单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3261	2025-02-26	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Feb-25, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	研究论文	本文介绍了一种名为SenSkin™的人类皮肤特异性细胞衰老基因集，通过文献综述和通路分析进行构建，并在时序衰老和光老化数据集中进行了验证	SenSkin™是针对皮肤特异性细胞衰老的基因集，相较于非组织特异性基因集，能更有效地检测皮肤中的衰老细胞	研究主要基于RNA-seq数据，未涉及其他类型的数据验证	开发并验证一种针对人类皮肤特异性细胞衰老的基因集，以提高检测皮肤衰老细胞的敏感性和特异性	人类皮肤细胞	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个RNA-seq数据集（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）
3262	2025-02-26	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	研究论文	本文研究了与肺纤维化发病和进展相关的细胞相互作用，通过单细胞RNA测序技术构建了年轻和老年Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型的肺细胞图谱	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量较少，可能限制了结果的普适性	探究肺纤维化的发病机制及进展过程中的细胞相互作用	Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织
3263	2025-02-26	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-Feb-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫系统重建机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系细胞，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现HSC亚群的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型	理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群体	难治性克罗恩病（CD）患者	免疫学	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq	小鼠异种移植模型	血液和肠道样本	19名难治性克罗恩病患者
3264	2025-02-26	Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies 2025-Feb-07, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae605 PMID:39688896	综述	本文综述了根发育研究中的技术进展，特别是单细胞基因表达分析的变革性影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的应用，使得根生物学研究能够进行详细的细胞特异性基因表达分析，创建全面的根图谱，预测细胞发育，并以前所未有的精度绘制基因调控网络（GRNs）	NA	增强对根发育的理解，以促进植物生长和健康	根发育	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多模态分析、生物信息学、CRISPR、生物传感器、微流控设备	NA	基因表达数据	NA
3265	2025-02-26	Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8 PMID:39240520	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架	利用单细胞RNA测序技术增强了对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解，并提供了小鼠视网膜细胞制备的实验框架	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜再生	评估和促进视网膜再生，以治疗视网膜退行性疾病	小鼠视网膜细胞	生物信息学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
3266	2025-02-26	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	本文首次对宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）进行了单细胞转录组测序，揭示了其细胞和分子景观，并筛选了临床预后的关键基因	首次对SCNECC进行单细胞转录组测序，揭示了其分子特征、起源和发病机制，并筛选了关键基因	样本量较小，仅包括一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本	研究SCNECC的分子特征、起源和发病机制，为治疗提供新见解	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞转录组数据	一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本
3267	2025-02-26	Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3547543 PMID:39990773	研究论文	本研究旨在开发一个与乳酸化相关的基因特征（LRG）用于肝细胞癌（HCC），并通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析验证其预后价值	首次开发了一个基于乳酸化相关基因的HCC预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	开发并验证一个乳酸化相关基因特征用于HCC的预后评估和治疗靶点识别	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型、Riskscore模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肿瘤和正常组织的对比分析
3268	2025-02-26	Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105066 PMID:39991573	研究论文	本研究通过整合转录组学和蛋白质组学数据，分析了膀胱癌的预后基因，并建立了预后模型，旨在为膀胱癌治疗提供新的见解	整合多组学数据和机器学习方法，识别出膀胱癌的预后标志物和治疗靶点，构建了风险模型和列线图模型	样本量较小，仅使用了6个肿瘤组织和6个癌旁组织样本	分析膀胱癌的预后基因，建立预后模型，为膀胱癌治疗提供新的见解	膀胱癌肿瘤组织和癌旁组织	机器学习	膀胱癌	转录组学、蛋白质组学、蛋白质乙酰化测序、单细胞RNA测序	Cox回归分析、LASSO Cox回归	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	6个膀胱癌肿瘤组织和6个癌旁组织样本，以及TCGA-BLCA和GSE13507数据集
3269	2025-02-26	Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103656 PMID:39991571	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制	首次利用单细胞测序技术全面解析了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并鉴定了11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因	样本量较小，仅包含8名患者的肿瘤组织样本，可能限制了结果的普适性	研究肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并开发预测和治疗靶点	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞测序，定量聚合酶链反应（qPCR）	NA	单细胞测序数据	8名肺腺癌患者的肿瘤组织样本，共分析了58,810个单细胞
3270	2025-02-25	Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex 2025-Apr, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24645 PMID:39610085	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能	首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应	研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段	探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性	成年大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
3271	2025-02-25	Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma 2025-Feb-24, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991 PMID:39992403	研究论文	本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用	首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点	研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性	探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点	102例肾细胞癌患者的生物样本	肿瘤免疫学	肾细胞癌	转录组分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	102例肾细胞癌患者
3272	2025-02-25	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-Feb-24, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	本文研究了肿瘤内微生物群对胃癌（GC）恶性进展过程中肿瘤免疫微环境（TIME）的影响，特别是Fusobacterium nucleatum（F. nucleatum）的作用	揭示了F. nucleatum通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TANs）重塑肿瘤免疫微环境，并激活IL-17/NF-κB/RelB信号通路，促进GC免疫逃逸的机制	研究主要基于小鼠模型和人类GC组织样本，尚未在更大规模的人类临床试验中验证	探讨肿瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，以改进治疗方法	胃癌组织和Fusobacterium nucleatum感染的小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据，组织样本	人类GC组织样本和小鼠模型
3273	2025-02-25	Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation† 2025-Feb-23, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf036 PMID:39987557	研究论文	本文通过单细胞多组学分析，研究了牛胎盘中的基因调控网络，特别是滋养层细胞分化过程中的分子机制	首次在牛胎盘中使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化中的转录因子结合位点和候选基因调控网络	研究仅针对牛胎盘，结果可能不直接适用于其他物种	研究牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以理解牛妊娠失败的机制	牛胎盘中的细胞群体，包括滋养层细胞、间充质细胞、内皮细胞、免疫细胞和上皮细胞	单细胞组学	妊娠失败	10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）	NA	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	发育中（第40天）和成熟（第170天）的牛胎盘样本
3274	2025-02-25	Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637729 PMID:39990481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响	揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体	研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC	探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响	人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点
3275	2025-02-25	Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637521 PMID:39990382	研究论文	本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用	揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型	研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证	探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用	刺鼠的耳部组织	细胞生物学	NA	免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	刺鼠耳部组织样本
3276	2025-02-25	CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation 2025-Feb-11, ArXiv PMID:39990788	研究论文	本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据	CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制	现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60%	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能	基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	Causal Attention Transformer	基因表达数据	10个组织数据集
3277	2025-02-25	Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.15.580581 PMID:38559016	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子（TR）表达最协调的基因伙伴，构建单细胞共表达网络，并评估跨物种和细胞类型的TR共表达模式的一致性	通过整合120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种和细胞类型的TR共表达网络，并结合ChIP-seq数据识别跨方法和物种支持的候选调控相互作用	研究主要关注跨细胞类型的可重复性，可能忽略了特定生物背景下的信号	识别跨物种和细胞类型的转录调控因子共表达模式，并评估其一致性	人类和小鼠的转录调控因子（TR）及其共表达基因伙伴	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞）
3278	2025-02-25	Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635146 PMID:39975258	研究论文	本文研究了危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下	研究发现CD4 T细胞在危重病中表现出增加的亚群特异性代谢可塑性，特别是调节性T细胞（Tregs）获得糖酵解能力，稳定了抑制性标志物FOXP3和TIGIT，并与临床疾病严重程度相关	研究中未明确这些代谢和免疫功能障碍是否在所有危重病患者中普遍存在，且样本量可能有限	探讨危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下	危重病患者的CD4 T细胞，包括有和无败血症的患者，以及健康成年人	免疫学	败血症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	危重病患者和健康成年人的CD4 T细胞样本
3279	2025-02-25	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635092 PMID:39974918	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统地研究了与J型储袋失败相关的分子机制	研究为回顾性病例对照研究，可能存在选择偏倚，且样本量有限	探讨炎症性肠病患者J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制	接受IPAA手术的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学	NA	组织样本和转录组数据	417名患者
3280	2025-02-25	Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635096 PMID:39974955	研究论文	本文研究了香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮（RPE）细胞的退化异质性，并加速老化过程	研究发现香烟烟雾通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，这种变化与老化不同，并且老化使RPE对香烟烟雾的损害更加敏感	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，并加速老化过程	年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物医学	老年性黄斑变性（AMD）	snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织