单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3601	2025-01-23	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	研究论文	本文提出了一种自适应归一化程序，用于在噪声数据矩阵中检测和恢复低秩信号，特别是在异方差噪声情况下	提出了一种基于Dyson方程的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵中行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确提及具体局限性	解决在异方差噪声情况下低秩信号的检测和恢复问题	噪声数据矩阵中的低秩信号	机器学习	NA	随机矩阵理论	NA	矩阵数据	NA
3602	2025-01-23	Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis 2025-Feb, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14093 PMID:39695834	综述	本文综述了单细胞基因组学技术在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用	结合单细胞RNA测序（scRNAseq）与动物模型，揭示牙周炎和种植体周围炎的细胞异质性和特定细胞作用，克服了批量RNA测序的局限性	NA	整合单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎的动物模型，以促进对这些疾病发病机制的理解和精准治疗的发展	牙周炎和种植体周围炎的动物模型	基因组学	牙周炎, 种植体周围炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3603	2025-01-23	Mechanistic study of the regulation of mitochondrial function by the GPNMB/Nrf2/NF-κB signaling pathway mediated by Quzhi Tang to alleviate chondrocyte senescence 2025-Jan-31, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2024.119165 PMID:39617085	研究论文	本研究探讨了祛脂汤（QZT）通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路来修复线粒体损伤和改善软骨细胞衰老的机制	首次结合单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学和免疫学方法，揭示了GPNMB在软骨细胞衰老中的关键作用，并阐明了QZT通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨祛脂汤（QZT）在治疗膝骨关节炎（KOA）中的潜在药物机制，特别是其对软骨细胞衰老的调节作用	小鼠软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学、免疫学方法	NA	转录组数据、组织病理学数据	小鼠软骨组织
3604	2025-01-23	The Expression of the LDLR, LDLRAP1, and PCSK9 Genes has Prognostic Significance in Triple-negative Breast Cancer 2025-Jan-20, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291217241219055416 PMID:39838687	研究论文	本研究探讨了胆固醇摄取基因在预测乳腺癌患者生存率中的预后意义	首次系统评估了胆固醇摄取基因在不同乳腺癌亚型中的表达差异及其预后意义	未对HER2阳性亚型的预后预测基因进行深入分析	确定胆固醇摄取基因在乳腺癌患者总体生存率中的预后意义，并评估这种意义在不同乳腺癌亚型中的差异	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	mRNA测序	DESeq2, Fisher's test	mRNA测序数据	来自癌症基因组图谱（TCGA）门户的肿瘤样本
3605	2025-01-23	TLR7/8/9 agonists and low-dose cisplatin synergistically promotes tertiary lymphatic structure formation and antitumor immunity 2025-Jan-19, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-024-01055-z PMID:39827246	研究论文	本文探讨了一种新型组合疗法，通过低剂量局部顺铂与TLR7/8/9激动剂（CR108）联合使用，促进三级淋巴结构形成并增强抗肿瘤免疫反应	创新点在于结合低剂量顺铂和CR108，显著增强抗肿瘤反应，促进三级淋巴结构形成，并揭示其作为功能性抗肿瘤效应T细胞库的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究目的是开发一种新型组合疗法，以增强原位疫苗接种的抗肿瘤效果	研究对象为小鼠模型中的4T1和B16肿瘤	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序分析	NA	NA	小鼠模型中的4T1和B16肿瘤
3606	2025-01-23	Analysis of cellular NO-GC expression in the murine heart and lineage determination in angiotensin II-induced fibrosis 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111615 PMID:39829679	研究论文	本文研究了NO敏感鸟苷酸环化酶（NO-GC）在健康和纤维化小鼠心肌中的细胞表达，并探讨了其在心脏纤维化中的作用	首次描述了NO-GC在健康和纤维化心肌中的细胞表达模式，并揭示了其在心脏纤维化中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中进行验证	探讨NO-GC在不同心脏细胞类型中的表达及其在心脏纤维化中的作用	小鼠心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠心肌组织样本
3607	2025-01-23	Potent human antibodies against SpA5 identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111627 PMID:39834865	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA和VDJ测序技术，从64名接种重组五组分疫苗的志愿者中快速鉴定了针对SpA5的人类抗体	利用高通量单细胞测序技术快速筛选出高效抗体，并结合Alphafold2和分子对接方法预测和验证潜在表位	研究样本量较小，仅涉及64名志愿者	解决抗生素耐药性问题，筛选高效抗体以预防耐药菌感染	64名接种重组五组分疫苗的志愿者的记忆B细胞	生物医学	抗生素耐药性感染	高通量单细胞RNA测序、VDJ测序、Alphafold2、分子对接	NA	单细胞RNA测序数据、VDJ测序数据	64名志愿者的记忆B细胞
3608	2025-01-23	BMP6, a potential biomarker of inflammatory fibrosis and promising protective factor for dilated cardiomyopathy 2025-Jan-15, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-025-01062-9 PMID:39825396	研究论文	本文探讨了BMP6作为炎症性纤维化的潜在生物标志物及其在扩张型心肌病（DCM）中的保护作用	通过Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、孟德尔随机化分析和动物模型构建，首次揭示了BMP6在DCM中的特异性表达及其抗纤维化作用	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证BMP6的治疗效果	识别和验证DCM心衰的潜在特异性标志物和干预靶点	扩张型心肌病（DCM）患者的心脏组织和动物模型	心血管疾病	扩张型心肌病	Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化分析, 动物模型构建, BMP6敲低	NA	RNA-seq数据	NA
3609	2025-01-23	The role of cell cycle-related genes in the tumorigenesis of adrenal and thyroid neuroendocrine tumors 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41457 PMID:39834406	综述	本文综述了肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤中细胞周期相关基因的作用及其在肿瘤发生、进展和转移中的分子机制	总结了当前单细胞RNA测序研究，突出了细胞周期相关基因作为治疗靶点和肿瘤类型或侵袭性判断组件的潜力	关于这些主题的信息仍然有限，需要进一步研究以探索这些肿瘤的调控机制	理解肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤的分子机制和细胞周期相关基因的作用	神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌和嗜铬细胞瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3610	2025-01-23	Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements 2025-01-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025 PMID:39731911	研究论文	本文通过跨物种分析胸腺模拟细胞，揭示了其进化上的古老起源以及保守和物种特异性元素	首次对人类和小鼠的胸腺模拟细胞进行单细胞RNA测序，并整合了斑马鱼的数据，揭示了物种间的保守性和特异性	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本仅来自儿科供体，可能限制了结果的普适性	研究胸腺模拟细胞的进化起源及其在自身免疫中的潜在作用	人类、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类儿科供体的胸腺模拟细胞样本
3611	2025-01-23	Integrative Analyses of Single-Cell RNA-Sequencing and Bulk RNA-Sequencing Reveal Prognostic Markers of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients with Cardiogenic Shock Receiving Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Support Collected before Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Establishment 2025-Jan-14, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.4c07339 PMID:39829552	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序的综合分析，揭示了在接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的急性心源性休克患者中，外周血单核细胞的预后标志物	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，分析了急性心源性休克患者在接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持前的外周血单核细胞，发现了与不良预后相关的B细胞和NK/NKT细胞亚群及其高表达的HSPA1B基因	研究依赖于公共数据库中的数据，且样本量有限，可能影响结果的普遍性	探索外周血单核细胞在急性心源性休克患者中的预后标志物	接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的急性心源性休克患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Seurat，limma	RNA测序数据	从基因表达综合数据库获取的急性心源性休克患者的外周血单核细胞数据
3612	2025-01-23	Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.571168 PMID:38168363	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守氨基酸域的方法，用于在批量和单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列，从而能够检测覆盖超过10万种病毒物种的RNA病毒	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码跟踪保持单细胞分辨率	高效准确地检测病毒感染，以了解其对人类健康的影响并做出准确预测以限制不良影响，如未来的流行病	病毒序列和宿主基因表达	生物信息学	传染病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据
3613	2025-01-23	Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409990 PMID:39605181	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的新框架GRNPT，用于从单细胞RNA测序轨迹中推断基因调控网络，并整合了大型语言模型的嵌入和时序卷积网络自编码器	GRNPT框架结合了大型语言模型和深度学习技术，能够从公开的生物数据中提取知识，并在训练数据有限的情况下显著优于现有的监督和无监督方法	NA	提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer, 时序卷积网络（TCN）自编码器	基因表达数据	NA
3614	2025-01-23	Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410081 PMID:39605202	研究论文	本文介绍了一种名为stDCL的双图对比学习方法，用于在空间转录组数据中识别空间域并解释基因调控	stDCL通过图嵌入自编码器自适应地结合基因表达数据和空间信息，提出双图对比学习来训练模型，确保潜在嵌入表示与实际空间分布紧密相似并展现聚类相似性	当前方法在区域识别时往往无法同时表征空间结构和基因调控，限制了空间解剖和基因解释的能力	开发一种能够准确捕捉外部空间异质性并解释内部基因调控的方法，以理解组织微环境中的潜在生物学机制	空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学	双图对比学习	基因表达数据和空间信息	复杂皮层数据集
3615	2025-01-23	PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510 PMID:39647740	研究论文	本研究探讨了PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态来改善胆汁淤积性肝损伤的机制	揭示了PPARα激动剂通过抑制炎症反应、减少中性粒细胞浸润和促进M2样巨噬细胞极化来缓解胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨PPARα激动剂在胆汁淤积性肝损伤中的免疫调节机制	小鼠模型中的肝脏巨噬细胞	NA	肝病	CyTOF分析、scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠模型
3616	2025-01-23	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文介绍了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过抑制这些因子实现结直肠癌细胞向正常样肠上皮细胞的重编程	提出了BENEIN计算框架，首次识别出MYB、HDAC2和FOXA2作为主调控因子，并通过实验验证了它们同时抑制能够诱导结直肠癌细胞向正常细胞分化	研究主要基于人类大肠单细胞转录组数据，未涉及其他类型癌症或组织	研究细胞分化轨迹中的主调控因子，并探索其在癌症逆转中的应用	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	计算生物学	结直肠癌	单细胞转录组测序	布尔网络推断与控制（BENEIN）	单细胞转录组数据	NA
3617	2025-01-23	Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645 PMID:39667460	研究论文	本文通过转录组分析识别了与幽门螺杆菌感染相关的胃癌诊断核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1	利用随机森林模型评估免疫相关诊断基因，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞浸润分析验证这些基因在幽门螺杆菌相关胃癌中的关键作用	研究主要依赖于公开的基因表达数据，缺乏大规模临床样本验证	识别幽门螺杆菌感染与胃癌之间的诊断基因和机制	幽门螺杆菌感染相关的胃癌	生物信息学	胃癌	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、随机森林模型、单细胞RNA测序	随机森林模型	基因表达数据	75个基因，15个免疫相关基因
3618	2025-01-23	Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis 2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.15494 PMID:39592394	研究论文	本研究利用10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组技术，识别了酒精性肝炎（AH）中的肝细胞群体及其相关的转录组和蛋白质组变化	首次使用空间转录组和蛋白质组技术全面分析酒精性肝炎中的细胞群体和分子变化，揭示了疾病相关的细胞可塑性和分子特征	样本量较小（AH患者n=2，非ALD对照组n=2），可能影响结果的普遍性	识别酒精性肝炎中的肝细胞群体及其分子变化，以发现新的治疗靶点	酒精性肝炎患者和非酒精性肝病对照者的肝组织	数字病理学	酒精性肝炎	10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组分析	NA	空间转录组和蛋白质组数据	4个样本（2个AH患者，2个非ALD对照）
3619	2025-01-22	Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses 2025-Feb, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031 PMID:39615604	研究论文	本研究探讨了COVID-19患者中中枢和外周kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	首次发现COVID-19患者中枢神经系统中kynurenine代谢物水平升高，并揭示了外周炎症通过单核细胞中IDO1的过表达激活kynurenine途径的机制	样本量相对较小，且仅针对瑞典患者进行研究，可能限制了结果的普遍性	研究COVID-19患者中kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照	生物医学	COVID-19	超高效液相色谱-串联质谱法（UPLC-MS/MS）和单细胞转录组学	NA	代谢物水平和基因表达数据	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照，以及130名COVID-19患者的单细胞转录组数据
3620	2025-01-22	Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms 2025-Jan-21, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453922 PMID:39836385	研究论文	本研究通过机器学习算法识别了与克罗恩病相关的昼夜节律生物标志物，并开发了诊断模型	首次将昼夜节律相关基因作为克罗恩病的诊断生物标志物，并利用机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受限于数据的质量和多样性	识别克罗恩病的昼夜节律相关生物标志物并开发诊断模型	克罗恩病患者和对照组的基因表达数据	机器学习	克罗恩病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	NA