单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3081	2025-01-14	Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets 2025-Jan, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02894-2 PMID:39548315	研究论文	本研究通过整合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，揭示了卵巢癌的分子亚型相关的细胞景观和免疫治疗靶点	识别了四种具有不同临床意义的蛋白质组学亚型，并发现了CD40作为C2亚型的特异性预后因子，以及TYMP抑制剂作为非免疫患者的潜在治疗策略	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序分析仅涉及8个肿瘤样本	探索卵巢癌分子亚型与其治疗意义之间的联系	154个上皮性卵巢癌肿瘤样本和29个正常输卵管样本，以及8个额外的卵巢癌肿瘤样本	数字病理学	卵巢癌	质谱蛋白质组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据，单细胞RNA测序数据	154个肿瘤样本，29个正常样本，8个肿瘤样本用于scRNA-seq
3082	2025-01-14	Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring 2025-Jan, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00322-3 PMID:39558136	研究论文	本文开发了一种新的高分辨率空间多组学方法，整合了空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了伤口修复过程中细胞间通讯和信号传导的新特征	开发了一种新的高分辨率空间多组学方法，整合了空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了伤口修复过程中细胞间通讯和信号传导的新特征，并识别了与炎症相关疤痕形成相关的基因，包括整合素β样1（Itgbl1）	研究中使用的PU.1小鼠缺乏炎症反应，可能限制了研究结果的普适性	研究伤口修复过程中细胞间通讯和信号传导的分子机制，特别是与炎症相关疤痕形成的关系	小鼠和人类原代成纤维细胞	生物信息学	伤口疤痕	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、Visium转录组学	NA	转录组数据	PU.1小鼠和人类原代成纤维细胞
3083	2025-01-14	Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976 PMID:39657893	研究论文	本文通过分析阿尔茨海默病（AD）患者的单细胞RNA测序数据，揭示了外周血单核细胞中CD4+细胞毒性T细胞（CD4-CTLs）的显著增加，并验证了其在体内和体外的相关性	首次发现CD4-CTLs在AD患者外周血中的扩张，并识别了转录因子TBX21和MYBL1作为关键驱动因素，同时通过孟德尔随机化识别了风险基因SRGN和ITGB1	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证这些发现的生物学意义	探讨CD4+细胞毒性T细胞在阿尔茨海默病中的作用及其扩张机制	阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3084	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974 PMID:39694081	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱	首次在单细胞分辨率下提供了驴睾丸和附睾的全面转录图谱，并识别了特定生殖细胞和附睾主细胞中的关键基因表达模式	研究局限于驴的生殖细胞，未涉及其他物种或更广泛的生殖生物学问题	提供驴精子发生和成熟过程的全面单细胞景观分析	驴的睾丸和附睾细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，但涉及驴的睾丸和附睾细胞
3085	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982 PMID:39706310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肌成纤维细胞在伤口修复中的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肌成纤维细胞在不同伤口愈合情况下的多样性，并识别出11个亚群	研究样本主要来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕，可能无法完全代表所有类型的伤口修复情况	探索肌成纤维细胞在伤口修复中的多样性和功能	肌成纤维细胞	生物信息学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	89,148个细胞，来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕
3086	2025-01-14	Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study 2025-Jan, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004 PMID:39729926	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨青少年特发性关节炎（JIA）与乳腺癌风险之间的潜在机制	首次使用WGCNA和共识机器学习标签方法，结合Bulk-seq和scRNA-seq数据分析，揭示了JIA与乳腺癌风险之间的潜在基因联系	研究为初步探索，样本量有限，需进一步实验验证	探讨JIA对癌症风险的潜在机制	青少年特发性关节炎（JIA）和乳腺癌	生物信息学	乳腺癌	Bulk-seq, scRNA-seq, WGCNA, 共识机器学习标签	NA	基因表达数据	从GEO数据库和TCGA数据库中选取的Bulk-seq数据，以及scRNA-seq数据
3087	2025-01-13	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2025-Feb, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了高海拔和低海拔环境下牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	首次构建了牦牛肺组织的单细胞图谱，揭示了高海拔环境下AEC II的免疫调节、粘附和代谢活动的增强	研究仅针对牦牛，未涉及其他高原动物或人类的适应性机制	探讨牦牛肺泡II型上皮细胞在高海拔和低海拔环境下的适应性差异	牦牛肺泡II型上皮细胞	单细胞测序	NA	10×单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）的牦牛肺组织样本
3088	2025-01-13	Unraveling the potential mechanism and prognostic value of pentose phosphate pathway in hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis integrating bulk transcriptomics and single-cell sequencing data 2025-Jan-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01521-w PMID:39798003	研究论文	本研究旨在构建基于戊糖磷酸途径（PPP）相关基因的模型，用于肝细胞癌（HCC）患者的风险评估和预后预测	整合了TCGA、GEO和ICGC数据库的RNA-seq和微阵列数据，以及通过GEO获得的HCC患者的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，构建了一个新的PPP相关基因特征，展示了良好的预测性能	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	评估PPP在HCC中的潜在机制和预后价值	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO惩罚的Cox回归模型	RNA-seq数据, 微阵列数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的HCC患者数据
3089	2025-01-13	Identification and Construction of a R-loop Mediated Diagnostic Model and Associated Immune Microenvironment of COPD through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-11, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02232-x PMID:39798034	研究论文	本文通过机器学习和单细胞转录组学技术，识别并构建了R-loop介导的慢性阻塞性肺疾病（COPD）诊断模型及其相关的免疫微环境	首次利用12种机器学习算法（150种组合）识别出14个与COPD相关的核心R-loop调节因子（RLRs），并基于这些RLRs构建了COPD风险评分模型，区分出两种不同的COPD亚型	研究主要基于转录组数据，未涉及其他类型的数据验证，且样本量未明确说明	探讨R-loop调节因子在COPD中的作用，并构建基于RLRs的COPD诊断模型	COPD患者的肺组织样本和COPD小鼠的肺组织	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、RT-PCR	机器学习模型	转录组数据	NA
3090	2025-01-11	Targeting pathological brain activity-related to neuroinflammation through scRNA-seq for new personalized therapies in Parkinson's disease 2025-Jan-10, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02086-7 PMID:39788941	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3091	2025-01-13	The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment 2025-Jan-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01775-1 PMID:39789404	研究论文	本文通过多种机器学习方法构建并验证了与组蛋白赖氨酸乳酸化（Kla）相关的基因模型，探讨了这些基因在肝细胞癌（HCC）预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	首次构建了基于Kla相关基因的HCC预后模型，并结合单细胞分析、空间转录组学、孟德尔随机化和实验验证，全面探讨了Kla基因在HCC中的作用	研究依赖于多个数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且实验验证仅限于Huh7和LO2细胞系	探索Kla相关基因在HCC预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因和免疫细胞	机器学习	肝细胞癌	qRT-PCR, 单细胞分析, 空间转录组学, 孟德尔随机化	ROC, Kaplan‒Meier曲线, Cox回归, 决策曲线	基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	多个数据库的整合数据，Huh7和LO2细胞系
3092	2025-01-13	An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration 2025-Jan-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07455-8 PMID:39789202	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼在急性肾损伤后的基因表达动态和细胞状态，揭示了时钟基因per1a和nr1d1在肾脏再生中的重要作用	首次揭示了时钟基因per1a和nr1d1通过抑制lima1a在肾脏再生中的关键作用，并发现lima1a是时钟蛋白的直接靶标	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探讨时钟基因在肾脏再生中的作用机制	斑马鱼的肾脏再生过程	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼突变体模型	基因表达数据	斑马鱼急性肾损伤模型
3093	2025-01-13	Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182842 PMID:39589836	研究论文	本文研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并探讨了雷帕霉素在改善这些过程中的作用	首次在体内研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并发现雷帕霉素可以改善这些过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并测试雷帕霉素是否能逆转这些影响	卫星细胞和肌肉再生	生物医学	肌肉疾病	单细胞测序、批量测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
3094	2025-01-13	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-Jan-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	本文研究了谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现了谷胱甘肽在细胞周期G1阶段的瞬时核峰值，并提出了谷胱甘肽从外部组织释放以诱导快速细胞分裂和重编程的模型	研究主要基于拟南芥根部的细胞，可能不适用于其他植物或组织	探讨细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序和活体成像	NA	RNA测序数据和图像数据	拟南芥根部的细胞
3095	2025-01-13	Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.17 PMID:39774627	研究论文	本文研究了氧化磷酸化（OXPHOS）功能障碍在视网膜脱离（RD）中的作用，并探讨了idebenone对RD模型中的OXPHOS功能障碍的改善作用	首次系统地研究了视网膜脱离后视网膜细胞的代谢变化，并验证了idebenone在改善OXPHOS功能障碍中的潜在作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍的机制及其对光感受器的影响	人类视网膜细胞和小鼠视网膜脱离模型	数字病理学	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3096	2025-01-13	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-Jan-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	研究论文	本研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了小鼠肠道上皮细胞更新的细胞机制	提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型，并验证了干细胞区室在分泌和吸收谱系命运决定中的作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨肠道上皮细胞更新的细胞机制	小鼠肠道上皮细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
3097	2025-01-13	Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance 2025-Jan, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02431-3 PMID:39424708	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了儿童伯基特淋巴瘤（BL）的肿瘤异质性及治疗抵抗的标志物	揭示了BL肿瘤内部的异质性，并识别了与治疗抵抗相关的候选生物标志物TPM2	研究样本仅限于EBV阴性的BL标本，可能不适用于所有BL患者	研究BL的异质性及区分治疗响应者与非响应者的特征	儿童伯基特淋巴瘤（BL）患者	数字病理学	伯基特淋巴瘤	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	EBV阴性的BL标本
3098	2025-01-13	Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402 PMID:39643184	研究论文	本研究利用单细胞测序和批量RNA测序，结合机器学习和多组学技术，开发并验证了肿瘤进化特征预测指标（TECPI），以探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1的作用	结合机器学习和多组学技术开发了TECPI，相比传统临床预测指标和81个已发表模型，TECPI在预后预测和患者治疗效果方面表现更优，并验证了AMOTL1在前列腺癌药效学中的关键作用	NA	探索前列腺癌的肿瘤进化特征及其在个性化精准医学中的应用	前列腺癌（PCa）	机器学习	前列腺癌	单细胞测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3099	2025-01-13	Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70213 PMID:39789383	研究论文	本研究旨在通过自噬相关基因（ARGs）构建预测模型AIDPS，用于前列腺癌的临床结果预测	利用单细胞测序数据和RNA测序数据，结合101种机器学习算法，构建了基于人工智能的预后签名（AIDPS）模型，该模型在前列腺癌的预后预测中表现优于其他已发表模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	识别和评估自噬相关特征，以预测前列腺癌患者的临床结果	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, RNA测序	Ridge模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的公共数据
3100	2025-01-12	Identification of cancer cell-intrinsic biomarkers associated with tumor progression and characterization of SFTA3 as a tumor suppressor in lung adenocarcinomas 2025-Jan-08, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13395-z PMID:39780110	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在基因特征，并全面分析了SFTA3在肺腺癌中的作用	构建了一个包含八个基因的预后模型，并首次揭示了SFTA3在肺腺癌中的肿瘤抑制作用及其潜在诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	识别与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在生物标志物，并探讨SFTA3在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者及其血清样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量