单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10780 篇文献，本页显示第 3241 - 3260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3241 | 2025-11-06 |
Neoadjuvant Immunotherapy Promotes the Formation of Mature Tertiary Lymphoid Structures in a Remodeled Pancreatic Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387
PMID:40815230
|
研究论文 | 本研究通过构建胰腺导管腺癌的空间多组学图谱，揭示了新辅助免疫治疗促进成熟三级淋巴结构形成及其在肿瘤微环境重塑中的作用 | 首次报道了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成的空间特征，并发现了与患者生存改善相关的TLS特异性空间基因表达特征 | 研究样本量有限，且主要关注特定免疫治疗方案下的反应机制 | 探究三级淋巴结构在胰腺导管腺癌免疫治疗中的作用及其空间分布特征 | 接受新辅助免疫治疗联合治疗的胰腺导管腺癌患者肿瘤组织及肿瘤邻近淋巴结 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学,无监督基因表达矩阵分解 | 机器学习分类模型,无监督学习 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,成像质谱流式 | NA | NA |
| 3242 | 2025-11-06 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-data set cell type annotation with CAMUS
2025-Nov-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
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研究论文 | 提出一种通用参考数据和方法选择策略CAMUS，用于跨数据集细胞类型注释 | 开发了首个通用参考数据和方法选择策略，显著提升细胞类型注释准确性 | NA | 提高单细胞数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 672对跨物种scRNA-seq数据集，80个scST数据集，5个scATAC-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 3243 | 2025-11-06 |
Evaluation of Proton Minibeam Radiotherapy on Antitumor Immune Responses in a Rat Model of Glioblastoma
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0902
PMID:40833465
|
研究论文 | 评估质子微束放疗在胶质母细胞瘤大鼠模型中对抗肿瘤免疫反应的影响 | 首次在临床前胶质母细胞瘤模型中系统研究质子微束放疗的免疫调节作用，发现其优于传统质子疗法的免疫激活特性 | 研究仅限于大鼠模型，尚未在人体验证；单细胞转录组学分析可能未完全捕捉所有免疫细胞亚群 | 探索质子微束放疗对胶质母细胞瘤免疫反应的调节机制 | 胶质母细胞瘤原位大鼠模型 | 放射肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学，质子微束放疗 | NA | 基因表达数据，免疫细胞密度数据 | 胶质母细胞瘤大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3244 | 2025-11-06 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
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研究论文 | 开发了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，能够高效分析单个细菌的基因表达谱 | 将真核生物MATQ-seq方法成功应用于细菌单细胞转录组分析，实现了95%的细胞保留率，显著优于现有方法 | NA | 建立高效可靠的细菌单细胞转录组测序方法 | 单个细菌细胞，以鼠伤寒沙门氏菌为模型生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选，rRNA去除 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | MATQ-seq | 基于多重退火和dC加尾的定量单细胞RNA测序方法 |
| 3245 | 2025-11-06 |
Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing
2025-Nov-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.287586
PMID:40438979
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤肿瘤细胞异质性，发现了一个侵袭性细胞亚群并建立了七基因标志物的整合风险分层模型 | 首次在单细胞分辨率下识别出多发性骨髓瘤中具有染色体不稳定性和高耐药性的侵袭性细胞亚群，并开发了基于七基因标志物的新型风险分层模型 | 样本量相对较小（12例新诊断患者），需要在更大队列中进一步验证 | 改善多发性骨髓瘤的风险分层和预后预测准确性 | 多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，数字PCR | Cox比例风险模型，整合风险分层模型 | 单细胞转录组数据 | 12例新诊断多发性骨髓瘤患者，并在5个独立数据集中验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3246 | 2025-11-06 |
Integrative Transcriptomic Analysis Decodes the Interplay Between Aging, Senescence, and Cancer
2025-Nov, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70178
PMID:40899323
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研究论文 | 通过整合基因组学、表观基因组学及单细胞转录组学分析，揭示细胞衰老与肿瘤发生之间的反向转录特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较正常衰老、细胞衰老和癌症的特征，发现648个衰老依赖性衰老相关共调控模块 | 研究主要关注17种组织，可能未覆盖所有组织类型；机制研究仍需进一步实验验证 | 解析衰老、细胞衰老与癌症之间的相互作用机制 | 17种人体组织中的内皮细胞、T细胞、上皮细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 基因组学、表观基因组学、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 17种组织类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3247 | 2025-11-06 |
Increased AIF-1-mediated p38 MAPK phosphorylation in the mid-secretory endometrium impairs endometrial receptivity in women with recurrent implantation failure
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf174
PMID:41003697
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研究论文 | 本研究探讨了同种异体移植炎症因子-1（AIF-1）通过p38 MAPK磷酸化途径损害复发性种植失败患者子宫内膜容受性的机制 | 首次揭示AIF-1在子宫内膜基质细胞中通过p38 MAPK磷酸化途径抑制细胞增殖和蜕膜化，从而降低子宫内膜容受性的新机制 | AIF-1在子宫内膜巨噬细胞在胚胎植入过程中的作用尚不明确 | 研究AIF-1对复发性种植失败患者子宫内膜容受性的影响机制 | 复发性种植失败患者和生育能力正常女性的子宫内膜组织、人子宫内膜基质细胞、子宫内膜基质细胞系、CD-1小鼠 | 生殖医学 | 复发性种植失败 | 单细胞RNA测序、定量PCR、Western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析、RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织图像数据 | 18例RIF患者、18例对照患者、30例不同月经周期阶段的额外对照患者、CD-1小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3248 | 2025-11-06 |
Identifying candidate genes for spermatogenic failure and predicting ICSI outcomes using single-cell RNA sequencing and protein-protein interaction networks
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf186
PMID:41033661
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和蛋白质-蛋白质相互作用网络，通过机器学习框架识别精子发生障碍候选基因并预测ICSI治疗结局 | 首次将单细胞转录组数据与PPI网络结合，利用机器学习算法同时实现基因优先排序和临床结局预测 | 训练数据依赖文献整理和数据库标注，可能存在错误分类或注释偏差；缺乏实验验证；外部队列样本量有限且多样性不足 | 改进精子发生障碍的基因优先排序方法并预测ICSI治疗结局 | 精子发生障碍患者（包括无精子症、弱精子症、畸形精子症） | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 随机森林, Node2Vec | 单细胞转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 临床数据 | 34名精子发生障碍亚型患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 3249 | 2025-11-06 |
Single-Cell Transcriptomics Identifies Novel Prognostic Signatures in HNSCC Immunotherapy Response
2025-Nov, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70171
PMID:40791099
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析头颈鳞状细胞癌免疫治疗反应，开发预后风险分层模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据开发LASSO-Cox风险分层模型，识别治疗前后免疫细胞亚群变化 | 样本量较小（仅3例患者），需更大队列验证 | 分析HNSCC免疫微环境变化并建立免疫治疗预后预测模型 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞转录组学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | 3例HNSCC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3250 | 2025-11-06 |
Deciphering genetic associations with blood pressure in peripheral blood mononuclear cells through single-cell transcriptomic profiling
2025-Nov, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-025-02344-3
PMID:40877473
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示外周血单个核细胞中与血压相关的遗传关联 | 首次在14种不同免疫细胞类型中系统识别血压相关基因，并发现ERAP2基因在CD8+T细胞和自然杀伤细胞中的显著异常表达 | 样本量相对有限（18名个体），需要在更大规模人群中验证 | 识别免疫细胞中与血压相关的功能基因 | 外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，全基因组关联研究，基于汇总数据的孟德尔随机化 | SMR方法 | 单细胞转录组数据 | 18名个体（10名主要研究+8名验证），总计140,613个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3251 | 2025-11-06 |
Translational framework linking perfluoroheptanoic acid (PFHpA) exposure to metabolic dysfunction associated steatotic liver disease in adolescents
2025-Oct-29, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-01168-z
PMID:41162609
|
研究论文 | 开发了一个连接PFHpA暴露与青少年代谢功能障碍相关脂肪肝病的转化研究框架 | 首次将人类队列数据与体外单细胞转录组学整合，揭示短链未受监管的PFAS同系物PFHpA与MASLD的关联 | 样本量相对较小(n=136)，且研究对象仅限于接受减肥手术的肥胖青少年 | 阐明PFAS对代谢功能障碍相关脂肪肝病发展的影响 | 青少年肥胖患者(平均年龄16.8岁)和体外培养的人肝球状体 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、肝活检 | LUCID模型 | 血浆样本、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 136名青少年肥胖患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 3252 | 2025-11-06 |
Invariant HVC size in female canaries singing under testosterone: Unlocking function through neural differentiation, not growth
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426847122
PMID:41115194
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研究论文 | 通过体内成像和空间转录组学研究发现，睾酮诱导雌性金丝雀唱歌时HVC核团大小保持不变，而是通过神经元表型和基因网络变化实现功能分化 | 挑战了传统认为HVC核团在功能状态转换时会发生显著大小变化的观点，揭示了功能分化可在稳定解剖框架内通过转录组重组实现 | 研究仅针对雌性金丝雀，未验证其他物种或性别；样本数量有限 | 探究睾酮诱导唱歌行为时HVC核团的神经机制变化 | 成年雌性金丝雀的HVC song control nucleus | 神经科学 | NA | 双光子体内成像，空间转录组学 | NA | 图像数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3253 | 2025-11-06 |
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418351122
PMID:41118206
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研究论文 | 本研究开发了一种名为DAISEE的新算法，用于分析复杂实验设计下收集的单细胞数据中的扰动响应 | 提出了DAISEE算法，能更有效地从混杂变异中分离扰动响应，并发现过度激活的信号传导能在发育胚胎中诱导新的基因表达状态 | NA | 研究发育信号传导扰动对胚胎细胞转录状态的影响 | 5小时龄斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3254 | 2025-11-06 |
Spatial gene expression analysis reveals pathological niches in Japanese encephalitis virus neuroinvasion
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2515006122
PMID:41129224
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析日本脑炎病毒在小鼠大脑中的早期感染过程 | 首次在单细胞分辨率下绘制JEV感染过程中病毒RNA和宿主基因表达的空间分布图谱 | 研究仅关注感染早期阶段（1-4天），未涵盖疾病全程发展 | 阐明日本脑炎病毒神经侵袭的细胞动力学和病理生态位 | JEV感染的小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 脑炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 小鼠大脑切片（1dpi和4dpi时间点） | NA | 空间转录组学 | NA | 高多重空间转录组平台 |
| 3255 | 2025-11-06 |
Single-cell metabolome and RNA-seq multiplexing on single plant cells
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512828122
PMID:41134629
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研究论文 | 本研究开发了一种在单个植物细胞上同时进行单细胞代谢组和RNA测序的多重分析技术 | 首次实现在同一植物细胞上同时进行单细胞RNA测序和单细胞质谱代谢组学分析，实现基因表达与代谢物水平的直接比较 | 概念验证研究，样本量有限，仅使用药用植物叶片细胞 | 阐明植物天然产物生物合成途径的基因与代谢物关系 | 药用植物叶片原生质体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞质谱代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物浓度数据 | 96孔板分选的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞代谢组学 | SMART-seq | 微流控机器人分选系统，适用于scMS和SMART-seq单细胞协议 |
| 3256 | 2025-11-06 |
Bcl6 expression is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19
2025-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189134
PMID:40924502
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研究论文 | 本研究通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19患者肺引流淋巴结，揭示Bcl6表达与免疫景观和空间转录组的关联 | 首次在COVID-19背景下基于Bcl6表达水平对反应性滤泡进行分类，并发现不同Bcl6表达水平与特定免疫细胞亚群和分子通路的关联 | 样本来源于尸检组织，可能无法完全反映活体免疫动态；样本量有限 | 探索病毒感染急性期人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应的调控机制 | COVID-19患者尸检获取的肺引流淋巴结和膈下淋巴结 | 空间转录组学 | COVID-19 | 多重成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | COVID-19尸检淋巴结样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3257 | 2025-11-06 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Oct-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101323
PMID:41142913
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研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的机制模型相结合，通过可解释的线性稀疏回归模型将基因表达与生物物理模型参数联系起来 | 模型与数据之间存在不匹配问题，需要通过模拟推理来克服 | 建立基因表达与神经元生理特性之间的联系，理解离子通道基因在决定神经放电特性中的机制作用 | 多种皮层细胞类型的神经元 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学，多模式Patch-seq数据 | Hodgkin-Huxley模型，线性稀疏回归模型 | 基因表达数据，电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3258 | 2025-11-06 |
Stage-specific regulation by autophagy-related transcription factors drives hematopoietic stem cell formation
2025-Oct, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2025.2551671
PMID:40878056
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和metaTF分析揭示了自噬相关转录因子在小鼠造血干细胞发育不同阶段的调控机制 | 首次结合单细胞RNA测序与metaTF分析，系统解析了造血干细胞发育过程中自噬相关转录因子的阶段特异性调控网络 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索自噬相关转录因子在造血干细胞发育过程中的调控机制 | 小鼠造血干细胞发育过程中的六个连续阶段，包括主动脉-性腺-中肾区域、胎肝和成年骨髓 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, metaTF分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎期E10.5、E12.5、E14.5及成年期多个发育阶段的造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3259 | 2025-11-06 |
RELA Haploinsufficiency Manifesting as an Atypical Phenotype of Crohn's Disease
2025-Oct-01, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf159
PMID:40876844
|
研究论文 | 本研究通过基因测序和免疫分析揭示RELA单倍体不足导致克罗恩病样非典型表型的机制 | 首次将RELA单倍体不足与克罗恩病样胃肠道表现相关联，并通过多组学分析揭示其免疫机制 | 仅研究单一病例，需要更大样本量验证 | 表征由RELA单倍体不足驱动的非典型克罗恩病样表型的临床、基因组和免疫学特征 | 一名17岁男性患者，患有全肠型克罗恩病、肛周瘘管、慢性皮肤黏膜念珠菌病和慢性淋巴细胞减少症 | 医学遗传学 | 克罗恩病 | 全外显子组测序,Sanger测序,蛋白质建模,Western blotting,免疫荧光,核提取物NF-κB激活测定,质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据 | 1例患者及对照样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 3260 | 2025-11-06 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
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研究论文 | 提出一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类预测方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏真实标签导致的聚类验证难题 | 空间转录组学数据聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习分类和预测方法 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率、正常和病变组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |