单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2881	2025-01-28	Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization 2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16785 PMID:39477889	研究论文	本研究通过蛋白质组学和孟德尔随机化方法，识别了与肝细胞癌（HCC）风险相关的10种蛋白质，并探讨了它们在HCC治疗中的潜力	结合蛋白质组学数据和孟德尔随机化方法，识别出与HCC风险相关的10种蛋白质，并深入分析了这些蛋白质在HCC肿瘤微环境中的表达及其相互作用	研究依赖于已有的GWAS和队列数据，可能受到数据来源和样本量的限制	探索肝细胞癌的新型治疗靶点	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	蛋白质组学、孟德尔随机化、KEGG通路分析、单细胞测序、PPI分析、DGIdb、ChEMBL和DrugBank数据库分析	NA	蛋白质组数据、GWAS数据、队列数据	多个已发表的GWAS数据、DeCODE队列、FinnGen队列和UK Biobank数据
2882	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
2883	2025-01-27	Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease 2025-Feb, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021 PMID:39343250	研究论文	本研究通过多模态分析外周血，识别出增殖的循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子	通过整合多模态参数和机器学习，识别出治疗前非应答者中增殖的CD4+记忆T细胞的显著增加，这一预测性T细胞特征具有激活的T-helper 1/T-helper 17细胞表型，并表现出较高的整合素α4β1水平	研究样本量有限，且仅针对接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的患者	寻找炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的可靠预测因子	接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞B和T细胞受体测序（BCR/TCR-seq）、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术	机器学习	外周血样本	2个队列的炎症性肠病患者
2884	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
2885	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
2886	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
2887	2025-01-27	Anxiety-like behavior and altered hippocampal activity in a transgenic mouse model of Fabry disease 2025-Feb, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106797 PMID:39788162	研究论文	本研究通过转基因法布里病小鼠模型，探讨了法布里病与焦虑样行为及海马体功能改变之间的关系	首次结合行为学、转录组学、功能和形态学评估，揭示了法布里病小鼠海马体中神经元和非神经元细胞群的转录和功能改变	研究仅使用雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或其他动物模型	探讨法布里病与神经精神症状（如焦虑）之间的潜在机制	转基因法布里病小鼠模型	神经科学	法布里病	单细胞测序、行为学测试、电生理记录	转基因小鼠模型	行为数据、转录组数据、电生理数据	雄性法布里病小鼠
2888	2025-01-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-Jan-25, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	本文介绍了HemaScope，一个专门用于分析造血细胞单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的生物信息学工具包	HemaScope工具包结合了scRNA-seq和ST技术的优势，提供了模块化设计，能够处理造血细胞的特异性特征，如谱系归属评估、细胞周期预测和标记基因收集	未明确提及具体限制	开发一个用户友好的工具包，用于分析造血细胞的单细胞和空间转录组学数据	造血细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	案例研究中使用了人类骨髓细胞图谱、小鼠急性髓性白血病细胞、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤的微环境
2889	2025-01-27	Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer 2025-Jan-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042 PMID:39566495	研究论文	本文研究了在人类非小细胞肺癌中，表达CCL19的纤维网状细胞（FRCs）如何生成相互连接的T细胞环境（TEs），并探讨了这些环境对肿瘤浸润T细胞的影响	揭示了FRCs在肿瘤微环境中生成T细胞环境的分子网络及其对T细胞激活途径的调控作用，并通过单细胞转录组学和细胞命运图谱分析确认了FRCs的来源	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探讨肿瘤微环境中FRCs对T细胞免疫反应的影响	非小细胞肺癌中的纤维网状细胞和T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组学、细胞命运图谱分析	NA	基因表达数据、细胞图谱数据	NA
2890	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
2891	2025-01-25	Consensus representation of multiple cell-cell graphs from gene signaling pathways for cell type annotation 2025-Jan-23, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02128-8 PMID:39849579	研究论文	本文提出了一种名为scMCGraph的计算框架，通过整合基因表达和通路活动来准确注释单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	scMCGraph通过构建多个通路特异性视图并将其整合为共识图，显著提高了细胞类型注释的准确性和鲁棒性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	scMCGraph	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2892	2025-01-27	Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling 2025-Jan-23, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2803-1 PMID:39862345	研究论文	本文介绍了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，通过小分子优化，有效生成毛细胞和支持细胞，用于药物发现和毛细胞保护机制研究	提出了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，无需多步扩展和强制分化协议，能够高效生成毛细胞和支持细胞	研究中未提及样本的具体数量，可能限制了结果的广泛适用性	开发一种高效的内耳类器官系统，用于毛细胞生成和药物毒性反应建模	哺乳动物耳蜗中的毛细胞	生物医学工程	听力损失	单细胞RNA测序	内耳类器官系统	RNA测序数据	NA
2893	2025-01-27	Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells 2025-Jan-22, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2760-4 PMID:39862344	研究论文	本研究探讨了TSC2突变细胞与淋巴管内皮细胞（LECs）之间的相互作用，以及雷帕霉素对此相互作用的影响，旨在为淋巴管平滑肌瘤病（LAM）治疗寻找新靶点	揭示了VEGF-D/VEGFR3在LAM细胞与LECs相互作用中的关键作用，并发现雷帕霉素与VEGFR3抑制剂的协同效应，为LAM及其他TSC2突变疾病的治疗提供了新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探索LAM细胞与LECs的相互作用及其治疗潜力	TSC2缺失细胞和淋巴管内皮细胞（LECs）	肿瘤学	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞测序、异种移植模型	NA	细胞培养数据、测序数据	NA
2894	2025-01-27	Unveiling the mechanism of micro-and-nano plastic phytotoxicity on terrestrial plants: A comprehensive review of omics approaches 2025-Jan, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109257 PMID:39818003	综述	本文综述了微纳米塑料（MNPs）对陆地植物的毒性机制，重点介绍了通过组学技术揭示的植物对MNPs暴露的生理、分子和细胞反应	本文综合了当前关于MNPs诱导的植物毒性的研究成果，强调了通过组学分析揭示的基因表达、蛋白质合成、代谢途径和生理紊乱的变化	尽管组学技术提供了前所未有的见解，但MNPs对植物毒性的复杂机制仍需进一步研究	阐明微纳米塑料对陆地植物的毒性机制，并探讨减轻MNPs对植物健康环境影响的方法	陆地植物	环境科学	NA	蛋白质组学、代谢组学、转录组学、微生物组学、4D组学、表型组学、空间转录组学、单细胞组学	NA	组学数据	NA
2895	2025-01-26	Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer 2025-Mar-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0169 PMID:39752183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）的肿瘤免疫微环境，特别关注了预耗竭CD8+ T细胞的普遍性和生物标志物	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了ATC和PTC的肿瘤免疫微环境，并识别了预耗竭CD8+ T细胞的潜在生物标志物GNLY	未来研究需要进一步探索GNLY及其他已识别生物标志物在甲状腺癌免疫反应中的功能影响	了解未分化甲状腺癌的肿瘤免疫微环境，以开发靶向免疫疗法	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）的肿瘤免疫微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集
2896	2025-01-26	WWC proteins-mediated compensatory mechanism restricts schwannomatosis driven by NF2 loss of function 2025-Jan-24, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4765 PMID:39841844	研究论文	本文研究了NF2功能缺失导致的神经鞘瘤病，揭示了WWC蛋白介导的补偿机制，并开发了一种高渗透性和短潜伏期的合成小鼠模型	揭示了NF2通过招募E3泛素连接酶β-TrCP1/2促进WWC1-3泛素化和降解的机制，并开发了一种高渗透性和短潜伏期的合成小鼠模型，用于NF2相关神经鞘瘤病的研究	NA	研究NF2功能缺失导致的神经鞘瘤病的发病机制，并开发有效的临床前研究模型	NF2相关神经鞘瘤病的小鼠模型和细胞系	生物医学研究	神经鞘瘤病	单细胞转录组分析	合成小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和细胞系
2897	2025-01-26	Epigenomics-guided precision oncology: Chromatin variants in prostate tumor evolution 2025-Jan-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35327 PMID:39853587	review	本文探讨了表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，特别是染色质变异如何促进肿瘤进化和治疗抵抗	提出了染色质变异作为表观基因组异质性的基本单位，并探讨了其在指导精准肿瘤学新时代中的潜力	主要基于现有研究的综述，缺乏新的实验数据支持	探索表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，以改善患者治疗效果	前列腺癌细胞中的染色质变异	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序和液体活检表观基因组分析	NA	表观基因组数据	NA
2898	2025-01-26	Single-cell RNA-seq data augmentation using generative Fourier transformer 2025-Jan-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07552-8 PMID:39843603	研究论文	本文介绍了一种名为scGFT的单细胞RNA测序数据增强方法，旨在解决数据稀缺问题	提出了scGFT，一种无需训练的、以细胞为中心的生成模型，能够合成具有真实数据集中自然基因表达特征的单细胞	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据稀缺问题，提高统计可靠性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成傅里叶变换器（Generative Fourier Transformer）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
2899	2025-01-26	Neutrophil extracellular traps (NETs) are increased in rheumatoid arthritis-associated interstitial lung disease 2025-Jan-22, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03111-1 PMID:39844268	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在类风湿性关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）中的作用及其形成机制	首次在RA-ILD中评估NETs的参与，并揭示了NR4A3在NET形成中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，临床样本量有限	评估NETs在RA-ILD中的作用及其形成机制	RA-ILD患者、ZYM诱导的间质性肺炎关节炎模型小鼠、HL-60细胞、MRC-5细胞	生物医学	类风湿性关节炎、间质性肺病	单细胞测序、ELISA	SKG小鼠模型	生物样本数据	RA-ILD患者和健康对照
2900	2025-01-26	The role of MRO as an M2 macrophage-associated gene in non-small cell lung cancer: insights into immune infiltration, prognostic significance, and therapeutic implications 2025-Jan-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01817-8 PMID:39838218	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞相关基因MRO在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用，重点关注免疫浸润、预后意义和治疗潜力	首次系统性地研究了MRO基因在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞的关联，并评估了其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA数据库的样本，缺乏外部验证队列，且未进行实验验证	探讨MRO基因在非小细胞肺癌中的免疫浸润、预后意义和治疗潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）样本，包括肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	CIBERSORT算法、单细胞RNA测序、ESTIMATE算法、TIDE和Submap分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的NSCLC样本