单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10617 篇文献，本页显示第 3221 - 3240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3221 | 2025-11-15 |
[Research Progress of Epigenetic Modification in Hematopoietic Stem Cell Functional Regulation--Review]
2025-Oct, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi
|
综述 | 本文综述了表观遗传修饰在造血干细胞发育、功能调控和扩增中的研究进展 | 整合了单细胞测序、空间转录组和追踪技术等新兴技术对造血干细胞表观遗传调控机制的最新研究成果 | NA | 探讨表观遗传修饰在造血干细胞功能调控中的作用机制 | 造血干细胞 | 表观遗传学 | NA | 单细胞测序技术, 空间转录组技术, 追踪技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3222 | 2025-11-15 |
KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03780-7
PMID:40983951
|
研究论文 | 提出一种知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI，利用图自编码器从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性基因调控网络 | 首次将知识图谱与图自编码器相结合用于基因调控网络推断，能够识别驱动基因并阐明不同细胞背景下的调控机制 | NA | 开发更准确的细胞类型特异性基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 图自编码器 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3223 | 2025-11-15 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多组学数据的框架scooby | 首个在单细胞分辨率从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架，通过细胞特异性解码器和预训练模型微调实现 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，建立统一的基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 基于Borzoi预训练模型的深度学习框架 | 基因组序列, 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3224 | 2025-11-15 |
Integrative machine learning and multi-omics framework identifies shared biomarkers for rheumatoid arthritis and ulcerative colitis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336243
PMID:41212891
|
研究论文 | 通过整合机器学习和多组学方法识别类风湿关节炎和溃疡性结肠炎的共享生物标志物 | 开发了包含12种算法和交叉验证的综合机器学习框架，首次系统识别RA和UC的共享生物标志物，并通过单细胞RNA测序验证 | 研究主要基于公共基因表达数据集，需要进一步实验验证生物标志物的临床适用性 | 识别类风湿关节炎和溃疡性结肠炎的共享诊断生物标志物 | 类风湿关节炎和溃疡性结肠炎患者的基因表达数据 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 机器学习 | 集成学习框架(包含12种算法) | 基因表达数据 | 公共基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3225 | 2025-11-15 |
Metalloproteinase-9 as a Pyroptosis-Hypoxia Synergy Effector Drives Immune Remodeling in Ischemic Stroke: A Multi-Omics Validated Diagnostic Biomarker and Therapeutic Target
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S550007
PMID:41220599
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定基质金属蛋白酶-9(MMP9)作为缺血性脑卒中诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次系统探索细胞焦亡与缺氧在缺血性脑卒中中的协同调控作用，并通过多组学验证MMP9的诊断价值 | 研究样本量有限，需要更大规模临床验证 | 探索缺血性脑卒中早期诊断生物标志物和治疗靶点 | 缺血性脑卒中患者外周血样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序,单细胞测序,RT-qPCR,分子对接 | LASSO,支持向量机,随机森林 | 基因表达数据 | 三个独立数据集(GSE66724,GSE58294,GSE16561)和RT-qPCR验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3226 | 2025-11-15 |
Intratumoral heterogeneity and potential treatment strategies in small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1657441
PMID:41220942
|
综述 | 本文综述了小细胞肺癌的分子亚型分类、瘤内异质性、肿瘤可塑性及相关治疗策略的最新研究进展 | 通过基因组学和单细胞测序技术揭示了SCLC存在动态分子亚型及其空间互斥与共存关系，提出了肿瘤可塑性的新视角 | NA | 探讨小细胞肺癌的瘤内异质性特征及潜在治疗策略 | 小细胞肺癌细胞系、动物模型和肿瘤组织 | 肿瘤学 | 肺癌 | 基因组学，单细胞测序 | NA | 基因组数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3227 | 2025-11-15 |
SPP1+ TAM: CD8+ T Cell Crosstalk Associates with Blocking Radiotherapy Efficacy in Lung Cancer
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0851
PMID:41221295
|
研究论文 | 本研究揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过抑制CD8+ T细胞浸润限制肺癌放疗疗效的机制 | 首次发现放疗后上调的SPP1是免疫抑制性巨噬细胞的关键因子，并证明靶向SPP1可增强放疗效果 | NA | 探索肺癌放疗疗效受限的免疫机制并寻找联合治疗策略 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3228 | 2025-11-14 |
Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms
2025-Dec, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03198-4
PMID:40885845
|
研究论文 | 本研究通过脑类器官探究艾司氯胺酮对电生理和代谢重编程的影响 | 首次在人类脑类器官模型中系统研究艾司氯胺酮对电生理和代谢的浓度与时间依赖性影响 | 研究仅限于体外脑类器官模型，未进行体内验证 | 探究艾司氯胺酮的抗抑郁作用机制 | 健康对照和抑郁症患者来源的iPSC脑类器官 | 神经科学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序，电生理记录，代谢分析 | 脑类器官模型 | 电生理数据，单细胞转录组数据，代谢数据 | 健康对照和抑郁症患者来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3229 | 2025-11-14 |
Influence of Age on Fracture Healing in Young and Middle-Aged Mice in a Proximal Femur Fracture Model
2025-Dec, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.70063
PMID:40931376
|
研究论文 | 本研究通过小鼠股骨近端骨折模型探讨年龄对骨折愈合的影响 | 首次在年轻和中年小鼠中系统比较股骨近端骨折愈合差异，并发现衰老细胞和SASP因子在年龄相关愈合延迟中的作用 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未考虑性别差异和更老年齡组 | 确定年龄对小鼠股骨近端骨折愈合的影响及分子机制 | 12周和52周龄雄性C57BL/6J小鼠 | 骨生物学 | 骨质疏松性骨折 | 多重细胞因子分析,µCT分析,组织形态计量学,免疫染色,空间转录组学 | NA | 图像,分子表达数据 | 年轻和中年雄性C57BL/6J小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3230 | 2025-11-14 |
Time-Series Transcriptomics Identifies Xanthine Dehydrogenase in Injured Neurons Correlated With Orthodontic Pain
2025-Dec, Orthodontics & craniofacial research
IF:2.4Q2
DOI:10.1111/ocr.70036
PMID:41002069
|
研究论文 | 本研究通过时间序列转录组学分析，发现黄嘌呤脱氢酶(Xdh)在正畸疼痛高峰期的受损神经元中高表达，并开发了OTMPTGTA网络平台供研究人员探索疼痛相关基因 | 首次将时间序列转录组学应用于正畸疼痛研究，识别出Xdh在Atf3+受损神经元中的关键作用，并开发了用户友好的数据分析平台 | 研究基于小鼠模型，需要进一步验证其在人类中的适用性；样本量相对有限 | 探索正畸牙齿移动疼痛的分子和细胞机制 | 小鼠三叉神经节组织和神经元 | 转录组学 | 正畸疼痛 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 小鼠三叉神经节组织样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3231 | 2025-11-14 |
Esaxerenone inhibits renal macrophage proliferation through MR/TGF-β1 pathway in db/db mice
2025-Dec-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.124008
PMID:41067301
|
研究论文 | 本研究探讨了盐皮质激素受体阻滞剂esaxerenone通过MR/TGF-β1通路抑制db/db小鼠肾脏巨噬细胞增殖的作用机制 | 首次揭示esaxerenone通过MR/TGF-β1信号通路特异性抑制高糖诱导的巨噬细胞增殖，特别是M1亚型 | 研究仅使用db/db小鼠模型，未在其他糖尿病模型验证；体外实验使用骨髓来源巨噬细胞，与肾脏原位巨噬细胞存在差异 | 研究盐皮质激素受体阻滞对糖尿病肾病中巨噬细胞增殖的影响及其机制 | db/db糖尿病模型小鼠和骨髓来源巨噬细胞 | 分子病理学 | 糖尿病肾病 | 免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序 | 动物模型 | 分子标记表达数据、细胞表型数据、基因表达数据 | 8周龄db/db小鼠，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3232 | 2025-11-14 |
The epidermal immune microenvironment plays a central role in the pathogenesis of psoriasis
2025-Dec, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2025.102674
PMID:41072151
|
研究论文 | 本文探讨了表皮免疫微环境在银屑病发病机制中的核心作用 | 揭示了表皮免疫微环境作为银屑病核心致病机制，强调角质形成细胞既是炎症效应器又是疾病驱动者的双重角色 | NA | 阐明银屑病的发病机制并探索新的治疗靶点 | 银屑病患者的皮肤免疫微环境 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3233 | 2025-11-14 |
A Tertiary Lymphoid Structure-Related Gene Signature Predicts Prognosis and Treatment Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, World journal of oncology
IF:2.1Q3
DOI:10.14740/wjon2646
PMID:41208844
|
研究论文 | 本研究开发并验证了一个与三级淋巴结构相关的六基因特征，用于预测肝细胞癌患者的预后和治疗反应 | 首次建立了基于三级淋巴结构的六基因特征评分系统，并在多个独立队列中验证了其对免疫治疗反应的预测价值 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，需要前瞻性临床试验进一步验证 | 开发预测肝细胞癌预后和治疗反应的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组分析，单细胞RNA测序，LASSO-Cox回归 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | 多个独立肝细胞癌队列（包括TCGA和GEO数据库） | NA | 单细胞RNA测序，转录组测序 | NA | NA |
| 3234 | 2025-11-14 |
Analysis of the SH3-Domain Kinase Binding Protein 1 Predictive Model for Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and CCCTC-Binding Factor Transcriptional Regulatory Study
2025-Dec, World journal of oncology
IF:2.1Q3
DOI:10.14740/wjon2668
PMID:41208840
|
研究论文 | 通过多组学整合分析系统评估SH3KBP1在胰腺导管腺癌中的表达模式、生物学功能及调控机制 | 首次通过机器学习算法结合多组学数据鉴定SH3KBP1作为胰腺癌关键预测生物标志物，并揭示CTCF转录因子对其的调控机制 | 样本量相对有限（179例肿瘤样本和171例非肿瘤样本），需更大规模验证 | 系统研究SH3KBP1在胰腺导管腺癌中的表达特征、生物学功能及转录调控机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤组织及细胞系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,CRISPR基因敲除,转录因子结合位点预测 | 支持向量机(SVM),LASSO回归,SHAP分析 | mRNA表达数据,蛋白质组学数据,单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 | 179例PDAC肿瘤样本,171例非肿瘤样本（包括4例癌旁组织和167例正常对照）,300对PDAC和非肿瘤样本的蛋白质组学数据 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 所有分析均在R平台上使用专业软件包完成 |
| 3235 | 2025-11-14 |
Bioinformatics driven in gene targeting platform for gold anticancer strategy delivery
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102438
PMID:41209699
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别TNBC中高表达基因SDC1，并构建金纳米簇靶向核酸递送系统抑制肿瘤血管生成 | 首次发现SDC1基因与TNBC预后及依托泊苷耐药性的正相关性，并开发了基于肿瘤微环境响应性的金纳米簇靶向递送系统 | NA | 发现新的靶向基因并开发核酸递送系统用于三阴性乳腺癌治疗 | 三阴性乳腺癌细胞及肿瘤微环境 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 基因芯片数据分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3236 | 2025-11-14 |
Probiotics derived sodium benzoate improves social behavior of offspring exposed in the maternal immune activation through regulation of histone lysine benzoylation in astrocytes
2025-Dec, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03164-0
PMID:40855005
|
研究论文 | 本研究揭示益生菌衍生的苯甲酸钠通过调控星形胶质细胞组蛋白赖氨酸苯甲酰化改善母体免疫激活后代社交行为 | 首次发现益生菌代谢物苯甲酸钠通过组蛋白赖氨酸苯甲酰化表观遗传机制调节星形胶质细胞功能，揭示微生物-肠-脑轴新作用通路 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床转化需进一步验证 | 探索益生菌代谢物改善自闭症谱系障碍社交行为的分子机制 | 母体免疫激活诱导的自闭症小鼠模型及星形胶质细胞 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序,RNA测序,Cut & Tag分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,表观遗传数据 | 自闭症队列人群及MIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,表观遗传分析 | NA | NA |
| 3237 | 2025-11-14 |
Comparative transcriptomics of lateral hypothalamic cell types reveals conserved growth hormone-tachykinin dynamics in feeding
2025-Dec, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2025.102251
PMID:40947010
|
研究论文 | 本研究通过比较转录组学分析揭示了侧下丘脑细胞类型中生长激素-速激肽动态在摄食行为中的保守机制 | 首次在斑马鱼和老鼠中鉴定出共表达生长激素受体和速激肽的保守GABA能神经元集群，并发现其在摄食状态下的激活机制 | 研究主要基于幼虫斑马鱼模型，在成年动物和人类中的保守性需要进一步验证 | 阐明侧下丘脑神经元在食欲调控中的分子和细胞特征及其进化保守性 | 斑马鱼和老鼠的侧下丘脑神经元 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序，Act-seq方法，整合比较转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 幼虫斑马鱼侧下丘脑神经元（饥饿和饱食状态） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Act-seq方法（活动依赖性转录特征捕获） |
| 3238 | 2025-11-14 |
LILRB4 regulates circadian disruption-induced mammary tumorigenesis via non-canonical WNT signaling pathway
2025-Dec, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03597-5
PMID:41102383
|
研究论文 | 本研究探讨了昼夜节律紊乱通过LILRB4和非经典WNT信号通路促进乳腺肿瘤发生的作用机制 | 首次揭示LILRB4作为昼夜节律紊乱与侵袭性乳腺肿瘤发生之间的关键连接分子，并证明靶向LILRB4免疫疗法可抑制肿瘤转移 | 研究主要基于基因工程小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 阐明昼夜节律紊乱促进乳腺肿瘤发生的分子机制 | 侵袭性乳腺癌基因工程小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,多重免疫染色,实时PCR | 基因工程小鼠模型 | 单细胞测序数据,流式数据,图像数据,基因表达数据 | LD12:12和昼夜节律紊乱小鼠的肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3239 | 2025-11-14 |
Mapping atherogenesis mechanisms in smooth muscle cells by targeting genes linked to coronary artery disease
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113698
PMID:41210961
|
研究论文 | 本研究结合冠状动脉疾病GWAS与单细胞RNA测序，识别平滑肌细胞中的风险基因并揭示其在动脉粥样硬化中的调控机制 | 首次将CAD GWAS与动脉粥样硬化斑块单细胞RNA测序整合，通过扰动实验发现不同风险基因共同调控收缩装置、细胞周期等关键通路 | 研究主要聚焦于平滑肌细胞，未全面评估其他血管细胞类型的贡献 | 解析冠状动脉疾病中平滑肌细胞的发病机制 | 人类动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞及SMC来源的间充质细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究(GWAS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3240 | 2025-11-14 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals immune remodeling in bone marrow during aged sepsis
2025-Nov-12, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01966-2
PMID:41225282
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示老年脓毒症中骨髓免疫重塑的机制 | 首次在单细胞水平系统描绘老年脓毒症的骨髓免疫图谱，发现HSC-髓系细胞间Lgals9-Cd44信号通路的通讯障碍是免疫衰竭的关键机制 | 临床可行性和安全性尚未验证，样本量较小（每组2-3只小鼠） | 探究老年脓毒症免疫功能障碍的分子机制 | 年轻和老年雄性小鼠的骨髓免疫细胞 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序，CellChat细胞通讯分析，Transwell迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 10只小鼠（Y-Sham组2只，Y-CLP组3只，A-Sham组2只，A-CLP组3只） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |