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当前共找到 10570 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 281 | 2026-09-19 |
Effect of the mitophagy inducer urolithin A on age-related immune decline: a randomized, placebo-controlled trial
2025-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00996-x
PMID:41174221
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研究论文 | 一项随机、双盲、安慰剂对照试验，评估线粒体自噬诱导剂尿石素A对健康中年人免疫衰老的调节作用 | 首次在随机对照临床试验中证明短期口服尿石素A可重塑人类外周免疫细胞组成与代谢功能，扩展幼稚样CD8 T细胞并增强其脂肪酸氧化能力，同时通过单细胞RNA测序揭示其转录组层面的免疫调节机制 | 样本量较小（50人），干预时间较短（4周），仅纳入健康中年人，缺乏长期随访和老年人群数据，临床功能结局尚未验证 | 探究线粒体自噬诱导剂尿石素A能否改善与年龄相关的免疫衰退 | 50名健康中年人 | 免疫学 | 衰老相关免疫衰退 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 50名健康中年人（尿石素A组与安慰剂组），分析时间点为基线和第28天 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2026-09-19 |
Distinct stromal cell populations define the B-cell acute lymphoblastic leukemia microenvironment
2025-11, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02734-z
PMID:40817406
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析了儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者骨髓中的基质细胞异质性，并揭示了不同基质细胞亚群对白血病细胞的支持作用 | 首次在B-ALL骨髓微环境中鉴定出早期间充质祖细胞和脂肪源性祖细胞两种不同的间充质基质细胞群体，并发现骨源性谱系细胞仅存在于骨活检中；揭示了脂肪源性祖细胞通过IL-7和VCAM1信号特异性支持白血病细胞，且B-ALL细胞可通过细胞接触依赖机制诱导健康MSC向脂肪方向分化 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解析B-ALL骨髓微环境中基质细胞的异质性及其与白血病细胞的相互作用 | 儿童B-ALL患者的骨髓穿刺样本及健康对照的间充质基质细胞 | 单细胞组学、空间转录组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、体外功能实验、共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 283 | 2026-09-19 |
Continuous cell-type diversification in mouse visual cortex development
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09644-1
PMID:41193844
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研究论文 | 该研究构建了小鼠视觉皮层发育过程中高分辨率的转录组和表观基因组细胞类型图谱，并重建了发育轨迹图 | 整合了568654个单细胞转录组和200061个单核多组学数据，覆盖胚胎期至出生后发育阶段，揭示了细胞类型持续多样化的动态分子图谱 | 研究仅限于小鼠视觉皮层，未涉及其他皮层区域或物种，且计算重建的发育轨迹需要实验验证 | 系统研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化及其分子调控机制 | 小鼠视觉皮层发育过程中的细胞 | 单细胞转录组学, 表观基因组学, 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核多组学测序 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据 | 568654个高质量单细胞转录组和200061个高质量单核多组学数据，覆盖胚胎第11.5天至出生后第56天 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组和单核多组学分析 |
| 284 | 2026-09-19 |
A comprehensive molecular atlas of the mesenchymal cell types in the mouse liver
2025-11, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00580-9
PMID:40954217
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研究论文 | 该研究通过深度单细胞RNA测序构建了成年小鼠肝脏主要细胞类型的全面分子图谱。 | 揭示了肝脏内皮细胞和间充质细胞的多样性，包括门脉周围微血管、肝窦和门静脉细胞的异质性，鉴定出肝星状细胞、成纤维细胞和血管壁细胞的区域特异性亚群，并发现了一种在纤维化疾病中扩增的被膜下肝星状细胞新群体。 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类肝脏中验证，且单细胞RNA测序可能丢失空间信息。 | 构建成年小鼠肝脏主要细胞类型的全面分子图谱，深入理解肝脏细胞结构和功能。 | 成年小鼠肝脏中的主要细胞类型，包括内皮细胞和间充质细胞。 | 单细胞转录组学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2026-09-19 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
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研究论文 | 本研究提出了一种利用尿液生物标志物结合人口统计学数据的机器学习框架来预测胰腺导管腺癌（PDAC），并通过单细胞转录组学进行了事后验证 | 将尿液生物标志物与人口统计学数据相结合，采用多种预处理技术、归一化方法和机器学习/深度学习技术进行综合预测建模，并利用单细胞RNA测序分析验证生物标志物的基因表达意义 | 研究仅使用了有限的数据集，未来需要在不同数据集上验证该框架，并整合额外的组学数据和探索更先进的深度学习架构 | 开发一个基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架，用于胰腺导管腺癌的早期准确诊断预测 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CNN | 文本，图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2026-09-19 |
Single-cell RNA-sequencing reveals adventitial fibroblast alterations during mouse atherosclerosis
2025-11, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 该研究通过对小鼠主动脉外膜进行单细胞RNA测序，揭示了动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化，并鉴定出SERPINH1为ASCVD相关的关键调控因子 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对主动脉外膜进行单细胞RNA测序，鉴定出四种外膜成纤维细胞亚群，并将scRNA-seq数据与人类ASCVD GWAS交叉参照，发现SERPINH1在动脉粥样硬化过程中差异表达并影响成纤维细胞功能 | 研究仅使用了雄性Ldlr-/-小鼠模型，未涉及雌性小鼠或其他人种模型，且每组仅两个样本，样本量较小，体外验证仅限于人外膜成纤维细胞 | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用，并利用单细胞转录组数据结合人类GWAS鉴定ASCVD的血管壁调控因子 | 雄性Ldlr-/-小鼠的主动脉外膜组织及人类外膜成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 每组两个样本，每个样本由三只小鼠混合组成，共四种外膜成纤维细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 287 | 2026-09-19 |
White and brown adipose tissue share a convergent fibro-adipogenic progenitor population
2025-11, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00591-6
PMID:41062857
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研究论文 | 该研究对体外培养的白色和棕色前脂肪细胞进行单细胞RNA测序，揭示了两者共享一个趋同的纤维-脂肪祖细胞群体 | 发现棕色脂肪组织中存在纤维-脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），并证明白色和棕色FAPLs具有相似的促纤维化和应激反应特征，且在早期即与增殖性祖细胞状态分离 | 研究基于体外培养的原代前脂肪细胞，可能无法完全反映体内微环境对祖细胞身份的调控 | 评估体外培养条件如何影响白色和棕色脂肪祖细胞的身份，并研究脂肪组织异质性 | 体外培养的白色和棕色前脂肪细胞 | 单细胞转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2026-09-19 |
Acetoacetate suppresses colon cancer via an MR1-MAIT axis
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685375
PMID:41279095
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研究论文 | 本文研究表明口服乙酰乙酸乙酯（EAA）可通过MR1-MAIT细胞轴抑制结直肠癌肿瘤生长 | 首次揭示乙酰乙酸（AcAc）通过代谢转化为甲基乙二醛，与微生物来源的5-A-RU结合生成强效MR1配体5-OP-RU，从而以MR1依赖性方式选择性扩增和激活黏膜相关恒定T（MAIT）细胞来抑制结直肠癌 | 研究主要基于临床前结直肠癌模型，尚未进行人体临床试验验证其安全性和有效性 | 探索乙酰乙酸（AcAc）对结直肠癌的抗肿瘤效果及其免疫学机制 | 临床前结直肠癌模型及人类细胞培养物 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传学和抗体介导的耗竭研究 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-09-19 |
A molecular map of the human spinal dorsal and ventral horn defines arrangement of neuronal types and glial sex differences
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685953
PMID:41279941
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研究论文 | 该研究对11位器官捐献者的腰段脊髓背侧和腹侧样本进行了深度单核测序，并结合10X Xenium空间转录组学技术，构建了人类脊髓背侧和腹侧角的分子图谱，揭示了神经元类型的空间排列及胶质细胞的性别差异 | 首次在成人人类脊髓中结合单核测序和空间转录组学技术，系统性地定义了34种具有空间和遗传特征的神经元类别，并发现了多种胶质细胞类型中的性别特异性细胞类型和状态，证明了成年人类脊髓在转录组细胞类型水平上存在性别二态性 | 样本量相对有限（11位器官捐献者），仅针对腰段脊髓，可能无法完全代表整个脊髓的细胞多样性；未深入探讨性别差异的功能意义 | 构建人类脊髓背侧和腹侧角的分子图谱，定义神经元类型的空间排列和胶质细胞的性别差异，以更好地理解人类脊髓生理学并为影响脊髓的神经系统疾病（特别是疼痛）确定药物靶点 | 人类腰段脊髓背侧和腹侧样本，来自11位器官捐献者（6名女性和5名男性） | 数字病理学, 机器学习 | 疼痛, 神经系统疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 11位器官捐献者的腰段脊髓背侧和腹侧样本（6名女性，5名男性） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10X Xenium | 10X Xenium单分子空间转录组学, 深度单核测序 |
| 290 | 2026-09-19 |
Defects in the DNA Damage Response of Patient-derived Endometriosis Stromal Cells
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685406
PMID:41278719
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研究论文 | 该研究检测了来自健康供体和子宫内膜异位症患者的月经流出物间质细胞（MenSC）的DNA损伤应答（DDR），发现子宫内膜异位症患者的MenSC存在DDR缺陷 | 首次利用月经流出物来源的间质细胞（MenSC）研究子宫内膜异位症的DNA损伤应答缺陷，并发现MRN复合体（RAD50和NBS1）在复制压力下下调，提示该缺陷可能具有治疗靶点价值 | 样本量有限，仅使用细胞系和公共scRNA-seq数据集，缺乏体内动物模型验证，且未深入探讨DDR缺陷的具体分子机制 | 探究子宫内膜异位症患者月经流出物来源间质细胞的DNA损伤应答特征及其潜在治疗意义 | 来自健康供体和子宫内膜异位症患者月经流出物的间质细胞系（MenSC），以及子宫内膜异位症间质组织的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2026-09-19 |
Video - Visual Integration of Drosophila Enhancer Organization: A tool for integrating and visualizing chromatin accessibility, in vivo transcription factor binding and motif occurrence in tissue-specific differentially expressed genes
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684897
PMID:41279708
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研究论文 | 本文介绍了一个名为VIDEO的基于网络的分析工具，用于整合和可视化果蝇中顺式调控元件、转录因子结合基序、染色质可及性以及组织特异性差异表达基因的数据 | VIDEO工具允许研究人员在组织特异性背景下交互式地探索和可视化转录因子结合基序与转录活性和染色质可及性的交集，并整合了多种数据类型（原位杂交、微阵列、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq） | 摘要中未明确提及该工具的局限性 | 开发一个整合和可视化果蝇增强子组织的工具，以研究组织特异性差异表达基因中转录因子结合基序、染色质可及性和基因表达的关系 | 果蝇（Drosophila）的基因调控系统，包括唾液腺中的CrebA调控系统和胚胎后肠的调控系统 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 原位杂交, 微阵列, scRNA-seq | NA | 基因组数据、文本 | NA | NA | scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 微阵列, 原位杂交 | NA | NA |
| 292 | 2026-09-19 |
Benchmarking large-scale single-cell RNA-seq analysis
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.28.681564
PMID:41279840
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研究论文 | 该研究对五种广泛使用的单细胞RNA测序分析框架（Seurat、OSCA、scrapper、Scanpy和rapids_singlecell）的可扩展性、效率和准确性进行了基准测试，重点关注算法和基础设施选择对性能的影响 | 系统性地比较了五种主流scRNA-seq分析框架在可扩展性、效率和准确性方面的表现，并首次全面评估了六种SVD算法在多种数据表示和硬件配置下的计算性能，为大规模单细胞数据分析提供了实用指南 | 研究主要聚焦于聚类准确性和PCA计算性能，未涵盖其他分析步骤如差异表达分析、轨迹推断等；数据集类型和规模有限，可能无法完全代表所有单细胞分析场景 | 对大规模单细胞RNA测序分析框架进行基准测试，评估算法和基础设施选择对性能的影响，为高效可靠的大规模单细胞数据分析提供实践指南 | 五种scRNA-seq分析框架（Seurat、OSCA、scrapper、Scanpy、rapids_singlecell）及六种SVD算法（exact、ARPACK、IRLBA、randomized、Jacobi、incremental PCA） | 机器学习， 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA， SVD， ARPACK， IRLBA， randomized SVD， Jacobi， incremental PCA | 基因表达矩阵， 图像数据（HDF5格式） | 130万小鼠脑细胞数据集以及三个较小数据集（BE1、scMixology和脐带血CITE-seq），均具有真实标签 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2026-09-19 |
Adipocytes are dispensable in shaping the ovarian cancer tumor microenvironment in the omentum
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.28.685098
PMID:41279871
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研究论文 | 该研究通过构建腹膜成熟脂肪细胞缺失的小鼠模型，结合单细胞RNA测序，重新评估了脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的作用，发现内皮细胞FABP4而非脂肪细胞对肿瘤生长至关重要 | 首次通过遗传学手段在腹膜（包括大网膜）中特异性清除成熟脂肪细胞，发现缺乏成熟脂肪细胞并不能抑制腹膜卵巢癌的扩增，颠覆了传统认为脂肪细胞通过供脂促进肿瘤生长的观点；通过单细胞RNA测序揭示大网膜内皮细胞高表达FABP4，并证明内皮细胞选择性缺失FABP4可减少腹膜卵巢癌生长，提出大网膜血管系统在支持卵巢癌代谢生长中的关键作用 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 重新评估脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移（特别是大网膜微环境）中的作用，探究大网膜中支持卵巢癌生长的关键细胞类型和分子机制 | 卵巢癌（OC）腹膜转移模型小鼠及卵巢癌细胞系（ID8p53Brca2、BPPNM、KPCA），以及大网膜微环境中的脂肪细胞、内皮细胞等 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-09-19 |
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7914753/v1
PMID:41282138
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研究论文 | 该研究通过对7名人类受试者的配对正常结肠黏膜和息肉组织进行单细胞RNA测序，鉴定出肿瘤起始细胞（TICs）及其在正常结肠上皮向肿瘤转化过程中起作用的早期标记基因 | 首次利用配对正常和转化结肠组织的scRNA-seq鉴定出肿瘤起始细胞（TICs，即tSTM亚簇4和6），这些细胞主要来源于组织学正常的黏膜，并揭示了ETS2、SLC12A2和LEFTY1作为TIC特异性标记物，以及SOD3和GPRC5A沿TIC-to-tSTM轨迹的进行性上调 | 样本量较小（仅7名受试者），需要在更大规模队列中进行验证 | 利用单细胞RNA测序从配对正常和转化的人类结肠组织中鉴定肿瘤起始细胞（TICs）和肿瘤转化的早期转录标记物 | 7名人类受试者的新鲜活检组织，包括组织学正常表现的结肠黏膜和配对息肉（管状腺瘤、无蒂锯齿状腺瘤和腺癌） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA-FISH | Seurat、Monocle 2、CytoTRACE、GSVA、GSEA、RNA velocity、InferCNV | 单细胞转录组数据、图像 | 51,054个高质量单细胞转录组，来自7名受试者的配对正常结肠黏膜和息肉组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 295 | 2026-09-19 |
Spatial transcriptomics of glioblastoma defines biologically and clinically significant reprogramming patterns across unique spatial microenvironments
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683110
PMID:41279756
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学技术，分析了胶质母细胞瘤中不同空间微环境的生物学重编程模式、肿瘤微环境重组和细胞间相互作用 | 应用了一种新的空间信息学方法，将基因共表达网络模块识别的生物学重编程与细胞间通讯的特定变化相结合 | 摘要中未明确提及研究限制 | 定义胶质母细胞瘤的生物学重编程、肿瘤微环境重组和细胞间相互作用，并开发针对空间生态位特定脆弱性的合理联合疗法 | 胶质母细胞瘤样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 14个胶质母细胞瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 296 | 2026-09-19 |
Whole-genome sequencing reveals individual and cohort level insights into chromosome 9p syndromes
2025-10-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01563-0
PMID:41137173
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研究论文 | 该研究对100名9p染色体综合征患者进行全基因组测序，结合空间转录组和机器学习，揭示了9p缺失/重复综合征的基因组结构特征及关键基因 | 首次大规模（100人）对9p染色体综合征进行全基因组测序研究，开发了DiamondsDenovo计算工具和基于基因拷贝数的机器学习预测模型，识别了两个晚期复制区域和24个关键基因 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 在个体和队列水平上深入探究9p染色体综合征的基因组、表型和功能特征 | 来自9p染色体综合征家庭的100名个体 | 基因组学 | 9p染色体综合征 | 全基因组测序、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因组数据、空间转录组数据 | 100名来自9p染色体综合征家庭的个体 | NA | 全基因组测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 297 | 2026-09-19 |
Interregional human assembloids recapitulate fetal brain morphologies and enhance neuronal complexity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684445
PMID:41278870
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研究论文 | 该研究利用3D共聚焦成像和人工重建技术分析了735个神经元，比较了前脑和丘脑类器官及组装体的形态学特征，发现区域间组装体展现出更复杂的神经元形态 | 首次系统性地描述了人类神经类器官和组装体中神经元形态的多样性，建立了结构表型分析作为验证人类神经模型的关键维度，发现区域间组装体具有更复杂的树突分支、更长的投射和多样的胞体形状 | 研究仅基于735个神经元的人工重建，样本量有限；人工重建方法通量较低；未进行功能性验证；仅描述了初步的形态学特征 | 表征人类神经类器官和组装体中神经元的3D形态学特征，评估区域间组装体是否增强神经元形态复杂性 | 前脑（背侧和腹侧）和丘脑（背侧和腹侧）类器官，以及前脑、丘脑和皮质丘脑组装体中的735个神经元 | 数字病理学 | NA | 3D共聚焦成像，人工神经元重建 | NA | 图像 | 735个神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2026-09-19 |
Multi-site Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single Cell RNA Sequencing
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684427
PMID:41279168
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研究论文 | 该文章通过多站点评估比较了三种单细胞RNA测序样本保存方法的性能与可重复性 | 首次由ABRF组织开展跨平台多站点研究，系统评估10x Genomics FLEX、Parse Bioscience Evercode WT v2和Honeycomb Bio HIVE三种保存方法在scRNA-seq中的表现 | 仅使用单一健康供体的白细胞样本进行评估，未涵盖其他组织类型或疾病样本，且观察到平台特异性基因表达差异 | 评估不同商业保存方法在单细胞RNA测序上游样本处理中的性能和可重复性 | 从单一健康个体分离的总白细胞，分别经固定或冷冻保存后用于scRNA-seq | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、流式细胞术数据 | 1名健康供体的总白细胞样本，包含21色流式细胞术参考数据集 | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics FLEX, Parse Bioscience Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE | 10x Genomics FLEX固定保存方案，Parse Bioscience Evercode WT v2固定保存方案，Honeycomb Bio HIVE冷冻保存方案，对照为10x 3'新鲜样本流程 |
| 299 | 2026-09-19 |
Semi-parametric Empirical Bayes Method for Multiplet Detection in snATAC-seq with Probabilistic Multi-omic Integration
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.23.684138
PMID:41279855
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研究论文 | 该论文提出了一种名为SEBULA的半参数经验贝叶斯模型，用于在单核ATAC-seq数据中检测多细胞复合体，并能整合单细胞RNA-seq等其他模态的概率证据 | 提出了半参数经验贝叶斯模型SEBULA，能够为多细胞复合体检测提供校准良好的后验概率，实现原则性的错误发现率控制，并整合来自其他模态（如scRNA-seq）的概率证据 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决单核ATAC-seq数据中因染色质可及性测量的稀疏性和过度离散性导致的多细胞复合体检测难题 | 单核ATAC-seq数据、多模态单细胞数据 | 机器学习 | NA | snATAC-seq, scRNA-seq | 半参数经验贝叶斯模型 | 基因组数据 | 七个注释的三模态DOGMA-seq数据集以及模拟数据 | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 300 | 2026-09-19 |
BASIN: Bayesian mAtrix variate normal model with Spatial and sparsIty priors in Non-negative deconvolution
2025-Oct-24, ArXiv
PMID:41281239
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研究论文 | 提出BASIN方法，一种贝叶斯矩阵变量正态模型，结合空间和稀疏先验，用于空间转录组学中的非负细胞类型解卷积 | 将解卷积建模为非负矩阵分解问题并引入图拉普拉斯先验，采用矩阵变量贝叶斯NMF方法保持变量的矩阵形式以推导更高效的矩阵正态后验，使用Gibbs采样器近似后验分布，提供不确定性量化并增强鲁棒性 | 摘要中未明确提及 | 从空间转录组数据中推断每个空间位置的细胞类型组成 | 空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯非负矩阵分解、矩阵变量正态模型、Gibbs采样器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |