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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3641 | 2025-10-05 |
Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2506976122
PMID:40986347
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析脊髓性肌萎缩症(SMA)患者的免疫失调特征 | 首次在SMA中识别出6-7个月免疫激活转变点,发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因显著上调,并揭示CD4+ T细胞早期功能障碍和G1期阻滞 | 样本量较小(共17名婴儿),仅包含25个月以下患者 | 阐明脊髓性肌萎缩症中的免疫失调机制及其对治疗反应的影响 | 脊髓性肌萎缩症婴儿患者和健康对照婴儿的外周血样本 | 生物信息学 | 脊髓性肌萎缩症 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | SMA患者11例(7例bulk RNA-seq, 4例scRNA-seq),健康对照10例(4例bulk RNA-seq, 6例scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3642 | 2025-10-05 |
ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504697122
PMID:40986354
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研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰缓解脑损伤后神经炎症的分子机制 | 首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体中验证 | 探究m6A RNA修饰在创伤性脑损伤后神经炎症中的作用机制 | 小胶质细胞/巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, m6A RNA免疫沉淀测序, MeRIP-qPCR, RNA pull-down | NA | RNA测序数据 | 多个时间点的脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, m6A测序 | NA | NA |
| 3643 | 2025-10-05 |
Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights
2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01539-5
PMID:40987794
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研究论文 | 本研究通过仓鼠模型揭示了SARS-CoV-2感染后长期症状中中性粒细胞持续激活的机制,并验证了靶向中性粒细胞炎症的治疗策略 | 首次在小仓鼠模型中系统揭示PASC的免疫机制,发现中性粒细胞持续激活是驱动长期炎症的关键因素,并验证了Sivelestat等小分子抑制剂的治疗效果 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类临床试验中验证;样本量相对有限 | 探究SARS-CoV-2感染后长期症状的免疫机制并寻找有效治疗策略 | 小仓鼠模型及感染后30天的组织样本 | 免疫学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,组织病理图像 | SARS-CoV-2感染组46.25-47.50%存活率,其中13.75%发展为PASC表型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3644 | 2025-10-05 |
DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification
2025-Sep-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf085
PMID:40990806
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研究论文 | 提出一种基于分布感知对比学习的空间转录组学空间域识别新方法 | 首次将零膨胀负二项分布与图对比学习结合,有效整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例信息 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 来自不同测序平台的组织、器官和胚胎空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 对比学习, 图神经网络 | 空间基因表达数据 | 多种组织和胚胎样本(具体数量未明确说明) | 多种测序平台(具体公司未明确说明) | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3645 | 2025-10-05 |
PASSpedia: A Polyadenylation Site Database Across Different Species at Single Cell Resolution
2025-Sep-23, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf089
PMID:40986375
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研究论文 | 开发了一个跨物种单细胞分辨率的多聚腺苷酸化位点数据库PASSpedia | 升级了深度学习分析流程SCAPTURE v2,首次在单细胞水平构建了跨七个物种的全面PAS图谱 | NA | 研究多聚腺苷酸化位点在不同物种中的使用模式和特征 | 七个物种的1330个已发表的3'标签scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 3'标签测序, 单细胞RNA测序, 长读长测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 1330个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 3'标签scRNA-seq |
| 3646 | 2025-10-05 |
Shear stress-induced endothelial HEG1 signalling regulates vascular tone and blood pressure
2025-Sep-23, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf742
PMID:40986512
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞HEG1蛋白通过剪切应力信号通路调控血管张力和血压的新机制 | 首次发现HEG1通过促进CUL3介导的PHACTR1降解来调节eNOS转录和NO产生,从而调控血压 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩大 | 阐明内皮HEG1在血压调控中的作用及分子机制 | 内皮细胞、小鼠模型、人类动脉和血浆样本 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、计算流体动力学分析、蛋白质组学、转录组学、泛素化分析 | 内皮特异性Heg1敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、血流动力学数据 | 多个独立队列的动脉和血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3647 | 2025-10-05 |
Impaired early type I interferon responses to influenza virus infection in aged mice are associated with subsequent increased pulmonary inflammation
2025-Sep-23, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01892-3
PMID:40987991
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研究论文 | 本研究通过比较年轻和老年小鼠对甲型流感病毒感染的先天免疫反应,揭示衰老导致早期I型干扰素反应受损并增强后期肺部炎症的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示老年小鼠在流感病毒感染后不同免疫细胞中持续炎症反应的分子特征 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,结果可能需要人类研究验证 | 探究衰老对流感病毒感染先天免疫反应的影响机制 | 年轻(12周)和老年(70周)C57BL/6J小鼠 | 免疫学 | 流感病毒感染 | qRT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻和老年C57BL/6J小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3648 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomics of developing rat ocular outflow tissues to prioritize congenital glaucoma candidate genes
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672439
PMID:40909638
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达,为先天性青光眼候选基因的优先排序提供资源 | 首次生成了发育期房水流出通路的单细胞RNA测序数据集,揭示了395个在发育TM/SC亚型中特异性上调的基因 | 研究基于大鼠模型,与人类疾病存在物种差异;仅分析了三个关键发育阶段 | 识别先天性青光眼的候选致病基因并理解房水流出通路的发育机制 | 发育期大鼠眼房水流出通路组织,特别是小梁网和Schlemm管 | 单细胞转录组学 | 先天性青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 86,653个细胞,包含超过10,000个TM/SC相关细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3649 | 2025-10-05 |
Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113351
PMID:40949104
|
研究论文 | 通过整合多组学方法解析子宫组织驻留树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次系统识别子宫树突状细胞亚型并揭示其发育轨迹和功能特化 | 样本来源仅限于人类子宫内膜,未涉及其他物种验证 | 探究子宫树突状细胞的起源和功能作用机制 | 人类子宫内膜组织中的树突状细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 不同月经周期和早孕期子宫组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 3650 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424487122
PMID:40920930
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组和遗传谱系追踪技术,揭示了增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞路线图 | 首次结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪技术系统描绘了PVR纤维化形成过程中不同细胞类型的贡献 | NA | 解析增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞机制 | 视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞 | 单细胞组学 | 增殖性玻璃体视网膜病变 | 单细胞转录组测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3651 | 2025-10-05 |
Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512246122
PMID:40920932
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研究论文 | 介绍了一种名为Electro-LEV的新型平台,通过电磁悬浮技术实现单细胞的动态精确操控 | 整合电磁与磁悬浮原理,实现单细胞在3D微流体环境中的动态位置控制,能够区分单细胞与细胞簇的悬浮行为差异 | NA | 开发精确操控单细胞的技术,提高细胞分选的纯度和效率 | 单细胞和细胞簇 | 生物医学工程 | NA | 电磁悬浮技术 | NA | 位置追踪数据 | 多种颗粒和细胞类型 | NA | 电磁悬浮分选 | Electro-LEV | 整合电磁和磁悬浮原理的平台,通过周期性调制和追踪细胞z轴位置 |
| 3652 | 2025-10-05 |
Sorting nexin 3 promotes ischemic retinopathy through RIP1- and RIP3-mediated myeloid cell necroptosis and mitochondrial fission
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426578122
PMID:40924459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现分选连接蛋白3(SNX3)在缺血性视网膜病变中通过RIP1/RIP3介导的髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂促进病理性血管生成 | 首次揭示SNX3通过调控RIP1/RIP3信号通路促进髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂,进而驱动缺血性视网膜病变的新机制 | 研究主要基于小鼠氧诱导视网膜病变模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究SNX3在缺血性视网膜病变中的作用机制 | 小鼠视网膜髓系细胞(小胶质细胞/巨噬细胞) | 单细胞生物学 | 缺血性视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 免疫染色, GST pull-down, 免疫共沉淀, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 氧诱导视网膜病变小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3653 | 2025-10-05 |
Revealing the core immunotoxicity of di-n-pentyl phthalate exposure in murine models using single-cell RNA sequencing
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118754
PMID:40753775
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示邻苯二甲酸二正戊酯在小鼠模型中的核心免疫毒性作用 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统评估DNPP对免疫系统的全面影响,揭示了其对多种免疫细胞功能的具体损害机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证;剂量反应关系需要更深入分析 | 系统评估DNPP暴露引起的免疫系统改变 | 小鼠脾脏组织和外周血白细胞 | 单细胞组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | DNPP暴露小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3654 | 2025-10-05 |
The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996
PMID:40912095
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研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物代谢物TMA和TMAO通过SREBF1介导的PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌进展的机制 | 首次证明TMA和TMAO通过激活PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌细胞增殖,并确定SREBF1是TMA和TMAO诱导CRC增殖的关键介质 | NA | 研究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制 | 结直肠癌细胞系和小鼠肿瘤模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 实时PCR、Western blotting、细胞活力和迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3655 | 2025-10-05 |
Decoding coal-induced pulmonary endothelial injury using single-cell omics
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118989
PMID:40914082
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解析煤尘暴露引起的肺内皮细胞损伤机制 | 首次在煤工尘肺小鼠模型中应用单细胞RNA测序技术,系统识别了四种内皮细胞亚群并揭示了煤尘通过内外在机制共同导致内皮细胞损伤 | 研究仅基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 探究煤尘暴露引起肺内皮细胞损伤的分子机制 | 煤工尘肺小鼠模型的肺组织内皮细胞 | 单细胞组学 | 尘肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 煤尘暴露组和对照组小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3656 | 2025-10-05 |
Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010
PMID:40925179
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研究论文 | 整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术研究土壤污染物对前列腺癌的影响机制 | 首次将网络毒理学、101种机器学习算法和单细胞测序技术相结合,系统揭示土壤污染物通过DNMT1和mTOR关键分子靶点影响前列腺癌的新机制 | 研究主要基于计算预测和数据库分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能实验确认机制 | 探究土壤污染物影响前列腺癌发展的分子机制 | 前列腺癌相关分子靶点和10种土壤污染物(DBP、DOP、DMP、PFOA、PFOS、MEK、TOL、ZEN、OTA、DON) | 生物信息学 | 前列腺癌 | 网络毒理学、机器学习、单细胞测序、分子对接 | 101种机器学习算法、Cox回归模型、Kaplan-Meier分析 | 基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞表达数据 | 242个潜在靶点,26个风险靶分子 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3657 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics meets diabetic kidney disease: Illuminating the path to precision medicine
2025-Sep-15, World journal of diabetes
IF:4.2Q1
DOI:10.4239/wjd.v16.i9.107663
PMID:40980298
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综述 | 本文探讨空间转录组学技术在糖尿病肾病研究中的应用及其对精准医疗的推动作用 | 将空间转录组学技术引入糖尿病肾病研究,实现基因表达与空间定位的整合分析,揭示肾脏微环境中细胞互作和局部分子改变 | 空间分辨率有限、数据复杂度高、计算需求大 | 探索空间转录组学在糖尿病肾病精准医疗中的应用价值 | 糖尿病肾病肾脏组织 | 空间转录组学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 机器学习,网络分析 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | Slide-seqV2 | NA |
| 3658 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics unravels the interactive network of aflatoxin B1-driven gastric cancer: Multi-omics integration of transcriptome and mendelian randomization
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118919
PMID:40850114
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研究论文 | 通过空间转录组学和多组学整合揭示黄曲霉毒素B1驱动胃癌的分子网络机制 | 首次构建AFB1诱导胃癌的多层次分子调控图谱,建立了环境致癌物毒理机制研究的多组学整合新范式 | AFB1诱导胃癌的具体分子机制仍有待进一步明确 | 阐明黄曲霉毒素B1驱动胃癌恶性进展的分子网络机制 | 人类胃癌组织及黄曲霉毒素B1核心靶基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接模拟,多组学整合 | 分子对接模拟 | 转录组数据,空间转录组数据 | 人类胃癌组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
| 3659 | 2025-10-05 |
Polyethylene terephthalate microplastics promote pulmonary fibrosis via AKT1, PIK3CD, and PIM1: A network toxicology and multi-omics analysis
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118954
PMID:40876188
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研究论文 | 通过网络毒理学和多组学分析揭示聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料通过AKT1、PIK3CD和PIM1蛋白加剧特发性肺纤维化的分子机制 | 首次结合网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化和单细胞测序分析系统揭示PET-MPs通过特定信号通路和细胞类型加剧IPF的机制 | 研究主要基于生物信息学分析和数据库挖掘,缺乏实验验证 | 确定PET-MPs在加剧特发性肺纤维化中的作用机制 | 聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料及其与肺纤维化的关联 | 网络毒理学 | 特发性肺纤维化 | 网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化、单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 从多个数据库识别120个潜在靶点和81个交叉靶点 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3660 | 2025-10-05 |
Major PM2.5 components promote intracranial aneurysm via TP53: Insights from a comprehensive network analysis
2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118953
PMID:40886600
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研究论文 | 通过整合网络毒理学和双样本孟德尔随机化分析,揭示PM2.5主要成分通过TP53基因促进颅内动脉瘤形成的机制 | 首次将网络毒理学与孟德尔随机化相结合,系统阐明PM2.5成分通过TP53介导颅内动脉瘤形成的因果机制 | 研究主要基于数据库分析和计算模拟,需要更多实验验证 | 探究PM2.5主要成分影响颅内动脉瘤发展的潜在机制 | PM2.5六种代表性成分(铅、镉、砷、苯并[a]芘、甲醛、苯)及其与TP53基因的相互作用 | 生物信息学 | 颅内动脉瘤 | 网络毒理学, 孟德尔随机化, 分子对接, 分子动力学模拟, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 基因组数据, 蛋白质结构数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |