单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-07-13	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics to identify the lactylation-related protein TUBB2A as a potential biomarker for glioblastoma in cancer cells by machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601533 PMID:40642071	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，结合机器学习方法，鉴定出与乳酰化相关的蛋白质TUBB2A作为胶质母细胞瘤的潜在生物标志物	创新性地展示了胶质母细胞瘤中乳酰化水平的显著升高，并验证了其作为独立预后因素的价值，同时建立了与乳酰化相关的预后基因模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究乳酰化在胶质母细胞瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	AUCell、UCell、IQR方法	RNA-seq数据、空间转录组数据	人类胶质母细胞瘤样本
322	2025-07-13	Enhancing fibroblast-epithelial cell communications: Serpine2 as a key molecule in Fusobacterium nucleatum-promoted colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563922 PMID:40642075	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）技术，揭示了Fusobacterium nucleatum（Fn）通过增强成纤维细胞-上皮细胞间通讯促进结肠癌进展的分子机制，并鉴定出Serpine2作为关键分子	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术系统解析Fn促结肠癌机制，发现Serpine2作为Fn介导的癌症转移新标志物	未阐明Serpine2下游具体作用通路，动物模型验证不足	揭示Fn促进结肠癌进展的分子机制	结肠癌组织样本、Fn细菌、成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	三种机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据、临床组织样本数据	临床组织样本及外部数据集（未提具体数量），体外共培养实验
323	2025-07-13	Amplification of select autonomous HERV loci and surrounding host gene transcription in monocytes from patients with post-acute sequelae of COVID-19 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621657 PMID:40642078	研究论文	研究COVID-19后急性后遗症患者单核细胞中选择性自主HERV位点及其周围宿主基因转录的扩增	开发了基于窗口的HERV比对方法（WHA），并首次在PASC患者单核细胞中鉴定出共扩增的HERV位点和邻近宿主基因转录本	样本量较小（12名PASC患者），且仅分析了单核细胞中的HERV表达模式	探索COVID-19后急性后遗症（PASC）患者单核细胞中HERV的激活模式及其与宿主基因转录的关系	COVID-19后急性后遗症患者、流感患者、登革热患者和败血症患者的单核细胞	基因组学	COVID-19后急性后遗症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于窗口的HERV比对方法（WHA）	NA	RNA测序数据	31名正常个体、12名PASC患者及多项研究中COVID-19、流感、登革热和败血症患者的数据
324	2025-07-13	Multi-omics analysis reveals the role of ribosome biogenesis in malignant clear cell renal cell carcinoma and the development of a machine learning-based prognostic model 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602898 PMID:40642093	研究论文	通过多组学分析揭示了核糖体生物发生在恶性透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发了一种基于机器学习的预后模型	首次整合了bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组测序数据，揭示了核糖体生物发生在ccRCC中的关键作用，并开发了一个基于118种机器学习算法组合的预后模型	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证，且模型的实际临床应用效果有待进一步评估	阐明核糖体生物发生在ccRCC发病机制和预后中的作用，并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)	数字病理学	肾癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, qRT-PCR	机器学习	RNA测序数据	内部和外部验证队列(具体数量未明确说明)
325	2025-07-12	Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach 2025-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2024.2445557 PMID:39727004	研究论文	通过共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3，揭示强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同致病机制	利用整合生物信息学方法识别ZSWIM6和CCL3L3作为强直性脊柱炎和系统性硬化症的潜在生物标志物，并探索其与特定免疫细胞类型的关联	研究主要基于RNA-seq数据，未进行实验验证	探索强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同炎症致病机制，以提供新的治疗见解	强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本	生物信息学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, GSEA	SVM	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	GSE73754和GSE19617数据集中的PBMCs样本，以及GSE194315数据集中的单细胞RNA测序数据
326	2025-07-12	Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109 PMID:40621740	研究论文	该研究探讨了成熟三级淋巴结构（TLSs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中对基于抗PD-1的化学免疫治疗反应的关联及其与HPV状态的关系	首次揭示了TLS成熟度与HPV状态及抗PD-1化学免疫治疗反应的相关性，并通过单细胞和空间转录组学分析了TLS的组成差异	研究主要基于TCGA-HNSC转录组数据和病理切片，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索TLSs在HNSCC中对化学免疫治疗反应的影响及其与HPV状态的关联	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多光谱免疫组化、流式细胞术、ELISA	NA	转录组数据、病理切片图像	TCGA-HNSC数据集中的样本及病理切片
327	2025-07-12	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-Sep-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	研究论文	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	开发了一个统一的数据库和交互式界面，整合了多种来源的单细胞扰动数据，提高了数据的可访问性和可比性	未提及具体的技术或数据分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
328	2025-07-12	Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes 2025-Sep, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873 PMID:40499345	研究论文	本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法RVEA-CAST，用于单细胞转录组数据的聚类分析	将单细胞转录组数据聚类问题转化为多目标优化问题，并设计了三个问题感知的变异算子来优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数	仅评估了十个真实的scRNA-seq数据集，可能在其他数据集上的泛化性有待验证	从多目标优化的角度解决单细胞转录组数据聚类这一具有挑战性的任务	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法）	基因表达数据	十个真实的scRNA-seq数据集
329	2025-07-12	Single-cell analysis reveals distinct immune characteristics of hepatocellular carcinoma in HBV-positive vs. HBV-negative cases 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2871 PMID:40636452	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较了HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌的免疫特征，揭示了HBV感染如何改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成和状态	首次在单细胞水平上揭示了HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌免疫特征的差异，特别是发现了SLC4A10 CD8 T细胞和IFITM3巨噬细胞比例的增加	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	阐明HBV感染如何改变肝细胞癌肿瘤微环境的免疫特征	HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
330	2025-07-12	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-Aug-15, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	该研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤患者的生存结果	首次探索了脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值，并识别出CCNA2作为潜在治疗靶点	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	研究脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的功能和预后意义	皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序	NMF、WGCNA、LASSO回归、Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的多个队列（包括GSE65904、GSE54467、GSE72056）
331	2025-07-12	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）新辅助免疫治疗中的作用及其与病理反应的关联	揭示了CAFs和T细胞在免疫治疗反应中的相互作用，以及甲硫氨酸循环作为T细胞分化和良好病理反应的预测因子	研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据集和局部队列，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索非小细胞肺癌患者对新辅助免疫治疗产生抵抗的潜在机制	非小细胞肺癌患者，特别是接受新辅助免疫治疗的III期患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部队列，以及四个公开的ICI转录组队列
332	2025-07-12	Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616 PMID:40305664	research paper	该研究揭示了淋巴瘤B细胞如何重塑骨髓基质细胞成为产生细胞外基质的癌症相关成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序鉴定了小鼠瘦素受体阳性骨髓基质细胞与恶性B细胞之间的双向交互作用，并揭示了其向人类ECM/TGFβ肌纤维母细胞样癌症相关成纤维细胞表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证仍需进一步研究	探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的动力学机制	滤泡性淋巴瘤患者的骨髓样本和淋巴瘤B细胞小鼠移植模型	肿瘤微环境研究	淋巴瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据	滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和小鼠模型
333	2025-07-12	Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.467 PMID:40640979	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究无菌小鼠免疫系统发育不全的机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析无菌小鼠骨髓和外周血的免疫细胞，揭示了微生物缺失与免疫缺陷之间的分子机制	研究仅局限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	阐明微生物群缺失导致免疫系统发育不全的分子机制	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓和外周血细胞	免疫学	免疫缺陷	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓和外周血样本
334	2025-07-12	ATF3 Deficiency Exacerbates Ageing-Induced Atherosclerosis and Clinical Intervention Strategy 2025-Jul-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502249 PMID:40641410	研究论文	本研究探讨了ATF3在血管平滑肌细胞衰老和动脉粥样硬化中的作用，并提出了潜在的临床干预策略	发现ATF3通过新型ATF3-ATG7扩增环路调控自噬，保护血管平滑肌细胞免受衰老影响，并重新利用特唑嗪(TZ)稳定ATF3作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化效果仍需进一步验证	识别血管平滑肌细胞衰老的调控因子并开发针对衰老相关动脉粥样硬化的临床干预措施	血管平滑肌细胞(VSMCs)和动脉粥样硬化	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、RNA/蛋白质相互作用分析、m6A表观转录组分析、高通量虚拟筛选	SMC特异性ATF3敲除小鼠模型	单细胞RNA测序数据、蛋白质相互作用数据、表观转录组数据	人类动脉粥样硬化颈动脉样本和小鼠模型
335	2025-07-12	Androgen Receptor Governs Tip Cell Formation in Cerebrovascular Malformations 2025-Jul-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326471 PMID:40641462	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了雄激素受体（AR）在脑血管畸形中调控尖端细胞形成的新机制	发现了雄激素非依赖性的AR介导的内皮细胞出芽模式，为血管生成疾病的干预提供了新靶点	研究样本量相对较小（13例脑血管畸形样本和13例对照样本），且主要基于小鼠模型	探究脑血管畸形中异常血管稳态的调控机制	人类脑血管畸形样本（脑海绵状血管畸形和脑动静脉畸形）和基因修饰小鼠模型	血管生物学	脑血管畸形	单细胞转录组分析，基因敲除小鼠模型，药物干预实验	内皮特异性Pdcd10敲除小鼠和KrasG12D突变小鼠	单细胞RNA测序数据	26例（13例脑血管畸形样本和13例对照脑样本）
336	2025-07-12	Profiling the spatial architecture of multiple myeloma in human bone marrow trephine biopsy specimens with spatial transcriptomics 2025-Jul-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025028896 PMID:40643106	研究论文	利用空间转录组学技术解析多发性骨髓瘤在人类骨髓活检标本中的空间结构	首次使用亚细胞空间转录组学技术对多发性骨髓瘤骨髓微环境中的基因表达进行高分辨率分析，揭示了恶性浆细胞亚群的空间分布及其与微环境的异质性关系	样本量相对较小（21例），且仅分析了新诊断的多发性骨髓瘤和癌前病变病例	探究多发性骨髓瘤骨髓微环境的细胞和分子特征	人类骨髓活检标本（包括健康、癌前病变和活动性骨髓瘤样本）	数字病理学	多发性骨髓瘤	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	21例骨髓活检标本（7例癌前病变，10例新诊断多发性骨髓瘤，4例健康对照）
337	2025-07-12	Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Jul-11, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0808 PMID:40643435	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌(NSCLC)中放射抗性的分子机制，重点关注HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路及其在自噬依赖性铁死亡调控中的作用	揭示了HNRNPA2B1/HDGF/PTN通路通过影响自噬依赖性铁死亡促进放射抗性的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索克服非小细胞肺癌放射抗性的潜在治疗靶点	非小细胞肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	肺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、生化染色、RT-qPCR、Western blot、MeRIP-qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	放射抗性和放射敏感性肺癌细胞系及小鼠肿瘤模型
338	2025-07-12	Integration of scRNA-seq and bulk tissue RNA-seq data to identify cancer-associated fibroblast-related gene RGMA as a potential treatment target for esophageal cancer 2025-Jul-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01660-8 PMID:40643758	研究论文	该研究通过整合scRNA-seq和批量组织RNA-seq数据，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的基因RGMA，作为食管癌的潜在治疗靶点	首次发现RGMA在食管癌中的肿瘤抑制作用，并揭示其通过调节Akt信号通路和肿瘤促进趋化因子表达影响CAFs的转化	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	寻找食管癌中CAFs相关的治疗靶点	食管癌组织和细胞系	癌症研究	食管癌	scRNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, western blot	NA	基因表达数据	TCGA-ESCA队列和GSE196756数据集
339	2025-07-12	Human neuron subtype programming via single-cell transcriptome-coupled patterning screens 2025-Jul-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn6121 PMID:40638726	研究论文	通过单细胞转录组耦合模式筛选，探索人类神经元亚型编程的多样性	结合转录因子过表达和发育信号通路调控，扩展了体外可编程神经元亚型的多样性	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内神经元的复杂性	探索人类多能干细胞生成的神经元亚型多样性及其编程策略	人类多能干细胞衍生的神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	700,000个细胞
340	2025-07-12	Modulation of infiltrating CD206-positive macrophages restricts progression of pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM) 2025-Jul-10, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00084-2025 PMID:40639874	研究论文	该研究探讨了肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中CD206阳性巨噬细胞的调控及其对疾病进展的限制作用	首次揭示了LAM细胞通过招募和极化巨噬细胞为M2表型促进疾病进展，并验证了靶向M2巨噬细胞的治疗潜力	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索LAM疾病进展的新治疗靶点和策略	肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者样本和TSC2缺陷型肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肺淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光染色	小鼠皮下肿瘤模型	转录组数据、图像数据	人类肺LAM标本和TSC2缺陷型小鼠模型