单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3141	2025-01-07	The molecular mechanism of gemcitabine in inhibiting the HIF-1α/VEGFB/FGF2/FGFR1 signaling pathway for ovarian cancer treatment 2025-Jan-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01723-5 PMID:39752011	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据和吉西他滨治疗后的转录组数据，揭示了缺氧诱导因子1α（HIF-1α）在调节治疗过程中的关键作用	揭示了HIF-1α在吉西他滨治疗卵巢癌中的分子机制，特别是其通过调节VEGF-B表达抑制FGF2/FGFR1信号通路的角色	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索吉西他滨治疗卵巢癌的分子机制	卵巢癌细胞	分子生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析	NA	RNA测序数据，转录组数据	NA
3142	2025-01-07	Deeper response predicts better outcomes in high-risk-smoldering-myeloma: results of the I-PRISM phase II clinical trial 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55308-5 PMID:39753553	研究论文	本文报道了I-PRISM II期临床试验的结果，评估了ixazomib、lenalidomide和dexamethasone在55名高风险冒烟型多发性骨髓瘤（HR-SMM）患者中的疗效	首次评估了生化进展或反应深度是否预测长期结果，并发现深度反应显著改善了进展时间	单臂试验设计，缺乏对照组	评估早期治疗干预在HR-SMM中的长期效果	55名HR-SMM患者	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	临床数据	55名患者
3143	2025-01-07	Machine learning based identification of an amino acid metabolism related signature for predicting prognosis and immune microenvironment in pancreatic cancer 2025-Jan-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13374-4 PMID:39754071	研究论文	本研究通过整合10种机器学习算法，识别出与胰腺癌预后和免疫微环境相关的氨基酸代谢特征，并验证了其在不同队列中的有效性	结合10种机器学习方法，首次识别出基于4个基因的氨基酸代谢特征，并揭示了其与胰腺癌预后、免疫微环境及治疗反应的关联	研究依赖于机器学习算法的组合，可能存在模型选择和参数优化的局限性	探索氨基酸代谢特征在胰腺癌预后和免疫微环境中的作用	胰腺癌患者	机器学习	胰腺癌	机器学习算法、GSEA、TMB分析、药物敏感性分析、CIBERSORT、ssGSEA、单细胞转录组学、qPCR、免疫组化	多种机器学习算法组合	基因表达数据、单细胞转录组数据、临床数据	内部和外部队列的胰腺癌患者样本
3144	2025-01-07	Potential role of P4HB in the tumor microenvironment and its clinical prognostic value: a comprehensive pan-cancer analysis and experimental validation with a focus on KIRC 2025-Jan-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03575-z PMID:39754183	研究论文	本文通过全面的泛癌分析和实验验证，探讨了P4HB在肿瘤微环境中的潜在作用及其在肾透明细胞癌（KIRC）中的临床预后价值	首次全面分析了P4HB在泛癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系，并通过实验验证了P4HB在肾透明细胞癌中的致癌作用	研究主要基于TCGA和HPA数据库，实验验证仅限于肾透明细胞癌细胞，未涉及其他癌症类型	探讨P4HB在肿瘤微环境中的作用及其在肾透明细胞癌中的临床预后价值	泛癌数据及肾透明细胞癌细胞	数字病理学	肾癌	单细胞测序、免疫细胞浸润分析、集落形成实验、伤口愈合实验	NA	RNA和蛋白质表达数据	TCGA数据库中的泛癌数据及肾透明细胞癌细胞
3145	2025-01-07	Loss of PI5P4Kα Slows the Progression of a Pten Mutant Basal Cell Model of Prostate Cancer 2025-01-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	本文研究了代谢酶PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用，特别是在基底细胞中的特异性影响	开发了一种基底细胞特异性的基因工程小鼠模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了PI5P4Kα在PTEN突变前列腺癌中的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	基底细胞特异性基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据	基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞
3146	2025-01-07	The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006 PMID:39332674	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在健康和疾病状态下近端小管亚型理解中的主要进展，并介绍了肾脏精准医学项目的scRNA-seq图谱中定义的主要细胞状态	通过整合肾脏精准医学项目与其他重要研究的scRNA-seq数据，明确了近端小管细胞在损伤和再生过程中的关键转录组标记	不同研究可能使用不同的命名法或聚类分辨率来定义细胞状态亚型，可能导致数据整合和比较的复杂性	理解近端小管细胞在损伤和再生过程中的关键转录组标记	近端小管细胞	精准医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3147	2025-01-07	Aspiration of acidified milk induces milk allergy by activating alveolar macrophages in mice 2025-Jan, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.08.001 PMID:39209584	研究论文	本研究通过开发一种新型小鼠模型，探讨了胃食管反流（GER）在牛奶过敏（CMA）发展中的潜在致病机制，并阐明了肺部先天免疫与CMA之间的免疫学联系	开发了一种利用天然抗原并遵循生理性气道致敏途径的新型小鼠模型，命名为酸化牛奶吸入诱导过敏模型，该模型可能更接近临床场景	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨胃食管反流在牛奶过敏发展中的作用及其免疫学机制	小鼠	免疫学	牛奶过敏	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3148	2025-01-07	TPD52 as a Therapeutic Target Identified by Machine Learning Shapes the Immune Microenvironment in Breast Cancer 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70333 PMID:39757112	研究论文	本研究利用机器学习方法探讨了肿瘤蛋白D52（TPD52）在乳腺癌中作为关键免疫调节因子的作用	通过机器学习方法识别TPD52作为乳腺癌免疫微环境的关键调节因子，并结合单细胞RNA测序和体外验证进行研究	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	探讨TPD52在乳腺癌免疫微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	乳腺癌及其免疫微环境	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3149	2025-01-06	Increased lamina propria B cells play roles in fructose-induced hypertension of Dahl salt-sensitive rats 2025-Jan-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123314 PMID:39675553	研究论文	本文研究了高果糖饮食对Dahl盐敏感大鼠高血压的影响，特别是肠道固有层B细胞的作用	通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了高果糖饮食诱导的高血压中肠道固有层B细胞的作用	研究仅针对Dahl盐敏感大鼠，未涉及其他动物模型或人类样本	探讨高果糖饮食诱导的高血压中免疫细胞的作用	Dahl盐敏感大鼠和Dahl盐抵抗大鼠	免疫学	高血压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	Dahl盐敏感大鼠和Dahl盐抵抗大鼠，每组接受自来水或20%果糖溶液4周
3150	2025-01-06	Transcriptomic DN3 clock neuron subtypes regulate Drosophila sleep 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4580 PMID:39752484	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对果蝇大脑中的时钟神经元进行了全面的转录组细胞类型普查，特别关注了DN3神经元亚型及其在睡眠调节中的作用	首次对果蝇大脑中DN3时钟神经元进行了全面的转录组分析，揭示了其12个不同的基因表达簇，并发现这些神经元通过G蛋白偶联受体促进睡眠	研究主要集中于果蝇模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚不明确	探索时钟神经元在睡眠调节中的作用	果蝇大脑中的DN3时钟神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	果蝇大脑中的DN3时钟神经元
3151	2025-01-06	Transcriptome and DNA methylation profiling during the NSN to SN transition in mouse oocytes 2025-Jan-03, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00527-3 PMID:39754059	研究论文	本研究通过单细胞转录组和DNA甲基化分析，探讨了小鼠卵母细胞从非包围核仁（NSN）到包围核仁（SN）阶段的转变过程中的分子变化	开发了一个分类器，能够从单细胞或批量RNA-seq数据中推断染色质状态，并识别了SN卵母细胞中与不寻常染色质修饰组合相关的晚期甲基化区域	研究主要集中在小鼠卵母细胞，结果可能不直接适用于其他物种	探讨小鼠卵母细胞在NSN到SN转变过程中的转录组和DNA甲基化变化	小鼠卵母细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞亚硫酸氢盐测序（scBS-seq）	NA	单细胞转录组数据、DNA甲基化数据	NA
3152	2025-01-06	Inhibition of METTL14 overcomes CDK4/6 inhibitor resistance driven by METTL14-m6A-E2F1-axis in ERα-positive breast cancer 2025-Jan-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03021-2 PMID:39754249	研究论文	本文研究了ERα阳性乳腺癌中CDK4/6抑制剂耐药性的机制，并提出了通过抑制METTL14来克服耐药性的策略	首次通过全基因组CRISPR/Cas9文库筛选结合单细胞测序技术，鉴定出METTL14是CDK4/6抑制剂敏感性的决定因素，并发现了一种新型METTL14抑制剂WKYMVM	研究主要基于实验室模型和临床样本，尚未进行大规模临床试验验证	探索ERα阳性乳腺癌中CDK4/6抑制剂耐药性的机制，并寻找克服耐药性的方法	ERα阳性乳腺癌细胞和临床样本	癌症研究	乳腺癌	全基因组CRISPR/Cas9文库筛选、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床样本数据	临床样本和实验室模型
3153	2025-01-06	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jan-03, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	研究论文	本研究通过多组学和网络药理学方法探索了非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	首次结合单细胞和空间转录组学技术，识别了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布，并验证了非瑟酮在牙周炎动物模型中的治疗效果	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人类牙周韧带成纤维细胞（PDLFs）	生物医学	牙周炎	单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学分析	NA	转录组数据、实验数据	NA
3154	2025-01-06	Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model 2025-Jan-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005 PMID:39500314	研究论文	本文研究了在小鼠海马体中通过诱导多能干细胞（iPSC）衍生的人类神经元，探讨了微胶质细胞在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的作用	通过微胶质细胞耗竭的嵌合模型，揭示了神经元APOE4与微胶质细胞在AD病理形成中的协同作用	研究依赖于嵌合小鼠模型，可能无法完全模拟人类AD的复杂病理	探讨微胶质细胞对神经元APOE4相关AD发病机制的影响	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的人类神经元和微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	嵌合小鼠模型中的iPSC衍生人类神经元
3155	2025-01-06	Specifically blocking αvβ8-mediated TGF-β signaling to reverse immunosuppression by modulating macrophage polarization 2025-Jan-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03250-1 PMID:39743547	研究论文	本文研究了通过特异性阻断αvβ8介导的TGF-β信号通路来逆转免疫抑制，并通过调节巨噬细胞极化来抑制肿瘤生长	开发了一种特异性抗αvβ8抗体130H2，并通过单细胞RNA测序和冷冻电镜单颗粒分析揭示了其作用机制，证明了其在体内外的高效抗肿瘤效果	αvβ8的表达谱仍存在争议，且抗αvβ8抗体的抗肿瘤机制尚未完全阐明	研究αvβ8在肿瘤中的表达及其在TGF-β信号通路中的作用，开发并评估特异性抗αvβ8抗体的抗肿瘤效果	人类肿瘤样本、小鼠模型、人类外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、食蟹猴	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、冷冻电镜单颗粒分析、药代动力学研究	NA	RNA测序数据、冷冻电镜图像、药代动力学数据	多种人类肿瘤样本、小鼠模型、人类PBMCs、食蟹猴
3156	2025-01-06	ImageDoubler: image-based doublet identification in single-cell sequencing 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55434-0 PMID:39747095	研究论文	本文介绍了一种基于图像的模型ImageDoubler，用于在单细胞测序中识别双联体和缺失样本	ImageDoubler利用Fluidigm单细胞测序图像数据，显著提高了双联体检测效率，F1分数比现有基于基因组的方法至少提高了33.1%	当前基于基因组的技术存在局限性，尤其是在同质细胞群体中效果不佳，并可能引入实验过程中的偏差	开发一种更有效的双联体检测方法，以解决单细胞测序中的数据误读问题	单细胞测序中的双联体和缺失样本	数字病理学	NA	Fluidigm单细胞测序	基于图像的模型	图像	NA
3157	2025-01-06	Single-cell RNA sequencing identifies CXADR as a fate determinant of the placental exchange surface 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55597-w PMID:39747179	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了小鼠滋养层干细胞在分化早期阶段的命运决定因子CXADR，并揭示了胎盘交换表面形成的调控机制	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了小鼠滋养层干细胞分化早期的命运决定因子CXADR，并发现其调控胎盘交换表面形成的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类胎盘中进行验证	研究胎盘形成过程中滋养层干细胞的分化机制，特别是胎盘交换表面的形成	小鼠滋养层干细胞	单细胞RNA测序	妊娠并发症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠滋养层干细胞样本
3158	2025-01-06	Molecular and spatial analysis of tertiary lymphoid structures in Sjogren's syndrome 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54686-0 PMID:39747819	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学技术，研究了Sjogren综合征和干燥综合征患者小唾液腺中的三级淋巴结构，构建了其形成和功能关键成分的细胞和空间图谱	确认了成纤维细胞状态的存在，并识别了具有潜在免疫功能的周细胞/壁细胞状态，为自身免疫和癌症中与三级淋巴结构相关的情况提供了关键治疗线索	NA	研究三级淋巴结构在Sjogren综合征和干燥综合征中的形成和功能机制	Sjogren综合征和干燥综合征患者的小唾液腺	分子生物学	Sjogren综合征	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	Sjogren综合征和干燥综合征患者的小唾液腺样本
3159	2025-01-06	Trigger inducible tertiary lymphoid structure formation using covalent organic frameworks for cancer immunotherapy 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55430-4 PMID:39747845	研究论文	本文探讨了使用共价有机框架（COF）诱导三级淋巴结构（TLS）形成以增强癌症免疫治疗效果的方法	利用共价有机框架（COF）诱导TLS形成，并通过单细胞测序分析揭示了其通过促进细胞因子过度分泌来实现的机制	研究仅在MC38和4MOSC1两种雌性肿瘤模型中进行验证，尚未在更广泛的肿瘤类型中测试	探索诱导TLS形成的有效策略以增强癌症免疫治疗效果	三级淋巴结构（TLS）和共价有机框架（COF）	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	MC38和4MOSC1雌性肿瘤模型	NA	NA
3160	2025-01-06	Orthologous marker groups reveal broad cell identity conservation across plant single-cell transcriptomes 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55755-0 PMID:39747890	研究论文	本文介绍了一种名为Orthologous Marker Gene Groups (OMGs)的新计算策略，用于在植物单细胞转录组中识别细胞类型并比较不同物种间的细胞类型	提出了一种无需跨物种数据整合即可准确确定物种间细胞相似性的新方法，并开发了一个用户友好的网络工具OMG浏览器	NA	解决植物单细胞RNA测序中细胞类型标记基因稀缺和表达模式差异的问题，提高细胞类型识别的准确性并研究细胞类型的保守性	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15种不同植物物种的1百万个细胞，268个细胞簇