单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2861	2025-01-29	Improving Spatial Transcriptomics with Membrane-Based Boundary Definition and Enhanced Single-Cell Resolution 2025-Jan-28, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401056 PMID:39871658	研究论文	本文介绍了一种新的空间转录组学方法，通过使用基因编码的荧光蛋白标记细胞膜，精确索引切片上的测序点和细胞内的转录本	提出了一种基于细胞膜标记的新方法，相比基于细胞核的方法，显著提高了基因捕获数量，并实现了更一致的单细胞RNA测序数据表达谱	未提及具体的技术限制或挑战	改进空间转录组学技术，提高细胞边界定义的准确性和单细胞分辨率	小鼠和蝾螈的肝脏、大脑和肠道	空间转录组学	NA	基因编码的荧光蛋白标记	NA	空间转录组数据	小鼠和蝾螈的肝脏、大脑和肠道样本
2862	2025-01-29	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Jan-28, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2863	2025-01-29	CCN5 suppresses injury-induced vascular restenosis by inhibiting smooth muscle cell proliferation and facilitating endothelial repair via thymosin β4 and Cd9 pathway 2025-Jan-28, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae911 PMID:39873228	研究论文	本研究探讨了CCN5在抑制血管损伤后狭窄中的作用，通过抑制平滑肌细胞增殖和促进内皮修复来预防支架内再狭窄	揭示了CCN5通过胸腺素β4和Cd9通路在血管损伤修复中的双重保护机制，并开发了CCN5重组蛋白涂层支架用于预防支架内再狭窄	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	研究CCN5在预防支架内再狭窄中的作用及其机制	猪冠状动脉和小鼠股动脉的血管平滑肌细胞和内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 质谱分析, 共免疫沉淀	NA	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	支架植入的猪冠状动脉和损伤诱导的小鼠股动脉
2864	2024-12-24	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	研究了视网膜波对视网膜神经节细胞类型转录组变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜波对不同类型视网膜神经节细胞基因表达的微弱影响	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	探讨视网膜波对视网膜神经节细胞基因表达的影响	视网膜神经节细胞的转录组变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞
2865	2025-01-26	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	研究论文	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，便于研究不同癌症类型中癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应，并设计了用户友好的界面	数据集样本量有限，且需要高级编程技能进行探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	223名患者的90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	223名患者，90,270个癌细胞，265,671个其他细胞类型
2866	2025-01-29	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	研究论文	本文探讨了造血衰老的三个表型特征的原因，特别是炎症如何促进这些衰老表型	提出了一个实验模型（IkappaBminus）来解析NFkappaB在造血衰老表型中的作用，并发现HSC自主的NFkappaB活动损害其功能，而骨髓环境中的炎症驱动髓系偏倚	研究主要基于实验模型，可能无法完全反映人类造血衰老的复杂性	解析造血衰老的三个表型特征的独立调控机制	造血干细胞（HSC）及其在衰老过程中的功能变化	生物医学	衰老相关疾病	scRNA-seq	IkappaBminus模型	基因表达数据	小鼠和人类的HSC数据集
2867	2025-01-28	COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632570 PMID:39868220	研究论文	本文介绍了COSIME，一种用于多组学数据集成和可解释性模型解释的新方法	COSIME通过可学习的最优传输（LOT）的反向传播和蒙特卡洛采样，实现了多视图数据的集成和特征关系的解释	NA	解决多组学数据集成和特征关系解释的瓶颈问题	单细胞转录组学、单细胞空间转录组学、表观基因组学和代谢组学数据	机器学习	阿尔茨海默病	可学习的最优传输（LOT）、蒙特卡洛采样	深度神经网络	多组学数据	模拟数据和真实世界数据集
2868	2025-01-28	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展的机制	使用免疫活性小鼠模型和单细胞RNA测序技术，开发了一种仅在癌组织中生物激活的GLNi前药JHU083，揭示了其对肿瘤微环境中不同巨噬细胞亚型的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索谷氨酰胺代谢抑制剂在癌症治疗中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	免疫活性小鼠模型中的妇科癌症	癌症研究	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	免疫活性小鼠模型中的肿瘤样本
2869	2025-01-16	TRIAGE: an R package for regulatory gene analysis 2025-01-12, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf004 PMID:39800877	研究论文	本文介绍了TRIAGE R包，一个专门设计用于分析批量及单细胞RNA-seq数据中调控元件的工具包	TRIAGE R包利用H3K27me3数据富集细胞类型特异性调控区域，构建高效且适应性强的转录组数据分析与可视化流程	NA	揭示细胞身份和功能的调控基础	调控基因	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	三个独立的转录组数据集
2870	2025-01-21	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.11.23298309 PMID:38014192	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，生成了溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型解析的转录组和表观遗传图谱	发现了回肠袋中以前未表征的吸收性和分泌性上皮细胞群体，这些细胞表达结肠特异性基因，但表达水平较低，并同时表达炎症和分泌基因	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋和回肠段，以及健康个体的末端回肠和升结肠	数字病理学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	患者6人（男4，女2），健康对照6人（男3，女3）
2871	2025-01-25	Critical role of Slc22a8 in maintaining blood-brain barrier integrity after experimental cerebral ischemia-reperfusion 2025-Jan, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241264401 PMID:39068534	研究论文	本研究通过多组学分析识别了在脑缺血再灌注期间调节血脑屏障破坏的关键因素，并验证了Slc22a8在维持血脑屏障完整性中的关键作用	首次通过多组学分析结合单细胞RNA测序数据，揭示了Slc22a8在脑缺血再灌注后血脑屏障破坏中的关键作用，并验证了其通过Wnt/β-catenin信号通路调节血脑屏障完整性的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究脑缺血再灌注期间血脑屏障破坏的分子机制	小鼠脑缺血再灌注模型中的内皮细胞和周细胞	分子生物学	脑缺血	多组学分析、单细胞RNA测序、转录组测序	小鼠中脑动脉闭塞/再灌注模型（MCAO/R）	RNA测序数据、蛋白质表达数据	三个小鼠MCAO/R模型的转录组测序数据集、E13.5小鼠的血脑屏障（皮层）和非血脑屏障（肺）内皮细胞的转录组数据
2872	2025-01-28	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2025-Feb-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制	揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别	NA	RNA测序数据、高光谱图像	体外和体内矽肺模型
2873	2025-01-28	Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04385-0 PMID:39052183	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在癫痫中的作用，并开发了一个基于这些基因的诊断模型	首次系统地研究了铁死亡相关基因在癫痫中的角色，并发现这些基因与免疫反应和神经炎症有显著关联	研究样本量相对较小，且主要依赖于已有数据集，缺乏更大规模的独立验证	探讨铁死亡相关基因在癫痫中的机制及其作为诊断标志物的潜力	癫痫患者和小鼠的脑组织	生物信息学	癫痫	qRT‒PCR, CIBERSORT, MCP-counter, WGCNA, scRNA-seq	诊断模型	基因表达数据	91名癫痫患者和小鼠脑组织样本
2874	2025-01-28	Modulation of the Immunological Milieu in Acute Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage: The Potential Role of Monocytes Through CXCL10 Secretion 2025-Feb, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01259-4 PMID:38780865	研究论文	本研究探讨了动脉瘤性蛛网膜下腔出血（aSAH）后免疫系统的反应，特别是单核细胞通过CXCL10分泌在其中的潜在作用	首次通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了aSAH患者脑脊液中的CD8+CD161+细胞，并发现单核细胞在aSAH中高表达CXCL10	样本量较小，且仅比较了aSAH和非动脉瘤性SAH（naSAH）的差异，未涉及其他类型的脑出血	研究aSAH后免疫系统的反应，特别是单核细胞在其中的作用	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本	免疫学	脑出血	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RT-qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本
2875	2025-01-28	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响	创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径	滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知	识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量	人类滑液和滑膜	免疫学	关节炎	scRNA-seq	体外模型	基因表达数据	NA
2876	2025-01-28	Circulatory age-associated B cells: Their distinct transcriptomic characteristics and clinical significance in drug-naïve patients with rheumatoid arthritis 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110425 PMID:39746429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者外周血中年龄相关B细胞（ABCs）的独特转录组特征及其临床意义	首次在RA患者中通过单细胞RNA测序技术全面解析了ABCs的基因表达特征，并发现SYK是定义ABCs髓样表型的关键调节因子	研究样本仅限于未接受药物治疗的RA患者，可能限制了结果的普遍性	探讨ABCs在RA中的基因表达特征及其临床意义	类风湿性关节炎患者的外周血B细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及RA患者的外周血样本
2877	2025-01-28	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号在肾小球巨噬细胞中的作用，特别是通过促进IL-1β的产生和C3的裂解与沉积来加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未涉及人类样本	探讨TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应对肾小球肾炎进展的影响	NZBWF1小鼠	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NZBWF1小鼠
2878	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
2879	2025-01-28	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-Jan-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	研究论文	本研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效分离和分子分析循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了一种新型的LIFT-AMFS系统，通过双步微滤器（DSMF）实现高存活率的CTCs分离和单细胞水平的高效捕获	未提及具体局限性	提高循环肿瘤细胞（CTCs）的分离效率和存活率，以支持下游分子分析和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤技术、RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量
2880	2025-01-28	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	本文通过一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19疫苗接种对78名无症状感染者的T细胞和抗体反应的长期影响	研究发现，尽管抗体滴度随每次加强针逐渐增加并稳定，T细胞反应迅速达到平台期并保持稳定，且约30%的参与者显示出对非Spike抗原的CD4+ T细胞反应	研究仅限于无症状感染者，未涵盖有症状感染者的免疫反应	探讨多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名无症状感染者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名无症状感染者