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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3001 | 2025-12-04 |
CXCL6 Orchestrates Macrophage-Driven Inflammation in Diabetic Kidney Disease and Represents a Druggable Target
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000548806
PMID:41321788
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研究论文 | 本研究通过整合分析转录组数据,发现CXCL6是糖尿病肾病中驱动肾小管间质炎症的关键介质,并筛选出潜在抑制剂水溶性丹酚酸B | 首次将CXCL6确立为糖尿病肾病中连接肾小管损伤与巨噬细胞驱动炎症的核心枢纽基因,并通过虚拟筛选发现其新型抑制剂 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;虚拟筛选发现的抑制剂需更多实验确认其特异性 | 阐明糖尿病肾病肾小管间质损伤的分子机制并寻找治疗靶点 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织、HK-2和THP-1细胞系、糖尿病肾病小鼠模型 | 生物信息学与分子生物学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、虚拟筛选 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 三个糖尿病肾病转录组数据集、患者肾脏组织、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3002 | 2025-12-04 |
HeartMAP: A multi-chamber spatial framework for cardiac cell-cell communication
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.015
PMID:41322007
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研究论文 | 本研究提出了一个名为HeartMAP的计算框架,用于在心脏腔室分辨率下推断细胞间通讯网络 | 开发了首个能够整合单细胞RNA-seq共表达模式和配体-受体相互作用数据库,以解析心脏四个不同腔室特异性细胞通讯网络的计算平台 | 研究基于七名健康供体的数据,未包含疾病状态样本,且框架的性能依赖于现有配体-受体数据库的完整性 | 阐明心脏四个不同腔室内及腔室间的细胞通讯网络,为精准心脏病学提供分子基础 | 人类心脏细胞 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 计算框架(包含基础流程分析、高级通讯建模和多腔室图谱构建的三层分析方法) | 单细胞RNA-seq数据 | 来自7名健康人类心脏供体的287,269个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3003 | 2025-12-04 |
NK cell-associated long non-coding RNAs reveal heterogeneity of colorectal cancer immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615942
PMID:41322425
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和TCGA-COAD/READ批量转录组数据,构建了一个基于NK细胞相关长链非编码RNA的预后模型,用于预测结直肠癌患者的预后 | 首次系统性地利用NK细胞相关lncRNAs构建结直肠癌预后模型,并揭示了AC010319.3通过抑制IFN-γ和颗粒酶B表达来减弱NK细胞毒性、促进结直肠癌细胞增殖和侵袭的新机制 | 研究主要基于回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证;样本量相对有限,特别是独立临床样本仅76例 | 开发基于NK细胞相关lncRNAs的预后模型,以预测结直肠癌患者的预后并探索其在肿瘤免疫微环境中的调控作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | Cox回归模型, LASSO回归 | RNA-seq数据 | TCGA-COAD/READ数据集及76例独立临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Smartseq2 | GSE146771_Smartseq2单细胞RNA-seq平台 |
| 3004 | 2025-12-04 |
Single-cell atlas of the tumor immune microenvironment across syngeneic murine models
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1676581
PMID:41322421
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,构建了十种同基因小鼠肿瘤模型中的肿瘤免疫微环境图谱,并深入分析了免疫细胞亚群及其在抗PD-1治疗中的功能相关性 | 首次在多种同基因小鼠肿瘤模型中系统性地绘制了肿瘤免疫微环境的单细胞图谱,并识别了与抗PD-1治疗响应相关的干扰素刺激基因高表达单核细胞亚群 | 研究仅基于小鼠模型,结果向人类肿瘤的转化需进一步验证;且样本数量有限,可能无法完全覆盖所有肿瘤类型的免疫微环境异质性 | 全面解析肿瘤免疫微环境的细胞组成和异质性,并探究其在免疫治疗响应中的作用 | 从十种同基因小鼠肿瘤模型中分离的CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 多种癌症类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 十种同基因小鼠肿瘤模型,代表七种不同癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3005 | 2025-12-04 |
Integrated multi-omics analysis reveals key hub genes and mechanisms in calcific aortic stenosis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1640014
PMID:41322480
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,揭示了钙化性主动脉瓣狭窄的关键枢纽基因及其机制 | 结合转录组、蛋白质组和单细胞RNA测序数据,系统性地识别了16个枢纽基因,并验证了MMP9和PLAU在单核细胞和巨噬细胞促炎效应中的作用 | 样本量较小(仅16例患者),且未进行功能验证实验以确认基因的因果作用 | 识别钙化性主动脉瓣狭窄的致病基因,以提供心脏病理学和治疗的新见解 | 主动脉瓣(来自8名AS患者和8名非AS患者) | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 蛋白质组测序, 单细胞RNA测序 | edgeR, GO, KEGG, GSEA, 五种算法(未指定具体名称) | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | 16例患者(8例AS, 8例非AS) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3006 | 2025-12-04 |
Investigating the molecular mechanisms of resveratrol in treating diabetic foot ulcers: a comprehensive analysis of network pharmacology and experiment validation
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1708426
PMID:41322696
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、生物信息学分析和实验验证,探讨了白藜芦醇治疗糖尿病足溃疡的分子机制 | 首次通过生物信息学分析和机器学习算法联合鉴定出白藜芦醇/糖尿病足溃疡关键基因(RDGs),并揭示了其在免疫微环境和细胞异质性中的作用 | 研究主要基于公共数据库和计算预测,实验验证部分相对有限,需要进一步的功能性研究来确认机制 | 探究白藜芦醇治疗糖尿病足溃疡的分子机制,以改善临床管理 | 糖尿病足溃疡相关的基因表达数据和生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 网络药理学、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、免疫组织化学 | 机器学习算法(未指定具体模型) | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3007 | 2025-12-04 |
Metabolic-stem cell crosstalk in PD: NK1 cells as key mediators from a bioinformatics perspective
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1681261
PMID:41323222
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析揭示了帕金森病中BMX和CA4作为关键枢纽基因,并建立了CA4-NK1-PD轴的新机制 | 首次从代谢和干细胞角度整合分析,识别出CA4在NK1细胞亚型中的特异性表达,并提出了CA4-NK1-PD轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,尚未在人类临床样本中进行广泛验证 | 阐明帕金森病的分子发病机制并识别新的候选生物标志物 | 帕金森病相关的基因表达数据、动物模型以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 生物信息学分析、qRT-PCR、Western blotting、单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | GEO数据集中的帕金森病队列数据及动物标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3008 | 2025-12-04 |
Single-cell RNA sequencing data analysis of the inner ear in gentamicin-treated mice via intraperitoneal injection
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1242
PMID:41323644
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了腹腔注射庆大霉素对小鼠内耳细胞的影响机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析庆大霉素腹腔注射后小鼠内耳细胞的转录组变化,并探讨了地塞米松的保护作用 | 研究仅使用昆明小鼠,样本量较小,且未进行长期观察或机制验证实验 | 阐明庆大霉素腹腔注射引起耳毒性的细胞和分子机制 | 小鼠内耳细胞,包括外毛细胞、支持细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 耳毒性听力损失 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 昆明小鼠,分为正常对照组、庆大霉素组和庆大霉素+地塞米松组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3009 | 2025-12-04 |
pyALRA: python implementation of low-rank zero-preserving approximation of single cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf279
PMID:41323649
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研究论文 | 本文介绍了pyALRA,一个用于单细胞RNA-seq数据插补的Python实现,旨在提高工具的可访问性和计算效率 | 通过Python重新实现(r-)ALRA R包,实现了低秩零保留近似方法,并在速度和内存消耗上有所改进 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一个高效且易于访问的单细胞RNA-seq预处理和校正工具 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 低秩零保留近似模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3010 | 2025-12-03 |
Identification and Validation of Phagocytosis-Regulating Factors as Potential Prognostic and Diagnostic Biomarkers for Intracerebral Hemorrhage Through Single-Cell and Bulk Transcriptomic
2025-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502582RR
PMID:41329043
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析,识别并验证了吞噬作用调控因子作为脑出血潜在预后和诊断生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法,系统识别了与脑出血相关的吞噬调控基因,并构建了ceRNA调控网络 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证 | 探索吞噬作用调控因子在脑出血中的诊断和预后价值 | 脑出血患者与正常脑组织的转录组数据 | 生物信息学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | 机器学习特征选择算法, CIBERSORT算法 | 转录组数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3011 | 2025-12-03 |
CASP1 as a potential target of Dendrobium in Sjögren's syndrome: Multi-omics analysis and preliminary experimental evidence
2025-Dec-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115670
PMID:41101222
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析,探讨了CASP1在原发性干燥综合征(pSS)发病机制中的潜在作用,以及中药成分石斛的可能治疗机制 | 首次通过多组学整合分析(包括转录组、网络药理学、单细胞测序和分子对接)系统性地识别了CASP1作为pSS的潜在治疗靶点,并验证了石斛活性成分与CASP1的结合潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证,因果关系和治疗效果需要进一步的功能验证研究 | 探索CASP1在pSS发病机制中的作用及石斛的治疗机制 | 原发性干燥综合征(pSS)患者 | 生物信息学 | 干燥综合征 | 转录组测序, 单细胞测序, RT-qPCR, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 65名pSS患者及健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 3012 | 2025-12-03 |
IRF5 siRNA Nanoimmunotherapy: Restoring Macrophage Efferocytosis in Atherosclerosis
2025-Dec-02, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向IRF5的siRNA纳米免疫治疗平台,用于恢复动脉粥样硬化斑块中巨噬细胞的胞葬功能 | 利用工程化siRNA纳米颗粒平台特异性抑制斑块不稳定巨噬细胞分子IRF5,首次实现通过siIRF5纳米免疫治疗增强斑块巨噬细胞的胞葬能力并改善斑块稳定性 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证疗效和安全性 | 开发治疗动脉粥样硬化的新型免疫治疗方法 | 动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞(特别是Cd11c+和Trem2hi亚群) | 纳米医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2个独立的ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3013 | 2025-12-03 |
Profiling Cell-state Fingerprints Based on Deep Learning Model with Meta-programs of Pan-cancer
2025-Dec-02, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf123
PMID:41329499
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研究论文 | 本研究基于深度学习模型StateNet,利用泛癌元程序生成细胞状态指纹,以分析癌症细胞状态的共性与个体差异 | 开发了深度学习模型StateNet,首次基于泛癌元程序生成细胞状态指纹,用于揭示癌症细胞的共享特征和个体特性,并识别了ACAT2作为缺氧与脂质代谢通路的关键介导因子 | 研究主要依赖单细胞RNA测序数据,可能未涵盖所有细胞状态或组织类型,且样本量虽大但仍有扩展空间 | 旨在解析泛癌中细胞状态的共同机制和个体差异,开发工具用于癌症分析和预后预测 | 159,372个细胞,来自245个细胞系,覆盖14种组织类型,以及3,210个癌症样本 | 机器学习 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型StateNet | 单细胞RNA测序数据 | 159,372个细胞(来自245个细胞系)和3,210个癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3014 | 2025-12-03 |
Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
2025-Dec, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018
PMID:40617259
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研究论文 | 本研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术,探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响 | 揭示了新生肝脏中克隆性肝细胞在空间生态位中的定位及其对成年组织生成的贡献,并展示了靶向这些细胞可提高基因编辑效率 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证 | 探究肝细胞异质性在肝脏生长中的动态变化及其对体内基因治疗策略的影响 | 不同年龄阶段的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间数据 | 不同年龄的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3015 | 2025-12-03 |
Spatial Transcriptomics of Developing Wheat Seed Reveals Concentric Gene Expression Zones and Subgenome Biased Expression of Key Genes
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70351
PMID:40904198
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研究论文 | 本研究利用STOmics空间转录组平台,可视化小麦种子在灌浆关键期的基因表达空间模式,揭示了胚乳中的同心表达区域和亚基因组偏向表达的关键基因 | 首次在小麦种子中应用空间转录组技术,实现了亚细胞分辨率的转录本定位,识别了与八个功能细胞群相关的基因表达簇,并发现了胚乳内四个同心区域的表达模式 | 研究仅聚焦于14 DPA(花后天数)的小麦种子,未覆盖整个发育过程,且样本量有限 | 探究小麦种子发育过程中基因表达的空间组织,以理解营养储存、胁迫耐受和萌发等关键过程 | 小麦(Triticum aestivum)种子,特别是在灌浆关键期的发育阶段 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过4,000,000个空间解析的转录本 | STOmics | 空间转录组学 | STOmics空间转录组平台 | NA |
| 3016 | 2025-12-03 |
Spatial Cross-talk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression
2025-Dec-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237
PMID:40960488
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和细胞间通讯分析,揭示了脑转移瘤微环境中胶质细胞间信号传导的关键作用,并提出了靶向CCR5介导的胶质细胞信号传导作为治疗新策略 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学,系统解析脑转移进展中胶质细胞间的空间交互作用,并发现CCL4-CCR5信号轴可作为治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证不足;靶向治疗的长效性和潜在脱靶效应未充分评估 | 探究脑转移瘤微环境中胶质细胞间信号传导机制及其对肿瘤进展的调控作用 | 脑转移瘤微环境中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 脑转移瘤 | RNA测序, 空间转录组学, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据, 空间表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3017 | 2025-12-03 |
Combining Mendelian randomization and network toxicology to decipher the causal role and molecular mechanisms of environmental pollutants in breast cancer: A focus on Methyl-4-hydroxybenzoate
2025-Dec, Cancer epidemiology
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.canep.2025.102953
PMID:41183465
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和网络毒理学方法,探讨了环境污染物甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果作用及分子机制 | 首次结合孟德尔随机化和网络毒理学,提出了一种非雌激素受体依赖的致癌机制假说,涉及生长因子信号传导失调和代谢重编程 | 研究主要基于遗传数据和计算分析,缺乏直接的实验验证,且样本来源有限(如FinnGen联盟) | 探究甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果角色及其非雌激素机制 | 乳腺癌患者及尿液甲基对羟基苯甲酸酯硫酸盐的遗传数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、转录组分析、单细胞/空间RNA测序、分子对接 | NA | 遗传数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 尿液MEP硫酸盐数据n=8285,FinnGen联盟乳腺癌风险数据n=182,927 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3018 | 2025-12-03 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing analysis reveals cuproptosis-related proteins in Crohn's disease
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148990
PMID:41232892
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示了克罗恩病中与铜死亡相关的蛋白标志物及其与代谢和免疫的关联 | 首次将铜死亡相关蛋白与克罗恩病联系起来,并整合批量与单细胞数据构建诊断模型,揭示了CD274、PDK1、CP和SLC31A2等新标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;单细胞分析仅为初步探索性结果,需进一步功能研究确认 | 探索铜死亡相关蛋白在克罗恩病中的作用,并构建诊断模型 | 克罗恩病患者炎症组织与非炎症组织 | 生物信息学 | 克罗恩病 | RNA测序,单细胞RNA测序,RT-qPCR | 诊断模型 | 基因表达数据 | 494例组织样本(批量数据)和25,121个细胞(单细胞数据) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3019 | 2025-12-03 |
Systematically Revealing Quantitative Multi-Target Integrative Effects of Plants With Artificial Intelligence Method
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70321
PMID:40824771
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研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的新方法,以山楂为例,系统揭示了植物在单细胞水平上对疾病的多靶点潜在整合效应 | 提出了一种基于深度自编码神经网络模型的新方法,将植物与疾病之间多个共同靶点在单细胞转录组中的表达水平编码为一个整合值(MTIS),首次在单细胞水平上实现了植物多靶点潜在整合效应的景观和定量图谱 | 该方法目前仅以山楂和动脉粥样硬化为例进行了验证,其广泛适用性有待更多植物和疾病模型的进一步测试 | 系统揭示植物对疾病的定量多靶点整合效应 | 山楂(植物)对动脉粥样硬化疾病的影响 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度自编码神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3020 | 2025-12-03 |
Single-cell insights into tumor microenvironment heterogeneity and plasticity: transforming precision therapy in gastrointestinal cancers
2025-Nov-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03567-5
PMID:41316282
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在揭示胃肠道癌症肿瘤微环境异质性和可塑性方面的最新发现,并讨论了其对克服治疗耐药性和改善临床结果的启示 | 利用单细胞测序技术以前所未有的分辨率解析胃肠道癌症肿瘤微环境的细胞多样性和相互作用网络,揭示了驱动治疗耐药和肿瘤复发的未知细胞亚型和复杂通讯网络 | NA | 总结和讨论单细胞测序在胃肠道癌症肿瘤微环境研究中的最新发现,以重塑对肿瘤生物学的理解,并推动精准治疗的发展 | 胃肠道癌症(如胃癌、结直肠癌等)的肿瘤微环境,包括癌细胞、癌症干细胞、癌症相关成纤维细胞、免疫细胞、内皮细胞及细胞外基质 | 数字病理学 | 胃肠道癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |