单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7544 篇文献，本页显示第 2921 - 2940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2921 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2922 | 2025-07-04 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
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研究论文 | 提出了一种名为DeepExDC的可解释一维卷积神经网络，用于在单细胞Hi-C数据中进行基因组区室差异分析 | DeepExDC无需任何分布假设和差异模式限制，能够解释跨多个条件的基因组区室变化，且在模拟和实验数据中显示出更高的准确性 | 单细胞水平上的区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 开发一种方法用于单细胞Hi-C数据中的基因组区室差异分析 | 单细胞Hi-C数据 | 基因组学 | NA | scHi-C, scRNA-seq, scATAC-seq | 1D CNN | 基因组数据 | 模拟和实验scHi-C数据 |
| 2923 | 2025-07-04 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
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综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法及其在理解生命机制和疾病治疗中的应用 | 概述了单细胞动态数据整合与分析的最新算法进展，并讨论了生物技术和人工智能算法在探索复杂生命过程中的前沿发展 | 未提及具体算法的性能比较或实际应用中的具体限制 | 探讨单细胞动态数据的计算建模方法及其在生物医学研究中的应用 | 单细胞动态数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态数据 | NA |
| 2924 | 2025-07-04 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
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研究论文 | 本文提出了一种基于单调深度学习框架的保留顺序的批次效应校正方法 | 该方法首次在批次效应校正中引入了保留顺序的特性，通过单调深度学习网络实现 | 未提及具体的计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发一种能够保留基因表达顺序的批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA |
| 2925 | 2025-07-04 |
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573739
PMID:38260586
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研究论文 | 介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据，以进行可解释的样本分类 | SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架，利用图卷积网络分析相邻细胞图，并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性 | 未明确提及具体限制，但可能受限于数据质量和样本量 | 通过整合空间信息与分子数据，准确预测临床表型，如免疫治疗反应 | 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 | 空间组学 | 黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学（IMC、CODEX） | GNN（图卷积网络） | 空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据 | CosMx空间转录组学数据集（转移性黑色素瘤）、IMC和CODEX数据集（非小细胞肺癌和结直肠癌） |
| 2926 | 2025-07-04 |
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628399
PMID:39713285
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研究论文 | 该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子，其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制 | 首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用 | 研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证 | 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用 | EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri | 病毒学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | EBNA-LP敲除模型 | RNA-seq数据 | 未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞 |
| 2927 | 2025-07-04 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
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综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型的复制方法及其特点，并提出了一个整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架 | 提出了整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架，以克服现有研究挑战 | 当前可用的牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病的病理机制及治疗方法 | 啮齿类动物模型 | 牙周病研究 | 牙周病 | 空间转录组学、单细胞测序、荧光成像 | NA | NA | NA |
| 2928 | 2025-07-04 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 | 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更广泛的TCR使用多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力的限制 | 研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1-5-OP-RU-tetramer(+)细胞进行分析 | 了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在新生儿败血症中的作用 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq） | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 |
| 2929 | 2025-07-04 |
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472
PMID:39387817
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研究论文 | 开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法，用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积 | SpatialDeX是一种基于回归模型的方法，无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例，并在性能上与基于参考的方法相当，优于其他参考自由方法 | NA | 开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法，用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例，以更深入地了解肿瘤微环境的动态 | 固体肿瘤的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学(ST) | 回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2930 | 2025-07-04 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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research paper | 该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合 | 首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制 | 未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用 | 探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用 | p21高表达的衰老细胞 | 生物医学 | 伤口愈合 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 2931 | 2025-07-04 |
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S516125
PMID:40599557
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势 | 总结了TNBC的最新治疗进展，包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用，以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展 | 作为综述文章，未涉及原始研究数据，主要依赖已有文献的综合分析 | 探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其患者群体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 机器学习成像、空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 2932 | 2025-07-04 |
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831
PMID:40599775
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研究论文 | 本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系 | 首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用 | 研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性 | 肝癌患者和肝癌细胞系 | 肿瘤基因组学 | 肝癌 | WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 公共数据集中的肝癌样本 |
| 2933 | 2025-07-04 |
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1576067
PMID:40599812
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review | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用 | 利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性 | 未提及具体的技术限制或样本量不足等问题 | 探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用 | 肺内皮细胞（PECs） | digital pathology | lung cancer | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 2934 | 2025-07-03 |
Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells
2025-Aug, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70028
PMID:40222951
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研究论文 | 本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效 | 揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制 | 实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型 | 免疫学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting | 小鼠EAM模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、影像数据 | 未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型 |
| 2935 | 2025-07-03 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus
2025-Aug, Molecular oral microbiology
IF:2.8Q3
DOI:10.1111/omi.12495
PMID:40366262
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加 | 样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病 | 研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用 | 口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型 | 单细胞测序 | 口腔扁平苔藓 | scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色 | 小鼠慢性炎症模型 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据 | 3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织 |
| 2936 | 2025-07-03 |
Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112023
PMID:40585359
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研究论文 | 该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后 | 首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果 | 研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证 | 研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具 | 胶质瘤患者 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序，RT-qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | 六个队列的胶质瘤患者样本 |
| 2937 | 2025-07-03 |
BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis
2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23628
PMID:40600933
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研究论文 | 本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用 | 首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制 | 样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型 | 阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物 | 免疫病理学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP） | Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验 | NA | 转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据 | 23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本 |
| 2938 | 2025-07-03 |
Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis
2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04320-7
PMID:40600991
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研究论文 | 本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略 | 首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证 | 探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点 | 牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC) | 生物医学 | 牙周炎, 溃疡性结肠炎 | 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟 | DSS诱导的UC小鼠模型 | 基因表达数据 | GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型 |
| 2939 | 2025-07-03 |
Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs
2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition
DOI:10.1080/09205063.2024.2445376
PMID:39729311
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综述 | 本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法 | 介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略 | 需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中 | 探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破 | 骨质疏松症的基因表达和激素信号传导 | 医学研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2940 | 2025-07-03 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果 | 首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异 | 研究仅基于四个BALF样本，样本量较小 | 解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题 | 人类BALF细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 四个BALF样本 |