病的进展,揭示了微观和宏观转录状态的演变 利用状态转移理论,揭示了细胞类型特异性贡献如何调控稳健的疾病表型状态转移,建立了从单细胞尺度到宏观状态水平的理论框架 NA 探索单细胞与批量转录组学中癌症特异性信息内容,解析离散疾病定义状态如何从噪声单细胞数据中涌现 慢性髓系白血病 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2026-03-28
Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment
2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析,揭示了CLDN18.2阳性胃癌在新辅助化疗驱动下肿瘤微环境的特异性免疫抑制变化 首次在单细胞水平上揭示了CLDN18.2阳性胃癌化疗后独特的免疫抑制微环境变化,包括NK细胞ADCC相关基因下调、Tregs和TAMs中TGFB1表达上调,以及特定的细胞间相互作用信号通路 样本量较小(37例GC样本,其中仅11例CLDN18.2阳性),且为观察性研究,需要更大样本和功能验证实验 探究CLDN18.2阳性胃癌在新辅助化疗作用下肿瘤微环境的特异性变化,以解释化疗联合抗CLDN18.2抗体疗效有限的原因 胃癌组织样本,特别是CLDN18.2阳性和阴性的胃癌患者样本 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序,多重免疫荧光 NA 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 37例胃癌样本(包括11例CLDN18.2阳性和26例CLDN18.2阴性样本) NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2026-03-28
Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies
2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1
研究论文 本研究识别了一种与波形蛋白IgG自身抗体相关的新型脑膜脑脊髓炎综合征 首次发现并描述了针对星形胶质细胞中间丝蛋白波形蛋白的自身抗体与一种独特的脑膜脑脊髓炎综合征的关联 研究为回顾性病例系列,样本量较小(14例患者),且随访时间有限(中位23个月) 表征一种与未知星形胶质细胞自身抗体相关的脑膜脑脊髓炎综合征 患有未明确中枢神经系统自身免疫性疾病且具有相似临床和影像学特征的患者 数字病理学 神经系统自身免疫性疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基于细胞的测定、基于组织的测定 NA 单细胞RNA测序数据、临床数据、影像学数据 14例患者(10例女性,中位年龄33岁),其中2例索引患者的脑脊液细胞进行了scRNA-seq NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2026-03-28
Decreased miR-486-5p is involved in lipopolysaccharide-induced HTR-8/SVneo cell dysfunction by promoting SMAD2 expression
2025-01-01, Reproduction (Cambridge, England)
研究论文 本研究探讨了miR-486-5p/Smad2通路在脂多糖诱导的绒毛外滋养细胞功能障碍及早期妊娠丢失发病机制中的作用 揭示了miR-486-5p通过靶向SMAD2调控绒毛外滋养细胞侵袭和TNFα产生的新机制,并利用单细胞RNA测序数据验证了SMAD2在复发性流产患者中的表达变化 研究主要基于细胞系HTR-8/SVneo和动物模型,人类样本验证有限,且未深入探讨其他潜在靶点或通路 阐明miR-486-5p在早期妊娠丢失发病机制中的具体作用及其分子通路 绒毛外滋养细胞(EVT)系HTR-8/SVneo、LPS诱导的早期妊娠丢失模型、人类蜕膜单细胞RNA测序数据 生殖医学 早期妊娠丢失 单细胞RNA测序、转录组分析、细胞功能实验 NA 基因表达数据、细胞实验数据 细胞系实验及公共数据库(GEO)中的人类样本数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
33 2026-03-28
Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2
综述 本文综述了使用器官芯片平台建模生殖和妊娠相关组织的挑战、局限性以及高通量数据前沿 探讨了器官芯片技术在生殖和妊娠领域应用的创新点,包括克服现有平台限制的新方法,如空间转录组学和成像流式细胞术 描述了器官芯片平台的局限性,如细胞数量少、上清液体积低、制造材料限制以及分子和生化检测的不足 旨在评估器官芯片技术在生殖和妊娠相关生理病理建模及药物评估中的应用潜力和挑战 生殖和妊娠相关的器官芯片平台 生物医学工程 NA 空间转录组学、成像流式细胞术、外泌体分析 NA 图像、分子数据 NA NA 器官芯片、微生理系统 NA NA
34 2026-03-25
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-12, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了CellPhoneDB v5,一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 扩展了配体-受体相互作用库,新增约1000个非肽类配体介导的相互作用;引入了新的数据库查询方式,允许用户根据实验设计定制查询;整合了新的策略,利用空间转录组学或单细胞ATAC-seq数据优先考虑特定细胞间相互作用;新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 需要基本的Python知识,且协议执行时间约为15分钟,可能对非专业用户有一定门槛 开发并优化一个生物信息学工具包,以从单细胞多组学数据中推断细胞间通信 单细胞多组学数据,包括配体-受体相互作用、空间转录组学和单细胞ATAC-seq数据 生物信息学 NA 单细胞多组学分析、空间转录组学、单细胞ATAC-seq NA 单细胞多组学数据、空间转录组学数据、单细胞ATAC-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 NA NA
35 2026-03-25
Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification
2025-Dec, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过条件性敲除小鼠模型,探讨了PRMT5在表皮发育中的作用,揭示了其通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的机制 首次在体内模型中证明PRMT5通过表观遗传调控防止基底角质形成细胞衰老,并鉴定出一类非典型的基底角质形成细胞样细胞群 研究主要基于小鼠模型,人类皮肤疾病中的直接应用仍需进一步验证 探究PRMT5在表皮发育和分层过程中的功能及其在先天性皮肤疾病中的作用 条件性敲除Prmt5的小鼠表皮细胞 表观遗传学 先天性皮肤疾病 单细胞RNA测序,ATAC-seq 条件性敲除小鼠模型 单细胞转录组数据,染色质可及性数据 条件性敲除小鼠表皮组织 NA 单细胞RNA-seq,ATAC-seq NA NA
36 2026-03-25
Microplastic exposure elicits sex-specific atherosclerosis development in lean low-density lipoprotein receptor-deficient mice
2025-Dec, Environment international IF:10.3Q1
研究论文 本研究探讨了环境相关剂量微塑料暴露对低密度脂蛋白受体缺陷小鼠动脉粥样硬化发展的性别特异性影响 揭示了微塑料暴露在瘦小鼠中诱导性别特异性动脉粥样硬化发展的新现象,并通过单细胞RNA测序提供了机制性见解 研究仅使用小鼠模型,且暴露剂量和持续时间可能无法完全模拟人类长期低剂量暴露情况 评估微塑料暴露对心血管系统的影响,特别是动脉粥样硬化的发展 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠(雄性和雌性)以及原代内皮细胞 心血管疾病研究 心血管疾病 单细胞RNA测序 动物模型(小鼠) 基因表达数据 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠群体(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
37 2026-03-25
Identification of intestinal enteroendocrine cell subtypes and their associated hormones in zebrafish
2025-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和质谱分析,鉴定了斑马鱼肠道内分泌细胞的亚型及其相关激素,并揭示了其分化谱系 首次在斑马鱼中系统鉴定出六种肠道内分泌细胞亚型及其激素谱,发现神经发生素3(neurog3)在斑马鱼中的作用与哺乳动物不同,并揭示了ghrelin+细胞作为特定亚型前体的新功能 研究主要基于斑马鱼模型,结果向哺乳动物外推需谨慎;部分激素编码基因(23个中的4个)未检测到相应成熟肽 阐明斑马鱼肠道内分泌细胞亚型的分化机制及其激素产生 斑马鱼肠道内分泌细胞及其前体细胞 单细胞生物学 NA 单细胞RNA测序,质谱分析 NA 单细胞转录组数据,质谱数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
38 2026-03-25
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单核多组学测序技术,探索了人类记忆CD4+ T细胞中快速回忆反应的基因调控网络机制 首次结合单核多组学测序(snRNA-seq和snATAC-seq)与ChIP-seq验证,识别了记忆相关转录因子(如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6)在调控快速回忆反应中的核心作用,并将这些机制与免疫介导疾病的遗传风险关联 研究主要聚焦于CD4+ T细胞亚群,可能未涵盖其他免疫细胞类型;单核测序技术可能无法完全反映细胞在体状态 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆反应的基因调控网络机制,并探索其与免疫疾病遗传风险的关联 人类记忆CD4+ T细胞及其亚群 单细胞组学 免疫介导疾病 单核多组学测序(snRNA-seq和snATAC-seq)、ChIP-seq、GWAS 基因调控网络重建 单细胞RNA-seq数据、单细胞ATAC-seq数据、ChIP-seq数据、GWAS数据 未明确指定样本数量,但涉及人类CD4+ T细胞亚群 NA 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
39 2026-03-25
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了与自身免疫性神经炎症相关的嗜中性粒细胞簇,并识别了Saa3/SAA1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 利用单细胞RNA测序技术首次在EAE模型中系统性地揭示了嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症中的异质性,并发现了与疾病严重程度相关的特定嗜中性粒细胞簇(Neu2和Neu4),同时将小鼠Saa3与人类SAA1关联起来,提出了新的生物标志物和治疗靶点 研究主要基于小鼠EAE模型,人类样本仅涉及血浆SAA1水平分析,未在人类MS患者中直接验证嗜中性粒细胞簇的异质性;单细胞测序数据可能受样本处理和测序深度影响 探究嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症(特别是多发性硬化症)中的具体作用和异质性,并识别潜在的生物标志物和治疗靶点 小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的嗜中性粒细胞,以及多发性硬化症(MS)患者的血浆样本 单细胞组学 多发性硬化症 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA 单细胞转录组数据 未明确指定具体样本数量,但涉及小鼠EAE模型和MS患者血浆 NA 单细胞RNA-seq NA NA
40 2026-03-25
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-11, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组学协议,用于高效分析单个细菌的基因表达谱 该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除,实现了高达95%的细胞保留率,显著优于现有协议 NA 开发一种适用于细菌单细胞转录组学的高效、可靠方法,以研究细菌群体内的细胞间变异 单个细菌,如鼠伤寒沙门氏菌等模型生物 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA 基于MATQ-seq的细菌scRNA-seq协议,包括荧光激活细胞分选和机器人液体处理
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