本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3741 | 2025-11-13 |
Acquisition of an immunosuppressive microenvironment after anti-CD19 CAR T-cell therapy is associated with T-cell dysfunction and resistance
2025-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011768
PMID:41135951
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析,揭示了抗CD19 CAR-T细胞治疗后肿瘤微环境获得免疫抑制特性与T细胞功能障碍和治疗抵抗的关联 | 首次在单细胞水平系统描述了CAR-T治疗后骨髓微环境的动态变化,发现髓系细胞激活、干扰素反应、缺氧和TGF-β信号通路在驱动免疫抑制中的关键作用 | 样本量有限,需要在更大队列中验证发现;机制研究主要基于相关性分析,需要进一步功能验证 | 探究CAR-T细胞治疗后肿瘤微环境变化与治疗反应的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者和造血干细胞人源化小鼠模型 | 单细胞生物学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | B-ALL患者治疗前后骨髓样本,人源化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3742 | 2025-11-13 |
TRIM28 drives immune evasion via PARP1 SUMOylation and NAD+ depletion in clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013025
PMID:41135953
|
研究论文 | 本研究揭示了TRIM28通过PARP1 SUMO化和NAD+耗竭驱动透明细胞肾细胞癌免疫逃逸的新机制 | 首次发现TRIM28通过双重免疫代谢机制促进免疫抵抗:稳定PARP1并促进其SUMO化,以及耗竭肿瘤微环境中的NAD+ | 研究主要基于细胞模型和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索透明细胞肾细胞癌中免疫逃逸的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌细胞系、CD8+ T细胞、患者来源异种移植模型 | 癌症免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组学、RNA-seq、质谱分析、代谢组学、虚拟筛选 | Geneformer、患者来源异种移植模型 | 转录组数据、代谢组数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE159115数据集 |
| 3743 | 2025-11-13 |
SPP1high macrophage-induced T-cell stress promotes colon cancer liver metastasis through SPP1/CD44/PI3K/AKT signaling
2025-Oct-20, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012330
PMID:41120125
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示SPP1高表达巨噬细胞通过SPP1/CD44/PI3K/AKT信号通路诱导T细胞应激状态促进结肠癌肝转移的机制 | 首次发现SPP1高表达巨噬细胞诱导的T细胞应激状态在结肠癌肝转移中的作用,并揭示SPP1/CD44/PI3K/AKT信号通路机制 | 研究样本量有限,主要基于体外实验验证机制 | 阐明结肠癌肝转移免疫抑制微环境的形成机制并寻找免疫治疗新靶点 | 结肠癌肝转移患者的肿瘤标本和匹配的肝转移灶 | 单细胞转录组学 | 结肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 结肠癌肝转移患者肿瘤标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3744 | 2025-11-13 |
ALCAM-CD6 axis suppression: a key determinant of immune-mediated metastasis recurrence in stage III non-small cell lung cancer
2025-Oct-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010416
PMID:41073134
|
研究论文 | 本研究揭示了ALCAM-CD6轴在III期非小细胞肺癌转移复发中的关键作用机制 | 首次发现ALCAM-CD6相互作用抑制导致免疫抑制状态,并通过转录因子MYB调控ALCAM表达影响肿瘤进展 | 研究样本仅限于III期NSCLC患者,未涵盖其他分期或肺癌亚型 | 探究III期非小细胞肺癌转移复发的生物学机制 | 接受肺癌切除术的III期非小细胞肺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序,组织流式细胞分析,实时PCR,Western blotting,基因沉默,细胞共培养,流式细胞术,染色质免疫沉淀定量PCR | NA | 单细胞测序数据,组织样本,临床数据 | 2018年8月至2021年7月期间接受肺癌切除术的III期NSCLC患者组织样本和临床数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3745 | 2025-11-13 |
Neural stem cell-delivered oncolytic virus via intracerebroventricular administration enhances glioblastoma therapy and immune modulation
2025-Oct-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012934
PMID:41062177
|
研究论文 | 本研究通过脑室内注射神经干细胞递送溶瘤病毒,评估其对胶质母细胞瘤的治疗效果和免疫调节作用 | 利用神经干细胞作为溶瘤病毒载体通过脑室内给药增强肿瘤靶向性,并结合单细胞RNA测序揭示其通过下调S100A8/A9抑制髓源性抑制细胞募集的免疫调节机制 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发改善胶质母细胞瘤治疗效果的创新疗法 | 胶质母细胞瘤细胞、神经干细胞、溶瘤病毒 | 肿瘤免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、体外细胞实验、动物模型 | 异种移植模型、原位肿瘤模型、人源化免疫系统小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确具体样本数量,使用多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3746 | 2025-11-13 |
Multiomics elucidation of surrounding AT2 cells impeding tertiary lymphoid structures function in neoadjuvant chemoimmunotherapy response of multiple primary lung cancers
2025-Oct-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011882
PMID:41062178
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示AT2细胞通过MIF-SIAE信号轴抑制三级淋巴结构中B细胞功能,影响多原发肺癌新辅助化疗免疫治疗的疗效 | 首次发现AT2细胞通过MIF-SIAE信号轴抑制三级淋巴结构中B细胞功能,揭示了多原发肺癌免疫治疗反应不一致的新机制 | 样本量有限,仅分析了少数MPLC病例 | 探究多原发肺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应不一致的机制 | 多原发肺癌患者的肿瘤病灶 | 多组学分析 | 肺癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,多重免疫组织化学,空间共定位分析 | 细胞邻域分析 | 单细胞数据,空间转录组数据,免疫组织化学数据 | 1例MPLC患者的所有病灶,外加3例MPLC患者的4个无反应结节 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3747 | 2025-11-13 |
Spatial transcriptomic profiling of metastatic renal cell carcinoma identifies chemokine-driven macrophage and CD8+ T-cell interactions predictive of immunotherapy response
2025-Oct-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012991
PMID:41043857
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析转移性肾细胞癌,发现预测免疫治疗反应的巨噬细胞和CD8+ T细胞相互作用 | 首次使用高分辨率空间转录组技术揭示转移灶特异性免疫生态位对免疫检查点抑制剂疗效的决定性作用 | 样本量较小(12例初治患者),需要更大规模研究验证 | 开发预测转移性肾细胞癌免疫治疗反应的生物标志物 | 转移性肾细胞癌患者组织样本 | 空间转录组学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 细胞类型反卷积分析 | 空间转录组数据,临床数据 | 12例初治mRCC患者,其中6例提供匹配转移灶样本 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString COSMx | 10x Visium空间转录组技术,NanoString COSMx空间分子成像 |
| 3748 | 2025-11-13 |
Plasma Exosomes Derived from Patients with Primary Immune Thrombocytopenia Attenuate TBX21+ Regulatory T Cell-Mediated Immune Suppression via MiR-363-3p
2025-Oct, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02275-8
PMID:40032779
|
研究论文 | 本研究揭示了原发性免疫性血小板减少症患者血浆外泌体通过miR-363-3p削弱调节性T细胞免疫抑制功能的分子机制 | 首次发现ITP患者外泌体通过miR-363-3p-ARID3A/SPI1/TBX21轴调控Treg功能,并利用单细胞测序技术鉴定出TBX21高表达的Treg亚群 | 研究样本量未明确说明,机制研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探究原发性免疫性血小板减少症中调节性T细胞功能减弱的分子机制 | 原发性免疫性血小板减少症患者的血浆外泌体和调节性T细胞 | 免疫学 | 原发性免疫性血小板减少症 | 单细胞测序,Treg功能测定,细胞因子分析 | NA | 单细胞测序数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3749 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of lung epithelial cells reveals age and cell population-specific responses to SARS-CoV-2 infection in ciliated cells
2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxae118
PMID:39780400
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示肺上皮细胞对SARS-CoV-2感染的年龄和细胞群体特异性反应 | 发现两种纤毛细胞亚群(FOXJ1高/低)具有不同感染率和免疫应答特征,并首次揭示儿童与成人肺细胞对病毒感染的差异基因表达 | 研究基于体外气液界面培养模型,可能与体内真实情况存在差异 | 研究先天免疫信号在肺发育和年龄中对SARS-CoV-2感染应答的作用 | 儿童和成人肺组织来源的气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Seurat, scType, Monocle | 单细胞转录组数据 | 儿童和成人肺组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3750 | 2025-11-12 |
Unveiling the toxicological impact of cigarette smoke exposure on chronic obstructive pulmonary disease: integrated insights from network toxicology and multi-omics
2025-Nov-11, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04783-8
PMID:41217457
|
研究论文 | 本研究整合网络毒理学、多组学分析和实验验证,揭示香烟烟雾暴露通过特定化合物和枢纽基因导致慢性阻塞性肺疾病的发病机制 | 首次系统整合网络毒理学、多组学分析和实验验证,构建香烟烟雾诱导慢性阻塞性肺疾病的化合物-靶点-疾病网络 | 研究主要基于数据库预测和动物实验,需要进一步临床验证 | 阐明香烟烟雾暴露诱导慢性阻塞性肺疾病的系统毒理学机制 | 香烟烟雾中的有害化合物及其与慢性阻塞性肺疾病相关的基因靶点 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 网络毒理学, 多组学分析, 分子对接, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 随机森林(RF), 支持向量机递归特征消除(SVM-RFE), LASSO | 基因组数据, 转录组数据 | 涉及93种香烟有害化合物的筛选和28个致病基因的鉴定 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3751 | 2025-11-12 |
PIP4K2A: A Novel CD8+ T Cell-Related Biomarker Associated with Lung Function Decline in COPD
2025-Nov-11, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11274-1
PMID:41217726
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,识别了与COPD中CD8+ T细胞相关的生物标志物,并构建了诊断模型 | 首次发现PIP4K2A作为CD8+ T细胞相关生物标志物与COPD肺功能下降显著相关 | 研究样本来源于公共数据库,临床验证样本规模有限 | 阐明CD8+ T细胞在COPD发病机制中的分子机制 | COPD患者和健康对照者的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 生物信息学分析 | LASSO回归, 线性回归 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的COPD患者和对照样本,具体数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3752 | 2025-11-12 |
Oligo-CALL: A next-generation barcoding platform for studying resistance to targeted therapy
2025-Nov-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw9990
PMID:41202131
|
研究论文 | 开发了一种名为Oligo-CALL的新型细胞条形码平台,用于研究靶向治疗耐药性 | 开发了Oligo-CALL平台,实现了高效的谱系追踪、活克隆分离以及与单细胞RNA测序的无缝整合 | NA | 研究靶向治疗耐药性的分子机制和谱系演化 | 肺癌细胞 | 单细胞多组学 | 肺癌 | CRISPR-based cellular barcoding, single-cell RNA sequencing | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | Oligo-CALL | 寡核苷酸诱导的CRISPR转录激活因子辅助谱系标记平台 |
| 3753 | 2025-11-12 |
CellSP enables module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Nov-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08891-2
PMID:41193576
|
研究论文 | 本文提出了CellSP计算框架,用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能相关模式 | 引入了'基因-细胞模块'概念,能够识别多个细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集 | NA | 开发能够识别和解释亚细胞转录空间分布功能模式的工具 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | 多种组织和技术的数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3754 | 2025-11-12 |
Multi-Omics Advances in Major Depressive Disorder for Molecular Insights, Biomarker Discovery, and Therapeutic Development
2025-Nov-05, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.1075
PMID:41213078
|
综述 | 本文综述了多组学技术在重度抑郁症研究中的最新进展,包括分子机制解析、生物标志物发现和治疗方法开发 | 整合多组学方法与计算系统生物学,将多组学信号转化为候选生物标志物和机制导向疗法 | 讨论了当前研究的局限性和转化优先事项 | 通过多组学方法解析重度抑郁症的多因素病因学并开发精准精神病学方法 | 重度抑郁症的分子机制、生物标志物和治疗方法 | 自然语言处理 | 精神疾病 | GWAS、单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | AI驱动的网络建模 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 3755 | 2025-11-12 |
Serum response factor is essential for endometrial function and prevention of inflammatory fibrosis
2025-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2510060122
PMID:41150713
|
研究论文 | 本研究揭示血清反应因子(SRF)对子宫内膜功能和防止炎症性纤维化的重要作用 | 首次发现SRF在子宫内膜中的关键功能及其在子宫内膜异位症中的失调机制 | 动物模型与人类疾病的差异可能限制结果的直接转化应用 | 探究SRF在子宫内膜功能和生殖成功中的分子机制 | 人类子宫内膜异位症患者组织、人子宫内膜基质细胞、条件性基因敲除小鼠 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 免疫组织化学分析、RNA干扰、单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据、组织学图像 | 人类子宫内膜异位症患者组织样本和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3756 | 2025-11-12 |
MYEOV Is a Novel Marker of Differentiated Corneal Epithelium
2025-Nov-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.14.7
PMID:41186354
|
研究论文 | 本研究揭示了MYEOV作为角膜上皮分化标志物的特异性表达及其调控机制 | 首次发现MYEOV在KRT12阳性角膜上皮细胞中特异性高表达,且受PAX6和KLF4调控 | 研究主要基于体外实验和免疫染色分析,缺乏体内功能验证 | 表征MYEOV在人类眼表组织中的表达和调控机制 | 人类角膜上皮细胞和角膜组织 | 细胞生物学 | 眼科疾病 | RNA测序,免疫染色,基因敲低,Western blot,细胞增殖检测 | NA | 图像,基因表达数据 | 人类角膜组织及体外培养的角膜上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3757 | 2025-11-10 |
Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease
2025-Jun, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-024-01109-8
PMID:39743564
|
综述 | 本文综述了心脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的功能多样性、发育起源及其在心脏稳态和病理过程中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了心脏巨噬细胞的新细胞状态和疾病相关细胞邻域 | NA | 探讨心脏巨噬细胞的发育起源、功能多样性及其在心脏疾病发病机制中的作用 | 心脏巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3758 | 2025-11-12 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
|
研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性 | 建立了基于大量数据的数据驱动阈值来优化研究设计,并开发了VICE工具评估数据质量和估计差异表达真阳性率 | 研究主要关注单细胞水平的精确度和准确性,可能未涵盖所有技术变异来源 | 评估单细胞/单核RNA测序数据的定量测量性能并建立优化指南 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 3759 | 2025-11-11 |
LMO7 Suppresses Tumor-Associated Macrophage Phagocytosis of Tumor Cells Through Degradation of LRP1
2025-Nov-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511162
PMID:41208232
|
研究论文 | 本研究揭示了LMO7通过降解LRP1抑制肿瘤相关巨噬细胞吞噬肿瘤细胞的机制 | 首次发现LMO7通过促进LRP1的K48连接多聚泛素化降解来抑制巨噬细胞吞噬功能,并证明LMO7缺失与SIRPα阻断联合治疗的协同抗肿瘤效果 | NA | 探究LMO7在肿瘤相关巨噬细胞功能调控中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 实体肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3760 | 2025-11-11 |
Integrative SMR and single cell & spatial analysis reveals the spatial heterogeneity and prognostic value of CASP9-mediated apoptotic pathways in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03798-0
PMID:41201629
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和孟德尔随机化分析,揭示了CASP9介导的凋亡通路在透明细胞肾细胞癌中的空间异质性及其预后价值 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学与孟德尔随机化方法结合,系统解析了CASP9驱动的凋亡程序在肾癌中的空间组织和免疫抑制功能 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步实验验证CASP9在肿瘤-巨噬细胞相互作用中的具体机制 | 阐明凋亡相关基因程序在透明细胞肾细胞癌中的空间动态、转录异质性和预后相关性 | 透明细胞肾细胞癌患者肿瘤组织中的恶性细胞亚群 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化分析 | LASSO Cox回归, DeepSurv | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 基因组数据 | TCGA和E-MTAB-1980队列的透明细胞肾细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |