单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10550 篇文献，本页显示第 3321 - 3340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3321 | 2025-10-05 |
Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics
2025-Feb-11, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04185-w
PMID:39934849
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定人内脏和皮下组织中真皮成纤维细胞与脂肪来源间充质基质细胞的区分标志物 | 首次使用单细胞RNA测序技术在同一供体的不同组织中系统比较AD-MSCs和成纤维细胞的转录组差异 | 样本来源相对有限，所有组织样本来自同一批供体 | 鉴定能够区分脂肪来源间充质基质细胞和成纤维细胞的分子标志物 | 人皮下和内脏脂肪组织中的AD-MSCs以及皮肤成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, qPCR数据 | 来自同一供体的皮下脂肪组织、内脏脂肪组织和皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3322 | 2025-10-05 |
Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine
2025-Jan-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881
PMID:39730001
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研究论文 | 本研究探讨帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗增强胰腺导管腺癌化疗效果的分子机制 | 首次揭示帕立骨化醇和羟氯喹联合吉西他滨通过调节自噬和ER应激通路增强胰腺癌化疗敏感性的机制 | 研究样本量有限，需要更大规模的临床试验验证 | 阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗增强胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗敏感性的分子机制 | 胰腺导管腺癌细胞、原位小鼠模型、患者来源异种移植模型和临床试验患者样本 | 肿瘤学研究 | 胰腺癌 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、细胞表型数据 | 体外细胞模型、动物模型和临床试验配对活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3323 | 2025-10-05 |
Function value of basement membrane-related genes in odontogenic keratocyst by bioinformatics analysis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1658125
PMID:41018070
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研究论文 | 通过生物信息学分析基底膜相关基因在牙源性角化囊肿中的功能价值 | 首次通过单细胞RNA测序定位SPARC基因在牙源性角化囊肿基质成纤维细胞中的特异性高表达，并揭示其与免疫微环境的相互作用 | 样本量较小（12例OKC和4例正常对照），需要更大规模研究验证 | 探讨基底膜相关基因在牙源性角化囊肿发病机制中的作用 | 牙源性角化囊肿组织和正常口腔黏膜组织 | 生物信息学 | 牙源性角化囊肿 | 转录组测序，单细胞RNA测序，免疫组织化学，免疫荧光 | 生物信息学分析 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 12例非综合征性牙源性角化囊肿和4例正常口腔黏膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3324 | 2025-10-05 |
GADD45G as a novel prognostic biomarker and therapeutic target in glioma: integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1608710
PMID:41018072
|
研究论文 | 本研究通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据，探讨GADD45G在胶质瘤中的预后价值及其作为治疗靶点的潜力 | 首次系统性地整合多组学数据揭示GADD45G在胶质瘤中的预后价值，并通过单细胞分辨率分析其在胶质母细胞瘤细胞亚群中的表达模式 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证GADD45G的具体作用机制 | 探索GADD45G在胶质瘤中的预后意义和治疗潜力 | 胶质瘤患者样本和胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blot | Cox回归模型, Kaplan-Meier生存分析, Spearman相关分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 来自TCGA、TARGET、GTEx、CGGA和GEO等多个数据库的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3325 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA profiling of colorectal granular-type laterally spreading tumor uncovers progression trajectory toward carcinoma and transcriptional signatures favoring lateral morphogenesis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1552841
PMID:41018078
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的转录特征及其向癌变的进展轨迹 | 首次在单细胞水平揭示LST-Gs的化生分化特征及其与肿瘤进展的关联，发现Arp2/3复合物在高度分化细胞中的显著上调 | 样本量有限，研究主要关注转录组层面，缺乏功能性验证实验 | 阐明结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的形态发生机制和向癌发展的进化轨迹 | 结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤、突起型腺瘤和正常黏膜组织 | 单细胞测序 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3326 | 2025-10-05 |
Predicting the prognosis of hepatocellular carcinoma based on genes related to polyamine metabolism
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19985
PMID:41018906
|
研究论文 | 基于多胺代谢相关基因构建肝细胞癌预后预测模型 | 首次基于多胺代谢相关基因对肝细胞癌进行分子分型并构建预后预测模型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肝细胞癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者和HuH-7细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, CCK8实验, 伤口愈合实验, Transwell实验 | Cox回归, Lasso回归, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 公共数据库中的肝细胞癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3327 | 2025-10-05 |
Characterization of cancer-related fibroblasts in bladder cancer and construction of CAFs-based bladder cancer classification: insights from single-cell and multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1580986
PMID:41019085
|
研究论文 | 通过单细胞和多组学分析表征膀胱癌中癌症相关成纤维细胞并构建基于CAFs的膀胱癌分类 | 首次系统鉴定膀胱癌中10个不同的CAF亚群，并建立基于pCAFs的膀胱癌分子分型系统 | 样本量有限，需要进一步实验验证各亚型的临床适用性 | 探索膀胱癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | 膀胱癌组织和其中的癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3328 | 2025-10-05 |
PLK2 as a key regulator of glycolysis and immune dysregulation in polycystic ovary syndrome
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1610713
PMID:41019094
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，发现PLK2是多囊卵巢综合征中糖酵解和免疫失调的关键调控因子 | 首次将PLK2确立为PCOS中内皮细胞糖酵解的核心调控基因，并揭示其通过NF-κB和IL-17信号通路促进慢性炎症和卵巢纤维化的机制 | 研究主要基于动物模型和生物信息学分析，需要进一步临床验证 | 阐明多囊卵巢综合征中卵巢基质细胞糖酵解失调的分子机制 | 多囊卵巢综合征患者和DHEA诱导的PCOS大鼠模型 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫浸润分析, 功能富集分析 | Seurat, CellChat, CIBERSORT, ESTIMATE, ssGSEA | 基因表达数据 | 三个独立的批量RNA-seq数据集和DHEA诱导的PCOS大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3329 | 2025-10-05 |
A splicing-based multitissue association study of joint transcriptomes identified susceptibility genes for osteoarthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1590008
PMID:41019096
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研究论文 | 通过跨组织和单组织转录组关联分析结合单细胞测序技术，鉴定骨关节炎易感基因LTBP1及其在软骨细胞分化中的调控作用 | 首次整合跨组织/单组织TWAS分析与单细胞测序数据，系统揭示LTBP1基因通过TGF-β和Notch信号通路参与骨关节炎发病的新机制 | 未明确说明样本规模及具体测序平台技术细节 | 鉴定骨关节炎的易感基因并阐明其功能机制 | 骨关节炎相关遗传位点及LTBP1基因 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞测序, 转录组关联分析(TWAS), 全基因组关联研究(GWAS) | UTMOST, FUSION, MAGMA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3330 | 2025-10-05 |
Spatial and single-cell transcriptomics capture two distinct cell states in soybean defense response to Phakopsora pachyrhizi infection
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1637176
PMID:41019740
|
研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组技术揭示大豆对亚洲大豆锈病病原体感染的两种不同细胞状态及其空间分布模式 | 首次结合空间转录组和单核转录组技术揭示植物免疫反应的空间协调性，发现感染区域与周边区域存在不同的防御反应状态 | 仅针对大豆-Phakopsora pachyrhizi互作系统，其他植物-病原体系统的普适性有待验证 | 解析植物对病原体感染的空间防御反应机制 | 大豆植株及其对Phakopsora pachyrhizi病原体感染的响应 | 植物生物学 | 植物病害 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 基因共表达网络分析 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3331 | 2025-10-05 |
Dissecting and validation the biomarker of heart failure progression in patients with atherosclerosis by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1587274
PMID:41019764
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习方法鉴定动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，结合三种机器学习算法鉴定CD48作为AS向HF进展的潜在生物标志物 | 研究基于公共数据库数据，需要实验验证；样本来源和数量有限 | 识别动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物及潜在机制 | 动脉粥样硬化患者向心力衰竭进展的转录组数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 机器学习 | LASSO, Random Forest, SVM-RFE | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE28829, GSE57345等)，包含2828个心脏相关基因 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 人类细胞图谱(HCL)平台 |
| 3332 | 2025-10-06 |
Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization
2025-Oct, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105542
PMID:40652768
|
综述 | 本文综述了鸡生长性状的遗传调控机制，整合多组学方法和新兴基因工具以优化生长性能 | 强调单细胞RNA测序在解析生长相关组织细胞异质性中的应用，结合CRISPR/Cas9基因组编辑技术开辟精准育种新途径 | 现有遗传变异发现对可持续高效家禽生产的应用仍有限制 | 阐明鸡生长性状的遗传调控网络，推动精准育种策略开发 | 鸡的生长性状（体重和生长）及其遗传调控机制 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因组编辑, 多组学分析（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 基因组测序 | NA | NA |
| 3333 | 2025-10-06 |
YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas
2025-Sep-30, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf227
PMID:41025501
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研究论文 | 本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤免疫逃避中的关键作用，并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次发现CHK2-YBX1&YBX3形成相互正调控枢纽，并证明靶向该枢纽可解除胶质瘤的免疫抑制状态 | 研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究胶质瘤内在的免疫逃避机制并开发新的免疫治疗策略 | 人和小鼠胶质瘤细胞系及临床胶质瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫沉淀-质谱联用, 磷酸化蛋白质组学, 批量RNA测序, ChIP-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基因敲除模型 | 蛋白质组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, ChIP-seq | NA | NA |
| 3334 | 2025-10-06 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Sep-29, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011875
PMID:41021609
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体基因表达模式 | 首次在三刺棘鱼中发现缺乏减数分裂性染色体失活现象，挑战了该过程在硬骨鱼类中的保守性假设 | 研究仅针对单一物种，需要更多硬骨鱼类研究验证结论的普适性 | 探究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体失活现象的存在与否 | 三刺棘鱼(Gasterosteus aculeatus)的性染色体(X和Y染色体) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，免疫荧光 | NA | 基因表达数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3335 | 2025-10-06 |
Scproca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation
2025-Sep-29, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771
PMID:41021958
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研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组学和蛋白质组学数据整合与插补的深度生成模型 | 通过交叉注意力机制整合细胞间关系，处理异质性输入数据，在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性 | NA | 开发能够整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和蛋白质组学共分析数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | 深度生成模型, 交叉注意力机制 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | NA | NA |
| 3336 | 2025-10-06 |
Hypothesis-generating evaluation of multi-armoured oncolytic HSV-1 (VG161) in intrahepatic cholangiocarcinoma: pooled insights from multicentre studies
2025-Sep-29, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335904
PMID:41022576
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研究论文 | 评估多效溶瘤病毒VG161在肝内胆管癌中的安全性和疗效，并探索其免疫机制 | 首次报道表达IL-12、IL-15和PD-L1拮抗剂的多效溶瘤HSV-1病毒VG161在ICC中的临床数据，通过多组学分析揭示免疫微环境重塑机制 | 样本量较小（24例患者），需要更大规模试验验证结果 | 探索VG161溶瘤病毒在晚期肝内胆管癌患者中的安全性、疗效和免疫机制 | 晚期肝内胆管癌患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学分析 | NA | 临床数据、肿瘤活检样本、转录组数据 | 24例晚期ICC患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3337 | 2025-10-06 |
Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising
2025-Sep-29, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00765-9
PMID:41023370
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据多任务分析的可解释框架scIMTA，解决拓扑结构保持和dropout事件处理问题 | 实现稀疏高噪声基因表达数据的协作多任务分析，通过生物学基础增强可解释性，在保持数据完整性的同时稳健处理dropout事件 | NA | 开发单细胞转录组数据的多任务分析方法，解决数据稀疏性和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多任务分析框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3338 | 2025-10-06 |
Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63339-9
PMID:41006203
|
研究论文 | 本研究开发了NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出34种不同细胞状态并建立临床相关生物学分类 | 首次建立NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出3种不同的免疫微环境生态型及其临床预后意义 | NLPHL为罕见癌症，样本量相对有限（总171例） | 深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和罕见淋巴细胞优势细胞 | 171例NLPHL患者样本中的淋巴细胞优势细胞和免疫微环境细胞 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 空间转录组学 | LPE生态型模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 训练队列109例（65% LPE1/2），验证队列62例（61% LPE1/2），总计171例NLPHL样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3339 | 2025-10-06 |
Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63371-9
PMID:41006208
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研究论文 | 本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系，发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累 | 首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示MS病变中衰老样胶质细胞的空间分布特征，并利用患者来源的类器官模型验证小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性 | 样本数量有限，类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关联及其对疾病进展的影响 | 多发性硬化症患者脑组织样本和hiPSC来源的神经类器官 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组分析、空间转录组学、hiPSC衍生神经类器官、3T MRI | NA | 转录组数据、影像数据 | 466名患者脑组织样本及hiPSC衍生神经类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 3340 | 2025-10-06 |
Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63414-1
PMID:41006245
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研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像空间转录组学平台的性能 | 首次系统评估商业空间转录组学平台在肿瘤样本中的表现，并揭示探针设计等参数对数据质量的重要性 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本，样本类型相对有限 | 评估不同空间转录组学平台在肿瘤生物学研究中的性能差异 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤的福尔马林固定石蜡包埋手术切除样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学（CosMx、MERFISH、Xenium）、批量RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | 使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 空间转录组学，单细胞分辨率成像 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单模态和多模态Xenium平台 |