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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3401 | 2025-10-05 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前庭毛细胞动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征 | 首次发现前庭动纤毛同时具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征,并证实其具有自主运动能力 | 动纤毛的具体结构和功能机制仍需进一步研究 | 阐明前庭毛细胞动纤毛的分子特征和功能特性 | 前庭毛细胞和耳蜗毛细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫染色,活体成像 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 成年前庭和耳蜗毛细胞,斑马鱼和人类前庭毛细胞,牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3402 | 2025-10-05 |
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653262
PMID:40661452
|
研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示慢性髓系白血病微观和宏观状态的演化过程 | 建立理论框架解释离散疾病表型在单细胞尺度隐藏而在聚合宏观水平显现的机制 | NA | 探索单细胞与批量转录组学中癌症特异性信息内容,解析疾病定义状态如何从嘈杂单细胞数据中产生 | 慢性髓系白血病(CML)进展过程 | 单细胞组学 | 慢性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 状态转换理论 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3403 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
|
研究论文 | 通过时空分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制 | 首次整合单细胞核基因组学与空间转录组学技术,在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;样本量相对有限(36个大脑) | 阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞作用机制 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间转录组数据 | 36个小鼠大脑(超过500,000个细胞),12个脑切片 | NA | 单细胞核基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3404 | 2025-10-05 |
p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637463
PMID:39990386
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5过渡的机制 | 首次发现p63在釉质器官发育中借用皮肤发育的Krt8-to-Krt5过渡机制 | 研究仅基于小鼠切牙模型,早期p63敲除小鼠的发育停滞限制了更全面功能研究 | 探究p63在釉质器官细胞分化中的具体作用机制 | 小鼠切牙釉质器官上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 轨迹重建, 比较转录组分析, 染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 小鼠切牙样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3405 | 2025-10-05 |
3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639192
PMID:40060607
|
研究论文 | 利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织,揭示嗅觉通路的分子结构 | 首次使用3D空间转录组学技术绘制了嗅球的全面分子图谱,揭示了嗅球对称性组织的新原理 | 研究仅限于小鼠模型,未在其他物种中验证 | 研究脊椎动物大脑对称性组织的分子基础 | 小鼠嗅球组织 | 空间转录组学 | NA | 3D空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 近一千个分子特征不同的肾小球 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3406 | 2025-10-05 |
Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0332988
PMID:41004487
|
研究论文 | 通过多组学分析研究胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型 | 首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用,建立了基于PRG的新型预后特征,并通过单细胞RNA测序和体外实验验证关键基因COL8A1的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和预后价值 | 胃腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃腺癌 | 多组学分析,转录组学,基因组学,单细胞RNA测序,western blot,集落形成,CCK-8,Transwell实验 | 机器学习算法,无监督聚类 | 转录组数据,基因组数据,临床数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 3407 | 2025-10-05 |
Integration of Single-Cell RNA and Bulk RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Identifies Survival-Associated Regulatory Networks in Glioblastoma
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70025
PMID:40804738
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序揭示胶质母细胞瘤细胞异质性并识别与生存相关的调控网络 | 首次结合单细胞和bulk转录组数据识别生存相关细胞状态,发现超级增强子调控网络在胶质母细胞瘤中的关键作用 | NA | 识别胶质母细胞瘤预后生物标志物和治疗靶点 | 胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的细胞异质性 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | Scissor算法,WGCNA分析,CellChat分析 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3408 | 2025-10-05 |
Daytime SHP2 inhibitor dosing, when immune cell numbers are elevated, shrinks neurofibromas
2025-Dec, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503359
PMID:40992926
|
研究论文 | 本研究探讨SHP2抑制剂在特定给药时间下对神经纤维瘤体积及免疫微环境的影响 | 发现SHP2抑制剂仅在白昼给药时(髓系细胞浸润较少时段)能有效缩小肿瘤,并揭示其疗效依赖于靶向单核细胞来源的巨噬细胞 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未验证人体适用性 | 探究SHP2抑制剂对神经纤维瘤体积和免疫微环境的调控机制 | 神经纤维瘤小鼠模型及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 神经纤维瘤 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3409 | 2025-10-05 |
Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation
2025-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.20760
PMID:40439472
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了苔藓样移植物抗宿主病的干扰素特征,并证明IFNAR1抗体可预防皮肤炎症 | 首次通过单细胞分辨率揭示lGVHD的干扰素特征,并验证IFNAR1阻断的治疗潜力 | 人类样本量较小(n=3),小鼠模型需进一步验证 | 解析苔藓样GVHD的免疫机制并评估I型干扰素通路阻断的治疗效果 | 人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型 | 单细胞基因组学 | 移植物抗宿主病 | scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qPCR, 微阵列 | 小鼠GVHD模型 | 基因表达数据 | 人类样本:3例lGVHD+4例对照(scRNA-Seq),13例lGVHD+10例对照(qPCR);小鼠公开数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3410 | 2025-10-05 |
The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma
2025-Oct, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02712-5
PMID:40750676
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和数字空间分析仪探索多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗获得性耐药的骨髓免疫生态系统机制 | 首次揭示骨髓免疫生态系统通过IFN-γ激活MYC通路导致达雷妥尤单抗获得性耐药的新机制 | 样本量有限,主要基于配对样本分析,需要更大规模验证 | 探究多发性骨髓瘤对达雷妥尤单抗获得性耐药的免疫机制 | 多发性骨髓瘤患者治疗前后配对样本 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 数字空间分析 | 单细胞调控网络推断 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 配对样本分析,4个外部队列验证(GSE24080, GSE136337, GSE57317, coMMpass) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 数字空间分析仪 | NA |
| 3411 | 2025-10-05 |
SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury
2025-Oct-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627
PMID:40957318
|
研究论文 | 本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT信号通路加剧铁死亡诱导的脑损伤,从而恶化缺血性卒中 | 首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进铁死亡在缺血性卒中中的作用机制 | 研究主要基于细胞和动物模型,尚未在临床患者中验证 | 探究SPP1在缺血性卒中中铁死亡机制中的作用及潜在治疗靶点 | HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型 | 神经科学 | 缺血性卒中 | 单细胞测序, Western blot, 蛋白组学分析, 免疫荧光, 电子显微镜 | NA | 蛋白质表达数据, 细胞成像, 分子信号通路数据 | 细胞系和小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3412 | 2025-10-05 |
Computational Analysis of Exosome-Derived Signature in TNBC: Integrating Single-Cell and Bulk Transcriptomics for Prognosis Prediction
2025-Oct, Clinical and translational science
DOI:10.1111/cts.70368
PMID:40994257
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据,开发了三阴性乳腺癌外泌体衍生预后标志物 | 首次将外泌体相关基因与单细胞分析结合,构建了能够预测免疫治疗反应的新型预后标志物 | 需要进一步验证EDPS与外泌体生物学的直接关系 | 探索外泌体相关基因在三阴性乳腺癌预后预测中的作用 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 机器学习,单变量Cox回归 | 基因表达数据 | 10个TNBC样本的31,140个细胞,TCGA和METABRIC队列 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 3413 | 2025-10-05 |
Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf100
PMID:40581592
|
研究论文 | 本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据,揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式 | 首次系统描绘了水螅中视蛋白基因在细胞类型和分化状态间的表达谱,发现非神经元细胞中视蛋白表达的广泛存在 | 基于已发表的测序数据进行分析,缺乏实验验证 | 探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性 | 淡水水螅(Hydra vulgaris) | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 已发表单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 3414 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer
2025-Sep-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03452-9
PMID:40996626
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法识别结直肠癌中中性粒细胞相关的生物标志物基因 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因 | 结直肠癌患者的中性粒细胞和基因表达数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 免疫组化验证 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3415 | 2025-10-05 |
Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma
2025-Sep-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03556-2
PMID:40996677
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型 | 首次鉴定SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃避的关键驱动因素,并构建了基于九基因的预后模型 | 样本量相对较小(16例HCC患者),需要在更大队列中进一步验证 | 阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃避中的作用机制并开发预后预测工具 | 肝细胞癌患者组织样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 16例HCC患者(GSE149614),TCGA-LIHC队列,GSE109211验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3416 | 2025-10-05 |
Tabersonine inhibits inflammation and apoptosis through the JAK1/STAT3 signaling pathway to alleviate LPS-induced acute lung injury
2025-Sep-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17885-3
PMID:40998926
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研究论文 | 本研究探讨了塔博赛宁通过JAK1/STAT3信号通路抑制炎症和细胞凋亡,缓解LPS诱导的急性肺损伤的作用机制 | 首次通过网络药理学预测结合实验验证,发现塔博赛宁通过靶向JAK1/STAT3通路发挥治疗急性肺损伤的作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未进行临床验证 | 探究塔博赛宁治疗急性肺损伤的分子机制 | LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 网络药理学分析、单细胞转录组分析、分子对接、Western blot、流式细胞术、TUNEL染色 | 动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE225664单细胞转录组数据集 |
| 3417 | 2025-10-05 |
Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis
2025-Sep-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17078-y
PMID:40998960
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的早期单核细胞和血小板激活特征 | 首次在单细胞水平上揭示了脓毒症高风险阶段向临床脓毒症转变过程中单核细胞和血小板的早期转录组重编程特征,发现了一个核心基因集(S100A8, S100A9, IFITM2, IFITM3)在不同高危人群中持续上调 | 研究样本量相对有限,需要在更大规模的前瞻性队列中验证这些发现 | 阐明从脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞转录组变化特征 | 健康对照者、脓毒症高风险个体、临床脓毒症患者的外周血免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康对照、高风险个体和临床脓毒症患者的外周血样本,以及独立队列的极早产脓毒症婴儿和糖尿病老年患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3418 | 2025-10-05 |
Evaluation of cell type annotation reliability using a large language model-based identifier
2025-Sep-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08745-x
PMID:40998963
|
研究论文 | 开发了一种基于大语言模型的细胞类型注释可靠性评估工具LICT | 利用多模型集成和“人机对话”方法,提供客观的细胞类型注释可靠性评估框架 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3419 | 2025-10-05 |
MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data
2025-Sep-25, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11931-0
PMID:40999372
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研究论文 | 开发了一种从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法 | 首个专门从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性mtDNA缺失的计算流程,无需额外DNA测序数据 | 依赖单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度,可能受转录组噪音影响 | 开发检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法 | 线粒体DNA缺失变异 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,计算分析 | beta-二项分布模型 | 单细胞RNA测序数据 | 已发表的帕金森病单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 3420 | 2025-10-05 |
EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling
2025-Sep-25, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01538-1
PMID:40999499
|
研究论文 | 本研究揭示了EMB通过调控PI3K信号通路在肠道神经系统发育中的关键作用 | 首次发现EMB通过招募PP2A磷酸酶复合物至细胞膜促进PI3K-AKT通路激活,调控肠道神经嵴细胞发育的新机制 | EMB罕见变异与HSCR疾病的因果关系需要进一步验证 | 探究EMB在肠道神经系统发育中的功能机制 | 斑马鱼、小鼠模型及人类HSCR患者队列 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、基因敲除、迁移实验、类器官培养 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、表型数据、临床变异数据 | 斑马鱼和小鼠模型,以及HSCR患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |