单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3961	2024-12-28	Histopathologic Analysis of Human Kidney Spatial Transcriptomics Data: Toward Precision Pathology 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.011 PMID:39097165	研究论文	本文探讨了空间转录组学（ST）技术在人类肾脏样本中的应用，旨在通过形态学方法解释ST数据，提高对慢性肾脏病病变现象的理解	提出了基于形态学的ST数据分析方法，能够更准确地解释肾脏病变的细胞和分子机制	研究仅基于人类肾脏样本，未涉及其他组织或疾病模型	通过空间转录组学技术，提高对慢性肾脏病病变现象的理解，推动精准病理学的发展	人类肾脏样本	数字病理学	慢性肾脏病	空间转录组学（ST）	NA	空间转录组数据	人类肾脏样本
3962	2024-12-28	The contribution of the novel CLTC-VMP1 fusion gene to autophagy regulation and energy metabolism in cisplatin-resistant osteosarcoma 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00302.2024 PMID:39466176	研究论文	本研究探讨了CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用及其通过调节自噬和凋亡平衡介导能量代谢重编程的分子机制	首次发现CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤细胞的异质性	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床样本中进行验证	探索CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	分子生物学	骨肉瘤	单细胞转录组分析、慢病毒载体	NA	转录组数据	人类骨肉瘤细胞系和小鼠模型
3963	2024-12-28	Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024 PMID:39510135	研究论文	本研究探讨了与COVID-19死亡率增加、COVID-19后间质性肺病（ILD）肺纤维化消退以及特发性肺纤维化（IPF）持续相关的循环免疫细胞的转录和表型变化	识别了基于50基因特征的三种基因组风险特征，揭示了单核细胞和T细胞亚群的基因组失衡，并强调了COVID-19后ILD与IPF之间的基因组差异	样本量相对较小，且未涵盖所有可能的免疫细胞类型	研究COVID-19、COVID-19后ILD和IPF中循环免疫细胞的转录和表型变化，以揭示其与疾病风险和预后的关系	227名COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组的全血和外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	COVID-19, 间质性肺病, 特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, Luminex检测	NA	基因表达数据, 血浆生物标志物数据	227名受试者
3964	2024-12-28	Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010 PMID:39722281	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3965	2024-12-26	Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00768-2 PMID:39169166	综述	本文综述了单细胞转录组学和空间转录组学在细胞身份和组织结构分析中的最新进展、挑战和前景	讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组数据分析中的应用，并展望了这些技术在生物研究和临床转化中的未来	未具体提及研究的局限性	探讨单细胞和空间转录组学在细胞状态和多细胞邻域识别与表征中的应用	健康与疾病组织中的细胞多样性和基因表达动态	生物信息学	肿瘤生物学	单细胞转录组学、空间转录组学	深度学习、基础模型	转录组数据	数百至数百万个细胞的靶向转录组和全转录组数据
3966	2024-12-26	Trem2/Tyrobp Signaling Protects Against Aortic Dissection and Rupture by Inhibiting Macrophage Activation in Mice 2025-Jan, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321429 PMID:39508103	研究论文	本研究探讨了Trem2/Tyrobp信号通路在小鼠主动脉夹层（AD）发展中的作用，发现其通过抑制巨噬细胞激活来保护主动脉免受夹层和破裂	首次揭示了Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层中的保护作用，并提出了通过增强该信号通路来预防和治疗主动脉夹层的新策略	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步研究Trem2/Tyrobp在人类主动脉夹层中的作用	探讨Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层发展中的作用及其潜在机制	小鼠主动脉夹层模型	心血管疾病	主动脉夹层	转录组分析、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、定量实时聚合酶链反应	Tyrobp敲除小鼠、Trem2敲除小鼠	基因表达数据、RNA测序数据	小鼠模型
3967	2024-12-25	The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00770-8 PMID:39256623	综述	本文综述了造血干细胞（HSC）及其前体细胞（HSPC）在发育和衰老过程中与骨髓微环境（niche）的相互作用	本文通过单细胞转录组学和显微镜技术，揭示了HSC在发育过程中与不同niche的相互作用，并探讨了这些相互作用在衰老过程中的变化及其对造血疾病的影响	本文主要为综述性质，未提供具体实验数据或模型	探讨HSC与niche在发育和衰老过程中的相互作用，为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础	造血干细胞（HSC）及其前体细胞（HSPC）与骨髓微环境（niche）的相互作用	NA	NA	单细胞转录组学、显微镜技术	NA	NA	NA
3968	2024-12-25	Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245 PMID:39717507	研究论文	本文研究了肝细胞癌中胆碱能神经细胞的存在及其对肿瘤肝细胞中可靶向毒蕈碱受体的影响	首次在人类肝细胞癌中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+、TH-、CD31-、CD45-簇，并通过单细胞RNA测序数据独立验证	研究主要基于法国肝脏生物库的数据和TCGA等数据集，可能存在样本多样性不足的问题	探索肝细胞癌中胆碱能神经过程的作用，并评估现有神经药物在肝细胞癌研究中的应用潜力	肝细胞癌中的胆碱能神经细胞和肿瘤肝细胞中的毒蕈碱受体	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	包括来自法国肝脏生物库的肝肿瘤样本、TCGA数据集、其他数据集以及欧洲验证队列
3969	2024-12-24	Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159 PMID:39681052	研究论文	本文比较了三种酶（Trypsin、TrypLE 和 Liberase）在分离小鼠新生表皮细胞以进行单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）中的效果	首次系统比较了不同酶在分离小鼠新生表皮细胞中的效果，并揭示了酶选择对细胞群体恢复的显著影响	本文仅比较了三种酶的效果，未探讨其他可能的分离方法	优化小鼠新生表皮细胞的单细胞 RNA 测序分离方法	小鼠新生表皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
3970	2024-12-24	Exploring the Role of Ccn3 in Type III Cell of Mice Taste Buds 2025-Jan, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.16291 PMID:39709613	研究论文	研究探讨了Ccn3在鼠味蕾III型细胞中的表达和功能	首次通过单细胞RNA测序发现Ccn3在鼠味蕾III型细胞中高表达，并通过多种实验方法验证了其表达模式	Ccn3敲除对味觉反应没有显著影响，其具体功能仍需进一步研究	探索Ccn3在鼠味蕾细胞中的表达和功能	鼠味蕾的III型细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）、原位杂交、免疫组织化学（IHC）	NA	RNA	鼠味蕾细胞
3971	2024-12-23	Integrating scRNA-seq and Visium HD for the analysis of the tumor microenvironment in the progression of colorectal cancer 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113752 PMID:39642568	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组技术，分析了结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	本文首次结合高分辨率空间转录组学技术，深入研究了结直肠癌肿瘤微环境的动态变化，并发现了NOTUM+上皮细胞和IGHG1/3+浆细胞在正常组织与腺瘤交界处的聚集现象	本文主要基于数据分析，缺乏实验验证，且样本量未明确说明	研究结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，Visium HD空间转录组	NA	转录组数据	NA
3972	2024-12-23	The prognostic significance and potential mechanism of PFDN4 in hepatocellular carcinoma 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113761 PMID:39644788	研究论文	本研究探讨了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	首次系统研究了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响，并揭示了其通过MAPK/ERK信号通路调控肝细胞癌行为的机制	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏更大规模的临床样本验证	探讨PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响	NA	肝细胞癌	CCK-8, EdU, 伤口愈合, Transwell, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多个数据库和临床样本, 稳定敲低和过表达PFDN4的肝细胞癌细胞系
3973	2024-12-23	An Integrative analysis of single-cell RNA-seq, transcriptome and Mendelian randomization for the Identification and validation of NAD+ Metabolism-Related biomarkers in ulcerative colitis 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113765 PMID:39647286	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、转录组数据和孟德尔随机化分析，识别和验证了与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）代谢相关的生物标志物在溃疡性结肠炎中的作用	首次通过多组学数据整合和孟德尔随机化分析，识别并验证了NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的生物标志物作用	研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和外部验证不足的问题	探索NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的潜在作用，并验证其作为生物标志物的可行性	NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的表达模式及其作为生物标志物的潜力	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、孟德尔随机化分析、实时定量聚合酶链反应	机器学习	基因表达数据	使用了GSE87466、GSE75214和GSE224758等多个数据集，样本数量未明确提及
3974	2024-12-23	MSR1 in lung squamous cell carcinoma: Prognostic and immunological values in pan-cancer and single-cell analyses and a cohort study 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113811 PMID:39667048	研究论文	研究探讨了巨噬细胞清道夫受体1（MSR1）在肺鳞状细胞癌（LUSC）中的预后和免疫学价值	首次系统分析了MSR1在泛癌和单细胞水平上的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了其在LUSC中的预后和诊断潜力	研究主要基于数据库分析和队列研究，缺乏体内实验验证	探讨MSR1在LUSC中的预后和免疫学价值，并评估其作为诊断和预后标志物的潜力	MSR1在肺鳞状细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	49,566名UK Biobank参与者
3975	2024-12-23	Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis 2025-Jan, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032 PMID:39236896	研究论文	本文研究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞，并探讨了其与胃癌风险的关系	首次揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中表达ANPEP/CD13的癌相关化生细胞亚型，表明这两种疾病具有致癌潜力	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探讨幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞及其与胃癌风险的关系	幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	组织样本	小鼠模型和人类患者活检样本
3976	2024-12-23	Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models 2025-Jan, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06301-6 PMID:39508880	研究论文	本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	揭示了非β细胞在不同糖尿病易感性小鼠模型中的转录异质性，并发现这种异质性与人类2型糖尿病的发展相关	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性	理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据
3977	2024-12-23	Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics 2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014 PMID:39537019	综述	本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展	本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学和两种新的组学技术（表观转录组学和线粒体基因组学）的应用	本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究	总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展	骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学研究	基因组学	骨关节炎	全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学	NA	基因组数据	涉及多种骨关节炎相关组织的人类材料
3978	2024-12-23	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失数据插补	GraCEImpute模型在插补单细胞RNA测序数据中的缺失值方面优于现有方法，并显著提高了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高丢失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图聚类自编码器（GCAE）	RNA测序数据	NA
3979	2024-12-23	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学和实验验证，识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在系统性红斑狼疮患者中的表达显著上调，并具有诊断价值和与疾病活动相关的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别系统性红斑狼疮的新型诊断生物标志物，并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名系统性红斑狼疮患者和31名健康对照
3980	2024-12-23	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的影响，通过单细胞转录组和批量RNA表达谱数据，识别了与PTEN状态相关的独特分子通路和预后标志物	首次在胶质细胞类型水平上分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制，并识别了与PTEN状态相关的独特预后标志物	研究依赖于公开的单细胞和批量RNA表达数据，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤患者的情况	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制及其在不同胶质细胞类型中的预后标志物	PTEN野生型和缺失型的胶质母细胞瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析，批量RNA表达谱分析	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA表达数据	公开的单细胞转录组和批量RNA表达数据