本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3201 | 2025-11-08 |
Single-Cell Immune Signature and Response to Neoadjuvant Chemotherapy in BRCA1/2-Mutated Breast Cancer
2025-Nov, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-00349
PMID:41197086
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析BRCA1/2突变乳腺癌的免疫微环境特征,并开发预测新辅助化疗反应的BRCA-IM模型 | 首次在单细胞水平揭示BRCA1/2突变乳腺癌的免疫微环境图谱,并建立基于单细胞和bulk RNA-seq数据的免疫特征预测模型 | 样本量相对有限,需要在更大队列中进一步验证 | 探索BRCA1/2突变乳腺癌的免疫微环境特征及其与新辅助化疗反应的关系 | BRCA1/2突变乳腺癌患者和BRCA野生型乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 免疫组织化学 | BRCA-IM预测模型 | 基因表达数据, 病理数据 | 80例BRCA1/2携带者(新辅助化疗队列),40例BRCA1/2携带者和56例非携带者(验证队列) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3202 | 2025-11-08 |
Spatial Transcriptomics of Adipose Tissue: Technologies, Applications, and Challenges
2025-Oct-30, Journal of obesity & metabolic syndrome
IF:4.7Q1
DOI:10.7570/jomes25078
PMID:41094746
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在脂肪组织研究中的技术进展、应用场景和当前挑战 | 系统整合了空间转录组学技术在解析脂肪组织空间结构方面的最新突破,强调了该技术在揭示脂肪生成微环境、区域特异性重塑和免疫细胞相互作用方面的独特优势 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行归纳总结 | 探讨空间转录组学技术在脂肪组织生物学研究中的应用前景 | 脂肪组织的空间结构和细胞微环境 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3203 | 2025-11-08 |
Differentiation latency and dormancy signatures define fetal liver hematopoietic stem cells at single-cell resolution
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116289
PMID:40971295
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了胎儿肝脏造血干细胞具有分化延迟和休眠特征 | 首次在单细胞水平鉴定了胎儿肝脏造血干细胞的区分特征,包括分化延迟、细胞分裂对称性和生物合成休眠特征 | 研究主要基于体外培养平台,可能无法完全模拟体内真实微环境 | 探索胎儿肝脏造血干细胞自我更新的内在和外在调控机制 | 胎儿肝脏造血干细胞 | 单细胞分析 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 活细胞成像, 移植实验 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3204 | 2025-11-08 |
CCL26 and CXCL12 preserve insulin-sensitizing macrophages in subcutaneous adipose tissue in obesity
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116450
PMID:41100258
|
研究论文 | 本研究揭示了皮下脂肪组织通过CCL26和CXCL12信号通路维持胰岛素敏感巨噬细胞的新机制 | 首次发现皮下脂肪组织巨噬细胞释放的小细胞外囊泡具有改善胰岛素敏感性的功能,并阐明CCL26和CXCL12信号通路在维持巨噬细胞稳态中的作用 | 研究主要聚焦于肥胖模型,其他代谢疾病状态下的机制尚需进一步验证 | 探究皮下脂肪组织在肥胖中抵抗胰岛素抵抗的保护机制 | 皮下脂肪组织巨噬细胞、小细胞外囊泡、脂肪细胞及其前体细胞 | 代谢疾病研究 | 代谢综合征 | 单细胞RNA测序, 体内外细胞生长和迁移测量 | NA | 基因表达数据, 细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3205 | 2025-11-08 |
The constitutive 20S proteasome is required for the maintenance and differentiation of spermatogonia in mice
2025-Oct-28, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.10.068
PMID:41167419
|
研究论文 | 本研究揭示了组成型20S蛋白酶体在小鼠精原细胞维持和分化中的关键作用 | 首次证明组成型20S蛋白酶体对精原细胞维持和分化至关重要,并发现s20S蛋白酶体可补偿c20S功能缺失 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的相关性尚需验证 | 阐明组成型20S蛋白酶体在精子发生过程中的功能 | 小鼠雄性生殖细胞 | 生殖生物学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序, 条件性基因敲除 | 动物模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3206 | 2025-11-08 |
Integrated spatial and single-cell transcriptomics reveal PAK kinase as a therapeutic target in fibroblastic foci and dense fibrosis of idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Oct, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00022-2025
PMID:40675771
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了PAK激酶作为特发性肺纤维化中成纤维细胞灶和致密纤维化的治疗靶点 | 首次发现一种新型肌成纤维细胞群体在成纤维细胞灶和致密纤维化区域富集,并证实PAK激酶在这些纤维化区域被激活 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 探索特发性肺纤维化中纤维化进展的分子机制和潜在治疗靶点 | 特发性肺纤维化患者的肺组织样本和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 | 空间转录组学,单细胞分析 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3207 | 2025-11-08 |
The multifaceted role of YAP in the tumor microenvironment and its therapeutic implications in cancer
2025-Oct, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01551-9
PMID:41028521
|
综述 | 本文综述了YAP/TAZ在肿瘤微环境中的多重作用及其在癌症治疗中的意义 | 系统阐述了YAP/TAZ作为Hippo信号通路关键效应子在肿瘤微环境重塑中的核心调控作用,及其与免疫治疗联合应用的潜力 | 肿瘤选择性和耐药机制等挑战仍然存在 | 探讨YAP在肿瘤微环境中的作用机制及其治疗意义 | 肿瘤微环境中的YAP/TAZ信号通路 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3208 | 2025-11-08 |
Unveiling and verification of mitochondria-related genes as potential diagnostic biomarkers in ulcerative colitis based on bioinformatics analysis and experimental validation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336224
PMID:41187148
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,构建了基于线粒体相关基因的溃疡性结肠炎诊断模型 | 首次系统性地识别线粒体相关差异表达基因作为溃疡性结肠炎的潜在诊断标志物,并验证ACADM和ACADSB基因在疾病中的重要作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要更多前瞻性研究验证诊断模型的临床适用性 | 构建溃疡性结肠炎的诊断模型,阐明线粒体相关基因在疾病发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照者 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 465名溃疡性结肠炎患者和154名健康对照 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3209 | 2025-11-08 |
Finding differentially expressed genes between cell fates predicted by image-based deep learning
2025, Biophysics and physicobiology
IF:1.6Q4
DOI:10.2142/biophysico.bppb-v22.0022
PMID:41189733
|
研究论文 | 开发了一种整合基于图像的深度学习细胞命运预测与单细胞转录组分析的方法,用于发现不同预测命运间的差异表达基因 | 首次将图像基深度学习细胞命运预测与单细胞全转录组分析相结合,在转录组谱未显示明显聚类时仍能检测差异表达基因 | 仅作为原理验证应用于热应激诱导的细胞死亡模型,尚未在其他细胞命运决定过程中验证 | 发现细胞命运决定过程中的早期触发基因 | 哺乳动物细胞系(经历热应激后命运不同的细胞) | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 延时成像, 深度学习 | 深度学习模型 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3210 | 2025-11-07 |
ABCA4-mutant human retinal organoids sequencing reveals organoids application in inherited retinal diseases
2025-Dec, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序验证人视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的应用价值 | 首次使用人视网膜类器官模型研究Stargardt病,并在早期发育阶段成功捕捉患者与对照样本间的分子差异 | 样本量较小(仅2名STGD患者),且视网膜类器官模拟晚发性遗传性视网膜疾病特征的能力仍需进一步验证 | 验证视网膜类器官作为遗传性视网膜疾病的疾病模型 | 人视网膜类器官 | 单细胞测序 | Stargardt病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2名STGD患者和健康对照的视网膜类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3211 | 2025-11-07 |
DEHP promotes psoriasis via immune modulation and direct molecular interactions: Evidence from epidemiology, multi-omics, and structural simulation
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180723
PMID:41124907
|
研究论文 | 本研究通过流行病学分析、多组学整合和分子模拟揭示了DEHP通过免疫调节和直接分子相互作用促进银屑病的机制 | 首次提供人群水平的DEHP与银屑病关联证据,整合多组学数据识别核心基因,并通过分子模拟验证DEHP与蛋白的稳定结合 | 研究主要基于美国NHANES数据,样本代表性有限;机制验证主要依赖计算模拟,需要实验进一步证实 | 阐明环境污染物DEHP在银屑病发病机制中的作用 | 美国成年人群体、银屑病相关基因和蛋白、免疫细胞 | 多组学整合分析 | 银屑病 | 流行病学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习、加权基因共表达网络分析 | 流行病学数据、基因表达数据、蛋白质结构数据 | 1523名美国成年人 | NA | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | NA |
| 3212 | 2025-11-07 |
Hair follicle stem cell fate supports distinct clinical endotypes in hidradenitis suppurativa
2025-Nov-06, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70152
PMID:41195937
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了毛囊干细胞在化脓性汗腺炎早期发病机制中的两种不同分化轨迹,并基于临床表型定义了三种疾病内型 | 首次发现毛囊干细胞存在两种不同的分化轨迹,分别与炎症和角化相关,并基于此定义了三种临床内型 | 样本量相对有限(49例患者),且仅分析了病灶周围皮肤 | 研究毛囊干细胞命运在化脓性汗腺炎早期发病机制中的作用 | 化脓性汗腺炎患者和健康捐赠者的毛囊细胞 | 单细胞生物学 | 化脓性汗腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 49例HS患者和健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3213 | 2025-11-07 |
scRNA-Seq reveals anti-lymphoma immune responses in mogamulizumab-associated skin eruptions
2025-Nov-06, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70154
PMID:41195968
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示莫格利珠单抗相关皮疹中抗淋巴瘤免疫反应的分子特征 | 首次在单细胞水平揭示MAR中残留恶性T细胞克隆的沉默状态及抗肿瘤免疫微环境特征 | 样本量较小(MAR组4例,CTCL组6例,健康对照组4例) | 对莫格利珠单抗相关皮疹进行全面的分子特征分析 | 皮肤活检样本(来自MAR患者、未经治疗的CTCL患者和健康对照) | 单细胞基因组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例皮肤活检(4例MAR,6例CTCL,4例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3214 | 2025-11-07 |
TransGRN: a transfer learning-based framework for inferring gene regulatory networks across cell lines
2025-Nov-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3628564
PMID:41191474
|
研究论文 | 提出一种基于迁移学习的跨细胞系基因调控网络推断框架TransGRN | 采用跨细胞系预训练策略,结合多源细胞系scRNA-seq数据与大型语言模型获取的生物学知识,整合基因表达谱与语义信息 | NA | 解决目标细胞类型调控数据稀缺情况下的基因调控网络推断问题 | 跨细胞系的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习, 大型语言模型 | 基因表达数据, 语义信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3215 | 2025-11-07 |
Rapid clonal selection within early hematopoietic cell compartments presages outcome to ivosidenib combination therapy
2025-Nov-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027948
PMID:41191518
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了ivosidenib联合疗法在IDH1突变髓系肿瘤患者中早期克隆选择的动力学特征 | 首次结合高灵敏度单细胞基因分型和单细胞RNA测序技术,在治疗早期识别出具有复发风险的克隆选择过程 | 样本量较小(仅8例患者),需要更大规模研究验证 | 探究靶向治疗中克隆选择的动力学特征和分子机制 | 8例IDH1突变髓系肿瘤患者 | 单细胞组学 | 髓系肿瘤 | 单细胞基因分型, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3216 | 2025-11-07 |
From Gene to Scar: Proteome-Wide Causal Insights into Keloid Pathogenesis and Prevention
2025-Nov-05, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1177/21621918251387987
PMID:41192836
|
研究论文 | 通过大规模孟德尔随机化研究和单细胞RNA测序分析,系统评估血浆蛋白及生活方式因素对瘢痕疙瘩发病风险的因果影响 | 首次建立多层因果推断框架,整合蛋白质组学、表型组学和单细胞转录组学数据,在单细胞分辨率上验证RSPO3作为瘢痕疙瘩致病因子 | 研究样本量相对有限,仅包含30名患者的单细胞数据 | 识别瘢痕疙瘩的新型治疗靶点和可改变风险因素 | 瘢痕疙瘩患者和4,907种血浆蛋白及8,155种生活方式相关特征 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,中介分析 | 因果推断模型 | 基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 30名患者的194,366个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3217 | 2025-11-07 |
A Single-cell and Spatially Resolved Cell Atlas of Human Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov-04, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf095
PMID:41191515
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学技术构建了人类食管鳞状细胞癌的单细胞和空间分辨率细胞图谱 | 首次系统揭示了COL17A1+上皮细胞和POSTN+成纤维细胞亚群在肿瘤免疫抑制微环境中的关键作用及其相互作用机制 | NA | 阐明食管鳞状细胞癌免疫抑制微环境的分子特征和机制 | 人类食管鳞状细胞癌及匹配的非肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,代谢组学 | NA | 单细胞RNA序列数据,空间转录组数据,代谢组数据 | 一系列人类食管鳞状细胞癌及匹配非肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3218 | 2025-11-07 |
Adipocyte death promotes hepatic infiltration of S100A8+ macrophages and steatotic liver disease progression in mice
2025-Nov-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI190635
PMID:41178716
|
研究论文 | 本研究揭示脂肪细胞死亡通过诱导S100A8+巨噬细胞肝脏浸润促进肝细胞脂质积累和代谢功能障碍相关脂肪性肝病进展的机制 | 首次发现脂肪细胞死亡通过S100A8+巨噬细胞-CCN3-CD36轴驱动肝脏脂肪变性的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究脂肪细胞死亡如何促进肝脏脂肪积累和MASLD进展 | 基因修饰小鼠模型 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3219 | 2025-11-07 |
Elucidating the role of SIRT2 in hepatocellular carcinoma through multi-omics and deep learning
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03879-0
PMID:41182638
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和深度学习探讨SIRT2在肝细胞癌中的作用机制 | 首次结合铜死亡机制、单细胞测序、空间转录组和深度学习生存神经网络构建肝细胞癌预后模型 | 未明确说明样本量大小,机制研究仍需实验验证 | 阐明SIRT2在肝细胞癌发生发展中的作用机制 | 肝细胞癌组织样本和相关的基因表达数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序, 深度学习 | DeepSurv神经网络 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3220 | 2025-11-07 |
Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells
2025-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13813
PMID:39908990
|
研究论文 | 本研究探讨了18q染色体缺失如何通过改变TGFβ信号通路影响人胚胎干细胞中前后神经外胚层命运决定 | 首次揭示了18q缺失通过干扰TGFβ信号通路导致前后神经外胚层命运决定失衡的具体机制 | 研究仅针对体外培养的干细胞模型,未验证在体内环境中的表现 | 探究染色体异常对人多能干细胞分化潜能的影响机制 | 人胚胎干细胞(hESCs)及其分化产物 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达时序分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 具有复杂核型的人胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |