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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3561 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术(新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex)在ccRCC活检样本中的应用,比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式(FFPE、新鲜、冷冻)的单细胞RNA分析技术,特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型,且样本来源有限,可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能,为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)活检样本,包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本(具体数量未明确说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium(推测), 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex(snFlex) |
| 3562 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3563 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型,用于从空间转录组学数据中学习空间梯度,以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法,通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布,并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度,并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型(SLOPER) | 空间转录组学数据(二维组织切片中的基因表达) | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3564 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型,用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据,如miRNA-seq和空间转录组学数据,解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性,以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3565 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing of cerebrospinal fluid immune cells in relapsing-remitting multiple sclerosis: insights into cellular composition and immune dynamics
2025-Nov-19, Journal of neurology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00415-025-13505-2
PMID:41261231
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了复发缓解型多发性硬化症患者脑脊液中的免疫细胞,揭示了其细胞组成和免疫动态 | 首次在复发缓解型多发性硬化症中,通过单细胞RNA测序高分辨率解析脑脊液免疫细胞的转录组异质性、功能状态及细胞间相互作用网络 | 样本量相对较小,仅为探索性研究,需要更大队列的验证研究来确认结果 | 阐明复发缓解型多发性硬化症中脑脊液免疫细胞的异质性、转录调控及细胞间相互作用,以揭示疾病病理机制 | 复发缓解型多发性硬化症患者和匹配健康对照的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 23,247个脑脊液细胞(初始捕获),经质控后9,528个高质量细胞(12,200个健康对照细胞,11,047个RRMS细胞) | Singleron | 单细胞RNA-seq | GEXSCOPE™ kit | GEXSCOPE™单细胞RNA测序试剂盒 |
| 3566 | 2025-12-16 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.06.11.495771
PMID:41279317
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研究论文 | 本文提出了一种基于物理模型的方法,通过拟合随机转录动态到单细胞测序数据,以区分数据的生物和技术层面,并揭示潜在调控过程 | 利用单细胞RNA测序数据中的新生和成熟RNA计数,在生物物理转录模型下进行有意义的“整合”,从而识别平均基因表达变化无法检测的转录调控,并在共同框架内比较基因调控的机制假设 | 未明确提及具体局限性,可能依赖于现有数据集的质量和覆盖范围 | 开发一种模型驱动的方法,以利用单细胞测序数据的随机性、规模和多模态特性,区分生物和技术因素并揭示转录调控机制 | 单细胞RNA测序数据,特别是新生和成熟RNA计数 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生物物理转录模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3567 | 2025-12-16 |
IGF1-mediated mesenchymal-endothelial transition as a potential regulatory target in calcific aortic valve disease
2025-Nov-03, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04433-z
PMID:41184837
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研究论文 | 本研究首次证明了在钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)中,主动脉瓣间质细胞(VICs)具有向内皮细胞分化的能力,即间质-内皮转化(MEndT),并揭示了IGF1-PI3K-AKT-HIF通路在此过程中的调控作用 | 首次确认VICs在钙化条件下可向内皮细胞分化,发现MEndT现象在CAVD中存在,并鉴定IGF1-PI3K-AKT-HIF通路为关键调控机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,人类样本数量有限(16例),且MEndT在CAVD中的具体病理生理意义需进一步验证 | 探究CAVD中主动脉瓣间质细胞向内皮细胞分化的潜能及其分子机制 | 人类钙化主动脉瓣组织、猪正常主动脉瓣来源的VICs和VECs、Col1a2-CreERT: R26R-tdTomato转基因小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 钙化性主动脉瓣疾病 | 石蜡切片免疫荧光分析、转录组测序、Western blot、qPCR、体内Matrigel plug实验、体外管形成实验、单细胞测序数据分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质印迹数据、单细胞测序数据 | 16例CAVD患者钙化主动脉瓣组织、猪正常主动脉瓣、转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3568 | 2025-12-16 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
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研究论文 | 本研究构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱,用于探索轴向模式,并将体外模型投射到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有E8.5空间及E6.5-E9.5单细胞RNA-seq图谱,创建了包含超过15万个细胞、82种精细细胞类型注释的时空图谱,揭示了原条中胚层命运决定的空间逻辑 | 研究主要聚焦于特定胚胎发育阶段(E6.5-E9.5),可能未完全覆盖更早期或更晚期的发育事件 | 探索小鼠原肠胚形成和早期器官发生过程中的空间转录组动态和轴向模式 | 小鼠胚胎(E6.5-E9.5发育阶段) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 超过150,000个细胞 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3569 | 2025-12-16 |
Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma
2025-07, Annual review of neuroscience
IF:12.1Q1
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综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制,重点讨论了其分子亚群的细胞起源、可塑性、异质性以及相关的遗传和表观遗传改变 | 整合了最新的单细胞转录组学研究,提出了各分子亚群特异性遗传-表观遗传改变导致神经发育程序停滞并引发肿瘤的新观点,并强调了靶向特定致癌脆弱性的治疗进展 | NA | 探讨髓母细胞瘤的细胞起源、肿瘤发生机制以及相关治疗策略 | 髓母细胞瘤及其分子亚群 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3570 | 2025-12-16 |
A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.660479
PMID:40666853
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研究论文 | 本研究在尾索动物中揭示了一个由转录因子调控的、类似于体节形成对规则基因网络的转录回路,该回路通过协调细胞增殖与神经褶融合来调控神经管闭合过程 | 首次在原始脊椎动物(尾索动物)中发现了一个调控神经管闭合的、具有对规则基因样表达模式的转录网络,揭示了从早期神经模式化到形态发生执行的转录转换机制 | 研究主要基于尾索动物模型,其机制在高等脊椎动物中的保守性仍需进一步验证;单细胞RNA-seq数据仅提供了转录组层面的证据,功能验证有待加强 | 探究神经管闭合过程中协调细胞行为的转录调控程序 | 尾索动物(Ciona)胚胎的神经管闭合过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,高分辨率HCR原位杂交,错误表达研究 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3571 | 2025-12-16 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.10.02.508492
PMID:40667258
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析,绘制了健康和发育不良结肠细胞生态系统的详细空间图谱,揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元 | 创新点在于整合单细胞和空间转录组学技术,首次在结直肠癌中识别出具有特定细胞组成和功能互动的空间细胞邻域,并展示了这些特征在小鼠与人类之间的保守性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能无法完全捕捉人类结直肠癌的全部异质性,且空间分辨率受Slide-seq技术限制 | 研究目标是表征结直肠癌中细胞生态系统的空间组织和功能互动,以理解疾病进展机制 | 研究对象包括诱导性遗传结直肠癌小鼠模型和人类结直肠癌样本,涵盖健康和发育不良的结肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重RNA分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Slide-seq | Slide-seq空间转录组学技术 |
| 3572 | 2025-12-16 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学技术,分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺部,构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱,以揭示肺部发育和疾病中的分子空间关系 | 首次创建了涵盖发育和疾病严重程度的人类婴儿肺部空间转录组图谱,并提出了基于胎龄和寿命的简化分类方案,超越了传统的“疾病vs.对照”二元比较 | 样本量相对有限(17例),且主要关注急性新生儿肺损伤,可能无法完全代表其他肺部疾病或更广泛的发育阶段 | 阐明肺部器官发生过程中的细胞转变时序和调控机制,以及疾病如何破坏这些空间分子关系 | 人类婴儿肺部组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 成像空间转录组学 | 计算聚类方法 | 空间转录组数据 | 17个人类婴儿肺部样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3573 | 2025-12-16 |
Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment
2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011548
PMID:40389372
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研究论文 | 本研究探讨了脑肿瘤如何诱导引流淋巴结中的免疫调节性树突状细胞,并发现OX40激动剂治疗可靶向这些细胞 | 揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞的独特免疫调节功能,并首次将OX40信号通路与CCR7+OX40+树突状细胞的直接作用及对T细胞的间接影响联系起来 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;未详细探讨其他免疫细胞或信号通路在脑肿瘤免疫微环境中的潜在作用 | 研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其对治疗反应的影响 | 小鼠胶质瘤和淋巴瘤模型中的树突状细胞及T细胞 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序、体外和体内功能表征 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3574 | 2025-12-15 |
Immune cell uptake of glycinated nanoparticles conjugated to anti-fibrotic peptides enables their prolonged activity and oral administration
2025-Dec-12, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-025-01198-8
PMID:41382190
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研究论文 | 本研究开发了一种结合甘氨酸功能化可生物降解纳米颗粒与抗纤维化肽的递送平台,以实现肽类药物的口服给药和延长活性 | 首次将松弛素及其类似物与甘氨酸功能化的超顺磁性氧化铁纳米颗粒结合,通过口服给药实现抗纤维化疗效,并利用单细胞转录组学揭示了其被树突状细胞摄取的机制 | 研究仅在心肌病小鼠模型中进行,尚未在人体中验证;长期安全性和免疫原性未充分评估 | 开发一种口服给药的抗纤维化肽类药物递送系统,以替代传统的注射给药方式 | 心肌病小鼠模型、松弛素(RLX)及其类似物B7-33、甘氨酸功能化超顺磁性氧化铁纳米颗粒(SPIONs) | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3575 | 2025-12-15 |
SOX18 and SOX30 in NSCLC: The Epigenetic Landscape of Methylation, miRNA Regulation, and Network Crosstalk in Tumor Progression
2025-Dec-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311669
PMID:41373817
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研究论文 | 本研究探讨了SOX18和SOX30在非小细胞肺癌中的表观遗传调控、miRNA调节及其与血管生成和免疫调节通路的网络互作 | 首次在NSCLC中系统揭示了SOX18和SOX30的差异性表达模式及其表观遗传调控机制,并利用空间转录组学技术揭示了SOX18在肿瘤核心和侵袭边缘的富集定位及其与关键信号分子的共定位关系 | 研究主要基于组织样本和体外细胞模型,缺乏体内动物模型的验证;样本量虽达800例,但未涉及更广泛的NSCLC亚型或转移性样本 | 阐明SOX18和SOX30在非小细胞肺癌肿瘤进展中的表观遗传调控机制、miRNA调节作用及其与肿瘤微环境的相互作用 | 800例非小细胞肺癌标本(400例肺腺癌,400例鳞状细胞癌)、NSCLC细胞系及3D球状体培养模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组织化学、RT-qPCR、Western印迹、空间转录组学、液滴数字甲基化特异性PCR | NA | 图像、文本、空间转录组数据 | 800例NSCLC标本(400例腺癌,400例鳞癌) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3576 | 2025-12-15 |
Nicheformer: a foundation model for single-cell and spatial omics
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02814-z
PMID:41168487
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研究论文 | 本文介绍了Nicheformer,一个基于Transformer的基础模型,用于单细胞和空间组学分析,旨在捕获细胞的空间上下文信息 | Nicheformer是首个在人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据上训练的基础模型,能够学习捕获空间上下文的细胞表示,并支持空间组成和标签预测等下游任务 | 仅使用解离数据训练的模型无法恢复空间微环境的复杂性,强调了多尺度整合的必要性 | 开发一个基础模型以改善单细胞和空间组学数据的分析,特别是空间上下文的预测和整合 | 人类和小鼠的细胞,包括解离单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Transformer | 单细胞和空间转录组数据 | 超过5700万解离细胞和5300万空间解析细胞,涵盖73个组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3577 | 2025-12-15 |
Characteristics linking ischemia-reperfusion to chronic lung allograft dysfunction in lung transplantation: A single-cell bioinformatics analysis
2025-Dec, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2025.102326
PMID:41232781
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq数据集,揭示了肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 首次使用单细胞生物信息学方法系统描绘了IRI到CLAD过程中的细胞动态变化、代谢抑制、铜死亡激活及巨噬细胞向肌成纤维细胞转变等关键机制 | 研究结果需要进一步在动物模型和临床样本中进行验证 | 探究肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 肺移植相关的细胞群体,包括上皮细胞、Club细胞和髓系细胞 | 生物信息学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA-seq | Louvain聚类、UMAP可视化、Augur方法、CellChat、MEBOCOST、pySCENIC | 单细胞RNA-seq数据 | 整合自GSE220797和GSE224210数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3578 | 2025-12-15 |
Spatially resolved multi-omics of human metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2025-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02407-8
PMID:41286103
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学及代谢组学技术,绘制了人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)的空间多组学图谱 | 首次在人类MASLD中整合单细胞与空间转录组学及代谢组学数据,识别了MITF作为脂质相关巨噬细胞的关键调控因子,并揭示了其通过肝细胞生长因子分泌的肝保护作用 | 样本量相对有限(共61例),且主要基于观察性数据,需要进一步功能验证 | 探究人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)的分子机制和空间异质性 | 人类肝脏组织,包括对照组、代谢功能障碍相关脂肪肝(MASL)和代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)患者 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 代谢组学, 质谱成像 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间数据 | 61例人类肝脏样本(对照组10例, MASL 17例, MASH 34例) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 3579 | 2025-12-15 |
Presynaptic Changes in Mouse Rod Photoreceptors During Early Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.15.4
PMID:41324324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,探讨了P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠早期视杆细胞突触前分子变化 | 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术,揭示了视网膜色素变性早期视杆细胞突触SNARE复合体和囊泡蛋白的分子上调机制 | 研究仅使用1月龄小鼠模型,未涵盖疾病晚期阶段;样本量有限,且主要基于动物模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究视网膜色素变性早期视杆细胞突触可塑性的分子机制 | P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜组织 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 1月龄P23H/Gnat2-/- RP小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 3580 | 2025-12-15 |
Antiviral and immune modulatory activities of STING agonists in a mouse model of persistent hepatitis B virus infection
2025-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013709
PMID:41364734
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研究论文 | 本文研究了STING激动剂在持续HBV感染小鼠模型中的抗病毒和免疫调节活性 | 首次使用STING敲除和人类STING敲入小鼠模型,证明STING激动剂治疗以STING依赖性方式激活免疫反应并抑制HBV复制,为慢性乙型肝炎治疗提供了新策略 | 研究仅基于小鼠模型,人类应用效果未验证;样本量较小,HBs-Ab仅在1/4小鼠中检测到 | 评估STING激动剂作为免疫疗法治疗慢性乙型肝炎的潜力 | AAV-HBV转导的小鼠模型 | 免疫学 | 乙型肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 未明确指定,但涉及小鼠模型和单细胞RNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |