单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-09-13	AP2X-1 is a negative regulator of Toxoplasma gondii sexual commitment 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00052-25 PMID:40823841	研究论文	本研究揭示AP2X-1作为弓形虫有性发育的关键负调控因子，通过调控染色质可及性抑制缓殖子和有性阶段基因表达	首次发现AP2X-1通过HDAC3/MORC复合物调控染色质压缩，从而抑制弓形虫有性发育的新机制	研究主要基于基因敲除模型，体内具体调控网络和上下游信号通路仍需进一步验证	探究弓形虫生命周期转换的调控机制，特别是AP2X-1在发育阶段转换中的作用	弓形虫（Toxoplasma gondii）的速殖子、缓殖子、裂殖子和子孢子等发育阶段	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因敲除、单细胞测序、CUT&Tag、ATAC-seq	NA	基因组学数据、表观遗传学数据	弓形虫野生型和AP2X-1敲除株系
362	2025-09-13	Next-gen tools in cancer neuroscience 2025-Sep-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116258 PMID:40934086	综述	本文综述了推动癌症神经科学领域发展的新一代技术工具	整合单细胞与空间转录组学、光遗传学、化学遗传学及神经元活动可视化等前沿技术，革新神经与癌症交互作用的研究方法	NA	探讨连接肿瘤学与神经科学的关键技术，推动癌症神经科学领域发展	神经与癌症交互系统的组成成分	癌症神经科学	癌症	单细胞转录组学, 空间转录组学, 光遗传学, 化学遗传学, 工程病毒, 神经元活动可视化	NA	NA	NA
363	2025-09-13	Single-cell sequencing reveals the immune microenvironment in osteoarthritis: from heterogeneity to therapeutic targets 2025-Sep-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115521 PMID:40934543	综述	本文系统总结了单细胞RNA测序技术在解析骨关节炎免疫微环境中的关键进展，包括免疫细胞异质性、动态轨迹及细胞间互作网络	利用scRNA-seq技术首次在单细胞分辨率下揭示OA关节中免疫微环境的异质性及细胞间通讯网络	未明确提及具体数据量或技术验证的局限性，主要侧重于技术应用的系统性综述	深化对骨关节炎免疫微环境的理解并推动临床转化	骨关节炎患者的关节组织免疫细胞（如巨噬细胞、T细胞等）及关节常驻细胞（滑膜成纤维细胞、软骨细胞、成骨细胞）	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA（未明确样本数量，聚焦技术应用综述）
364	2025-09-13	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本研究整合多个单细胞RNA测序数据集，分析小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）的异质性及标记物选择偏好	首次系统比较不同NSC标记物对特定细胞状态的选择性，并提供了优化NSC富集策略的框架	研究仅基于已发表数据集，未进行实验验证；仅使用小鼠模型，人类NSCs的适用性未知	评估不同神经干细胞标记物对细胞状态的选择性，并开发最佳富集策略	成年小鼠脑室下区（SVZ）的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	六个已发表的小鼠SVZ单细胞RNA测序数据集
365	2025-09-13	Endothelin B receptor inhibition rescues aging-dependent neuronal regenerative decline 2025-Sep-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100217 PMID:40924015	研究论文	本研究揭示了抑制内皮素B受体（ETBR）可改善衰老导致的神经元轴突再生能力下降	首次发现卫星胶质细胞表达ETBR，并通过FDA批准药物Bosentan逆转年龄相关的轴突再生衰退	机制尚未完全阐明，且研究主要基于小鼠模型	探究衰老过程中神经元再生能力下降的机制及干预策略	背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞	神经再生生物学	衰老相关神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序，电子显微镜分析	NA	基因表达数据，显微图像数据	成年和老年小鼠的背根神经节样本
366	2025-09-13	Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data 2025-Sep-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01104-3 PMID:40925915	研究论文	本研究提出一种计算病理图像分析流程，用于增强乳腺癌空间转录组数据的解析和解释	利用机器学习算法在Visium平台数据上实现高分辨率肿瘤、间质和免疫区室注释，提升单细胞水平数据分析能力	研究仅基于4名患者的23个肿瘤切片，样本规模有限	解析乳腺癌空间异质性并提升空间转录组数据解释精度	乳腺癌组织切片	数字病理	乳腺癌	空间转录组学（Visium平台），H&E染色成像	机器学习算法	图像，测序数据	4名患者的23个乳腺癌组织切片
367	2025-09-13	Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606 PMID:40845852	研究论文	通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物，并探索其与人类神经系统疾病的关联	利用计算数字分选算法（DSA）从复杂基因表达数据中解析出129个小鼠NPC富集基因，并发现其中25个人类同源基因与孟德尔神经疾病相关	基于小鼠模型推导人类同源基因，可能存在物种间差异；依赖已发表的scRNA-seq数据，未进行独立实验验证	发现定义神经干细胞和祖细胞（NPCs）的特异性基因，并探索其与人类神经系统疾病的关联	小鼠和人类的神经干细胞和祖细胞（NPCs）	生物信息学	神经系统疾病	计算数字分选算法（DSA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	模式识别算法	基因表达数据	基于已发表scRNA-seq数据，具体样本量未明确说明
368	2025-09-13	Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611 PMID:40882639	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表面蛋白分析，揭示了成人视网膜色素上皮（RPE）细胞的亚群多样性及其功能差异	首次利用CITE-seq技术同时分析成人RPE的单细胞转录组和表面蛋白，发现具有独特空间分布和功能特征的RPE亚群，并证实培养过程中亚群保持	NA	探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的意义	成人视网膜色素上皮细胞	单细胞组学	年龄相关性黄斑变性	CITE-seq（转录组和表位测序索引技术），免疫组化分析	NA	单细胞转录组数据，表面蛋白数据	NA
369	2025-09-13	Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures 2025-Sep-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250 PMID:40934085	研究论文	通过整合23种癌症的空间转录组数据，构建泛癌TA-TLS图谱，解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征和空间组织	首次构建泛癌TA-TLS图谱，发现CCL19+血管周细胞可能作为淋巴组织组织者细胞，并揭示动脉内皮细胞在Notch信号抑制下获得高内皮静脉样表型	NA	解析肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）的细胞特征和形成机制	23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构	空间转录组学	癌症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	23种癌症的整合数据
370	2025-09-13	Dynamic interaction of oligodendrocyte precursor cells with other cell types in the central nervous system 2025-Sep-08, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050 PMID:40930164	综述	本文系统梳理了少突胶质前体细胞（OPCs）与中枢神经系统其他细胞类型的动态相互作用及其功能多样性	整合单细胞测序和活体成像技术揭示OPCs在发育、稳态和病理状态下的空间特异性功能可塑性	NA	探讨OPCs的非髓鞘形成功能及其在神经再生医学中的治疗靶点	少突胶质前体细胞（OPCs）、神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管内皮细胞	神经科学	多发性硬化症、脑缺血	单细胞测序、活体成像	NA	NA	NA
371	2025-09-13	Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma 2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504 PMID:40925436	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶（DLST）通过血管途径促进皮肤黑色素瘤侵袭的新机制	首次发现DLST通过调控组蛋白去甲基化酶KDM4C活性，同时影响代谢和表观遗传机制驱动黑色素瘤进展	NA	探究DLST在黑色素瘤中的表达与预后关系及其作用机制	皮肤黑色素瘤患者及肿瘤细胞	生物信息学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA沉默、共免疫沉淀、免疫荧光	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	NA
372	2025-09-13	DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation 2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473 PMID:40915448	研究论文	本研究通过整合DNA甲基化分析和单细胞测序技术，揭示了骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制，并验证了地西他滨的治疗潜力	首次通过多组学方法鉴定骨肉瘤DNA甲基化亚型，揭示其通过不同的肿瘤-基质相互作用决定转移路径，并实验验证表观遗传治疗策略	NA	阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制并探索治疗靶点	骨肉瘤患者样本和细胞系	表观遗传学	骨肉瘤	DNA甲基化分析、scRNA-seq、WGCNA、假时序分析	共识聚类、基因共表达网络	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
373	2025-09-13	FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf865 PMID:40923764	研究论文	提出一种基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达	利用预训练基础模型整合先验知识，采用双分支框架和双图策略捕获切片间异质性和切片内复杂性	NA	解决空间转录组数据有限和复杂组织特征捕获不足的挑战	组织学图像和空间基因表达数据	数字病理	癌症（未指定具体类型）	空间转录组学（ST）	Transformer, 图神经网络（GNN）, CNN	图像	NA
374	2025-09-13	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关联	首次使用单细胞RNA测序技术分析ALAD患者小气道细胞组成和转录变化，并发现与疾病进展相关的特定细胞亚群变化	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	识别ALAD进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受体患者	生物医学研究	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例患者（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组）
375	2025-09-13	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究利用RNA-seq技术分析慢性HIV感染者外周血单个核细胞的免疫代谢差异	首次对不同HIV感染人群（IRs、INRs、ECs和TPs）进行单细胞测序比较，揭示群体间免疫代谢特征差异	样本量较小（仅18例），且未说明样本选择标准或潜在混杂因素控制	探究HIV感染不同临床进展群体的免疫代谢特征差异	HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物信息学	HIV感染/艾滋病	RNA-seq，单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者（4例IRs、5例INRs、5例TPs、4例ECs）
376	2025-09-13	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Sep, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（包括周细胞）的转录组异质性，揭示其根据肿瘤邻近性的功能变化	首次发现周细胞的功能状态具有空间依赖性，肿瘤内部周细胞显示免疫调节相关基因上调和信号活性增强，而边界区域周细胞活性降低	NA	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞与免疫细胞相互作用的区域差异性	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类GBM样本（具体数量未明确说明）
377	2025-09-13	Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087 PMID:40683573	研究论文	基于单细胞转录组测序和生物信息学方法探索曲妥珠单抗通过FN1/PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路诱导心肌细胞萎缩的作用机制	首次揭示免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质机制激活心肌细胞中PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路在药物心脏毒性中的作用	NA	探究曲妥珠单抗诱导心脏毒性的潜在靶点和信号通路	心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, RT-PCR, Western blot, TEM, 免疫荧光分析	NA	基因表达数据	鉴定出618个差异表达基因
378	2025-09-13	Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights 2025-Sep, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1177/10849785251360744 PMID:40735789	研究论文	本研究通过整合多组学方法揭示了桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传因素，并鉴定PRDX2为关键保护因子	首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习模型，系统揭示PRDX2在甲状腺疾病中的保护作用机制	研究主要基于欧洲人群数据（FinnGen），结果在其他人群中的普适性有待验证	探究桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的遗传关联及潜在机制	甲状腺细胞及甲状腺疾病患者	生物医学研究	甲状腺疾病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、机器学习分类模型	机器学习分类模型	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	76,243个甲状腺细胞
379	2025-09-13	Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline' 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf126 PMID:40918070	correction	对先前发表的Immunopipe数据分析管道文章进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
380	2025-09-13	Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism 2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s00216-025-06058-w PMID:40810750	研究论文	本研究采用单细胞拉曼光谱与质谱联用技术，探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢及效应异质性	整合拉曼光谱（可重复测量细胞状态）与质谱（高灵敏度药物定量）技术，实现单细胞水平药物浓度与细胞响应的同步检测，并探索多浓度梯度下的细胞异质性	样本量较小且仅使用单一细胞系（HepG2），可能限制结果的普适性	揭示药物在单细胞水平的摄取、代谢差异及细胞响应异质性，推动药物发现与癌症研究	HepG2肝癌细胞系	生物医学分析	肝癌	单细胞拉曼光谱（Raman spectroscopy），单细胞质谱（MS）	NA	光谱数据，质谱数据	HepG2细胞暴露于三种他莫昔芬浓度