单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3161	2025-01-06	Physiological premature aging of ovarian blood vessels leads to decline in fertility in middle-aged mice 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55509-y PMID:39747922	研究论文	本文通过全器官成像技术观察中年小鼠卵巢血管密度和血管生成强度的显著下降，揭示了卵巢血管生理性早衰导致生育能力下降的机制	首次通过单细胞测序技术识别出卵巢血管内皮老化是导致卵巢血管功能下降的主要因素，并提出使用天然化合物红景天苷逆转卵巢血管老化、促进卵巢血管生成的新策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究中年女性卵巢功能下降的机制，并寻找提高生育能力的策略	中年小鼠的卵巢血管	生殖生物学	生育能力下降	全器官成像、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	图像、基因表达数据	中年小鼠
3162	2025-01-06	Spatiotemporal dynamics of early oogenesis in pigs 2025-Jan-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03464-8 PMID:39748324	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术，探索了猪早期卵子发生过程中的时空基因表达谱和卵巢微环境的空间组织	首次揭示了猪卵巢中生殖细胞在卵子发生过程中的“皮质到髓质”分布模式，并验证了NOTCH信号和细胞外基质蛋白在调控生殖细胞命运中的关键作用	研究主要基于猪模型，尽管与人类具有保守性，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索早期卵子发生的时空动态及其调控机制	猪卵巢中的生殖细胞和体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据、空间转录组数据	猪卵巢组织
3163	2025-01-06	Gastric cancer-derived exosomal let-7 g-5p mediated by SERPINE1 promotes macrophage M2 polarization and gastric cancer progression 2025-Jan-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03269-4 PMID:39748408	研究论文	本研究揭示了胃癌细胞通过SERPINE1调控外泌体let-7 g-5p转移，促进巨噬细胞M2极化的新机制	首次发现SERPINE1通过调控外泌体let-7 g-5p转移促进巨噬细胞M2极化，为胃癌免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	揭示胃癌细胞中SERPINE1驱动恶性表型和M2巨噬细胞极化的分子机制，为选择性靶向M2极化TAMs提供新的治疗靶点	胃癌细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序、外泌体干预实验、小RNA测序、Western blotting、CoIP实验、蛋白质芯片、ChIP实验、双荧光素酶报告实验	NA	转录组数据、临床数据、单细胞测序数据、外泌体RNA数据	胃癌组织和邻近组织样本、小鼠异种移植肿瘤模型
3164	2025-01-06	Pan-cancer drivers of metastasis 2025-Jan-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02182-w PMID:39748426	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了六种癌症类型中转移性和非转移性肿瘤的基因调控程序，揭示了驱动转移进展的核心基因特征和转录因子网络	发现了SP1和KLF5作为关键调控因子，分别在多个癌症类型的转移过程中发挥驱动和抑制作用，并揭示了SP1在癌细胞生存、侵袭性生长和转移定植中的角色	研究样本仅限于六种癌症类型，可能无法完全代表所有癌症的转移机制	揭示跨癌症转移的核心基因调控程序	六种癌症类型中的转移性和非转移性肿瘤	癌症研究	癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过200名患者的肿瘤样本
3165	2025-01-06	Parkin modulates the hepatocellular carcinoma microenvironment by regulating PD-1/PD-L1 signalling 2025-Jan-02, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.045 PMID:39755271	研究论文	本研究探讨了Parkin在四氯化碳诱导的肝肿瘤免疫微环境中的作用，揭示了Parkin通过调节PD-1/PD-L1信号通路影响抗肿瘤免疫反应的机制	首次揭示了Parkin通过调节PD-1/PD-L1信号通路在肝肿瘤免疫微环境中的关键作用，并提出了通过重新引入Parkin或增强线粒体自噬来重塑肿瘤微环境的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肝细胞癌中进行验证	探讨Parkin在肝肿瘤免疫微环境中的作用及其机制	四氯化碳诱导的肝肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序分析、Western blot、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	Park2-/-小鼠和对照组小鼠
3166	2025-01-06	CD206+ Trem2+ macrophage accumulation in the murine knee joint after injury is associated with protection against post-traumatic osteoarthritis in MRL/MpJ mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312587 PMID:39752388	研究论文	本文研究了小鼠膝关节损伤后CD206+ Trem2+巨噬细胞的积累与MRL/MpJ小鼠对创伤后骨关节炎的保护作用之间的关系	通过单细胞RNA测序技术，揭示了MRL/MpJ小鼠在创伤后骨关节炎中表现出更强的抗炎反应，特别是CD206+ Trem2+巨噬细胞的富集	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨创伤后骨关节炎（PTOA）发展或消退的分子机制	C57BL/6J（B6）和MRL/MpJ（MRL）小鼠的膝关节	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	C57BL/6J（B6）和MRL/MpJ（MRL）小鼠的膝关节样本
3167	2025-01-06	Uncovering NK cell sabotage in gut diseases via single cell transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0315981 PMID:39752457	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了自然杀伤（NK）细胞在肠道疾病中的破坏作用，并比较了溃疡性结肠炎（UC）和结直肠癌（CRC）的免疫病理反应	首次通过单细胞RNA测序数据集分析了UC和CRC患者结肠组织中的免疫细胞特征，并揭示了UC和CRC中NK细胞介导的免疫反应及其特异性通路	研究样本量未明确说明，且未探讨其他免疫细胞在UC和CRC中的潜在作用	揭示UC和CRC的免疫微环境及NK细胞介导的免疫反应，为免疫治疗提供潜在靶点	健康供体、UC患者和CRC患者的结肠组织	单细胞转录组学	溃疡性结肠炎、结直肠癌	单细胞RNA测序、免疫染色、激光共聚焦显微镜	NA	单细胞RNA测序数据、图像数据	未明确说明
3168	2025-01-06	Macrophage HERC6 Promotes NAFLD: Integrated Analyses of Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptome 2025-Jan-01, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073344957241222151713 PMID:39754760	研究论文	本研究探讨了HERC6相关免疫反应与非酒精性脂肪肝病（NAFLD）之间的关系，并筛选了新型治疗药物	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，揭示了HERC6在NAFLD中的关键作用，并筛选出潜在治疗药物	研究主要依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索HERC6相关免疫反应与NAFLD的关系，并筛选治疗药物	NAFLD患者及肥胖患者的肝脏样本	生物信息学	非酒精性脂肪肝病	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、药物敏感性评估	NA	RNA测序数据	公开数据集GSE168933和GSE83452中的肝脏样本
3169	2025-01-05	Spatial transcriptomics in bone mechanomics: Exploring the mechanoregulation of fracture healing in the era of spatial omics 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp8496 PMID:39742473	研究论文	本文介绍了一种基于空间转录组学的“力学组学”平台，用于探索骨折愈合中的机械调控机制	该平台整合了时间序列的体内微计算机断层扫描、空间转录组学和微有限元分析，能够在空间上解析细胞分子特征与其局部体内机械环境的关系	NA	研究骨折愈合过程中细胞对局部机械应力的转录组反应	骨折部位的细胞	数字病理学	骨折	空间转录组学、微计算机断层扫描、微有限元分析	NA	空间转录组数据、图像数据	NA
3170	2025-01-05	A joint analysis of single cell transcriptomics and proteomics using transformer 2025-Jan-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00484-9 PMID:39743530	研究论文	本文提出了一种基于Transformer编码器层的深度学习框架scTEL，用于从单细胞RNA测序数据预测未观察到的蛋白质表达	scTEL模型通过计算方式显著降低了蛋白质表达测序的实验成本，并提供了一个统一框架来整合多个CITE-seq数据集	未提及具体局限性	揭示细胞异质性，降低蛋白质表达测序的实验成本	单细胞RNA和蛋白质表达数据	机器学习	NA	CITE-seq, scRNA-seq	Transformer	RNA和蛋白质表达数据	公共CITE-seq数据集
3171	2025-01-05	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，揭示了与神经系统疾病相关的免疫细胞群体	发现了一种新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅在脑脊液中出现，并且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的结合，可能存在数据一致性和样本代表性的问题	阐明神经系统疾病的病理生理学，特别是脑脊液中的免疫细胞群体	脑脊液和血液样本中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	139名受试者，包括135份脑脊液样本和58份血液样本
3172	2025-01-02	Single-cell sequencing analysis reveals cetuximab resistance mechanism and salvage strategy in colorectal cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70151 PMID:39739554	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3173	2025-01-05	CircMVP promotes METTL3 activation mediated CTNNB1 m6A modification in the inhibition of colorectal cancer in B7-H3 dependence antitumor immunity 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105324 PMID:39744434	研究论文	本研究探讨了环状RNA circMVP在结直肠癌（CRC）中通过促进METTL3激活介导的CTNNB1 m6A修饰，抑制B7-H3依赖的抗肿瘤免疫反应的机制	揭示了circMVP通过METTL3介导的m6A修饰调控β-catenin表达，进而影响B7-H3依赖的抗肿瘤免疫反应的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	阐明circRNA与结直肠癌抗肿瘤免疫抑制之间的调控关系	结直肠癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	结直肠癌	qRT-PCR、RNA pull-down、单细胞RNA测序、EMSA、RNA免疫沉淀、染色质免疫沉淀、多核糖体分析	NA	RNA测序数据、临床样本数据	结直肠癌患者样本和细胞系
3174	2025-01-05	Genetically Predicted Immune Cell Traits Mediate the Causal Association Between Plasma Metabolites and Colorectal Cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.101011 PMID:39744475	研究论文	本研究通过两步两样本孟德尔随机化方法，评估了1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌之间的因果关系，并探讨了免疫细胞特征在其中的中介作用	首次使用两步两样本孟德尔随机化方法，结合单细胞RNA测序技术，揭示了血浆代谢物通过特定免疫细胞特征影响结直肠癌的因果机制	研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且样本量虽大但具体样本类型未明确说明	探讨血浆代谢物与结直肠癌之间的因果关系，以及免疫细胞特征在其中的中介作用	1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌	生物信息学	结直肠癌	两步两样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)汇总数据、单细胞RNA测序数据	NA（未明确说明具体样本数量，但涉及1400种血浆代谢物和731种免疫细胞特征）
3175	2025-01-05	Mitochondrial Gene Scoring System: Predicting Prognosis and Precision Therapy for TACE Non-Response in Hepatocellular Carcinoma Patients 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103946 PMID:39744494	研究论文	本文开发了两个独立的线粒体评分系统，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和经动脉化疗栓塞（TACE）无反应的可能性	开发了两个独立的线粒体评分系统（RPS和RDS），用于预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性，并探索了TACE无反应患者的替代疗法	未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性	预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性，并探索替代疗法	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO Cox回归分析、LASSO逻辑回归分析	基因数据	NA
3176	2025-01-05	Cell-type-specific regulators landscape and regulatory mechanisms underlying pyroptosis in uterine corpus endometrial carcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.100547 PMID:39744500	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了子宫体子宫内膜癌（UCEC）中与细胞焦亡相关基因的景观及其调控机制	首次在UCEC组织中通过单细胞RNA测序揭示了细胞焦亡相关基因的表达模式，并验证了其在肿瘤组织中的异常病理特征	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探讨UCEC中细胞焦亡相关基因的表达模式及其在肿瘤发生和发展中的作用	6089个UCEC组织细胞	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），RNA测序，定量实时PCR，免疫组织化学	NA	RNA测序数据，病理图像	6089个UCEC组织细胞
3177	2025-01-05	The cellular signaling crosstalk between memory B cells and tumor cells in nasopharyngeal carcinoma cannot be overlooked: Their involvement in tumor progression and treatment strategy is significant 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.101420 PMID:39744570	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析探讨了鼻咽癌中B细胞亚群的分子生物标志物和预后因素，并研究了其潜在机制	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了鼻咽癌中B细胞亚群的多样性及其与肿瘤细胞的相互作用，揭示了C4 CD86+记忆B细胞在肿瘤进展中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证，且样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨鼻咽癌中B细胞亚群的分子机制及其在肿瘤进展和治疗中的作用	鼻咽癌患者肿瘤和血液样本中的B细胞亚群	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	PCA, Monocle, Slingshot, CellChat, LASSO回归, Cox回归	单细胞RNA测序数据	鼻咽癌患者的肿瘤和血液样本
3178	2025-01-05	Unveiling the Prognostic Power and Immune Landscape of MyD88 in Breast Cancer: an Integrative Bioinformatics and IHC Approach 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103403 PMID:39744584	研究论文	本研究结合生物信息学和免疫组织化学方法，探讨了MyD88在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和IHC技术，全面分析MyD88在乳腺癌中的表达及其与免疫景观的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认MyD88的机制和治疗潜力	探索MyD88在乳腺癌中的预后价值和免疫学作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学(IHC)	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组织化学图像	NA
3179	2025-01-05	PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102597 PMID:39744686	研究论文	本文探讨了PIM1在内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其对动脉粥样硬化（AS）进展的影响	揭示了PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在促进AS进展中的关键作用，并提出了新的预防策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究PIM1在动脉粥样硬化中的作用机制	小鼠和人类动脉粥样硬化病变	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、定量PCR、Western blotting、免疫组化、Co-IP、H&E染色、Oil Red O染色、Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织染色数据	不同时间段高脂饮食喂养的小鼠动脉粥样硬化斑块
3180	2025-01-05	Integrated Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Critical Blood Biomarkers and Potential Mechanisms in Epilepsy 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70172 PMID:39753851	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别了与癫痫相关的关键血液生物标志物和潜在机制	结合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了癫痫的遗传倾向和免疫环境动态，并开发了抗癫痫药物反应的预测模型	研究主要基于外周血样本和动物模型，可能无法完全反映人类大脑中的复杂情况	探索癫痫的遗传因素和免疫环境动态，识别关键基因和潜在机制	癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型	基因组学	癫痫	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析、eQTLGen、全基因组关联研究、CIBERSORT	预测模型	基因表达数据、蛋白质组数据	癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型