单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2901	2025-01-26	Transcriptomic dynamics and cell-to-cell communication during the transition of prospermatogonia to spermatogonia revealed at single-cell resolution 2025-Jan-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11244-2 PMID:39838296	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了从原精原细胞到精原细胞转变过程中的基因表达动态和细胞间通讯	首次在单细胞分辨率下揭示了原精原细胞向精原细胞转变过程中的分子调控机制，并发现了bHLH转录因子在此过程中的关键作用	研究仅关注了胚胎期和新生儿期的特定时间点，未涵盖整个发育过程	解析原精原细胞向精原细胞转变过程中的分子调控机制	原精原细胞、精原细胞和睾丸体细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胚胎期12.5天、17.5天和出生后1天、6天的睾丸组织
2902	2025-01-26	Single-cell atlas reveals multi-faced responses of losartan on tubular mitochondria in diabetic kidney disease 2025-Jan-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06074-5 PMID:39838394	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的多方面影响	首次使用单细胞RNA测序技术全面描绘了氯沙坦治疗下糖尿病肾病肾小管线粒体的多层面响应	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的治疗作用及其机制	糖尿病肾病小鼠模型和HK-2细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠肾脏组织和HK-2细胞
2903	2025-01-26	Uncovering glycolysis-driven molecular subtypes in diabetic nephropathy: a WGCNA and machine learning approach for diagnostic precision 2025-Jan-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00601-6 PMID:39838413	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法揭示了糖尿病肾病中糖酵解驱动的分子亚型，提高了诊断精度	首次将糖酵解相关基因与糖尿病肾病的分子机制和免疫景观联系起来，并利用机器学习算法识别关键基因	研究依赖于公开数据集，样本量和多样性可能有限，且体外实验验证仅针对部分基因	探索糖尿病肾病中糖酵解相关基因的作用及其与免疫景观的关系，以提高诊断精度	糖尿病肾病患者的基因表达数据和免疫特征	机器学习	糖尿病肾病	WGCNA、单细胞测序、qRT-PCR	XGBoost	基因表达数据	GSE30122、GSE30528、GSE96804、GSE142153数据集中的糖尿病肾病样本
2904	2025-01-26	Comprehensive single-cell atlas of colorectal neuroendocrine tumors with liver metastases: unraveling tumor microenvironment heterogeneity between primary lesions and metastases 2025-Jan-21, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02231-y PMID:39838423	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了结直肠神经内分泌肿瘤伴肝转移患者的肿瘤微环境异质性，揭示了原发灶和转移灶之间的差异	首次对结直肠神经内分泌肿瘤伴肝转移患者的原发灶和转移灶进行了单细胞水平的分析，揭示了肿瘤微环境的异质性及其对肿瘤转移的影响	研究样本量有限，且未涉及其他转移部位的比较	揭示结直肠神经内分泌肿瘤伴肝转移患者的肿瘤微环境异质性，以改善临床管理策略	结直肠神经内分泌肿瘤伴肝转移患者的原发灶和转移灶组织样本	数字病理学	结直肠神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重免疫组化/免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	结直肠神经内分泌肿瘤伴肝转移患者的组织样本
2905	2025-01-26	Tissue-resident immune cells: from defining characteristics to roles in diseases 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02050-5 PMID:39820040	综述	本文综述了组织驻留免疫细胞（TRICs）的定义特征、发育和功能特性，以及它们在健康和疾病中的主要作用	提供了对TRICs的系统性概述，包括它们的起源、发育轨迹和细胞间相互作用，并探讨了如何利用TRICs作为新的治疗靶点	TRICs中组织驻留中性粒细胞（TRNs）的存在存在争议，且TRICs在疾病进展中的系统性概述和并行治疗策略的开发尚不充分	总结TRICs的发育和功能特性，探讨它们在健康和疾病中的主要作用，并提出新的治疗靶点	组织驻留免疫细胞（TRICs）	免疫学	NA	单细胞测序、时空组学	NA	NA	NA
2906	2025-01-26	Exploring the utility of snRNA-seq in profiling human bladder tissue: A comprehensive comparison with scRNA-seq 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111628 PMID:39850354	研究论文	本文探讨了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析人类膀胱组织中的效用，并与单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行了全面比较	比较了snRNA-seq和scRNA-seq在表征下泌尿道（LUT）细胞类型中的优势和局限性，特别是在人类膀胱组织中的应用	不同组织中的比较研究结果不一致，snRNA-seq在细胞类型识别方面存在挑战	确定snRNA-seq和scRNA-seq在表征下泌尿道细胞类型中的优势和局限性	人类膀胱组织	生物信息学	NA	snRNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
2907	2025-01-26	Novel Integration of Spatial and Single-Cell Omics Data Sets Enables Deeper Insights into IPF Pathogenesis 2025-Jan-13, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13010003 PMID:39846634	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，深入研究了特发性肺纤维化（IPF）的发病机制，并识别了与疾病相关的细胞类型和潜在治疗靶点	创新性地整合了空间转录组学、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，提供了对IPF发病机制的更深入理解，并验证了方法的通用性	研究主要基于已发表的数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	研究目标是识别与IPF发病机制相关的细胞类型和潜在治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微切割质谱	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	基于已发表的数据集，具体样本数量未明确
2908	2025-01-26	A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1186 PMID:39675380	研究论文	本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）试剂盒，并引入了一个新的度量标准——读取利用率，以区分不同试剂盒的性能	引入了读取利用率这一新度量标准，用于评估scRNA-seq试剂盒将测序读取转化为可用计数的效率	研究仅使用了来自单一供体的外周血单核细胞（PBMCs），可能限制了结果的普适性	评估和比较商业化的单细胞RNA测序技术，以促进单细胞研究的有效实施	九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	169,262个细胞
2909	2025-01-26	Exploring Cervical Adenocarcinoma: Epidemiological Insights, Diagnostic and Therapeutic Challenges, and Pathogenetic Mechanisms 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70620 PMID:39840708	综述	本文综述了宫颈腺癌的流行病学特征、诊断和治疗挑战以及最新研究进展	强调了宫颈腺癌与鳞状细胞癌在肿瘤微环境特征上的显著异质性，并总结了常见的临床前模型及其优缺点	对宫颈腺癌和鳞状细胞癌在发病机制上的异同理解有限	探讨宫颈腺癌的流行病学、诊断和治疗挑战以及发病机制	宫颈腺癌	妇科肿瘤学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
2910	2025-01-26	Predicting Outcomes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Using scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq: A Model Development and Validation Study 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70617 PMID:39840762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）开发并验证了一个预测食管鳞状细胞癌（ESCC）预后的模型	基于葡萄糖代谢基因集筛选出四个关键基因（SERP1、CTSC、RAP2B和SSR4），并开发了一个风险预后模型，该模型在外部队列中得到了验证	样本来源主要依赖于公共数据库，可能缺乏多样性和代表性	预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后并识别治疗选择	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	scRNA-Seq, Bulk RNA-Seq	风险预后模型	RNA测序数据	8个来自Gene Expression Omnibus数据库，99个来自The Cancer Genome Atlas数据库，140个来自Memorial Sloan Kettering Cancer Center
2911	2025-01-26	Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023417 PMID:39476415	综述	本文回顾了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇，探讨了其在疾病机制识别和个性化治疗指导中的潜力	强调了空间转录组学技术在亚细胞分辨率下数字化基因表达的能力，以及其在临床样本中计算分析细胞类型、细胞表型和细胞间通信的创新应用	讨论了高分辨率空间转录组学技术快速转化面临的挑战，包括多模态读数的整合和深度学习方法的结合	探讨高分辨率空间转录组学技术在临床病理学中的应用及其对个性化医学的贡献	常规收集和存档的临床样本	数字病理学	NA	空间转录组学技术	深度学习	基因表达数据	NA
2912	2025-01-26	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31506 PMID:39854079	研究论文	本研究探讨了不同生物力学负荷对腰椎运动节段的影响，特别是与椎间盘退变（IVDD）相关的机制，揭示了在IVDD过程中髓核（NP）骨化的细胞环境和机制	首次通过单细胞RNA测序技术识别了受生物力学负荷影响的CITED4 + METRN + NP软骨细胞亚群，并揭示了骨-脂肪平衡在IVDD中的作用	样本量较小，仅涉及五名个体的新鲜NP组织，且部分分析基于回顾性研究	揭示生物力学负荷对IVDD的影响，特别是髓核骨化的机制	腰椎L3-S1节段的新鲜NP组织，以及来自患者的石蜡包埋NP样本	数字病理学	椎间盘退变	单细胞RNA测序，免疫组织化学，免疫荧光	NA	RNA测序数据，组织样本	五名个体的新鲜NP组织，以及回顾性研究中的石蜡包埋NP样本
2913	2025-01-25	Developing and experimental validating a T cell senescence-related gene signature to predict prognosis and immunotherapeutic sensitivity in non-small cell lung cancer 2025-Mar-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149233 PMID:39800199	研究论文	本文开发并实验验证了一个与T细胞衰老相关的基因特征，用于预测非小细胞肺癌（NSCLC）的预后和免疫治疗敏感性	首次整合了SLC2A1、TNS4和GGTLC1基因构建风险模型，用于预测NSCLC的预后和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据集和少量本地医院样本，可能影响结果的广泛适用性	研究T细胞衰老相关基因在NSCLC中的预后意义及其对免疫治疗敏感性的预测能力	非小细胞肺癌（NSCLC）患者及其T细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq、多变量Cox回归	风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA-NSCLC数据集用于训练，8个独立的GEO NSCLC队列用于验证，10对癌旁和NSCLC组织样本用于实验验证
2914	2025-01-25	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	本文探讨了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析较少	研究XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留和抗肿瘤免疫中的作用	肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据	小鼠模型和人类TIL及TRM样本
2915	2025-01-25	TRAIL induces podocyte PANoptosis via death receptor 5 in diabetic kidney disease 2025-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.026 PMID:39571905	研究论文	本文探讨了TRAIL通过死亡受体5（DR5）在糖尿病肾病（DKD）中诱导足细胞PANoptosis（凋亡、焦亡和坏死性凋亡）的机制	首次揭示了TRAIL/DR5在DKD中通过激活PANoptosis诱导足细胞损伤的关键自分泌作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	研究TRAIL/DR5在糖尿病肾病中诱导足细胞损伤的机制	足细胞和糖尿病肾病模型	生物医学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3个正常人类肾脏样本和3个DKD人类肾脏样本
2916	2025-01-25	Zinc ions facilitate metabolic bioenergetic recovery post spinal cord injury by activating microglial mitophagy through the STAT3-FOXO3a-SOD2 pathway 2025-Feb-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.045 PMID:39613048	研究论文	本研究探讨了锌离子通过激活小胶质细胞线粒体自噬，促进脊髓损伤后代谢能量恢复的机制	揭示了锌离子通过STAT3-FOXO3a-SOD2轴调控线粒体基因表达，改善小胶质细胞能量稳态的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索锌离子在脊髓损伤后小胶质细胞代谢恢复中的作用	脊髓损伤后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2917	2025-01-25	Single-cell analysis of human peripheral blood reveals high immune response activity in successful ageing individuals 2025-Feb, Mechanisms of ageing and development IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.mad.2024.112011 PMID:39622417	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）外周血的免疫系统动态调控及其分子机制	揭示了成功老龄化个体中CD8效应记忆T细胞和终末分化B细胞的富集，以及CD56 NK细胞中Fc-γ受体信号通路的激活，这些发现可能作为健康老龄化的生物标志物	样本量相对较小，仅包括7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照	研究老龄化过程中免疫系统的动态调控及其分子机制	成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）的外周血单核细胞	生物信息学	老年病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	87,215个外周血单核细胞，来自7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照
2918	2025-01-25	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞RNA测序技术，解析了急性髓性白血病（AML）的复杂细胞景观，并构建了一个基于七种关键细胞因子相关基因的预后风险评分模型	通过单细胞RNA测序揭示了AML的细胞异质性，并首次构建了一个基于细胞因子相关基因的预后风险评分模型，该模型在多个独立AML患者队列中验证了其强大的预后能力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	解析AML的细胞异质性并开发一个临床适用的预后风险评分模型	AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	RNA测序数据	多个独立AML患者队列
2919	2025-01-25	Heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations in prostate cancer: Implications for prognosis and immunotherapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102255 PMID:39721245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群的多样性及其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	首次系统性地描述了前列腺癌中CAF的四个主要亚群，并构建了反映这些亚群临床相关性的预后模型	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	阐明癌症相关成纤维细胞在前列腺癌肿瘤微环境中的多重作用，特别是其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	前列腺癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	前列腺癌样本
2920	2025-01-25	Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review 2025-Feb, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264 PMID:39805342	综述	本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境（TME）研究中的应用，旨在阐明TME中细胞间的相互作用对ESCC进展的影响	利用单细胞多组学技术，特别是单细胞转录组测序，揭示了ESCC肿瘤微环境中不同细胞群的分子特征和表达谱，为个性化治疗策略提供了潜在的治疗靶点和生物标志物	NA	通过单细胞测序技术深入理解ESCC肿瘤微环境的异质性及其对疾病进展的影响，以促进ESCC的诊断和治疗	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境（TME），包括肿瘤细胞、免疫细胞、内皮细胞、成纤维细胞等	数字病理学	食管癌	单细胞测序，单细胞转录组测序	NA	单细胞测序数据	NA