单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10780 篇文献，本页显示第 3221 - 3240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3221 | 2025-11-07 |
Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01203-2
PMID:40670609
|
研究论文 | 开发了一种名为CELLO-seq的单细胞长读长RNA测序协议，用于精确映射转座元件的表达 | 通过整合50个核苷酸的独特分子标识符和高PCR重复数，实现了长读长的错误校正，能够将表达数据高保真地映射到高度序列相似的年轻转座元件 | 需要用户具备分子生物学和转录组分析经验 | 开发能够精确映射转座元件表达的单细胞测序方法 | 哺乳动物转座元件 | 单细胞测序 | NA | 长读长RNA测序，单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | CELLO-seq | 整合50个核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数的单细胞长读长RNA测序协议 |
| 3222 | 2025-11-07 |
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-Nov, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70612
PMID:41178047
|
研究论文 | 通过回顾性转录组分析研究体积性肌肉损失损伤后线粒体基因和代谢通路的时序性失调 | 首次利用现有RNA-seq数据集系统分析VML损伤后不同时间点的线粒体基因表达和代谢通路变化 | 研究为回顾性分析，依赖公开数据集，缺乏实验验证 | 探究体积性肌肉损失损伤后线粒体和代谢转录组的变化规律 | 大鼠和小鼠的肌肉组织 | 转录组学 | 肌肉损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因集富集分析 | NA | 转录组数据 | 包含bulk RNA-seq数据集（大鼠）和单细胞RNA-seq数据集（小鼠） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3223 | 2025-11-07 |
Exploring the Therapeutic Potential of MIR-140-3p in Osteoarthritis: Targeting CILP and Ferroptosis for Novel Treatment Strategies
2025-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70018
PMID:40044625
|
研究论文 | 本研究探讨miR-140-3p通过靶向CILP调控铁死亡、炎症和氧化应激在骨关节炎中的作用机制 | 首次发现miR-140-3p/CILP轴通过调控铁死亡参与骨关节炎发病机制 | 铁死亡在OA中的具体作用和机制仍需进一步研究 | 探索骨关节炎的新型治疗策略 | C28/I2细胞、miR-140-3p、CILP蛋白、铁死亡相关基因 | 分子生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,hdWGCNA分析,生物信息学分析,qRT-PCR,双荧光素酶实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 细胞系研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3224 | 2025-11-07 |
Current trends in single-cell RNA sequencing applications in diabetes mellitus
2025-Nov, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.70061
PMID:40537978
|
综述 | 总结单细胞RNA测序技术在糖尿病研究中的最新进展和应用 | 聚焦单细胞RNA测序技术在糖尿病研究中的最新应用趋势 | NA | 探索糖尿病发病机制并寻求新的诊断和治疗方法 | 人类胰岛细胞和免疫细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3225 | 2025-11-07 |
SLGCA: spatial cross-level graph contrastive autoencoder for multislice spatial domain identification and microenvironment exploration
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf574
PMID:41182757
|
研究论文 | 提出一种基于跨层级图对比学习的空间转录组数据分析方法SLGCA，用于多切片空间域识别和微环境探索 | 采用双通道学习机制，结合基于空间邻域信息的局部层级对比学习和跨视图的全局信息对比学习 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌,肝癌 | 空间转录组技术 | 图对比自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3226 | 2025-11-07 |
Cell Type-Specific Expression of Long Noncoding RNAs in Human Diabetic Kidneys Identifies TARID as a Key Regulator of Podocyte Function
2025-Nov-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0272
PMID:40902080
|
研究论文 | 通过单核RNA测序技术识别人类糖尿病肾脏中细胞类型特异性的长链非编码RNA，并发现TARID是调控足细胞功能的关键因子 | 首次在单细胞水平系统研究肾脏中lncRNA的细胞类型特异性表达，并发现TARID在足细胞中的关键功能 | 样本量较小（5名健康个体和6名DKD患者），需要在更大队列中验证发现 | 探索长链非编码RNA在糖尿病肾病中的细胞类型特异性表达和功能 | 人类肾脏样本（健康个体和糖尿病肾病患者） | 单细胞基因组学 | 糖尿病肾病 | 单核RNA测序，eQTL分析，GWAS，基因调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 11个肾脏样本（5健康+6糖尿病肾病） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 3227 | 2025-11-07 |
The transcription factor LbYABBY1 of Limonium bicolor raises salt sensitivity by repressing the LbSAD2 pathway
2025-Nov, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70560
PMID:41196280
|
研究论文 | 本研究揭示了二色补血草转录因子LbYABBY1通过抑制LbSAD2通路负调控盐腺发育和盐敏感性的分子机制 | 首次发现LbYABBY1转录因子通过与LbKNAT7互作增强对LbSAD2的转录抑制，从而负调控盐腺发育 | NA | 探究LbYABBY1转录因子在盐腺发育和盐敏感性调控中的功能 | 二色补血草(Limonium bicolor)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) | 植物分子生物学 | NA | RNA原位杂交, 启动子驱动GUS组织染色, 酵母双杂交, 分裂荧光素酶互补, GST pull-down | NA | 基因表达数据, 蛋白互作数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3228 | 2025-11-07 |
Limited nasal IFN production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses
2025-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182836
PMID:40956633
|
研究论文 | 本研究揭示了鼻部干扰素产生受限导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗应答不佳的机制 | 发现鼻部免疫环境处于静息状态，干扰素产生受限是病毒清除延迟的关键因素，并通过干扰素佐剂成功改善疫苗应答 | 主要使用小鼠模型，人类数据验证有限 | 探究鼻部免疫应答特征及其对呼吸道病毒清除和疫苗效果的影响 | 人类偏肺病毒(HMPV)感染的小鼠模型和COVID-19患者 | 免疫学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3229 | 2025-11-07 |
Improving immunotherapy responses by dual inhibition of macrophage migration inhibitory factor and PD-1
2025-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191539
PMID:41122966
|
研究论文 | 本研究探讨了联合抑制巨噬细胞移动抑制因子(MIF)和PD-1在两种小鼠肿瘤模型中的免疫治疗效果 | 首次证明抗MIF疗法可增强抗PD-1免疫检查点抑制剂的抗肿瘤效果，并发现Cd74/C1q/Aif1表达巨噬细胞的抗肿瘤表型 | 研究仅限于小鼠模型，临床转化需要进一步验证 | 评估抗MIF疗法与抗PD-1联合使用的抗肿瘤疗效 | YUMMER1.7黑色素瘤和MC38结直肠癌小鼠模型，以及人类黑色素瘤患者 | 免疫肿瘤学 | 黑色素瘤，结直肠癌 | scRNA-Seq，流式细胞术，免疫组织化学，细胞因子分析 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据，临床数据 | 多种基因型小鼠模型和人类患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3230 | 2025-11-07 |
Unraveling enteroendocrine cell lineage dynamics and associated gene regulatory networks during intestinal development
2025-Oct-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.062083
PMID:41117135
|
研究论文 | 本研究通过小鼠胚胎和人类多能干细胞来源的肠道类器官模型，结合单细胞转录组学，揭示了肠道内分泌细胞在发育过程中的谱系动态和基因调控网络 | 首次系统性地揭示了发育过程中肠道内分泌细胞亚型特化的机制，发现其独立于完整的隐窝-绒毛结构和饮食/微生物刺激 | 研究主要基于模型系统，需要进一步在体内验证；某些EEC亚型的出现机制仍需深入探索 | 阐明肠道内分泌细胞在发育过程中的谱系动态和分化机制 | 小鼠胚胎、人类多能干细胞来源的肠道类器官 | 单细胞生物学 | 肠道发育疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠胚胎和人类肠道类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3231 | 2025-11-07 |
Uncovering Cellular Interactome Drivers of Immune Checkpoint Inhibitor Response in Advanced Melanoma Patients
2025-Oct, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-025-00857-y
PMID:41185627
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据构建细胞相互作用网络，识别与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的网络模式 | 首次将肿瘤微环境中的细胞间相互作用建模为加权有向网络，并识别与治疗反应相关的网络模式 | 依赖于公开可用的单细胞RNA测序数据，样本量有限 | 识别与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的细胞相互作用网络驱动因素 | 晚期黑色素瘤患者 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 多元统计学习方法 | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据 | 多个黑色素瘤患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3232 | 2025-11-07 |
CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07033-w
PMID:40993629
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137在膀胱癌中的促癌作用及其通过调控SCD影响肿瘤进展的机制 | 首次系统表征CCDC137在膀胱癌中的表达模式和功能，发现其通过调控脂代谢酶SCD影响肿瘤进展 | 未明确CCDC137调控SCD的具体分子机制，缺乏临床前药物开发验证 | 探究CCDC家族基因在膀胱癌中的临床意义和功能机制 | 膀胱癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 机器学习算法、RNA测序、定量RT-PCR、蛋白质印迹 | 预后模型 | 多组学数据、单细胞测序、空间转录组 | TCGA-BLCA队列及组织微阵列样本 | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3233 | 2025-11-07 |
PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition
2025-Jul-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07836-1
PMID:40640171
|
研究论文 | 本研究揭示了PLIN2通过稳定CD36蛋白表达促进结直肠癌上皮-间质转化和肿瘤进展的分子机制 | 首次发现PLIN2通过抑制CD36蛋白的蛋白酶体降解途径稳定其表达，进而促进EMT过程和结直肠癌进展 | NA | 构建可靠的预后预测模型并阐明结直肠癌进展的关键分子机制 | 结直肠癌细胞、临床标本、组织芯片 | 生物信息学 | 结直肠癌 | WGCNA、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫沉淀、免疫荧光 | LASSO回归、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达谱、临床数据 | 120个免疫细胞表达谱及临床标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 3234 | 2025-11-07 |
Identification of Seven in absentia homolog 2 as a potential efferocytosis-related biomarker in diabetic foot ulcers
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334163
PMID:41183121
|
研究论文 | 本研究鉴定SIAH2作为糖尿病足溃疡中胞葬作用相关的潜在生物标志物，并探讨其在伤口愈合中的作用机制 | 首次发现SIAH2在糖尿病足溃疡中与胞葬作用相关，并揭示其通过调控角质形成细胞迁移、血管生成和细胞间通讯参与伤口愈合过程 | 样本量较小（仅20例患者），缺乏更大规模的验证研究 | 探究糖尿病足溃疡伤口愈合机制，寻找与胞葬作用相关的生物标志物 | II型糖尿病患者的血液和皮肤样本 | 生物医学研究 | 糖尿病足溃疡 | RNA-seq, 单细胞测序, 生物信息学分析, 体外实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | 20例II型糖尿病患者 | NA | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | NA |
| 3235 | 2025-11-07 |
Identification of Dendritic Cell-Associated Genes in COPD Based on Bioinformatics
2025, International journal of chronic obstructive pulmonary disease
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/COPD.S543753
PMID:41185886
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证鉴定COPD患者肺组织中树突状细胞相关基因 | 首次结合单细胞RNA测序、RNA测序数据和WGCNA分析系统鉴定COPD中树突状细胞相关基因，并通过动物模型和细胞实验验证 | 研究主要基于公共数据库和动物模型，需要在人类临床样本中进一步验证 | 鉴定慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺组织中树突状细胞相关基因 | COPD患者肺组织、香烟烟雾诱导的肺气肿小鼠模型、骨髓来源树突状细胞 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,加权基因共表达网络分析,RT-qPCR,Western blot | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据库(GSE196638, GSE26296, GSE38974)和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 3236 | 2025-11-06 |
Decoding Xylem Development in Flowering Plants: Insights From Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70169
PMID:40905378
|
综述 | 本文综述单细胞转录组测序技术在解码开花植物木质部发育中的应用进展 | 整合激光显微切割原位转录组分析技术，提供更精确的细胞类型注释并支持当前最佳的木质部发育谱系工作模型 | 存在跨研究比较的技术挑战，包括生物信息学流程不一致、原生质体化效率变异和潜在错误注释的标记基因使用 | 研究开花植物木质部发育过程 | 单子叶植物和双子叶植物的初生及次生木质部 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 激光显微切割 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3237 | 2025-11-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals T and B cell-related immune features in foot and mouth disease virus-infected mice
2025-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2580141
PMID:41144693
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示口蹄疫病毒感染小鼠脾脏中T细胞和B细胞的免疫特征 | 首次在单细胞水平系统揭示口蹄疫病毒感染过程中T细胞和B细胞的组成变化、基因表达特征、细胞间通讯状态和调控网络 | 研究仅限于小鼠模型，未在自然宿主中验证 | 解析口蹄疫病毒感染过程中适应性免疫应答的特征 | 口蹄疫病毒感染小鼠脾脏中的T细胞和B细胞 | 单细胞组学 | 口蹄疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | FMDV感染组和模拟感染对照组小鼠脾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3238 | 2025-11-06 |
Single-cell aneuploidy and chromosomal arm imbalances define subclones with divergent transcriptomic phenotypes
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf138
PMID:41179709
|
研究论文 | 开发了一种整合单细胞RNA测序和单细胞DNA测序的计算框架scAlign，用于在单个细胞分辨率下定义亚克隆的细胞表型 | 开发了scAlign计算框架，首次实现了在单个细胞水平上整合scRNA-seq和scDNA-seq数据，能够基于基因剂量将细胞分配到特定亚克隆并分析其转录组表型 | 仅使用G0/G1期的细胞进行分析，可能忽略了细胞周期其他阶段的生物学信息 | 研究癌症中亚克隆的基因组不稳定性与转录组表型之间的关系 | 原发性和转移性癌症中的肿瘤细胞亚克隆 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序, 多组学整合分析 | scAlign计算框架 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 3239 | 2025-11-06 |
Single-cell characterization of trophoblast-epithelial interactions at the human maternal-fetal interface during early implantation
2025-Nov-04, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf246
PMID:41189328
|
研究论文 | 本研究利用输卵管异位妊娠模型通过单细胞RNA测序技术探索人早期胚胎植入过程中母胎界面滋养细胞与上皮细胞的相互作用机制 | 首次利用输卵管异位妊娠模型作为研究工具，通过单细胞转录组分析揭示母胎界面细胞间通讯网络 | 研究基于异位妊娠模型，与正常宫内妊娠存在生理环境差异 | 阐明人类早期胚胎植入过程中母胎界面的分子机制 | 输卵管异位妊娠和正常宫内妊娠的母胎界面组织 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色 | CellPhoneDB，CellChat | 单细胞转录组数据 | 输卵管异位妊娠患者植入部位样本及公共数据库正常宫内妊娠数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3240 | 2025-11-06 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-Nov-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
|
研究论文 | 通过时间序列单细胞测序技术研究小鼠皮层放射状胶质细胞的谱系进展与细胞多样化机制 | 首次构建了皮层细胞谱系进展的全面分子图谱，揭示染色质可及性通过限制转录因子表达时序驱动细胞多样化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，人类皮层发育可能存在物种特异性差异 | 探索皮层细胞多样化的细胞内在程序机制 | 小鼠皮层放射状胶质细胞及其衍生细胞类型 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据 | 胚胎期和出生后多个发育阶段的小鼠皮层祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | NA |