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当前共找到 10570 篇文献,本页显示第 341 - 360 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
341 2026-09-19
Precision Medicine in Surgery: Immunomodulation and Cellular Regeneration Strategies for Immunologic and Surgical Diseases
2025-10-01, Annals of surgery IF:7.5Q1
研究论文 本文提出了一个方法学框架,利用体外和体内模型研究lacritin肽对β细胞增殖、胰岛活力和免疫调节的影响 将lacritin肽的免疫调节和再生功能与质谱流式、成像质谱流式和单细胞RNA测序等先进技术相结合,用于免疫学和外科疾病的精准医学研究 摘要中未明确说明研究的局限性 研究lacritin肽对β细胞增殖、胰岛活力和免疫调节的作用,推动免疫学和外科疾病的精准医学策略发展 胰腺胰岛、糖尿病小鼠模型、非肥胖糖尿病小鼠模型 精准医学 糖尿病、克罗恩病、心力衰竭、肺纤维化、慢性肾病、神经系统损伤 质谱流式、成像质谱流式、单细胞RNA测序 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序、质谱流式、成像质谱流式 NA NA
342 2026-09-19
Multiscale Hyperbolic Embedding for Cell Hierarchies in Large-Scale Bioinformatics Data
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文提出了一种名为MuH-MDS的多尺度双曲多维缩放算法,用于大规模生物信息学数据中细胞层次结构的可视化和分析。 提出MuH-MDS算法,利用物理学中的绝热近似优化局部位置并保持聚类中心固定,相比以往方法计算时间提高了10倍,能处理超过80,000个样本的大型数据集,并在伪时间推断和谱系分析上优于UMAP等方法。 摘要未明确提及局限性。 解决现有双曲嵌入方法固定曲率和难以扩展到大数据的限制,实现大规模数据中复杂层次结构的有效可视化和分析。 大规模生物信息学数据集,包括一个超过80,000个样本的胚胎发育单细胞RNA测序数据集。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 超过80,000个样本(胚胎发育scRNA-seq数据集) NA 单细胞RNA测序 NA NA
343 2026-09-19
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
研究论文 该文章提出了scTWAS,一个基于单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计框架,通过潜变量模型和矩估计方法解决单细胞数据的噪声、技术变异和高稀疏性问题。 首次提出针对单细胞数据的细胞类型特异性TWAS统计方法scTWAS,利用潜变量模型和矩估计克服单细胞数据的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战,在血液和脑组织中一致性地提高了遗传调控基因表达的预测精度。 摘要中未明确提及该方法的局限性 开发一种能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计方法,以发现与复杂性状和疾病相关的细胞类型特异性基因-性状关联 29种血液学性状、三种免疫相关疾病(在免疫细胞类型中)以及阿尔茨海默病(在疾病相关小胶质细胞、炎症性小胶质细胞和星形胶质细胞亚型中) 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 潜变量模型 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
344 2026-09-19
A single-cell transcriptomic atlas of inner ear morphogenesis in zebrafish
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序构建了斑马鱼内耳发育的转录组图谱,揭示了不同细胞状态及关键基因 首次对发育中的内耳进行全面的单细胞转录组分析,识别了半规管发生区的最早标志物、内耳囊中意外基因、感觉斑的平行基因集以及细胞周期暂停的保守作用 研究基于斑马鱼胚胎,结果可能不完全适用于其他物种;仅使用单细胞RNA测序,可能遗漏空间信息 解析内耳发育过程中各组分细胞状态如何建立 野生型斑马鱼胚胎及半规管和内耳囊形态发生缺陷的突变体 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 野生型和突变体斑马鱼胚胎(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
345 2026-09-19
Monocyte Subset Predicts Clinical Outcomes in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对纤维化过敏性肺炎患者外周血单核细胞进行单细胞RNA测序,发现单核细胞亚群可预测临床结局 首次在纤维化过敏性肺炎中利用单细胞RNA测序揭示外周血单核细胞亚群与临床结局的关联,并构建了基于单核细胞亚群的预测模型 样本量相对较小,且为单中心临床试验数据,需要在更大规模的多中心队列中验证 探究纤维化过敏性肺炎患者外周血免疫细胞类型与临床结局之间的关系 纤维化过敏性肺炎患者的外周血单核细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 Seurat v5, UMAP, DESeq2 单细胞转录组数据 40例纤维化过敏性肺炎患者和36例性别匹配的健康对照 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
346 2026-09-19
Low Dose GLP-1 Therapy Attenuates Pathological Cardiac and Hepatic Remodelling in HFpEF Independent of Weight Loss
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究在ZSF1肥胖大鼠HFpEF模型中,探讨低剂量司美格鲁肽在不依赖体重减轻的情况下对心脏和肝脏重构的保护作用 首次在临床相关的严重心脏代谢HFpEF啮齿动物模型中证明低剂量GLP-1RA治疗可在不依赖体重减轻的情况下提供显著的心脏保护、肝脏保护和代谢益处,并利用单细胞RNA测序和多组学方法揭示了其独立于减重的分子机制 样本量较小(每组n=6),仅使用雄性大鼠,未在雌性动物或人类中验证,研究周期为16周可能无法完全反映长期治疗效果 探究低剂量GLP-1受体激动剂在HFpEF中独立于体重减轻的心脏和肝脏保护作用及其潜在机制 10周龄雄性ZSF1肥胖大鼠(自发性HFpEF模型) 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 NA 图像, 文本 12只雄性ZSF1肥胖大鼠(司美格鲁肽组n=6,对照组n=6),每组6个样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
347 2026-09-19
Multi-omics integration at cell type resolution uncovers gene-metabolite mechanisms underlying osteoarthritis heterogeneity
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过整合119名骨关节炎患者的骨髓代谢组学数据与单细胞转录组学数据,在细胞类型分辨率下重建基因-代谢物关联网络,揭示骨关节炎异质性的分子机制 在细胞类型分辨率下整合代谢组学与单细胞转录组学数据,构建基因-代谢物关联网络,识别细胞类型特异性和泛细胞类型枢纽,并结合机器学习模型发现与每种代谢物最相关的细胞类型 样本仅来自骨关节炎患者的骨髓,未涉及其他组织或疾病阶段;代谢组学数据为 bulk 水平,虽与单细胞数据整合但代谢物本身未达到单细胞分辨率 揭示骨关节炎异质性背后的基因-代谢物机制,克服多组学数据高维度带来的挑战 119名骨关节炎患者的骨髓样本 多组学整合分析 骨关节炎 代谢组学,单细胞转录组学 机器学习模型 代谢组学数据,单细胞转录组数据 119名骨关节炎患者的骨髓样本 NA bulk 代谢组学,单细胞 RNA-seq NA NA
348 2026-09-19
The Integrated Stress Response Pathway Improves Aged Murine Muscle Stem Cell Activation and in vivo Regeneration
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文研究综合应激反应通路在衰老小鼠肌肉干细胞激活和体内再生中的作用 首次发现综合应激反应通路是肌肉干细胞状态转换的关键调节因子,通过药物激活可改善衰老肌肉干细胞功能 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证;药物激活的长期安全性和副作用未评估 探究衰老肌肉干细胞激活延迟的分子机制并寻找改善肌肉再生的治疗靶点 衰老小鼠肌肉干细胞和成年小鼠肌肉干细胞 单细胞组学 肌肉衰老 scRNA-Seq、Cell Painting、heteromotility NA 单细胞转录组数据、图像数据、表型数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
349 2026-09-19
Computational Drug Repurposing for Alzheimer's Disease via Sheaf Theoretic Population-Scale Analysis of snRNA-seq Data
2025-Sep-29, ArXiv
PMID:41256885
研究论文 本文提出一种序贯靶点-药物选择模型,利用群体规模snRNA-seq数据推断阿尔茨海默病靶点,并通过持续层拉普拉斯和机器学习进行药物重定位分析 首次将持续层拉普拉斯应用于群体规模snRNA-seq数据的蛋白质相互作用分析,并结合机器学习预测可重定位的DrugBank化合物,同时进行CNS相关ADMET筛选 摘要中未明确提及研究局限性 针对阿尔茨海默病进行药物重定位,基于群体规模snRNA-seq数据推断靶点并筛选潜在治疗化合物 阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞及阿尔茨海默病影响的脑血管组织图谱中的不同细胞类型,涉及多患者和多区域研究的数十万个细胞核 机器学习 阿尔茨海默病 snRNA-seq 机器学习模型 文本 数十万个细胞核,来自多患者和多区域研究 NA 单细胞核RNA测序 NA NA
350 2026-09-19
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本文开发了一种名为ScReNI的新算法,通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,在单细胞水平上推断基因调控网络 提出了一种能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据的新算法,利用最近邻算法建立邻近细胞,并通过改进的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系,首次实现了基于单细胞特异性网络识别细胞富集调控因子 摘要中未明确提及该方法的局限性 推断单细胞水平的基因调控网络,识别细胞富集调控因子,为多种生物过程的单细胞调控机制提供见解 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq 随机森林 基因表达数据,染色质可及性数据 NA NA single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq NA NA
351 2026-09-19
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究结合遗传条形码和单细胞RNA测序技术,追踪食管癌前病变细胞的谱系,揭示其高可塑性祖细胞样群体的起源和分化轨迹 首次将遗传条形码与单细胞RNA测序相结合用于追踪食管癌前病变细胞谱系,开发了新的评分系统来映射高可塑性细胞,并发现了定义前体细胞的分子标志物 摘要中未明确提及研究的局限性 解析食管癌前病变中前体细胞的动态变化,揭示早期肿瘤发生机制,为食管鳞状细胞癌的早期检测和治疗提供潜在生物标志物和靶点 食管癌前病变细胞 数字病理学 食管癌 遗传条形码,单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 图像,文本 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
352 2026-09-19
DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity
2025-08, Nature protocols IF:13.1Q1
研究方法论文 该论文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型,用于在体内进行高效、高克隆多样性的谱系追踪,并提供了详细的实验和计算分析协议 通过在特定基因组位点整合三个条形码阵列,并结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)来提高每个条形码阵列的编辑多样性,理论上可产生10^?种不同谱系条形码(原文为10 distinct lineage barcodes,可能为10^?,按原文直译),并在单细胞检测中实现超过70%细胞的条形码回收;此外,DARLIN可通过多西环素诱导在特定阶段产生稳定的谱系条形码 协议执行需要熟悉测序文库构建和Linux操作,且未提及在更广泛生物学问题中的应用验证 提供应用DARLIN系统进行体内谱系追踪的逐步协议,包括条形码诱导、诱导效率评估、批量与单细胞测序条形码分析及计算分析 小鼠模型(DARLIN小鼠) 单细胞组学、谱系追踪 NA CRISPR-Cas9基因编辑、末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)介导的条形码多样性生成、单细胞测序、批量测序 DARLIN小鼠模型 测序数据(批量与单细胞) NA NA 单细胞测序、批量测序 NA NA
353 2026-09-19
Statistical significance of clustering for count data
2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2
研究论文 提出SigClust-DEV方法评估计数数据中聚类的统计显著性,并在模拟数据和单细胞RNA测序及电子健康记录数据上验证其性能 针对计数数据设计了一种新的聚类显著性评估方法SigClust-DEV,克服了现有SigClust方法在处理非高斯高维离散数据时统计功效降低的问题 未明确说明方法在大规模超高通量数据上的计算效率及可扩展性 评估计数数据中聚类的统计显著性,避免因自然抽样变异产生虚假聚类 计数数据(包括模拟数据、Hydra单细胞RNA测序数据、癌症患者电子健康记录数据) 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 NA 计数数据、文本 Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者电子健康记录数据,具体样本量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
354 2026-09-19
FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity
2025-04, Journal of hepatology IF:26.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌中一群FABP5+脂质负载巨噬细胞通过摄取肿瘤来源的不饱和脂肪酸并经FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制功能,从而抑制T细胞抗肿瘤免疫 首次鉴定出肝细胞癌中FABP5+脂质负载肿瘤相关巨噬细胞亚群,并阐明肿瘤细胞释放的长链不饱和脂肪酸通过FABP5激活PPARγ从而赋予巨噬细胞免疫抑制特性的机制,提出靶向FABP5改善肿瘤免疫治疗疗效的新策略 摘要中未明确提及研究局限性 阐明脂质代谢增强肿瘤相关巨噬细胞促肿瘤效应的机制,特别是FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在调节抗肿瘤T细胞免疫和免疫治疗疗效中的作用 小鼠和人肝细胞癌肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
355 2026-09-19
Single-cell sequencing in diabetic retinopathy: progress and prospects
2025-01-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在糖尿病视网膜病变研究中的进展与应用前景 系统总结了单细胞测序在视网膜细胞图谱构建、糖尿病视网膜病变病理机制解析以及视网膜类器官和细胞外囊泡研究中的应用 作为综述文章,未提供原始实验数据,且未深入讨论单细胞测序技术的具体技术局限和标准化挑战 探讨单细胞测序技术在糖尿病视网膜病变研究中的应用与进展,以加深对该病发病机制的理解并推动新治疗策略的开发 糖尿病视网膜病变、正常视网膜、视网膜类器官、细胞外囊泡 机器学习 糖尿病视网膜病变 单细胞RNA测序、单细胞多组学测序、立体测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序、单细胞多组学测序、空间转录组学 NA NA
356 2026-09-19
Ferroptosis-related genes participate in the microglia-induced neuroinflammation of spinal cord injury via NF-κB signaling: evidence from integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis
2025-01-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究通过整合单细胞和空间转录组数据,揭示铁死亡相关基因通过NF-κB信号通路参与脊髓损伤中小胶质细胞诱导的神经炎症 发现了一个具有M1极化和铁死亡表型的新型小胶质细胞亚群,并揭示了NFKB1调控CYBB和HMOX1表达,建立了小胶质细胞铁死亡与神经炎症之间的联系 研究主要基于公共数据库的生物信息学分析,实验验证有限,且样本量相对较小,需要更大规模的临床样本验证 探究铁死亡和免疫反应在脊髓损伤中的分子和细胞机制,以及NT3-壳聚糖和LDH-NT3对神经元再生的潜在作用机制 脊髓损伤患者和小鼠模型的基因表达数据,包括微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组数据 数字病理学 脊髓损伤 微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组测序、ChIP-seq NA 基因表达数据、图像 GSE45006、GSE69334、GSE151371、GSE214349、GSE184369、GSE162610、GSE226286等多个数据集 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics NA NA
357 2026-09-19
Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveals the non-cardiomyocytes heterogeneity and novel cell populations in dilated cardiomyopathy
2025-01-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据,全面分析了扩张型心肌病(DCM)中非心肌细胞的异质性,并鉴定了参与DCM的关键细胞亚群 构建了DCM和正常心脏组织的单细胞转录组图谱,鉴定出9种不同细胞亚型,发现了M2样2巨噬细胞亚群在DCM中的重要作用以及GAS6-MERTK轴在细胞间通讯中的潜在作用 摘要中未明确提及研究局限性 揭示扩张型心肌病中非心肌细胞的异质性,鉴定参与DCM的细胞亚群,为DCM的治疗提供潜在靶点 扩张型心肌病患者和正常心脏组织样本中的非心肌细胞 数字病理学 心血管疾病 scRNA-seq, bulk RNA-seq 机器学习方法, xCell算法, EPIC算法, MCP counter算法, CIBERSORT方法 基因表达数据 7个DCM样本和3个正常心脏组织样本,共计70,958个单细胞数据 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
358 2026-09-19
Single-cell RNA sequencing highlights the unique tumor microenvironment of small cell neuroendocrine cervical carcinoma
2025-01-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究首次对宫颈小细胞神经内分泌癌进行单细胞测序,揭示了其独特的肿瘤微环境及组织特异性起源 全球首次对宫颈小细胞神经内分泌癌进行单细胞测序,发现转录因子TFF3驱动ELF3上调,并揭示该肿瘤与肺、小肠、肝脏神经内分泌癌在神经内分泌标志基因和基因调控网络方面存在差异,提示组织特异性起源 摘要中未明确提及研究局限性 解析宫颈小细胞神经内分泌癌的肿瘤微环境及基因表达调控网络,为放疗、化疗和靶向治疗提供指导 宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤样本 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序 NA 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
359 2026-09-19
Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning
2025-01-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究利用单细胞测序和机器学习技术,分析了肺纤维化患者的肺组织样本,揭示了参与纤维化过程的细胞表型和基因表达模式 结合单细胞测序与机器学习,发现了包括TMEM52B、PHACTR1和BLVRB在内的关键基因特征,并开发了具有更高精度和特异性的诊断模型,同时通过体外和体内实验验证了这些基因在抑制纤维化中的作用 摘要中未提及研究局限性 旨在提高肺纤维化的诊断准确性,并揭示潜在的治疗靶点 肺纤维化患者的肺组织样本及博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型 机器学习 肺纤维化 单细胞测序 机器学习模型 单细胞测序数据、基因表达数据 摘要中未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
360 2026-09-19
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of the evolutionary trajectory features of adipose-derived stem cells induced into astrocytes
2025-01, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2
研究论文 本研究联合应用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,对脂肪源性干细胞诱导分化为星形胶质细胞过程中的细胞进行多时间点测序,揭示其分化轨迹和染色质可及性变化 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术系统解析脂肪源性干细胞向星形胶质细胞诱导分化过程中的分化轨迹,发现ADSCs先分化为具有高可塑性的神经干细胞样细胞,再通过两条不同途径成熟为星形胶质细胞,并揭示染色质开放先于转录起始的现象 摘要中未明确提及研究局限性 探究脂肪源性干细胞诱导分化为星形胶质细胞的分化轨迹特征及分子机制 脂肪源性干细胞(ADSCs)及其诱导分化为星形胶质细胞过程中的细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq) NA 基因表达数据,染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
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