单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3061	2025-01-15	Amantadine modulates novel macrophage phenotypes to enhance neural repair following spinal cord injury 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05916-y PMID:39806436	研究论文	本研究探讨了金刚烷胺在脊髓损伤后通过调节巨噬细胞表型来增强神经修复的机制	首次揭示了金刚烷胺通过调节HIF-1α和NF-κB通路，促进巨噬细胞从炎症表型向修复表型转变，从而增强脊髓损伤后的神经修复	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索金刚烷胺在脊髓损伤后调节巨噬细胞表型以促进神经修复的分子机制	脊髓损伤后的小鼠模型	生物医学	脊髓损伤	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维基因共表达网络分析（hdWGCNA）、slingshot轨迹分析、免疫荧光染色、流式细胞术、Western blotting	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	小鼠模型，具体数量未明确
3062	2025-01-15	The microenvironment cell index is a novel indicator for the prognosis and therapeutic regimen selection of cancers 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05950-w PMID:39806464	研究论文	本研究基于微环境细胞（MCs）浸润建立了一个预后预测模型，并探索了三阴性乳腺癌（TNBC）的新治疗策略	提出了微环境细胞指数（MCI）作为TNBC患者预后和治疗方案选择的新指标，并通过多种技术验证了其有效性	研究主要基于TNBC患者，未涉及其他类型癌症的验证	建立基于MCs浸润的预后预测模型，并探索TNBC的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, SRT, mIF	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据、空间转录组数据、多重免疫荧光染色数据	TNBC患者的bulk RNA-seq数据、scRNA-seq数据、SRT数据、mIF数据及荷瘤小鼠实验
3063	2025-01-15	Lipid nanoparticles deliver DNA-encoded biologics and induce potent protective immunity 2025-Jan-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02211-8 PMID:39806486	研究论文	本研究比较了不同脂质纳米颗粒（LNP）配方在递送DNA编码生物制剂方面的效果，评估了其表达效率和在不同模型中产生的保护性免疫	研究发现，使用Moderna的Spikevax mRNA疫苗中的LNP配方（LNP-M）递送DNA疫苗，相比电穿孔法，能诱导更强的抗原特异性抗体和T细胞免疫反应，并通过单细胞RNA测序揭示了其增强免疫反应的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索LNP在递送DNA编码生物制剂中的潜力，特别是其在疫苗和癌症免疫治疗中的应用	DNA编码的疫苗和癌症免疫治疗药物	生物医学工程	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠模型
3064	2025-01-15	Deterministic patterns in single-cell transcriptomic data 2025-Jan-11, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00490-5 PMID:39799124	研究论文	本文报告了单细胞转录组数据统计图中确定性模式的存在，并发展了一种理论来解释这些模式	提出了确定性模式的存在，并证明这些模式既非测量过程引入的伪影，也非基础生物学机制所致，而是由有限样本量效应自然产生的	未提及具体局限性	研究单细胞转录组数据中的确定性模式及其成因	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交和五种不同类型的单细胞测序平台	NA	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
3065	2025-01-15	Comprehensive analysis pinpoints CCNA2 as a prognostic and immunological biomarker in non-small cell lung cancer 2025-Jan-11, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03490-7 PMID:39799294	研究论文	本文通过综合分析确定CCNA2作为非小细胞肺癌（NSCLC）的预后和免疫生物标志物	首次系统性地分析了CCNA2在NSCLC中的表达及其与临床病理特征和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于公开的基因表达数据集，缺乏大规模临床样本的验证	探索CCNA2在NSCLC中的功能及其作为生物标志物的潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）	生物信息学	肺癌	qRT-PCR, 免疫组织化学（IHC）, 单细胞测序	NA	基因表达数据	三个GEO数据集（GSE18842, GSE101929, GSE116959）
3066	2025-01-15	Ferroptosis-related genes participate in the microglia-induced neuroinflammation of spinal cord injury via NF-κB signaling: evidence from integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis 2025-Jan-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06095-0 PMID:39799354	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组分析，探讨了铁死亡相关基因通过NF-κB信号通路参与脊髓损伤（SCI）中微胶质细胞诱导的神经炎症的分子和细胞机制	发现了一种新的微胶质细胞亚群，该亚群表现出M1极化和铁死亡表型，并揭示了其在SCI中触发神经炎症和诱导神经元退化的潜在机制	研究主要依赖于公开的基因表达数据集，缺乏独立的实验验证	探讨铁死亡和免疫反应在脊髓损伤中的分子和细胞机制	脊髓损伤中的微胶质细胞和神经元	数字病理学	脊髓损伤	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组分析, ChIP-seq	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE45006, GSE69334, GSE151371, GSE214349, GSE184369, GSE162610, GSE226286）
3067	2025-01-15	[WWP1 plays a positive role in ameloblast differentiation and enamel formation in mice] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240916-00349 PMID:39743363	研究论文	本文研究了含有WW域的E3泛素蛋白连接酶1（WWP1）在小鼠牙釉质发育中的作用	首次揭示了WWP1在成釉细胞分化和牙釉质形成中的积极作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探讨WWP1在牙釉质发育中的功能	小鼠的切牙组织和下颌第一磨牙牙胚	生物医学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、显微CT、扫描电子显微镜、能量色散谱（EDS）、免疫荧光、Western blot	Wwp1基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、图像数据、蛋白质表达数据	P1、P7、P14、P28、2个月和3个月的小鼠，每组3-6只
3068	2025-01-15	[Advances in tooth development studies based on single-cell RNA sequencing] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240927-00363 PMID:39743369	综述	本文总结了基于单细胞RNA测序技术在牙齿发育研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入解析牙齿发育过程中的细胞异质性和器官发育轨迹	NA	探讨牙齿发育的复杂过程及其潜在治疗靶点	牙齿发育过程中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3069	2025-01-15	Rapid and quantitative functional interrogation of human enhancer variant activity in live mice 2025-Jan-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55500-7 PMID:39762235	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9双色荧光报告系统，用于快速定量比较活体小鼠中增强子等位基因的活性	开发了dual-enSERT系统，能够在不到两周的时间内对活体小鼠中的增强子等位基因活性进行快速定量比较，并结合单细胞转录组学分析基因表达	NA	研究非编码变异在先天性障碍中的功能影响	增强子变异	基因功能分析	先天性障碍、自闭症谱系障碍、颅面畸形	Cas9双色荧光报告系统、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	十五种未表征的罕见和常见非编码变异
3070	2025-01-15	Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S481324 PMID:39802516	研究论文	本文通过整合DNA甲基化和单细胞RNA测序数据，揭示了硬化性苔藓（LS）中的免疫失调和细胞组成变化	结合DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，首次详细描述了LS中的细胞类型特异性甲基化变化和免疫细胞浸润情况	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	研究硬化性苔藓的病因和病理机制，寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	硬化性苔藓患者与正常皮肤组织	数字病理学	皮肤病	DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序	EpiSCORE去卷积模型	DNA甲基化数据, 单细胞RNA测序数据	NA
3071	2025-01-14	Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002 PMID:39326697	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了血管钙化过程中的细胞动态变化，并发现了USP1/ID3/E12/P21轴在其中的关键作用	首次揭示了USP1/ID3/E12/P21轴在血管钙化中的调控机制，为治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索血管钙化的细胞机制和潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
3072	2025-01-14	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征及功能差异，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的细胞间相互作用和免疫抑制模式	研究依赖于公开数据库中的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差或样本选择限制	探究左右侧结直肠癌在细胞组成、转录特征及肿瘤微环境中的差异，以优化个性化治疗方案	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
3073	2025-01-14	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-Feb, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学在免疫肿瘤学领域的最新进展，包括单细胞或多细胞类型及细胞状态的高通量分析及其在肿瘤微环境中的应用	总结了空间组学数据的概念框架，并强调了空间免疫肿瘤学的最新知识	NA	总结和更新空间组学在免疫肿瘤学领域的应用和知识	肿瘤微环境中的单细胞或多细胞类型及细胞状态	数字病理学	癌症	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
3074	2025-01-14	Left superior cervical ganglia lymph node mimicry and its role in rat ventricular arrhythmias following myocardial infarction 2025-Feb, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.14279 PMID:39803764	研究论文	本研究探讨了心肌梗死（MI）后大鼠上颈交感神经节（SCG）在神经-心脏通讯中的特征和功能意义	揭示了SCG在MI后心律失常和心脏炎症/功能中的作用，以及神经生长因子（NGF）在神经-免疫交互中的桥梁作用	研究仅限于大鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究MI后SCG在神经-心脏通讯中的特征和功能意义	心肌梗死大鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 空间转录组学, 定量PCR, 蛋白质印迹	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	心肌梗死大鼠模型
3075	2025-01-14	MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets 2025-Jan-13, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00111g PMID:39513632	研究论文	本文介绍了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP，用于揭示表观遗传异质性	MobiChIP方法兼容现有测序平台，能够高效捕获不同物种的片段，并允许不同组织或物种的样本混合，无需定制引物	未明确提及方法的局限性	开发一种兼容的单细胞ChIP-seq文库构建方法，以揭示表观遗传异质性	外周血单核细胞（PBMCs）	表观遗传学	NA	单细胞ChIP-seq（scChIP-seq）	NA	单细胞表观遗传数据	未明确提及具体样本数量
3076	2025-01-14	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jan-11, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术深入研究了糖尿病肾病（DKD）的病理机制	利用单细胞RNA测序技术分析DKD患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，以揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展的新见解	NA	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，促进早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病（DKD）患者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3077	2025-01-14	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	研究论文	本文报道了一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验	首次评估了sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和疗效，并探索了治疗耐药的分子机制	样本量较小（22例患者），且为单臂I期试验，缺乏对照组	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未经治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	NA	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者，其中12例进行了纵向肿瘤活检的单细胞RNA测序
3078	2025-01-14	Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer 2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00485-8 PMID:39794360	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的动态深度学习模型TraCSED，用于模拟克隆选择和表达动态，以揭示乳腺癌中的耐药机制	提出了TraCSED模型，能够从单细胞基因表达数据和克隆适应性中识别可解释的基因程序及其与克隆选择相关的时间点	尽管TraCSED能够揭示耐药机制，但在联合治疗中仍有一个克隆出现，表明模型可能无法完全预测所有耐药情况	研究乳腺癌细胞中的转录异质性及其对治疗反应的影响，以识别耐药机制	乳腺癌细胞	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	单细胞基因表达数据	NA
3079	2025-01-14	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-Jan-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠胚胎生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的X染色体再激活过程	研究女性原始生殖细胞（PGCs）在基因组重编程过程中X染色体再激活的分子机制	小鼠胚胎的生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序，染色质分析	NA	RNA测序数据，染色质数据	从小鼠胚胎中提取的生殖细胞
3080	2025-01-14	Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis 2025-01-03, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09950-w PMID:39753834	研究论文	本研究识别了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）的分子亚型，并开发了基于CAF的预后模型	发现了RUNX1/SDC1轴在促进乳腺癌细胞侵袭和转移中的作用，并开发了高精度的预后预测模型	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的分子亚型及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	预后预测模型	RNA测序数据	未提及具体样本数量