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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-12-13 |
Multi-omics profiling identifies ESM1 as a key mediator of immunoevasion through the SPP1 pathway in bladder cancer
2025-Dec-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27222-3
PMID:41366275
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,鉴定ESM1作为膀胱癌中通过SPP1通路介导免疫逃逸的关键分子 | 首次整合ChIP-Seq、ATAC-seq、单细胞测序等多组学数据,揭示ESM1在膀胱癌免疫微环境中的调控机制及其与SPP1通路的关联 | 研究主要基于生物信息学分析和临床样本验证,缺乏体内外功能实验的直接证据 | 探究ESM1在膀胱癌早期诊断和治疗中的预测价值及其免疫调控机制 | 膀胱癌患者临床样本(包括组织样本和单细胞数据) | 生物信息学 | 膀胱癌 | ChIP-Seq, ATAC-seq, 单细胞测序, 免疫组化, GSEA, PPI网络分析 | NA | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 表观遗传数据, 单细胞测序数据 | 1558例临床样本(mRNA分析), 195例内部样本(免疫组化验证) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-Seq | NA | NA |
| 362 | 2025-12-13 |
Discovery of highly potent marine-derived compound Penicolinate H reveals SREBP-1 mediated lipogenesis as a druggable vulnerability in gastric cancer
2025-Dec-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07323-3
PMID:41366453
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研究论文 | 本研究从海洋来源真菌中发现了一种新型化合物Penicolinate H,通过靶向SREBP-1介导的脂质合成,揭示了其在胃癌治疗中的潜力 | 首次发现海洋来源化合物Penicolinate H作为SREBP-1抑制剂,并证实SREBP-1介导的脂质合成是胃癌的可成药性脆弱点 | 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 探索天然海洋产物作为抗胃癌先导化合物,并揭示其作用机制与治疗靶点 | 胃癌细胞系、动物模型及患者转录组数据 | 癌症研究 | 胃癌 | 高通量RNA测序、生物信息学分析、内源性亲和下拉实验、细胞热位移实验、表面等离子共振实验、分子对接 | NA | 转录组数据、体外实验数据、体内实验数据 | 胃癌细胞系及动物模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞转录组分析、高通量RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2025-12-13 |
Clonal cell states link gastroesophageal junction tissues with metaplasia and cancer
2025-Dec-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66302-w
PMID:41360789
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研究论文 | 本研究通过单细胞谱系追踪和转录组分析,揭示了Barrett食管与食管腺癌前病变的细胞状态和谱系连接 | 意外发现食管鳞状上皮、胃贲门和组织交界处过渡基底细胞之间的谱系联系,并识别了Barrett食管与食管和胃组织的谱系连接 | 未明确提及研究局限性 | 解析Barrett食管起源、维持和进展过程中的细胞状态和谱系连接 | 从化生和健康组织中分离的患者细胞 | 单细胞组学 | 食管癌 | 单细胞谱系追踪,转录组分析,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 364 | 2025-12-13 |
Hypoxic migrasomes drive colorectal cancer liver metastasis by mediating CD5L+ macrophage efferocytosis via NRP2/PROX1 axis
2025-Dec-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07485-0
PMID:41361466
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧条件下结直肠癌细胞来源的迁移体通过NRP2/PROX1轴介导CD5L+巨噬细胞胞葬作用,从而驱动结直肠癌肝转移的机制 | 首次阐明了迁移体在结直肠癌肝转移中的具体作用机制,特别是发现了缺氧迁移体通过NRP2/PROX1轴重编程肿瘤微环境,诱导CD5L+巨噬细胞分化的新通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人体内的验证和临床转化仍需进一步研究 | 探究结直肠癌来源的迁移体在肝转移中的作用及其对肿瘤免疫微环境的调控机制 | 结直肠癌组织、细胞、小鼠肝转移模型、肝脏转移灶中的免疫细胞和基质细胞 | 肿瘤生物学 | 结直肠癌 | 透射电子显微镜、免疫荧光、活细胞成像、单细胞RNA测序 | 小鼠肝转移模型 | 图像数据、单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及CRC组织、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 365 | 2025-12-13 |
17β-estradiol mediates sex-biased progesterone receptor expression via estrogen receptor α in chicken pituitary
2025-Dec-05, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.106210
PMID:41380332
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研究论文 | 本研究揭示了17β-雌二醇通过雌激素受体α介导鸡垂体孕酮受体性别偏向表达的调控机制 | 首次在鸡垂体中阐明了雌激素通过ERα依赖的快速非基因组途径和持久基因组作用调控PGR性别偏向表达的具体机制,并明确了膜锚定ERα与PLC依赖的双信使系统、MEK/ERK级联及L型电压门控钙通道的关联 | 研究主要聚焦于鸡模型,其机制在其它鸟类或哺乳动物中的普适性有待验证;单细胞RNA-seq分析仅显示共表达比例,具体的细胞亚群互作网络需进一步解析 | 探究介导鸡垂体中女性富集孕酮受体表达的关键性腺类固醇及其调控机制 | 性成熟鸡的垂体组织 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 体外实验, 皮下注射 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 366 | 2025-12-13 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals therapeutic mechanisms of adipose-derived stem cell exosomes in sepsis-induced lung injury
2025-Dec-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002894
PMID:40607951
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了脂肪来源干细胞外泌体在脓毒症诱导的肺损伤中的治疗机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术全面解析ADSC外泌体治疗脓毒症肺损伤的细胞类型特异性转录组变化和细胞间通讯网络 | 样本量较小(单细胞RNA测序每组仅2个样本),且仅使用雄性小鼠模型,可能限制结果的普适性 | 研究脂肪来源干细胞外泌体对脓毒症诱导的肺损伤的治疗效果及其分子机制 | C57BL/6J雄性小鼠(8-10周龄)的脓毒症模型 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 每组2个样本进行单细胞RNA测序,每组5个样本进行肺组织病理学评估,每组12个样本进行生存率分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 367 | 2025-12-13 |
Decrypting cancer's spatial code: from single cells to tissue niches
2025-Dec, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70100
PMID:40711978
|
综述 | 本文探讨了空间转录组学在癌症研究中的应用,重点分析了定义细胞状态、描绘细胞生态位以及整合多模态数据等关键挑战与分析方法 | 强调了将空间转录组学数据与经典生物统计学、地理空间分析及人工智能方法相结合的新兴分析框架,以概念化癌症为互连生态位的演化系统 | NA | 旨在利用空间转录组学技术揭示癌症组织的复杂结构和新兴特性,推动临床转化 | 癌症组织中的细胞异质性、肿瘤微环境及空间基因表达模式 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 368 | 2025-12-13 |
Comprehensive in silico analyses of keratin heterodimerisation
2025-Dec, European journal of cell biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.ejcb.2025.151513
PMID:40912191
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研究论文 | 本文通过整合AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN相互作用界面质量评估、相互作用能计算及与实验解析结构的比较,系统研究了角蛋白异二聚化,并提供了分析中间丝组装的指南 | 开发了一个高通量计算流程,结合多种计算方法系统研究角蛋白异二聚化,揭示了异二聚体比同二聚体具有更低的相互作用能和更稳定的结构配置,并强调了coil 1区域对二聚体稳定性的重要性 | 研究主要基于计算模拟,虽然通过vimentin同二聚体验证了准确性,但角蛋白异二聚化的实验验证可能有限,且依赖于现有空间转录组学数据的分析 | 系统研究角蛋白异二聚化的配对偏好和分子基础,为中间丝组装提供分析指南 | 角蛋白异二聚体,包括不同类型的角蛋白对,以及作为参考的vimentin同二聚体 | 计算生物学 | NA | AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN相互作用界面质量评估、相互作用能计算、结构比较、空间转录组学数据分析 | AlphaFold Multimer、VoroIF-GNN | 蛋白质结构数据、空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 369 | 2025-12-13 |
Transforming histologic assessment: artificial intelligence in cancer diagnosis and personalized treatment
2025-Dec, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03206-y
PMID:40993310
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综述 | 本文综述了人工智能在癌症组织学评估中的变革作用,从辅助诊断工具发展为临床决策的核心组成部分 | AI不仅复制并增强了病理学家的决策,还通过组织形态学表型聚类和空间转录组学等创新技术,实现了癌症分层和治疗的个性化 | AI预测的验证仍面临挑战,特别是在预后应用方面,且资源有限环境中的可及性有待提升 | 探讨AI在癌症诊断和个性化治疗中组织学评估的应用与挑战 | 癌症患者的组织学图像、基因组和临床数据 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 370 | 2025-12-13 |
Androgen receptor interacts with c-Myc to regulate macrophage-osteoclast axis and drive bone metastasis in triple negative breast cancer
2025-Dec, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03202-2
PMID:41039017
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研究论文 | 本研究揭示了雄激素受体(AR)与c-Myc相互作用,通过调控巨噬细胞-破骨细胞轴来驱动三阴性乳腺癌(TNBC)骨转移的机制 | 首次发现AR与c-Myc相互作用调控巨噬细胞向破骨细胞分化,阐明了LAR亚型TNBC骨转移倾向性的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证有限,且未探讨其他潜在信号通路的影响 | 探究三阴性乳腺癌(TNBC)骨转移的器官趋向性及其调控机制 | 三阴性乳腺癌(TNBC)细胞、小鼠模型、巨噬细胞、破骨细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序、免疫共沉淀(CoIP)、CUT&TAG测序、破骨细胞分化实验 | 小鼠模型 | 测序数据、实验数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及公共数据库回顾性分析和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq、CUT&TAG | NA | NA |
| 371 | 2025-12-13 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Accumulation of Fcgr2b + Virtual Memory-Like CD8 T Cells With Cytotoxic and Inflammatory Potential in Aged Mouse White Adipose Tissue
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70278
PMID:41116748
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其在细胞毒性和炎症反应中的潜在作用 | 首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞的积累,并发现其具有细胞毒性和促炎特性,为理解衰老相关脂肪组织炎症提供了新视角 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证;样本量相对有限,可能影响统计效力 | 比较衰老与高脂饮食诱导的肥胖状态下脂肪组织炎症的差异,识别独特的调控靶点 | 年轻和老年小鼠的性腺白色脂肪组织(gWAT)基质血管组分(SVF) | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自年轻小鼠(正常或高脂饮食)和老年小鼠(正常饮食)的性腺白色脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 372 | 2025-12-13 |
The joint impact of elevated homocysteine and type 2 diabetes on non-healing wounds and all-cause mortality: integrated clinical and multi-omics analyses
2025-Dec-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003715
PMID:41186525
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研究论文 | 本研究通过整合临床数据和多组学分析,探讨了高同型半胱氨酸血症与2型糖尿病对不愈合伤口及全因死亡率的联合影响及其潜在机制 | 首次系统评估了HHcy与T2D对不愈合伤口的协同作用,并利用多组学数据揭示了Hcy通过MIF-CD74/CXCR4轴重塑糖尿病足溃疡微环境的免疫代谢重编程机制 | 研究基于横断面调查数据,因果关系推断受限;单细胞测序样本量可能有限;结果外推至其他人群需谨慎 | 阐明高同型半胱氨酸血症与2型糖尿病联合作用对伤口愈合及死亡风险的影响机制 | 美国国家健康与营养调查(NHANES)的8406名参与者(1999-2004年),以及糖尿病足溃疡的转录组和单细胞测序数据 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 批量转录组测序, 单细胞RNA测序 | 加权逻辑回归, Cox比例风险模型, 限制性立方样条, 中介分析 | 临床数据, 转录组数据, 单细胞数据 | 8406名NHANES参与者 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2025-12-13 |
Single Cell Sequencing Identifies Distinct Cellular Alterations in Impaired Aged and Diabetic Wounds
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70217
PMID:41189300
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,比较了老年和糖尿病小鼠伤口愈合过程中的细胞差异,揭示了两种条件下独特的分子机制 | 首次在单细胞水平直接比较老年和糖尿病伤口愈合,识别了蛋白酶富集状态和炎症表型等不同分子机制 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且样本规模有限,可能影响结果的普适性 | 探究老年和糖尿病伤口愈合受损的细胞和分子基础,以寻找更精确的治疗靶点 | 老年和糖尿病小鼠的伤口组织 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定,但涉及年轻、老年和糖尿病小鼠的伤口样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 374 | 2025-12-13 |
Destruction of VISTA by TRIM25 ablation in T cells potentiates cancer immunotherapy
2025-Dec, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-025-01186-5
PMID:41225152
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研究论文 | 本研究揭示了TRIM25通过稳定VISTA蛋白调控T细胞功能的分子机制,并证明靶向TRIM25-VISTA轴可增强癌症免疫治疗效果 | 首次发现TRIM25是VISTA的正向调控因子,阐明了ERK介导的VISTA磷酸化增强其与TRIM25互作的分子机制,并开发了可破坏该互作的磷酸肽抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;磷酸肽的体内稳定性和递送效率有待优化 | 探索VISTA免疫检查点的调控机制并开发增强癌症免疫治疗的新策略 | T细胞中的VISTA蛋白及其调控蛋白TRIM25 | 癌症免疫学 | 癌症 | CRISPR基因敲除筛选、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据、单细胞转录组数据 | 多种小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2025-12-13 |
Decoding the Therapeutic Effects of Acupuncture in Hemorrhagic Stroke Using Single-Cell RNA Sequencing
2025-Dec, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70689
PMID:41363028
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探索了针灸在出血性中风恢复中的治疗作用及其分子机制 | 首次在单细胞水平上揭示针灸如何通过调节胶质细胞(如小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞)的基因表达,特别是通过APOE-TREM2信号轴,促进神经保护和炎症消退 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;样本量未在摘要中明确说明;机制细节需进一步验证 | 探究针灸在出血性中风恢复中的治疗机制 | 小鼠模型中的胶质细胞(小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 376 | 2025-12-13 |
Removal of unwanted variation in pseudobulk analysis of single-cell RNA sequencing data and the leveraging of pseudoreplicates
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf179
PMID:41368194
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研究论文 | 本文评估了在单细胞RNA测序数据的伪批量分析中去除不必要变异的策略,并提出了新方法RUVIII PBPS以解决技术重复不足或阴性对照基因缺失的问题 | 引入了RUVIII PBPS新策略,可在缺乏技术重复或阴性对照基因时有效控制伪发现率,扩展了RUV方法在单细胞数据中的应用范围 | 研究主要基于模拟和特定生物信号数据,可能未覆盖所有真实世界复杂场景,且方法性能依赖于数据质量和模型假设 | 评估和优化单细胞RNA测序伪批量数据中去除不必要变异的方法,以提高差异表达分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据的伪批量分析,重点关注技术噪声和混杂因素的影响 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | RUV2, RUVIII, RUV4, RUVIII PBPS | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 377 | 2025-12-13 |
Comment on "Bidirectional Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma"
2025-Dec-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003223
PMID:40839102
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2025-12-13 |
Spatial mapping of rheumatoid arthritis synovial niches reveals a LYVE1+ macrophage network associated with response to therapy
2025-Dec, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.07.019
PMID:40849271
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研究论文 | 本研究通过高维成像质谱流式技术,揭示了类风湿关节炎滑膜中LYVE1+巨噬细胞网络在治疗响应中的关键作用 | 首次在空间和动态层面绘制了类风湿关节炎滑膜对治疗响应的蓝图,并识别出LYVE1+巨噬细胞网络作为滑膜稳态的核心组件 | 研究样本量有限,且主要关注早期类风湿关节炎患者,可能无法完全代表所有患者群体 | 旨在解析类风湿关节炎治疗期间滑膜的细胞和分子变化,识别与临床缓解相关的关键细胞网络和通路 | 健康对照、骨关节炎患者及早期类风湿关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式技术、全组织RNA测序、免疫荧光、配体-受体分析、单细胞RNA测序、体外共培养实验 | NA | 图像、文本 | 包括健康对照、骨关节炎患者及早期类风湿关节炎患者的滑膜组织样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 379 | 2025-12-13 |
The regulatory role and mechanism of TGFBI on Tregs in the immune microenvironment of clear cell renal cell carcinoma
2025-Dec-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003225
PMID:40865943
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研究论文 | 本研究阐明了TGFBI通过上调CCL22分泌招募Tregs,从而促进透明细胞肾细胞癌免疫抑制微环境的机制 | 首次在ccRCC中揭示了TGFBI通过CCL22轴调控Tregs介导的免疫抑制的具体机制,并提出了靶向该轴作为增强免疫治疗疗效的新策略 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证相对有限,且TGFBI-CCL22轴在其他肿瘤类型中的普适性未探讨 | 阐明TGFBI在ccRCC免疫微环境中调控Tregs的机制及其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤微环境,特别是Tregs和TGFBI蛋白 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序,Western blotting,流式细胞术,ELISA,CCL22中和抗体实验 | BALB/c小鼠模型,TGFBI敲低(RENCA)和过表达(A498)细胞系 | 基因表达数据,单细胞测序数据,体外实验数据,体内实验数据 | TCGA数据集,单细胞测序数据,细胞系(RENCA, A498),BALB/c小鼠模型,临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 380 | 2025-12-13 |
Healthy human enthesis stromal cells mediate immunoregulation via the CD39/CD73 adenosine ectonucleotidase pathway
2025-Dec, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.09.001
PMID:41058388
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和功能分析,揭示了健康人类附着点基质细胞通过CD39/CD73腺苷外核苷酸酶途径介导免疫调节的机制 | 首次在人类附着点组织中识别出基质细胞通过CD39/CD73腺苷途径进行免疫调节,并比较了其与肠道Treg依赖机制的差异 | 研究样本量有限(27,348个细胞),且主要基于体外共培养实验,体内验证不足 | 探究附着点组织的免疫稳态机制及其在脊柱关节病中的作用 | 健康人类附着点组织细胞、肠道组织数据集、活化T细胞 | 单细胞转录组学 | 脊柱关节病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 27,348个附着点细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |