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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3081 | 2025-11-18 |
CluVar: clustering of variants using autoencoder for inferring cancer subclones from single cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf603
PMID:41240059
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研究论文 | 提出基于自编码器的CluVar框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断癌症亚克隆的系统发育关系 | 开发了针对scRNA-seq数据高缺失率特点的自定义损失函数和多隐藏层聚类优化方法 | 未明确说明样本规模和对不同癌症类型的普适性验证 | 从单细胞RNA测序数据重建癌症亚克隆的进化轨迹 | 肿瘤组织中的恶性亚克隆 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3082 | 2025-11-18 |
Integrated spatial transcriptome and metabolism study reveals metabolic heterogeneity in human bladder cancer
2025-Nov, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00947-z
PMID:40819112
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和空间代谢组技术,揭示了人类膀胱癌的代谢异质性 | 首次结合空间转录组学和空间代谢组学技术系统研究膀胱癌的分子机制 | NA | 探索膀胱癌恶性转化的分子机制 | 人类膀胱癌组织及癌旁正常组织 | 空间生物学 | 膀胱癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 空间代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 3083 | 2025-11-18 |
Bone morphogenetic protein 1 as a macromolecular pan-cancer biomarker modulating the immune microenvironment and malignant phenotypes in glioblastoma
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148136
PMID:41067356
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示骨形态发生蛋白1(BMP1)在胶质母细胞瘤中的致癌作用,并发现AH.6809化合物能有效抑制肿瘤生长 | 首次系统阐明BMP1在胶质母细胞瘤免疫微环境中的调控机制,并通过分子对接发现新型抑制剂AH.6809 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索BMP1在胶质母细胞瘤进展和肿瘤微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接,动态模拟,基因集富集分析 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 利用TCGA、CGGA、GEO、CPTAC、TISCH、HPA、SpatialTME等多个公共数据库 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3084 | 2025-11-18 |
GPX2 induces macrophage M2 polarization through the MIF signaling pathway to promote colorectal cancer progression
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148341
PMID:41106750
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研究论文 | 本研究揭示了GPX2通过MIF信号通路诱导巨噬细胞M2极化从而促进结直肠癌进展的新机制 | 首次发现GPX2通过USP7介导的去泛素化稳定MIF表达,进而促进巨噬细胞M2极化的新信号轴 | NA | 阐明GPX2在结直肠癌进展中的作用机制 | 结直肠癌细胞、巨噬细胞、动物模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3085 | 2025-11-18 |
Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09435-8
PMID:40903571
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人整个生命周期中的基因表达和基因组变化 | 首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术,系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化 | 研究主要聚焦前额叶皮层,未涵盖其他脑区;样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明 | 探索人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制 | 人类前额叶皮层细胞 | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单核RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间表达数据 | 从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3086 | 2025-11-18 |
Disease-associated microglia in neurodegenerative diseases: Friend or foe?
2025-Oct, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003426
PMID:41118343
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综述 | 本文探讨神经退行性疾病中疾病相关小胶质细胞(DAM)的动态特征、起源及其治疗潜力 | 首次系统讨论DAM是否在所有神经退行性疾病中发挥通用传感器作用 | DAM在阿尔茨海默病模型外的普适性尚未明确验证 | 阐明疾病相关小胶质细胞在神经退行性疾病中的功能角色 | 疾病相关小胶质细胞(DAM) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3087 | 2025-11-18 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations
2025-Sep-30, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10011-x
PMID:41028361
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用进展 | 首次系统总结单细胞测序在CCM疾病中揭示不同细胞类型转录景观的研究进展 | NA | 探索单细胞测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用价值 | 脑 cavernous 血管畸形中的内皮细胞、壁细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3088 | 2025-11-18 |
Dynamic modulation of claudin18.2 expression and remodeling of the tumor microenvironment in gastric cancer during chemo-immunotherapy
2025-Sep-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012683
PMID:41027671
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌化疗免疫治疗期间Claudin18.2表达的动态变化及其与肿瘤微环境重塑的关系 | 首次系统揭示了CLDN18.2在化疗免疫治疗过程中的动态表达规律及其与免疫抑制性、纤维化肿瘤微环境的关联 | 单臂二期临床试验设计,样本量有限(57例患者),生存结果在CLDN182阳性和阴性组间无显著差异 | 阐明CLDN18.2在胃癌化疗免疫治疗中的动态表达模式及其对肿瘤微环境的影响 | 晚期胃癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学, 全转录组测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 组织图像, 基因组数据, 转录组数据 | 57例晚期胃癌患者系列肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 3089 | 2025-11-18 |
KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma
2025-Sep-18, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10008-6
PMID:40965696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤微环境中的细胞间通讯网络,并验证新型多激酶抑制剂KC1036在临床前模型中的抗肿瘤效果 | 首次绘制尤文肉瘤的细胞间通讯图谱,并发现新型多激酶抑制剂KC1036相比现有药物具有更优的抗肿瘤效果 | 研究仅限于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发尤文肉瘤的替代治疗策略 | 尤文肉瘤细胞系、细胞系来源异种移植模型和患者来源异种移植模型 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | CDX模型、PDX模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3090 | 2025-11-18 |
Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673874
PMID:40950147
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了毛细血管畸形中血管病理景观及NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得机制 | 首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱,发现NR2F2在调控平滑肌细胞表型获得中的核心作用 | 研究样本量有限,主要基于体外iPSC模型验证,需要更多临床样本验证 | 探究毛细血管畸形的血管发病机制及病理重塑过程 | 毛细血管畸形病变组织及iPSC分化的血管细胞 | 空间转录组学 | 血管畸形 | 空间全转录组分析,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学,免疫荧光染色 | iPSC分化模型,Tet-on系统基因调控 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,磷酸化蛋白质组数据,免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学 | GeoMx | 空间全转录组分析平台 |
| 3091 | 2025-11-18 |
Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution
2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040
PMID:40029262
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化 | 首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示肿瘤转录异质性、克隆进化及免疫抑制微环境,并发现TSPAN8作为潜在治疗靶点 | 样本量较小(7名未治疗患者),循环肿瘤细胞验证使用独立队列 | 探究尤文肉瘤肿瘤异质性及其对治疗的意义 | 尤文肉瘤患者肿瘤组织、肿瘤微环境和循环肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 7名未治疗尤文肉瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3092 | 2025-11-18 |
Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612
PMID:40803501
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研究论文 | 本研究揭示铁死亡是慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞功能失调的关键机制,并证明靶向铁死亡可恢复其抗病毒活性 | 首次发现HBV特异性CD8+ T细胞在慢性感染中发生铁死亡,并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进该过程的机制 | NA | 探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞功能失调的机制及干预策略 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞,特别是HBV特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术, 电子显微镜, 单细胞RNA测序, MHC I四聚体技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 电子显微镜图像 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3093 | 2025-11-17 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals T cell heterogeneity and metabolic reprogramming in human immune-mediated glomerulonephritis
2025-Dec-31, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2025.2582720
PMID:41241792
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示人类免疫介导性肾小球肾炎中T细胞的异质性和代谢重编程 | 首次构建人类免疫介导性肾小球肾炎T细胞的单细胞图谱,揭示疾病特异性T细胞状态、代谢特征和激活机制 | 研究局限于三种主要IMGN类型,样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 阐明T细胞在人类免疫介导性肾小球肾炎发病机制中的特征和功能作用 | 免疫介导性肾小球肾炎患者的肾脏T细胞 | 单细胞组学 | 肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序 | 基因共表达网络,细胞分化轨迹推断 | 单细胞转录组数据 | 三种主要IMGN类型(IgA肾病、狼疮性肾炎、膜性肾病)的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3094 | 2025-11-17 |
Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials
2025-Dec-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000866
PMID:38517078
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综述 | 本文综述了数字病理学和空间组学在脂肪性肝炎中的临床应用与发现潜力 | 整合数字病理学与空间生物学,通过机器学习算法增强组织学解读准确性,并探讨多模态整合的潜力 | 讨论了现有工具的局限性、知识缺口和技术前提条件 | 改善脂肪性肝炎的组织学解读准确性并探索疾病异质性 | 脂肪性肝炎患者的肝脏组织切片 | 数字病理学 | 脂肪性肝炎 | 线性与非线性显微镜、空间转录组学、空间蛋白质组学 | 机器学习算法 | 全切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 3095 | 2025-11-17 |
Next generation DNA sequencing data analysis and its application in clinical genomics
2025-Dec, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156280
PMID:41177096
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综述 | 本文综述了新一代测序技术在临床基因组学中的应用及其数据分析方法 | 系统梳理了NGS技术在癌症研究、罕见病诊断和个性化医疗等领域的广泛应用,并展望了多组学数据整合和单细胞测序的发展前景 | 作为综述文章,未涉及具体实验设计和数据验证 | 探讨新一代测序数据分析方法及其在临床基因组学中的应用价值 | 新一代测序技术及其产生的基因组数据 | 基因组学 | 癌症,罕见病 | 新一代测序(NGS) | NA | DNA序列数据,RNA序列数据 | NA | NA | 新一代测序,单细胞测序 | NA | NA |
| 3096 | 2025-11-17 |
EMC8 expression in head and neck squamous cell carcinoma: Implications for poor prognosis and deficient CD8+ T cell infiltration
2025-Dec, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156255
PMID:41072210
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研究论文 | 本研究探讨EMC8在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其与预后和CD8+ T细胞浸润的关系 | 首次揭示EMC8在HNSCC中高表达与不良预后和CD8+ T细胞浸润减少的关联 | EMC8促进免疫逃避和恶性肿瘤的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究EMC8在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义和免疫功能 | 头颈部鳞状细胞癌组织和患者临床样本 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, Kaplan-Meier生存分析 | NA | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 临床生存数据, 单细胞测序数据 | HNSCC患者组织样本和临床数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3097 | 2025-11-17 |
A newly developed Germlings Harvester (GEHA) in combination with metabarcoding analysis detected numerous plankton species, particularly HABs-causing species, from in-situ germination of resting stage cells
2025-Dec, Harmful algae
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.hal.2025.103002
PMID:41241549
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研究论文 | 开发了新型Germlings Harvester (GEHA)设备并结合宏条形码技术,首次实现海洋沉积物中浮游生物休眠阶段细胞的原位萌发检测 | 首次开发GEHA设备实现原位检测浮游生物休眠细胞萌发,结合宏条形码技术发现128种新型休眠阶段细胞生产者,首次观测到9种有害藻华物种的原位萌发 | 未提及方法检测限和定量准确性,尚未进行大规模推广应用验证 | 研究浮游生物休眠阶段细胞萌发对群落组成和有害藻华形成的影响 | 海洋沉积物中的浮游生物休眠阶段细胞(包括甲藻孢囊、硅藻孢子等) | 环境微生物学 | NA | 宏条形码分析、单细胞测序、克隆培养 | NA | 基因序列数据、物种鉴定数据 | 从青岛湾沉积物中鉴定出220种浮游生物物种 | NA | 宏条形码测序、单细胞测序 | NA | NA |
| 3098 | 2025-11-17 |
A single-cell multi-omics framework identifies immune cell drivers of migraine and repurposable therapeutics
2025-Nov-13, The journal of headache and pain
IF:7.3Q1
DOI:10.1186/s10194-025-02179-w
PMID:41233745
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研究论文 | 本研究通过建立单细胞多组学分析框架,识别偏头痛的免疫细胞驱动因素和可重新利用的治疗药物 | 首次整合单细胞表达数量性状位点数据和单细胞孟德尔随机化分析,系统探索偏头痛的免疫介导调控机制 | 未在文中明确说明研究的具体局限性 | 探索偏头痛的免疫遗传学基础并识别潜在治疗靶点 | 14种免疫细胞类型和9,117个独特的sc-eQTL | 生物信息学 | 偏头痛 | 单细胞表达数量性状位点分析, 单细胞孟德尔随机化, 共定位分析, 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 全表型组关联研究 | 孟德尔随机化模型, 共定位分析模型 | 单细胞基因表达数据, 基因型数据, 表型数据 | 涉及9,117个sc-eQTL和14种免疫细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3099 | 2025-11-17 |
Single-cell transcriptome analysis profiles the enlarged subsets of myeloid-biased HSPCs with preleukemic characters in disuse osteoporosis mice
2025-Nov-12, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01499-3
PMID:41225641
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了废用性骨质疏松小鼠中具有白血病前特征的髓系偏态造血干细胞祖细胞亚群的扩增机制 | 首次在骨质疏松模型中系统鉴定并表征了具有白血病前特征的髓系偏态HSPC亚群,并发现BRD4染色质重塑蛋白在此过程中的关键调控作用 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证;BRD4抑制剂仅部分恢复表型,可能存在其他调控机制 | 探究骨质疏松条件下髓系偏态造血的发生机制及其与白血病发生的关系 | 废用性骨质疏松小鼠模型的造血干细胞祖细胞 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 骨质疏松小鼠模型的造血干细胞祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3100 | 2025-11-17 |
Human heart-macrophage assembloids mimic immune-cardiac interactions and enable arrhythmia disease modeling
2025-Nov-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.09.011
PMID:41151577
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研究论文 | 开发了一种人类心脏-巨噬细胞组装体模型,用于模拟免疫-心脏相互作用并研究心律失常疾病 | 首次通过将自体人类多能干细胞衍生的胚胎单核细胞整合到心脏类器官中,生成生理相关的心脏组织驻留巨噬细胞 | NA | 研究免疫-心脏相互作用机制并建立心律失常疾病模型 | 人类心脏-巨噬细胞组装体模型 | 疾病建模 | 心律失常 | 单细胞转录组学、实时成像、蛋白质组学 | 组装体模型 | 转录组数据、图像数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |