单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3661	2025-01-06	Transcriptomic DN3 clock neuron subtypes regulate Drosophila sleep 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4580 PMID:39752484	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对果蝇大脑中的时钟神经元进行了全面的转录组细胞类型普查，特别关注了DN3神经元亚型及其在睡眠调节中的作用	首次对果蝇大脑中DN3时钟神经元进行了全面的转录组分析，揭示了其12个不同的基因表达簇，并发现这些神经元通过G蛋白偶联受体促进睡眠	研究主要集中于果蝇模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚不明确	探索时钟神经元在睡眠调节中的作用	果蝇大脑中的DN3时钟神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	果蝇大脑中的DN3时钟神经元
3662	2025-01-06	Transcriptome and DNA methylation profiling during the NSN to SN transition in mouse oocytes 2025-Jan-03, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00527-3 PMID:39754059	研究论文	本研究通过单细胞转录组和DNA甲基化分析，探讨了小鼠卵母细胞从非包围核仁（NSN）到包围核仁（SN）阶段的转变过程中的分子变化	开发了一个分类器，能够从单细胞或批量RNA-seq数据中推断染色质状态，并识别了SN卵母细胞中与不寻常染色质修饰组合相关的晚期甲基化区域	研究主要集中在小鼠卵母细胞，结果可能不直接适用于其他物种	探讨小鼠卵母细胞在NSN到SN转变过程中的转录组和DNA甲基化变化	小鼠卵母细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞亚硫酸氢盐测序（scBS-seq）	NA	单细胞转录组数据、DNA甲基化数据	NA
3663	2025-01-06	Inhibition of METTL14 overcomes CDK4/6 inhibitor resistance driven by METTL14-m6A-E2F1-axis in ERα-positive breast cancer 2025-Jan-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03021-2 PMID:39754249	研究论文	本文研究了ERα阳性乳腺癌中CDK4/6抑制剂耐药性的机制，并提出了通过抑制METTL14来克服耐药性的策略	首次通过全基因组CRISPR/Cas9文库筛选结合单细胞测序技术，鉴定出METTL14是CDK4/6抑制剂敏感性的决定因素，并发现了一种新型METTL14抑制剂WKYMVM	研究主要基于实验室模型和临床样本，尚未进行大规模临床试验验证	探索ERα阳性乳腺癌中CDK4/6抑制剂耐药性的机制，并寻找克服耐药性的方法	ERα阳性乳腺癌细胞和临床样本	癌症研究	乳腺癌	全基因组CRISPR/Cas9文库筛选、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床样本数据	临床样本和实验室模型
3664	2025-01-06	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jan-03, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	研究论文	本研究通过多组学和网络药理学方法探索了非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	首次结合单细胞和空间转录组学技术，识别了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布，并验证了非瑟酮在牙周炎动物模型中的治疗效果	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人类牙周韧带成纤维细胞（PDLFs）	生物医学	牙周炎	单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学分析	NA	转录组数据、实验数据	NA
3665	2025-01-06	Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model 2025-Jan-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005 PMID:39500314	研究论文	本文研究了在小鼠海马体中通过诱导多能干细胞（iPSC）衍生的人类神经元，探讨了微胶质细胞在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的作用	通过微胶质细胞耗竭的嵌合模型，揭示了神经元APOE4与微胶质细胞在AD病理形成中的协同作用	研究依赖于嵌合小鼠模型，可能无法完全模拟人类AD的复杂病理	探讨微胶质细胞对神经元APOE4相关AD发病机制的影响	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的人类神经元和微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	嵌合小鼠模型中的iPSC衍生人类神经元
3666	2025-01-06	Specifically blocking αvβ8-mediated TGF-β signaling to reverse immunosuppression by modulating macrophage polarization 2025-Jan-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03250-1 PMID:39743547	研究论文	本文研究了通过特异性阻断αvβ8介导的TGF-β信号通路来逆转免疫抑制，并通过调节巨噬细胞极化来抑制肿瘤生长	开发了一种特异性抗αvβ8抗体130H2，并通过单细胞RNA测序和冷冻电镜单颗粒分析揭示了其作用机制，证明了其在体内外的高效抗肿瘤效果	αvβ8的表达谱仍存在争议，且抗αvβ8抗体的抗肿瘤机制尚未完全阐明	研究αvβ8在肿瘤中的表达及其在TGF-β信号通路中的作用，开发并评估特异性抗αvβ8抗体的抗肿瘤效果	人类肿瘤样本、小鼠模型、人类外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、食蟹猴	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、冷冻电镜单颗粒分析、药代动力学研究	NA	RNA测序数据、冷冻电镜图像、药代动力学数据	多种人类肿瘤样本、小鼠模型、人类PBMCs、食蟹猴
3667	2025-01-06	ImageDoubler: image-based doublet identification in single-cell sequencing 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55434-0 PMID:39747095	研究论文	本文介绍了一种基于图像的模型ImageDoubler，用于在单细胞测序中识别双联体和缺失样本	ImageDoubler利用Fluidigm单细胞测序图像数据，显著提高了双联体检测效率，F1分数比现有基于基因组的方法至少提高了33.1%	当前基于基因组的技术存在局限性，尤其是在同质细胞群体中效果不佳，并可能引入实验过程中的偏差	开发一种更有效的双联体检测方法，以解决单细胞测序中的数据误读问题	单细胞测序中的双联体和缺失样本	数字病理学	NA	Fluidigm单细胞测序	基于图像的模型	图像	NA
3668	2025-01-06	Molecular and spatial analysis of tertiary lymphoid structures in Sjogren's syndrome 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54686-0 PMID:39747819	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学技术，研究了Sjogren综合征和干燥综合征患者小唾液腺中的三级淋巴结构，构建了其形成和功能关键成分的细胞和空间图谱	确认了成纤维细胞状态的存在，并识别了具有潜在免疫功能的周细胞/壁细胞状态，为自身免疫和癌症中与三级淋巴结构相关的情况提供了关键治疗线索	NA	研究三级淋巴结构在Sjogren综合征和干燥综合征中的形成和功能机制	Sjogren综合征和干燥综合征患者的小唾液腺	分子生物学	Sjogren综合征	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	Sjogren综合征和干燥综合征患者的小唾液腺样本
3669	2025-01-06	Trigger inducible tertiary lymphoid structure formation using covalent organic frameworks for cancer immunotherapy 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55430-4 PMID:39747845	研究论文	本文探讨了使用共价有机框架（COF）诱导三级淋巴结构（TLS）形成以增强癌症免疫治疗效果的方法	利用共价有机框架（COF）诱导TLS形成，并通过单细胞测序分析揭示了其通过促进细胞因子过度分泌来实现的机制	研究仅在MC38和4MOSC1两种雌性肿瘤模型中进行验证，尚未在更广泛的肿瘤类型中测试	探索诱导TLS形成的有效策略以增强癌症免疫治疗效果	三级淋巴结构（TLS）和共价有机框架（COF）	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	MC38和4MOSC1雌性肿瘤模型	NA	NA
3670	2025-01-06	Spatiotemporal dynamics of early oogenesis in pigs 2025-Jan-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03464-8 PMID:39748324	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术，探索了猪早期卵子发生过程中的时空基因表达谱和卵巢微环境的空间组织	首次揭示了猪卵巢中生殖细胞在卵子发生过程中的“皮质到髓质”分布模式，并验证了NOTCH信号和细胞外基质蛋白在调控生殖细胞命运中的关键作用	研究主要基于猪模型，尽管与人类具有保守性，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索早期卵子发生的时空动态及其调控机制	猪卵巢中的生殖细胞和体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据、空间转录组数据	猪卵巢组织
3671	2025-01-06	Gastric cancer-derived exosomal let-7 g-5p mediated by SERPINE1 promotes macrophage M2 polarization and gastric cancer progression 2025-Jan-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03269-4 PMID:39748408	研究论文	本研究揭示了胃癌细胞通过SERPINE1调控外泌体let-7 g-5p转移，促进巨噬细胞M2极化的新机制	首次发现SERPINE1通过调控外泌体let-7 g-5p转移促进巨噬细胞M2极化，为胃癌免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	揭示胃癌细胞中SERPINE1驱动恶性表型和M2巨噬细胞极化的分子机制，为选择性靶向M2极化TAMs提供新的治疗靶点	胃癌细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序、外泌体干预实验、小RNA测序、Western blotting、CoIP实验、蛋白质芯片、ChIP实验、双荧光素酶报告实验	NA	转录组数据、临床数据、单细胞测序数据、外泌体RNA数据	胃癌组织和邻近组织样本、小鼠异种移植肿瘤模型
3672	2025-01-06	Pan-cancer drivers of metastasis 2025-Jan-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02182-w PMID:39748426	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了六种癌症类型中转移性和非转移性肿瘤的基因调控程序，揭示了驱动转移进展的核心基因特征和转录因子网络	发现了SP1和KLF5作为关键调控因子，分别在多个癌症类型的转移过程中发挥驱动和抑制作用，并揭示了SP1在癌细胞生存、侵袭性生长和转移定植中的角色	研究样本仅限于六种癌症类型，可能无法完全代表所有癌症的转移机制	揭示跨癌症转移的核心基因调控程序	六种癌症类型中的转移性和非转移性肿瘤	癌症研究	癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过200名患者的肿瘤样本
3673	2025-01-06	Parkin modulates the hepatocellular carcinoma microenvironment by regulating PD-1/PD-L1 signalling 2025-Jan-02, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.045 PMID:39755271	研究论文	本研究探讨了Parkin在四氯化碳诱导的肝肿瘤免疫微环境中的作用，揭示了Parkin通过调节PD-1/PD-L1信号通路影响抗肿瘤免疫反应的机制	首次揭示了Parkin通过调节PD-1/PD-L1信号通路在肝肿瘤免疫微环境中的关键作用，并提出了通过重新引入Parkin或增强线粒体自噬来重塑肿瘤微环境的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肝细胞癌中进行验证	探讨Parkin在肝肿瘤免疫微环境中的作用及其机制	四氯化碳诱导的肝肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序分析、Western blot、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	Park2-/-小鼠和对照组小鼠
3674	2025-01-06	CD206+ Trem2+ macrophage accumulation in the murine knee joint after injury is associated with protection against post-traumatic osteoarthritis in MRL/MpJ mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312587 PMID:39752388	研究论文	本文研究了小鼠膝关节损伤后CD206+ Trem2+巨噬细胞的积累与MRL/MpJ小鼠对创伤后骨关节炎的保护作用之间的关系	通过单细胞RNA测序技术，揭示了MRL/MpJ小鼠在创伤后骨关节炎中表现出更强的抗炎反应，特别是CD206+ Trem2+巨噬细胞的富集	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨创伤后骨关节炎（PTOA）发展或消退的分子机制	C57BL/6J（B6）和MRL/MpJ（MRL）小鼠的膝关节	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	C57BL/6J（B6）和MRL/MpJ（MRL）小鼠的膝关节样本
3675	2025-01-06	Uncovering NK cell sabotage in gut diseases via single cell transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0315981 PMID:39752457	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了自然杀伤（NK）细胞在肠道疾病中的破坏作用，并比较了溃疡性结肠炎（UC）和结直肠癌（CRC）的免疫病理反应	首次通过单细胞RNA测序数据集分析了UC和CRC患者结肠组织中的免疫细胞特征，并揭示了UC和CRC中NK细胞介导的免疫反应及其特异性通路	研究样本量未明确说明，且未探讨其他免疫细胞在UC和CRC中的潜在作用	揭示UC和CRC的免疫微环境及NK细胞介导的免疫反应，为免疫治疗提供潜在靶点	健康供体、UC患者和CRC患者的结肠组织	单细胞转录组学	溃疡性结肠炎、结直肠癌	单细胞RNA测序、免疫染色、激光共聚焦显微镜	NA	单细胞RNA测序数据、图像数据	未明确说明
3676	2025-01-06	Macrophage HERC6 Promotes NAFLD: Integrated Analyses of Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptome 2025-Jan-01, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073344957241222151713 PMID:39754760	研究论文	本研究探讨了HERC6相关免疫反应与非酒精性脂肪肝病（NAFLD）之间的关系，并筛选了新型治疗药物	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，揭示了HERC6在NAFLD中的关键作用，并筛选出潜在治疗药物	研究主要依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索HERC6相关免疫反应与NAFLD的关系，并筛选治疗药物	NAFLD患者及肥胖患者的肝脏样本	生物信息学	非酒精性脂肪肝病	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、药物敏感性评估	NA	RNA测序数据	公开数据集GSE168933和GSE83452中的肝脏样本
3677	2025-01-05	Spatial transcriptomics in bone mechanomics: Exploring the mechanoregulation of fracture healing in the era of spatial omics 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp8496 PMID:39742473	研究论文	本文介绍了一种基于空间转录组学的“力学组学”平台，用于探索骨折愈合中的机械调控机制	该平台整合了时间序列的体内微计算机断层扫描、空间转录组学和微有限元分析，能够在空间上解析细胞分子特征与其局部体内机械环境的关系	NA	研究骨折愈合过程中细胞对局部机械应力的转录组反应	骨折部位的细胞	数字病理学	骨折	空间转录组学、微计算机断层扫描、微有限元分析	NA	空间转录组数据、图像数据	NA
3678	2025-01-05	A joint analysis of single cell transcriptomics and proteomics using transformer 2025-Jan-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00484-9 PMID:39743530	研究论文	本文提出了一种基于Transformer编码器层的深度学习框架scTEL，用于从单细胞RNA测序数据预测未观察到的蛋白质表达	scTEL模型通过计算方式显著降低了蛋白质表达测序的实验成本，并提供了一个统一框架来整合多个CITE-seq数据集	未提及具体局限性	揭示细胞异质性，降低蛋白质表达测序的实验成本	单细胞RNA和蛋白质表达数据	机器学习	NA	CITE-seq, scRNA-seq	Transformer	RNA和蛋白质表达数据	公共CITE-seq数据集
3679	2025-01-05	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，揭示了与神经系统疾病相关的免疫细胞群体	发现了一种新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅在脑脊液中出现，并且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的结合，可能存在数据一致性和样本代表性的问题	阐明神经系统疾病的病理生理学，特别是脑脊液中的免疫细胞群体	脑脊液和血液样本中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	139名受试者，包括135份脑脊液样本和58份血液样本
3680	2025-01-02	Single-cell sequencing analysis reveals cetuximab resistance mechanism and salvage strategy in colorectal cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70151 PMID:39739554	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA