单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3221	2025-06-24	NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202551885 PMID:40538191	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，发现NKG7是细胞毒性的稳定标记物	发现NKG7作为细胞毒性的新标记物，其表达与细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），且比传统标记物如颗粒酶B和穿孔素更可靠	其他人类颗粒酶和细胞毒性成分的作用尚未充分探索	评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能	免疫亚群和组织中的细胞毒性	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱
3222	2025-06-24	White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656577 PMID:40501707	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了白色和棕色前脂肪细胞，揭示了它们共有的纤维-脂肪祖细胞群	发现了棕色脂肪组织中存在纤维-脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了祖细胞群的已知范围	研究仅基于体外培养的细胞模型，可能无法完全反映体内情况	研究脂肪组织异质性及其在生理和病理生理学中的功能	白色和棕色前脂肪细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	培养的原代白色和棕色前脂肪细胞
3223	2025-06-24	Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain 2025-May-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1 PMID:40502768	研究论文	本研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并揭示了其在关节炎和疼痛中的作用	首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并证明淋巴功能障碍会驱动TMJ关节炎和疼痛	研究主要基于小鼠模型和人类组织，可能需要进一步验证在人类中的适用性	探索TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能	颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统	生物医学研究	关节炎	基因报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	基因报告小鼠和人类组织
3224	2025-06-24	sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.28.635153 PMID:40501921	研究论文	提出了一种名为sciLaMA的单细胞表示学习框架，通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与scRNA-seq表格数据，提升单细胞数据分析的性能	sciLaMA通过结合多模态大型语言模型的基因嵌入与单细胞RNA测序数据，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足，同时保持了计算效率	NA	开发一个高效且统一的单细胞数据分析框架，用于提升下游任务的性能，如批次效应校正、细胞聚类和基因模块识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	配对变分自编码器（paired-VAE）	表格基因表达数据	NA
3225	2025-06-24	MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656468 PMID:40502104	研究论文	介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析	结合了高通量基因破坏和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物发育中大规模基因功能图谱的绘制	技术目前仅应用于斑马鱼胚胎，尚未在其他生物体或更复杂的系统中验证	开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能	斑马鱼胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、多重混合CRISPR液滴技术	NA	基因表达数据	1000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子
3226	2025-06-24	Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655632 PMID:40501660	research paper	该研究通过多模式单细胞测序和刺激实验，定义了人类巨噬细胞在不同组织中的特征	揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，这些特征与小鼠巨噬细胞具有同源性	研究样本来源于器官捐赠者，可能无法完全代表所有人群的巨噬细胞特征	研究人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化	人类巨噬细胞，包括来自肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结的样本	免疫学	NA	多模式单细胞测序，刺激实验	NA	单细胞测序数据	来自多个器官捐赠者的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结样本
3227	2025-06-24	Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.25.654911 PMID:40501673	研究论文	利用空间转录组学技术对小鼠肾脏冷缺血损伤进行时空转录组分析，揭示特定区域的分子变化	首次使用空间转录组学技术全面表征冷缺血损伤的时空转录组变化，并开发了计算工作流程以识别特定区域的病理生理变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	揭示冷缺血损伤对肾脏移植预后的分子机制	小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本（冷缺血损伤0-48小时）
3228	2025-06-24	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高糖饮食在细胞和分子敏感性上的差异	首次在单细胞水平上比较了高脂高糖饮食与果糖饮食对不同组织细胞类型的影响，并发现mt-Rnr2作为共同调节因子可减轻饮食诱导的代谢综合征	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明不同饮食条件下各组织和细胞类型在代谢综合征中的作用	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞组学	代谢综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	多种小鼠组织样本（具体数量未明确说明）
3229	2025-06-24	Single-cell sequencing reveals shared clonal signatures in nonmalignant B and tumor cells in T-prolymphocytic leukemia 2025-May, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2025.100076 PMID:40453149	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）中非恶性B细胞和肿瘤细胞共有的克隆特征	首次在T-PLL中发现非恶性B细胞和克隆性T细胞共有的突变特征，并揭示了诊断与复发间克隆演变的多样性模式	样本量较小（16例患者），且仅对19个基因进行了测序	阐明T-PLL的克隆起源和进化动力学	16名T-PLL患者的非恶性细胞和肿瘤细胞	基因组学	白血病	靶向NGS、液滴数字PCR、单细胞多组学分析（Mission Bio Tapestri Platform）	NA	基因组DNA数据	16名T-PLL患者的配对诊断和复发样本
3230	2025-06-24	Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010871 PMID:40050043	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移灶化疗效果较差的免疫微环境机制	首次揭示肝转移灶中CD8+T细胞浸润受阻与巨噬细胞活化降低的关联机制，并提出NET抑制剂与巨噬细胞激活剂的联合治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究TNBC肝转移灶化疗敏感性降低的免疫微环境机制	三阴性乳腺癌肝转移灶与原发灶	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、伤口愈合实验、集落形成实验	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、图像数据、流式数据	公共数据库单细胞数据及实验小鼠模型
3231	2025-06-24	Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics 2025-03, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2025.01.002 PMID:39889540	综述	本文深入探讨了单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新进展和应用	综述了单细胞和空间多组学方法的最新技术进展，并系统整理了它们在胚胎发育领域的应用	未提及具体的技术限制或研究不足	探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的应用和潜力	胚胎发育过程中的细胞分化和基因表达变化	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	转录组数据、多组学数据	NA
3232	2025-06-24	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-02, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤微环境研究中的应用	强调了空间组学数据的概念框架及其在免疫肿瘤学领域的更新知识	NA	总结空间组学技术在免疫肿瘤学领域的应用和进展	肿瘤微环境中的细胞类型和细胞状态	数字病理学	肿瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
3233	2025-06-24	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	研究论文	通过单细胞和空间多组学分析，研究原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞的细胞和空间异质性及其微环境	首次在PCNSL中发现具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间相互作用	样本量相对较小，且研究结果需要进一步验证	探究PCNSL中肿瘤细胞的异质性及其与微环境的关系	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞测序、空间多组学分析、B细胞受体（BCR）分析、CD138免疫组织化学染色	NA	单细胞数据、空间数据	约40%的PCNSL患者
3234	2025-06-24	A Monocyte-Driven Prognostic Model for Multiple Myeloma: Multi-Omics and Machine Learning Insights 2025, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy DOI:10.2147/BLCTT.S517354 PMID:40546417	research paper	该研究通过多组学分析和机器学习算法，建立了一个与单核细胞相关的多发性骨髓瘤预后模型	结合孟德尔随机化分析、流式细胞术和单细胞RNA测序，开发了一个新的单核细胞相关基因预后特征（MGPS）模型，并验证其在预测多发性骨髓瘤患者预后和治疗反应中的价值	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证MGPS模型的临床适用性	探索多发性骨髓瘤的免疫微环境，开发预后模型以优化治疗策略	多发性骨髓瘤患者及其骨髓微环境中的单核细胞	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry, Mendelian Randomization	machine learning (10种算法生成的101个预测模型)	genomic data, transcriptome data	731种免疫细胞表型分析，多组转录组测序数据集
3235	2025-06-23	KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal 2025-Oct-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117527 PMID:40493978	research paper	研究揭示了KHDC3通过调节YAP信号通路在早期胚胎细胞谱系分化中的作用	首次发现KHDC3通过影响YAP信号通路和皮层肌动蛋白帽的形成来调控早期胚胎细胞的内外分布和谱系分化	KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明	探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用机制	早期胚胎细胞	发育生物学	妊娠滋养细胞疾病	单细胞转录组分析、基因敲除	NA	基因表达数据	早期胚胎细胞（从2细胞期到囊胚期）
3236	2025-06-23	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Jul, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞具有独特的转录组特征，特别是多倍体细胞在促纤维化和促炎症簇中的富集，以及SPP1在促进肾纤维化中的关键作用	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），可能未涵盖AKI-to-CKD转变的所有阶段	探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的异质性和功能	近端肾小管上皮细胞	单细胞分析	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
3237	2025-06-23	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白质变化，揭示了胰岛功能障碍的潜在机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化，包括免疫反应增强和内质网应激及蛋白质翻译减少	样本量较小（mAAb+组n=3，ND组n=3），且存在较大的个体间差异	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者（AAb+）与非糖尿病（ND）对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	AAb+组5例（其中mAAb+亚组3例），ND对照组5例（匹配分析用3例）
3238	2025-06-23	TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity 2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02300-0 PMID:40544157	research paper	该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞（NK细胞）与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用	揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能，影响CD8+ T细胞介导的免疫反应，为药物过敏反应提供了新的机制解释	研究主要基于DHS患者和小鼠模型，结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证	探索药物过敏反应（特别是DHS）的免疫学机制	DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究
3239	2025-06-23	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究构建了一个跨物种整合模型，研究血管平滑肌细胞（VSMC）在动脉疾病中的表型转换，并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用	首次揭示了细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，在动脉病理重塑中的关键作用	研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型，尚未在人类临床样本中进行验证	探究VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达	跨物种整合模型	RNA-seq数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
3240	2025-06-23	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03648-w PMID:40533768	研究论文	介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析	Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提高了图像质量，从而提升了下游分析的准确性和性能	NA	解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题	10× Visium数据的空间转录组学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA