单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2981	2025-01-20	Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411 PMID:39349248	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了酒精相关肝病（ALD）患者肝内免疫细胞的转录组特征，特别是GZMK+CD4+ T淋巴细胞亚群在疾病进展中的关键作用	首次在ALD患者中发现了以GZMK表达为特征的CD4+ T淋巴细胞亚群，并揭示了其在肝纤维化区域的显著富集，为理解ALD的免疫病理机制提供了新视角	研究样本量有限，且主要依赖于单细胞RNA测序技术，可能无法全面反映所有免疫细胞的功能状态	探索酒精相关肝病（ALD）患者肝内免疫细胞的转录组特征，并与代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）及健康个体进行比较	健康个体、MASLD患者和ALD患者的肝内免疫细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	健康个体、MASLD患者和ALD患者的肝组织样本
2982	2025-01-20	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	本研究探讨了人乳外泌体中的肽在新生儿肠道免疫调节中的作用，特别是CASB135-150肽在坏死性小肠结肠炎（NEC）模型中的保护作用	首次鉴定了人乳外泌体中的CASB135-150肽，并揭示了其通过调控NF-κB信号通路和炎症反应来保护肠道免受NEC损伤的机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探索人乳外泌体中的肽在新生儿肠道免疫调节中的作用	人乳外泌体中的肽CASB135-150及其对肠道巨噬细胞的影响	免疫学	坏死性小肠结肠炎（NEC）	免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共免疫沉淀（co-IP）	大鼠NEC模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	大鼠模型中的肠道组织和巨噬细胞
2983	2025-01-20	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	综述	本文总结了最近在人类多能干细胞（hPSC）衍生的神经元和脑类器官中应用的基于CRISPR的功能基因组学筛选方法	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了人类神经细胞中受遗传变异影响的下游基因和细胞通路，为神经发育障碍的发病机制提供了新见解	尽管CRISPR筛选在疾病治疗开发中具有巨大潜力，但仍面临一些挑战	研究神经发育障碍的发病机制，并开发潜在的治疗策略	人类多能干细胞（hPSC）衍生的神经元和脑类器官	基因组学	神经发育障碍	CRISPR, scRNA-seq	NA	基因数据	NA
2984	2025-01-20	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular reprogramming and changes of immune cell subsets following tetramethylpyrazine treatment in LPS-induced acute lung injury 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18772 PMID:39822976	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了四甲基吡嗪（TMP）在LPS诱导的急性肺损伤（ALI）中的细胞重编程和免疫细胞亚群变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析TMP对ALI模型肺组织微环境的动态变化及其对细胞亚型、差异基因表达和转录因子调控的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证TMP的效果	探讨TMP在ALI治疗中的潜在机制及其对肺微环境的影响	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型
2985	2025-01-20	Analysis of the effect of ALA-PDT on macrophages in footpad model of mice infected with Fonsecaea monophora based on single-cell sequencing 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2024-1132 PMID:39822988	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	首次使用单细胞测序技术研究ALA-PDT对巨噬细胞免疫反应的影响，揭示了治疗后巨噬细胞抗原识别相关基因表达上调的机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中的巨噬细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠足垫模型
2986	2025-01-20	Cellular Senescence Genes as Cutting-Edge Signatures for Abdominal Aortic Aneurysm Diagnosis: Potential for Innovative Therapeutic Interventions 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70323 PMID:39823264	研究论文	本研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）发展相关的细胞衰老基因，并评估其作为治疗靶点的潜力	通过机器学习算法识别出关键基因ETS1和ITPR3，并验证了它们在AAA诊断中的潜力	研究主要基于基因表达数据，需要进一步实验验证这些基因在AAA中的具体作用机制	探索细胞衰老基因在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、WB、IF、RT-qPCR	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	429个差异表达基因（DEGs）和867个细胞衰老相关基因（SRGs）
2987	2025-01-19	Distinct immunometabolic signatures in circulating immune cells define disease outcome in acute-on-chronic liver failure 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000907 PMID:38761406	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了急性慢性肝衰竭（ACLF）患者循环免疫细胞的免疫代谢特征，并探讨了这些特征与疾病恢复或非恢复的关系	首次在单细胞水平上描绘了ACLF患者的免疫代谢特征，并发现了与疾病恢复相关的特定免疫细胞状态	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证这些免疫代谢特征对预后的影响	探讨ACLF患者循环免疫细胞的免疫代谢特征及其与疾病恢复或非恢复的关系	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞	免疫学	肝病	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞样本
2988	2025-01-19	Spatiotemporal landscape of kidney in a mouse model of hyperuricemia at single-cell level 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401801RR PMID:39817712	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学和空间代谢组学技术，研究了尿酸氧化酶敲除小鼠模型中的高尿酸血症肾病的时空图谱	结合单细胞和空间组学技术，首次在高尿酸血症肾病中探索了新的治疗靶点和通路，特别是与尿酸排泄相关的核糖体和代谢途径	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索高尿酸血症肾病中的标记物和新的治疗靶点	尿酸氧化酶敲除小鼠模型	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学	NA	单细胞数据、空间组学数据	NA
2989	2025-01-19	Targeting MXD1 sensitises pancreatic cancer to trametinib 2025-Jan-16, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333408 PMID:39819860	研究论文	本研究揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）对trametinib耐药的分子机制，并确定了MXD1作为可药物靶点	发现了trametinib耐药PDAC中病毒模拟反应过度激活的癌细胞亚群，并证明MXD1作为组蛋白甲基转移酶的辅助因子，通过增加转座元件（TE）位点的H3K4三甲基化来增强染色质可及性，从而激活病毒模拟反应	研究主要基于患者来源的异种移植模型和原代细胞系，临床验证仍需进一步研究	阐明PDAC对trametinib耐药的机制，并识别与耐药相关的可药物靶点，以提高trametinib耐药PDAC的治疗效果	胰腺导管腺癌（PDAC）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、靶向切割和标记测序	患者来源的异种移植模型（PDX）	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的异种移植模型和原代细胞系
2990	2025-01-19	The High-Affinity IL-2 Receptor Affects White Matter Damage after Cerebral Ischemia by Regulating CD8 + T Lymphocyte Differentiation 2025-Jan-16, Journal of neuroimmune pharmacology : the official journal of the Society on NeuroImmune Pharmacology IF:5.2Q1 DOI:10.1007/s11481-025-10169-7 PMID:39821696	研究论文	本文研究了高亲和力IL-2受体在脑缺血后通过调节CD8 + T淋巴细胞分化影响白质损伤的机制	首次揭示了高亲和力IL-2受体在CD8 + T细胞中的表达及其在脑缺血后白质损伤中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨高亲和力IL-2受体在脑缺血后白质损伤中的作用机制	CD8 + T细胞和IL-2受体	生物医学	脑缺血	单细胞RNA测序、RNA-seq、qPCR、免疫荧光、多重检测	IL-2Rα KO小鼠模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量
2991	2025-01-19	Elucidating stearoyl metabolism and NCOA4-mediated ferroptosis in gastric cancer liver metastasis through multi-omics single-cell integrative mendelian analysis: advancing personalized immunotherapy strategies 2025-Jan-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01769-z PMID:39812999	研究论文	本研究通过多组学单细胞整合孟德尔分析，探讨了硬脂酰代谢和NCOA4介导的铁死亡在胃癌肝转移中的作用，推进了个性化免疫治疗策略	揭示了硬脂酰代谢在胃癌肝转移中的关键作用，并首次将NCOA4基因与铁死亡机制联系起来，为理解肿瘤微环境异质性提供了新视角	研究主要基于单细胞测序和空间转录组学数据，仍需进一步实验验证其生物学机制	探讨硬脂酰代谢和铁死亡在胃癌肝转移中的作用机制，为开发个性化免疫治疗策略提供依据	胃癌肝转移患者的肿瘤微环境	肿瘤生物学	胃癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、孟德尔随机化分析	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	NA
2992	2025-01-19	Single-cell RNA sequencing reveals common interactions between follicle immune cells and granulosa cells in premature ovarian insufficiency patients† 2025-Jan-14, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae157 PMID:39513542	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早发性卵巢功能不全（POI）、正常卵巢储备和高级母亲年龄（AMA）患者的卵泡微环境，并识别了潜在的治疗靶点	首次使用单细胞RNA测序技术比较POI、正常和AMA患者的卵泡微环境，揭示了VEGFA-FLT1相互作用的丧失可能是POI和衰老的病理机制之一	样本量较小，仅包括9名女性，可能影响结果的普遍性	探讨早发性卵巢功能不全（POI）的卵泡微环境，并识别潜在的治疗靶点	早发性卵巢功能不全（POI）、正常卵巢储备和高级母亲年龄（AMA）患者的卵泡微环境	生物信息学	卵巢疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	9名女性（3名POI、3名正常、3名AMA）
2993	2025-01-19	Encompassing view of spatial and single-cell RNA sequencing renews the role of the microvasculature in human atherosclerosis 2025-Jan, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00582-1 PMID:39715784	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，生成了人类动脉粥样硬化斑块的高分辨率图谱，揭示了细胞类型特异性和动脉粥样硬化特异性表达变化及空间受限的细胞间通讯改变	结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，首次生成了人类动脉粥样硬化斑块的高分辨率图谱，揭示了细胞类型特异性和动脉粥样硬化特异性表达变化及空间受限的细胞间通讯改变	样本量较小，仅包含12个人类标本	研究人类动脉粥样硬化的细胞类型特异性和空间受限的细胞间通讯变化	人类动脉粥样硬化斑块	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	12个人类标本
2994	2025-01-19	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-Jan-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了一位具有高风险多发性骨髓瘤并伴有轻链逃逸（LCE）的患者，揭示了LCE与LAMP5过表达之间的新联系及其对骨溶解和预后的影响	通过单细胞RNA测序技术揭示了LCE与LAMP5过表达之间的新联系，并验证了其对骨溶解和预后的影响	研究仅基于一位患者的数据，样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究高风险多发性骨髓瘤患者中LCE的分子机制及其对骨溶解和预后的影响	高风险多发性骨髓瘤患者	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一位患者
2995	2025-01-19	Aligned membranes regulate wound healing via MMP12 secreted by macrophages 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317194 PMID:39813228	研究论文	本文研究了排列电纺膜（Align）通过调节巨噬细胞分泌的MMP12来促进伤口愈合的机制	揭示了排列电纺膜通过上调MMP12表达并抑制成纤维细胞迁移来促进皮肤伤口愈合的新机制	未明确提及研究的局限性	阐明排列电纺膜在加速伤口愈合和改善愈合质量中的作用	排列电纺膜及其对伤口愈合的影响	生物医学工程	伤口愈合	bulk RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
2996	2025-01-19	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因在胶质母细胞瘤中的分类及其风险模型的预后评估价值	首次基于铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2、FMOD）构建了胶质母细胞瘤的预后风险模型，并通过多组学方法验证了其有效性	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立的外部验证队列	探索铁死亡分类及其风险模型在胶质母细胞瘤中的预后评估潜力	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
2997	2025-01-19	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Exercise-Induced Transcriptional Dynamics in Half-Marathon Runners 2025-Jan, Scandinavian journal of medicine & science in sports IF:3.5Q1 DOI:10.1111/sms.70018 PMID:39817606	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了半马拉松业余跑者在耐力运动后外周血单核细胞的转录动态	首次在单细胞水平上揭示了耐力运动对免疫细胞转录动态的显著影响，并提出了伪批量分析方法作为传统单细胞分析方法的补充	样本量较小，仅包括四名参与者，可能限制了结果的普遍性	探讨耐力运动对免疫细胞转录动态的影响及其潜在机制	半马拉松业余跑者的外周血单核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四名半马拉松业余跑者
2998	2025-01-16	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	通过多组学方法揭示了CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞的差异表达基因，并构建了基于14个预后基因的风险评分模型	研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	阐明胃癌的分子机制，探索新的生物标志物和治疗策略	胃癌患者的CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞	生物信息学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
2999	2025-01-16	c-JUN interacts with HDAC1 as a potential combinatorial therapeutic target in acute myeloid leukemia 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113927 PMID:39721452	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HDAC1在急性髓性白血病（AML）中的致癌作用，并验证了c-JUN与HDAC1的潜在调控关系	首次在单细胞水平上识别了AML中HSC-Prog的特定基因特征，并通过实验验证了c-JUN与HDAC1的相互作用及其在AML治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	探索AML的潜在治疗靶点和有效治疗策略	急性髓性白血病（AML）患者和小鼠模型	生物医学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）、流式细胞术、活体成像（IVIS、iSMAART）	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	AML患者样本和小鼠模型
3000	2025-01-16	Elucidating cardiomyocyte heterogeneity and maturation dynamics through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111596 PMID:39811652	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术分析了新生小鼠心脏细胞，绘制了详细的心肌细胞亚群转录图谱，揭示了心肌细胞成熟状态的连续性和空间分布	通过单细胞和空间转录组学技术，首次详细描绘了心肌细胞的异质性和成熟动态，识别了关键的过渡性心肌细胞亚群，为心脏再生治疗提供了新的靶点	研究仅限于新生小鼠心脏，未涉及成年或其他物种的心脏细胞	阐明心肌细胞的异质性和成熟动态，以促进心脏再生医学研究	新生小鼠心脏的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	新生小鼠心脏细胞