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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2026-04-25 |
Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma
2025-Jun, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016
PMID:39709141
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术解析阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗在晚期肝细胞癌中的应答模式 | 首次通过单细胞RNA测序衍生基因表达特征,揭示阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗在晚期肝细胞癌中的两种不同应答模式(免疫介导响应和血管生成相关响应),并定义分子亚群 | 样本数量有限(317例治疗组),可能无法完全覆盖所有应答亚型;单细胞RNA测序衍生的特征需在更大队列中验证 | 阐明晚期肝细胞癌对阿替利珠单抗联合贝伐珠单抗临床获益与耐药的细胞机制 | 晚期肝细胞癌患者(422例RNA测序样本,包括317例联合治疗、47例单药和58例索拉非尼对照组) | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 422例晚期肝细胞癌患者RNA测序样本(317例阿替利珠单抗+贝伐珠单抗治疗、47例阿替利珠单抗治疗、58例索拉非尼治疗) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 362 | 2026-04-25 |
Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours
2025-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03012-6
PMID:40269311
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的微环境图谱 | 首次对罕见卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤进行单细胞水平免疫和基质景观描绘 | 样本量有限,新鲜肿瘤样本仅来自12例,且部分肿瘤类型仅有单一样本 | 探索罕见卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的免疫和基质微环境 | 66,919个细胞来自12个新鲜肿瘤样本,包括7例成人颗粒细胞瘤、1例幼年颗粒细胞瘤、1例支持-间质细胞瘤、2例未成熟畸胎瘤和1例无性细胞瘤 | 数字病理 | 卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12个新鲜肿瘤样本,共66,919个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2026-04-25 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat
2025-Apr-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03569-8
PMID:40217326
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示了小麦籽粒产量和品质的关键基因调控 | 首次对小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组分析,鉴定了10种细胞类型及192个标记基因,并识别了负调控胚胎和籽粒大小的转录因子TaABI3-B1 | NA | 理解小麦籽粒发育的时空转录调控,为改良小麦产量和品质提供遗传资源 | 小麦籽粒,授粉后4至12天 | 转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多个时间点(授粉后4至12天)的小麦籽粒样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 364 | 2026-04-25 |
Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity
2025-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0545
PMID:39743888
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research paper | 本研究探讨了端粒酶逆转录酶遗传改变和乙肝病毒整合在年轻男性乙肝相关肝细胞癌中的优势,並揭示了其对性别差异的影响 | 首次揭示了年轻男性中TERT遗传改变和HBV整合在TERT位点的显著富集与性别差异的关联,并通过单细胞RNA测序数据加以验证 | NA | 探究端粒酶逆转录酶遗传改变和乙肝病毒整合在乙肝相关肝细胞癌性别差异中的作用 | 310例乙肝相关肝细胞癌组织样本及其性别和年龄分层的TERT启动子突变和HBV整合谱 | machine learning | liver cancer | 单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据 | 310例乙肝相关肝细胞癌组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 365 | 2026-04-25 |
A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants
2025-Mar-05, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942
PMID:40043141
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研究论文 | 对极早产儿出生后2个月内循环免疫细胞进行纵向多组学单细胞图谱分析 | 首次利用微量全血(250微升)对极早产儿进行纵向多组学分析,揭示其外周免疫发育轨迹与足月儿的差异,并发现早期持续激活的免疫特征 | 样本量较小(10名极早产儿),且未明确说明样本选择偏差或结果普适性 | 描述极早产儿出生后2个月内外周免疫细胞的发育轨迹 | 10名极早产儿(孕周小于30周)的外周血免疫细胞,以及健康成人和早产/足月脐带血样本 | 数字病理学 | 早产儿相关疾病 | 单细胞RNA测序、T细胞和B细胞受体测序、磷蛋白质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组、免疫受体序列、蛋白质组学数据 | 10名极早产儿(1周、1个月、2个月共30个时间点样本),健康成人和早产/足月脐带血样本若干 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫受体测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组和免疫受体测序,磷蛋白质谱流式细胞术 |
| 366 | 2026-04-25 |
Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition
2025-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2696-5
PMID:39422812
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研究论文 | 通过整合空间转录组和单核RNA测序,揭示TGF-β对肌内脂肪沉积的特异性抑制作用 | 首次结合空间转录组与单核RNA-seq技术,揭示TGF-β信号通路在不同脂肪含量猪肌内脂肪中的空间异质性及其对脂肪沉积的抑制作用,并发现肥胖小鼠中TGF-β抑制可加速肌肉修复 | 体外实验仅使用猪内皮细胞模拟高脂环境,且体内实验局限于小鼠模型,需进一步验证在人类中的适用性 | 研究TGF-β信号通路对肌内脂肪沉积的调控机制,探索其对肌肉萎缩和修复的潜在治疗靶点 | 猪背最长肌组织(不同肌内脂肪含量)、肥胖小鼠肌肉损伤模型 | 数字病理学 | 肌营养不良、肥胖相关肌肉萎缩 | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据、单核RNA-seq数据 | 不同肌内脂肪含量的猪背最长肌样本(具体数量未说明)、肥胖小鼠样本(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2026-04-25 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 通过抑制机械传导(YAP)防止大型动物模型瘢痕形成并促进伤口再生 | 首次在红杜洛克猪(最接近人类瘢痕模型)中证明单次使用YAP抑制剂维替泊芬即可防止瘢痕形成并驱动伤口再生,并结合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学分析揭示了成纤维细胞动态变化及YAP/IL-33信号轴的作用 | 未提及具体局限性 | 阐明YAP抑制在大型动物伤口再生中的作用机制,为临床转化预防人类皮肤瘢痕提供依据 | 红杜洛克猪伤口模型及人类新生儿包皮异种移植伤口模型 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质空间分布数据 | 未具体说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 368 | 2026-04-25 |
Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex
2025-01-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175
PMID:39792551
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研究论文 | 本文通过双光子钙成像与空间转录组学技术,揭示了内嗅皮层中目标导向学习的转录决定因素及表征漂移机制 | 首次结合空间转录组学和钙成像技术,识别出即刻早期基因定义的神经元网络,并发现脑源性神经营养因子缺失会破坏该网络及学习能力 | 未说明 | 解析内嗅皮层中表征漂移的分子机制及其在目标导向学习中的作用 | 小鼠内嗅皮层神经元 | 神经科学 | NA | 双光子钙成像, 空间转录组学 | NA | 钙成像图像, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 双光子成像 | NA | NA |
| 369 | 2026-04-25 |
Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2638-9
PMID:39470923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析卵巢子宫内膜瘤的细胞微环境 | 首次利用单细胞转录组学揭示卵巢子宫内膜瘤中IGFBP5巨噬细胞激活、NK细胞耗竭及IQCG和KLF2上皮异常增殖等关键细胞和分子特征 | 样本量有限且仅聚焦于组织水平,可能未完全反映疾病进展中的动态变化 | 阐明卵巢子宫内膜瘤的分子和细胞机制,以改善诊断和治疗策略 | 卵巢子宫内膜瘤患者和健康捐赠者的子宫内膜组织细胞 | 单细胞转录组学 | 卵巢子宫内膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过52,000个来自卵巢子宫内膜瘤患者和健康捐赠者的单个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 370 | 2026-04-25 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
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研究论文 | 利用单细胞转录组分析解析SARS-CoV-2引发心脏微血栓的发育机制 | 首次通过单细胞测序分析揭示了SARS-CoV-2感染后心脏微血栓形成的关键细胞类型(MYO1ERASGEF1B单核来源巨噬细胞)及其通过激活趋化因子CCL3和CCL5启动外源性凝血通路的机制,并发现铁含量升高、氧化应激和代谢改变在其中的作用 | 样本来源仅限于死亡患者,可能无法完全代表整体病程;缺乏对活体患者动态变化的验证 | 阐明SARS-CoV-2感染引起心脏微血栓的细胞和分子机制 | 健康捐赠者、COVID-19伴凝血异常高凝期死亡患者和纤溶期死亡患者的右心室游离壁组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 61,187个细胞,来自24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2026-04-25 |
Lung macrophages in pulmonary homeostasis and disease: from basic biology to clinical applications
2025, Central-European journal of immunology
DOI:10.5114/ceji.2025.154651
PMID:42028388
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综述 | 总结了肺巨噬细胞在肺部稳态和疾病中的基本生物学功能及其作用机制 | 通过单细胞转录组学、CRISPR基因编辑和蛋白质组学等先进技术,系统揭示了肺巨噬细胞的异质性、发育起源和功能景观 | 该领域仍面临挑战,未来研究需要跨学科努力以阐明巨噬细胞在疾病中的分子机制 | 探讨肺巨噬细胞在肺部疾病中的作用机制及临床应用的潜在治疗靶点 | 肺巨噬细胞 | machine learning | lung cancer, acute respiratory distress syndrome, asthma, chronic obstructive pulmonary disease, influenza, tuberculosis | 单细胞转录组学、CRISPR基因编辑、蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 372 | 2026-04-24 |
Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation
2025-Dec, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025
PMID:40912448
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术解析人类胎儿视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的成熟异质性,并构建连续成熟轨迹 | 首次提出视网膜神经节细胞成熟是一个连续非离散过程,通过伪时间分析构建统一的成熟轨迹,并鉴定出驱动成熟的新基因及细胞内外特征 | 未提及 | 揭示人类视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的成熟异质性和连续性 | 人类胎儿视网膜从第8周到第27周的视网膜神经节细胞 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析模型 | 单细胞转录组数据 | 人类胎儿视网膜样本,覆盖第8周到第27周 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 373 | 2026-04-24 |
Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B-cell populations
2025-Oct-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024013694
PMID:40668665
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研究论文 | 本研究评估了抗生素暴露小鼠模型中的骨髓造血区室,发现抗生素处理导致骨髓B细胞在所有发育阶段显著耗竭 | 首次通过单细胞RNA测序揭示抗生素处理导致骨髓B细胞在所有发育阶段显著耗竭,并发现该耗竭与MYC生存信号下调相关,而非依赖于干扰素信号 | 粪便菌群移植未能有效恢复外周或骨髓B细胞群体,提示抗生素的细胞毒性效应和菌群耗竭共同作用 | 探究抗生素处理对骨髓造血区室和B细胞发育的影响及其机制 | 抗生素处理小鼠模型中的骨髓B细胞和外周B细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据 | 抗生素处理小鼠模型,具体样本数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 374 | 2026-04-24 |
Targeting tumor-intrinsic TAK1 triggers anti-tumor immunity and sensitizes pancreatic cancer to checkpoint blockade
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681226
PMID:41280086
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研究论文 | 本文揭示TAK1在胰腺导管腺癌中维持基因组完整性并调节肿瘤免疫微环境的作用,通过抑制TAK1增强免疫检查点阻断疗法的效果 | 首次发现TAK1作为TGF-β通路的关键激酶在胰腺癌中异常激活,并阐明其通过磷酸化EphA2/RAD51轴维持DNA修复、抑制cGAS-STING通路的新机制 | 未明确临床转化中TAK1抑制剂的长期毒性及耐药机制,且结果主要基于小鼠模型需进一步在人类样本中验证 | 探索胰腺癌中TGF-β信号通路的新型治疗靶点,以逆转免疫抑制性肿瘤微环境 | 人类和小鼠胰腺导管腺癌组织、肿瘤CD8 T细胞共培养体系、基因工程小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫组化、流式细胞术、蛋白质组学、共培养体系 | NA | 图像、文本 | 人类胰腺癌样本(具体数量未提及)、基因工程小鼠模型(p48-Cre;TP53 flox/flox;LSL-KRAS G12D) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 375 | 2026-04-24 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
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研究论文 | 本研究探究eNAMPT作为人类和小鼠肺纤维化中的新型DAMP及治疗靶点的作用 | 首次证明eNAMPT是特发性肺纤维化的可药物靶点,并验证了ALT-100单克隆抗体的中和治疗效果 | 研究主要基于动物模型和体外实验,缺乏大规模的临床验证 | 评估eNAMPT作为肺纤维化治疗靶点的可行性及其抗体的疗效 | 特发性肺纤维化患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 生化数据, 组织学图像 | 人类样本:血浆、外周血单个核细胞和肺组织;小鼠样本:博来霉素诱导的肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 376 | 2026-04-24 |
Single-cell atlas of human liver and blood immune cells across fatty liver disease stages reveals distinct signatures linked to liver dysfunction and fibrogenesis
2025-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02255-y
PMID:40883571
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类肝脏和血液免疫细胞在脂肪肝病不同阶段的图谱,揭示与肝功能障碍和纤维化相关的独特免疫特征 | 首次提供涵盖MASLD/MASH全谱系的配对外周血和肝脏细针穿刺样本的单细胞RNA测序图谱,揭示了疾病进展中免疫调节程序的变化 | 研究未提及具体限制 | 揭示代谢功能障碍相关脂肪肝病和脂肪性肝炎(MASLD/MASH)各阶段的免疫细胞特征,寻找阶段特异性免疫靶点 | 人类外周血和肝脏免疫细胞 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涵盖MASLD/MASH全谱系的人类队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 377 | 2026-04-24 |
The kinase ERK plays a conserved dominant role in the heterogeneity of epithelial-mesenchymal transition in pancreatic cancer cells
2025-Aug-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.ads7002
PMID:40794842
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研究论文 | 本研究结合迭代间接免疫荧光成像和互信息分析,揭示了ERK激酶在胰腺癌细胞上皮-间充质转化异质性中的主导作用 | 通过单细胞水平的信号蛋白测量,发现ERK活性变异驱动EMT异质性,且MEK抑制时JNK可代偿,群体水平模型无法捕捉这些关系 | 未提及具体局限性 | 在信号蛋白水平理解胰腺癌细胞EMT异质性的分子机制 | 胰腺癌细胞及肿瘤 | 计算机视觉 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2026-04-24 |
Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification
2025-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09010-1
PMID:40369074
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研究论文 | 使用MERFISH技术与深度学习核分割方法,对人类胎儿皮层的单细胞空间发育进行详细解析,涵盖18百万个单细胞和8个皮层区域在7个发育时间点的数据 | 首次揭示了人类胎儿皮层六层结构在细胞构筑层出现前3个月就已通过兴奋性神经元亚型分层确立,并发现视觉皮层V1与V2区域间存在明显的二元边界,挑战了中期妊娠皮层区域化仅具有梯度过渡的传统观点 | 未明确提及,但可能受限于样本来源(胎儿组织)和MERFISH技术的检测通量,以及深度学习方法对细胞核分割的依赖 | 通过空间转录组学解析人类皮层发育过程中层和区域分子特化的机制 | 人类胎儿皮层组织 | 数字病理学 | NA | MERFISH, 单细胞RNA测序 | 深度学习(用于核分割) | 图像, 转录组数据 | 超过1800万个单细胞,涵盖8个皮层区域,7个发育时间点(未注明具体胎儿样本数) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | MERFISH | 多重错误容忍荧光原位杂交技术结合深度学习核分割 |
| 379 | 2026-04-24 |
Single-cell transcriptomics of ventral forebrain progenitors identifies Evf2 enhancer lncRNA-enhancer gene guidance through direct RNA binding and RNP recruitment domains
2025-Jul-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62205-y
PMID:40715144
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研究论文 | 通过单细胞转录组学研究Evf2增强子lncRNA在小鼠胚胎腹侧前脑祖细胞中通过直接RNA结合和RNP招募域引导增强子与基因互作的机制 | 首次利用单细胞转录组学揭示Evf2-Dlx5/6UCE与基因引导和转录调控之间比先前报道更显著的一致性,并发现Evf2将染色体6划分为短程激活基因和长程/超长程抑制基因,以及RNP招募的组合调控机制 | 未明确提及 | 阐明Evf2超保守增强子lncRNA在脑发育过程中通过直接RNA结合和RNP招募域引导增强子与基因互作的分子机制 | 小鼠胚胎腹侧前脑祖细胞中的Evf2 lncRNA、Dlx5/6UCE及其调控的基因 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎腹侧前脑的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 380 | 2026-04-24 |
Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf306
PMID:40748322
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研究论文 | 开发了一种名为BLADE的自动化跨平台统计方法,用于检测和去除空间转录组学数据中的三种人工制品 | 首次提出了一套跨平台的自动化统计方法,专门检测和纠正空间转录组数据中的边界、组织边缘和位置批次故障三类人工制品 | 人工制品检测方法对于空间转录组学质量控制至关重要,但未具体说明局限性 | 检测和去除空间转录组数据中的人工制品,提高数据分析准确性 | 人类和小鼠的肝脏及脂肪组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 37个10x Visium样本(来自人类和小鼠的肝脏及脂肪组织) | 10x Genomics, Nanostring | 空间转录组学, 空间转录组学 | 10x Visium, CosMx | 10x Visium空间转录组平台, CosMx空间分子成像平台 |