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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-04-30 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adl1988
PMID:40997217
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研究论文 | 本研究结合全基因组表观组图谱、表观基因组编辑、表型及单细胞RNA测序CRISPR筛选,发现了一类对机械微环境响应的基因组增强子,并探究其如何通过表观遗传调控影响细胞功能及疾病相关基因 | 首次鉴定出对细胞外基质软硬度响应的“机械增强子”,并通过表观遗传编辑重编程细胞对机械微环境的响应 | 未提及具体局限性 | 探究机械微环境如何通过表观遗传状态调控转录,并识别响应机械信号的基因组增强子 | 肺成纤维细胞(来自健康及纤维化供体) | 表观遗传学、单细胞组学 | 纤维化疾病 | 全基因组表观组学、表观基因组编辑、单细胞RNA测序、CRISPR筛选 | NA | 表观组数据、单细胞转录组数据 | 健康及纤维化供体的肺成纤维细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 282 | 2026-04-30 |
Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine
2025-12, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287463
PMID:39639676
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类小肠类器官来源的肠内分泌细胞群体 | 首次利用CRISPR-Cas9标记的类器官模型结合单细胞RNA测序,系统绘制人类小肠肠内分泌细胞图谱,并揭示不同细胞亚型的激素、营养感应机制及转录因子的差异表达 | 未提及具体局限性,但类器官模型可能无法完全模拟体内微环境 | 利用单细胞RNA测序绘制人类小肠肠内分泌细胞图谱,比较不同细胞类型的分子特征 | 人类十二指肠和回肠类器官来源的肠内分泌细胞(EECs) | 单细胞转录组学 | 糖尿病、肥胖、肠道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR-Cas9 | 细胞类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 人类十二指肠和回肠类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 单细胞RNA测序平台 |
| 283 | 2026-04-30 |
Spatial Dynamics of Tumor Cell Plasticity in Lung Adenocarcinoma Revealed by Region-Specific Single Cell Transcriptomics
2025-12, Genes, chromosomes & cancer
DOI:10.1002/gcc.70101
PMID:41454525
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研究论文 | 通过区域特异性单细胞转录组学揭示肺腺癌中肿瘤细胞可塑性的空间动态 | 首次在单个肺腺癌肿瘤的不同区域(核心、核心旁、边缘)进行单细胞RNA测序,系统刻画了EMT和干性特征的空间异质性,并发现与预后相关的生物标志物PCBP1和PA2G4 | 样本仅来自单个肺腺癌患者,可能限制了结论的普适性;EMT与干性之间的相关性较弱(R=0.17),需进一步验证 | 研究肺腺癌中肿瘤细胞可塑性(EMT和干性)的空间分布及其与预后的关联 | 肺腺癌患者的肿瘤组织样本(10个肿瘤片段来自3个区域) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 1例肺腺癌患者的10个肿瘤片段(核心、核心旁、边缘各若干个) | BGI | 单细胞RNA测序 | SURFSeq 5000 | BGI SURFSeq 5000测序平台进行单细胞RNA测序 |
| 284 | 2026-04-30 |
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology
IF:7.2Q1
DOI:10.1007/s10875-025-01961-4
PMID:41291215
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research paper | 本研究通过单细胞测序和转录组分析揭示了单核细胞/巨噬细胞衍生的NLRP3通过NOD样受体通路促进强直性脊柱炎的发病和进展 | 首次通过单细胞测序分析强直性脊柱炎患者骨髓样本,明确单核细胞-巨噬细胞-炎症性巨噬细胞分化轨迹,并识别NLRP3的核心作用及上游调控因子 | 未提及具体局限性 | 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 | 从强直性脊柱炎患者和骨折对照患者收集的骨髓样本 | machine learning | 强直性脊柱炎 | 单细胞测序, 转录组分析 | NA | 单细胞数据, 转录组数据 | 强直性脊柱炎患者与骨折对照患者的骨髓样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2026-04-30 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Depletion and Dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-Specific Th1 and Th17 Cells Early After Acquisition of Human Immunodeficiency Virus
2025-Oct-15, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf354
PMID:40605619
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示HIV感染早期后结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭与失调 | 首次纵向研究HIV感染前后Mtb特异性CD4 T细胞的单细胞RNA测序,揭示早期感染后Th1/Th17细胞优先耗竭及转录调控异常 | 未提及具体局限性 | 评估HIV感染对Mtb特异性CD4 T细胞频率和功能的影响 | HIV阳性与阴性个体中的Mtb特异性CD4 T细胞 | 单细胞转录组学 | 结核病、HIV感染 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 部分个体在HIV感染前后进行纵向单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2026-04-30 |
Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway
2025-Sep-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01093-3
PMID:41006678
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析BCG初治和复发性非肌层浸润性膀胱癌,揭示CD6/ALCAM介导的免疫抑制通路 | 首次发现CD6/ALCAM信号通路与BCG耐药性之间的关联,并指出该通路可作为增强BCG疗效的潜在治疗靶点 | 未明确说明局限性,样本量可能有限,且需进一步验证CD6/ALCAM信号在其他队列中的普适性 | 探究BCG治疗抵抗背后的免疫机制,以改善复发非肌层浸润性膀胱癌的治疗效果 | BCG初治和复发性非肌层浸润性膀胱癌患者的肿瘤组织 | 单细胞组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、外显子变异数据 | 多个NMIBC患者样本(具体数量未提供),包括BCG治疗前后 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于scRNA-seq |
| 287 | 2026-04-30 |
Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach
2025-Jun, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222
PMID:40113007
|
研究论文 | 通过开放数据方法重新定义脊髓损伤后巨噬细胞表型 | 利用三种公开单细胞RNA测序数据集进行跨数据集比较,采用无偏分析方法识别出脊髓损伤后四种保守的巨噬细胞群体 | 未提及具体局限性,但可能包括样本仅限于年轻雌性小鼠,且仅分析损伤后7天的时间点 | 利用公开单细胞RNA测序数据重新定义脊髓损伤后巨噬细胞的异质性 | 脊髓损伤后7天的年轻雌性小鼠 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程、SingleR跨数据集比较工具 | 基因表达数据 | 三个独立研究团队的数据集,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2026-04-30 |
SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data
2025-May-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03573-y
PMID:40317049
|
研究论文 | SlideCNA是一种从Slide-seq类空间转录组数据中检测空间拷贝数变异(CNA)的计算工具 | 利用表达感知的空间分箱方法克服数据稀疏性,从近单细胞分辨率的空间转录组数据中提取拷贝数变异信号,实现空间亚克隆检测 | 未提及具体局限性 | 开发从稀疏空间转录组数据中检测拷贝数变异的方法,以揭示实体瘤的遗传空间异质性 | 模拟数据和真实Slide-seq数据(转移性乳腺癌样本) | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, RNA-seq | 分箱算法 | 空间基因表达数据 | 模拟数据和真实乳腺癌数据 | 未指定平台公司 | 空间转录组学(Slide-seq类) | Slide-seq | 近单细胞分辨率的空间转录组数据 |
| 289 | 2026-04-30 |
Single-Cell Profiling of Mononuclear Cells Identifies Transcriptomics Signatures Differentiating Prostate Cancer From Benign Prostatic Hyperplasia
2025-05, Genes, chromosomes & cancer
DOI:10.1002/gcc.70051
PMID:40346907
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析外周血单核细胞,揭示前列腺癌与良性前列腺增生的转录组学差异 | 首次利用单细胞转录组学方法系统比较前列腺癌与良性前列腺增生患者外周血单核细胞的免疫细胞亚群及基因表达差异,发现CD14+单核细胞、NK细胞和γδT细胞在前列腺癌中显著升高,并鉴定出多个潜在生物标志物 | 样本量较小,仅包含4例前列腺癌和3例良性前列腺增生患者,且未进行功能验证 | 探究前列腺癌与良性前列腺增生在外周血单核细胞水平的分子差异,寻找区分两种疾病的潜在生物标志物 | 4例前列腺癌患者和3例良性前列腺增生患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例外周血样本(4例前列腺癌,3例良性前列腺增生) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 290 | 2026-04-30 |
Molecular and cellular neurocardiology in heart disease
2025-03, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP284739
PMID:38778747
|
综述 | 本文更新并扩展了关于心脏病分子和细胞神经生物学的基础,重点讨论了心脏自主神经发育、新型细胞内通路和神经可塑性的最新发现 | 利用患者特异性干细胞研究交感神经损伤,通过空间转录组学和新型成像技术发现治疗心脏自主神经功能障碍的分子靶点 | 文中强调了尚未解答的问题和存在争议的领域 | 探讨心脏病的分子和细胞神经心脏学机制及治疗潜力 | 心脏自主神经系统、神经化学通路、患者特异性干细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 291 | 2026-04-30 |
Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics
2025-03, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287595
PMID:40077928
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研究论文 | 基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理模型的计算库 | 首次利用单神经元转录组数据构建心脏内在神经系统神经元电生理模型计算库,通过循环阈值选择离子通道组合,结合被动电学特性约束模型参数,成功预测了与实验观察一致的神经元相位和强直反应分布 | 未明确提及 | 构建心脏内在神经系统神经元电生理多尺度计算模型,研究其在心脏调节和病理中的功能作用 | 心脏内在神经系统(ICNS)神经元 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞转录组数据中的ICNS神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 292 | 2026-04-30 |
Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements
2025-Jan-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025
PMID:39731911
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研究论文 | 通过跨物种分析胸腺模拟细胞,揭示其演化古老起源及保守与物种特异性特征 | 首次对人类儿童胸腺模拟细胞进行单细胞RNA测序,并与小鼠和斑马鱼数据整合,发现保守的演化特征和物种特异性适应 | 未明确说明局限性 | 探究胸腺模拟细胞的跨物种保守性与物种特异性,及其在自身免疫中的潜在作用 | 人类儿童、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类儿童捐献者(具体数量未说明),小鼠和斑马鱼样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 293 | 2026-04-29 |
Infection of 5xFAD mice with a mouse-adapted SARS-CoV-2 does not alter Alzheimer's disease neuropathology yet induces wide-spread changes in gene expression across diverse cell types
2025-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.19.695600
PMID:41497643
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研究论文 | 本研究通过感染小鼠适应型SARS-CoV-2病毒,探究其对5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型神经病理学的影响 | 首次使用小鼠适应型SARS-CoV-2病毒(MA10)在5xFAD小鼠模型中系统评估病毒对阿尔茨海默病神经病理的直接作用 | 未检测到中枢神经系统内病毒RNA,且未观察到明显的胶质细胞激活或神经炎症反应 | 阐明SARS-CoV-2感染对阿尔茨海默病神经病理学的潜在分子机制 | 10-14月龄的5xFAD和野生型C57BL/6小鼠 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 新冠肺炎 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 感染后第7天和21天的小鼠脑样本,具体数量未提供 | Illumina | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | Illumina NovaSeq | NA |
| 294 | 2026-04-29 |
UV induces common cutaneous amyloid-like melanosomal protein aggregates
2025-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.689083
PMID:41446198
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研究论文 | 研究表明紫外线诱导黑色素细胞中α-突触核蛋白等形成类淀粉样蛋白聚集体,导致常见色素性疾病和光老化 | 发现紫外线以类朊病毒方式诱导黑色素体蛋白自传播聚集,并首次将黑色素体蛋白病与常见色素异常和光老化联系起来 | 未提及具体局限性 | 阐明紫外线诱导黑色素体蛋白聚集的机制及其在色素性疾病中的作用 | 黑色素细胞、小鼠模型、临床色素性病变样本 | 数字病理学 | 色素性疾病, 帕金森病, 光老化 | RT-QuIC, CUT&RUN, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 电子显微镜 | NA | 图像, 文本 | 多种临床色素性病变样本、原代黑色素细胞和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 295 | 2026-04-29 |
Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease
2025-11, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049
PMID:40889558
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研究论文 | 通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢的变化 | 首次通过多组学(转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学)联合分析,系统描述了阿尔茨海默病早期星形胶质细胞中脂肪酸代谢的动态变化,并利用人类单细胞RNA测序数据验证了这些变化的临床相关性 | 尚未说明具体局限性 | 探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞中脂肪酸代谢的分子动态变化及其与疾病进展的关系 | 阿尔茨海默病模型APP/PS1小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞,以及人脑样本中的星形胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 多组学(转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学)、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、代谢物空间分布数据、单细胞转录组数据 | APP/PS1和WT小鼠在5个时间点(2、4、6、9、12月龄)的星形胶质细胞样本;人脑单细胞核RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间代谢组学 | NA | NA |
| 296 | 2026-04-29 |
Dynamic interaction of oligodendrocyte precursor cells with other cell types in the central nervous system
2025-11, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050
PMID:40930164
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综述 | 系统梳理少突胶质前体细胞与中枢神经系统中其他细胞类型的动态相互作用机制 | 利用单细胞测序和体内成像等新技术,揭示了OPC在神经发育、组织稳态维持和病理微环境重塑中与多种CNS细胞群进行广泛动态相互作用的功能可塑性 | NA | 综合OPC多模式功能的现有证据,评估非成髓鞘贡献,并探讨神经再生医学的有前景治疗靶点 | 少突胶质前体细胞(OPCs)及其与神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞和血管内皮细胞的相互作用 | 数字病理学 | 多发性硬化症、脑缺血 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2026-04-29 |
Glutamine synthetase loss in β-catenin-mutant hepatocellular carcinoma promotes tumor burden through macrophage metabolic reprogramming
2025-Oct-23, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001591
PMID:41129335
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研究论文 | 探讨β-连环蛋白突变肝细胞癌中谷氨酰胺合成酶缺失通过巨噬细胞代谢重编程促进肿瘤负荷的机制 | 首次揭示β-连环蛋白突变肝癌中谷氨酰胺合成酶缺失后,巨噬细胞通过代谢适应从免疫监视转向免疫抑制,并证明巨噬细胞谷氨酰胺合成酶条件性删除可减轻肿瘤负荷 | 研究主要基于小鼠模型和TCGA数据分析,人类患者样本的验证可能有限 | 研究β-连环蛋白突变肝细胞癌中谷氨酰胺合成酶缺失对肿瘤发展的影响 | β-连环蛋白突变肝细胞癌患者和小鼠模型 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞空间转录组学 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据 | TCGA数据库包含CTNNB1突变肝癌患者样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 298 | 2026-04-29 |
Comparative transcriptomics reveals shifts in cortical architecture at the metatherian/eutherian transition
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680397
PMID:41256371
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研究论文 | 通过比较转录组学揭示有袋类/真兽类过渡期皮层结构的演变 | 首次利用单核RNA测序和空间转录组学比较有袋类与真兽类哺乳动物初级视皮层的细胞类型和层状结构,揭示皮层柱在进化中的重塑特征 | 仅比较两个物种(小鼠和一种有袋类),样本代表性有限;未直接验证功能差异 | 探究有袋类与真兽类哺乳动物分叉后皮层柱细胞类型特异性组织的变化 | 有袋类动物(具体物种未提及)和小鼠的初级视皮层 | 神经科学 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 两种哺乳动物物种(有袋类和小鼠)的初级视皮层样本 | 10x Genomics, Illumina | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3', Illumina NovaSeq测序平台 |
| 299 | 2026-04-29 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
|
研究论文 | 提出scTWAS统计方法,利用单细胞数据进行细胞类型特异性转录组关联研究 | 创新采用潜变量模型和矩估计方法,解决单细胞数据的高噪声、高稀疏性和技术变异,实现细胞类型特异性TWAS分析 | 未在正文中明确说明,推测可能依赖于基因型数据的可用性和单细胞数据的质量 | 开发一种能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组关联研究的统计方法 | 血液和脑组织中的细胞类型,以及29种血液性状、3种免疫相关疾病和阿尔茨海默病 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型 | 基因表达数据 | 未在标题和摘要中明确提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2026-04-29 |
CD1d+ Goblet Cells Expand Colon-Resident Immature, Intermediate and Differentiated iNKT Cells to Limit Colitis
2025-Sep-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7603392/v1
PMID:41041542
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现,结肠中存在类似胸腺未成熟和中间前体状态的iNKT细胞群,并且CD1d+杯状细胞通过形成抗原通道扩增这些细胞以限制结肠炎 | 颠覆了结肠iNKT细胞在断奶后固定不变的经典观点,首次证明成年结肠中存在具有可塑性的iNKT细胞亚群,并揭示杯状细胞作为非传统抗原呈递细胞调控iNKT细胞扩增的新机制 | 未明确说明 | 探究结肠iNKT细胞的异质性及其在结肠炎中的调控机制 | 人类和小鼠结肠中的iNKT细胞及CD1d+杯状细胞 | 单细胞转录组学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠结肠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |